4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
2A41A 2E2QA 4CZMA 4DCHA 1NGEA 1WOQA 3I8BA 4BC2A 1SAZA 5ADXH 4WQ4C 3M6GA 2ZGZA 2P9PB 2E2OA 3MN6A 3CJ7A 3H46O 3QBXA 4BR5A 5B8HA 3SMSA 4JN4A 5BPMA 4FOIA 1BA0A 4CZKA 5AQZA 3LDNA 4ISGA 2GWKA 4BR0A 3GE1A 1BO5O 4EZWA 2YHYA 4JNEA 1BWFO 4EZXA 5AQPA 1HPMA 3ULEA 1HX1A 3AAQA 3MN7A 3DXMB 3F9MA 1SZ2A 3QNJA 1GLLO 4WQ5C 1JCGA 3LM2A 2AA4A 2GEMA 1KAYA 3O5BA 4CZIA 1RGIA 3FFKB 1U2VA 1T6DA 4JNFA 1MA9B 4C23A 3H0XA 1HLUA 2IVPA 3UKRB 1X3MA 4RWTA 1DKZA 2HF3A 3VF6A 2Q1NA 3QICA 1S22A 3C7NA 5KPZA 1BOTO 4H5TA 4JHDA 4BRAA 3A5OC 4R5GA 3G25A 3ENHA 3DPQA 3WUHA 4IWVA 1IG8A 4K25A 2VYPA 3DXKB 2E8AA 4CZFA 5ADXA 4CBUA 2P9KA 1S3XA 4NB4A 2E2NA 2J4RA 1GLCG 3KVGA 5AQKA 3A5LC 4H5VA 2CH6A 2QWOA 2D0PA 4YDUA 1Y64A 5AFUA 4J8FA 3VEWA 4FWLA 1NGJA 5BPNA 2YHXA 4A61A 2KHOA 3WXLA 4H5WA 5E26A 5FPEA 1HJOA 2QM1A 1XC3A 4K43A 3R6MA 2FF6A 4B9QA 1CZAN 4FWSA 3I33A 3T47A 3O4WA 3W3DA 1RDWX 5BRDA 4E1JA 3UB5A 4BR7A 3O6WA 2P9NB 3R8EA 3HZ6A 1LOTB 4F00A 4R5JA 3B8AX 3UKUA 1D4XA 4ISFA 5LY3A 2WINM 3N8EA 1E4FT 1QQNA 5EY4A 3M1FA 1C0FA 2YCHA 1NGBA 2ASPA 1ZBSA 1ATRA 3AY9A 3D2EB 3MN9A 3EKUA 1YVNA 4BC5A 3WXJA 2P9IB 2P9PA 4M7YA 4BR2A 1CKRA 3RSEB 3TPQA 2P9LB 2VCPA 2QWNA 1MWMA 1JCEA 4EZZA 3A0IX 5FPDA 2QWLA 2FSJA 3IDHA 2FF3B 3GBTA 5EX5A 5BPLA 2P9SB 4CD1A 2IVOA 4K41A 1P8ZA 5JICA 3DQGA 3UE5A 3VEYA 2P9UB 5E84A 4FSVA 3VF2A 5AQSA 2V7ZA 1G99A 3VGLA 3LDLA 2UYTA 2A40A 3DXMA 3FR0A 1NGFA 2PBDA 1Z05A 3ENOA 3H3OB 5JLHA 2Q0RA 3CJAA 1Q5LA 4O8KA 3EKSA 4XEIA 5BN9A 3CJBA 3FZLA 4YDUC 3QFPA 1NGHA 3UKRA 1TYQB 1KAZA 4H0YB 4CZJA 2I7PA 2D1KA 4M63C 3A8YA 3SLCA 1OKJA 4BC4A 4BRHA 4FWQA 4MO5A 2E20A 2E1YA 3W0LA 4Z94A 3CJCA 4CBWA 3MMVA 4CZEA 3DOBA 3DXKA 4FWRA 5AQQA 3JXUA 4HYBA 3HBTA 3CERA 5AZJB 1MWKA 2HF4A 1DKYA 1ZXOA 4H03B 2W40A 2Q36A 3DWLA 1X3NA 2GELA 3JS6A 4BRCA 5F0XA 1BU6O 1GLEG 4BRPA 3U9ZA 3QBWA 1JCFA 4FPBA 3QFUA 4EZSA 3HTVA 4FOEA 5EXWA 4DHYA 2HOEA 2NLXA 5KPTA 3ATUA 1RFQA 2ASOA 3HM8A 1NGGA 2QFFA 3H1QA 4WV5A 4B1ZA 5AZIB 1KAXA 1HKCA 2CH5A 4B1UB 2CGKA 3CQXA 3C0BA 1DKGD 3WQTA 3CIPA 3OHRA 4O5FA 5EOYA 4IZ9A 5AQGA 2ZGYA 4FWNA 2P9NA 2QW9A 4BRNA 4JWEA 1ATSA 2QWRA 1EQYA 4EZOA 1ATNA 1YXQA 3FZFA 3O80A 5AQHA 1WUAA 4BRIA 3VESA 1QHAA 2GUPA 4H0VB 3LDPA 4R5LA 4BRMA 4EZQA 4HWIA 2QXLA 3D2EA 2EWSA 4IXCA 4BRKA 2YJFA 4PKIA 3O08A 3WT0A 5AQIA 1U00A 4EZTA 4BG8A 4BGBA 4JWCA 2P9IA 4HY9A 1TUYA 4MO4A 3HSCA 3DJCA 1GLBG 3RSEA 2P9LA 1BUPA 3EZWA 4BREA 5LJWA 2F9TA 1XQSC 4CI6A 2ASMA 1NMDA 2P9SA 3OHXM 3CETA 1TUUA 2P9UA 4ISEA 4IJNA 4QS9A 4Y0WA 4H0PA 4NO7A 5LJVA 3ZX2A 4H0XB 5BR9A 4PKGA 4PL8A 5BREA 4AM7A 3VEOA 4H6HA 1QQOA 4H0OA 1NM1A 5FPNA 3IUCA 1X9JA 3VGKA 1GLAG 4JAXA 1TYQA 5F2RA 4F9OA 5KQDA 3MCPA 5ELZA 3ZEUB 1V4SA 2Q0UA 4K42A 3VERA 4A62A 3TU5A 3H45C 2OP6A 4CZLA 4F01A 3O1WA 4CD3A 2YHWA 3AAPA 4BGAA 5F1XA 5JLFA 3LM9A 2I7NA 4H6IA 3FZHA 3QDKA 3ZX3A 2QWQA 1BG3A 2D4WA 4BVOA 4FWKA 2ZWHA 3KHYA 2Q31A 5JMVA 3DPPA 3VEZA 1QZ5A 4RTFD 1SQKA 5AZJA 2FLOA 3BF3A 2YJEA 3T49A 4PKHA 3KZBA 2QWPA 3ZETB 4EHUA 3WEEA 3GL1A 4BRFA 2BTFA 3MDQA 2A5XA 4CBXA 1DG4A 4E81A 1Q18A 4FWPA 1QZ6A 3SK3A 3D2FB 4H5NA 5AQXA 3SMPA 3L6QA 2YI1A 3T48A 4WYBA 2E1ZA 3VEVA 2ZF5O 2CGJA 7HSCA 5AZIA 1XUPO 4QS8A 3VF4A 5FPMA 3O8MA 4EIAA 2H3GX 1BPRA 1U6ZA 3H3NO 3LL3A 5BRFA 4BROA 4AM6A 4EZRA 3MK6A 4EAHD 5BN8A 2OANA 3DAWA 1LCUA 2E2PA 3T46A 4QS7A 4M7XA 4B1YB 3WEEB 3U4LA 3L0QA 3ATVA 4GY2B 5AQWA 3VENA 3QB0A 4BRLA 4BR9A 5AFUH 4BVPA 2W41A 4B1VA 2VWBA 3IMXA 4JD2B 4CZHA 5AQUA 5I9EB 2FSKA 5AQRA 3BUZB 5CE3A 4WV7A 4I6MB 1E4GT 3GOIA 5AQVA 2AP1A 4CZGA 2V52B 3VPZA 3A5MC 4BRQA 3CHWA 1MDUB 3VETA 4A2AA 2A6AA 1BDGA 3FZMA 1GLJO 1IJJA 1DEJA 3WXIA 4EHTA 2A42A 3SJHA 3CJ1A 3H6EA 4KBOA 2CGLA 3D7EO 2NRHA 3L4IA 3QMLA 4LC9B 4BQZA 3WXKA 2PAVA 3LDOA 1C0GA 1NLVA 1T44A 4PO2A 2BPRA 3T4AG 2V51B 3CJ9A 4FPAA 5AR0A 3J8AA 1KXPA 1QQMA 3ID8A 1ESVA 1NGAA 2QWMA 4R5KA 3ZEUA 4A2BA 1DGKN 3ZX0A 2WUSA 3VEXA 2GWJA 4RCHA 4XH1A 5AQNA 3HI0A 3ULEB 2GTDA 2D0OA 2Q97A 4EFHA 3GDQA 1H1VA 2Q2RA 4FL9A 2HMPA 3FZKA 1BA1A 4H5RA 3M3ZA 5AQYA 3S41A 3FGUA 5TKYA 4FWOA 1U2VB 4BC3A 3GG4A 4HTLA 3IFRA 4FO0A 5AQOA 3ZETA 4WQ4A 1K8KA 1NGIA 4BRDA 4DQ8A 4IO8A 5AQMA 1DKXA 3C7NB 1T6CA 2DPNA 1Z6RA 3BP8A 1HUXA 4JHDB 5KQ8A 3EO3A 3R9PA 4FWMA 4R5IA 3P4IA 4IJAA 2F9WA 3DPOA 3D2FA 2FXUA 4H0TB 4EZUA 2NZTA 1GLFO 1R59O 4EZNA 3FE1A 4B1WB 3CQYA 4BQLA 1NBWA 5AQLA 2P9KB 3WQUA 4BG9A 2E88A 4WQ5A 4BR4A 1HKBA 4JWDA 1YAGA 1V4TA 4B1XB 2ITMA 4BRGA 3CI5A 1NWKA 1GLDG 3AARA 3H1VX 4EZVA 1NGCA 3O1BA 4DB3A 5AQFA 5KPRA 2A3ZA 3MN5A 5AQTA 3VOVA 1K8KB 3VGMA 3BEXA 3EL2A 4GNIA 2IIRA 5EVZA 3BF1A 4CJ7A 3L3OM 3U8XA 4JWIA 3FLCO 4MLEA 5BRHA 2IVNA 2BUPA 4JD2A 4EZYA 4PL7A 5AQJA 1HKGA 4I6MA 4MLHA 4EZPA 2V7YA 1ZC6A 3LDQA 1NGDA 3U9DA 3A5NC 3UKUB 4XH4A 1J6ZA 2FSNA 1YUWA 3EN9A 4XH5A 4L3QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I42A 2ND1A 3I8BA 1E3MA 1B9DA 1SAZA 5ADXH 2UU9K 2VQFK 2Z1HA 4CJFA 2ZGZA 2E2OA 3MN6A 3SBSA 4CEEA 5B8HA 1BA0A 1TGOA 5BR8K 1S5JA 1SU7A 4M3XA 3SQ4A 1BI4A 4AVMA 4OGEA 2QI2A 4EZWA 4JNEA 1BWFO 4EZXA 5AQPA 1HPMA 5K14A 4N47A 3MN7A 3SAFA 4RG8A 2ZJRL 1TQWA 3QEXA 1EO1A 3C6HA 3PV8A 1ASVA 1XHZA 4NXNK 1RGIA 1VSHA 1HMVA 3Q84A 4Z4GA 3AVJA 3MXMA 4AZ6A 2RHKA 1X3MA 2DFHA 3VN5A 3ZSQA 3VF6A 2Q1NA 1JQKA 2X3WA 2YL8A 1NJIO 3C7NA 1BOTO 4JHDA 4KIKB 3B51X 3AO1A 1HYSA 3TTCA 4HUFA 2YHBA 3V81A 2Z0VA 2Z8YA 5LMNK 1XMOK 2E8AA 5J2NA 4CBUA 2UUCK 3TAEA 4ILHA 1LAVA 1GLCG 5AQKA 1JLEA 3A5LC 3T1AA 2WONA 2NCZA 3EZ5A 2KFNA 2QWOA 2D0PA 4Z4CA 1A5VA 4CE9A 1XC9A 3A98A 1JL1A 3ITHA 4FJMA 4B8AB 4FWLA 3HT3A 2YHXA 1YHQN 4IOXA 3WXLA 4CJEA 1W7AA 2F8SA 1HJOA 2QM1A 3CC7N 1KTQA 2G8IA 4LFCK 4IBNA 5HL7L 1RT4A 1TVRA 3EJSA 2EX3A 5IT9O 3Q0KA 2ALWA 2LXYA 3TR8A 5JVHL 4NLCA 1IKVA 3UB5A 3O6WA 3THXB 4FK2A 4CJPA 1KD1O 4F00A 4R5JA 1UAXA 5GAEP 1D4XA 3KJVA 4AZCA 2B5JA 4YNQA 2WINM 1E4FT 1QQNA 1BGXT 3ZT0A 2ASPA 5GINA 3AY9A 4CFBA 4AQYK 4C8OA 3DOKA 4FZYA 4BR2A 1CKRA 3DI6A 4A5AA 4BACA 2VCPA 4BE0A 1GOBA 1MWMA 3PLAA 2ZM6K 4A57A 4BEBA 3A0IX 1WLJA 5EX5A 2FF3B 5LMUK 2P9SB 1E9VA 3NF7A 4CD1A 4Z4IA 1P8ZA 5JICA 3CAZA 3RRGA 4JI8K 3VEYA 4R5PA 5E84A 4DTXA 2V7ZA 1EWRA 3O9UA 1Z05A 4FW2A 4CHYA 5HOOA 2Q0RA 4DTOA 4EZ9A 4OKEA 1QWUA 4CGHA 1LW0A 3CJBA 4WE1A 1QWNA 2Z0NA 1TYQB 3CV5A 4CZJA 5FLXO 4BC4A 1TKDA 3L3UA 4FWQA 4KIKA 3ZSYA 4Z94A 3VQBA 3MMVA 4QOZB 1D9FA 3JXUA 4IDKA 4IW0A 3HBTA 3KK3A 5AZJB 1WDZA 2XO7A 2HHQA 1FKOA 1SU8A 1X3NA 3J7YP 3AVNA 4FJXA 1YT3A 5F0XA 1GLEG 3BZKA 3QBWA 2GBZA 2VG6A 3D6RA 1XWLA 3HTVA 4FOEA 4CK3A 2NLXA 2RF2A 1VSKA 4IG3A 1YI2N 1TK5A 4LH5A 2F7OA 3H1QA 1NOZA 4H4MA 3VTHA 2RPIA 4B1ZA 4AF1A 3EE9A 3QA8A 3DLHA 1YVUA 2JWLA 4JK7A 2CGKA 3OHRA 5EOYA 4IZ9A 3V6DA 4KAZA 1ATSA 2QWRA 3HVRA 3O80A 2VG5A 3VESA 5DM6L 1QHAA 3NF9A 4UQGA 4R79A 3DLLL 1DLOA 1Y2OA 4CJ3A 3LANA 4GV6A 4PKIA 5T7BA 3O08A 3OW2M 5AQIA 4BG8A 4FM2A 1NJXA 4JWCA 1ZWWA 4ZTJA 4JI1K 4B3OA 1BUPA 4BREA 4JK8A 1XQSC 4CEDA 3DLEA 1NMDA 2P9SA 3OHXM 3MEDA 1ASWA 3CCEN 4E3CA 5TKWA 4IJNA 5DM7L 4H0PA 3CCRN 2F1AA 1RDDA 4H0XB 4IDHA 4FM1A 4OX9K 2BGGA 1RBSA 3EEQA 4JI2K 1SKSA 3CCLN 1ZBLA 4BY9C 4Z4HA 4CJKA 4UDXX 3IUCA 1X9JA 4BWJA 2UUAK 1GLAG 1TYQA 3MCPA 3ZEUB 3J80O 2Q0UA 4G6QA 1VQLN 4CZLA 4K8XA 3O1WA 5JLFA 2YHWA 4E19A 1KRPA 1FW6A 5FRNA 4FWKA 2ZWHA 3DPPA 2NRRA 3VEZA 1QZ5A 4FZZA 4HUGA 2NUBA 1GOCA 4UDYX 4GW6A 1JLAA 1TKTA 5AZJA 3K58A 4JKCA 4DR2K 3BVWA 4CHZA 4CFDA 3ZT3A 3T49A 3BVTA 4E1NA 4FJJA 3CCMN 3GL1A 4BRFA 2BTFA 5GIPA 3HPOA 3HL8A 3T69A 1Q18A 1OH7A 1QZ6A 4YFUA 4CJLA 1BQNA 1HPZA 1L3TA 3V1QA 1ZBIA 3EJQA 4KB1A 1U04A 3B6OA 4DU4A 4DCNC 3LPTA 4QS8A 3VF4A 5FPMA 5E41A 2X78A 4EIAA 2H3GX 4BECA 5M1PA 3G9GA 2WFBA 4DV7K 5BRFA 1EXQA 2X6NA 4EAHD 3DOLA 2OANA 4CESA 3SUPA 3DAWA 2RN2A 1LCUA 5CZ2A 4QS7A 2OO2A 2BH1A 4FZOA 3AO3A 3OYDA 3ATVA 3BY5A 3VENA 3ABHA 3ERCC 4CJRA 4O0JA 3VA0A 4X65K 1Q81O 2W41A 2FSKA 2YL6A 2IGIA 5AQRA 5CE3A 4X64K 3MCAB 4X62K 1E4GT 1S6QA 5AQVA 1YITN 3C95A 3VPZA 1E1DA 3O3HA 3CHWA 3VETA 1BDGA 3WXIA 1IJJA 1DEJA 1LW2A 3MXJA 3SJHA 4ILJA 1U48A 3H6EA 4KBOA 2DTUA 2Z1GA 2CGLA 2NRHA 3L4IA 3QMLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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