4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
3D2EB 4EZNA 2E2QA 2HMPA 5ADXH 3BF3A 4CZJA 2A6AA 3QBWA 1LOTB 2Q0RA 1SZ2A 2P9KB 4BRFA 1YXQA 1Z05A 1XQSC 4FWQA 4JD2A 3DXMB 1HUXA 2P9LA 2WINM 2QWNA 4DHYA 3CETA 4R5KA 4EHUA 3DQGA 4DQ8A 2P9IA 2CGLA 3SLCA 1CKRA 4E1JA 3JXUA 5AR0A 1MWKA 4BR4A 3QFPA 4PO2A 4BROA 4BR7A 3RSEB 3C7NA 1QQMA 2Q31A 3FZMA 4FL9A 3T4AG 3VEVA 5AQLA 2AP1A 1ATSA 4BG8A 4CZHA 4JAXA 4JWCA 4BGAA 1K8KB 2HF4A 3IMXA 3FZFA 3T46A 4RWTA 1QZ6A 3VEZA 4CBXA 3LDQA 3M1FA 4BRPA 3H45C 3H3OB 4BC2A 2ASPA 2IVOA 3D2FA 4MLHA 4XH5A 3O6WA 3ZETA 4HYBA 2CGKA 4EHTA 4H5WA 2YI1A 2ZGZA 4IO8A 3FLCO 4WV5A 4FWSA 2PBDA 4PKHA 1GLCG 4IWVA 4B1VA 5F1XA 3BP8A 4HY9A 2NRHA 7HSCA 3WQTA 3ATUA 4BRLA 3UE5A 2YHXA 1QQNA 5BN9A 4BC5A 1GLAG 3A5LC 4EZVA 4M63C 3VGKA 4NO7A 4WQ4A 4MLEA 3LM9A 4JD2B 1IG8A 1RDWX 2P9LB 2FF3B 5AQFA 2P9IB 3L4IA 4HWIA 2D0PA 1GLJO 1ZXOA 1ATRA 2YJFA 4H0XB 2V51B 4ISEA 5AQWA 5BRHA 3KVGA 1MWMA 2GELA 4BQLA 4A61A 1JCFA 3VEYA 4JN4A 3ZEUA 1H1VA 4F9OA 3QICA 3ENHA 3LDNA 4PKGA 3HSCA 3TU5A 5AQSA 4BRGA 4H6HA 4BRDA 2J4RA 4KBOA 3O1WA 1NGIA 4FOEA 5JICA 2E2PA 5CE3A 3U8XA 4AM6A 4BGBA 5TKYA 4WV7A 2D4WA 2W40A 3GBTA 3HZ6A 2OP6A 3GG4A 1DKXA 4IXCA 4C23A 1HPMA 4EZXA 3D2FB 2E20A 4BVOA 3ZETB 3M3ZA 3G25A 5E84A 3T47A 4AM7A 4BG9A 3VOVA 4H0TB 3QDKA 4EZPA 4ISGA 5BPNA 2A41A 3DPPA 2YHYA 1T6CA 3HM8A 2QWLA 1KAYA 2CH5A 3U9DA 2HOEA 2FLOA 1BU6O 5JLHA 1IJJA 5AQPA 1Y64A 2A42A 1MDUB 3H46O 3R9PA 2V52B 4H0VB 2F9WA 3CHWA 5AQRA 4CZIA 3HI0A 4WQ5C 3EL2A 3A5MC 2H3GX 4BRCA 4JHDA 1GLEG 3GE1A 3DJCA 4YDUC 5LJWA 3ZX3A 1NGGA 4FWLA 4BQZA 2E1YA 1C0FA 3GDQA 5I9EB 3R8EA 3U9ZA 3IUCA 3DXKA 3ZEUB 4FWKA 4Z94A 3QFUA 2Q1NA 1HKBA 4MO5A 1JCGA 4M7YA 2E1ZA 3DAWA 1DG4A 1CZAN 1Q5LA 4YDUA 1NGHA 4EZRA 4EZYA 2W41A 3BF1A 4BRIA 2A40A 3MN5A 4BREA 5EY4A 4H0PA 4K25A 2QM1A 1DKYA 2QWPA 4EZZA 2E88A 4CZEA 4CZKA 5AZIA 2D0OA 3BUZB 3AAQA 4DCHA 1T44A 4BRQA 3SMSA 5F0XA 2P9PA 1G99A 4K43A 3WXIA 3VGLA 3W3DA 3CJAA 3IFRA 4H5NA 5EXWA 3SMPA 1NGFA 2GEMA 4XH1A 4CZMA 1ATNA 2DPNA 3P4IA 3AY9A 4BRNA 4GY2B 4R5LA 2NZTA 3OHXM 4JNFA 5FPEA 5BN8A 3VGMA 4EFHA 4FWRA 3F9MA 4EZUA 4RCHA 2A5XA 2VCPA 1BG3A 3MK6A 3VENA 5BRDA 2YJEA 3A0IX 1NGBA 4K41A 4EAHD 5JLFA 3QMLA 2ZWHA 5KPZA 1ZBSA 2OANA 3MN7A 3W0LA 5EX5A 4CD1A 4H0YB 3T49A 4CBUA 4J8FA 3DXKB 3O08A 1BA1A 2VWBA 3OHRA 2D1KA 1YUWA 4B9QA 1GLDG 2IVPA 3FZHA 5E26A 3J8AA 5KPRA 4FOIA 1V4SA 1LCUA 2Q2RA 1HKGA 3C7NB 3WT0A 2IIRA 2IVNA 1QZ5A 4QS9A 3QNJA 1S3XA 3D7EO 4CD3A 5KPTA 4B1XB 1U2VA 5AZJA 1DKGD 3HTVA 3FR0A 4CBWA 3O1BA 2A3ZA 4MO4A 5F2RA 2P9SA 3VERA 4A2BA 1NGEA 1HJOA 5AZIB 5AQGA 4B1YB 3H1QA 2VYPA 3FZKA 3ZX0A 4BR9A 1KXPA 2P9PB 4FPAA 1QQOA 3DPQA 3GOIA 1Q18A 1D4XA 3FFKB 4GNIA 2P9NA 4EIAA 5BREA 4BR0A 3B8AX 1GLBG 2UYTA 2FXUA 4H5RA 1BO5O 3WEEA 3DWLA 1RGIA 3FE1A 1Z6RA 5AQVA 4A62A 4O5FA 3AAPA 3I8BA 1QHAA 1YVNA 4BVPA 1DEJA 1T6DA 4JWDA 3MN6A 1TUUA 2BPRA 2Q36A 2CGJA 4FO0A 4BC3A 5AQIA 3UKRA 1ESVA 1YAGA 5AQKA 5AQUA 4CZGA 2KHOA 4NB4A 3L0QA 1KAZA 5LJVA 1NGDA 4ISFA 4R5JA 5FPNA 1X9JA 3O80A 1X3NA 2QFFA 3CJ1A 1WOQA 5AQTA 3A5OC 2BUPA 3JS6A 3WQUA 2AA4A 5KQDA 1U2VB 2CH6A 3ZX2A 4R5IA 5AZJB 1NGAA 1XUPO 4L3QA 2PAVA 4BRAA 1GLFO 2Q0UA 4WQ5A 3FGUA 2P9SB 2P9UA 3QB0A 4JWIA 4B1ZA 4CJ7A 4JNEA 1NLVA 1ZC6A 2BTFA 4M7XA 2V7YA 3UKUA 2V7ZA 3HBTA 2I7PA 3VF4A 3EO3A 4B1WB 1SQKA 4BRHA 3CJ7A 1BPRA 1NBWA 3LM2A 2E2NA 4RTFD 2P9NB 3SK3A 4PL8A 3MMVA 4BR5A 2ASMA 3UB5A 4A2AA 5AFUA 2ITMA 1NGCA 3WEEB 5AQYA 3LDPA 3TPQA 3VF2A 2I7NA 2GUPA 4QS7A 3ENOA 4K42A 1X3MA 3L6QA 3LL3A 2E8AA 4O8KA 4CI6A 2FSNA 2ZF5O 3WXKA 1S22A 1E4FT 1TYQA 3QBXA 3I33A 4WYBA 1U00A 3WXLA 3H3NO 1BOTO 3UKRB 1HLUA 3IDHA 5B8HA 3MDQA 2YCHA 1OKJA 4IJNA 3M6GA 3CJBA 4R5GA 4QS8A 3CQYA 2FSJA 3H6EA 5ELZA 2Q97A 4Y0WA 4JHDB 2QWMA 3LDOA 3WUHA 3L3OM 1XC3A 3CI5A 3ULEA 5AQZA 4WQ4C 5AQXA 3O4WA 2HF3A 4DB3A 1NM1A 4FWOA 1MA9B 4I6MA 1KAXA 4BR2A 2QWRA 3CERA 5BRFA 2P9UB 3VEWA 4H6IA 1P8ZA 2EWSA 3DOBA 1NGJA 1HKCA 5BPLA 3T48A 3R6MA 1GLLO 5AQNA 2FSKA 1R59O 3EZWA 3U4LA 3UKUB 4FSVA 3SJHA 2NLXA 1HX1A 3MN9A 5ADXA 3D2EA 3CJ9A 4FWPA 3VEOA 1NMDA 5FPMA 4B1UB 5AQOA 5AQJA 3EKUA 5LY3A 2QWOA 4BRKA 4E81A 2P9KA 4EZOA 2FF6A 4JWEA 1JCEA 4FWNA 2QW9A 1U6ZA 4EZQA 3DXMA 4F01A 2QXLA 1EQYA 3EN9A 4IJAA 2GTDA 3DPOA 5JMVA 1SAZA 5AFUH 4HTLA 2QWQA 5BPMA 1E4GT 3BEXA 1NWKA 4EZWA 1TYQB 1BUPA 2WUSA 4FWMA 1BWFO 3RSEA 1J6ZA 2E2OA 4CZFA 3CQXA 4PKIA 4BRMA 3KHYA 4H5TA 2GWKA 5AQHA 5EOYA 5AQQA 1C0GA 2ZGYA 3VF6A 4PL7A 4EZSA 3AARA 4BC4A 4CZLA 1K8KA 1TUYA 4LC9B 2YHWA 2GWJA 5AQMA 5FPDA 3A8YA 3ULEB 3VESA 3ID8A 4EZTA 1BA0A 4XH4A 5KQ8A 3A5NC 3CJCA 3S41A 4XEIA 3EKSA 2ASOA 4IZ9A 3MCPA 4H03B 4I6MB 1DKZA 3N8EA 3VPZA 3O8MA 3H1VX 3WXJA 1V4TA 3LDLA 5EVZA 3GL1A 1RFQA 3C0BA 4H5VA 3CIPA 3VETA 5BR9A 1BDGA 3ATVA 1DGKN 4FPBA 3H0XA 3KZBA 2F9TA 1WUAA 3FZLA 4F00A 3VEXA 4H0OA 3O5BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AZCB 2HBMA 3D2EB 2VQFK 4DV4K 4EZNA 4FVMA 1D9FA 1W9MA 1TK0A 4CZJA 3QBWA 1LOTB 1SS6A 2XY5A 2G8KA 1HUXA 1HQEA 4NCAA 4F2RA 2BGGA 4KTQA 4EHUA 1EKEA 1VSMA 4CFCA 4W5QA 1CKRA 2XY8A 4B8AB 4BR4A 4PO2A 4BR7A 3RSEB 3AA5X 4A57A 4FK4A 2Q31A 2Y1IA 4FYDA 1Q9XA 3CC2N 3P38A 3SOGA 5AQLA 2D1LA 4E7JA 4AILC 3QO9A 3T46A 1LAVA 3TAQA 3B52X 5M1KA 4LF7K 3OYBA 3VEZA 3VQ7A 3CCMN 3ZSQA 2ZD1A 3LALA 4CHZA 1BQNA 3H45C 3S5TA 3ZSRA 4BC2A 3CCEN 1D8YA 4DFPA 4HYBA 4FK0A 4Y1DA 2CGKA 3K57A 2O4IA 4FWSA 4LD0A 4FJLA 4HY9A 5KRTA 2YHBA 3ATUA 2WONA 1IBMK 4BC5A 4M3YA 1GLAG 3A5LC 3VGKA 3K58A 4MLEA 3OYCA 1IG8A 3V4IA 1C0MA 1X9WA 3PLTA 3AGKA 5SWMA 1K6YA 3RMAA 2ALWA 1RBTA 3KWIA 4CF1A 2D0PA 1HPZA 1ZXOA 2D0AA 4H0XB 2V51B 4KTZA 3OYKA 1VQKN 3KVGA 1MWMA 1JLBA 3F5TA 3EJSA 4JN4A 3MEGA 1HNIA 5FRNA 4E19A 3O9QA 3TU5A 1HWWA 4DMNA 3P31A 3AVAA 3HVTA 3DLGA 3QEIA 2HHWA 4AM6A 4GKJK 3TSPA 4WV7A 5E41A 1S72N 3AVFA 3L3VA 4OKEA 3J7ZO 3THYA 3SAHA 5FLEX 3NFAA 4AHTA 3G25A 4JI0K 4IDKA 4IO9L 3SQ4A 4O4GA 4AHRA 4Q0BA 2QXFA 3VOVA 2BDPA 4CHPA 3QDKA 2GUIA 3D0PA 1B9DA 1S1UA 4B9SA 3CFPA 1C1CA 3DPPA 3TSQA 4I9QA 3QWEA 2CH5A 3NGIA 2DFEA 3J7YP 4AZGA 1TAUA 2A42A 3V1RA 2X78A 1VSHA 5M1QA 3T7ZA 2OZNB 4FJ5A 4G6QA 3CHWA 1L3VA 4K0KK 3EJTA 4CZIA 1I3AA 4AHUA 3LWMA 1RTHA 2LXYA 3N4QA 3RRGA 4JHDA 4Z4HA 3WNHA 4B3TK 2F1BA 5FLXO 4B3SK 4FWLA 4H4MA 1P90A 2YX6A 1T03A 2HNZA 4HVJA 1M1KO 3RR7A 4RW8A 1VSIA 4RW9A 4R79A 4PUOA 4R5PA 1QTMA 2GA9D 4DTOA 1KLMA 3THYB 2W41A 1YJ9N 4H0PA 3CCJN 1DKYA 3E9LA 4EZZA 4F4KA 2E88A 3CYGA 4CZKA 4LFBK 4N76A 1RT7A 2JGUA 1IBKK 2D0OA 1SKRA 2X3VA 4BRQA 5F0XA 3HXMA 3JYTA 5DK5A 2P1JA 2MI7A 1K9MO 3CCVN 4E1NA 1BCOA 3CF5L 4XH1A 1ATNA 2UUBK 2HHIA 3BZCA 3CCSN 4AVMA 4R5LA 1D9DA 1TL3A 5CYMA 5FPEA 3VGMA 1NK5A 1HQUA 4WPEA 4FZPA 1KQSM 4DSEA 3MK6A 5BRDA 3A0IX 4AZHA 5JLFA 4DLEA 1QHTA 2IC3A 1URUA 1VQMN 3KD1E 1RTIA 3MN7A 1N33K 5JENA 4H0YB 5DMRA 3ENBA 3HP6A 1WBBA 4EP5A 1BA1A 4NCBA 4CFAA 2VWBA 4B9VA 2D1KA 1GLDG 3VQPA 1C6VA 2Q2RA 3L2WA 1HKGA 3C7NB 2IIRA 2IVNA 3CYMA 1QZ5A 2HMIA 2G8FA 5HRNA 5AZJA 4X66K 3DX4A 4BEBA 3P1GA 4JKHA 2V0OA 4O55A 3DYTA 3NAEA 3LWLA 4X64K 3ZEFA 3OYMA 4DS4A 4FJ7A 1XHXA 5AQGA 3ALYA 3E01A 4FPAA 2X3XA 3U3YA 3WNFA 4I1QA 2W6KA 3FFKB 2KFZA 2OPSA 5BREA 1OA0A 3B8AX 3KAVA 2UYTA 1ASWA 2FXUA 3VQ4A 1BO5O 3CMEN 3WEEA 4DV5K 4GKKK 2E5LK 4FXDA 3O9SA 3QA8A 2Q12A 1IKXA 4JWDA 3S3NA 1ITGA 2W42A 4BE0A 5H1SQ 4BC3A 1OVQA 1YAGA 3R3LA 5AQKA 2VG7A 2ELBA 4IFVA 4FJMA 5C12A 3NE6A 4CEFA 4FLYA 1YVUA 3SUQA 3TWHA 4W5NA 3CCLN 3PO4A 4J2BA 1XMQK 1N8RO 2G8WA 4FLWA 4YY3K 3HP9A 2WFBA 5AZJB 3ZX2A 2YLAA 1S5JA 2YIVX 3LP3A 3CPEA 3RWUA 3ZT3A 1CZ9A 3O9RA 3QB0A 4PA1A 1OA1A 4FJIA 4E0DA 3SQ1A 3UKUA 4BNEA 5CZ2A 4FJ9A 4OVLA 1NOZA 3EO3A 1S6QA 3NH2A 1FW6A 3CJ7A 1NK7A 2E2NA 4RTFD 3OYIA 3MX5A 1Q7YO 4PL8A 3VKHA 1TKTA 3UB5A 4A2AA 2ITMA 3WEEB 1I4LA 2I7NA 4QS7A 4DTUA 1X3MA 3L6QA 2E8AA 4O8KA 4EP4A 3V1QA 4N41A 1S22A 3SYVA 4CVNE 1NK0A 3I33A 3LLLA 3S3OA 4JI1K 4W5OA 1ZYQA 2KLAA 4DV2K 4NCGA 4QS8A 3H6EA 3JAMO 4Y0WA 3L3OM 3CI5A 1O7DC 2VWKA 4E7IA 1Y2OA 2NNWA 4FWOA 1KAXA 2VG6A 2X3WA 4WFBL 2Z0NA 4FLUA 3HAHA 4H6IA 2EWSA 3DOBA 3MECA 1NGJA 1HKCA 3AVCA 5HRPA 3R6MA 4YOWA 3UKUB 1WLJA 1HX1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2OBM A;  2QW9 A;  4EZQ A;  3BVW A;  1EQY A;  4JKC A;  2VGM A;  4ILG B;  2GTD A;  2Q13 A;  3DPO A;  3ZT1 A;  2YL6 A;  3C94 A;  3SBG A;  3KDR A;  1BIZ A;  4ILH B;  5EU7 A;  4OKK A;  4X62 K;  4KHU A;  3CAZ A;  1TYQ B;  1BWF O;  3RSE A;  1J6Z A;  3CQX A;  4BRM A;  1IG9 A;  4PL7 A;  3HVR A;  4M3W A;  3SBS A;  1WSH A;  3AAR A;  4BC4 A;  3I56 N;  1YTU A;  1TUY A;  4OLA A;  3SAF A;  4FLZ A;  3SNN A;  2YHW A;  3IKM A;  4CIF A;  5FPD A;  3L4Q A;  3ULE B;  3KKS A;  4OO1 J;  4DSJ A;  1Z26 A;  3A5N C;  1I49 A;  3CJC A;  2HBK A;  3EKS A;  4IZ9 A;  3TAG A;  4QAG A;  2Z1J A;  3BZK A;  1XNQ K;  2YL9 A;  1RTJ A;  5HRS A;  5EVZ A;  3SUP A;  1XI1 A;  4CFB A;  3GL1 A;  3MEE A;  4PWD A;  1BDG A;  1Z25 A;  1DGK N;  3P39 A;  3SUO A;  3VEA A;  1LW2 A;  3H0X A;  1O7D B;  2IS3 A;  3CM5 A;  2PYL A;  4F8R A;  4BWJ A;  2W6L A;  3VEX A;  4MQ3 A;  3DLL L;  3NHG A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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