4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Chaperone
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
4B1ZA 4CZHA 5BRHA 3UKRA 1C0GA 3J8AA 5AQMA 1MA9B 3ENHA 4PL8A 1U6ZA 5AZJB 3QB0A 3VF4A 5BRDA 2YHWA 4BRPA 1C0FA 3QMLA 1SQKA 3FZFA 4RWTA 2P9NA 1XUPO 3HI0A 4IWVA 1T6CA 3FR0A 4EZUA 1KAZA 2YHXA 4BRFA 3LDQA 4BRDA 5KQDA 3P4IA 3L3OM 5AZIA 2Q0RA 1NGEA 3GDQA 2E1ZA 2I7PA 4EZPA 4YDUA 4BR4A 3VPZA 5B8HA 4PKIA 1R59O 5AQRA 2QWRA 1NWKA 5AQGA 1QZ5A 1RFQA 1TUYA 4IJNA 3BF3A 5AQJA 5AQYA 1HKBA 3MN7A 2P9IB 4QS9A 3CJ9A 5AR0A 1JCGA 5EXWA 2PAVA 4DQ8A 2P9PA 2EWSA 2D1KA 4FWOA 1GLLO 3QFPA 4H5RA 3DPOA 3UB5A 1QZ6A 2HMPA 4R5JA 2YJFA 3H1VX 4CZFA 3DXMA 4CZEA 3IUCA 2WINM 4ISEA 2Q36A 5ELZA 3LL3A 4CD1A 3A5LC 4BRLA 4WYBA 3TU5A 3VF6A 2OANA 3WXKA 4IJAA 3W3DA 2P9LA 2KHOA 5AQWA 1DKXA 1HKCA 4EZTA 1TUUA 4QS7A 5AQFA 4EZRA 3HM8A 3ZETB 2VCPA 2QWPA 1NBWA 4FWLA 4MLEA 3WEEA 2GUPA 5KPRA 3VETA 3A8YA 4AM7A 4F00A 1BPRA 4J8FA 3VESA 2E1YA 2YI1A 4R5IA 3RSEA 4R5KA 3VGKA 3EN9A 4H5WA 2GWJA 2OP6A 2F9TA 5JICA 3OHRA 2A42A 2ZF5O 2A3ZA 3W0LA 2QWLA 1NGHA 3HBTA 3UKUA 4FOEA 3UKRB 3O1BA 3D2EA 1T44A 2FF3B 3R9PA 3FZLA 5AFUH 4DB3A 3F9MA 3VF2A 4BRGA 4C23A 2ASMA 3GBTA 3LDOA 4BC5A 4A61A 3VOVA 1CKRA 2P9NB 3UE5A 1NLVA 3DPPA 4FWPA 4PL7A 3SMPA 3QNJA 4PKGA 5AZIB 3JXUA 3ZX2A 2WUSA 1GLFO 3JS6A 3CETA 3R6MA 4H0OA 3T48A 4DHYA 3IFRA 3M3ZA 1U2VA 3ATUA 4EFHA 3O08A 3WT0A 4BRIA 1IG8A 5AQOA 4CBXA 4CZMA 1NGBA 1Z05A 3CQXA 3VEWA 4H0XB 4GY2B 4FWRA 2BTFA 5LY3A 4BVPA 3MMVA 3L6QA 2A5XA 4M63C 1ATRA 2P9PB 1GLDG 1RDWX 1S22A 1BUPA 3A5OC 3HSCA 4HTLA 4BGAA 4DCHA 4JWCA 3QFUA 5AQSA 3DXMB 1ZC6A 4XH4A 3MCPA 3T4AG 1V4TA 3M1FA 5AQNA 4CD3A 1YUWA 4H0VB 2GEMA 2P9KA 1ZXOA 1WUAA 2I7NA 2ASPA 3IMXA 4FWSA 3VEXA 4WV5A 2QWOA 4FWMA 2P9LB 4B9QA 2A41A 3BEXA 4ISGA 3N8EA 1SAZA 1SZ2A 3FE1A 4GNIA 4H5TA 4BR7A 4JNFA 1BG3A 1DG4A 2P9SA 3WEEB 1BOTO 5AQZA 4EHTA 1X3MA 4EZWA 3BP8A 3HZ6A 2ZGZA 4CZGA 4CBUA 1BA0A 3DWLA 1HUXA 3RSEB 5LJVA 5EOYA 2V52B 3O5BA 4B1YB 3FZMA 5TKYA 3CJBA 2QWQA 4FPAA 5FPMA 4EZVA 3A5NC 5F0XA 2Q1NA 4BR9A 4EAHD 3T49A 1NGGA 3UKUB 5JMVA 3FGUA 1D4XA 3ZX3A 3WXJA 3D2EB 1NMDA 2QW9A 4BRMA 4LC9B 3WUHA 5I9EB 3EL2A 3HTVA 1Z6RA 3EKSA 5AQHA 4MO4A 3CERA 1RGIA 3VGMA 4BRAA 3D7EO 1NGJA 1HJOA 3DOBA 2Q2RA 1Q18A 2Q0UA 5BN9A 2ITMA 1YXQA 4A2AA 1GLBG 2ZGYA 1LCUA 3DAWA 3WXIA 1K8KA 1U2VB 3KZBA 5BR9A 3H0XA 1MWMA 2ZWHA 3R8EA 4BRKA 3ATVA 1IJJA 3CQYA 4FWNA 3O4WA 4XH5A 4CJ7A 3D2FA 4EZYA 2IVOA 4F9OA 2DPNA 3S41A 1DKYA 1EQYA 3H3NO 1NGAA 3CJAA 4AM6A 4IXCA 2Q31A 2PBDA 5F2RA 4B1WB 4BR2A 2HF4A 1S3XA 2V7YA 3M6GA 2V51B 1HPMA 2P9KB 4M7YA 2NLXA 4M7XA 3U4LA 4BRCA 3LM2A 3OHXM 5AQUA 4CZLA 4WQ4A 1WOQA 4EZNA 3O6WA 2CGLA 4A62A 2UYTA 1HX1A 3DXKA 3AY9A 5AQQA 3GL1A 5KQ8A 2P9SB 4BC2A 1NGDA 1X3NA 2BPRA 4BVOA 3VERA 1BU6O 2IVPA 1P8ZA 3FLCO 4EZSA 2J4RA 3GOIA 4K43A 2E88A 3WQUA 3LDPA 1DKGD 3BF1A 3TPQA 2CGKA 4FL9A 1HLUA 3H6EA 4JAXA 1JCFA 5EY4A 2NZTA 2IIRA 5E84A 4O8KA 4HY9A 3AAQA 1GLEG 4H5NA 7HSCA 1HKGA 2E8AA 1H1VA 5BREA 3ULEA 4B1XB 2GELA 1GLAG 2D0OA 3SJHA 1BO5O 1NGFA 3O80A 4JWIA 3QBWA 2ASOA 4FOIA 4EHUA 4FPBA 3LDLA 5KPTA 2YJEA 4FSVA 3AARA 3SK3A 1CZAN 1ZBSA 1T6DA 2YCHA 3QBXA 1K8KB 3FZHA 4EZXA 4JHDA 3GG4A 2D0PA 1Y64A 2QFFA 4JWEA 4CZJA 1YAGA 3DJCA 4BROA 5BN8A 4CZKA 2V7ZA 3D2FB 3CI5A 2AP1A 1ESVA 3CIPA 3ZEUA 4WV7A 3SMSA 4L3QA 1KAXA 1BDGA 1NGIA 4H0PA 3CJ1A 3MDQA 4JWDA 2FSJA 4R5LA 5AQIA 4BQLA 2FLOA 3MK6A 4Z94A 4H0TB 2FF6A 2NRHA 4JD2A 4A2BA 5JLHA 2FSNA 3I33A 3DXKB 2E2PA 4K42A 4CBWA 2QM1A 1MWKA 3FFKB 3WQTA 2AA4A 4BGBA 3VEOA 3B8AX 4IO8A 1DGKN 3IDHA 2GTDA 2H3GX 2VWBA 5FPNA 5JLFA 2VYPA 3H1QA 3WXLA 2W41A 4K25A 4CZIA 5BPMA 4EZQA 2D4WA 3C7NA 4EZOA 4WQ4C 3VEVA 2QWNA 4MO5A 3KVGA 3I8BA 3H3OB 4BRNA 3DPQA 2HF3A 3SLCA 3L4IA 4IZ9A 3O1WA 4H6HA 1XC3A 4BRHA 4BQZA 1QHAA 2P9UA 1Q5LA 4QS8A 4EIAA 3T46A 4BG9A 4R5GA 3ULEB 2IVNA 3ID8A 4BC3A 3U8XA 3VEYA 4ISFA 2YHYA 5AQVA 3CJCA 3BUZB 2CH5A 3C0BA 5AQKA 5EX5A 3QICA 3VEZA 5FPDA 1U00A 3VGLA 4HWIA 4B1UB 4EZZA 4I6MA 3O8MA 4BRQA 1TYQA 1E4FT 4XH1A 4HYBA 3ENOA 2FXUA 2CH6A 2E2NA 1QQOA 2W40A 3LM9A 4JHDB 5AQTA 1XQSC 5CE3A 1ATNA 5AZJA 3A5MC 4BR5A 2E2QA 1E4GT 2E20A 2GWKA 1GLCG 3EKUA 4F01A 1ATSA 3FZKA 5AFUA 4PO2A 3CJ7A 2CGJA 3ZEUB 2BUPA 5KPZA 1BA1A 4K41A 1NGCA 4FWKA 4H03B 4E1JA 5BPLA 3DQGA 4BREA 4KBOA 3L0QA 1NM1A 3MN9A 1KXPA 4WQ5C 4Y0WA 3A0IX 1QQMA 1DKZA 4JD2B 3CHWA 4FWQA 5E26A 1YVNA 3ZX0A 1QQNA 5AQLA 5AQXA 5BRFA 3LDNA 3U9ZA 2P9IA 4RCHA 5EVZA 3U9DA 3H45C 5ADXA 3T47A 1DEJA 4XEIA 5FPEA 4JN4A 1GLJO 4NB4A 4O5FA 4MLHA 3C7NB 3G25A 4H5VA 4JNEA 3EO3A 4BC4A 3KHYA 3MN5A 3AAPA 3H46O 5LJWA 4E81A 2E2OA 3EZWA 2QWMA 3MN6A 3VENA 2QXLA 1G99A 4BG8A 1MDUB 3ZETA 5ADXH 2A40A 4PKHA 1J6ZA 2HOEA 2P9UB 4WQ5A 1OKJA 3QDKA 4H6IA 2Q97A 4H0YB 1KAYA 4CI6A 4YDUC 5F1XA 3GE1A 5BPNA 2A6AA 4B1VA 1LOTB 4FO0A 1BWFO 2F9WA 2FSKA 5AQPA 1X9JA 4NO7A 4I6MB 1V4SA 4RTFD 1JCEA 4BR0A 1TYQB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4M0MA 1U4BA 4CZHA 1EKEA 1RBTA 1HNXK 2GUIA 3KWGA 1C0GA 3CVRA 3D50A 2WFBA 3AVKA 3CFOA 5AZJB 4NLCA 4JK8A 3KTQA 2F8TA 3EJQA 4IOXA 5CYQA 4EZ6A 3QMLA 3K9JA 1SQKA 2P9NA 2O8FA 4EZUA 1KTQA 2YHXA 3AA4A 4JRQA 3P4IA 2YNFA 5AZIA 4KHSA 1NGEA 2I7PA 4YDUA 4BR4A 4I7FA 1R59O 1VSDA 3LAMA 1TUYA 1RFQA 1HPZA 4IJNA 3DLBA 1QVFM 4H4OA 1OH7A 3MN7A 4QS9A 3J7AP 4FWOA 2D1KA 3B51X 5CYMA 4CZFA 1NK5A 3RMCA 4CD1A 4ZTFA 4BRLA 3OYAA 3CCQN 3DDFA 2OANA 3KLHA 2XHBA 3ZSYA 1LAVA 3CCSN 1UAXA 1HKCA 4FK0A 1TUUA 4KH5A 2ND1A 1RBVA 4FWLA 3NH1A 4MLEA 3OYHA 2GUPA 4O0IA 3CPEA 2E6MA 2PMRA 2E1YA 2YI1A 1ZBLA 1JLGA 3EN9A 1K9MO 4KB0A 4XIUA 1RT5A 4LD0A 2F9TA 2Z0NA 2NRWA 4KIKB 3HBTA 2KKZA 3UKUA 1IKWA 2D0BA 4K0KK 2FF3B 4DSJA 3R9PA 5C25A 5AFUH 4DB3A 2QI2A 3OYDA 1NKBA 3ACOA 4CEDA 4UY8O 4AZHA 3O4NA 3A2FA 3CCLN 3QEXA 3UE5A 1REVA 3O9RA 2D0CA 3L3VA 4FWPA 1TQUA 1W0HA 3O9QA 3PO5A 2F18A 1RDAA 2G8HA 4B3SK 2OPPA 3LP2A 4V19S 4IO9L 2YHAA 3ATUA 1NK6A 4RG8A 2FC0A 3HT3A 3K5LA 1Z05A 3CQXA 5HBMA 4CJPA 3O4QA 4H0XB 2BTFA 2YI9A 3KIOA 1SL0A 1ASWA 3HAIA 2P9PB 3A5OC 3NVMA 3HSCA 3VKHA 4DCHA 5M1QA 1ZC6A 1RBSA 1GNLA 3RR7A 1YUWA 4H0VB 4IM3A 3LANA 1J54A 1ZXOA 1WUAA 2ASPA 1S1WA 3IMXA 3VEXA 4WV5A 2VG6A 4B08A 2HHUA 4B9QA 4ISGA 4JI1K 1VSIA 4WE1A 4ILHB 1VRUA 3TANA 3Q0KA 2EX3A 4NCGA 2G8KA 3WEEB 4M3TA 1QSSA 3P39A 5AQZA 2I5JA 1X3MA 1KVBA 2QKBA 4HCCA 1BA0A 1HUXA 1CXQA 4CFBA 5EOYA 4NYFA 3O5BA 4B1YB 3T1AA 3KLFA 4FPAA 5FPMA 1XC9A 2VQFK 1KCFA 3DYTA 4IM2A 3BZCA 3T49A 1NGGA 5JMVA 1I49A 4Z4FA 4JLHA 4GV9A 4LF8K 3SCXA 3WXJA 1HYVA 1NMDA 5GAGP 4LSNA 4LFAK 3O9SA 3U3GA 3WUHA 3EL2A 3NMUA 1Z6RA 3Q7CA 3VGMA 1TK8A 3LALA 2KFNA 3DOKA 2FICA 2LM0A 4OVLA 1ZYQA 1NGJA 3BUQA 3OYBA 1HJOA 3BY5A 2NRRA 3ENBA 4CJQA 1SKSA 3G0ZA 2ZGYA 1C1AA 4CEFA 1LCUA 3NGZA 4B8CA 4MDAA 4FCYA 1LQ7A 3WNGA 1N8RO 3CMEN 4ID5A 3SUPA 3CQYA 4FWNA 3O4WA 5HL7L 4CJ7A 2D0AA 2QKWA 1Y2OA 3CG7A 3NBPA 3S41A 4CHNA 3T1HK 1DTQA 3OS2A 3EEQA 3O3OB 3H3NO 3CJAA 4E1NA 3I0SA 1RTIA 3DRSA 2VQEK 2Q31A 1NK7A 5F2RA 4BR2A 4B3RK 1RDCA 2C1IA 1S3XA 4RW7A 3OW2M 2V7YA 4Z4HA 3M6GA 2V51B 2P9KB 4M7YA 4BRCA 3IKMA 3RTVA 3QIOA 1LW2A 4EZNA 2WYIA 3K2PA 2NCZA 4X62K 3EJPA 3GL1A 5KQ8A 1IG9A 2P9SB 3OYGA 3VTHA 4BVOA 1GOAA 1BU6O 1E1DA 2ATQA 4IBNA 4DLGA 1P8ZA 4AZ5A 1B9DA 4DMNA 3D4YA 2J4RA 2ZXQA 2O4GA 3NCIA 1RILA 5M1PA 3QINA 3HK2A 4OJRA 5E84A 4YOXA 5J2NA 4DQRA 4FM3A 4LFBK 1NJYA 3SBSA 3O3FA 1BO5O 1NGFA 4DQSA 3QBWA 4FOIA 4GV6A 3HO1A 3AARA 3SK3A 3I56N 1T7PA 3PV8A 1VQ7N 4JKFA 1CZ9A 4CGHA 3CFRA 1Y64A 4E3CA 4ZHRA 2G8UA 5BN8A 4CZKA 1N6QA 2OYQA 3F9KA 1J9AA 3D2FB 3MCAB 3SQ1A 2VGMA 1S1UA 3CXCM 1U04A 3THXB 3OYCA 1VSJA 3MDQA 2ZQBA 4W5RA 1FKOA 3ER9B 2UXCK 2GF4A 4JD2A 4A2BA 4C8KA 2O8EB 1NK8A 4BNEA 1N33K 2FSNA 3DDGA 3CCUN 4OGCA 4CBWA 2OZMA 1KFSA 3UIQA 4HR1A 3TAEA 4PY5A 2HSTA 5LMUK 1VSKA 2RKIA 1DGKN 4KB1A 4F2RA 3QEWA 2W41A 5FLXO 3LP1A 1TL3A 2D4WA 5GIPA 4FYDA 4EZOA 2NRXA 1T3VA 2QWNA 4MO5A 3KVGA 4CIEA 3VQ6A 1R0AA 3DPQA 2HF3A 4IZ9A 3O1WA 1SL2A 4BRHA 2F8SA 4BY9C 5HRNA 4QS8A 3T46A 4FJ5A 4BACA 3ULEB 1I4TA 3BZKA 3VEYA 4ISFA 2YHYA 5AQVA 5DM7L 4OLAA 2KTQA 3ZSZA 4CF8A 5EX5A 4NQIA 3QICA 3VEZA 3RPMA 1J5OA 4I43A 1B9FA 4B1UB 4EZZA 4O5BA 1UA1A 4AZIA 1E4FT 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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