4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
2ZGYA 3QDKA 2GWJA 2P9IA 2H3GX 3FZHA 3KZBA 1TUUA 5AZIA 3FLCO 3J8AA 3VGKA 4HTLA 5F1XA 4EZRA 3ULEA 4NB4A 3WXIA 5LJWA 4K43A 1ZBSA 4CZIA 2VWBA 3EKSA 1ZC6A 2E1YA 5BN9A 3VF6A 5AQUA 3H6EA 1T6CA 3WUHA 4BREA 3LDQA 4EHTA 3IUCA 4FWPA 4H5NA 3WXJA 3T48A 5KPRA 1J6ZA 3CIPA 4M63C 3R6MA 1XUPO 2D0PA 2UYTA 1RFQA 3O80A 1YVNA 4BR4A 1BDGA 2QM1A 1GLDG 4MO5A 1NGJA 5AQSA 4JWIA 3FZMA 3A5NC 3JS6A 3WQTA 2A5XA 3BEXA 3T49A 2IVOA 3DWLA 4J8FA 4FOEA 4JNFA 3UKRA 1IJJA 3KVGA 3ZX2A 1BA0A 3LDPA 3QFPA 4BR9A 1JCEA 2CH5A 4BRGA 2ASOA 1BA1A 1CKRA 3TU5A 4PKIA 3ATUA 4A61A 5AQIA 4BG8A 4QS9A 5AQJA 3HTVA 4Z94A 2QWMA 1SZ2A 3LM2A 3LL3A 2P9SA 2A42A 4R5JA 4H6HA 1V4TA 3QBXA 3IMXA 4EZPA 4CZGA 5B8HA 4PKHA 3F9MA 5AQHA 4HY9A 4JWEA 1DEJA 4BRLA 2NLXA 4DB3A 4R5GA 3UKUA 4JNEA 3VESA 5LJVA 1NLVA 4JHDA 3AAPA 3WXLA 2P9PB 4B1ZA 1GLFO 3EZWA 3OHXM 1HX1A 4B1VA 4FL9A 2GEMA 2KHOA 2YI1A 4H0PA 3A5OC 2F9TA 4FO0A 3CQXA 4A2BA 2YHWA 3HZ6A 5AQRA 4IZ9A 3EL2A 3FE1A 1MWMA 1TUYA 2WUSA 2AA4A 2QWPA 3FGUA 3C7NB 1KAZA 4B1XB 5FPDA 4BRKA 1Z05A 4BC3A 2W41A 2I7NA 1QZ5A 4AM6A 2F9WA 4MO4A 2BTFA 1Y64A 2A3ZA 3QBWA 4BVOA 1TYQB 1S3XA 3AAQA 4IJNA 4EZOA 1T6DA 4RWTA 4EFHA 4WV5A 4H03B 2AP1A 5EY4A 1ESVA 3OHRA 5JMVA 1U2VB 3SJHA 4WQ4C 4R5KA 2HOEA 1RDWX 4BC2A 2E1ZA 1JCGA 3TPQA 3O1BA 4H0OA 3D2EB 4IJAA 1YUWA 5AQTA 4EHUA 4EZNA 5BRFA 3EKUA 4ISFA 1LCUA 4BR0A 3KHYA 3QMLA 3IFRA 3M3ZA 3MN5A 4QS8A 2Q31A 1NGAA 1QQMA 2IIRA 2ZWHA 1WUAA 5AQKA 3VF4A 3MMVA 3O5BA 4FPAA 1U00A 2CH6A 1BPRA 1H1VA 4BRHA 3O08A 4CZMA 1NGDA 2P9PA 4FWRA 4QS7A 4A2AA 4EIAA 5LY3A 4JN4A 1KXPA 2A6AA 3CERA 3LDLA 3JXUA 3S41A 3MN6A 4BVPA 3T47A 3B8AX 4O8KA 1SQKA 5AQOA 5I9EB 3ZX3A 3DPQA 4BR7A 4PL7A 1NMDA 1ATRA 2FSJA 3P4IA 4H5VA 4NO7A 3C7NA 3MDQA 4FOIA 4H5WA 1MA9B 1HPMA 1C0FA 3D7EO 2Q2RA 4H0TB 1YAGA 5KQ8A 4EZYA 1NGBA 3BF1A 2CGJA 3GOIA 3LDOA 2Q0RA 3DPOA 5E26A 2DPNA 4MLHA 1TYQA 4BRNA 2ASMA 3H46O 4Y0WA 4M7YA 3UE5A 4DHYA 1ATNA 2ZF5O 4FWOA 3VOVA 3VGMA 3DQGA 4FWQA 5BRHA 3DPPA 4YDUA 3CJAA 1NGHA 4JAXA 1RGIA 4JWCA 4EZQA 1NGGA 2I7PA 1P8ZA 3BF3A 5AFUH 3VEOA 4CJ7A 3QFUA 2BUPA 2V7ZA 4AM7A 4O5FA 3DXMB 4WQ5C 3EN9A 1X9JA 3D2EA 3HM8A 4ISGA 5JLFA 1DGKN 1GLAG 1V4SA 4BRFA 2QW9A 1ATSA 3ENHA 3ZETB 5FPNA 2E8AA 2YCHA 5BPNA 3ZEUB 1K8KB 4FWNA 1GLJO 3GG4A 1MWKA 2QXLA 3O1WA 4K25A 3T4AG 4XEIA 2P9LB 3D2FB 3VENA 3VF2A 4EZTA 1QHAA 3U4LA 4FWSA 3ATVA 4LC9B 4EZVA 4CBWA 4IO8A 3L0QA 1E4GT 3G25A 5ELZA 5ADXA 1HKBA 5TKYA 2NRHA 3VPZA 3VETA 4EZUA 4HYBA 2GUPA 4H0XB 4IXCA 1QQOA 2YJFA 4WQ4A 4EAHD 3BP8A 2PAVA 3VEWA 4H5RA 4BQLA 2YHXA 7HSCA 4BROA 1DKYA 2E2PA 5BN8A 3SK3A 4BRIA 1HKCA 1E4FT 2D1KA 5AQMA 3DOBA 1HLUA 4EZXA 3ID8A 2YHYA 2Q0UA 3W0LA 4BRAA 5KPZA 3ENOA 1X3MA 3H0XA 4MLEA 4CZFA 2QWNA 2E2OA 3LM9A 2HMPA 3RSEB 2E2NA 2NZTA 3DXKB 5AQFA 2FF6A 4BRCA 4RTFD 4XH5A 3I8BA 2Q1NA 5BREA 4K41A 3CJ1A 1ZXOA 2VYPA 5AR0A 1HUXA 4CI6A 5BR9A 1DKZA 2D0OA 2FXUA 3M6GA 4ISEA 4BGAA 2E20A 3DXMA 4L3QA 2OP6A 2OANA 3MN7A 4H0VB 3U9ZA 1D4XA 2V51B 1OKJA 2W40A 3HSCA 2P9UB 5AQXA 3ZETA 1C0GA 4K42A 3CJBA 3HBTA 4CBXA 2P9NB 1K8KA 3ZEUA 2E88A 5EX5A 3SLCA 4BRMA 1HJOA 3A0IX 5AZJB 4CBUA 2CGKA 2A40A 5AQGA 1LOTB 3CJ9A 2P9LA 3D2FA 1KAYA 1Q18A 1Z6RA 4M7XA 2ASPA 5JLHA 4FWKA 1MDUB 3GE1A 1WOQA 1BWFO 4F01A 3AARA 1XQSC 5FPMA 3WXKA 3AY9A 1NBWA 3UB5A 5FPEA 4IWVA 1NGIA 2A41A 3FFKB 2IVPA 3O8MA 1BUPA 4JD2B 2FSNA 3M1FA 4XH1A 1IG8A 1BG3A 3T46A 4HWIA 3U8XA 1DG4A 2QWQA 1X3NA 2QWRA 3VEZA 4BC5A 4CZJA 1SAZA 3GBTA 4JWDA 2FLOA 4WQ5A 5KPTA 3VEXA 4BG9A 3L3OM 3FZFA 1BU6O 3CQYA 2P9KB 3ZX0A 2ITMA 3WT0A 2D4WA 2Q36A 5AQPA 1U2VA 3MK6A 4C23A 5E84A 5AQLA 5F2RA 2FF3B 4R5LA 3RSEA 5AQQA 1S22A 2E2QA 3DXKA 4FSVA 2EWSA 3WEEB 2Q97A 4B9QA 1CZAN 3CJCA 3FZKA 1BOTO 3O4WA 3N8EA 3H1VX 4I6MB 4PL8A 3HI0A 3DAWA 2BPRA 2VCPA 4CZHA 4WYBA 3MCPA 1R59O 3H45C 1GLEG 3CJ7A 5AQZA 3BUZB 4B1WB 4FPBA 5AQYA 2GELA 3O6WA 3H1QA 4XH4A 2P9UA 1NGEA 2P9NA 1GLLO 3EO3A 5AQVA 4B1UB 4EZWA 4DQ8A 3R8EA 4FWMA 3CHWA 2CGLA 5BRDA 3IDHA 5EVZA 5AZJA 4BRPA 4CD1A 4DCHA 3H3NO 1JCFA 2HF4A 1YXQA 2P9IB 4YDUC 5AZIB 3VERA 3FZLA 1EQYA 4PKGA 3VEVA 3CETA 5AQWA 4CZEA 1XC3A 1U6ZA 3ULEB 4H6IA 5AQNA 4F00A 4BQZA 1DKXA 1QQNA 3W3DA 1HKGA 3QB0A 2J4RA 5EOYA 4EZZA 1NGFA 1QZ6A 4H0YB 4JD2A 2V7YA 4CZLA 2ZGZA 1NWKA 4EZSA 1DKGD 4WV7A 5F0XA 4GY2B 5BPLA 5EXWA 3C0BA 3R9PA 3A8YA 1NGCA 2V52B 2P9KA 2QWOA 4FWLA 3WQUA 2GTDA 1NM1A 4BC4A 4GNIA 5CE3A 3I33A 3MN9A 4KBOA 2PBDA 3SMPA 3CI5A 4H5TA 3VGLA 3A5LC 3GDQA 4BR5A 3QICA 3L6QA 3UKRB 3WEEA 3L4IA 1GLCG 2WINM 1GLBG 2HF3A 4I6MA 4B1YB 3QNJA 3A5MC 3U9DA 2YJEA 4BRQA 4RCHA 5JICA 3H3OB 3SMSA 5BPMA 1G99A 3VEYA 4A62A 2P9SB 5AFUA 3GL1A 1T44A 5KQDA 2QWLA 2IVNA 4CD3A 4BR2A 4BGBA 4PO2A 3DJCA 4R5IA 4BRDA 3FR0A 1KAXA 4E81A 3UKUB 4E1JA 1Q5LA 2GWKA 4JHDB 4CZKA 3LDNA 5ADXH 2QFFA 2FSKA 4F9OA 1BO5O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZGYA 4MQDA 3AVNA 4W5RA 2OO2A 5AZIA 2ITGA 4K8ZA 2NRXA 2PY5A 3ZSYA 4JRQA 1E3MA 4K0KK 3DLGA 3QIOA 5LJWA 4OKEA 1TQTA 1TKZA 3C6HA 2E1YA 3ID6A 1TK5A 1C6VA 5J2NA 2YI9A 1HTYA 4BREA 4KFBA 4H5NA 2Y1IA 1J6ZA 4M63C 4XJXA 4KB0A 4OLAA 1XUPO 2UYTA 3B52X 1J9AA 1YVNA 3BVUA 3P39A 1BDGA 2KZZA 1B9FA 1GLDG 4DQPA 4DSLA 3F5TA 1NGJA 4JWIA 1OA1A 4E7KA 3TSPA 3CCQN 3RRHA 4M3YA 3A5NC 4DFKA 3THVA 4CEAA 3MX5A 3BEXA 4CK2A 3DWLA 4J8FA 1YWMA 4JNFA 4DKWA 4JKGB 4BR9A 1JCEA 4AZCB 3TU5A 3L3UA 2D4CA 4LY7A 3LLLA 4CJTA 4Z94A 4JI1K 4BNEA 4R5JA 4AHTA 5C2FA 5EU7A 1N33K 4JWEA 2QI2A 4DB3A 1MU2A 1N5YA 3UKUA 3OS2A 1WDZA 4DV3K 5LJVA 4KRFA 2EHGA 4JS4A 4LSLA 4LF8K 4H4OA 1HX1A 2QKWA 3CFRA 4BWJA 3NF7A 3TAFA 3OYBA 3SUQA 1TVRA 1WLJA 2XY5A 3OYAA 1JL2A 4H0PA 1XNRK 3JYTA 3DRSA 4FLWA 4IM0A 3HZ6A 5AQRA 2HHQA 4M3WA 1W97L 4KO0A 2WUSA 2IGIA 3ER9B 3PY8A 3HVTA 1KAZA 3LAKA 2KKZA 4DR1K 1QZ5A 4FW1A 1YJNN 2Z8YA 2VGMA 1S3XA 4Z4EA 4EZOA 4DMNA 3AO2A 4WV5A 4H03B 4FLVA 5EY4A 2HHWA 1ZBUA 3DOKA 1Q86O 1IG9A 4DWIA 2EFLA 3ULDA 4LD0A 2O8CB 1RT7A 2NRWA 5HRPA 2NNWA 1JCGA 3FD9A 3CAZA 3SV4A 1A5WA 3O1BA 1YUWA 5AQTA 3SBGA 4EHUA 3LP2A 1N32K 1LCUA 2HHSA 3QMLA 1JLCA 5C15A 4F4KA 2OPSA 2G8UA 3LAMA 4QS8A 2XY6A 3PX6A 2Z1GA 3SBSA 4W5TA 4B9UA 3MMVA 3C95A 4CCHA 4C8KA 1BPRA 4O8UA 2HHUA 4FJJA 4CEEA 4BDZA 4CZMA 4QS7A 3QNOA 4IBNA 1I39A 3V1QA 1KXPA 1MJGA 3LDLA 2A1SA 2ZM6K 4BVPA 1TK8A 3G6EN 4XIUA 4CEDA 4AVMA 4GVEA 3V9XA 4BDPA 3HOSA 4PY5A 4JK8A 4HVJA 4A57A 4PL7A 4HUEA 1RDUA 1YJ9N 4ELTA 4CJQA 3C7NA 1QS4A 2BH1A 4DR5K 3D7EO 3PO5A 3CC4N 3I2WA 4PHTX 4H0TB 3OA9A 1C0UA 4EZYA 1NGBA 2CGJA 3LDOA 2HHVA 4KREA 3ACOA 4DSEA 2GF4A 4MLHA 3KKSA 3VQ9A 2ASMA 4Y0WA 3HAJA 1YJWN 2ZF5O 4FWOA 3VOVA 3AVGA 1E9VA 2GA9D 4GV9A 4YDUA 3CJAA 1RGIA 3SPYA 1RILA 1HPZA 3SV3A 1P8ZA 2UUAK 3BF3A 2Z0OA 1I3AA 5AFUH 4FJHA 3QFUA 4CJLA 3M5RA 1IH7A 4AM7A 4QCLA 1WSHA 1CXUA 1EX4A 3EN9A 3M3WA 4IFYA 1DGKN 1BCMA 4DQQA 1ATSA 3ZETB 3PLAA 4CJRA 2D0CA 5TKWA 5MLCQ 3ABHA 4FWNA 2HNDA 3CM6A 1C1CA 3SAFA 3QEPA 1VQ5N 1EP4A 1HYZA 1ZWWA 3T4AG 4K25A 1N34K 5M1KA 4ILIA 3AVCA 3D2FB 3VENA 3CC2N 1EWQA 3VF2A 5JS2A 1QHAA 1GOBA 4FWSA 4DSIA 1M1KO 4H8KA 2ALWA 4CBWA 4IO8A 3ZEFA 5ELZA 3NFAA 5ADXA 2PFUA 1HKBA 3M8RA 2GUPA 4B9NA 1QQOA 4B9TA 2YJFA 4WQ4A 1IBKK 5JENA 4DTRA 4O44A 7HSCA 3NH1A 2HMIA 2X3VA 2E2PA 5SWMA 3SK3A 3V1RA 3B51X 5AQMA 3VQ7A 3ID8A 4E7JA 2ZQBA 4M42A 3E01A 1EETA 3ENOA 3MXMA 3H0XA 4CZFA 1D9FA 3OS0A 1J5EK 3RSEB 3LP3A 1VQ9N 3DXKB 2X74A 3U3YA 4BE1A 2UXBK 4K41A 1ZXOA 2YNIA 2G8WA 1NK6A 1WSEA 3CFOA 3EJPA 5CHIA 1VHXA 3CYGA 2E20A 3DXMA 3NCIA 4L3QA 2QKKA 1N6QA 2N3KA 3MN7A 3U9ZA 1OKJA 3V1OA 2W40A 1BQNA 4JKHA 3CJBA 3CYMA 3HBTA 4CBXA 3ER8C 4QOZB 5EX5A 4X64K 3BUIA 4PUOA 1X03A 1HJOA 5FDLA 4LSNA 1WBBA 3A0IX 1VQPN 4W5QA 4DV4K 2CGKA 1Q82O 4AZ7A 5AQGA 3CJ9A 4IG0A 1HYVA 4E19A 4B8CA 1YHQN 1KQSM 3EJRA 1MDUB 1T05A 1XHZA 5C2DA 3O3NB 5FPMA 4DV7K 1NJYA 3AY9A 4KAZA 1NBWA 1RT3A 5FPEA 1LAVA 2BANA 5HRRA 4CGIA 3AO5A 3V9SA 1OA0A 1ILYA 2WTUA 4XH1A 3HSTB 3U8XA 4OKKA 1SAZA 1QX1A 1WBDA 3GBTA 4RW9A 3PLTA 3FZFA 4CGHA 3CQYA 5KRTA 1RT1A 4BY9C 4FLUA 2IDOA 4KKOA 5AQLA 3D51A 3HP6A 3SI6A 4DQIA 5AQQA 4N41A 3P5JA 3UITA 3RWUA 3AVBA 3K5OA 3CJCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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