4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
3VEZA 2DPNA 3HBTA 3CJAA 1DG4A 1NGDA 2P9UA 3T49A 3MK6A 4RWTA 2D1KA 3CQXA 4JAXA 3O6WA 1HKBA 4F00A 3WQTA 4K43A 2V7YA 3MN6A 2IIRA 4FOIA 4I6MA 1R59O 3FZKA 2F9TA 2Q2RA 4PKHA 3UKUA 2P9NA 4E81A 4FL9A 3EZWA 4EZPA 5FPDA 2E8AA 4JHDB 2E1ZA 2PAVA 2D4WA 4K42A 4BR7A 2ITMA 1KAYA 4CZHA 4EZZA 3AARA 2A40A 3WXLA 3TPQA 1NGGA 5BN8A 2VYPA 5AQWA 2ASOA 3LDPA 2GUPA 5F1XA 3N8EA 4XEIA 5KPTA 3CHWA 2ZGZA 2IVOA 2P9IB 4IJNA 5KQ8A 4EFHA 3SJHA 5CE3A 4JN4A 1GLCG 5BPNA 3R6MA 1NWKA 1MA9B 1RFQA 3ATVA 3L4IA 1NMDA 3O08A 3QB0A 5BN9A 3VF6A 1NBWA 1NGEA 4ISEA 1MDUB 4EZRA 4PL8A 2YJEA 2QWLA 5AQVA 1YAGA 4AM6A 1KAZA 1BA0A 1NGIA 4B1UB 5AZJA 4BRLA 1GLDG 3A5OC 2P9LB 4MO5A 5AQXA 3R8EA 4BGBA 4BGAA 5AQPA 2P9UB 2GTDA 1U6ZA 3DWLA 3LM2A 5FPEA 2A41A 1NM1A 4RCHA 3ENOA 4WQ5C 4I6MB 4BG9A 3A5NC 3UKUB 4C23A 1XQSC 1ZBSA 2P9NB 2YHYA 3HTVA 4CZKA 4FWRA 4ISGA 4O5FA 2NRHA 4BR9A 1ZXOA 1KAXA 1Y64A 1JCGA 3QBXA 5ADXH 1D4XA 3OHRA 1S22A 3ENHA 3GG4A 5AQZA 4CJ7A 4H0PA 7HSCA 4BRQA 3SLCA 2FSKA 4H0OA 4PKIA 4H6IA 3LDOA 5KQDA 4FO0A 1HLUA 3LL3A 5AQNA 3FR0A 3O4WA 4M7XA 3MN9A 2CH6A 4FWNA 1RDWX 5AZIA 4BG8A 5LJVA 2D0PA 3JXUA 1IG8A 4XH5A 4A2AA 5AQQA 3M1FA 3WXIA 2I7NA 4K41A 1QZ5A 3ZEUA 1ATRA 5AZJB 4FWSA 3DPQA 2P9PA 3MN7A 5EVZA 1HX1A 3CJBA 2VWBA 2CGJA 2E2QA 2QXLA 5AQLA 3GDQA 1TUYA 2E2OA 2QM1A 4L3QA 5AQFA 4MLHA 3LDLA 1Z6RA 5B8HA 3GOIA 1DGKN 4H0XB 4BRIA 2CGLA 4IO8A 2QW9A 3VF2A 3BP8A 3FLCO 2P9LA 2QWPA 3QFUA 4R5KA 2A6AA 4BR5A 1HJOA 1JCEA 4EHTA 4H0YB 2D0OA 3EN9A 1NGCA 4BRNA 3CJCA 1LCUA 2E88A 2HOEA 3S41A 3VEVA 4B9QA 3U4LA 4PL7A 1DKXA 2WUSA 3DQGA 5AQRA 2HF3A 2HMPA 2QWOA 3HM8A 3ZETA 4CD1A 1U00A 4WV7A 2Q97A 1BDGA 2ZF5O 1G99A 3D7EO 3CJ7A 2KHOA 3H45C 4BRDA 3UB5A 4FPBA 3H6EA 3P4IA 5BRHA 1T44A 1QZ6A 3AAPA 5AZIB 3VEYA 3QDKA 3W3DA 1ATNA 2AA4A 2YJFA 3QMLA 1V4SA 4BRCA 1NLVA 4ISFA 4EAHD 3ZEUB 2P9SA 4IZ9A 2P9PB 2ZWHA 1QHAA 2NLXA 5E84A 4EZSA 3CJ1A 4EZXA 4CD3A 3VF4A 3U9DA 2FF3B 2IVPA 3KHYA 1U2VA 4EIAA 2Q31A 3QICA 5BPLA 2BTFA 3H1VX 4RTFD 4BC5A 4FWOA 4NO7A 3J8AA 2ASMA 4CZMA 3DOBA 1TYQA 1QQMA 2YI1A 3CIPA 5AQHA 3WQUA 4BRPA 4CBXA 1HPMA 1MWMA 3DJCA 3IMXA 3O1BA 1XUPO 2H3GX 3GE1A 4EHUA 4Z94A 4JWCA 4H5RA 3WXKA 5KPRA 1DEJA 5E26A 5JLFA 2ASPA 2UYTA 3T4AG 4GY2B 1DKGD 2E2NA 4BREA 2P9KB 3CJ9A 4QS7A 3ZETB 5ADXA 5AQUA 4B1YB 4EZOA 5AQGA 1HKCA 1E4GT 4A2BA 1EQYA 4XH4A 5KPZA 2Q1NA 3H3NO 1SZ2A 2WINM 1S3XA 2YHWA 1GLJO 3VETA 4AM7A 3C7NB 4JD2B 4CZJA 1HUXA 1HKGA 3EL2A 3I8BA 3L0QA 3O5BA 4EZNA 1TUUA 4MLEA 4BR0A 4YDUC 5AR0A 2P9SB 4IJAA 1CZAN 3CQYA 5BRDA 4A61A 2FSJA 4BC3A 4BC2A 2CGKA 2OANA 1QQOA 1U2VB 3R9PA 4CI6A 1NGBA 4K25A 3VGKA 5AQKA 3DXKA 1IJJA 4CZLA 4FOEA 3MMVA 3H1QA 4FWQA 2GEMA 5AQTA 1C0GA 3A0IX 5LJWA 3T48A 1C0FA 1GLEG 1GLFO 3LDNA 1H1VA 1TYQB 3WXJA 1T6CA 5AQJA 2A42A 3D2FA 2AP1A 1BPRA 4CZFA 5FPMA 5AQOA 2FLOA 3FFKB 2GWJA 3AAQA 5EOYA 1YXQA 2E20A 1T6DA 3FZMA 2V7ZA 3DXMB 3O8MA 2QFFA 5AFUH 5AQYA 4H0TB 1DKYA 1LOTB 3BUZB 1K8KB 3U9ZA 1NGJA 3L3OM 4EZYA 3B8AX 2VCPA 2V52B 3I33A 4H6HA 3VEWA 3BF3A 1ESVA 4CZIA 1MWKA 3GL1A 2F9WA 3T47A 3QNJA 3IUCA 3WEEB 2Q36A 3UKRA 1KXPA 4HTLA 4WQ5A 3A5LC 3H0XA 2P9KA 3EKUA 3W0LA 1NGHA 2V51B 2CH5A 3FZFA 3ZX2A 4BRFA 4BRHA 3VGMA 4CBWA 1XC3A 3D2EB 1BA1A 1P8ZA 5F0XA 3CI5A 4HWIA 1RGIA 1OKJA 4FSVA 4H5VA 1YVNA 4EZVA 3C7NA 3M3ZA 4H5WA 4JD2A 4WYBA 4E1JA 3DXKB 4BC4A 5FPNA 3FZLA 4H03B 5EY4A 1WUAA 3M6GA 3TU5A 2FSNA 4WQ4C 4H5TA 4YDUA 3AY9A 4FWMA 2W40A 1DKZA 1V4TA 3BEXA 4FPAA 3VERA 3H46O 1WOQA 1GLAG 3VPZA 3D2FB 2IVNA 3DPPA 4O8KA 5BREA 5EX5A 1BU6O 4LC9B 1ATSA 3H3OB 4IWVA 3DPOA 1NGAA 1CKRA 2QWMA 1J6ZA 5JLHA 4HY9A 2PBDA 3G25A 3HZ6A 3LM9A 1ZC6A 1X9JA 3F9MA 2Q0UA 4JNEA 2A5XA 5BRFA 1SQKA 4H0VB 4CZGA 4DHYA 4M63C 2Q0RA 4DCHA 4QS8A 3VOVA 5BR9A 4R5LA 3VEXA 1Q5LA 4JNFA 3O80A 4CZEA 4BRGA 4Y0WA 3UKRB 2HF4A 3BF1A 4R5JA 4BQLA 3DAWA 3QBWA 3DXMA 4M7YA 3HI0A 4BROA 1BG3A 4B1WB 4F01A 1K8KA 3IFRA 3U8XA 5BPMA 4BR2A 4EZWA 3RSEB 3KVGA 4BVPA 3A5MC 2QWQA 1X3NA 4R5GA 4B1XB 3HSCA 4IXCA 2YHXA 4PKGA 3CETA 3MCPA 3WEEA 3OHXM 2W41A 3A8YA 3WT0A 4NB4A 3VEOA 3ULEA 3C0BA 2GWKA 5EXWA 4BQZA 3WUHA 3D2EA 5TKYA 4B1VA 4H5NA 4A62A 4JWEA 2YCHA 3VENA 4EZQA 2QWRA 3VESA 5I9EB 3UE5A 5JMVA 1JCFA 3GBTA 3ZX0A 3T46A 2J4RA 1BWFO 3FE1A 4J8FA 4DB3A 1BO5O 1NGFA 2NZTA 4WQ4A 4BVOA 4WV5A 3ATUA 4EZUA 3EKSA 1GLLO 5AQIA 3VGLA 4F9OA 4JHDA 4MO4A 4CBUA 2EWSA 4BR4A 3QFPA 3O1WA 1SAZA 5AFUA 4R5IA 2E1YA 2FXUA 3EO3A 4FWLA 3LDQA 1YUWA 2BPRA 2I7PA 3ZX3A 2E2PA 2P9IA 3JS6A 4XH1A 2GELA 3SMPA 3MN5A 3SMSA 4EZTA 1E4FT 3SK3A 1Q18A 2BUPA 3ID8A 4DQ8A 4JWIA 4JWDA 5LY3A 2A3ZA 1Z05A 2FF6A 2ZGYA 4HYBA 3CERA 5AQSA 4KBOA 5ELZA 4BRMA 5JICA 4QS9A 5AQMA 1GLBG 4BRAA 4FWPA 1QQNA 3ULEB 4BRKA 4B1ZA 5F2RA 4PO2A 3FZHA 3MDQA 1X3MA 3FGUA 4FWKA 1BOTO 2OP6A 3KZBA 4GNIA 3IDHA 2QWNA 3L6QA 3RSEA 1BUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DPNA 1S1VA 3HBTA 4DTNA 4B08A 1DG4A 3T49A 4RWTA 2D1KA 3CQXA 3C6TA 1HKBA 4F00A 1WSJA 4M3UA 2IIRA 2F9TA 4PKHA 2F7OA 2GF4A 4JKCA 4DUYK 3S5TA 2VGMA 3VQ8A 3RMCA 5FPDA 1I3AA 2E8AA 2E1ZA 3SBSA 3KKSA 5HL7L 3AVKA 1L3TA 2YKNA 4EZZA 1RT7A 3F9KA 3TPQA 1NNEA 2VYPA 2ASOA 2O8FA 3HSTB 3OWGA 3QIOA 2ZGZA 4G9ZA 4AHUA 2P9IB 2YL6A 5KQ8A 3KAWA 4JN4A 4DV2K 3AGKA 1NMDA 1YIJN 1X9SA 1VQPN 1C6VA 4ISEA 3ZSXA 1NK8A 4CGGA 1RILA 4DFJA 2W6LA 4FLZA 4AM6A 1KAZA 1BA0A 2FYVA 2XY8A 4BRLA 4FLVA 3SUPA 4M3WA 2YL9A 5AQXA 2UUCK 4NYFA 4CF8A 5AQPA 3KTQA 3ISNC 3SOGA 2P9UB 2VG7A 1TAUA 1U6ZA 1HYZA 2A41A 3EJUA 1KTQA 1EWQA 3A5NC 2HHHK 4C23A 2P9NB 2GX9A 3MEEA 1WLJA 3B6OA 3P1GA 2RHKA 4ISGA 3DX2A 4Y1CA 3J80O 2ITGA 3E01A 2NRHA 4HCCA 3AVLA 5GAGP 1JCGA 2YL8A 5HOOA 1QS4A 3OHRA 4X65K 3V9UA 3OYKA 1S22A 1VQ6N 3ENHA 1W2BM 3GG4A 5M1QA 5H1SQ 4H0PA 3TAFA 5CHIA 4W5RA 3M8PA 1IO2A 3T7ZA 3LDOA 3EJSA 1M1KO 4JI8K 3OS2A 1TK0A 4M7XA 1K73O 5C2DA 4PHTX 2X5CA 1JLFA 1IV0A 4FWNA 1RDWX 3I55N 5AZIA 4BG8A 1KSPA 1T3VA 4XH5A 1IG8A 4A2AA 5AQQA 4FM1A 4FM3A 4K41A 1QZ5A 5AZJB 3I39X 2EWFA 4CERA 5EVZA 2VWBA 1J5EK 2QXLA 3QA8A 5GIPA 3GDQA 5GAHP 1T8EA 2ND1A 4FVMA 1C0TA 3CFRA 2CGLA 1JLGA 2QWPA 5A2QO 1J54A 5KGXA 1C0UA 4DQPA 1NMNA 2JNKA 1HJOA 1RDUA 5LL6Z 4BRNA 4J2EA 1NGCA 2XY7A 3VEVA 1X03A 3O3MB 2FBTA 2WUSA 5KI6A 4CCHA 3A98A 2GV9A 3ZETA 1U00A 2Q97A 2F8SA 5M1NA 2D0AA 4CEOA 3T1AA 3ZT4A 3UB5A 3H6EA 1T44A 4I2QA 3AAPA 2KTQA 2ZQBA 3QNOA 2AA4A 5J2PA 1HMVA 1V4SA 1NJXA 4KHNA 2KZMA 1NLVA 4EAHD 5C12A 4DR2K 4E1NA 4IZ9A 2ZWHA 2HHVA 4CJ4A 4AZCB 2NLXA 1NU0A 1W9HA 4GMJB 3KDRA 1BIUA 4CD3A 1RBTA 4Z4GA 2FF3B 5J2MA 4ZTFA 2X3VA 3HPGA 4EIAA 4CJUA 3B51X 2Q31A 3LPUA 1N34K 4KHQA 3V9ZA 4MFBA 3H1VX 1VAZA 4RTFD 3MEGA 3WNHA 4FWOA 1S1TA 2ASMA 4CZMA 2EX3B 4RW7A 1Y97A 5FLEX 1WBDA 3WQUA 1OVYA 3K57A 4BRPA 4CBXA 1MWMA 2PYLA 4EHUA 3G10A 5JLFA 2RT6A 2ASPA 3PUFA 2KFNA 3GI7A 4DLGA 4GV3A 1UWBA 1IH7A 1R5EA 4DTOA 4BREA 2QXFA 3CJ9A 4QS7A 1N5YA 1KLMA 1LAWA 1BGXT 4EZOA 2ATQA 4KO0A 3L3PA 1EQYA 4DS5A 4O0JA 3VETA 1SZ2A 2YHWA 4BDPA 4LF8K 1XHXA 2BANA 2F8TA 3AO4A 2NNWA 2NRRA 4DR5K 4C8OA 4KHPK 3SCXA 4CEFA 4IJAA 1Q9XA 1CZAN 1N32K 3CQYA 2D0CA 4YOXA 2FSJA 3I2WA 4I2PA 4W5NA 2OANA 4ELVA 3OJUA 4CK1A 4WF9L 1KC8O 3KD1E 2HBLA 4I7FA 4CZLA 5C24A 3MMVA 3H1QA 5C0YA 5AQTA 5LJWA 4DTJA 1H1VA 1TYQB 1CZ9A 3K2PA 3D2FA 1B92A 4FLWA 2AP1A 2F96A 2P51A 4CZFA 3SV3A 3OYHA 2DFEA 3FFKB 2PMRA 2FBYA 2GWJA 1HNZK 1IKWA 3K5NA 3OBWA 1RCHA 4B3MK 3OYEA 1VQ7N 3HK2A 2QFFA 5AFUH 4CIGA 4B3SK 3BUZB 3QETA 1NGJA 1TKZA 4EZYA 3B8AX 4R79A 4AZHA 5GIOA 4H6HA 4DV5K 4CZIA 2ALWA 1MWKA 1WSGA 3QNJA 1BI4B 4FJHA 2Q36A 3TAMA 2OZSA 3SBTA 3H0XA 3OYCA 3EKUA 4LF9K 2CH5A 4M3TA 3D2EB 1XHZA 5C2FA 3RV1A 3P31A 2FC0A 3TI0A 1TKTA 4CF1A 3HAHA 2EHGA 4FSVA 1YVNA 4EZVA 4H5WA 3LZIA 3PO4A 4BC4A 4DR6K 4KFBA 3WNGA 1GN9A 1MU2A 2FSNA 4WQ4C 4YDUA 1YWMA 3LALA 3KLHA 3AO2A 1WAFA 4EZ6A 1WNSA 2HNZA 1GLAG 3KWGA 4ID1A 3DPPA 4O8KA 3VN5A 4Z4FA 1P90A 3MCAB 1QHTA 1R34A 1DTQA 3CQ8A 3BUPA 4B9UA 3DPOA 4OLBA 3FFIA 2X6NA 2HBJA 3QEPA 2QWMA 4HUFA 1DT9A 1S5JA 4RW9A 5FDLA 2OW6A 3I8DA 3TTCA 3VQAA 2AJQA 4M3RA 1EKEA 3F73A 4DU3A 3C6AA 4DSLA 2YNGA 5T7BA 3BVWA 1O7DC 3VOVA 1ZYQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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