2D0CA

Crystal structure of bst-rnase hiii in complex with mn2+
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
SNYVIQADQQLLDALRAHYEGALSDRLPAGALFAVKRPDVVITAYRSGKVLFQGKAAEQEAAKWISGASASNETADHQPSALAAHQLGSLSAIGSDEVGTGDYFGPIVVAAAYVDRPHIAKIAALGVKDSKQLNDEAIKRIAPAIMETVPHAVTVLDNPQYNRWQRSGMPQTKMKALLHNRTLVKLVDAIAPAEPEAIIIDEFLKRDSYFRYLSDEDRIIRERVHCLPKAESVHVSVAAASIIARYVFLEEMEQLSRAVGLLLPKGAGAIVDEAAARIIRARGEEMLETCAKLHFANTKKALAIAKRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and structure-based mutational analyses of RNase HIII from Bacillus stearothermophilus: a new type 2 RNase H with TBP-like substrate-binding domain at the N terminus
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribonuclease HIII
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 100
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
A PF11858 DUF3378 Domain of unknown function (DUF3378)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 2d0cA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2d0cA02
3I8DA 4M3YA 4OPKA 1QN5A 2PY5A 1YT3A 3E01A 3OYNA 1S9EA 1NJWA 3SI6A 4E3SA 2BDPA 3OYJA 4FK2A 1CLQA 5KGWA 4DSJA 1RTJA 2HVHA 1LW0A 3PO4A 1QNEA 4CEOA 3OYAA 2YHAA 3ZSVA 1J9AA 2FBTA 4CK1A 3KKSA 3ZT2A 2YV0X 1QTMA 2A1SA 2I5JA 4PA1A 1ZBUA 4RW6A 3KK1A 3OS2A 3SPZA 5FDLA 4FLWA 3S3OA 2HHTA 3SUPA 2FBXA 4BWMA 5DMRA 3OYDA 1NK7A 1WSGA 3CYMA 2G8FA 4LY7A 3EIKA 1IH7A 1BIZA 4M41A 3PX6A 1NJXA 3KK2A 2DTUA 1SKWA 4KB1A 4F4KA 3HP9A 3DLGA 3NH2A 5J2PA 4KRFA 4RW8A 3G0ZA 3S3MA 5K14A 4BE2A 3AO2A 4Q5VA 5I3UA 2A1RA 4CJUA 3QIPA 1KCFA 4CFDA 3OYIA 4BDYA 3SYZA 5C24A 4ELVA 4KHQA 3DRRA 3WNFA 3RMBA 1KLNA 2YKNA 4FJHA 4AH9A 4CJTA 4DU1A 4BE1A 1RT5A 2YNIA 5DK5A 4CJLA 3KLGA 2DFEA 3M8SA 1IKXA 1G15A 2JLEA 4DTUA 1QNAA 4C8OA 1NKCA 1VOKA 3NFAA 1IKWA 2IS3A 1YTAA 3AVFA 4CHQA 4CJKA 3TABA 2PZSA 4FZZA 2OPPA 4JS4A 2F8TA 3ZSXA 4B9SA 2IC3A 3DM2A 4DLEA 4FJGA 3DLEA 1ASWA 2IAJA 1JL2A 3V9UA 1NK0A 3ZSZA 3DRPA 1MP9A 4NYNA 3SNNA 3ZT3A 4PUOA 4OPJA 1D5AA 5C42A 4B9NA 3AA5X 3EY1A 4CEEA 1RDBA 1EKEA 3ALYA 3HPGA 2ATQA 5J2QA 3NCIA 5KRSA 3KLHA 2KQ2A 2Q3SA 3L3UA 4DTRA 1L3UA 1B9KA 2NUBA 2X78A 4M3TA 4Z4GA 1HJRA 1LW2A 4J2DA 4HUEA 1U47A 1VTOA 3QEIA 1KY6A 1QN9A 1JLBA 1KVBA 3MEDA 3ITHA 1YVUA 5CYMA 3VQ4A 4CJ3A 3AV9A 4CJQA 4DU3A 4F3OA 3VQ7A 2X6NA 2D5RA 1UOCA 4N76A 2EX3A 4M3ZA 3TANA 4DWIA 3LP3A 3NH1A 3P5JA 4W5TA 3L2WA 1QN8A 1RBSA 4B8AB 2HNDA 3UIQA 1X9MA 3K59A 3QNNA 4CHZA 4KPYA 3L8BA 4N41A 1VSFA 4ELTA 4YFUA 1ZBFA 4E19A 4LH4A 3BDPA 2LSNA 2BANA 1SL2A 4KB0A 1FKOA 4ROCB 3AA2A 3DLRA 2XHBA 2QKKA 4OLAA 4H4MA 1BISA 4IG3A 3V1OA 3ZSOA 3OYMA 1GOCA 1L3VA 4CGFA 3OYGA 4IKFA 1C1AA 4Z4CA 4Z4EA 2HHQA 3SPYA 4W5OA 1JL1A 2DFFA 3TR8A 5JS1A 2D0CA 1NGMA 1VSJA 1I39A 5E41A 3QEVA 1UA0A 1Q9YA 3C6UA 3MECA 3IAYA 5CYQA 1X1PA 1A5WA 2DY4A 2XY6A 3LWLA 4CCHA 4JLHA 2ZD1A 4CJ4A 3K2PA 4N56A 3CM6A 1BQNA 1KYUA 4O0IA 4UQGA 3PO5A 3OYBA 1J5OA 3K5LA 1R0AA 1RBVA 1KSPA 3H1ZA 3VQ5A 1T03A 2B6AA 4B3OA 1J53A 5CZ1A 3M8QA 4CHPA 4IDKA 3B6PA 1TKZA 3SUOA 4Z4IA 1B9DA 4AHCA 2PYLA 1TAQA 3MXJA 1S1UA 1LWEA 2OPSA 2IOCA 3SUNA 4FZXC 1S1WA 3O4QA 4CESA 1RT1A 3O3FA 4E1MA 4BACA 4DTNA 1WN7A 5T7BA 3IS9A 2G8HA 2O4IA 3ASMA 4CEZA 1NOZA 1DLOA 4ID1A 4EP5A 3QETA 1VSKA 1HYSA 1KFDA 3LP1A 4FJJA 1QTPA 1VSLA 3LANA 4CJSA 4DU4A 4CGJA 2HHWA 1IG9A 3P1GA 3ZT4A 4M3UA 3L2UA 1SKSA 2WONA 4E7IA 3CFRA 4AILC 4GMJB 3OYLA 4FYDA 5HRPA 3CM5A 4DTPA 1RT4A 3TAFA 5HLFA 4Y1DA 4K8ZA 4N5SA 2DFHA 3K58A 4KTQA 1RDCA 4KHUA 1Z26A 4DG1A 3QEWA 1LV5A 2Z1HA 3SZ2A 2KFNA 3CFOA 3M8PA 4Z4HA 4BE0A 1VK0A 1XC9A 3SV3A 2HHUA 4W5NA 4FK0A 2KW4A 4QOZB 4KI6A 1HQUA 2OA8A 3VQ9A 3AO1A 3NHGA 3U6FA 4DQRA 4FJ9A 1HYVA 3A2FA 2KTQA 2QXFA 3DYAA 3SJJA 2FC0A 1HNVA 3VA3A 4B9MA 2D0BA 1WAJA 2RKIA 2OZSA 4LSLA 1D8YA 1W0HA 1NH2A 4YNQA 3K5OA 3LZIA 1FK9A 3C95A 4OGCA 4B08A 2IV9A 4DMNA 1D3UA 1TV6A 2HHXA 5J1EA 3RMCA 1PZDA 4RW9A 4FM1A 4DSKA 4CHNA 4B0AA 1ZBIA 4FJ5A 5HRRA 1U45A 2HHVA 3KIOA 4HCCA 3IG1A 1REVA 3V6DA 4FJLA 1QN3A 4LSNA 4DSEA 3D0PA 5D3GA 1U49A 4KTWA 1WSFA 3CFPA 5IYBP 1JXBA 3RMDA 1TAUA 4CEBA 1VSHA 1NKBA 1EX4A 2HW3A 3NF7A 2VG7A 4CHOA 2P51A 2XRIA 3O4NA 4BWJA 3V1QA 4FLUA 2XY7A 1W9HA 3THVA 1WSHA 1IKYA 4AHRA 3HXMA 4F8RA 5HP1A 3VQBA 4NCGA 4F2SA 3HJFA 1BGXT 3V9ZA 1HQEA 3TAEA 4KV8A 3MXIA 3ZSQA 5HRNA 4HTUA 1VOLB 1RBUA 3DLKA 3WNHA 1TVRA 1UA1A 4B9LA 2IV8A 4OJRA 4OLBA 1TKXA 3QINA 1CXUA 4HUFA 3HK2A 2HVIA 4F2RA 2KZMA 2B4JA 4OKJA 4RG8A 4M3XA 3K57A 1HMVA 2W42A 1GOBA 4CECA 4KREA 1XHZA 3KLIA 2ZE2A 2VG6A 1S1VA 3ZSRA 4CJFA 4FLZA 3HL8A 3PUFA 3ZSYA 4ELUA 3PY8A 4Y1CA 1S1XA 4DTMA 4I2QA 1IO2A 4JS5A 3OC3C 1K6YA 4OVLA 4O5BA 1QNCA 1X9WA 4I7FA 1BCMA 1NOYA 1T05A 1KYDA 3QEXA 3QIOA 3LDSA 1RNHA 4FJIA 3AVJA 3HS9A 3FFIA 1PCZA 4O4GA 3TAPA 1LWCA 3SQ2A 1RM1A 1JLGA 2F96A 3PX0A 4NYFA 4W5RA 1EXQA 1TKDA 1JFIC 4ZHRA 2KFZA 1TKTA 4ZTJA 2OPRA 3I0RA 3AVKA 4O55A 3T19A 1TK0A 3RRGA 1NJZA 3V9XA 1WNSA 4MFBA 1HRHA 2RF2A 4LD0A 3V81A 1R4XA 4J2BA 2WOMA 4CJRA 3HP6A 3HVTA 4DTJA 2GUIA 1QHTA 3QERA 1S5JA 4CIEA 1VSMA 1C0UA 4KAZA 1EP4A 1FXXA 4CF9A 3ZT0A 1UAXA 1VSDA 3AVMA 3S3NA 1RTDA 4C8LA 1KY7A 1NKEA 1U04A 3LP0A 3VQQA 1VTLE 2O4GA 3O3GA 1KVAA 3M8RA 1D9DA 4FJXA 2KZZA 3K5NA 1NJYA 5FRMA 1NK4A 4MQ3A 1Y97A 1Z25A 2EHGA 5KRTA 3LPUA 3BGRA 4CGGA 3OYCA 2OPQA 2HNZA 2G30A 4BDZA 2VG5A 4WZSD 1ZBHA 1U48A 4KO0A 4DSLA 1LAWA 2G8WA 3NF8A 1JLFA 4DTSA 1Q9XA 4DF8A 4E7LA 4Z0UA 1N6QA 1D9FA 3DLBA 4I9LA 3QNOA 3ZT1A 4DFKA 1TBPA 1X9SA 1RTHA 4C8KA 4CJ5A 4B9VA 3OS0A 1TL1A 2X6SA 4AHSA 3PV8A 1VSEA 1O1WA 4CEFA 1BQMA 3QEPA 1EETA 1RDDA 4H4OA 4M3WA 4PY5A 4AHUA 2G8VA 1JLQA 4HUGA 3HSTB 3L2QA 1RCHA 3LWMA 3TARA 4CFAA 5KI6A 2YHBA 4GW6A 2ETJA 4IG0A 4B8CA 1DTQA 4EP4A 4J2EA 3SQ4A 4QCLA 4LH5A 3CQ8A 3O3HA 3HPOA 1A5VA 3HPHA 4KTZA 1QTSA 2Z1JA 3MXMA 1B92A 3F9KA 3RWUA 3DOLA 4AHVA 3VA0A 2P5OA 4C8MA 1TGOA 3OYHA 2E6MA 2XY8A 1KYFA 1QQCA 4DTXA 4CF8A 3JSMA 4FM0A 3MAQA 1HYZA 3G10A 4IBNA 2Z8UA 1CZ9A 1KTQA 4E89A 4E0DA 3DOKA 2Z1GA 4ZTFA 1WSJA 3LP2A 4EZ9A 3AVLA 5SWMA 4JRPA 3D45A 1SL1A 4NCBA 3HT3A 4E7JA 2HNYA 2HB5A 3AO5A 3AVHA 3NH0A 1C1CA 1JKHA 4FLXA 1QN4A 3NF6A 5C25A 1KLMA 2Y1JA 4DF4A 3RR8A 3OY9A 4F3TA 3NBPA 1LWFA 4HVJA 3RR7A 1S9GA 3KD1E 3HS8A 4RW4A 4E7HA 4JRQA 4M45A 2OYQA 1BI4A 1C0MA 3DLHA 3VQAA 5FROA 3U3GA 1W80A 4KHNA 1WSEA 1JLEA 3WNEA 3OS1A 2MJ7A 1BCOA 1LAVA 4CE9A 4CGIA 3KLFA 2ZQBA 4KHWA 3ZCMA 1I3AA 1S1TA 4FZYA 3ISNC 3NDKA 4HCBA 3VN5A 3VQ8A 2RPIA 3OCIA 3I0SA 2D0AA 3OVNA 4CF0A 4CJEA 3QESA 2BE2A 1JLAA 5HROA 4DQQA 1L3TA 3WNGA 1A5XA 3AVBA 4DLGA 4TSXA 1RT2A 3DRSA 1TK5A 3DI6A 3OYKA 2HHSA 5CY4A 4FCYA 4DSFA 2HMIA 1ASVA 1C6VA 1RILA 2IGIA 4Z4FA 1C9BB 5HRSA 5J2MA 1HPZA 1U4BA 4O44A 3HO1A 1MU2A 5SZTA 1ZYQA 3KTQA 4K8XA 4FVMA 4CEAA 4DS5A 3L3VA 4FXDA 2F8SA 2R7YA 4RW7A 4AHTA 3KJVA 2BGGA 2QK9A 1NVPA 1CXQA 4IFVA 3ULDA 1NK9A 3OJSA 3SV4A 3VQCA 1S6QA 3AVAA 1SKRA 1XWLA 2P1JA 4CJVA 4J2AA 3V4IA 1TL3A 1FKPA 1QS4A 4FLYA 1BL3A 1J54A 4CEDA 4CFCA 3SUQA 2OZMA 4Q0BA 4FLVA 3NGYA 1VRUA 4FW2A 4CK3A 5JS2A 2B5JA 1BHLA 2AJQA 2E4LA 2GBZA 2YKMA 4KKOA 3TAQA 1VRTA 3DMJA 2G8IA 4L8RB 3OJUA 4CERA 1QSLA 3V9WA 4PWDA 4G1QA 1S6PA 3TAMA 4FK4A 3C6TA 1TK8A 3K5MA 3B6OA 1SV5A 3NAEA 5I42A 1KRPA 1E42A 4PQUA 4FJNA 1YTFA 3EZ5A 4H8KA 1RTIA 1RT7A 3VQ6A 3NGIA 2Y1IA 4CF1A 1C1BA 1SUQA 1XHXA 3QO9A 3OYEA 2QKBA 2E6LA 3LPTA 1RBRA 5HBMA 1BI4B 4ICLA 3TAGA 4KHYA 5FRNA 3VQEA 1RBTA 1ZBLA 2YNHA 1JLCA 4DFMA 4W5QA 4E7KA 4E1NA 2Z1IA 1QSSA 3TI0A 4DTOA 1CZBA 3AVNA 4CJPA 3L2RA 4ROEB 3MEGA 4QAGA 2VWJA 2G8UA 4DQSA 4C8NA 3T1AA 4DS4A 4N47A 4CIFA 4CFBA 4WE1A 5EU7A 4CGHA 3EYZA 4KI4A 3KKRA 4CF2A 3KK3A 1C0TA 1WAFA 4B9UA 1UWBA 2RN2A 1WLJA 3LALA 3HM9A 4RODB 3AO3A 1IKVA 1ITGA 3HVRA 3NE6A 4XIUA 2P5GA 3RRHA 1RT6A 3V9SA 2GV9A 3U3YA 4KHSA 1F21A 5KTQA 3PX4A 2YNGA 2IDOA 1YTUA 3NF9A 4FW1A 4CIGA 3RTVA 5IYDP 1NK5A 2FBVA 5J2NA 1KVCA 4DQIA 2YNFA 1VSIA 1QSYA 3LZJA 4B9TA 3VQPA 4CJWA 3AVIA 3T3FA 4OKEA 4CK2A 4DFJA 2X74A 3LAKA 3F73A 3RMAA 4R5PA 1TBAB 1TGHA 4CHYA 1GOAA 1T7PA 4CEQA 4EZ6A 3P83D 3SQ1A 4FJMA 3ZSWA 4ID5A 2JGUA 4OGEA 4GVMA 1KFSA 3OYFA 3NGZA 1T8EA 2PYJA 1XI1A 3AVGA 3KLEA 1L3SA 1QN6A 3CG7A 3AA4A 4I2PA 4IFYA 3VQDA 4FLTA 5KGXA 5IYCP 3SQ0A 2FBYA 5CZ2A 4CGDA 4HHTA 4FM2A 4FJ8A 3QLHA 4O0JA 2XO7A 3IRXA 4DSIA 3AA3A 1ASUA 2G8KA 1B9FA 1HNIA 4DFPA 4BDPA 1L5UA 4M3RA 1WSIA 3MEEA 3H08A 3JYTA 1N5YA 3AVCA 4KFBA 1BIUA 4FJ7A 4DQPA 2VWKA 3HYFA 1NK6A 1Q8IA 3KD5E 2VJ0A 4OKKA 2XY5A 3S9HA 1QNBA 1QN7A 4NCAA 3C94A 3AO4A 3LAMA 3L2VA 1SL0A 4FJKA 4I9QA 1DTTA 4M42A 1NK8A 1JXEA 3SCXA 1RDAA 1YTBA 2ITGA 1QE1A 1CDWA 3TWHA 3V1RA 1RT3A 1AISA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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