4JNEA

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
molecule keywords Hsp70 CHAPERONE DnaK
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jneA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jneA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jneA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jneA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jneA03
2OANA 4MO4A 2YCHA 3VGKA 3QDKA 4E81A 4FWRA 1BO5O 4WQ5A 3IDHA 1K8KB 3BF3A 3LL3A 3MN6A 2FF3B 1J6ZA 3LM9A 2Q2RA 5EVZA 2YI1A 4CBXA 3WUHA 2A3ZA 4KBOA 4BVOA 4F01A 4BC5A 3FLCO 4M7XA 5AQSA 4WQ4A 5LJWA 3N8EA 3KZBA 2E2PA 2WUSA 5AQZA 2YJEA 4HY9A 3CJ7A 1HX1A 3O4WA 4H0VB 4BR9A 4EZQA 4B9QA 4M63C 2GELA 3ZEUA 3FZLA 5AZIA 4A2AA 3BF1A 2FLOA 5BRFA 4CJ7A 2Q36A 5AQPA 3O5BA 1BU6O 2A40A 4H5NA 4A2BA 4BRDA 4FWLA 3UB5A 4FO0A 3WXKA 4CD1A 2FSNA 5AQKA 4HTLA 5BRHA 1NGDA 1EQYA 2I7PA 4CBWA 4WYBA 3EL2A 3TPQA 1HUXA 3O1BA 3IFRA 4BG9A 1U6ZA 4EZRA 4FWSA 4H0PA 3CQXA 1MDUB 4BR2A 2QWNA 1NGHA 5AQMA 3CJ1A 3QB0A 4E1JA 1GLCG 5F0XA 1ATRA 2IIRA 4ISFA 3BP8A 3HI0A 1P8ZA 4AM7A 1ATNA 3W3DA 4R5LA 2GWKA 1WOQA 3VEXA 1T6CA 2IVNA 3WEEB 4FWOA 2YHXA 1BUPA 3VOVA 3WXLA 7HSCA 2F9WA 4JN4A 3T46A 2P9PB 2P9LB 3EO3A 4BRGA 3DPQA 1DEJA 1T44A 3UKRB 4PL7A 3OHXM 3MMVA 3WQUA 4EZOA 5FPNA 4EZYA 4JD2A 4BQZA 1E4FT 3VEYA 1MWKA 2ZGYA 5AQVA 4CZHA 4PKGA 5BR9A 4IJNA 4MO5A 5AFUA 1YVNA 1BA0A 3LM2A 2Q31A 3VEOA 5EXWA 2QWPA 3VGMA 3L3OM 3AARA 4CZGA 4FWKA 4AM6A 4WV5A 3T49A 2J4RA 5AZJA 3CIPA 1TYQA 1QQMA 4QS8A 2FSJA 4DB3A 1QQOA 3HM8A 1K8KA 1RDWX 2A41A 5AQQA 3R8EA 5I9EB 3VF2A 4EZPA 3H1VX 4Y0WA 3EZWA 5AQJA 2D0OA 4XH1A 3JXUA 2QWMA 3A5LC 5AR0A 4IXCA 1ESVA 4BRQA 1KXPA 2FSKA 1GLLO 2QFFA 1RFQA 2ZWHA 3M3ZA 3LDQA 1SAZA 5AQUA 4R5KA 3WQTA 1E4GT 4BR7A 4BRMA 4BR5A 4CZFA 3J8AA 3VEZA 3SJHA 3ULEB 5AQXA 2E2QA 1DKGD 1H1VA 2E88A 4GY2B 4JHDA 3VESA 3UE5A 5AQRA 1BG3A 3T47A 1R59O 4BC3A 1TUYA 4QS7A 4O8KA 4JWEA 2QXLA 3CERA 3FGUA 1NGBA 2A6AA 4H6HA 3O1WA 1KAZA 2W40A 4IO8A 3FZFA 4I6MB 4O5FA 2BTFA 4HWIA 3SLCA 1GLFO 3CHWA 1GLBG 3DXKB 4YDUA 3ZX3A 4EZVA 3L0QA 4CZEA 2QWOA 4H03B 3WXJA 3ZX2A 3QICA 4EZXA 5KQ8A 3C7NB 4WQ5C 1LCUA 1WUAA 1MWMA 4PL8A 2VWBA 3SMPA 2V52B 1HKGA 2HF3A 1BPRA 1X9JA 3G25A 4WQ4C 4MLHA 4K41A 3ZETB 5F1XA 2P9IB 3L4IA 1LOTB 3DJCA 1IJJA 1ZC6A 4BROA 1BA1A 3BEXA 1KAXA 3OHRA 4WV7A 4M7YA 3U9ZA 4B1YB 4CZLA 3GE1A 4R5JA 3FFKB 3BUZB 3FR0A 3FZHA 5KPTA 3RSEB 4BR4A 3VETA 2YHWA 3CJBA 3M6GA 3KHYA 3U8XA 4BRNA 4BRKA 3MN5A 1U2VB 1HKCA 4Z94A 5KPRA 2P9SA 4R5GA 5AQGA 3VEVA 2Q97A 2YHYA 4IJAA 4BRLA 3I8BA 4BRIA 3IUCA 2PBDA 3GG4A 5AQLA 5B8HA 4H0TB 3P4IA 5BPLA 5TKYA 1GLJO 5BREA 2E8AA 3A5OC 1X3MA 3H3OB 3LDOA 3LDLA 4FSVA 3VGLA 2CGJA 4CD3A 4H5WA 3VERA 2BUPA 1QZ5A 3ULEA 3CETA 2GEMA 3JS6A 4BRPA 3ATVA 1HKBA 5FPMA 4DCHA 3VENA 1GLEG 2P9NB 4EZNA 3W0LA 2QWLA 4FPBA 1NWKA 3D2FB 3AAQA 2IVPA 2V51B 4FWQA 1SZ2A 3UKUB 4JWCA 5ADXA 4B1VA 3H3NO 4FOIA 3CJAA 3MN9A 3MCPA 5AFUH 1HLUA 3ZEUB 1HJOA 1JCEA 1S3XA 4EHTA 1YUWA 3ID8A 4H5TA 4XEIA 1V4SA 1G99A 1NMDA 3O8MA 5ELZA 2D1KA 4ISGA 3GL1A 4DHYA 3FE1A 4C23A 1NGIA 1U00A 4R5IA 1DGKN 1NGEA 2BPRA 4RTFD 3HZ6A 1CKRA 1NGGA 3D2EB 3VF4A 4EIAA 3H46O 4BRHA 2P9KB 4MLEA 1GLDG 3ENHA 3ZETA 1QZ6A 2P9IA 2NRHA 2AP1A 2AA4A 3GDQA 3QNJA 2WINM 2GTDA 3LDNA 3VF6A 1V4TA 4HYBA 4EFHA 5FPDA 2V7YA 2E1YA 5F2RA 1MA9B 3DOBA 4RCHA 2UYTA 3RSEA 4BGAA 3CJCA 4CZKA 1U2VA 2QWQA 4CZMA 3DWLA 4EZZA 3U4LA 3EKUA 3VPZA 3C0BA 3HSCA 5KPZA 4JD2B 2E20A 4QS9A 2Q1NA 5AQNA 4ISEA 3R6MA 2Q0UA 2KHOA 3CQYA 1BDGA 4FPAA 1IG8A 3TU5A 1NLVA 1KAYA 4LC9B 5AQWA 4RWTA 2CGLA 3WEEA 4EAHD 4BRFA 4NB4A 4B1XB 2EWSA 1X3NA 4YDUC 1NM1A 2ASOA 3AAPA 5AZJB 2P9PA 4BREA 2P9LA 1TYQB 3MK6A 3DPPA 1ZXOA 2E2OA 4XH4A 2D0PA 3UKRA 1YAGA 4CZJA 1ATSA 3A5NC 3D7EO 3FZKA 2Q0RA 3H0XA 5BN9A 2OP6A 4JWDA 3ZX0A 4F00A 5LJVA 3FZMA 2P9NA 3DQGA 5JMVA 3H1QA 2CH5A 3D2FA 2HMPA 1OKJA 3UKUA 1GLAG 3GBTA 3DXMB 2P9UB 2VYPA 4B1ZA 2D4WA 3SMSA 3LDPA 3H45C 5CE3A 4EHUA 2F9TA 4JNFA 3A0IX 3DPOA 1TUUA 4JNEA 2A42A 3MN7A 3DAWA 4JHDB 1BWFO 2ASPA 3F9MA 4H0YB 1RGIA 4PO2A 2NZTA 3R9PA 5E26A 4FOEA 1QQNA 2A5XA 4H5RA 3D2EA 5JLHA 5AQFA 1DG4A 3T48A 2P9KA 4K25A 2E1ZA 4IWVA 4JAXA 1BOTO 4BC4A 2ZGZA 5BPMA 5FPEA 2YJFA 1NBWA 3KVGA 4EZWA 5AQTA 3A8YA 3QFUA 3U9DA 1Z05A 2VCPA 3QFPA 3H6EA 5BRDA 1SQKA 3O6WA 3QBWA 2CGKA 4FWMA 3L6QA 4BQLA 5EX5A 2I7NA 1JCFA 2H3GX 1T6DA 4FWPA 1Y64A 1Q18A 3IMXA 4A62A 2QM1A 4CBUA 1NGAA 4I6MA 1D4XA 2ZF5O 1NGJA 4K42A 3QMLA 5AZIB 2W41A 1Z6RA 3DXKA 5JLFA 1JCGA 1DKYA 3O08A 4DQ8A 2CH6A 3S41A 3HBTA 5ADXH 4H6IA 3WXIA 3GOIA 2ITMA 3C7NA 3CJ9A 4CZIA 4BRAA 5AQOA 4H5VA 4EZTA 2NLXA 5BN8A 3I33A 4BR0A 1NGFA 1DKXA 4FL9A 4XH5A 4GNIA 4PKHA 5AQIA 1YXQA 4K43A 1XQSC 3EKSA 3VEWA 3ATUA 1DKZA 3SK3A 1NGCA 3B8AX 1HPMA 2P9SB 3T4AG 1XUPO 2E2NA 5AQHA 4A61A 4NO7A 3HTVA 4CI6A 5E84A 5BPNA 2DPNA 3ENOA 2QWRA 3CI5A 4BRCA 2HOEA 1C0GA 2QW9A 3DXMA 1CZAN 2PAVA 2P9UA 4JWIA 2FXUA 4B1WB 1S22A 2ASMA 4EZUA 4BVPA 1ZBSA 1Q5LA 4IZ9A 4PKIA 4BG8A 5LY3A 2IVOA 4F9OA 4B1UB 1XC3A 3WT0A 1QHAA 1C0FA 2FF6A 4EZSA 5EY4A 5AQYA 4L3QA 3O80A 5KQDA 5EOYA 2HF4A 2V7ZA 3AY9A 4J8FA 4FWNA 3MDQA 4BGBA 3M1FA 4H0XB 5JICA 2GWJA 4BC2A 2GUPA 3QBXA 3EN9A 3A5MC 4H0OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VGKA 3SBSA 3PV8A 4B9LA 2X3VA 3IDHA 1K8KB 3LL3A 3LM9A 3SJJA 2YI1A 1RBTA 3RRHA 3THVA 2A3ZA 2KFZA 4KBOA 3Q0KA 2OTJN 3OJUA 3N8EA 3QE6A 3KZBA 3SUOA 4HY9A 4CJKA 3RWUA 2F96A 4E89A 1YWMA 1BCMA 4I9LA 3ZEUA 4DSJA 1BI4A 3CV5A 3BF1A 4CJRA 3O5BA 4BRDA 3OYNA 4W5OA 4DU1A 3KKRA 3C6HA 1RTDA 1J5OA 5C24A 5BRHA 2YNHA 1VSDA 3PSIA 1NGDA 3CC4N 1NK8A 3O1BA 2B4JA 1U6ZA 2YIAA 4CHZA 3E9PA 3MAQA 2PZSA 2IIRA 3BP8A 3L2WA 3HI0A 4AM7A 5HP1A 4FZZA 4DTNA 3VEXA 4OX9K 2IVNA 1NJYA 4FWOA 2GAFD 3WXLA 4YOXA 5M1FA 3DM2A 2KW4A 4JN4A 4JK7A 3T46A 5CHIA 3VMFB 1I39A 1QSSA 3AVBA 2O0I1 1DEJA 3UKRB 4DCNC 4NPHA 4B3RK 3Q84A 3RR8A 4EZOA 4N47A 1CZBA 2UUBK 4JD2A 2F8TA 4FZSA 1E4FT 1VSHA 1NK4A 5KRTA 3MEGA 2DFFA 4ELUA 4DR7K 1SL2A 4MQ3A 3RV0A 4OKJA 4FJJA 3L3OM 1REVA 4GKKK 3T49A 1RTJA 2J4RA 2HNDA 1QQMA 1BL3A 4AZBA 2NRRA 3SAFA 2ZXQA 1K8KA 1RDWX 5I9EB 2FC0A 3R8EA 4CF2A 2VWJA 4JKHA 4Y0WA 1LV5A 4AILC 2D0OA 3SPZA 1NOZA 2ELBA 1X04A 1QE1A 5KI6A 1KRPA 3A5LC 5AR0A 1ESVA 3CZNA 4O0IA 2QFFA 4MFBA 4Z4CA 3DLHA 4E7JA 3BGRA 2P5OA 2ZWHA 4UDYX 2YI9A 4CZFA 3J8AA 3I0RA 3NHGA 3SJHA 3QLHA 3HOTA 2E2QA 4DWIA 4FLZA 2E88A 3D45A 4JI2K 1BG3A 3T47A 4AKVA 3C6UA 3D4ZA 5FDLA 3HVRA 3OYHA 4QS7A 3CERA 4CJPA 3CFPA 4KV8A 3O1WA 4RW4A 1TL1A 1TQTA 4O5FA 3ZSRA 4RW7A 1IKWA 3LWMA 5J2NA 3V6DA 3SLCA 3QNOA 3SCXA 2RPIA 3CHWA 3DXKB 4YDUA 4EZVA 3L0QA 1NG9A 4FM1A 2OW6A 4CEOA 3WXJA 2HW3A 1TAQA 1QTMA 4CEAA 4CGHA 5A2QO 3C7NB 4WQ5C 1WUAA 3CZSA 3VN5A 3THXA 2HBLA 2VWBA 3OBYA 4DSEA 1E1DA 3MWTA 3U3YA 2HF3A 2NCZA 1X9JA 3G25A 1VQMN 5FLEX 3DX2A 4OVLA 1JQKA 4B8CA 3L4IA 3ZEFA 3K2PA 3TAFA 4DTPA 3DJCA 4FLTA 3DDFA 1EKEA 1W7AA 3U9ZA 4DS5A 3KD1E 5C25A 4DTMA 3T1AA 5KPTA 3VQPA 2FBYA 1WNSA 3CJBA 4W5RA 3KHYA 2WTUA 3ZT3A 4BRNA 4BRKA 1S1TA 3WNHA 1HKCA 4JI3K 5KPRA 4W5NA 2P9SA 1Q9XA 2GV9A 4JI6K 3VEVA 3PLTA 2G8VA 2YHYA 2XRIA 4PA1A 5CYQA 3O3HA 4KI6A 4FCYA 5AQLA 5B8HA 2PYLA 4B3MK 1L3SA 3QEXA 4H0TB 3SQ0A 5BPLA 3T1YK 4CJ3A 3VEBA 2BE2A 2HMIA 4JKDA 5C5BB 2RN2A 5BREA 3SYVA 2E6MA 1X3MA 2Z1GA 3ID6A 2F1AA 4JLHA 2NUBA 1WAFA 3HL8A 4H5WA 2YIVX 4BRPA 5DM7L 3ATVA 2Z0VA 3QNIA 1WB9A 4DU4A 4FZOA 3VENA 4EZNA 4IFVA 3W0LA 2YL8A 2QWLA 4BWMA 4FPBA 3JAMO 1TKXA 4O0JA 4F8RA 2WYHA 1XHXA 4LFBK 1KQSM 1LW2A 4JWCA 1I4TA 3VQ7A 4B1VA 3MCAB 2HSTA 4M3XA 3SUNA 2HHHK 3NF7A 3MCPA 4M3ZA 3DLGA 1KC8O 1S9EA 2Z0NA 1S3XA 3ID8A 3UITA 4H5TA 2NNWA 4GW6A 3O3FA 5SZTA 1G99A 5KTQA 5ELZA 2D1KA 3CMAN 1X9WA 4DV2K 1U00A 1DGKN 2BPRA 3O3MB 3OA9A 2IC3A 3MXMA 3DYTA 3WNFA 1CKRA 1NGGA 3E9LA 4EIAA 4LD0A 3BVVA 3AVFA 4MLEA 3QETA 1X9MA 1RTHA 2NRHA 3SAHA 2HHVA 2AP1A 3ULDA 5LMUK 3QNJA 1FK9A 3ZSXA 4E7LA 5FPDA 3J7YP 2E1YA 3BUIA 5F2RA 1P90A 1MA9B 1HYSA 3K59A 4U7BA 2O8CA 3HRGA 3DRSA 3SQ1A 3KDRA 4KH6A 3NDKA 2YLAA 2IDOA 4YOWA 1Y2OA 5GAGP 1QWNA 4BY9C 3BVWA 3DWLA 2DTUA 3BLBA 3EKUA 3HSCA 3LP1A 5KPZA 3CCVN 4QS9A 4JS4A 1R34A 3J81O 4LF4K 3R6MA 4FJ9A 2Q0UA 4KHPK 3CQYA 1JLCA 4CJTA 1A5XA 3CG7A 3DRPA 3EJRA 1TKDA 4CE9A 2ASOA 3AAPA 2P9PA 4BREA 2P9LA 3MK6A 3DPPA 1ZXOA 3QO9A 4XH4A 5CZ1A 1ZBIA 3DI6A 4BEBA 1YAGA 4FW1A 2JNSA 2VG7A 4LH5A 4GV3A 4JWDA 4Y1DA 3H08A 3ALYA 1GN9A 5LJVA 3DQGA 1HXKA 2QXFA 2YLLA 3E1YA 4OPJA 1L5UA 5M1OA 2CH5A 3ZSVA 2XY5A 2G8HA 2E5LK 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5JLF A;  5FLX O;  1KD1 O;  2G8F A;  1KVB A;  1IH7 A;  4DQ8 A;  2OPQ A;  5M1P A;  4KHU A;  3HBT A;  1BGX T;  4H6I A;  1VSF A;  4M0M A;  2ITM A;  1O13 A;  4IWO A;  3CJ9 A;  3K5O A;  4JKB A;  4BRA A;  5AQO A;  1NGF A;  2HB5 A;  4XH5 A;  1S72 N;  1RDU A;  4KH5 A;  4GNI A;  3IS9 A;  2HVH A;  2LSN A;  3LMF A;  1XQS C;  5J2M A;  3EKS A;  4IOC L;  4BE7 B;  4DR3 K;  3T4A G;  4ILJ A;  1OH8 A;  2W42 A;  3NF6 A;  4CJU A;  1JJ2 M;  1ASW A;  4CGJ A;  1JLF A;  4FJH A;  3CVR A;  4LF6 K;  4Z4I A;  3VQA A;  4BRC A;  2QW9 A;  3DXM A;  2PAV A;  2P9U A;  3AVH A;  3I04 A;  4DR4 K;  1XI1 A;  4H4O A;  1RBV A;  4EZU A;  2KFN A;  4CHY A;  4CJF A;  3ZT1 A;  4C8M A;  4IDK A;  2F8S A;  3NGZ A;  4L3Q A;  4CEE A;  3CCJ N;  1ZBU A;  2V7Z A;  4J8F A;  2KQ2 A;  4FWN A;  4M3U A;  2HVI A;  3QA8 A;  4GMJ B;  5EU7 A;  1WN7 A;  3P38 A;  4BC2 A;  3IRX A;  1R33 A;  3LP0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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