4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
1HJOA 2PBDA 4RWTA 1K8KB 3C0BA 4EFHA 3CQXA 4CZIA 4LC9B 3ENOA 4I6MB 4R5IA 5AR0A 3VGMA 5AZIB 3DXMB 3VGLA 2Q97A 1GLFO 2QWNA 4R5JA 3SJHA 1HPMA 3TU5A 3WT0A 4CZEA 2QXLA 3DPOA 3L0QA 1DKYA 4BR4A 5EXWA 2UYTA 1XC3A 2Q0UA 3MCPA 1NM1A 4AM6A 2ASMA 4A61A 7HSCA 2BPRA 1NGEA 3VEZA 4F01A 3CJ9A 3JS6A 4EIAA 2P9NA 4EZTA 2GELA 1WOQA 4EZQA 3O5BA 3FE1A 4H0XB 4YDUC 2YJEA 2OANA 1QZ6A 1E4FT 2Q36A 3CERA 3SK3A 4DB3A 2VYPA 2FSJA 4BG9A 3O1BA 3DJCA 4BRGA 4JD2A 3MMVA 3G25A 4JWEA 2F9WA 2QWQA 3DOBA 1T44A 3VOVA 4BQZA 3MK6A 4HTLA 3VF6A 4B1UB 4H0VB 2YJFA 4EHUA 3S41A 3UKRA 4PO2A 3GOIA 4JWIA 4E1JA 4XEIA 5LJVA 3H3NO 3ZX3A 2GUPA 3CHWA 3JXUA 2QW9A 2YHWA 4YDUA 3CJBA 2E1YA 3MN7A 1NWKA 3H46O 3WEEA 4BRKA 1SZ2A 2BUPA 4O5FA 1RGIA 3FZKA 4R5KA 3RSEB 1Q18A 3UE5A 2FXUA 5AQKA 1G99A 1GLAG 1BUPA 1Q5LA 3MN5A 2P9SA 4B1VA 1YVNA 4K41A 3H3OB 1BU6O 3LDQA 4EAHD 1S22A 2NLXA 2OP6A 3ZEUA 3R9PA 5AQLA 1BA0A 4H6IA 4FWMA 5E84A 4Z94A 5AQWA 3H0XA 3R6MA 1GLDG 5AQSA 3U9ZA 5BREA 4FWQA 4KBOA 2WUSA 3QDKA 2W40A 2YHYA 1DGKN 2ZF5O 4HY9A 4JWDA 2I7NA 3LM2A 4FPBA 4BGBA 3VF4A 1P8ZA 3U8XA 3EKUA 3HSCA 2A5XA 1U2VA 3FR0A 4JHDA 4IWVA 4CD3A 3KVGA 3EKSA 4EZRA 3ATUA 3ZETA 3CJ7A 4FWRA 3A5NC 4FSVA 4H0OA 3KZBA 4CJ7A 1SAZA 3MN9A 5AZJA 4EZWA 5E26A 4CBUA 5I9EB 2E2NA 4QS9A 2QWLA 4IXCA 4H0TB 2P9KB 1ATSA 1J6ZA 2CGKA 1X3NA 1WUAA 3ZX2A 3M6GA 1BDGA 2P9PB 4BC3A 2QM1A 1GLLO 1RFQA 3U9DA 5BRFA 1MDUB 1KAYA 1LCUA 4H0PA 4BR9A 2D4WA 2J4RA 4EZOA 3WUHA 2FSNA 3EO3A 3GDQA 3WXIA 4H5VA 4K25A 3ATVA 4DCHA 2BTFA 2FSKA 4EHTA 5JLHA 1QQMA 3ULEA 4ISGA 4B1ZA 4O8KA 4EZSA 3C7NA 4BRDA 2NRHA 5BPLA 2V52B 5BRDA 1BPRA 5LY3A 2CH5A 1TYQA 1NGDA 4F00A 2A6AA 3LL3A 4DQ8A 3W3DA 2ASOA 3SMSA 4PL8A 3VEYA 2FF6A 3O08A 3LDNA 2P9UA 4FPAA 4JNEA 2IVOA 3HM8A 5AFUH 5LJWA 3D2EB 5AQVA 1BG3A 4CZJA 4MLEA 4H6HA 2E88A 5AQXA 4BROA 4M7XA 4EZVA 3SLCA 3W0LA 3DWLA 1IJJA 2QWPA 5JMVA 1E4GT 3IDHA 3BP8A 1NMDA 4FWSA 3I33A 5ELZA 3M1FA 4H03B 4J8FA 1ZC6A 4H5NA 3VETA 4BC5A 5AQMA 3OHXM 4XH5A 4B1WB 2YHXA 3CJ1A 5B8HA 3B8AX 2Q2RA 1DG4A 1NBWA 5TKYA 2EWSA 3DXKB 1U00A 4JN4A 3AY9A 4L3QA 4AM7A 4CZHA 2P9LA 3MDQA 5AQHA 4K43A 4ISEA 4HYBA 4EZUA 1K8KA 2CGJA 5BN9A 3T49A 5BR9A 1JCEA 2F9TA 4RTFD 2HF4A 3EL2A 3UKUB 1ATNA 2IVNA 1RDWX 5EOYA 5AZIA 3KHYA 4BC4A 3DXMA 5AQGA 3A0IX 1X9JA 1C0GA 3CQYA 3DQGA 1CZAN 1HUXA 1YUWA 1V4TA 3TPQA 5AQYA 1MA9B 3ENHA 2NZTA 3QBXA 3FGUA 4BR0A 5EY4A 4QS7A 3VEXA 4CI6A 2A41A 2E2PA 2QWMA 1IG8A 3QB0A 1BA1A 4H5RA 2Q1NA 1JCFA 3D2FB 5KQ8A 3CI5A 1KXPA 1DKGD 1GLBG 1HKGA 3DPPA 4WV5A 2IVPA 3VGKA 4BVPA 3J8AA 4BRNA 1KAZA 3BUZB 4CZLA 3OHRA 4MO4A 5BRHA 3MN6A 3QFPA 2Q31A 3H6EA 1C0FA 2A3ZA 2E1ZA 3T48A 3O8MA 2V7YA 4FWNA 4EZZA 4BGAA 1QQNA 2CGLA 3R8EA 3DPQA 4FO0A 2P9IA 3EZWA 3A5OC 4IJAA 1HX1A 1NGHA 3RSEA 4BREA 4CBWA 4BC2A 2W41A 4IO8A 1OKJA 3WQUA 1DKZA 1BOTO 3QMLA 3IMXA 4PKHA 5KPZA 1YAGA 4IZ9A 4A62A 3LDOA 4BG8A 5KPTA 3FZHA 5AQPA 4CBXA 5JLFA 1GLJO 4CZGA 1BWFO 4ISFA 2ZGZA 1BO5O 2P9NB 3A5MC 5FPNA 2P9UB 4GNIA 4FOEA 3VF2A 2HOEA 3WXKA 4BR2A 4M7YA 3F9MA 3WXLA 3QNJA 5AQNA 5AQOA 4JD2B 2I7PA 5AQRA 5ADXA 4BQLA 1U6ZA 5BPNA 4CZFA 1HLUA 1S3XA 1NGGA 1SQKA 3A5LC 5FPMA 2D0PA 3UKRB 3VESA 4BRAA 3FLCO 3FFKB 1Y64A 3VEWA 4JWCA 3EN9A 4BRFA 3N8EA 3WEEB 4Y0WA 5FPDA 4EZYA 4FL9A 3LM9A 1XQSC 3BEXA 3CETA 4NB4A 3FZLA 2V51B 2V7ZA 4EZPA 4BRCA 1H1VA 2P9SB 3AAQA 2P9KA 3VERA 4BRPA 1X3MA 2ZWHA 2D0OA 1GLCG 2PAVA 1QZ5A 1NLVA 4H5TA 1V4SA 2P9PA 4BR5A 1NGFA 1CKRA 2GEMA 3L4IA 3AAPA 3ZEUB 2FF3B 5KPRA 2QFFA 1DKXA 3CJCA 4M63C 5F1XA 3H1VX 4FWKA 5AQJA 4JNFA 1Z6RA 4NO7A 3GL1A 4JAXA 2ZGYA 4K42A 3FZMA 1HKBA 3O80A 2A42A 3IFRA 3HBTA 1T6DA 2ASPA 1HKCA 2E2QA 2CH6A 3BF1A 2IIRA 4PKIA 4BRMA 1U2VB 4WQ5C 4JHDB 3SMPA 2E8AA 4I6MA 4DHYA 3D7EO 3O4WA 5AQTA 4BR7A 3ID8A 4B1XB 3ZETB 4CD1A 2YCHA 1R59O 5ADXH 2DPNA 2GTDA 4F9OA 3U4LA 1ESVA 3DAWA 1ZBSA 4WQ4C 2E20A 3VEVA 5AZJB 2P9IB 1NGIA 5F2RA 4FWPA 3HTVA 3CIPA 4WV7A 1NGAA 2QWOA 1MWKA 3IUCA 3ZX0A 4MO5A 2VWBA 3T46A 3D2EA 4R5GA 5AQUA 4WQ5A 2GWKA 2ITMA 1NGJA 3QFUA 1TUYA 1QHAA 3CJAA 4PKGA 3H45C 3QICA 4A2AA 4PL7A 3GE1A 3P4IA 3BF3A 4CZMA 4BRQA 4XH4A 5AQFA 4CZKA 4E81A 4FWOA 4WQ4A 3VPZA 3VEOA 4IJNA 1TUUA 3DXKA 4B9QA 4H0YB 5F0XA 4MLHA 5EX5A 1JCGA 2AP1A 5JICA 3FZFA 2H3GX 2D1KA 5AQQA 3QBWA 3O1WA 4EZXA 3T47A 1D4XA 2YI1A 3ULEB 2WINM 1LOTB 4B1YB 4RCHA 5BPMA 2VCPA 1KAXA 4BRHA 4C23A 3UKUA 5CE3A 1YXQA 3C7NB 2A40A 3LDPA 5AQIA 1XUPO 2QWRA 3L6QA 3O6WA 1ATRA 2KHOA 1TYQB 5AFUA 2AA4A 1NGCA 4FWLA 5BN8A 3H1QA 1EQYA 2GWJA 4QS8A 2HMPA 4HWIA 4GY2B 3T4AG 5FPEA 4BRLA 3UB5A 4R5LA 1ZXOA 4A2BA 3AARA 4H5WA 3GBTA 4XH1A 5AQZA 1DEJA 3HI0A 4BRIA 3LDLA 4BVOA 3D2FA 3GG4A 1QQOA 2Q0RA 1GLEG 3M3ZA 1T6CA 2FLOA 3I8BA 2HF3A 4EZNA 3WQTA 3L3OM 3A8YA 1NGBA 3WXJA 4WYBA 1Z05A 5KQDA 3HZ6A 1MWMA 2E2OA 2P9LB 5EVZA 3VENA 4FOIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RWTA 4BDYA 3PUFA 3HPGA 3PY8A 4JKGB 3CQXA 4CJ4A 5JENA 4LC9B 3TAQA 4LF9K 4R5IA 5AR0A 5AZIB 4W5RA 3DXMB 3NGYA 4BDPA 4R5JA 1HPMA 5K14A 3TU5A 5FRNA 1SKRA 4FXDA 1DKYA 3OYFA 4CGFA 3SBGA 1CZBA 2BPRA 4RG8A 4EIAA 2P9NA 4H0XB 1Y97A 2Q36A 3SK3A 3VQEA 3CERA 4DB3A 3RR8A 3DJCA 2O8FB 4U7BA 2RT6A 1WSFA 4J2BA 1JLFA 1B9DA 3ZLJA 3ZSXA 4B1UB 4DTSA 2IC3A 4JKEA 4PO2A 1DT9A 3GOIA 3HP9A 3CCJN 3ZX3A 5HROA 2OPSA 3BUQA 2KTQA 3V9SA 3BVTA 1RBUA 2E1YA 1NJXA 3WEEA 4BRKA 4B8AB 4R5KA 3RSEB 1RT2A 1M90O 1D5AA 3I2WA 5KBPA 1WSEA 3OBYA 4IOCL 1G99A 3O3HA 4OPHA 2Z0VA 1BUPA 3LP1A 3DX0A 1VSLA 4DSJA 2P9SA 1YVNA 3OJSA 2KZMA 3LPTA 4X65K 4FJ8A 1N36K 3EJPA 1VHXA 3AVJA 2OP6A 4CEBA 4CK2A 3ZEUA 1O7DC 5AQLA 4FWMA 5E84A 4AHRA 1Q7YO 4GW6A 4FZYA 4KHYA 3RMAA 3RV1A 5BREA 1B9FA 1BQNA 4FWQA 4CHQA 2GA9D 4TSXA 2WUSA 3CCRN 1R5EA 4CJWA 4PY5A 1DGKN 2F1AA 2OYQA 4AKVA 1NJIO 5JS2A 2BDPA 3THVA 4FM2A 4CF1A 1C1CA 1CZ9A 4W5NA 3DRRA 3I8DA 3OYNA 3CJ7A 5JVGL 4FSVA 4M3WA 3TAPA 4PHTX 1HMVA 3KWGA 3AO4A 4DV3K 4Z4EA 4LD0A 4FLWA 5E26A 4FJ9A 3SPYA 4WF9L 2E2NA 3PIOL 4DQRA 4NYFA 2O4GA 3DI6A 1WUAA 1VRUA 1KVAA 3ZX2A 4WCEL 1VSIA 2YNFA 4M3ZA 3C95A 2O4IA 3CPWM 4EZ6A 1GLLO 3PO4A 4AVMA 3U9DA 5BRFA 3K0SA 1MDUB 4DSLA 1IV0A 1KAYA 4BR9A 3O4NA 2J4RA 1RCHA 3WUHA 3SV4A 3PV8A 4KB1A 4ATMA 2OPPA 2XRIA 1BISA 3OWGA 4K25A 1Q81O 3ULEA 4B1ZA 1JKHA 4EZSA 2NRRA 3AO3A 1VQPN 4CFBA 1BPRA 3P83D 2R7YA 3V9WA 4I9LA 1HNZK 1R0AA 1TYQA 2VQEK 1C1AA 2RHKA 3OW2M 3SMSA 3VQBA 4WFAL 2O8CA 2FF6A 3WXMB 3HM8A 3D2EB 5AQVA 5FDLA 3W0LA 5E41A 3THYB 4DTNA 1IJJA 1XWLA 5DM7L 2OW6A 4O55A 3ZSWA 4N41A 1NMDA 3AA4A 4FWSA 5ELZA 3AVFA 4CK1A 3VETA 2RF2A 3CXCM 4B1WB 2EWFA 1TKXA 2YHXA 3CJ1A 4HUEA 1QQCA 5J2PA 2X74A 1XI1A 5TKYA 4IM2A 3SQ2A 3DXKB 1A5XA 3SAGA 3HAIA 3AVLA 3ZYYX 1IG9A 3CCVN 1ZWWA 4ISEA 4DG1A 1K8KA 1TAUA 5C5BB 1U47A 3DRPA 1I94K 3BUDA 2YI8A 3TWHA 2HF4A 4NYNA 1ATNA 3O3MB 1S1XA 4JI3K 4CECA 2G8KA 2PYLA 1YI2N 3S5TA 3KK3A 1YUWA 5GAEP 3PLAA 4ILIA 5AQYA 3HVRA 1SKWA 4CI6A 1W9HA 5HL7L 3RMCA 2X5CA 4KHPK 2EX3A 2BANA 1FKPA 1LW0A 1JCFA 1J5EK 5KQ8A 4DMNA 3C6AA 1KXPA 4KHNA 4HCBA 1DKGD 4MDAA 4AZCB 4JYAK 3T69A 4FZXC 2I5JA 4YFUA 4BWJA 4B3TK 4F3TA 3KIOA 5BRHA 4FK0A 1C0FA 2Z0OA 1UAXA 3OS0A 1A5VA 4EZZA 4M3UA 4BGAA 3NF6A 4IDKA 3P1GA 3I55N 1LV5A 3A5OC 4AHVA 1N32K 4E1MA 3HVTA 1NK8A 4BE7B 1KLMA 2W41A 4YOXA 2B5JA 4IO8A 2HHQA 1BOTO 4ZHRA 3RMBA 4PKHA 5KPZA 2UXBK 5KPTA 4XIUA 1TQSA 5KI6A 3HPHA 4DU1A 2P5GA 4CJLA 3C6TA 4YOWA 3DMJA 1BO5O 4KRFA 2HNYA 4NLBA 3WXKA 1QWNA 4FVMA 3G9GA 2HHIA 5I3UA 1TL1A 4DWIA 4DV5K 5AQNA 4JD2B 1QX1A 2HHXA 3BUPA 4CZFA 3L3PA 2YIAA 1HLUA 4GMJB 3THXB 1S3XA 1XNRK 5FPMA 2WONA 2ETJA 2D0BA 3DRSA 3CM6A 3T3FA 1VQNN 3VESA 1YF5L 2IGIA 1ZBLA 4M45A 3VEWA 3QIOA 2O8DB 1XHXA 3N8EA 3AO5A 3LM9A 1K8AO 1SL1A 3SPZA 3CETA 3O9RA 2ND0A 4C8MA 4CEZA 4KH6A 4JKDA 1S5JA 1H1VA 2UXCK 2F7PA 1X3MA 2ZWHA 4BECA 1NK9A 1NGFA 2GEMA 3AAPA 3SZ2A 4FJ5A 4CCHA 1NJZA 1NKEA 2ZXQA 2IS3A 1WSIA 1RTDA 4NO7A 3T19A 4Q0BA 3TAEA 3O80A 1SL0A 2G8HA 4G6QA 4N76A 4A5BA 4CJVA 3SYZA 1QSYA 3AVCA 3G10A 1BIUA 2KQ2A 4I6MA 5AQTA 3O4WA 4ZTJA 3ZETB 5BR8K 1NNEA 3QE6A 2DPNA 2DY4A 5FIGA 1VSMA 1HJRA 3OJUA 2E20A 5AZJB 4ELTA 1O13A 1RDAA 4CW7B 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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