4B9QA

Open conformation of atp-bound hsp70 homolog dnak
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
601
structure length
601
Chain Sequence
GKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGCTLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSTAEDNQSAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKCEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure and Dynamics of the ATP-Bound Open Conformation of Hsp70 Chaperones
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Chaperone
molecule keywords CHAPERONE PROTEIN DNAK
total genus 179
structure length 601
sequence length 601
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4b9qA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4b9qA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4b9qA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4b9qA03
3MN9A 2QWLA 3VEOA 2A41A 2ZWHA 5EX5A 4BRGA 3CHWA 3MMVA 5BPLA 2FF6A 4EZOA 1ATRA 4CD1A 1KXPA 4IXCA 2YCHA 3O4WA 1BU6O 4DHYA 1K8KA 5KQDA 3DPPA 2ASOA 1S22A 3WXKA 1XC3A 2E2QA 2E2OA 3CJ9A 4YDUA 3C0BA 1BA0A 4BRNA 2I7PA 4IZ9A 1CKRA 4BVOA 1JCFA 2FXUA 5AQRA 3QMLA 5AQGA 1G99A 2GTDA 2FSKA 2FLOA 1E4FT 4K42A 3BEXA 4B1WB 4PKIA 2F9WA 2P9NB 2D0OA 3CJCA 1HPMA 5KPTA 3VEYA 3FZHA 4BGAA 5AFUA 3SK3A 2ASPA 3TPQA 3GG4A 3VETA 5AZIB 3LM2A 3ZEUA 5AQZA 4XEIA 3QICA 2HMPA 1NGHA 2VYPA 2D0PA 1NGJA 3CJAA 4FL9A 2ITMA 1Y64A 3M1FA 1YVNA 5E26A 1BWFO 1H1VA 1TUUA 2E20A 4M7XA 2A5XA 3IUCA 4GY2B 4QS8A 3ID8A 2WINM 2I7NA 4BRIA 3DOBA 4Z94A 5EY4A 3DAWA 3R6MA 4QS7A 4FO0A 3W3DA 2V52B 2YJEA 4LC9B 5BRFA 3R9PA 4WQ5A 3W0LA 1SQKA 2YHYA 2V51B 4B9QA 4BC3A 4BRAA 2E2PA 3C7NB 3WEEA 3WXJA 3OHRA 4H0YB 2YJFA 4YDUC 2Q36A 4JHDA 3VOVA 5JLFA 4WQ4A 4CI6A 2V7YA 1C0GA 3SMSA 1BG3A 2OANA 3D2FB 1GLFO 3QBXA 4F9OA 2AA4A 4HYBA 1QQOA 4JNFA 1DGKN 3DXMA 3LDLA 2HOEA 1KAZA 1TYQB 3QNJA 3T47A 4F01A 3DQGA 3VGLA 3ZEUB 4EAHD 4CZHA 1HLUA 1GLEG 4H6HA 3GL1A 2Q31A 5TKYA 3A5NC 3U4LA 1S3XA 2CGJA 1JCEA 3I8BA 4R5LA 1ZBSA 7HSCA 4ISEA 3TU5A 3A5LC 3IFRA 4EZWA 3CQYA 2ZGYA 4A2AA 3T48A 2KHOA 1U2VA 3AAQA 4A62A 4A2BA 4CZIA 3DXKA 4BGBA 5JLHA 1X3NA 1T44A 3WQTA 2YHXA 4BRQA 3LDQA 1DKGD 3F9MA 4JN4A 4E81A 5BPMA 2VWBA 4JD2A 4L3QA 1RGIA 4BRHA 5ADXH 4Y0WA 2GEMA 4EZNA 5F2RA 1NGDA 4CZEA 1MWKA 3DJCA 4BR4A 1MWMA 1NGFA 1ESVA 1LCUA 2BUPA 5AQJA 5KQ8A 2E88A 2F9TA 3JXUA 5F1XA 2IVOA 3EKUA 3FFKB 5LJVA 1HUXA 1JCGA 3T46A 4RWTA 4A61A 1HX1A 1EQYA 3CJ1A 3FGUA 3L4IA 4H5TA 1XUPO 2NZTA 4R5GA 2V7ZA 2P9IB 1D4XA 3QB0A 1NGBA 3FZLA 2P9PA 4H0VB 4PKGA 4BR0A 1BO5O 3QFPA 3CJBA 4BRPA 3G25A 3FZKA 4XH1A 3WXIA 4MO4A 2P9UB 3O80A 1IG8A 4FWNA 4EZUA 4CBWA 3AY9A 1MA9B 4JWDA 3U9ZA 1X3MA 1YAGA 1NGCA 3ENHA 3SLCA 4O5FA 4BG9A 3J8AA 4PO2A 4FWPA 1P8ZA 4FOEA 2ZF5O 3MCPA 1U6ZA 2BTFA 4CZKA 1R59O 5AZIA 1HKBA 2W40A 3BF1A 2NRHA 3P4IA 5EOYA 1BOTO 5AQNA 1HKCA 4KBOA 5FPEA 4WQ4C 3EN9A 2E8AA 2Q1NA 2P9LB 5AQHA 3VGMA 4NB4A 4HY9A 3HZ6A 4M63C 5F0XA 3KHYA 4QS9A 4HTLA 4MO5A 3SJHA 3L3OM 3QBWA 3H46O 4HWIA 2QFFA 2A42A 5AQOA 4JWIA 3U9DA 2GUPA 1NGGA 2D1KA 2AP1A 3DXKB 1XQSC 2J4RA 4FWMA 4H0XB 5AQYA 1Z6RA 4FPAA 3O6WA 1NGEA 4BQLA 4BR9A 3RSEB 4B1YB 4CBXA 2QWQA 4I6MB 2PAVA 4WV7A 4JD2B 4O8KA 3O1BA 3DPQA 4CBUA 3WQUA 5FPDA 3GOIA 3D2EA 3H0XA 3GDQA 3KZBA 3H6EA 2P9KA 2CH6A 3BUZB 4EZPA 3O08A 3UKRA 3FLCO 4H5NA 4EZQA 2EWSA 4H6IA 3BF3A 4BC2A 1DKYA 2YHWA 2QWNA 3H3NO 3MDQA 3ULEB 4DB3A 4F00A 3A5OC 3CJ7A 3EO3A 3IMXA 3ENOA 1BPRA 5AQTA 1V4TA 2P9LA 3QFUA 2P9NA 5AQVA 1RFQA 5E84A 3UE5A 3VEVA 3WXLA 1Q5LA 1TYQA 2FSJA 1GLAG 4EZRA 1V4SA 5BN9A 1GLJO 2BPRA 2GELA 3GE1A 3ZX0A 2ZGZA 4FWSA 3GBTA 3H3OB 3VPZA 4JNEA 1NGIA 4H0PA 4EZVA 2QM1A 3ZX3A 4BC4A 4EZYA 4EZSA 1ZXOA 5AQPA 5EXWA 2IVNA 4EZTA 5AQWA 3MN7A 4IWVA 5BN8A 4EZXA 1U2VB 4BC5A 3VENA 5AFUH 5AR0A 4BRKA 5AZJA 3VEWA 4NO7A 4CJ7A 1DKXA 3RSEA 5BRDA 5FPMA 3H1VX 4I6MA 3BP8A 3MK6A 1LOTB 4RTFD 4CZGA 4BROA 1GLDG 3S41A 3CETA 4WYBA 4H5VA 4BRCA 4C23A 2Q0UA 3WUHA 2P9SB 1DKZA 2OP6A 1T6CA 3D7EO 5CE3A 4FSVA 5AQQA 3VF6A 2GWKA 1NMDA 3ATVA 1QZ6A 3L0QA 4R5IA 1ATNA 1Q18A 3HTVA 4B1VA 3H45C 2E2NA 2P9IA 1K8KB 3EKSA 2DPNA 3U8XA 3N8EA 1RDWX 5KPZA 1DEJA 3EL2A 4MLEA 3VESA 5LJWA 4H03B 2YI1A 3VEZA 4R5JA 4CZLA 5AQMA 2E1ZA 4K43A 3VGKA 1U00A 1QHAA 4BR5A 1NGAA 3C7NA 3WEEB 4DQ8A 4BG8A 4B1ZA 1NLVA 3QDKA 3LL3A 4FPBA 3ZETA 3M3ZA 4R5KA 5JMVA 1HJOA 3LDNA 3WT0A 3UKUB 2P9PB 3B8AX 5AQXA 1NM1A 2H3GX 3DXMB 4XH4A 3MN6A 4B1UB 3L6QA 4J8FA 5KPRA 1GLBG 4BRFA 2WUSA 4FWOA 2D4WA 2FF3B 2QWMA 3DPOA 5FPNA 4FWLA 5AZJB 2UYTA 3LDOA 4H5RA 4BVPA 5ADXA 4DCHA 3ZX2A 4ISFA 1BA1A 4K25A 3HI0A 3IDHA 4PKHA 5LY3A 4M7YA 3UB5A 1SZ2A 2HF4A 4BR7A 5EVZA 2NLXA 1NWKA 3OHXM 3I33A 1WOQA 3AARA 4MLHA 3R8EA 2A6AA 1WUAA 2QXLA 4JWCA 3DWLA 4BRLA 1SAZA 3JS6A 5BREA 2GWJA 2HF3A 3HSCA 2CH5A 1QQMA 4EIAA 4ISGA 2Q97A 3D2EB 5AQSA 1TUYA 3ZETB 2Q2RA 4JWEA 2VCPA 2QWRA 4H5WA 4IJNA 1X9JA 4RCHA 1E4GT 3D2FA 3UKRB 1GLCG 3CQXA 3SMPA 2W41A 4EFHA 4XH5A 1BUPA 2PBDA 3LM9A 1BDGA 4AM7A 4CZMA 4CZJA 3A0IX 2QW9A 4FOIA 3FR0A 1MDUB 1HKGA 3ATUA 4H0TB 2FSNA 5AQIA 4WV5A 1Z05A 3HBTA 1ZC6A 4EHTA 3T4AG 3VF2A 1QZ5A 4E1JA 4PL8A 4BR2A 3O8MA 3CIPA 4AM6A 4H0OA 3H1QA 1J6ZA 3O1WA 1DG4A 4WQ5C 5AQFA 3A8YA 3LDPA 1IJJA 4CD3A 2IVPA 3VF4A 2ASMA 3ULEA 4CZFA 4JAXA 4PL7A 1QQNA 3T49A 3CERA 2A40A 4K41A 3UKUA 3FZFA 3AAPA 4FWRA 3M6GA 4FWKA 3A5MC 4EHUA 1YXQA 4BRDA 3VEXA 1C0FA 2E1YA 3CI5A 5AQLA 3EZWA 1ATSA 1NBWA 4B1XB 3MN5A 4EZZA 5I9EB 4IJAA 5B8HA 2A3ZA 2QWOA 5BRHA 2P9KB 4BREA 4FWQA 2IIRA 1KAXA 3KVGA 4IO8A 4GNIA 1YUWA 4BQZA 2P9UA 5JICA 3FE1A 5BR9A 1CZAN 2Q0RA 3O5BA 4JHDB 4BRMA 5ELZA 5AQUA 1T6DA 2QWPA 2CGLA 1GLLO 2CGKA 1OKJA 3FZMA 3VERA 5BPNA 3HM8A 2P9SA 1KAYA 5AQKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C6TA 4YOVA 1JLEA 3L8BA 2QWLA 5KGXA 4DQQA 4UDXX 1J5OA 4BRGA 3OS2A 4FW1A 3G6EN 3MMVA 2BANA 3D45A 1VSJA 3AA4A 3HVTA 4IXCA 5C5BA 3DOLA 2QI2A 4DHYA 3DX4A 4DV0K 2GAFD 2NRVA 4CJPA 3NGYA 1XC3A 3CJ9A 2E2OA 3Q7BA 1VSMA 1E2UA 1OH7A 4LF4K 4KB1A 4IZ9A 4NQIA 5C5BB 1EKEA 4J2BA 3M8QA 1HMVA 3WXMB 4LF9K 2ZD1A 1SKRA 2ND1A 5CR4A 3DRSA 4PKIA 4NYFA 1HPMA 1IBLK 3P5JA 3SK3A 1Z26A 4YNQA 1NJXA 4CHQA 3VQCA 2HMPA 1VAZA 1QVGM 1NGHA 3OK8A 2JLEA 2VYPA 3CFPA 4JKAA 2D0PA 4JKCA 3KKRA 1VQON 4GKJK 2Q13A 3RRGA 1UA1A 2N3KA 1YVNA 4IFYA 3CXCM 4JV5K 1H1VA 1BIZA 2E20A 3BZCA 2F7PA 1LWEA 4JEPA 1X9MA 2I7NA 4BE2A 1OA0A 3DOBA 3OYDA 4DLEA 1LV5A 4O55A 5EY4A 1RTDA 1SKSA 1R5EA 4DS4A 2KQ2A 4OX9K 4ILJA 3W3DA 3OYGA 4BDYA 1N34K 5BRFA 2FBXA 3LWLA 3W0LA 3PSFA 3K5NA 4N47A 4AHSA 4DTOA 2HHTA 2D0CA 1N36K 3BVVA 3PLTA 2VG7A 4JHDA 1C1CA 5JLFA 1BL3A 2GV9A 4M41A 1SU7A 3SMSA 3D2FB 4PA1A 3K58A 1QQOA 1HQUA 3VQEA 3LDLA 3NCIA 2HOEA 3T47A 1C1BA 5M1FA 3VGLA 3TANA 3ZEUB 1S1XA 1HLUA 4H6HA 3M5RA 2Q31A 5TKYA 4GV3A 3SAGA 3U4LA 3QNNA 4OO1J 2HBKA 3I8BA 4R5LA 3LP2A 4WFNL 4CJ4A 3DYTA 4ISEA 4DFPA 3IFRA 1ZWWA 4CJRA 2BDPA 3ZSZA 4A2AA 4IBNA 4K0KK 1JLCA 4GVMA 4B9VA 3DXKA 3BDPA 3VTIA 4CF2A 2YHXA 4AHRA 2DFEA 1S1WA 3SUNA 4E81A 3K5LA 3RR7A 3G0ZA 4DUYK 3KAWA 4L3QA 4CERA 3KD1E 1JQKA 2W00A 1MWKA 4NXMK 4JI2K 1VSHA 1NGFA 1RNHA 5KQ8A 3SQ2A 3FFKB 3DLHA 3E9OA 3S5TA 1JCGA 4BECA 4RWTA 4WF9L 1Q86O 4H5TA 1XUPO 3NF6A 4EP5A 3PUFA 4FLYA 5I3UA 2P9IB 4KHPK 2HVIA 2HW3A 3C6HA 4ELUA 4PKGA 1BO5O 4FJ9A 3QFPA 3G25A 4E7IA 3FZKA 2FBYA 3FFIA 2G8UA 1IKXA 2EHGA 4KPYA 1MA9B 4JWDA 4CECA 4R5PA 4K8XA 3SLCA 5J2NA 3S3MA 3V1QA 2F18A 2NRRA 4FWPA 4N76A 4FOEA 3AVHA 4E3CA 2GBZA 1HKBA 3ZSWA 3QNOA 3P38A 5AQNA 3EJQA 4KI4A 3EN9A 5AQHA 4HY9A 3ER8C 3HZ6A 1WAFA 4MDAA 4M63C 4EP4A 4CK3A 2GA9D 3IKMA 2JGUA 4HTLA 1U47A 4FM0A 3OYAA 3QBWA 4XJXA 5LMNK 1WSGA 4AZ6A 4AZBA 2GUPA 2IAJA 2AP1A 2J4RA 4CFBA 1GOCA 1TAUA 3O6WA 4BQLA 4BR9A 4B1YB 3CC2N 2PAVA 3V1RA 3WQUA 3GOIA 3D2EA 4MFBA 3KZBA 1D9DA 1QWNA 3SPYA 1SUFA 2YNHA 3BUZB 1N32K 4Z4FA 3O08A 4C8NA 1GOBA 3HRGA 2HBLA 5SWMA 3MDQA 3TAQA 4E89A 4NSWA 4DB3A 3VA0A 3KK7A 3C6AA 3QFUA 2P9NA 3AVNA 5AQVA 2X6NA 4C8KA 4IG3A 3T1YK 3MXIA 3PX6A 1DLOA 1QSLA 3RR8A 3OJSA 1XNRK 4IO9L 4JNEA 5C24A 4DR1K 4EZVA 2O4GA 1N5YA 4DV4K 4Z4CA 4AZIA 2YL9A 4HR1A 4EZTA 1ZBIA 2JWKA 4FZPA 3MN7A 3AVLA 5C2FA 1U49A 4B9UA 4BC5A 1VQ7N 5AFUH 4N5SA 1W97L 1BCMA 2RAJA 3VEWA 3LZJA 1VQ4N 3SNNA 3I55N 3LLLA 2W6KA 2YL5A 1B9DA 1QS4A 5BRDA 3DOKA 4I6MA 4FVUA 3QINA 4DMNA 4FJGA 3EJPA 4RTFD 3C95A 1WNSA 1KVBA 4CZGA 3VTHA 3CCSN 1GLDG 4DTNA 4WYBA 4H5VA 4BRCA 3SQ0A 4LF5K 3G9GA 3THYB 2OP6A 1T6CA 3NVKA 3D7EO 3T3FA 3O9RA 3AA3A 4LH4A 5LL6Z 3NMUA 2R7YA 1NMDA 3ATVA 4LFBK 1QZ6A 3CCVN 2G8KA 4R5IA 2ZM6K 4CGDA 3HTVA 4KHWA 1OVYA 4M3WA 1RDWX 5LJWA 3P83D 1VRUA 3QESA 3VEZA 5C42A 3MXJA 1VQNN 4R5JA 3SV4A 5AQMA 4DR6K 4PHTX 2O8CA 2RHKA 1NGAA 2OO2A 2HBJA 3ZETA 4DSKA 1TK5A 4R5KA 3O3NB 3ZEDA 3AA2A 3WT0A 3UKUB 3NBPA 1YJNN 3THWB 5AQXA 1NM1A 3PSIA 3ZLJA 4FZYA 3JAMO 2H3GX 1KVAA 4XH4A 3OA9A 1UA0A 3L6QA 1REVA 3WNFA 3CYMA 1VQ9N 3DPOA 3O9SA 4FWLA 3LDOA 2DFFA 3QEPA 1S1TA 3U3YA 4D8JA 1VSLA 4KH6A 4M7YA 1SZ2A 3OYEA 3BUIA 4A5AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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