4JN4A

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chaperone protein DnaK
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jn4A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jn4A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jn4A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jn4A03
1V4TA 4IXCA 4O8KA 4WQ5A 3L3OM 4H5TA 2KHOA 1X9JA 1ZC6A 2E2NA 3FR0A 1J6ZA 4CZIA 4CZJA 2P9SA 4K25A 4BC3A 3CHWA 1Y64A 2FSKA 3P4IA 1HKBA 3FZFA 4PKHA 2YHYA 2YHWA 4QS7A 1NGEA 3MN5A 2QXLA 5KPTA 3D7EO 3AY9A 3QFPA 5FPNA 3GDQA 4BR9A 3CJ7A 1S22A 3BF1A 3EZWA 2E8AA 4FWRA 3ATUA 3DPQA 5AQHA 4JNFA 4QS9A 3C7NA 3L4IA 4FPAA 4JAXA 4EZQA 1HKCA 2V7ZA 4M7YA 2YJEA 5AQWA 3SLCA 3QMLA 5AQFA 4CD3A 1E4GT 2DPNA 1QZ5A 3MCPA 3RSEB 5AZIB 1U2VB 1RFQA 4EZOA 4EHUA 1SAZA 2E20A 5AQOA 5EOYA 3S41A 4AM7A 3IDHA 4EZUA 2QWPA 2E1ZA 1HX1A 1MWMA 1KAXA 4FWMA 1G99A 3DAWA 2IVOA 4J8FA 3H6EA 5AQMA 3ZETA 4B1WB 2P9KA 3WXLA 1HKGA 2YJFA 3D2FA 2BPRA 2HMPA 4EHTA 1BUPA 4BC4A 2QWLA 1YXQA 4FO0A 4WQ4C 3BUZB 1NWKA 1NBWA 3HZ6A 4H03B 3UKRB 5ADXH 4WQ5C 2V51B 3L6QA 3LDLA 7HSCA 3GOIA 2P9NB 2QW9A 4EZNA 4LC9B 2P9UA 4BR4A 4DQ8A 3O1WA 2NRHA 4BRGA 5BPNA 2ZGZA 4F00A 4R5GA 5AQKA 4JWCA 4ISEA 5F2RA 3U8XA 1GLLO 4QS8A 4EZZA 3O5BA 2FF3B 3LDQA 1NGDA 3A0IX 3VGKA 1DGKN 1HJOA 3EL2A 3H46O 3LDNA 3VERA 4BR5A 3T46A 1Z05A 3LM2A 3QBXA 3UKUB 2YCHA 4BRKA 2P9PA 3JS6A 3VEWA 4IWVA 3WEEA 5KPRA 1JCEA 3LM9A 3EO3A 1K8KA 4BQLA 3HI0A 3DWLA 3VEYA 2PAVA 4FOIA 1ATSA 4IO8A 4ISGA 5B8HA 4K42A 1NMDA 3LDOA 3CERA 4MO5A 4O5FA 3MN6A 1RGIA 2Q31A 4FWQA 1JCGA 3WXIA 2CGJA 3FGUA 3CJAA 5AZJB 5JMVA 5FPEA 4EAHD 4FPBA 3VENA 4R5KA 4BGAA 2GUPA 2D1KA 3R8EA 3MN7A 3O1BA 3B8AX 4FWNA 4F01A 4R5LA 3VEZA 1HUXA 4A62A 4BRPA 3HTVA 1DEJA 5F0XA 4Y0WA 2A5XA 1XUPO 3WQUA 1LCUA 2E1YA 3ZX3A 3T48A 3CJ1A 5AQNA 3EKUA 3KZBA 5AQZA 4WQ4A 5EX5A 4IJNA 3WUHA 1DG4A 4H5VA 4DCHA 1NGAA 3VETA 3A5MC 3H1VX 1ESVA 2ITMA 3C0BA 2D0PA 4BR2A 1P8ZA 1C0FA 3RSEA 4C23A 4GY2B 5AZIA 3VGMA 2Q0UA 3FE1A 5AQSA 3CI5A 1U2VA 2Q97A 1NGFA 4PL8A 4FWOA 4H6IA 2A3ZA 1KXPA 2W41A 4B9QA 1C0GA 3GL1A 3VPZA 2IVPA 3ID8A 1NGGA 3IFRA 1DKZA 1D4XA 4H0XB 3CJ9A 5BPMA 5KPZA 5BRFA 5BR9A 3SMSA 1LOTB 3O80A 3QFUA 5BRHA 4B1XB 3UKRA 4K43A 4JN4A 3CJCA 5ELZA 3DXMB 3ZX2A 2P9NA 3TU5A 3U9ZA 3O08A 5AQUA 4FWLA 2FLOA 1IJJA 3LDPA 1KAYA 3HBTA 4H5NA 1QQOA 5AQQA 4PKIA 3A5LC 1X3MA 3ZEUB 1YUWA 3JXUA 1HLUA 5TKYA 4CBUA 4L3QA 1U6ZA 2VCPA 1TYQB 4JHDB 2OP6A 3W3DA 5BRDA 4RWTA 1NLVA 4A61A 2OANA 2BUPA 4B1ZA 5F1XA 4EZVA 4IJAA 1X3NA 4BRAA 3UKUA 3FZMA 1MA9B 3A5NC 5LY3A 5E84A 1S3XA 3MK6A 5AQXA 3T4AG 1OKJA 4BVPA 2WINM 3ULEB 2E88A 2GWJA 4ISFA 2QWMA 4KBOA 1XQSC 1NGBA 4WYBA 4IZ9A 1NGHA 1ATNA 2EWSA 4BRNA 4CZFA 5AZJA 4EZTA 3OHXM 3BP8A 1GLJO 2NZTA 3IMXA 1QZ6A 5JLHA 2ZF5O 3FFKB 3L0QA 5ADXA 2GWKA 2P9IB 4BGBA 2H3GX 1ZXOA 3UE5A 4JWIA 4MO4A 4BRCA 5CE3A 3DXKB 1KAZA 4AM6A 1R59O 2F9TA 2WUSA 2FSNA 4EZWA 4FSVA 3CETA 1E4FT 1MDUB 4BROA 1GLEG 2UYTA 2W40A 5JICA 4H6HA 5AR0A 3F9MA 3QDKA 4H0VB 3AAPA 4PKGA 4K41A 2A40A 5AQVA 1Z6RA 3CJBA 3O4WA 4B1VA 2PBDA 2NLXA 2QWOA 5AFUH 5FPDA 3IUCA 4FL9A 3FLCO 3FZKA 4JD2B 4CJ7A 2IIRA 2HF3A 4EZPA 3U9DA 3VOVA 4BRMA 5KQDA 1RDWX 2VWBA 3D2EB 2YHXA 3SMPA 4BR0A 3VEVA 2GTDA 1SZ2A 4XEIA 4BG8A 3DPOA 4FWKA 1YVNA 3QB0A 2ASMA 2AA4A 4BC5A 5AQJA 2FSJA 2V52B 1HPMA 2P9LB 1MWKA 5AQYA 4WV7A 4M63C 2QWQA 4CZGA 1BPRA 1BA1A 4F9OA 5EVZA 1XC3A 3DXMA 4BREA 4CBXA 4JWDA 4EZYA 2D0OA 3QNJA 1ZBSA 1BDGA 4BR7A 4B1UB 4XH5A 3SJHA 4A2BA 3MMVA 4BRHA 1BO5O 3ZEUA 3ZX0A 2J4RA 4CZEA 3MN9A 5FPMA 1BOTO 4I6MB 3SK3A 4CZKA 1JCFA 4XH4A 3T47A 3VESA 1TYQA 4JHDA 3M6GA 3OHRA 4DB3A 1ATRA 3ATVA 1NGIA 1T44A 3H3OB 2A41A 5AQLA 4WV5A 2IVNA 3ENOA 3LL3A 3QBWA 4E81A 1CKRA 3VF2A 3CQXA 3GG4A 1Q18A 4EFHA 3T49A 4YDUA 4DHYA 4E1JA 5LJVA 4JNEA 1DKYA 4PO2A 1GLFO 3WXKA 3ULEA 4HWIA 2ASOA 3KHYA 1GLBG 4M7XA 2V7YA 3R6MA 3WT0A 4BVOA 3QICA 2P9SB 3O8MA 4CZLA 1QHAA 2A6AA 2P9IA 1T6DA 4B1YB 4BRLA 1BWFO 4CBWA 3DXKA 4JWEA 1YAGA 3VEOA 3EN9A 3MDQA 5BREA 3A8YA 2Q2RA 4H0YB 1WOQA 2I7PA 2CH5A 5AQIA 1U00A 1H1VA 1QQNA 3R9PA 2FF6A 3DQGA 3C7NB 1NM1A 4HYBA 2D4WA 2ZWHA 3H45C 3M3ZA 3VEXA 3W0LA 5BPLA 3HM8A 1IG8A 4CI6A 3DPPA 1DKXA 1BG3A 3DJCA 3DOBA 2YI1A 4H0PA 1BA0A 4JD2A 4BC2A 4Z94A 2CH6A 2Q1NA 4BQZA 2Q0RA 4NO7A 4BRIA 5BN8A 1CZAN 3G25A 2E2OA 3KVGA 1NGCA 3D2EA 1GLDG 2E2PA 3FZLA 4EZSA 4BRFA 3GE1A 3VGLA 3H0XA 3ZETB 2P9KB 4YDUC 3A5OC 4CZHA 2CGLA 3D2FB 3H1QA 2HOEA 3AARA 5JLFA 3AAQA 1WUAA 1DKGD 5AQTA 5AQRA 3GBTA 1EQYA 3BEXA 1BU6O 2P9LA 4FWPA 3H3NO 4PL7A 2ZGYA 3WQTA 4H5WA 2GEMA 2BTFA 4EZXA 2CGKA 5E26A 2AP1A 3WXJA 5EY4A 2VYPA 4H0OA 2P9UB 4EIAA 2E2QA 1V4SA 2I7NA 5AQGA 3M1FA 2QFFA 4RTFD 5BN9A 2GELA 2QWNA 4R5JA 3O6WA 4XH1A 1GLCG 1NGJA 4RCHA 5I9EB 1GLAG 4BRQA 4CD1A 3J8AA 3UB5A 1TUUA 3FZHA 5AQPA 4GNIA 4EZRA 4CZMA 4BRDA 2FXUA 4I6MA 3EKSA 4R5IA 5AFUA 3U4LA 4H5RA 3VF4A 4BG9A 2A42A 4FOEA 2P9PB 4HTLA 5KQ8A 3I8BA 3WEEB 2QWRA 4FWSA 4H0TB 3VF6A 1K8KB 3BF3A 3HSCA 5EXWA 1TUYA 3ENHA 3I33A 4HY9A 2ASPA 1T6CA 1QQMA 4MLEA 4MLHA 2QM1A 4NB4A 3CQYA 3N8EA 2HF4A 2F9WA 4A2AA 1Q5LA 2Q36A 5LJWA 3TPQA 1SQKA 3CIPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O0IA 1DLOA 2VGNA 4H5TA 4MQ3A 4C1NI 3CCEN 1VSEA 3FR0A 1J6ZA 1UA1A 1BCOA 4DYLA 3MEEA 4K25A 3ZYYX 4CGJA 4ZHRA 1Y64A 3P4IA 1C0MA 3T3FA 3N4QA 2YHYA 3KKRA 5FPNA 4B8CA 3GDQA 3EZWA 2E8AA 3QIOA 3AVJA 1NG9A 3DPQA 3ID6A 3C7NA 1R33A 2OPSA 3ISNC 4ILIA 3MX2A 2V7ZA 4CJSA 3O9RA 5SZTA 4FJIA 5C42A 4DR1K 1E4GT 3MCPA 1QZ5A 5FDLA 3CCMN 3VEAA 3VA0A 1YJWN 1SV5A 4RW8A 1U2VB 4W5TA 4KV8A 4EZOA 5GIOA 3OBYA 1SAZA 3K58A 1I39A 4AM7A 3VQCA 3IDHA 4EZUA 2QWPA 1HX1A 1MWMA 4J8FA 4K8XA 5C5BB 2F8SA 3H6EA 4FZYA 4JI8K 2P9KA 5GAGP 1HKGA 3LDSA 5FROA 1PS3A 3NGZA 1YXQA 4FO0A 2DY4A 4UDYX 4IFYA 4FLZA 3NMUA 2O8BA 1X04A 3ZSYA 4E1MA 4WQ5C 2V51B 4CK1A 1YWMA 1KFDA 7HSCA 3GOIA 4DTNA 3OYCA 2EX3B 3SJJA 4EZNA 2P9UA 4DQ8A 3MEGA 3NVMA 4A59A 4KTWA 2NRHA 2YV0X 4R5GA 5AQKA 4ISEA 3SBTB 3JAMO 1GLLO 4EZZA 3O5BA 3OTOK 3RV1A 3KAWA 2ZQBA 5LMUK 1OH8A 4AHCA 3CF5L 1JL2A 3LDNA 1ITGA 2KLAA 3QBXA 3UKUB 2YCHA 4BRKA 4CF2A 4IKFA 1K8KA 4BQLA 3HI0A 4W5RA 1TAUA 1Q8IA 1ATSA 5B8HA 3TAMA 1NMDA 3LDOA 3CERA 4MO5A 1E9VA 3F5TA 1J54A 2EHGA 3MN6A 5J2PA 5A2QO 3CJAA 3CC7N 1REVA 4J2BA 3QLHA 4EAHD 4FPBA 4FJ9A 1SU8A 3HOSA 3LMFA 2D1KA 3O1BA 5JENA 3VEZA 3U3YA 3V6DA 4FVUA 4A62A 5F0XA 1HR0K 1HRHA 4Y0WA 3EJQA 2HNYA 1LCUA 3ITHA 1K6YA 4JK8A 5EX5A 4RW7A 4IJNA 3L2WA 4KHQA 1D9FA 4DCHA 4DTRA 3PO5A 2C1GA 3RV0A 2ND0A 3A5MC 3AA3A 3H1VX 2HHXA 1ESVA 4GMJB 2WFBA 5C2FA 4BR2A 1C0FA 2NRRA 4GY2B 5AZIA 3O3NB 3FE1A 5AQSA 1KTQA 2Q97A 3OYFA 1RTHA 2JWLA 1IKVA 4H6IA 2F1BA 2O8EB 2PMRA 2Q3SA 4OKKA 4E7HA 4AHTA 1ASUA 3GL1A 3VPZA 1XNRK 3IFRA 1DKZA 3KK3A 3I39X 2RN2A 3BVVA 3CJ9A 3T1AA 5BPMA 4JK7A 3TABA 1WNSA 3CC2N 1K8AO 3O80A 3QFUA 1RT1A 1JLQA 4CJ4A 2G8IA 3AO1A 3AVLA 3AVCA 1RTDA 4B9LA 3DXMB 3NE6A 3HYFA 5AQUA 4FWLA 3KKSA 2FLOA 3P38A 1JLFA 3V81A 2RHKA 4PKIA 4DFJA 3A5LC 1HLUA 3KLEA 4H4MA 3I01A 1M1KO 1U6ZA 3P83D 2VCPA 4BDYA 4JHDB 1NK9A 2ALWA 1W97L 3DOLA 2G8VA 5F1XA 4B1ZA 4EZVA 4ILHA 1YTUA 4L8RB 3NF6A 2ETJA 4FZZA 3M3WA 1VQ7N 5LY3A 4X62K 3MWTA 5AQXA 3T4AG 3HAHA 3ZSQA 3OA9A 4HTUA 2GWJA 2QWMA 5KI6A 4YOTA 2VWKA 3EJSA 4DLEA 1NGHA 3TANA 1VQON 3OHXM 2HMIA 4E3CA 1QZ6A 4CHYA 4NQIA 4C8OA 2XY7A 1ZXOA 4AZBA 1D8YA 4KAZA 4MDBA 1CXQA 3TTFA 4WE1A 4B9SA 3CETA 1Y2OA 1MDUB 4BROA 2QI2A 3S5TA 1W7AA 3QDKA 4H0VB 3AAPA 4KHUA 2HHQA 1Z6RA 2VQFK 4I7FA 3MCAB 1NJIO 2F4VK 2F18A 2HHIA 2UUBK 3FLCO 2Z1IA 4JD2B 5J2QA 5FRNA 3QERA 2HF3A 5KTQA 4EZPA 4JLCA 3LANA 2BH1A 4BRMA 1NOZA 1RDWX 1XC9A 4CFBA 4IOAL 3SMPA 1CLQA 4FJJA 5HLFA 3EYZA 3SZ2A 1O7DC 4BE0A 3BVWA 3S3NA 3DPOA 4FWKA 1KFSA 5HP1A 1NJYA 3K5OA 2V52B 3K59A 4QCLA 1WSIA 4CZGA 1LWCA 5GAEP 4FLYA 1Q9YA 1XC3A 5HRPA 3PX6A 3D52A 4CBXA 4JWDA 3ZEDA 1BDGA 1TK0A 4YHHK 1KLMA 2WC9A 4E1NA 4BR7A 1JKHA 4CJLA 4A2BA 3MMVA 1BO5O 4PY5A 3ZX0A 1YJ9N 1JLAA 2EWFA 3U6FA 2Z0NA 3T47A 3HM9A 4DB3A 1QHTA 1ATRA 4CEFA 4BACA 2A41A 2IGIA 3MXMA 3ZSRA 2WYIA 1N34K 1VSLA 1CKRA 3VF2A 1DT9A 5J2NA 1FXXA 4JKGA 1U45A 4BE1A 3D0PA 4IG0A 3Q7BA 4CERA 3J81O 4J2AA 5M1QA 3P1GA 3KHYA 3RMAA 4FM2A 3DOKA 1GLBG 3R6MA 2F7TA 3KWGA 2YLLA 4DR5K 3PO4A 1VQMN 1RTJA 2A6AA 1NU0A 4BRLA 2XY6A 2Q12A 4CBWA 3VEOA 2PZSA 1RBTA 3GI7A 3A8YA 3F73A 4DU4A 2P5OA 2O8FA 4FLWA 4PA1A 3C7NB 1VHXA 5CY4A 2YIAA 3AVKA 3VEXA 3CPEA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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