2D0CA

Crystal structure of bst-rnase hiii in complex with mn2+
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
SNYVIQADQQLLDALRAHYEGALSDRLPAGALFAVKRPDVVITAYRSGKVLFQGKAAEQEAAKWISGASASNETADHQPSALAAHQLGSLSAIGSDEVGTGDYFGPIVVAAAYVDRPHIAKIAALGVKDSKQLNDEAIKRIAPAIMETVPHAVTVLDNPQYNRWQRSGMPQTKMKALLHNRTLVKLVDAIAPAEPEAIIIDEFLKRDSYFRYLSDEDRIIRERVHCLPKAESVHVSVAAASIIARYVFLEEMEQLSRAVGLLLPKGAGAIVDEAAARIIRARGEEMLETCAKLHFANTKKALAIAKRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and structure-based mutational analyses of RNase HIII from Bacillus stearothermophilus: a new type 2 RNase H with TBP-like substrate-binding domain at the N terminus
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribonuclease HIII
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 100
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
A PF11858 DUF3378 Domain of unknown function (DUF3378)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 2d0cA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2d0cA02
1SL1A 1NOYA 1RT1A 3K5NA 1LWFA 3RMAA 3DRRA 3QEXA 2KZZA 1JL2A 2EX3A 3ZSYA 1QNEA 1QE1A 1R4XA 1I3AA 2FBYA 1S1WA 4OVLA 4CEZA 1D9FA 3IRXA 3LZIA 2G8HA 4B9UA 3MEEA 3DI6A 4CF9A 4HHTA 4F2RA 4J2EA 3HSTB 4FM0A 1S1UA 1LAWA 4OJRA 3THVA 3SJJA 1QTPA 1PZDA 2DFHA 2YNGA 3AVLA 3S3MA 1Y97A 2IC3A 1LV5A 1EKEA 2KFNA 1QSLA 3AO4A 4CK2A 5K14A 3AVHA 3LP2A 1RTDA 4FJ8A 4BE2A 4QOZB 1NH2A 1QN5A 1W9HA 3T19A 1RBUA 1WAJA 5C25A 1RBVA 1CZBA 1C6VA 3L2QA 2LSNA 4FM1A 5HP1A 1HPZA 4BWMA 5KTQA 4CGIA 4CFBA 1ASVA 3C6TA 2OPRA 3C95A 1D3UA 5KI6A 3DLKA 3K59A 2AJQA 3VN5A 3QEIA 4LY7A 5FDLA 4CJ3A 3DLGA 4GW6A 1VSKA 3OYKA 4O55A 3HPOA 3JYTA 5J2PA 1X9WA 4E0DA 1JXEA 1VOLB 3LZJA 3NAEA 3NBPA 2PZSA 1BL3A 4KKOA 4FLWA 4CJLA 2QK9A 2HHXA 4E7JA 3WNGA 3AV9A 4FW1A 1A5WA 3RMDA 4O0IA 3M8RA 1HYVA 1HMVA 4LSNA 1SKSA 1NKCA 4L8RB 1HYSA 1U04A 5KRTA 4MFBA 1BIUA 1G15A 2YNIA 5CYQA 2HHVA 2OZMA 4F3OA 5FROA 5HRNA 3V1QA 3P1GA 4BWJA 1T7PA 3RR8A 4DSLA 1IKWA 3T3FA 3TAPA 3ZSVA 3NF6A 3OYIA 1U47A 4DWIA 4DS5A 4J2DA 3AO5A 2FBTA 1QTMA 3PY8A 3LWMA 3OYGA 1NK0A 4DSJA 4FJJA 1I39A 4WE1A 4Y1CA 4CECA 4IFVA 3OS0A 1B9FA 3KJVA 1TL1A 5HBMA 1BCOA 3AO3A 3F73A 2G8IA 3KD5E 3KK2A 4CHZA 4FLUA 4CCHA 4F8RA 3AO2A 1TKZA 4E1MA 3PUFA 4CHYA 3ZSZA 4AHRA 4N5SA 1YTAA 3PX6A 3O4QA 5EU7A 3O3HA 1O1WA 1FK9A 4YFUA 1TAQA 3NE6A 4KHWA 3CQ8A 4CE9A 4PY5A 2HVHA 1U49A 3CFPA 1RDBA 4CJEA 5J2NA 3RTVA 4CERA 3KLIA 2WONA 4RODB 1VK0A 2OA8A 3OYEA 4LH4A 4HUGA 3WNHA 1RTIA 4KTQA 3VQEA 4OGCA 3QEPA 1EETA 3AVCA 3AVFA 3HPGA 1KY6A 3VQ7A 4W5TA 4DFMA 2XY7A 5C24A 3HT3A 3AVIA 4CJTA 3HS9A 1JL1A 3NH1A 4JLHA 3OYLA 1MU2A 5KRSA 3ZSOA 2XY8A 4OKKA 2G8WA 1NKBA 4HUEA 4FK4A 4DQSA 2XY6A 4B9TA 4KI6A 3OC3C 3C94A 3AA3A 4FJHA 1JLFA 1RT6A 2VG5A 3IAYA 3V9XA 3SUPA 4QCLA 3NCIA 1RNHA 1S9EA 4ZHRA 4KTZA 1VRTA 5HRRA 3PO5A 1W0HA 4KB1A 2DY4A 4CGDA 1BCMA 2Z1GA 4FLVA 1XI1A 2OYQA 3KLGA 4FJ5A 4FJXA 5CZ2A 3TI0A 1RT4A 1QTSA 3QEWA 4CEDA 1TK8A 3ZSQA 4KV8A 4FZZA 2X74A 4KRFA 4AH9A 3O3GA 3KIOA 2ITGA 4DTNA 3ALYA 2RKIA 3OYJA 1F21A 3V1OA 3H08A 4FJMA 3VQ4A 1W80A 3V1RA 4CGGA 4KHYA 4ELUA 3NH0A 3I0RA 3BDPA 3HK2A 2FBVA 3M8QA 2X78A 4NYNA 4FM2A 4KAZA 1J53A 1U45A 4E7HA 1UA0A 2Z1IA 3HP9A 3AVNA 3KKSA 1KLMA 1VSMA 5CY4A 1BI4A 3DLRA 3SQ4A 3SNNA 2YHBA 5HRPA 5JS2A 4RG8A 1LWCA 1B9KA 4I2QA 1QNCA 2JGUA 3QESA 2A1RA 1NK6A 3F9KA 1WN7A 1JLQA 3L3VA 4B9SA 1VTOA 3L3UA 1TGOA 4CJ5A 3E01A 4KPYA 2X6NA 4BE0A 1TAUA 4C8NA 3LAKA 4DMNA 3OYCA 1Z26A 4AHTA 3OYFA 3TAMA 1LAVA 3K57A 3LP0A 1IKVA 4IDKA 3MEGA 3NH2A 3OS1A 4B9LA 5JS1A 3OCIA 3EIKA 1WNSA 4DQQA 5HROA 3RRGA 4FZYA 3SUOA 4DF4A 4FXDA 4RW9A 4CJRA 3MAQA 1QNAA 1TKXA 3VQCA 3HVTA 3HVRA 3EZ5A 1X1PA 1FKOA 4KFBA 2HNYA 3NGZA 2IAJA 3ZSRA 4FK2A 4K8ZA 4ELTA 3OYMA 2YNFA 2HW3A 2EHGA 2VWJA 5HLFA 1HJRA 3LP3A 4M41A 3IS9A 3UIQA 4W5OA 3AA2A 1VSIA 1RDDA 4DQPA 1JLEA 1JFIC 4OPJA 3RMCA 1RM1A 4FJLA 4I2PA 4CEOA 1RBRA 2FC0A 3MEDA 4HUFA 3KLHA 3KK3A 3AVKA 1RDCA 4RW8A 1C1BA 4FLXA 3OY9A 1HQUA 3SV3A 1KFDA 2ZE2A 3LP1A 5T7BA 3KLFA 1RTHA 4FLZA 1KTQA 2YNHA 4N56A 4CJUA 3V9SA 1C1CA 1LW0A 3SQ1A 3S3NA 3SQ0A 3A2FA 4DTSA 1VSFA 3ASMA 1EX4A 3IG1A 1B9DA 3OYNA 3HJFA 4CF2A 3L8BA 1VSHA 2Z8UA 1K6YA 3V9UA 4BDPA 3KTQA 3I0SA 1DLOA 3EY1A 4E7LA 4FK0A 1T8EA 5SZTA 3U3YA 1TGHA 2GV9A 1C1AA 1ZBIA 1SKWA 4FW2A 3AA5X 1SL0A 2JLEA 4EZ9A 3SQ2A 3S3OA 1WSIA 3LPTA 1VSLA 4BDZA 1BQNA 4R5PA 3RRHA 1FKPA 1NK8A 4TSXA 4DQRA 4B9VA 1KVCA 2YV0X 4RW6A 3VQ6A 3SUNA 1RBTA 4OKJA 4C8MA 4M3WA 2YHAA 4EP5A 4ID1A 1R0AA 1BI4B 3L2WA 2D5RA 1DTTA 4IFYA 5SWMA 3O3FA 2P5OA 1WSHA 2ZQBA 1S1TA 2G8FA 4DTPA 4CJWA 4E1NA 1TBAB 1YT3A 2XHBA 3TAGA 3SYZA 1KCFA 4H4OA 4CEFA 4DU1A 4KB0A 4M3ZA 4CJKA 2HHTA 3L2RA 1N6QA 4OLBA 4DU4A 1IG9A 4DTJA 1BIZA 3HM9A 3OVNA 2P5GA 3AO1A 1S6QA 3QNNA 3BGRA 1NK9A 4NYFA 3TAFA 3HXMA 3K58A 4DTRA 1J54A 3AVBA 2HMIA 2Y1IA 1U48A 1KRPA 4FZXC 1CLQA 1RDAA 3HP6A 1ASUA 5J2MA 1B92A 2P51A 3K2PA 3HL8A 1QN9A 2IV9A 4CGFA 3SPZA 4J2BA 1JXBA 4CHPA 3MECA 4LH5A 5CYMA 1WAFA 3T1AA 4CF8A 4UQGA 4FJIA 3DMJA 1U4BA 4E19A 2E4LA 5I3UA 3TANA 2IOCA 1J9AA 1BQMA 1TV6A 3TAEA 1WSFA 1KSPA 4Z4HA 5J1EA 4C8OA 1RT3A 4DFPA 2D0BA 3ZT2A 2PYLA 4MQ3A 1T03A 1NJXA 1RTJA 1ZBUA 4CK1A 2B4JA 1D5AA 1QQCA 1QS4A 2HB5A 4IG3A 1S1VA 4O5BA 4DFKA 5I42A 1DTQA 1REVA 4AHVA 3V9WA 4DTOA 1GOAA 1VOKA 1ZBFA 1HRHA 1WSJA 1BHLA 3CM6A 3QIPA 3AVAA 3QERA 1SL2A 2QKKA 1YTBA 1KYFA 2DTUA 1JLGA 4FVMA 4M45A 3MXMA 1UOCA 2X6SA 3DM2A 1CDWA 5E41A 4PA1A 3ULDA 3M8SA 1Q9YA 4OKEA 2O4GA 4IBNA 1NGMA 3LALA 1KFSA 4KHUA 2D0CA 1Q8IA 3OYHA 4FJGA 2KZMA 4GMJB 4CIGA 3V4IA 2HHWA 1S9GA 2IS3A 4H4MA 2VG7A 4QAGA 4DS4A 3NFAA 1L3UA 4FJ7A 4B3OA 3DYAA 1ASWA 1VTLE 1YVUA 3NF9A 2PY5A 2OPQA 4E7KA 3L2VA 3MXJA 5FRNA 4DTUA 1XHXA 2I5JA 3ZSWA 1KVAA 3OYBA 4NCAA 3AVMA 4JS5A 5DK5A 3PV8A 2Q3SA 1HNIA 2MJ7A 4Z4IA 4CF1A 3NGYA 1S1XA 4DTMA 4BDYA 4FCYA 4AILC 4M42A 3LWLA 2HVIA 4CGHA 1TVRA 3V81A 1TKDA 4AHCA 1C9BB 3VQBA 2Z1JA 4C8KA 1LWEA 4M3YA 2F8SA 2PYJA 4M3RA 2KW4A 3TAQA 4DG1A 1QSSA 4Y1DA 4CJFA 4PQUA 4CFCA 4JS4A 4BE1A 1CXQA 1VSEA 4LSLA 1HQEA 3V9ZA 2BE2A 1FXXA 4ROEB 1JLBA 4B9MA 4JRPA 2G8KA 2OZSA 1ITGA 1IH7A 1WSGA 2IDOA 2XO7A 4Q0BA 3H1ZA 1KY7A 1IO2A 3VQ5A 4DFJA 2IV8A 4ZTFA 1RT5A 4IKFA 1RILA 4CFAA 1QSYA 1Z25A 4Z4FA 4W5RA 4DLEA 3VQQA 3RMBA 3B6PA 4DF8A 3WNEA 1QNBA 2B5JA 3K5OA 3VQDA 3ZCMA 4CJQA 4F2SA 4J2AA 1T05A 2Z1HA 3DLBA 4B8AB 4Z4EA 3HO1A 3DRSA 1XWLA 2IGIA 1NJZA 4I9QA 4F3TA 1LW2A 4CEAA 3SZ2A 4Z0UA 4CEBA 3V6DA 4RW4A 2VJ0A 1RCHA 3RWUA 4K8XA 2GBZA 3NGIA 1HYZA 2FBXA 3CFRA 1XHZA 1L5UA 1J5OA 4H8KA 3DLEA 4CFDA 1EP4A 2OPSA 2ETJA 3SCXA 2R7YA 1KVBA 4CHQA 2HHQA 4W5QA 2B6AA 3D0PA 2E6LA 4FJKA 1AISA 5KGXA 4KHQA 3QLHA 3FFIA 4ICLA 3U3GA 4AHUA 3ISNC 3LANA 1JLCA 4O4GA 2DFEA 3B6OA 4AHSA 4CJVA 1QN7A 3KD1E 1NVPA 4YNQA 1NK7A 4PWDA 3HS8A 2RF2A 5C42A 4ID5A 4BACA 1JKHA 4HCBA 4OLAA 1TL3A 4WZSD 1S5JA 4CIFA 3TWHA 1BGXT 5CZ1A 5IYBP 4OGEA 4ELVA 3DOLA 3VQ9A 3KK1A 1NKEA 3QIOA 2OPPA 1Q9XA 2BANA 3AVGA 1NOZA 4N47A 3WNFA 3K5LA 1E42A 3SI6A 2HHSA 2VWKA 3HPHA 4CIEA 2BDPA 4NCBA 3C6UA 1EXQA 3AA4A 4E7IA 3RR7A 1CZ9A 2W42A 3VQAA 4F4KA 4W5NA 2QXFA 4HTUA 4DSIA 4M3XA 5HRSA 3DOKA 2E6MA 3L2UA 4FJ9A 1PCZA 3NF7A 1C0MA 4B08A 3SV4A 3CYMA 4JRQA 2Y1JA 1WSEA 4CK3A 3QEVA 1UA1A 1ZYQA 1D9DA 3DLHA 1TK5A 1VSJA 4KHNA 4DLGA 4CJSA 3D45A 4O0JA 3ZT4A 3OJUA 2HNZA 3JSMA 2XY5A 3SUQA 4GVMA 2GUIA 3OYDA 3AVJA 3M8PA 1L3VA 4I9LA 1UWBA 3KKRA 4HVJA 4XIUA 1L3SA 2A1SA 1UAXA 4M3UA 2F8TA 2G8UA 2G30A 5IYCP 1S6PA 2WOMA 3CFOA 3LDSA 1BISA 2RN2A 3HYFA 3ZSXA 1TK0A 3VA0A 3QETA 1SKRA 1QN4A 3PX0A 1ZBLA 4FYDA 4CHNA 4CHOA 1X9SA 3NDKA 2HNDA 4RW7A 4CEEA 3MXIA 4N41A 3U6FA 2G8VA 3NHGA 1XC9A 4C8LA 1A5XA 4CGJA 3EYZA 2QKBA 3LAMA 3G10A 3QO9A 1NJYA 4CEQA 3TABA 5FRMA 3SPYA 1YTFA 1IKXA 4N76A 2HHUA 3ZT1A 4DQIA 1NK4A 3QINA 4FLTA 2BGGA 4B9NA 2F96A 4ROCB 1RT2A 3VQ8A 2XRIA 4ZTJA 3O4NA 4OPKA 1TKTA 4B8CA 3KLEA 3QNOA 3S9HA 2O4IA 4KTWA 4EP4A 1NJWA 4CJ4A 2P1JA 3CM5A 1C0TA 1KYDA 2VG6A 1SUQA 1RT7A 4HCCA 1VSDA 3K5MA 1L3TA 1MP9A 5J2QA 2DFFA 2NUBA 3ZT0A 4CF0A 4CJPA 1GOBA 4DSEA 1RBSA 4NCGA 2RPIA 2YKNA 1IKYA 2YKMA 4EZ6A 4B0AA 1HNVA 4CESA 3LPUA 4Q5VA 4KO0A 5D3GA 3OS2A 1N5YA 4FJNA 1ZBHA 3NF8A 1KLNA 4KHSA 4G1QA 1VRUA 3P83D 3I8DA 1D8YA 1GOCA 5IYDP 1C0UA 4E3SA 1YTUA 1QN8A 1QHTA 1TBPA 3ITHA 3TR8A 3TARA 4M3TA 1KYUA 2D0AA 3P5JA 4DTXA 4DSKA 1QN3A 4PUOA 2KTQA 1WLJA 4LD0A 3VQPA 3G0ZA 2ATQA 3DRPA 3VA3A 4FLYA 1X9MA 4O44A 4Z4CA 2KQ2A 3CG7A 3OYAA 3OJSA 4IG0A 4KREA 3PX4A 1JLAA 1A5VA 4I7FA 4E89A 5KGWA 5DMRA 1NK5A 4DU3A 4KI4A 4DSFA 4Z4GA 1CXUA 2KFZA 3PO4A 3ZT3A 1SV5A 2ZD1A 1QN6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1ZBL A;  4FYD A;  4CHN A;  4CHO A;  1X9S A;  3NDK A;  2HND A;  4RW7 A;  4CEE A;  3MXI A;  4N41 A;  3U6F A;  2G8V A;  3NHG A;  1XC9 A;  4C8L A;  1A5X A;  4CGJ A;  3EYZ A;  2QKB A;  3LAM A;  3G10 A;  3QO9 A;  1NJY A;  4CEQ A;  3TAB A;  5FRM A;  3SPY A;  1YTF A;  1IKX A;  4N76 A;  2HHU A;  3ZT1 A;  4DQI A;  1NK4 A;  3QIN A;  4FLT A;  2BGG A;  4B9N A;  2F96 A;  4ROC B;  1RT2 A;  3VQ8 A;  2XRI A;  4ZTJ A;  3O4N A;  4OPK A;  1TKT A;  4B8C A;  3KLE A;  3QNO A;  3S9H A;  2O4I A;  4KTW A;  4EP4 A;  1NJW A;  4CJ4 A;  2P1J A;  3CM5 A;  1C0T A;  1KYD A;  2VG6 A;  1SUQ A;  1RT7 A;  4HCC A;  1VSD A;  3K5M A;  1L3T A;  1MP9 A;  5J2Q A;  2DFF A;  2NUB A;  3ZT0 A;  4CF0 A;  4CJP A;  1GOB A;  4DSE A;  1RBS A;  4NCG A;  2RPI A;  2YKN A;  1IKY A;  2YKM A;  4EZ6 A;  4B0A A;  1HNV A;  4CES A;  3LPU A;  4Q5V A;  4KO0 A;  5D3G A;  3OS2 A;  1N5Y A;  4FJN A;  1ZBH A;  3NF8 A;  1KLN A;  4KHS A;  4G1Q A;  1VRU A;  3P83 D;  3I8D A;  1D8Y A;  1GOC A;  5IYD P;  1C0U A;  4E3S A;  1YTU A;  1QN8 A;  1QHT A;  1TBP A;  3ITH A;  3TR8 A;  3TAR A;  4M3T A;  1KYU A;  2D0A A;  3P5J A;  4DTX A;  4DSK A;  1QN3 A;  4PUO A;  2KTQ A;  1WLJ A;  4LD0 A;  3VQP A;  3G0Z A;  2ATQ A;  3DRP A;  3VA3 A;  4FLY A;  1X9M A;  4O44 A;  4Z4C A;  2KQ2 A;  3CG7 A;  3OYA A;  3OJS A;  4IG0 A;  4KRE A;  3PX4 A;  1JLA A;  1A5V A;  4I7F A;  4E89 A;  5KGW A;  5DMR A;  1NK5 A;  4DU3 A;  4KI4 A;  4DSF A;  4Z4G A;  1CXU A;  2KFZ A;  3PO4 A;  3ZT3 A;  1SV5 A;  2ZD1 A;  1QN6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RT1 A;  3K5N A;  1LWF A;  5KPR A;  1Z05 A;  1JL2 A;  4BRF A;  1P90 A;  4OVL A;  3WQT A;  3ZX3 A;  3DI6 A;  3VGM A;  4F2R A;  4J2E A;  3O4W A;  5BMP A;  3SJJ A;  4CK2 A;  5K14 A;  2QWP A;  1DIZ A;  3T69 A;  1RBV A;  5KQ8 A;  1C6V A;  1VQ8 N;  1LWW A;  2YJF A;  1YQK A;  1ASV A;  2OPR A;  3C95 A;  1D3U A;  3R6M A;  4B1W B;  3K59 A;  3CMA N;  3OBY A;  4CZM A;  1PCM X;  1VSK A;  4O55 A;  2ZJR L;  4E0D A;  3C0B A;  5DM7 L;  1BL3 A;  4KKO A;  2A40 A;  3LDL A;  4CJL A;  5C2F A;  2NOZ A;  4FW1 A;  3M8R A;  1SKS A;  1VHX A;  3CJ1 A;  2OZM A;  1NGF A;  2QA4 N;  1N34 K;  5JVG L;  1UT4 A;  4EHT A;  4X65 K;  3ZSV A;  4DWI A;  4JI7 K;  2FBT A;  1U6Z A;  2H5A X;  1MDU B;  4DSJ A;  2MZ8 A;  4CEC A;  4IJA A;  1TL1 A;  3KD5 E;  4EAI A;  3KK2 A;  5F9C A;  3VF4 A;  4FLU A;  4F8R A;  4E1M A;  4CHY A;  3NVK A;  3VGK A;  4H03 B;  3PX6 A;  3BZC A;  3O4Q A;  3O3H A;  1O1W A;  1FK9 A;  1NMN A;  3NE6 A;  4LF4 K;  2O8B A;  4DV5 K;  1LWY A;  4UY8 O;  3CPW M;  3THW A;  4DQ8 A;  4LH4 A;  1RTI A;  3VQE A;  3QEP A;  1K73 O; 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