4PY5 | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	267
structure length	267
Chain Sequence	SMKLSSSEKEKLLKKLKALGAKEEKPPEHAQYRLRLNDAILTVYKSGSVVYGGKGREKLKELVAETVLSDTELPRIGCNEAGKGEFVGPLVVACIVADEKCLKRLIELGVKDSKKLSNEKVEELASEITETCHGKVKLLIPEKYNRAYSKFKNINRLLEAVYREIVSDLCEKFSPKVVVVDKFSNRAEEVLKDVVKGARLEVRPKAEDDLAVAAASIVAKAVRLKTMKELEKRFKVKLPEGNTGLAELLKKTPKELHEKLFKLHFSV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of RNase H3-substrate complex reveals parallel evolution of RNA/DNA hybrid recognition. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Ribonuclease
molecule tags	Hydrolase/dna/rna
source organism	Thermovibrio ammonificans
total genus	93
structure length	267
sequence length	267
ec nomenclature	ec 3.1.26.-:
pdb deposition date	2014-03-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01351	RNase_HII	Ribonuclease HII

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.310.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	TATA-Binding Protein	TATA-Binding Protein	4py5A01
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	4py5A02

4F3TA 1G15A 4MFBA 4RG8A 2IV8A 4FM0A 2XY5A 4LY7A 4NCAA 4CFBA 4KI4A 4DTNA 2Z8UA 1LW0A 1MP9A 4CK1A 4DG1A 4B9TA 4QCLA 1YTBA 2XY6A 3QIPA 4JRPA 5I3UA 4DFKA 4FW2A 3U6FA 3SQ4A 5HRRA 1IO2A 1UWBA 3RMCA 2DFFA 1LAWA 1HJRA 3NH1A 3MXMA 1TK5A 3HS9A 4HUEA 4CJ4A 2BDPA 4B9MA 4DTMA 4I9QA 3AO2A 4CEOA 4FJMA 3LALA 2XHBA 2A1RA 3B6OA 4B9UA 4L8RB 4KHQA 4CE9A 1QN7A 1XC9A 2R7YA 4CGJA 4CGFA 2B5JA 4HUFA 4E19A 4B9VA 1TAQA 3AO5A 4KPYA 3DLGA 1R0AA 4EZ6A 2LSNA 3VQCA 1X9MA 1ASUA 2F8SA 3OC3C 3V1QA 3PX6A 3LANA 1SV5A 3VQ8A 4CGIA 1WAJA 2Y1JA 4FM1A 4M45A 1WSIA 3DLKA 1EKEA 3HP6A 2P51A 2G8VA 4O55A 4RW8A 4DLEA 4C8KA 1C9BB 3AVAA 1IH7A 5I42A 4RODB 5DK5A 1KFSA 4M3YA 3DLRA 3OYAA 4OGCA 4B9NA 3E01A 3PUFA 3QEIA 4OKKA 3LP3A 1SL2A 1N6QA 1JLGA 1O1WA 4DU3A 3AV9A 3V1OA 1U4BA 1VRUA 3G10A 1TVRA 5KGWA 1HMVA 2BE2A 4B8AB 3OS0A 4C8OA 1JLAA 1E42A 1RT7A 4O44A 2D0AA 3WNGA 4M3UA 1BIUA 1D9FA 2HHUA 2HMIA 3AVCA 2D0BA 3QETA 2G8UA 3VQQA 4B9SA 1RNHA 4DQRA 5HRSA 1WNSA 3L2WA 2ATQA 2HNYA 1KVCA 4I7FA 5KRSA 4FZXC 4FJ8A 5FROA 3KTQA 4E7KA 3U3GA 4WE1A 2I5JA 4E0DA 2X6SA 4M3ZA 1S9GA 4ID1A 5JS2A 1NGMA 1RT3A 1SKWA 1D8YA 3HO1A 4CJKA 5JS1A 4UQGA 2OZSA 3KLEA 1PCZA 2YV0X 3LWLA 3V9UA 1L3SA 4DSLA 4ZTJA 4EP5A 2YKMA 3OS1A 3AA4A 1RTIA 2HVHA 3I0SA 2VG5A 3L8BA 4E1MA 4EZ9A 4DTJA 3V9SA 3TAEA 4HUGA 1HNVA 1HQEA 4O4GA 4CJTA 4E89A 4ELUA 5EU7A 4AILC 3NF8A 1NH2A 4W5OA 2FC0A 2IC3A 3M8PA 1CZBA 1FXXA 2FBTA 3HVTA 4WZSD 1J5OA 4FVMA 4H4OA 5KRTA 3QNOA 3EY1A 3QEWA 1VRTA 3OYMA 3KLGA 3IRXA 2PYLA 4JS4A 2KTQA 1ASWA 1BCMA 3SZ2A 3I8DA 3DLHA 4IFVA 4CFDA 1QNBA 4CJUA 3V4IA 3PX0A 3L2UA 3DRPA 4AHSA 3B6PA 4FLUA 4DS4A 1RBUA 1C1BA 5J2MA 2ZE2A 1RDCA 3NFAA 4E7LA 4AHRA 1DTTA 3AVFA 1CXQA 2XY8A 3QEXA 2F96A 3ZSYA 3RMDA 3SI6A 1T7PA 4HVJA 3IS9A 1ASVA 1NOYA 1B92A 1TKZA 1QS4A 4KKOA 4BWMA 4E7IA 4B3OA 3LZJA 3TAQA 4CGHA 2OPSA 3EYZA 3ZSVA 1U48A 3KJVA 3RRGA 2RN2A 3OYEA 2JLEA 1D5AA 3DI6A 3ITHA 4HCBA 2MJ7A 3QEVA 1J53A 4CJ5A 4OPJA 2G8WA 1VSLA 3TARA 1VSJA 2EX3A 3EIKA 4ROCB 1VTOA 4CEDA 3DMJA 1NK9A 1LWFA 2E6LA 4Z4IA 4IBNA 3ZSXA 5HRPA 4JS5A 1TBAB 1VSIA 4ICLA 4CEEA 2G30A 1MU2A 3NCIA 3TWHA 4YFUA 4FLZA 4F2RA 3NGZA 1GOAA 1U04A 3AO4A 2X78A 4B08A 4CF1A 3K5MA 1BI4B 1BQNA 1CLQA 4DTRA 1JLQA 1Q9YA 3K5OA 1SKRA 5IYBP 3HK2A 1HQUA 1NKCA 2P5GA 4Z4GA 1HPZA 4CHYA 3SYZA 5IYCP 1X9WA 2QKKA 4J2EA 2GBZA 1FK9A 2QXFA 1KLNA 3P83D 3QO9A 3NAEA 3SUQA 4FJKA 3ZT3A 4DLGA 3OYIA 4DQIA 1HRHA 4CF2A 1FKPA 2G8KA 1C0TA 1CZ9A 1QQCA 4PY5A 3QIOA 1RT4A 4KHYA 1JKHA 1VSDA 4CFAA 1VTLE 3K58A 1VSFA 1KTQA 2O4IA 3S3OA 4CEFA 4M3TA 4OJRA 2RKIA 2F8TA 4CJRA 4H8KA 1X1PA 4CJWA 4FJGA 1Q9XA 4DMNA 1WSEA 1F21A 3CYMA 5DMRA 5J2QA 3SUNA 3D45A 4Q0BA 4FLVA 1RDDA 4KFBA 4N76A 1NK0A 4KRFA 1KY6A 3NBPA 4Z4CA 1QNCA 2YHAA 1BI4A 3OCIA 3LAKA 1NOZA 2B4JA 3MEEA 1QSYA 3HPHA 4F2SA 1T05A 3KK3A 3SNNA 4KHNA 4TSXA 3VQAA 1BCOA 4Q5VA 3K57A 4KO0A 3LPTA 4N56A 1U47A 1YTUA 2BANA 4DWIA 4BDPA 4CF0A 5J2NA 5KI6A 1IKXA 3OJSA 4OKEA 1QN8A 4CESA 4BE0A 2PZSA 2QK9A 1C1AA 4ELVA 1A5WA 3OS2A 4ELTA 4CJLA 4W5RA 1JLCA 1VSKA 3AVBA 3AVIA 2FBYA 4E1NA 4OPKA 3O4NA 4LH5A 4H4MA 1ZBLA 2IV9A 1Y97A 3H1ZA 3AO1A 3L3VA 4XIUA 2PY5A 1VSMA 3DOKA 4GMJB 4GVMA 3VQ4A 3SPYA 3S9HA 3UIQA 4FLWA 4NCBA 4FYDA 1BISA 5HROA 4Z4EA 1QTSA 1IKWA 3RR7A 4KTWA 5C42A 3SQ2A 2GV9A 1VSEA 4LSLA 3OYNA 4HHTA 2KQ2A 2RF2A 3OYCA 3K59A 3M8RA 3AVGA 3V6DA 5FDLA 1XI1A 4FJJA 1RT2A 3OJUA 1HYZA 1JXEA 2HNZA 3V9ZA 3SUPA 2YKNA 1YTAA 1S6QA 3S3MA 1I3AA 3L3UA 5D3GA 1S1WA 1IKYA 1GOBA 4B8CA 3PO5A 4OLAA 4EP4A 3CFOA 3F73A 3AVJA 4AH9A 3D0PA 4CJ3A 3PV8A 4ZHRA 5SZTA 1QSSA 4BWJA 3ZCMA 4FJ5A 3LP2A 4CEQA 1I39A 1PZDA 1UAXA 4M3WA 3M8QA 4PWDA 3QLHA 4M41A 1AISA 4CHZA 3G0ZA 2ETJA 1QN9A 1B9FA 3HM9A 3U3YA 3TAPA 4N41A 4NYFA 3MXJA 4F4KA 1WN7A 3NDKA 2DTUA 1IKVA 3OYFA 1VOKA 1NKEA 2IS3A 2Z1HA 2EHGA 2XO7A 3HVRA 3CFPA 4DU4A 3T3FA 2Y1IA 3LPUA 4KHUA 4HCCA 1YTFA 3WNFA 3MAQA 1ITGA 1KVAA 1QN6A 1KCFA 4CIFA 1WSFA 3VQ5A 3ZSOA 2W42A 3PY8A 4B9LA 3NHGA 5J1EA 4DSKA 4NYNA 3DM2A 1QSLA 3ZT2A 2RPIA 1QN3A 1ZBFA 3H08A 3VQ7A 1BHLA 4KB0A 4W5NA 2O4GA 3SPZA 2E4LA 4QAGA 3KLFA 3I0RA 4AHCA 5IYDP 5CZ1A 2QKBA 3HJFA 3AVLA 3MEGA 1RILA 4C8NA 2D0CA 2ZQBA 2BGGA 1B9KA 2D5RA 4OLBA 2KFNA 1TV6A 4KAZA 3P5JA 5CYMA 3DOLA 5HRNA 4IG0A 1Q8IA 5C25A 3RRHA 4FM2A 1J9AA 4FJ9A 4ID5A 4CCHA 3TAFA 3SJJA 4M3XA 1W0HA 1NJZA 1NJXA 3ZSWA 2G8FA 1BQMA 1EX4A 1RBRA 1YT3A 2VWKA 1NJWA 2HHSA 3WNHA 4J2DA 3MXIA 1LAVA 4W5TA 1NK4A 1S1TA 2X6NA 1ZBIA 4CJFA 1SL0A 1L3TA 2OPPA 1C0MA 1HYVA 3IG1A 4Z4HA 3ASMA 4JLHA 3ISNC 3SCXA 1U49A 5FRMA 4R5PA 2IDOA 1S1XA 1QTPA 3TABA 3QNNA 3OYLA 3C94A 4KHSA 1JL1A 3DRRA 2B6AA 1KYUA 1W80A 1BIZA 3AVHA 3ULDA 4PUOA 1HNIA 1KFDA 3SQ0A 1RTHA 1D9DA 1KLMA 1KY7A 3V1RA 3M8SA 3LZIA 1C6VA 1TK0A 5CY4A 3AA2A 4M3RA 4IDKA 4CHNA 1JLEA 3SQ1A 3VQ9A 1SL1A 1S9EA 1TGHA 2WOMA 3DYAA 1QN5A 3TAGA 1LV5A 1REVA 4RW4A 3OY9A 1NJYA 3KKSA 3AVNA 3VQPA 4DTSA 2XRIA 1L3UA 3EZ5A 2AJQA 1A5VA 4YNQA 3HPOA 3RTVA 3V9XA 2G8HA 3OYGA 3HPGA 3BDPA 4J2BA 1XHZA 3LP1A 1RTDA 1RTJA 1Z25A 3VQEA 3AVKA 1RM1A 4E3SA 4OVLA 3SV3A 3ZT1A 4O0IA 1TKXA 3A2FA 1CDWA 1RBSA 1ZYQA 4MQ3A 2HVIA 4FJIA 3KKRA 4DF4A 1NK7A 4DQSA 3DLBA 4PQUA 3NGIA 1ZBUA 5HBMA 1UOCA 2HHVA 4RW9A 3CFRA 5J2PA 4KHWA 1LWCA 1QE1A 1RT5A 1S1UA 3SV4A 4DFPA 1YVUA 4CECA 4CGDA 4N47A 4DFJA 4FJ7A 1WSGA 4FCYA 4LH4A 5SWMA 3S3NA 1WLJA 4K8ZA 4KTQA 1KVBA 1K6YA 1TL3A 4DU1A 4DQQA 4ROEB 1T03A 3RWUA 1L5UA 4E7JA 2YNIA 4I2PA 5K14A 3PX4A 1N5YA 4F8RA 4FJHA 4Y1CA 2KZZA 4DTUA 4CGGA 3KK2A 3QERA 1GOCA 1R4XA 3KIOA 3T19A 3WNEA 4CF8A 1TAUA 4KV8A 1RBVA 2YNFA 3MECA 4DSIA 3CG7A 4DQPA 2E6MA 2IOCA 1NK8A 4NCGA 2DFEA 2HHXA 1JFIC 4CF9A 2Q3SA 3L2RA 4FZYA 3L2QA 3ZSRA 2HHWA 2OA8A 3K2PA 1Z26A 4N5SA 1C0UA 3HL8A 4RW6A 4CHQA 4BE1A 3NH2A 4AHTA 4I9LA 3C6TA 1TGOA 4O0JA 4FLYA 4DFMA 1JL2A 1KYFA 4ZTFA 1LWEA 4C8LA 3HXMA 3ZSQA 5KGXA 4CERA 1S6PA 3HS8A 1HYSA 3P1GA 5CZ2A 5T7BA 3PO4A 4FZZA 1QTMA 1EP4A 3AVMA 4AHUA 1SKSA 3V9WA 2OPRA 4F3OA 1KYDA 3K5NA 5E41A 4DTOA 3RMBA 3QINA 2Z1GA 4BDYA 4G1QA 3KLHA 4DSJA 4K8XA 2KZMA 3DLEA 1A5XA 4BE2A 4CJQA 2ZD1A 4I2QA 3OYJA 4CJSA 1BL3A 4E7HA 4OKJA 2X74A 3KD5E 4CHOA 2VG6A 4CFCA 4PA1A 3O3FA 4JRQA 2XY7A 3ZT4A 1NK6A 4DS5A 2DY4A 1VOLB 1DLOA 1J54A 3NE6A 3RR8A 1FKOA 3KLIA 2DFHA 4FJXA 1UA1A 2VWJA 4DSEA 1CXUA 1WSHA 1WAFA 4CIGA 1IG9A 2IGIA 1LW2A 3T1AA 3QEPA 3F9KA 3CM6A 1QHTA 4C8MA 4KTZA 1TL1A 5HP1A 4AHVA 2JGUA 3HYFA 5FRNA 3OYBA 1RT1A 4FXDA 4CEBA 1JLBA 3OYHA 1RT6A 4DTXA 4B0AA 3HP9A 1EETA 4IG3A 3SUOA 2KW4A 1XWLA 2GUIA 1RCHA 1D3UA 4DSFA 4BDZA 1QNAA 2IAJA 2YHBA 3C6UA 3CM5A 3LP0A 3AA3A 1JXBA 3AA5X 3NF6A 4CJEA 3JYTA 4DF8A 1NK5A 4Z4FA 2HW3A 4HTUA 4QOZB 1TKDA 4IKFA 4CK2A 1RDAA 1TKTA 1KSPA 1TBPA 4KB1A 2YNHA 1S5JA 3VQDA 1XHXA 2A1SA 1C1CA 3VA3A 3BGRA 1KRPA 1JLFA 2VG7A 2Z1IA 3C95A 3L2VA 1NVPA 1VSHA 1U45A 1TK8A 2ITGA 3NGYA 4J2AA 2HHTA 4Y1DA 3OYDA 2HHQA 4RW7A 5HLFA 1EXQA 3IAYA 1QN4A 3JSMA 3O3GA 3TR8A 2KFZA 4FLTA 2P5OA 2VJ0A 4CJPA 3THVA 3NF7A 4CJVA 3VA0A 4BACA 3O4QA 4FK4A 3DRSA 4CEZA 5KTQA 4FW1A 4LD0A 1WSJA 4O5BA 4CK3A 1SUQA 2OPQA 2YNGA 4FK0A 5C24A 4CIEA 2OZMA 4M42A 1QNEA 2NUBA 1RDBA 3TI0A 3AO3A 4FJNA 3LDSA 3NF9A 1B9DA 4Z0UA 3LAMA 3TAMA 3OYKA 3TANA 2P1JA 2WONA 1VK0A 4KREA 1W9HA 1DTQA 1L3VA 4FK2A 4CHPA 3RMAA 1BGXT 4GW6A 4KI6A 3LWMA 3K5LA 2HB5A 3ALYA 3HSTB 2HNDA 4IFYA 2FBVA 3VQBA 3O3HA 2PYJA 3VN5A 3FFIA 5CYQA 3HT3A 3KD1E 4DTPA 3QESA 2OYQA 3OVNA 4W5QA 3NH0A 1UA0A 3KK1A 1ZBHA 1S1VA 4LSNA 3VQ6A 3V81A 2Z1JA 3MEDA 4OGEA 1T8EA 3ZT0A 4CEAA 3CQ8A 1RBTA 1X9SA 4FLXA 2FBXA 4FJLA 1NKBA 2G8IA 3ZSZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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5FPNA 4IEIA 3DMJA 1NK9A 1LWFA 4Z4IA 4IEEA 4IBNA 2E2QA 5HRPA 4ICLA 3VEXA 3NCIA 2RE2A 2G30A 1ATRA 2E1YA 3AO4A 4H0YB 2ASOA 1VQLN 1BQNA 5M1QA 4BRCA 3HK2A 1SKRA 1K2YX 1NKCA 2P5GA 2GWKA 3SYZA 2QEXN 1GLBG 2I5WA 4BRHA 1FK9A 2QXFA 4NXMK 4FJKA 1HRHA 4CF2A 1C0TA 2A3ZA 1QQCA 4PY5A 1FJGK 4KHYA 1JKHA 4CFAA 3K58A 1LCUA 4CEFA 5AFUH 2NNWA 4OJRA 2F4VK 4IJAA 1X1PA 4FJGA 3C6HA 1NGAA 5FPEA 1Q9XA 1F21A 1ZC6A 4Q0BA 3CWSA 1RDDA 4N76A 2HZMA 2HF3A 1BI4A 4F2SA 4EFHA 2B4JA 1VQ5N 5FLXO 1T05A 1M1KO 3KK3A 4EHTA 1X3MA 4N56A 1WBDA 2FKMX 4BDPA 3F10A 5J2NA 1IKXA 3OJSA 4OKEA 4BE0A 3H1VX 4ELVA 2FF6A 3KHYA 3O8MA 1VSKA 3AVIA 1HNWK 3GE1A 4LH5A 3LDOA 3PIPL 3CPEA 4JYAK 3L3VA 4XIUA 3OSMA 3SPYA 5AQHA 3UIQA 4NCBA 4WXAA 5CHIA 3RR7A 1VSEA 3CC4N 2HSTA 2KQ2A 2RF2A 5AQKA 1KXPA 3AVGA 1XI1A 1W7AA 2NLXA 1YTAA 1S6QA 3KK7A 4EP4A 3CFOA 4A57A 2FSNA 2Q0RA 5SZTA 4LF4K 4FJ5A 1HKCA 2H3GX 4JI3K 2UXDK 4JD2A 4MLEA 3EE9A 1VQMN 3NDKA 1IKVA 1XUPO 2Z1HA 2Y1IA 1RDWX 4M7XA 4KHUA 1YTFA 1KVAA 4CFFA 3PY8A 4X64K 2W42A 4DSKA 3NHGA 3TTFA 3ZT2A 2O8FB 1DT9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4RG8 A;  4X66 K;  1YJN N;  4CFB A;  4DTN A;  1LW0 A;  5M1K A;  4CK1 A;  3ULE A;  4QCL A;  3QIP A;  2IVO A;  2DFF A;  1LAW A;  1BUP A;  1HJR A;  4JI2 K;  3NH1 A;  3MXM A;  1VQN N;  4A59 A;  4CEO A;  2XHB A;  4B9U A;  3B6O A;  4DR5 K;  4CE9 A;  1QN7 A;  3EE8 A;  3PIO L;  4CGJ A;  4E19 A;  2YCH A;  1TAQ A;  4EAJ A;  3DLG A;  1R0A A;  1K8A O;  2F9W A;  3PX6 A;  4PKG A;  3VQ8 A;  2Y1J A;  4FM1 A;  3DLK A;  3SMS A;  4DLE A;  1SAZ A;  1KAY A;  4M3Y A;  4Y0W A;  3OYA A;  4OKK A;  1VQ4 N;  3WXI A;  4DU3 A;  3G10 A;  3OS0 A;  1TVR A;  4C8O A;  1JLA A;  1RT7 A;  3WNG A;  4M3U A;  1BIU A;  4H0X B;  2HHU A;  2HMI A;  2D0B A;  4BJU A;  3FZH A;  4B9S A;  5HRS A;  4LFA K;  2V52 B;  4FZX C;  3I3W A;  2NOB A;  5JMV A;  2Q97 A;  4FWO A;  2NOZ A;  3KTQ A;  4E7K A;  4WE1 A;  4E0D A;  4O8K A;  1S9G A;  1T6C A;  2GUP A;  2WBN A;  1PCZ A;  2E1Z A;  4DSL A;  2YKM A;  5EVZ A;  3PDK A;  4E1M A;  1YHQ N;  4DTJ A;  1HNV A;  4GVE A;  4AIL C;  1NH2 A;  3EKU A;  1CZB A;  1FXX A;  3QDK A;  3DWL A;  4WZS D;  2P9U A;  4PKH A; 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4PY5A

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