4JNEA

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Hsp70 CHAPERONE DnaK
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jneA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jneA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jneA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jneA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jneA03
1QQMA 4PL7A 3T48A 4FSVA 4BR7A 5CE3A 4AM6A 4HY9A 5AQIA 3VF6A 4GY2B 1U6ZA 2P9LB 3LDQA 3R8EA 1U2VB 1NBWA 3AAPA 4MO5A 2GUPA 4FPBA 2CGKA 3KHYA 4WQ5C 2P9PA 5AQVA 2I7PA 3DAWA 4ISGA 4CZKA 2E88A 5BRDA 2YHXA 3VF2A 4BRGA 3VEVA 2P9IB 1RGIA 3T4AG 2PAVA 4MLEA 5KQDA 1H1VA 4JNEA 2AA4A 5KPTA 1XC3A 1KAXA 5FPNA 4BRNA 3FE1A 1ZBSA 3FFKB 3FZKA 2WINM 3VEWA 4EZWA 1S3XA 4BQLA 5AQRA 5B8HA 1YAGA 4BRHA 1T6CA 1XQSC 3BF3A 3T46A 3D2EA 3WXIA 1NGBA 1DKYA 4BR2A 4MLHA 4IZ9A 5AFUA 1IJJA 4CJ7A 2V52B 3R9PA 1T6DA 3VERA 3HZ6A 3D2FA 4XH4A 3CJBA 3L0QA 2ASOA 4WQ5A 1NGGA 2E2QA 2GWKA 2D4WA 1GLCG 5F0XA 4FO0A 4F00A 5AQOA 1GLJO 4PKIA 3ENOA 1LCUA 2OP6A 4HWIA 2E1YA 4BRAA 2QW9A 2IIRA 2YJFA 1NGDA 1Q18A 1XUPO 2FSKA 2FSJA 3IUCA 1QZ5A 3GOIA 3GBTA 1OKJA 3M6GA 4BRPA 4FWPA 5AQKA 4CZFA 4CZHA 5ADXH 2VYPA 3MN6A 1JCEA 3TPQA 3P4IA 4BVOA 3HBTA 4IJNA 4BR0A 1HKBA 4F01A 1Z6RA 4PKGA 4YDUC 3OHRA 1TUUA 4FPAA 4BC3A 4XEIA 1K8KA 2ASPA 3FLCO 3LDOA 4H5WA 1V4SA 1NWKA 4DHYA 2P9SB 1QZ6A 3EZWA 3QFUA 1P8ZA 3I33A 1YVNA 3UKUB 5AQQA 4BVPA 4PL8A 2FF6A 3LM2A 4M7XA 4JWCA 1NGHA 3EN9A 4BRLA 4BR5A 2CH6A 3WQTA 4FL9A 5AQUA 4BRDA 4JWDA 1TYQB 2DPNA 4H6HA 1QQNA 1ATSA 4GNIA 3WXKA 1Y64A 3EO3A 4DQ8A 4RWTA 3A5MC 3UB5A 3BEXA 2E20A 1EQYA 4K41A 3CHWA 1MDUB 4L3QA 4QS7A 4H0OA 4CI6A 2YJEA 1CZAN 5BN9A 4R5GA 4WV7A 5LJWA 1ESVA 3A5NC 3HI0A 4IJAA 3H1QA 4H5NA 4IWVA 4BC4A 1MWMA 4YDUA 3MK6A 4BQZA 4CBUA 2GTDA 3IMXA 3WUHA 4E81A 1BG3A 3DPQA 3T49A 3QFPA 4FWRA 3WT0A 4JWEA 5AQPA 3QNJA 3AAQA 4CBWA 5BRFA 1IG8A 2NRHA 1T44A 3H46O 2V51B 3SMPA 2YI1A 5AQTA 2QFFA 1HX1A 4EZQA 4J8FA 3B8AX 3RSEB 1SQKA 2OANA 2QWNA 2GEMA 5AZIA 2KHOA 3O1WA 2A3ZA 4BRKA 2A42A 5E26A 3ENHA 2ZF5O 3DXMB 1JCFA 3EKUA 2WUSA 3H6EA 3VEYA 4BR4A 3C7NB 3MN9A 3UE5A 3WEEB 3F9MA 1RFQA 5JLFA 4NB4A 3ZX0A 2BPRA 4CZJA 1NMDA 3JXUA 3CIPA 4BROA 4WV5A 3DXKA 3EKSA 5BPNA 5FPDA 2Q0UA 2NZTA 5AQZA 3ID8A 5I9EB 3A5OC 4EZTA 2VCPA 4H0PA 2QWRA 4K42A 1U00A 4JD2B 4EZPA 1BUPA 3CJAA 1DKZA 3MN5A 4EZRA 4EZXA 3U8XA 2V7YA 2A41A 5BPMA 4CZIA 3CJ1A 3GE1A 2P9LA 3UKRA 2E2PA 3O5BA 1U2VA 2Q2RA 3H3OB 1DGKN 3M3ZA 4FWOA 1X3NA 5E84A 4BRMA 2FXUA 2FF3B 5AZJB 3LDNA 5AQSA 4FWSA 3CJ7A 5LY3A 4H0VB 2GWJA 2P9IA 1S22A 3SK3A 5EOYA 2CGLA 1ZC6A 1WUAA 2HF4A 1HLUA 4BRCA 4BGBA 3CQXA 2J4RA 2P9KB 3DPPA 4MO4A 5F1XA 2P9UB 3VENA 3VEZA 5JMVA 3U4LA 4M7YA 4HTLA 3ZETB 3FZMA 3VOVA 2D1KA 5AQJA 1DEJA 4EHTA 4H0TB 3ZEUB 5EXWA 1NGIA 2UYTA 4BR9A 4F9OA 3LDLA 4I6MB 2W41A 1YUWA 1C0GA 2Q1NA 3FZLA 4ISFA 1KAZA 2ZWHA 4A2AA 2HOEA 4BGAA 3BP8A 1NGAA 5AQMA 4B9QA 3O1BA 1ATRA 4A61A 1R59O 3VPZA 5JICA 4A2BA 4XH5A 3SMSA 2Q97A 4CBXA 4BREA 5AQLA 4CZLA 2QWLA 2AP1A 2F9WA 3MN7A 1NGJA 1QHAA 4BC5A 2QWMA 1MA9B 4E1JA 3A8YA 4B1WB 2EWSA 2P9NB 5AQHA 3VF4A 1DKGD 3W3DA 5FPEA 5ADXA 2H3GX 3ULEB 3DWLA 1QQOA 3O4WA 3U9ZA 5KPRA 3IDHA 2QWPA 3D7EO 4RTFD 1BO5O 4WYBA 3CERA 4JHDB 5EVZA 4LC9B 2HF3A 5AR0A 4EHUA 2FLOA 3QBXA 2VWBA 2P9SA 2QWOA 1WOQA 2YHWA 3LDPA 3MMVA 3O8MA 3SLCA 4BRQA 3VGLA 2A6AA 3UKUA 3CETA 4FOIA 4B1ZA 1BWFO 4H0YB 5BRHA 1NLVA 4FWNA 1GLAG 3WXJA 4B1UB 5KQ8A 4EZVA 1C0FA 4CZGA 3KVGA 3KZBA 2F9TA 3BF1A 4R5JA 1TYQA 3DJCA 2P9PB 3O08A 3GG4A 5AQXA 4H6IA 1E4FT 4K43A 3QMLA 1Q5LA 1NGFA 3ZX2A 5BREA 2W40A 1BU6O 4EZOA 3SJHA 3FR0A 3N8EA 7HSCA 5AQYA 4WQ4C 4A62A 1SAZA 3A5LC 1HKCA 3O6WA 4Y0WA 3D2EB 4H5RA 4O5FA 5AFUH 3QBWA 3UKRB 3TU5A 1TUYA 3DQGA 1HUXA 1X9JA 2ASMA 4PKHA 1YXQA 5KPZA 3D2FB 3RSEA 1G99A 5EX5A 1BA1A 1ZXOA 5F2RA 4K25A 3CJ9A 1HPMA 3JS6A 2IVNA 1NGEA 3DXMA 3VETA 4HYBA 3A0IX 4R5LA 5LJVA 3QICA 1DKXA 4PO2A 3L4IA 1HJOA 4EZYA 1X3MA 3H1VX 3C7NA 3WEEA 3AARA 2I7NA 5AQWA 1GLDG 3MDQA 2D0PA 1KXPA 2ITMA 1NM1A 2GELA 3GDQA 4WQ4A 2QXLA 1GLFO 4BRIA 2ZGZA 3OHXM 4CZEA 4NO7A 3LL3A 2HMPA 3T47A 1DG4A 4JD2A 4H5VA 5BR9A 4DCHA 2E2NA 2IVPA 3L3OM 1MWKA 3ZX3A 2E2OA 5EY4A 4XH1A 2Q36A 4B1XB 2QM1A 3FZHA 4QS9A 2V7ZA 4CD1A 1K8KB 4EZZA 5AQFA 2YCHA 2D0OA 4JWIA 3S41A 4BRFA 1SZ2A 5AZJA 2CGJA 1V4TA 3I8BA 3H3NO 3BUZB 4M63C 3CI5A 5ELZA 3IFRA 4EIAA 5JLHA 4EZUA 3EL2A 3AY9A 4FWMA 4Z94A 5BPLA 4BC2A 4R5IA 3CJCA 3QB0A 4QS8A 3VESA 3W0LA 1BOTO 3G25A 3J8AA 4H03B 3U9DA 2P9KA 3L6QA 3GL1A 4KBOA 1BA0A 2BUPA 2P9UA 3FGUA 4FOEA 3ATVA 1D4XA 3VGKA 2Q31A 3DPOA 4BG8A 3ZETA 2BTFA 4H5TA 2YHYA 4EFHA 5AQGA 5FPMA 5BN8A 3VEXA 4IO8A 3CQYA 2IVOA 2PBDA 2Q0RA 3M1FA 2FSNA 4FWKA 3ZEUA 2ZGYA 4EZNA 4EZSA 5AQNA 3H45C 3R6MA 3DOBA 1J6ZA 4I6MA 1HKGA 3ATUA 4JNFA 4H0XB 1GLEG 2A5XA 1LOTB 3LM9A 2A40A 2CH5A 1BDGA 3HSCA 1KAYA 4CD3A 3VEOA 4DB3A 4B1YB 4R5KA 4RCHA 3FZFA 1ATNA 1RDWX 5AZIB 3MCPA 4IXCA 1JCGA 2P9NA 4EAHD 4CZMA 3ULEA 4BG9A 1BPRA 2QWQA 2E1ZA 3WQUA 4C23A 3HM8A 1GLLO 1NGCA 4O8KA 3C0BA 3O80A 3HTVA 4FWLA 1E4GT 4AM7A 1GLBG 5TKYA 3QDKA 2E8AA 4JHDA 3H0XA 4FWQA 4B1VA 3DXKB 1CKRA 2NLXA 3WXLA 1Z05A 4ISEA 3VGMA 4JAXA 4JN4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FSVA 3ASMA 3VF6A 4N41A 2P9LB 3R8EA 1IH7A 3MXIA 4MO5A 2GUPA 4FPBA 2CGKA 5AQVA 1I4DA 1J9AA 4ISGA 3L2QA 1HNZK 5BRDA 3RR7A 2YL8A 3VF2A 3QEWA 4OX9K 1JLFA 1NKCA 5KGXA 1RGIA 4JNEA 3KK7A 1TAUA 1BCOA 2HNZA 4BRNA 3FE1A 2D0AA 4LY7A 1TV6A 2F7OA 2WINM 3VEWA 1S3XA 3LLLA 4FJIA 4BQLA 4ZTFA 3MWTA 4BRHA 4LFBK 5EU7A 2HSTA 3T46A 3D2EA 4CEEA 1NGBA 4MLHA 1GNLA 4FJ9A 5AJ3K 5C15A 2OZNB 2X3WA 2O8DB 3AVGA 1HNVA 3HZ6A 3QNNA 4XH4A 2W00A 2O8FB 2ASOA 4DTMA 2ND0A 3KLGA 5FDLA 1GLCG 4B08A 4FO0A 3WXMB 1EETA 1KQSM 4DWIA 3ULDA 2E1YA 2QKBA 2F4VK 4BECA 3CVRA 2YL9A 2YL6A 4E7IA 2IIRA 4LH4A 4MQ3A 1KD1O 2FSKA 4DSFA 1HYZA 4FWPA 4CZHA 4KIKB 4CZFA 3NH0A 1ASUA 3TPQA 3LWMA 2RPIA 2I5JA 3HPOA 4FLUA 4WPCA 1WDZA 1HKBA 4DU1A 1WSEA 4F01A 1Z6RA 3JAMO 4HUFA 2PZSA 1TQTA 1URUA 4JI3K 4NPHA 1KVCA 4FPAA 4BC3A 4AHUA 1V4SA 5BR8K 1R33A 1QX1A 4PY5A 3OYGA 3HYFA 4ZTJA 4DTRA 1P8ZA 2WTUA 1YT3A 2UXDK 3I2WA 3LM2A 4M7XA 4JWCA 4RW6A 3OYNA 4BRLA 3ZEFA 1RBSA 1RT1A 2CH6A 3BZCA 5AQUA 1SU7A 4NSWA 3I0SA 1S6QA 2Z1HA 1ATSA 5C25A 3K58A 3NH2A 4HTUA 3V9SA 3HJFA 4KHQA 1CZBA 1JLEA 3EO3A 4CE9A 4RWTA 4XJXA 3A5MC 3UB5A 4KREA 4F8RA 4AZGA 2G8FA 1SKSA 3ISNC 3CHWA 3HT3A 4L3QA 3D6RA 3CYGA 4E1NA 3CZSA 3A5NC 4CI6A 4IWVA 3HXMA 4CBUA 3V1RA 3VA3A 1L3TA 3EE8A 4JKFA 3WUHA 4FM1A 3T49A 4B3TK 3TAMA 3AAQA 4CBWA 3DLGA 4H4MA 3SMPA 2RAJA 1N33K 4IG3A 1UAXA 4JEPA 1NMNA 4IWPA 3PSIA 4JI2K 2OANA 3O3HA 4FW1A 2QWNA 4I9QA 2GEMA 1LWFA 2PYJA 2KHOA 3O1WA 2F96A 4B3RK 3LP0A 3NVKA 3DRPA 1S6PA 1SS6A 2ZF5O 3DXMB 3K0SA 1TAQA 4YOYA 4LF6K 2Y1JA 3OYMA 3VQDA 5LL6Z 3U6FA 2HB5A 3C7NB 3N4QA 1WN7A 4NB4A 4AZCA 4DV5K 4QCLA 3NCIA 4Z4GA 4FZSA 4ELUA 1XC9A 3C6HA 5CZ2A 4DQSA 4B9VA 3SBTB 3K9KA 4H4OA 4EZTA 3RTVA 3ZLJA 4UY8O 3CJAA 1JLCA 1BL3A 3MN5A 4EZXA 2A41A 3T7ZA 3CJ1A 3DLLL 3GE1A 2E2PA 3QEXA 4FWOA 5FRNA 4GMJB 1VSFA 2O8CA 3QA8A 2P5GA 3CAZA 2FF3B 1RDUA 5GIPA 5CY4A 4FK0A 3OBYA 2G8HA 4CF0A 5LY3A 2P9IA 1VSHA 2NRZA 2QKKA 5EOYA 1VSIA 1WUAA 4YY3K 1N6QA 3CQXA 3DX0A 3R3LA 4DCNC 2P9KB 3DPPA 3BZKA 4MO4A 3SZ2A 2P9UB 3AVFA 4M7YA 4FVUA 3OWGA 4EHTA 3IS9A 3OYKA 3NE6A 1WAFA 2IOCA 3THXB 2XY8A 4F9OA 3LDLA 4I6MB 3WNHA 4B9LA 2Q1NA 1KAZA 2ZWHA 3FFIA 1WBDA 2D5RA 1ASWA 3VQ5A 5J2NA 5AQMA 1FW6A 4DLEA 2OCEA 1ATRA 2AJQA 3MEEA 4A2BA 1FK9A 3TSQA 4L8RB 4CIEA 4BREA 5AQLA 4DV4K 4DSJA 3BUPA 2AP1A 3TAQA 3MN7A 1I94K 2NRTA 3TI0A 3OYDA 1LV5A 4BE0A 2G8IA 3A8YA 4B1WB 3K59A 2P9NB 3VF4A 4ID5A 3O3MB 2QK9A 1LQ7A 1XNQK 1QQOA 4KTQA 1EWRA 3U9ZA 4CJKA 3CV5A 1JLGA 2VQFK 4RTFD 3E01A 3EJUA 4Z4IA 2OPSA 4JHDB 4ELVA 4G9ZA 4DV3K 3QBXA 3NF8A 4FYDA 3O8MA 4A5BA 1WOQA 2YHWA 3SLCA 4PHTX 4B9NA 3A2FA 2KKZA 5C12A 3VGLA 3UKUA 4NCGA 3QE6A 4E7JA 1C0FA 1NJZA 3KVGA 1YIJN 1BCMA 3O3OB 2F9TA 1O7DC 4OLAA 1TYQA 4OKKA 2HHTA 4O8UA 4CJQA 1VSJA 3ZT0A 4AHVA 4H6IA 3DLRA 4AILC 4K43A 3KK3A 3QMLA 1LAWA 4NCBA 4B9SA 2HNYA 2HNDA 3SJHA 3FR0A 1WSIA 2QKWA 3N8EA 2WYIA 3AV9A 4DV0K 3D2EB 3L8BA 4DTOA 4BE1A 3QBWA 1TUYA 2VQEK 1VQKN 4PKHA 3DI6A 2HHUA 3VQAA 4ILHA 4C8MA 4K25A 3CJ9A 4JKBA 1SL0A 1VSDA 3BVWA 4DTXA 3B52X 4FJXA 3TTDA 3A0IX 4KV8A 1BI4A 2GF4A 1DKXA 5J2QA 1HJOA 4EZYA 3ALYA 1NK7A 4MDAA 2I7NA 3NGYA 3O4QA 1D5AA 2Q3SA 1YJNN 3NAEA 1VQMN 1TGOA 3T69A 4H8SA 2F7QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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