4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
5AQRA 5E26A 3C0BA 5JMVA 2E88A 5CE3A 2GUPA 2CH5A 1NGIA 2UYTA 3AAPA 4JNFA 4AM6A 3ZEUA 1C0GA 2AP1A 3O80A 3QBXA 2PAVA 4I6MB 4C23A 2VCPA 4BR9A 3SK3A 1NWKA 2P9KB 4EFHA 4HYBA 4LC9B 3ATVA 3FE1A 3DPOA 1LOTB 3ULEB 5BRDA 1QQOA 5F0XA 5KQ8A 4FWPA 1BUPA 5AQKA 4HTLA 2V51B 5JLFA 1LCUA 3KHYA 4EZYA 1QQMA 2KHOA 3LDQA 4BRQA 3WEEA 2IVOA 2QWQA 3FZKA 2QWPA 1YAGA 4QS7A 5AQZA 1GLEG 4H6IA 4R5LA 1NGFA 3D2FB 2E1YA 5AQNA 3R9PA 3CERA 4BRDA 5AFUA 5BR9A 4BC4A 2E2OA 1IJJA 1BA0A 1BG3A 4ISGA 4CZFA 1OKJA 3CQYA 3GBTA 3ZX2A 1NGAA 4MLEA 5BRHA 3HI0A 4NO7A 1BOTO 3HM8A 4F9OA 3ULEA 2Q31A 4A62A 3KZBA 4H0TB 4XH1A 4WYBA 3SMSA 1S3XA 1DGKN 1SZ2A 3O1BA 1G99A 4BQZA 2P9SA 3AARA 3MDQA 5KPTA 3S41A 1R59O 1HKGA 4Z94A 5LJWA 3HZ6A 1ATRA 1NGGA 1C0FA 3CJ7A 4EHTA 3L0QA 2WINM 2QW9A 4JN4A 4K42A 1ATNA 2V7ZA 3A5NC 4H5VA 4M7YA 5JICA 3H46O 4H5RA 4K41A 4WQ5C 3UE5A 4JWCA 2A40A 4BRIA 4EZSA 3EL2A 1DG4A 3DPPA 3TPQA 4R5KA 1K8KB 5F2RA 2YHYA 4CD1A 2YJFA 1S22A 3QFUA 4BRFA 4BRMA 4IJNA 2P9UB 5BRFA 2P9PA 5AZIB 1V4SA 3VGLA 4B1UB 4CD3A 2GEMA 4BQLA 4WV5A 1GLJO 3O6WA 2ITMA 2P9LB 3FGUA 5BREA 5AQSA 1T6CA 1RGIA 2A5XA 1DEJA 3A0IX 4H5WA 2V52B 4EZOA 2ASMA 3DWLA 2CH6A 3O08A 3L4IA 4BG8A 1DKYA 4HY9A 3VEXA 1NLVA 1SAZA 5E84A 2ZGZA 4CZGA 3ENHA 2D4WA 1MWKA 5AQHA 5AQJA 5FPDA 5EY4A 4FOEA 5AQXA 4FWKA 5AQIA 2P9UA 5ADXH 2FLOA 3FZFA 3H0XA 1Y64A 1YVNA 4MO5A 5AZIA 5AZJB 1IG8A 3T47A 1P8ZA 4QS8A 4JWDA 4MLHA 4H5TA 2P9LA 2IVPA 2GELA 4Y0WA 2J4RA 1ATSA 3WEEB 3FZLA 1U6ZA 4BRAA 2WUSA 1WUAA 2D0OA 3O1WA 1RFQA 4PKHA 4FOIA 2CGLA 2E2NA 4R5GA 2FSKA 4GNIA 1QZ6A 3SJHA 1NGCA 4H5NA 3MN6A 4YDUA 1JCFA 1X9JA 2E2QA 4WQ4A 1TYQA 1HJOA 4EZNA 3B8AX 3AY9A 4JD2A 4ISFA 3LL3A 1HKCA 1NGBA 2W40A 3F9MA 4JAXA 4BVPA 4BGAA 4E1JA 1BWFO 2AA4A 2I7PA 3ID8A 4B1VA 1MDUB 5AZJA 3D2EA 4EIAA 3CJAA 4HWIA 4PL7A 3VPZA 2QWLA 1DKZA 3H45C 3QNJA 5TKYA 1YUWA 1GLCG 4R5JA 4IO8A 3M1FA 2P9SB 3BF3A 4H0XB 3MN5A 5BPLA 5FPEA 3QICA 5FPNA 1GLAG 4BVOA 4CI6A 3EKUA 3GL1A 2YI1A 3CI5A 3H1VX 4FSVA 3WXKA 3FLCO 4FWSA 2OP6A 3H6EA 4JHDA 4E81A 2QM1A 2ASPA 4CZMA 4FWNA 3CETA 3O4WA 3JXUA 5B8HA 4JWEA 2QWMA 3H3NO 3P4IA 3T48A 3LDPA 1ESVA 4JNEA 3H3OB 1NGHA 3LM2A 3RSEA 1T44A 4CZEA 3GDQA 2NZTA 2HMPA 4CZKA 3ZETA 2EWSA 2GWJA 2P9PB 4BRGA 3ZX3A 5I9EB 1KAXA 5AQLA 4RTFD 3CJ1A 3U8XA 1HKBA 3WQTA 2HOEA 1NM1A 3DPQA 3MN9A 1MWMA 4BRPA 3WXIA 1GLFO 3L6QA 2ASOA 2FXUA 5ELZA 4O8KA 3QDKA 3C7NA 4EZZA 1ZBSA 1Z05A 3VEYA 4K25A 3SMPA 4EZVA 3GOIA 1GLLO 1E4GT 1CKRA 2YJEA 4A2AA 4DCHA 3A8YA 3BEXA 3L3OM 3LDLA 4FPAA 4J8FA 3EO3A 2H3GX 3HBTA 5AR0A 4IZ9A 1WOQA 1SQKA 3UKUA 3VESA 1BPRA 4FO0A 1H1VA 4H0PA 4CZJA 3ENOA 3CIPA 4DB3A 4M7XA 1NGJA 2F9WA 3VF2A 5AQUA 2PBDA 4PO2A 3FR0A 2FF6A 3FZMA 4B1ZA 3FFKB 5AQMA 3FZHA 3SLCA 2E20A 4BC2A 2Q0RA 3VGMA 4K43A 1V4TA 3M3ZA 3IUCA 1Q5LA 2W41A 4BRKA 1MA9B 3JS6A 3IDHA 3I33A 5EXWA 3VEZA 4FWOA 5LY3A 3BUZB 3WT0A 2QXLA 2P9NB 3OHRA 2DPNA 3A5LC 3VENA 2Q97A 4BROA 1TYQB 2BPRA 1E4FT 4KBOA 4JD2B 1XUPO 4EZRA 4H0YB 1NGDA 2D0PA 3O8MA 2NLXA 3HTVA 5EX5A 1HUXA 4FWQA 3T49A 3D2EB 4L3QA 3DXKA 1JCEA 4F01A 1JCGA 3J8AA 5AQOA 2QWNA 3U9ZA 4FL9A 4NB4A 3W3DA 4B1YB 1QQNA 5AFUH 3WXLA 2Q36A 2ZGYA 2ZF5O 4CBXA 4DQ8A 1GLDG 3CHWA 3CJ9A 4EZUA 4BR2A 2QFFA 3CJCA 2P9NA 2NRHA 4IXCA 3O5BA 1KAZA 4M63C 2E1ZA 1BA1A 5F1XA 3IFRA 5KQDA 3VERA 2QWRA 4ISEA 4BR0A 3VETA 4JHDB 2IIRA 3CJBA 4WQ5A 3AAQA 2YHXA 4PKGA 3MK6A 4FWRA 1Z6RA 4B9QA 1U00A 4BR4A 3R6MA 2V7YA 3DQGA 5AQVA 4DHYA 3RSEB 3U4LA 7HSCA 3GG4A 3HSCA 4B1XB 3ZETB 3MMVA 1U2VA 5BPMA 1NGEA 1NMDA 3ZX0A 4EAHD 1TUYA 3DJCA 4IJAA 1XC3A 4BREA 3C7NB 5ADXA 2HF4A 4WV7A 4BRCA 5JLHA 3QBWA 1J6ZA 2BTFA 5AQFA 1ZXOA 3VEWA 4XEIA 5AQYA 4EZTA 3UKUB 3MN7A 4F00A 4BR5A 2FSNA 4I6MA 3UKRB 3VEVA 2IVNA 4XH4A 2CGKA 2F9TA 4CBWA 4EZQA 2GWKA 1EQYA 2P9KA 4FPBA 5FPMA 2A42A 2P9IB 1BO5O 1KXPA 5BPNA 2A41A 3EZWA 5EOYA 3DXMB 4QS9A 2GTDA 4A2BA 2D1KA 1BDGA 3VOVA 2ZWHA 3VF4A 5KPRA 5AQQA 3TU5A 3H1QA 4XH5A 1XQSC 4BRHA 2QWOA 3LDNA 4B1WB 3R8EA 3GE1A 5EVZA 3EN9A 3VGKA 2E2PA 1TUUA 5BN8A 4YDUC 3I8BA 3WXJA 5LJVA 2VYPA 4WQ4C 4BGBA 2VWBA 3D7EO 4BG9A 3KVGA 3DAWA 4CZLA 3D2FA 4GY2B 1HX1A 3UKRA 4EZWA 3N8EA 4MO4A 1CZAN 2E8AA 4EHUA 4H0VB 3QMLA 4O5FA 2P9IA 3T46A 3DXKB 3IMXA 4CBUA 1Q18A 3DXMA 3QB0A 2Q2RA 4R5IA 4BR7A 1KAYA 4AM7A 3OHXM 3VF6A 4CZHA 1YXQA 4JWIA 1QHAA 4PKIA 3DOBA 3MCPA 4RCHA 3A5OC 1ZC6A 5AQGA 2I7NA 3WUHA 1DKXA 2A3ZA 3W0LA 4BRNA 4FWLA 1QZ5A 1D4XA 4FWMA 3G25A 5AQWA 3CQXA 4RWTA 4EZXA 1HLUA 1X3NA 3EKSA 3QFPA 4EZPA 4PL8A 3WQUA 3ZEUB 4A61A 3T4AG 2FF3B 2HF3A 4CJ7A 1NBWA 4H6HA 1HPMA 1K8KA 3BF1A 3LM9A 1T6DA 2A6AA 3BP8A 4BRLA 3M6GA 1U2VB 4H03B 2Q0UA 2YCHA 3ATUA 3VEOA 2YHWA 5BN9A 5AQTA 4BC3A 4IWVA 5AQPA 3UB5A 1X3MA 2OANA 3U9DA 1GLBG 1BU6O 2BUPA 4CZIA 3A5MC 1DKGD 2CGJA 2Q1NA 3LDOA 2FSJA 4BC5A 5KPZA 4H0OA 1RDWX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5AQRA 3TABA 1SKRA 2CH5A 4AM6A 1KFDA 3TSPA 1JQKA 2AP1A 3QEXA 4IBNA 5KTQA 2NRZA 4CK2A 1RTDA 4BR9A 4E19A 3FD9A 2P9KB 3AVNA 4HYBA 1NJYA 1T03A 3HO1A 3ATVA 4IWOA 1W9MA 3DPOA 4KPYA 3VQ5A 5KQ8A 3EJUA 1BUPA 4HTLA 1S1WA 1JLGA 3S3NA 3VTIA 3CCMN 1XI1A 1LAVA 4IFVA 2IVOA 4E0DA 1XMOK 4DR4K 1BISA 3I55N 4ID1A 2F8TA 2QWPA 4M3TA 4AHUA 1RTHA 4YORA 4G6QA 3CKDA 4AKVA 4W5TA 3R9PA 2HBJA 3OYLA 1IJJA 4DUZK 1NGAA 4MLEA 5BRHA 3HI0A 4BE2A 4NO7A 1VQ7N 3PO5A 3ULEA 3K9KA 4A62A 4H0TB 4BACA 3O3NB 1IBKK 3CCVN 1X1PA 3HAJA 4DV6K 4KB1A 3K2PA 1S72N 4FYDA 4M3WA 4JKBA 2P9SA 3MDQA 4YOUA 4Z94A 1ATRA 3E9OA 1W97L 3D4ZA 2OPPA 4PY5A 3OY9A 1RDCA 4ICLA 2RE2A 2WFBA 5KI6A 4CHZA 4K42A 2V7ZA 3A5NC 4CFBA 3H46O 1SL0A 4H5RA 1R5EA 2E6MA 4BNEA 4CFAA 4BRIA 1TV6A 1QSLA 2Z1GA 1S9EA 3ZT1A 2QKKA 4PQUA 1DG4A 2X6SA 4CE9A 5F2RA 1HNZK 3V4IA 1E1DA 1VQ4N 3QFUA 1JKHA 3D4YA 4JKEA 5J2NA 1XC9A 3V6DA 1R0AA 1KLMA 3VGLA 3TSUA 4E72A 3O6WA 3TANA 3E9LA 5BREA 3I0SA 1D9DA 1RGIA 3SCXA 5GIOA 3DWLA 3JAMO 2CH6A 3OYIA 4KIKB 2KKZA 1IV0A 3KKRA 4CF0A 4DQQA 4JKGA 4DU3A 2E4LA 1RT4A 4AHRA 3TAFA 1O1WA 5AQHA 4FOEA 4FWKA 3OYJA 2P9UA 5ADXH 1Y64A 1A5XA 3DX0A 1LW0A 4MLHA 1SU8A 2P9LA 2IVPA 4H5TA 2W00A 1ATSA 3MCAB 4DTSA 3FZLA 3P39A 2WUSA 3WNGA 2YLLA 4FOIA 2GBZA 1I94K 3A2FA 4KHSA 2E2NA 4A5BA 2F7PA 4OO1J 4WQ4A 5GAHP 2P5OA 5CZ2A 5LMUK 5J2QA 4JD2A 2RAIA 4OPHA 3LL3A 4LSLA 3M8SA 1TAQA 2W40A 1DT9A 3F9MA 1SS6A 3HOTA 2QA4N 2I7PA 3D2EA 3VTHA 4CGFA 2VG6A 3VPZA 4DF8A 4DLGA 1SL1A 4J2BA 4FJ7A 5HRRA 5TKYA 1YUWA 1GLCG 3RTVA 4H0XB 5BPLA 4NCGA 3BLBA 3LMFA 5FPNA 1JLFA 1K73O 2XY5A 4IDHA 2V0OA 3PIPL 3K58A 1U47A 4M3RA 3CMEN 4Z4FA 3H6EA 4CZMA 4FWNA 1GNTA 4JL9A 4MDBA 1OAOA 3JXUA 4CGJA 4JWEA 2BE2A 4LH5A 4W5RA 4F4KA 3LDPA 3THYA 3RSEA 1T44A 3ZETA 3AVLA 5M1KA 2EWSA 2GWJA 3IS9A 3ZX3A 1UA0A 1KAXA 5C2DA 4DYLA 3ERCC 4EP4A 4BRPA 4GKKK 5ELZA 3QLHA 3NFAA 2RN2A 4E7JA 3G71N 1S9GA 3TAPA 1Z05A 3DYTA 4EZVA 1C0UA 4CJWA 4DQRA 4A2AA 4DCHA 3A8YA 3LDLA 4FW2A 3B6PA 3EO3A 3C6HA 3HBTA 3RRHA 3HOSA 3SPZA 4IZ9A 3UKUA 4AHTA 4AZCA 1JLAA 5C24A 3VESA 1BPRA 4JS4A 4H0PA 3RMDA 3ISNC 3PUFA 3HPHA 1S1UA 3OYBA 3VA0A 3VF2A 2F9WA 3HVRA 1E3MA 1HNWK 4NPHA 1QQCA 3SJJA 2ND0A 4BDPA 1TQTA 2E20A 1S6QA 5C5BA 5EU7A 4RW8A 4KKOA 5FRNA 2W41A 1O7DB 3P5JA 3CC7N 4FWOA 1CXUA 1VSIA 3WT0A 3ITHA 3VENA 2Q97A 3QE6A 2IDOA 3NH0A 3MXMA 4AHCA 4H0YB 3Q7BA 3ZSZA 1A5VA 2NLXA 1ZBHA 2YHAA 3HTVA 4B3TK 5EX5A 1HUXA 3T49A 4CEQA 3DXKA 1D9FA 4F01A 3LP0A 3QEPA 1SKSA 3U9ZA 5AJ3K 3CQ8A 1FW6A 1KQSM 4Z4IA 4B1YB 2GX9A 1UWBA 3SBGA 4QOZB 4KFBA 2MI7A 3D50A 3BZKA 4I1QA 1VQNN 2P9NA 4OGCA 3O5BA 4M63C 3KWIA 3SPYA 3AO1A 3KLEA 3O9QA 2QWRA 1W0HA 4ISEA 4DFPA 4RW7A 2IIRA 4O0JA 3AAQA 4IEIA 1GNLA 4B9QA 1U00A 4CJKA 3OS1A 2F96A 1RNHA 3HL8A 2V7YA 1HPZA 3AVAA 3OVNA 5AQVA 4FZYA 2EHGA 2OA8A 4B9LA 4HR1B 4CERA 4DTMA 3MMVA 1U2VA 4KI6A 3LZJA 5C12A 4DF4A 1NGEA 4DLEA 1HNXK 4EAHD 5FROA 4IJAA 2IOCA 3OTOK 5JVHL 2HB5A 3SQ0A 3AA5X 1NJXA 2HBLA 3C7NB 5ADXA 4B3OA 1ASWA 3QNIA 3LZIA 4I9QA 1J6ZA 2BTFA 3O3MB 1LAWA 2X3XA 2Z0NA 2Z1IA 3CC4N 3OS0A 3MN7A 4JKFA 3DX2A 2FSNA 3UKRB 4XH4A 4CGDA 3VA3A 2F9TA 4EZQA 2GWKA 1EQYA 2P9KA 5FPMA 3ENBA 1J53A 1TKZA 4CEDA 4DCNC 4CIEA 1QWNA 3LLLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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