4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
1HJOA 5AQXA 1MA9B 4IXCA 2E20A 2H3GX 1XUPO 1ZXOA 4PKIA 1ESVA 2F9TA 1C0GA 2FSNA 3VEYA 3UKUA 1BOTO 2ASPA 1TYQB 1WOQA 2P9KB 1DKYA 3I8BA 4EZPA 2E2OA 3O1WA 5AQVA 1NGBA 3M3ZA 4JN4A 3WQTA 3A0IX 3WEEB 3OHXM 4H6IA 4BRLA 2CGJA 3LDPA 4RCHA 4QS9A 1E4GT 3JS6A 1MWKA 2QWNA 2IIRA 4R5IA 1CKRA 3VGMA 4B1UB 3SLCA 3WXJA 3L3OM 2QWLA 2J4RA 3EZWA 4B1ZA 2CGKA 4EZZA 4JAXA 4DHYA 4EZVA 2NLXA 4KBOA 3R8EA 4H0YB 2ASOA 1NGIA 3DQGA 1NGFA 3UB5A 5AZJA 1K8KA 2D1KA 2NRHA 3SMPA 5ADXH 4ISFA 3L0QA 5BRDA 4IJAA 3LDOA 3WXKA 4BQZA 3HM8A 5AR0A 4WQ4C 3M6GA 2VCPA 4ISEA 4O5FA 5AQNA 3O5BA 5TKYA 1ATRA 2P9KA 4RWTA 4M7XA 4BC3A 4PKHA 5F1XA 3O4WA 3WEEA 2CH5A 4CD1A 5BREA 4F00A 5EXWA 2A5XA 5AQFA 1V4TA 1U00A 5ELZA 5EOYA 3CJ9A 4O8KA 1Z6RA 5AQLA 3VEZA 4EZNA 1HX1A 3EL2A 4BR2A 3FE1A 3M1FA 2P9SB 3BF3A 3FLCO 2ITMA 2CH6A 4CBWA 4EZYA 3VF6A 2YHWA 5KPZA 1HKBA 4CZJA 5JMVA 3AAQA 1T6CA 3WXIA 1P8ZA 5AZIB 3CI5A 3LM2A 4H5TA 3D7EO 3H1QA 5BN9A 4EHUA 3MN6A 4EZRA 3W3DA 1NM1A 5ADXA 1G99A 1LCUA 3ULEB 4CI6A 3VEOA 5BPNA 4BVPA 3GBTA 3DXMB 1BA1A 3DXKB 5BRFA 4FOEA 3H3OB 3ZETA 3C7NA 4B9QA 3U9ZA 2YCHA 4K25A 1NBWA 4AM6A 4YDUC 1NGDA 4EFHA 4CZFA 2Q31A 4MLHA 3I33A 4B1XB 5AFUH 1IJJA 4BRIA 2GWKA 2PBDA 3ATVA 4J8FA 4FWSA 3GG4A 4FWLA 5F2RA 3J8AA 4M63C 4BREA 1T44A 2QWQA 4H5RA 5BRHA 2YJEA 4CD3A 4H6HA 3G25A 4RTFD 1SZ2A 4EAHD 1V4SA 3P4IA 2V51B 4BRPA 3T46A 2OP6A 2P9SA 4CZKA 2HF4A 3ZX0A 1R59O 1BDGA 2ZGYA 5B8HA 4WQ5C 2FSJA 1RDWX 4IJNA 3ATUA 3D2EA 4BVOA 5I9EB 4EIAA 2PAVA 2YI1A 5AQKA 3VEVA 5BR9A 4JWDA 1U6ZA 2P9UA 3GOIA 2QWMA 3VERA 4M7YA 3BUZB 1C0FA 4EZUA 3ULEA 2E2PA 1YUWA 5AQSA 3O08A 3DXKA 3SK3A 1U2VB 2ZF5O 5KQDA 1ZBSA 2QM1A 5FPNA 4WV7A 3CJBA 3U9DA 3AARA 2VYPA 3WT0A 4CZIA 4EZXA 3CJ7A 4DB3A 5FPDA 3KVGA 1SQKA 4BC5A 5AFUA 1HPMA 4FWQA 1HKCA 3DWLA 4K41A 4BRKA 4XH1A 3FZKA 3HSCA 4IO8A 3ZEUA 1NLVA 5AQMA 4BRCA 1GLCG 2CGLA 3EN9A 2W41A 1KAYA 3FZFA 4WYBA 4NO7A 2YHXA 3LDNA 4FWMA 4FWOA 1GLLO 4FO0A 4E81A 3O80A 2A40A 2UYTA 4H03B 2E8AA 1IG8A 3MK6A 4IZ9A 1BG3A 5AQYA 3MMVA 1JCFA 1BPRA 4H0XB 1JCEA 5KPTA 1ATNA 3RSEB 4JHDB 4F01A 2QFFA 4A61A 4JWIA 4MLEA 3VETA 2A42A 3BF1A 3LDLA 3O8MA 3VOVA 1BWFO 2A3ZA 1TYQA 2YHYA 1MWMA 1YVNA 3IUCA 5LY3A 4PO2A 4FL9A 3R6MA 2FSKA 2Q1NA 4K43A 3CQXA 3SMSA 3DPOA 2V7YA 2IVNA 2QWOA 5F0XA 4FWPA 1GLEG 2BTFA 5JLFA 3DAWA 4BGBA 3HI0A 3CQYA 3EKUA 4GY2B 4EZSA 1NMDA 1QQOA 5JLHA 3VENA 4FWNA 2E88A 2EWSA 3LDQA 4CJ7A 3ENOA 3EO3A 1Q5LA 1LOTB 3B8AX 2P9NB 1Q18A 3FFKB 3QMLA 2AP1A 2Q2RA 4R5GA 2Q0UA 3QNJA 4B1VA 5KQ8A 4BC4A 4A2BA 3R9PA 3JXUA 3DOBA 4HY9A 2D0OA 3BP8A 5EVZA 4XH4A 3CERA 4JNEA 4EZWA 5AQIA 1YXQA 2GWJA 1GLBG 1GLDG 2GEMA 4BQLA 2ZGZA 4FWRA 5AQPA 2Q97A 3A5MC 5BPLA 2BPRA 3H3NO 4BRAA 1QQMA 4E1JA 3MN7A 1Y64A 3CIPA 4CZMA 2I7NA 1QZ5A 2QWPA 4FPAA 3H0XA 3T47A 5LJVA 3EKSA 3HTVA 3CJ1A 1GLJO 3VGKA 1RGIA 1ATSA 3C0BA 5EY4A 4R5JA 1GLFO 3UKRB 1KAZA 4Z94A 3T49A 2VWBA 3QFPA 5AZIA 3QICA 3LM9A 4H0OA 3VF2A 3CHWA 4BR0A 3ZX2A 1DKXA 4I6MB 4BRGA 4EZTA 4BR7A 2FF3B 3H46O 4R5KA 2F9WA 1NGAA 2FLOA 2GTDA 4H0PA 2D4WA 3DXMA 3F9MA 3MN5A 7HSCA 2FXUA 3U4LA 2WINM 3QBXA 2YJFA 3IDHA 5AQUA 1MDUB 2D0PA 4PKGA 5AQTA 1SAZA 2HMPA 4FOIA 1BUPA 1DKGD 2IVPA 4CBUA 3MN9A 1DEJA 3L4IA 4BROA 1CZAN 3ZX3A 4HYBA 4Y0WA 5E26A 3VGLA 5AQZA 4WQ4A 4BRFA 2P9LB 3D2FB 3HBTA 3IFRA 4JWEA 4DCHA 2HF3A 3QB0A 3A8YA 3VPZA 3OHRA 2V52B 3AAPA 1DKZA 1NWKA 1KAXA 2WUSA 4F9OA 5AQQA 2P9PB 3UKRA 2E1ZA 4BG9A 1T6DA 3IMXA 5BPMA 4L3QA 3FZLA 4PL8A 5BN8A 3VEWA 1HKGA 4I6MA 1D4XA 4PL7A 4A62A 1XC3A 2KHOA 3KHYA 5EX5A 1H1VA 4FSVA 2W40A 1Z05A 4GNIA 4FPBA 2GUPA 1U2VA 3O6WA 4CZGA 4JD2B 4B1YB 4XEIA 5E84A 2DPNA 4LC9B 1QHAA 1DG4A 3O1BA 4ISGA 4MO4A 3ENHA 1TUYA 3BEXA 1HUXA 4EZOA 3QFUA 4K42A 3KZBA 2QXLA 3FR0A 2P9IB 4H5NA 4JWCA 2E2QA 1X9JA 2A6AA 4BRHA 3ZETB 1KXPA 3C7NB 3DPQA 1NGJA 3CETA 4BC2A 3VF4A 3ID8A 3D2FA 1NGEA 1OKJA 2P9LA 4XH5A 3WQUA 4YDUA 4BGAA 1TUUA 5AQJA 1BO5O 3WXLA 1J6ZA 2P9PA 3T48A 2AA4A 3H1VX 1S3XA 2Q36A 3GE1A 4BRQA 4CZEA 4BG8A 1E4FT 4MO5A 3CJCA 4H0TB 4FWKA 1WUAA 3RSEA 1XQSC 4NB4A 2BUPA 4H5WA 4JHDA 1BA0A 3DJCA 3H45C 4HWIA 3QDKA 2QWRA 1QZ6A 3D2EB 4WV5A 3N8EA 4BRNA 4WQ5A 2E2NA 3WUHA 3MCPA 2HOEA 4HTLA 1JCGA 3VESA 1QQNA 2FF6A 1RFQA 4JD2A 2OANA 2V7ZA 4QS7A 3W0LA 5JICA 1NGGA 1ZC6A 4H0VB 2P9UB 5AQOA 2ASMA 1NGCA 3GDQA 3H6EA 3L6QA 4JNFA 3T4AG 5AQHA 3LL3A 3A5OC 1EQYA 2I7PA 1NGHA 2QW9A 2P9IA 4AM7A 3UKUB 1YAGA 4C23A 2GELA 4R5LA 3S41A 3VEXA 5AQWA 2A41A 4QS8A 3TU5A 2IVOA 2Q0RA 2E1YA 3CJAA 4BRMA 4A2AA 5FPEA 5KPRA 4H5VA 3FZMA 1BU6O 3HZ6A 3QBWA 4CZLA 4EHTA 1X3NA 2NZTA 2ZWHA 3FGUA 4B1WB 2P9NA 3ZEUB 3TPQA 3UE5A 3A5NC 4EZQA 4BR5A 4CZHA 4BR4A 5FPMA 3AY9A 1X3MA 1DGKN 3GL1A 3FZHA 1GLAG 3DPPA 3MDQA 3SJHA 4DQ8A 5AZJB 1K8KB 5AQRA 4CBXA 5LJWA 3A5LC 4BRDA 4BR9A 1S22A 1HLUA 5AQGA 5CE3A 4IWVA 3U8XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UUCK 4J2BA 2HBJA 1MA9B 4X66K 4WFAL 3OYEA 2H3GX 1XUPO 1MJGA 1ESVA 4FM2A 1ITGA 3UITA 1C0GA 3VEYA 1NJIO 3LMFA 4RW4A 2ASPA 2KTQA 4JK7A 1TYQB 1DKYA 1WSEA 5AQVA 2E2OA 1NGBA 4DTPA 3WQTA 1VQKN 3A0IX 3WEEB 4IM2A 4JI5K 1RDUA 4BRLA 2CGJA 2YKMA 4EZ9A 4RCHA 4QS9A 1E4GT 3VQ5A 3JS6A 3V9ZA 5KRTA 4FJ7A 3C6TA 4IWPA 4YHHK 1UPXA 1CKRA 3VGMA 4B1UB 3OYGA 2A1RA 1J5EK 3WNEA 4FZXC 1TAUA 2ALWA 4JAXA 4DHYA 3L3UA 4IWOA 4NLCA 3G71N 1JXBA 3R8EA 2ASOA 3AVJA 2UXCK 3B6OA 2HBKA 5AZJA 1K8KA 2D1KA 3SMPA 3SI6A 1S9GA 2YIAA 4MQ3A 5BRDA 4CF2A 3LDOA 4BQZA 1SU7A 3HM8A 1O1WA 2PMRA 3ZSRA 1VQ5N 5HOOA 1DT9A 4O5FA 1ATRA 4LF9K 4BE1A 4BC3A 4E1MA 3EJQA 3WEEA 1JLAA 4DU4A 2YIBA 2KLAA 5AQFA 2XHBA 3V9XA 1RBVA 4GKJK 3A98A 3OWGA 4EZNA 1HX1A 3FLCO 1I49A 3OBWA 4B8AB 4CZJA 4FVUA 5JS1A 1FXXA 1ILYA 1EKEA 4KTWA 3WXMB 4CK2A 3KKSA 3CI5A 4H5TA 4ILHB 4EHUA 1KQSM 3L3PA 3O9QA 3W3DA 1LCUA 4Z0UA 4B3SK 3I8DA 5BPNA 1Q8IA 4DR5K 4WE1A 1BA1A 1RDAA 5BRFA 1W2BM 1HJRA 4JYAK 3VEAA 4B9QA 1NOYA 1U47A 1JLEA 1NBWA 3ALYA 1B92A 4B1XB 1SL1A 2BANA 4IEIA 3O3MB 1RDBA 3CPEA 2GWKA 3VQQA 3ATVA 3SQ4A 4J8FA 4NQIA 2RAIA 5F2RA 4M63C 4BREA 4FJ8A 4B9MA 4H6HA 4FW2A 2ZXQA 2V51B 4BRPA 4CGDA 2OP6A 1BIUA 4CZKA 2VG6A 4WQ5C 4M3ZA 3D2EA 2VQFK 3I01A 1O7DC 5LMUK 1W9MA 1EX4A 5AQKA 1T3VA 3AVHA 4CE9A 1IG9A 3CCRN 4ILHA 3GOIA 3OY9A 3BUZB 4DV4K 2E6MA 4LH4A 3QERA 3CC2N 1U2VB 2ZF5O 4Z4FA 3SV4A 3SAFA 4KIKA 5C2DA 1VQ9N 3WT0A 4CZIA 3CJ7A 5FPDA 4NPHA 1NJZA 3KVGA 1SQKA 4CJTA 1VSLA 3LAMA 4N41A 4OGCA 4XH1A 3FZKA 4AHCA 4PUOA 4IO8A 2O8EB 2P5GA 2A1SA 1VAZA 3KJVA 4NO7A 4JS5A 4JI0K 3O9SA 2P51A 1X9SA 4H03B 2E8AA 1K9MO 5J2PA 1J53A 5GAEP 3HVRA 3THVA 5AQYA 3MMVA 5M1QA 2WTUA 3DYTA 3CMEN 1Y2OA 1BPRA 5HRPA 5KPTA 4EZ6A 1ATNA 1Q81O 4BEBA 4AQYK 3DOLA 3K5OA 4CEQA 2F1BA 1I4TA 4YOXA 4LF5K 3LDLA 3E9PA 2F7RA 3KWIA 4JK8A 3DI6A 1MWMA 5FROA 1WN7A 2WYHA 3R6MA 2F1AA 4A59A 4OPAA 3M5RA 4B9NA 1KTQA 4H4OA 2WBNA 1RT1A 3BVXA 2RN2A 1ZBHA 1RTHA 1TKTA 3CQYA 3TAPA 2GA9D 3EKUA 4ILIA 3VENA 3LDQA 2EWSA 4CJVA 3PV8A 3QEIA 3FD9A 3EO3A 4KHNA 3DOKA 3B8AX 2P9NB 3QMLA 2VGNA 4K8ZA 3T7ZA 3THXB 4B1VA 4I7FA 4CJFA 4A2BA 4YOYA 3O3GA 3BP8A 4HY9A 5EVZA 4IBNA 1HNWK 4EZWA 2XO7A 4KV8A 5KTQA 4KHSA 1YJWN 3AO4A 1GLBG 1QHTA 1N36K 2O8DB 3DLGA 2VG5A 3VA3A 1G15A 3IS9A 2RKIA 3PIOL 4DQQA 3ERCC 3ULDA 1RT6A 2Q97A 2BPRA 4BRAA 1YVUA 2IS3A 4A5BA 4JS4A 2C08A 1DLOA 4DTNA 3T47A 3HTVA 2F18A 4R5PA 5FLEX 3I39X 3ZSVA 3CFOA 3C0BA 5EY4A 4HVJA 1NK7A 3HO1A 3LPTA 3T1HK 2O8BB 3QICA 4Y1CA 4H0OA 3ZX2A 2G8UA 4BR7A 4E7KA 3QEWA 4ELUA 4R5KA 3OS1A 2FLOA 3ZCMA 3L2QA 4EP5A 2D4WA 3DXMA 2HNZA 3SBGA 2FXUA 1VSKA 4KAZA 1ZWWA 1L3SA 3U4LA 3QBXA 3IDHA 5AQUA 1WDZA 5AQTA 1NJYA 2HMPA 4FOIA 4CF0A 1RT5A 2NRZA 3SQ1A 3CZSA 5HROA 2UU9K 4E7JA 4CGGA 4CJ3A 3TI0A 3NHGA 1T05A 4Y0WA 5E26A 3HM9A 3WNFA 4DTUA 2NRVA 4OLBA 3VGLA 4DF4A 5AQZA 3QIOA 2FBTA 3M3WA 3HBTA 3IFRA 1JL1A 4YY3K 1BI4B 1KVAA 3CQ8A 3A8YA 3MX5A 3ZSQA 2WUSA 3BVUA 3QNNA 5AQQA 5IT9O 2HHSA 5K14A 2ATQA 4G9ZA 4E72A 3LP2A 2O8BA 2KFZA 2YL9A 1TK5A 1LQ7A 2E6LA 3NGIA 3TAFA 1D4XA 4G6QA 4U67L 3KHYA 4Y1DA 3VQ6A 3OYIA 1QTMA 4B9UA 3RMAA 4HCBA 4CZGA 5SZTA 1YT3A 4JD2B 3SAGA 5E84A 4LC9B 1QHAA 4WFNL 3CCVN 3CAZA 4H8SA 1HUXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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