4JNEA

Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an hsp70 binds atp
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
600
structure length
600
Chain Sequence
SGKIIGIDLGTTNSCVAIMDGTTPRVLENAEGDRTTPSIIAYTQDGETLVGQPAKRQAVTNPQNTLFAIKRLIGRRFQDEEVQRDVSIMPFKIIAADNGDAWVEVKGQKMAPPQISAEVLKKMKKTAEDYLGEPVTEAVITVPAYFNDAQRQATKDAGRIAGLEVKRIINEPTAAALAYGLDKGTGNRTIAVYDLGGGAFDISIIEIDEVDGEKTFEVLATNGDTHLGGEDFDSRLINYLVEEFKKDQGIDLRNDPLAMQRLKEAAEKAKIELSSAQQTDVNLPYITADATGPKHMNIKVTRAKLESLVEDLVNRSIEPLKVALQDAGLSVSDIDDVILVGGQTRMPMVQKKVAEFFGKEPRKDVNPDEAVAIGAAVQGGVLTGDVKDVLLLDVTPLSLGIETMGGVMTTLIAKNTTIPTKHSQVFSMGGAVTIHVLQGERKRAADNKSLGQFNLDGINPAPRGMPQIEVTFDIDADGILHVSAKDKNSGKEQKITIKASSGLNEDEIQKMVRDAEANAEADRKFEELVQTRNQGDHLLHSTRKQVEEAGDKLPADDKTAIESALTALETALKGEDKAAIEAKMQELAQVSQKLMEIAQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Allosteric opening of the polypeptide-binding site when an Hsp70 binds ATP.
pubmed doi rcsb
molecule tags Chaperone
source organism Escherichia coli
molecule keywords Hsp70 CHAPERONE DnaK
total genus 192
structure length 600
sequence length 600
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00012 HSP70 Hsp70 protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 4jneA05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 4jneA04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jneA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4jneA01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 4jneA03
2ASMA 1XUPO 3CJ7A 4CZGA 1BO5O 4WYBA 5BPLA 4WQ4A 3CQYA 1E4FT 4Y0WA 3WXJA 3OHRA 5AZJA 5BRDA 3QDKA 3SMPA 4HYBA 4HWIA 4A62A 4FWOA 3ID8A 1ZBSA 3ZX3A 3HI0A 4I6MB 1CZAN 1GLFO 3R8EA 4H03B 1DKZA 5JICA 2A42A 1BOTO 1R59O 1GLEG 4BRDA 1DEJA 4EZYA 3H45C 4WV7A 3H6EA 3ZETA 4BRKA 3AAPA 3VGKA 4B1XB 3H3NO 3HTVA 1QQNA 4K42A 4BRMA 3G25A 2P9KA 1HPMA 3VGLA 1GLLO 3A0IX 3T49A 2BTFA 5KQ8A 4FPBA 3HBTA 1K8KA 1DKXA 1JCEA 5F0XA 3VEOA 3O5BA 3CJBA 3MN6A 4CBUA 7HSCA 1BDGA 1G99A 5AQQA 3DXKA 2FF6A 5FPMA 1QZ6A 4WQ5C 5KPTA 4PKHA 1GLAG 3IDHA 4FWNA 3SK3A 2P9SB 3UKRB 5AFUH 3HM8A 4BROA 4K25A 1SAZA 3M3ZA 5EVZA 5LY3A 2P9IA 4B1ZA 3RSEB 3MMVA 1HUXA 2GTDA 5AZIB 5AR0A 5BRHA 4JWIA 3H1QA 4JHDB 4F01A 3UKUB 4EZNA 3WUHA 4NB4A 4AM7A 5AQIA 3O08A 3VEVA 3MN9A 1JCGA 3B8AX 1KAZA 2E2NA 4B1WB 4B1VA 1NGHA 2VCPA 4EZVA 3WXIA 1NGGA 4BG9A 3QNJA 1H1VA 4H5NA 2P9NA 3MN7A 1MWKA 3ZX2A 3EO3A 4H6HA 4IXCA 2A5XA 4HTLA 4WV5A 1CKRA 1TYQB 4H6IA 4IWVA 5BR9A 2D1KA 3VERA 5EXWA 3R9PA 3GL1A 4JNEA 3AARA 4FWKA 1MA9B 4EHUA 1ESVA 1NGAA 2YHYA 3JXUA 3U9DA 1ATRA 1YVNA 5AZJB 2YJFA 4BRHA 4R5KA 4CZJA 4DHYA 4IO8A 4BVOA 2F9WA 1E4GT 1HKCA 1SZ2A 3VETA 1C0FA 3ZEUA 3R6MA 3MK6A 2Q97A 4EAHD 4B1YB 5LJVA 3CIPA 4FSVA 3ZETB 4BR4A 4CZMA 2ZGZA 2NZTA 2V7ZA 2ASOA 5EX5A 3UKRA 4AM6A 4F00A 1NGFA 3SLCA 3LDNA 2P9KB 5AQNA 2IVPA 2WUSA 2ZWHA 4CZLA 3DOBA 5AQGA 4FWQA 1GLDG 4R5LA 2QWMA 4JHDA 4C23A 2P9PA 1K8KB 4IJNA 2QWPA 2BPRA 3CJ1A 4BRGA 3UE5A 3DPQA 3GE1A 4FOEA 4L3QA 3SJHA 3DXKB 4EHTA 1KAYA 1V4SA 1HJOA 2W40A 4K43A 4BR0A 3L4IA 3HZ6A 2OANA 4CBWA 4BQZA 2P9IB 2QWLA 3WEEA 3KHYA 5AQZA 1NGIA 4EZOA 5BRFA 1U6ZA 4EZPA 4BRQA 2FSKA 3BF3A 4H0YB 3VEYA 4R5GA 3CHWA 1TUYA 5F1XA 3M6GA 4QS7A 2FXUA 3GG4A 1T6CA 5E26A 3ZX0A 2Q31A 4PO2A 1XQSC 5TKYA 3A5LC 4PKIA 3T48A 3H46O 1IG8A 2HMPA 4M63C 1HKBA 5FPEA 2FSJA 2P9NB 4BC2A 2PBDA 4BC5A 2DPNA 3LL3A 3S41A 1BPRA 4JWCA 5AQKA 5BN8A 3M1FA 3CJCA 4Z94A 2QWRA 3W3DA 4B9QA 2D0OA 1NGCA 4QS8A 4MO4A 2A3ZA 4O5FA 3U4LA 1MDUB 4JWDA 3I33A 3ULEB 4CZKA 1QQMA 1KXPA 5KQDA 3DXMA 4BRNA 2ITMA 1QQOA 5AQFA 3ZEUB 2WINM 2QM1A 2IVNA 5AQWA 5E84A 1NGDA 3WQTA 3LDPA 3ATUA 2V52B 2I7NA 2GEMA 3DAWA 3W0LA 1HX1A 1BU6O 1NWKA 4EZSA 5AQRA 3KVGA 2KHOA 5F2RA 5AQHA 2Q1NA 3FLCO 1C0GA 1WUAA 5AQUA 2YHXA 4CJ7A 2P9PB 4EZWA 5AQJA 3EZWA 3O8MA 3ATVA 3J8AA 1T44A 2QWOA 3QBXA 4XH5A 4WQ4C 3LM9A 2NLXA 3VGMA 4BQLA 3O1WA 4BGBA 5JLHA 4CZHA 3QB0A 3A5NC 3EN9A 4PL7A 4EZZA 1JCFA 4BC4A 4ISEA 4H0XB 4BGAA 3GDQA 4DB3A 4EZQA 1HKGA 3WEEB 4EZUA 1S3XA 2IIRA 2J4RA 4CD3A 3DPOA 4ISFA 4CZFA 4DQ8A 3QICA 3GBTA 1DGKN 3ULEA 1NGEA 3H1VX 1HLUA 4FPAA 4FL9A 2PAVA 4E1JA 1ATSA 5LJWA 3ENHA 4BRIA 2V7YA 3F9MA 3VESA 4FWRA 3WXKA 1YUWA 5ADXH 2GELA 3CJAA 4J8FA 2Q2RA 4CBXA 3A5MC 4R5IA 1IJJA 1GLBG 2QFFA 3JS6A 3UB5A 4BR2A 5AQOA 2E1YA 2YJEA 1ATNA 2CGLA 2QW9A 3TU5A 5ADXA 2E88A 3WQUA 2FSNA 3CETA 4A2BA 5AQTA 3BUZB 3DJCA 3DXMB 4FO0A 4A2AA 4FOIA 1RGIA 2BUPA 3DQGA 3VPZA 3T47A 3CI5A 5FPNA 1BA0A 1KAXA 1LCUA 1DG4A 4MLHA 3QFPA 5JLFA 4K41A 2AA4A 4A61A 4BVPA 3LDOA 4BRLA 5AQSA 4EIAA 2E8AA 4EZXA 2NRHA 3CJ9A 5B8HA 2Q0UA 2D4WA 3BF1A 3DPPA 3TPQA 2FLOA 3VF6A 4WQ5A 1U00A 2YCHA 5EY4A 5JMVA 3IUCA 1OKJA 2W41A 3C0BA 4H5RA 2HF4A 4E81A 3CERA 5AQXA 4BRCA 4RWTA 4YDUC 1BG3A 4IZ9A 3QBWA 1QHAA 3I8BA 5BPNA 5KPZA 5CE3A 3D2EA 2E2OA 5EOYA 1Q5LA 3CQXA 3L6QA 4NO7A 2ASPA 3VEWA 4IJAA 4LC9B 2P9LA 4JD2A 1V4TA 3T4AG 5AQVA 3P4IA 1MWMA 3D2FB 2E20A 4RCHA 4CZIA 3ENOA 2V51B 3MCPA 1XC3A 2QXLA 3N8EA 4QS9A 3BP8A 4CZEA 3EKUA 1EQYA 1WOQA 5AQLA 2GUPA 4BR9A 3H0XA 4BRPA 4XEIA 2Q36A 2UYTA 2I7PA 1U2VA 2CGKA 3QFUA 3AAQA 4PL8A 4MO5A 3VEZA 4XH4A 2ZGYA 1GLCG 2E1ZA 5KPRA 1ZXOA 5BPMA 4ISGA 3U8XA 3EKSA 4EZRA 3IFRA 4H0OA 1SQKA 2QWQA 2VWBA 2OP6A 2CH5A 4M7YA 1QZ5A 1Z6RA 3SMSA 5AQPA 4BRAA 1RDWX 4FWSA 1X9JA 3FGUA 3O6WA 1NLVA 4GNIA 3C7NA 1Z05A 1YXQA 2Q0RA 3KZBA 1J6ZA 3L0QA 4H0VB 1BUPA 3LDLA 2D0PA 2FF3B 4JAXA 5FPDA 2P9UB 1NMDA 5AFUA 5AQYA 5BREA 4CI6A 3HSCA 2CGJA 2IVOA 1NGJA 3FR0A 4KBOA 3A8YA 3D2FA 3FZFA 4I6MA 3BEXA 4H5TA 3D7EO 3L3OM 1ZC6A 2VYPA 3FZMA 3O4WA 4H5WA 2EWSA 4FWMA 3H3OB 1GLJO 4M7XA 4H0PA 1DKYA 3FZLA 3IMXA 2YI1A 4DCHA 2F9TA 3D2EB 2A41A 3FFKB 2CH6A 4MLEA 3O1BA 2E2QA 4HY9A 1DKGD 2QWNA 3LM2A 2GWJA 3WXLA 4YDUA 2P9LB 4JD2B 1NBWA 3O80A 4PKGA 2HF3A 2AP1A 4F9OA 3T46A 3OHXM 1LOTB 2ZF5O 1RFQA 2HOEA 3MDQA 3WT0A 3GOIA 3DWLA 3MN5A 5BN9A 1NM1A 3AY9A 3QMLA 1NGBA 2GWKA 1P8ZA 2A6AA 1Q18A 3FZHA 1S22A 2P9SA 3FZKA 4BG8A 3VF4A 2H3GX 4JNFA 4EZTA 3VEXA 4CD1A 4EFHA 4JN4A 3LDQA 1BA1A 4H5VA 4BRFA 4FWLA 3RSEA 1X3MA 3VF2A 1D4XA 4BR5A 3A5OC 5AZIA 1T6DA 1U2VB 5AQMA 4B1UB 2P9UA 4BR7A 1YAGA 5I9EB 4GY2B 4R5JA 2E2PA 3UKUA 3FE1A 2YHWA 3VENA 4H0TB 4BC3A 1Y64A 4RTFD 1TUUA 3VOVA 4XH1A 4BREA 5ELZA 4O8KA 1X3NA 2A40A 3U9ZA 3C7NB 1BWFO 4FWPA 1TYQA 4JWEA 3EL2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LH5A 4BDYA 4O44A 3NH0A 4FM0A 1VQON 5JVGL 1XI1A 1JQKA 3WNHA 4WYBA 5BPLA 1YJ9N 4WQ4A 2QKKA 4A62A 4LH4A 4CCHA 5HOOA 3HI0A 4AVMA 5FIGA 1CZAN 1GLFO 1KLMA 4OLBA 3PSFA 4CF0A 1K8AO 4IW0A 1BQMA 1RDBA 2KQ2A 1DEJA 4BRKA 4JI5K 3H6EA 4B1XB 4NXMK 3H3NO 3NFAA 1QWUA 3VQPA 4O0IA 4KPYA 1LQ7A 3ZLJA 2BTFA 3LMFA 5GAGP 4DV7K 1RT2A 4FLVA 1DKXA 4PHTX 1WSFA 3D51A 3QEIA 4F2SA 1ZBLA 7HSCA 1Q81O 4FJXA 3DXKA 2OZMA 3QINA 5CR4A 3V9ZA 4DTJA 5KPTA 3VEBA 3IDHA 4FWNA 3SK3A 5AFUH 1YIJN 4FK0A 4C8NA 4CF1A 4BROA 4Z4HA 3FD9A 4RG8A 5EVZA 4X65K 1TK8A 4GVEA 2WC9A 4Q0BA 4JV5K 1ZYLA 2P9IA 1HUXA 3KD5E 4NYNA 2GX9A 4JHDB 1HTYA 3HRGA 1N34K 3T1AA 4EZNA 2LSNA 3O9TA 4WFAL 2YNIA 1KCFA 3MN9A 1JCGA 4X62K 3THYB 2UXCK 1KAZA 3I55N 1A5VA 1MU2A 1NGHA 4IEEA 4DU3A 4CHYA 1SV5A 1VQ6N 3OYNA 5IWAK 4H5NA 4J2DA 4H6HA 4DWIA 1X9WA 1CKRA 5HRRA 3SAFA 4IWVA 1CZBA 2D1KA 3D50A 5EXWA 3AARA 4AILC 3KKSA 1YVNA 1OVYA 3ZSYA 4BRHA 4DHYA 4CHZA 4AZ5A 4BVOA 2F9WA 3TARA 4DV4K 1C0FA 3ZEUA 3R6MA 1JLFA 4DS4A 2HB5A 4KIKB 2Q97A 3U6FA 2GF4A 3EJTA 1HXKA 1FK9A 4B1YB 5LJVA 4GV3A 4BR4A 4E3SA 2ZGZA 4BWJA 1VSFA 3ERCC 2ELBA 2ASOA 2V7ZA 3UKRA 2OCEA 3SLCA 4K8XA 3I8DA 3MXJA 1VAZA 3MWPA 2WUSA 2ZWHA 2HHHK 3DOBA 4E7KA 3L8BA 1S1VA 3K5OA 4PUOA 4B3MK 1GLDG 2ZJPL 3CYGA 4I7FA 5CYMA 4OLAA 4IJNA 4IFYA 3M8PA 2QWPA 4BRGA 1QWNA 3DPQA 4FOEA 4L3QA 4B9NA 3DXKB 2DY4A 1J5EK 5BR8K 3ITHA 4FJKA 2F1AA 3RTVA 3O3NB 1PS3A 2P9IB 2QWLA 3KHYA 4DTRA 2NRZA 3L3VA 5T7BA 2FSKA 4YOUA 3M6GA 1U48A 4QS7A 4FM3A 3ZX0A 1O7DB 4JK9A 1HMVA 1YHQN 3CZNA 2OTJN 4PKIA 3H46O 1BHLA 4O55A 1HKBA 4CJUA 3VN5A 3M1FA 3RRHA 2QWRA 3W3DA 3Q84A 2UUBK 1NGCA 4KH4A 4JI3K 2HHUA 3U4LA 3ULEB 1XMOK 3B53X 3VQBA 4GKKK 5KQDA 2A1SA 1IBLK 4BRNA 1EXQA 1C1AA 3ZEUB 3MXIA 4YOTA 3IG1A 2E5LK 3DRRA 4BEBA 1R5EA 3WQTA 1ASUA 4EZ9A 4ZHRA 2HHWA 3EJQA 4RW4A 1RCHA 2GEMA 3ALYA 2G8KA 4EZSA 4JI8K 5AQRA 2KHOA 1HQUA 3NVKA 3FLCO 4NQIA 1C0GA 3MEGA 1SU7A 3BVWA 4O8UA 5GAEP 4OPJA 3ZSXA 1UA0A 4IKFA 4H4OA 2C1IA 2X3VA 3AO3A 2G8VA 5JLHA 3EN9A 3NH2A 2E4LA 1JCFA 4BC4A 3E9PA 3VQEA 4E1MA 4AHCA 4YOXA 3L2QA 2RF2A 1RT6A 1HWWA 4N47A 1RT5A 4ISFA 3QICA 1IBKK 2ZQBA 4BECA 2KZZA 1HLUA 3TTCA 4E1JA 1BIUA 3SQ0A 1LV5A 3ENHA 4NLCA 2V7YA 1WLJA 4CGHA 3MEDA 2PYLA 3ASMA 1VSEA 3O4NA 3OWGA 1YUWA 3CJAA 4J8FA 3VQ4A 1NJXA 3M3WA 3JS6A 3HO1A 4LSLA 4QOZB 1DT9A 4YOWA 2JNSA 4DUYK 1XMQK 3UIQA 3G71N 4KTQA 4IM3A 1VHXA 3CETA 4A2BA 3DJCA 3MECA 4DR4K 2OZNB 3S9HA 4FOIA 3BUPA 2BUPA 3E1YA 4CFCA 4Z4CA 4WFNL 1ZWWA 4DSKA 3CI5A 2Z8YA 3T1YK 3SV3A 1Q9YA 1BA0A 3KDRA 1JL1A 3E66A 3IKMA 3CD6N 1I49A 4LFBK 4K41A 3KLIA 3V1RA 3LDOA 3EZ5A 2NRVA 3JYTA 3AGRA 3CZSA 3BF1A 3TPQA 3J7ZO 2FLOA 3K0SA 4FLYA 1RBUA 4KI6A 1TQVA 2ZXQA 2X74A 3CG7A 4JKFA 2ZM6K 3G0ZA 1W7AA 1RTIA 4ICLA 4AZGA 4IOAL 1I4LA 4E81A 1RTDA 3WXMB 2D1LA 4BRCA 1U04A 1VQ4N 4BY9C 4AZBA 3CPEA 4KHWA 3L3PA 3PSIA 2RAIA 4OKKA 1N6QA 3LZJA 2B4JA 3C6UA 4AZ7A 3L6QA 4NO7A 3D4ZA 4C1NI 2EFLA 3VEWA 1RBVA 2P9LA 1V4TA 3MXMA 4E7JA 4M3RA 4RCHA 1DTTA 4AZCA 4WPEA 4CZIA 2HHSA 3J80O 5CYQA 2FBVA 3DX2A 1XHXA 1I4TA 4W5RA 4QS9A 3BP8A 2VG6A 3K9JA 4CZEA 1EQYA 2KZMA 4WCEL 3QIPA 1XNRK 3ZT1A 3M8QA 4HTUA 4CGFA 1LW2A 4BE7B 5HL7L 2CGKA 5M1KA 1VQ8N 3VEZA 1I3AA 1R34A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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