2D0CA

Crystal structure of bst-rnase hiii in complex with mn2+
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
308
structure length
308
Chain Sequence
SNYVIQADQQLLDALRAHYEGALSDRLPAGALFAVKRPDVVITAYRSGKVLFQGKAAEQEAAKWISGASASNETADHQPSALAAHQLGSLSAIGSDEVGTGDYFGPIVVAAAYVDRPHIAKIAALGVKDSKQLNDEAIKRIAPAIMETVPHAVTVLDNPQYNRWQRSGMPQTKMKALLHNRTLVKLVDAIAPAEPEAIIIDEFLKRDSYFRYLSDEDRIIRERVHCLPKAESVHVSVAAASIIARYVFLEEMEQLSRAVGLLLPKGAGAIVDEAAARIIRARGEEMLETCAKLHFANTKKALAIAKRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and structure-based mutational analyses of RNase HIII from Bacillus stearothermophilus: a new type 2 RNase H with TBP-like substrate-binding domain at the N terminus
pubmed doi rcsb
molecule keywords ribonuclease HIII
molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 100
structure length 308
sequence length 308
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
A PF11858 DUF3378 Domain of unknown function (DUF3378)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.310.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich TATA-Binding Protein TATA-Binding Protein 2d0cA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2d0cA02
4E7LA 4EZ9A 3TAQA 3L3VA 3NF9A 1IKWA 1C0MA 3QLHA 4KKOA 5HBMA 1PZDA 4B9MA 2FBVA 1VTOA 2IS3A 1WSFA 4RW6A 4CJFA 4F8RA 3HS9A 4ROCB 1KVCA 1WSIA 4W5RA 4ROEB 2E6LA 4FM1A 1YVUA 4J2DA 4KHUA 4FYDA 1RTJA 5HP1A 1J5OA 3QEWA 1Y97A 1BGXT 2YHBA 1YTFA 2B4JA 3RWUA 1QNAA 3AO2A 3EY1A 1RCHA 1S9EA 4ICLA 4LSLA 5CY4A 4CHYA 4CCHA 4DQPA 4FJXA 1JXEA 4CEFA 4CJSA 2OA8A 2PYJA 1RM1A 3AO3A 4B0AA 1WN7A 4F2RA 4KV8A 3K5MA 4BE2A 4HTUA 3RMBA 1QTMA 3NDKA 4E0DA 3WNGA 2XRIA 3A2FA 1TK0A 3NBPA 1UWBA 4RODB 1RBVA 3O3FA 1SKWA 2P5GA 5IYCP 3PV8A 1C1AA 1L3UA 1NOYA 3KD1E 1IKYA 3IAYA 2HVHA 3VQAA 1CXQA 5J2MA 5KRSA 1S1UA 1KY7A 3AV9A 1KLMA 1JLAA 2O4GA 1KYFA 4OKJA 4CHNA 3LDSA 3ZSWA 1QHTA 5KTQA 4FLWA 1VOKA 5JS1A 4AHSA 2P1JA 4YFUA 4NCGA 2VWJA 1TL3A 4Y1CA 4M3TA 1DTTA 3VA0A 4CGGA 3SNNA 3VA3A 1X9SA 2F8SA 1NOZA 1VSKA 1RDBA 3HSTB 3SV3A 2ATQA 1A5XA 4RW4A 4M3RA 3THVA 4Z4FA 5FRMA 2RPIA 1W0HA 1KVAA 4Q5VA 2E6MA 3S3NA 3AA3A 4B9LA 1A5WA 5KRTA 4N56A 3OS2A 5I42A 1IG9A 4FJIA 1BCMA 2QXFA 3BGRA 5CZ1A 1TKTA 3DLBA 1O1WA 4W5QA 3MXIA 1KLNA 2PYLA 1RT3A 5D3GA 3K5OA 2BDPA 3B6OA 4E7HA 2RN2A 3SQ0A 4DTSA 2MJ7A 3P5JA 1NVPA 2Z1HA 1C1CA 2IGIA 4OGEA 5FDLA 3OYJA 2RKIA 3VQ7A 3ZCMA 1JLEA 3U3GA 1L3VA 4DQRA 1AISA 1CZ9A 1XWLA 4C8NA 4CF1A 3NHGA 3L8BA 3V81A 3SZ2A 1QN5A 3MXMA 4FJJA 1TBPA 2HHSA 4CJWA 1FXXA 1ZBHA 2D0CA 4DSEA 4FCYA 4DU4A 1QNBA 5KI6A 1HNVA 1WAJA 3NF6A 1JKHA 3RTVA 4FJ7A 3CM5A 4Z4HA 4PA1A 3KK3A 1G15A 5HLFA 4OLBA 4FW1A 4IFYA 3UIQA 1LW0A 4H4MA 4CJUA 2Z1JA 3QINA 1BCOA 4IG3A 2A1RA 4FJ9A 3MECA 4CERA 3V4IA 3HPGA 3DOKA 1QN6A 3ZSQA 3ZT0A 4CIFA 3HS8A 4O0IA 1TGOA 3QETA 3HP9A 3RMAA 3ZT1A 2G8KA 1HYSA 3IG1A 1CZBA 1QNEA 1JLCA 1KFSA 1HMVA 4BDZA 3LANA 4CGHA 1D8YA 2JGUA 4DFPA 3DLGA 4CJQA 3AVLA 4O44A 3NFAA 1N6QA 3HK2A 3P1GA 4DTJA 4CF9A 5HRNA 4AHCA 4FJ5A 2DFFA 1RT7A 4JS4A 1VSFA 1Q9YA 4ID5A 3L2VA 3SUNA 2FBXA 3OYGA 3DI6A 4CHOA 1VSEA 4Z4IA 3VQ9A 4DU1A 4UQGA 2F96A 3LWMA 3HM9A 1JFIC 4CHZA 3CYMA 4E7IA 3MEGA 1YT3A 2P5OA 1LAWA 3OJUA 2PY5A 5CYQA 3VQDA 3S3MA 2YNHA 3AVBA 3AVGA 1NK8A 1RTHA 1BI4A 2YKMA 4OKEA 1BIUA 3V1OA 3VN5A 4XIUA 2D5RA 3AA5X 4Z0UA 4CK2A 1U48A 3ASMA 4DSLA 4JLHA 3OYCA 3LAMA 3KK2A 3DRSA 4E19A 4FJMA 5DK5A 2O4IA 3MAQA 3K59A 1D9FA 4G1QA 1RBUA 1RT5A 2HMIA 3KTQA 2IOCA 1B92A 4M3ZA 1Z26A 2IAJA 4M41A 3TI0A 1JL1A 3HYFA 4CJ3A 1TKZA 1QN8A 3U6FA 4FZYA 2HHTA 1D9DA 4DLEA 4ELVA 4FK4A 3C94A 2ZD1A 3ZSOA 2BE2A 4IFVA 3F9KA 5J1EA 1L5UA 4ZTJA 1HYVA 3TAEA 2QK9A 3M8PA 2P51A 2YNIA 1D5AA 1LWEA 1REVA 1UA1A 3RR7A 1VSJA 1WSGA 2BANA 2DTUA 4CJKA 2Z1IA 4F3TA 3AVKA 4O4GA 4BDPA 4HCBA 4DQSA 2GUIA 3AVHA 4E1MA 4R5PA 2B5JA 3AVFA 1DTQA 1KFDA 3CM6A 4DTNA 3T3FA 1QN7A 2Z1GA 3LZIA 2XY6A 3AVAA 1KTQA 3SCXA 1B9DA 2HNZA 5DMRA 3KLFA 4FZZA 4EZ6A 4CHQA 1TL1A 1EX4A 4CK1A 3AVMA 3SJJA 4CJ5A 2G30A 4AHRA 2HHXA 1K6YA 1F21A 2AJQA 4HCCA 5T7BA 2WONA 2YNFA 4I9LA 2FC0A 4DSIA 3NGIA 2HHUA 2KW4A 3K2PA 2GV9A 2R7YA 1NKCA 1NK0A 2G8HA 4HVJA 3OS1A 3KIOA 1VSMA 3PUFA 4C8MA 4BACA 4DTMA 4N41A 3LWLA 1L3SA 4CJLA 3O4NA 3IS9A 1BL3A 4B08A 3LZJA 4FLUA 1WAFA 3V6DA 4F2SA 5HRRA 3EIKA 2OPSA 3LPUA 3JYTA 4PQUA 4CEEA 3EYZA 4KO0A 4JRQA 1C0TA 2NUBA 3K5LA 3RRHA 2PZSA 3HVTA 1GOBA 1CDWA 3ZSVA 3VQBA 4DSKA 5EU7A 3HJFA 1NK5A 4CE9A 3LAKA 3LPTA 1VTLE 3VQ6A 4H8KA 3AO5A 3VQ5A 3OYFA 3U3YA 2XY7A 4I9QA 2A1SA 4N76A 2XY8A 2FBYA 4DTPA 1HRHA 1WSEA 1I3AA 2KQ2A 1WSJA 3DRRA 4N47A 2HVIA 3PY8A 3HPOA 1YTUA 1IO2A 4FM2A 4QAGA 1CLQA 3OYHA 4NCBA 2KTQA 2IDOA 4FM0A 1LV5A 4KRFA 1UOCA 1HPZA 1RDAA 4DS5A 4EP4A 4JRPA 4CJEA 2W42A 2VG6A 5J2QA 1NJYA 2G8WA 4M45A 4B3OA 1S5JA 4CEOA 1EP4A 3KLHA 4C8OA 1C1BA 1L3TA 3SQ4A 4KHWA 1HQEA 1RT6A 3HL8A 1RBRA 1BQMA 2DFHA 3ALYA 1NKBA 3CFRA 4DFJA 4NYNA 1WNSA 4TSXA 4OLAA 4FVMA 4KTZA 5KGWA 4BWJA 3NAEA 3SQ2A 4KREA 2HHVA 3AA2A 5CZ2A 4KHQA 1QN3A 1WLJA 3NF8A 1TVRA 1Z25A 1TAQA 3L2WA 4H4OA 3K57A 2ETJA 3F73A 5CYMA 2Y1IA 1NK9A 1NJXA 1TKXA 3ZT4A 3HXMA 1SL2A 3ISNC 4AILC 4CK3A 1WSHA 4ELUA 2Z8UA 4CIEA 3NCIA 4FJLA 4O55A 4WZSD 2WOMA 4GVMA 3CQ8A 2G8IA 1BISA 1I39A 2ZQBA 1BI4B 3SPZA 2X6SA 2IC3A 1ASVA 4AHVA 3LALA 2D0BA 4CEAA 1XI1A 2BGGA 3BDPA 3OYDA 1KCFA 5JS2A 3QEIA 1YTAA 1RT1A 2JLEA 4CF0A 4CGFA 1XHZA 4O5BA 4FLXA 3RMCA 1B9FA 3WNHA 4EP5A 4Z4GA 1S9GA 2EX3A 2HHQA 3QEVA 4C8LA 1KYUA 1GOCA 1SL1A 1MP9A 1HJRA 4RW7A 4FLYA 3C6UA 1RDDA 4B9VA 3QO9A 3TAFA 2QKKA 3O3GA 3I8DA 3KKSA 2OYQA 4CEZA 5K14A 1QQCA 3OYNA 3L2RA 3MEEA 1IH7A 4CFAA 2D0AA 3C6TA 4CJPA 4E89A 4PWDA 2KZMA 3DLHA 4RW9A 3KD5E 1IKVA 3D45A 1C6VA 4O0JA 3JSMA 3KLIA 4M3WA 3L3UA 3VQ8A 1ASWA 1ASUA 4OJRA 4IDKA 1KRPA 1C0UA 3OYAA 4OVLA 1BHLA 1EKEA 3QIOA 4AHUA 2Q3SA 3DLEA 3MXJA 1R4XA 4YNQA 4DTUA 3AVIA 3NF7A 4BWMA 3WNFA 2XY5A 3AO4A 5J2NA 1KY6A 3VQCA 3M8SA 4ZTFA 1C9BB 1JLGA 3OYIA 4FZXC 1HNIA 4CEQA 3OJSA 2B6AA 2XO7A 2OPRA 4CESA 1NK7A 1FKPA 4W5NA 3OYKA 2HB5A 3S9HA 4IKFA 2HNDA 4DU3A 2Y1JA 1MU2A 1VSLA 2VJ0A 4GMJB 4JS5A 2DY4A 1J9AA 3TWHA 4CJRA 4BDYA 4FJKA 2YV0X 3SUPA 4Q0BA 5KGXA 3DLKA 3KK1A 1TK5A 4K8XA 4FLTA 3OC3C 2VG5A 3K5NA 3OYEA 3PO5A 3LP1A 4KI6A 4DSFA 1TGHA 4KPYA 1NKEA 3RR8A 3VQQA 4OKKA 2IV9A 4E1NA 4I2PA 1KYDA 1HQUA 4CGDA 4M3XA 1ZBIA 1QN4A 3KJVA 3M8QA 4BE1A 1ZYQA 1LWFA 3CG7A 4FW2A 3DLRA 3B6PA 2GBZA 4DMNA 1TBAB 4CJVA 1SV5A 3KLEA 1U49A 1JLQA 3QNNA 3O3HA 4DTOA 3NH2A 4KHNA 3ZT3A 4CFBA 1RT2A 3HVRA 4F3OA 3HO1A 1BQNA 1S1TA 4DTXA 3AVJA 1TAUA 4KHYA 1ZBFA 4KTQA 1RBSA 4CHPA 3AVCA 4I2QA 4FJGA 2LSNA 2YHAA 4KAZA 3NH1A 1EXQA 3L2QA 5IYBP 3FFIA 4KI4A 4HHTA 2VG7A 3DM2A 1VSDA 1SKSA 4CFCA 3E01A 5J2PA 1R0AA 4FK2A 3NGYA 2OZSA 2EHGA 4OPJA 2X6NA 1QN9A 2I5JA 3SQ1A 5C42A 3SPYA 1N5YA 1JLBA 2DFEA 4CGIA 1QNCA 1XHXA 3HP6A 1NK4A 2G8FA 4CGJA 3OYBA 1NGMA 1HYZA 1S1XA 4DSJA 4Y1DA 3TAPA 4FXDA 2KFNA 4LSNA 4CEBA 1S6QA 1XC9A 4KFBA 1SUQA 3LP2A 5I3UA 3CFPA 2IV8A 1QE1A 4RG8A 3OS0A 2KZZA 3G10A 1T05A 1T7PA 3V9SA 1LAVA 4M3YA 3TAGA 3L2UA 1YTBA 3I0SA 3KKRA 4KHSA 3VQEA 3ZSZA 3S3OA 1U4BA 4M42A 1Q9XA 1ITGA 1LWCA 4CF2A 3SUOA 3SUQA 1DLOA 1U45A 4LD0A 3KLGA 3K58A 1CXUA 3VQ4A 3TANA 1RBTA 2OPPA 4W5OA 5IYDP 1QTSA 2ITGA 1RTIA 5HROA 4RW8A 1S6PA 2HHWA 1RT4A 3AVNA 1SL0A 1FKOA 4DF4A 1IKXA 1QSLA 3H08A 4KB1A 3LP3A 4NYFA 1J53A 1Q8IA 4CJ4A 1QTPA 1GOAA 5HRPA 4CEDA 2G8VA 5FROA 4GW6A 3TR8A 4B9NA 3OY9A 3ITHA 4F4KA 4B8AB 4WE1A 3H1ZA 4B9TA 4DFMA 3QEPA 1PCZA 1UAXA 4FLZA 5C24A 4ID1A 1VRTA 4QCLA 3V1RA 4PY5A 4DQIA 4DG1A 4QOZB 1X1PA 4HUEA 4HUFA 1X9MA 3NE6A 4CECA 3ZSYA 4J2BA 5SZTA 3RRGA 1W9HA 3V9XA 2F8TA 1VK0A 1VSHA 4LH5A 3QEXA 1NH2A 2YNGA 3T19A 5E41A 3ZSRA 4FK0A 3MEDA 3QERA 4LY7A 1UA0A 3DYAA 3VQPA 1A5VA 1B9KA 1FK9A 4OPKA 1E42A 4BE0A 2HNYA 2YKNA 2G8UA 3C95A 3SV4A 4FLVA 3PO4A 4J2EA 3ZSXA 3OYMA 3PX4A 1QSYA 4FJ8A 4KTWA 1NJWA 5HRSA 4B8CA 4DLGA 4DF8A 1JLFA 4AHTA 3EZ5A 2XHBA 3TABA 1RTDA 3QIPA 2FBTA 1JL2A 1SKRA 1TK8A 4HUGA 1RNHA 1RILA 4W5TA 2HW3A 5C25A 1ZBUA 3V9WA 4J2AA 1D3UA 3O4QA 3DMJA 3NH0A 3SYZA 4Z4EA 2KFZA 4E3SA 4L8RB 4NCAA 1U04A 1VRUA 2OPQA 1BIZA 4DS4A 1X9WA 3T1AA 1JXBA 3HPHA 3V1QA 3OCIA 4B9UA 1W80A 3SI6A 3M8RA 3AO1A 3OYLA 1U47A 4FJHA 3QESA 1KVBA 3DOLA 3D0PA 1VOLB 1ZBLA 3IRXA 4DFKA 1TV6A 2VWKA 3WNEA 1S1WA 4CFDA 4DQQA 4FJNA 1RDCA 5FRNA 2E4LA 3PX6A 1S1VA 3CFOA 3G0ZA 2X74A 3I0RA 4IG0A 4E7JA 1J54A 4AH9A 3HT3A 4KB0A 1NJZA 3DRPA 4MQ3A 4B9SA 2QKBA 1QS4A 1T03A 3ULDA 3P83D 1NK6A 1TKDA 2ZE2A 3TARA 4OGCA 1EETA 4CF8A 3V9UA 2OZMA 1VSIA 1QSSA 2X78A 4IBNA 5SWMA 3V9ZA 3ZT2A 1LW2A 4ZHRA 4MFBA 3PX0A 4PUOA 4DWIA 4M3UA 3AA4A 4LH4A 3TAMA 4N5SA 4E7KA 4C8KA 2RF2A 3LP0A 4CIGA 3NGZA 4Z4CA 4DTRA 1T8EA 4I7FA 4K8ZA 3QNOA 4ELTA 3RMDA 4CJTA 1KSPA 3OVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L6QA 1C0MA 4B9MA 1KAZA 1YJWN 1WSFA 4ROCB 4KHUA 4BR0A 4K0KK 5HP1A 2VYPA 3CCUN 3DWLA 1BGXT 5E84A 1YTFA 1TYQB 1ZXOA 3AO2A 1OH7A 4X66K 4Y0WA 4CEFA 2NVMA 4LC9B 5E26A 4A59A 4EAGA 5JVGL 4K41A 3O6WA 2XRIA 2NOFA 3NBPA 1UWBA 1RBVA 4BRFA 1NJIO 4BC4A 1L3UA 3KD1E 2O8FA 5KRSA 2O4GA 4CHNA 3C7NB 3CERA 3ZSWA 3E1YA 4DQ8A 4YFUA 2VWJA 2E88A 1DTTA 3VA0A 3SNNA 3I0XA 2QWLA 1NOZA 2QWRA 4DV6K 4RW4A 5F1XA 3THVA 1EWRA 5FRMA 3S3NA 4FJIA 1A5WA 5I42A 2FGTA 3E9PA 1TKTA 3MXIA 1KLNA 5D3GA 1YI2N 1UL7A 2Z1HA 1C1CA 3OSMA 1KAYA 1U2VB 2HBJA 1L3VA 4C8NA 4CF1A 1XWLA 4FJJA 1TBPA 3SJHA 5AZJB 5KI6A 1HNVA 1N3AA 1WAJA 3DLLL 3B8AX 3RTVA 2F7TA 1K9MO 5JN5A 5MLCQ 5TKWA 3CETA 4IFYA 1NMDA 1HKBA 3DXKA 2JHJA 4IG3A 2A1RA 3MECA 3V4IA 5M1PA 4F9OA 4CIFA 4O0IA 3RMAA 3IG1A 1JCEA 3ZYYX 1HMVA 1GLFO 4CGHA 4IOAL 4CJQA 3AVLA 1N6QA 3GG4A 4DUZK 2BTFA 1RT7A 3CCSN 4JS4A 3THXA 1Q9YA 4FWKA 3L2VA 2FBXA 1OVQA 1P5GX 4Z4IA 3HRGA 1M1KO 3CJ1A 2QLVA 3RSEB 3VEZA 5A2QO 2RE2A 4XIUA 2O8CA 2D5RA 4CK2A 1Q86O 1LOTB 4JLHA 3LAMA 4WFNL 4FJMA 2FSKA 3MAQA 4G1QA 1EBMA 3CVTA 4BJUA 2IOCA 4CBUA 3TI0A 2UU9K 4BRHA 2HHTA 1K2YX 5C12A 4DLEA 4U67L 5EPCA 3ZSOA 4YOTA 3OHRA 3J81O 3FFKB 2YNIA 1D5AA 5C15A 2FSJA 4O4GA 4R5PA 3CM6A 4DV2K 1Q9UA 3LZIA 3SCXA 1W97L 4CBXA 4CHQA 4B1XB 3DXMB 4CK1A 4QS8A 4CJ5A 4AHRA 1F21A 2VCPA 1HU0A 2QEXN 2FC0A 1NGJA 2DKDA 1H1VA 3I0WA 1HNWK 1NKCA 3J8AA 1J6ZA 1V4TA 3LDNA 3KIOA 5AQPA 5F9CA 1YQLA 4WCEL 1L3SA 4FLUA 3ZX2A 4F2SA 1J5EK 5HRRA 2OPSA 2ASPA 4KO0A 5B8HA 3K5LA 3WT0A 1KO9A 3ZSVA 3EAYA 1NK5A 3R1XA 4CE9A 3LAKA 3F5TA 3OYFA 1NMNA 3U3YA 4BRPA 4I9QA 4YDUA 4N76A 2FBYA 1WSEA 2O8DB 1I3AA 2KQ2A 1WSJA 3DRRA 3HPOA 4FM2A 5AQZA 4B1WB 3WXMB 1RDAA 4JRPA 2W42A 4NXNK 4JD2B 3OBYA 1JCGA 3KVGA 2MZ8A 3CMAN 3I3WA 5JLFA 3ALYA 4H03B 1FJGK 2WFBA 4NB4A 4FVMA 4JN4A 4KREA 3CHWA 4BWJA 2HHVA 2H5AX 4M3WA 3K57A 1N33K 3JS6A 3ZT4A 3HXMA 4AILC 3VENA 3J7ZO 4CIEA 4O55A 1MWMA 3THWA 2WOMA 4GVMA 5AQRA 2G8IA 1I39A 2ZQBA 3SPZA 3E9OA 2X6SA 2IC3A 1ASVA 3M6GA 4AHVA 1VQON 1XI1A 3OYDA 1KCFA 5JS2A 2NOIA 2P9LB 4FL9A 4CF0A 3W3DA 4FLXA 4CZJA 3P31A 3D2FA 3OSEA 1S72N 5C2FA 4LF9K 4C8LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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