5E84A

Atp-bound state of bip
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
606
structure length
606
Chain Sequence
SEDVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSVGGTVTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFAEEDKKLKERIDTRNELESYAYSLKNQIGDKEKLGGKLSSEDKETMEKAVEEKIEWLESHQDADIEDFKAKKKELEEIVQPIISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Close and Allosteric Opening of the Polypeptide-Binding Site in a Human Hsp70 Chaperone BiP.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 187
structure length 606
sequence length 606
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 5e84A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 5e84A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5e84A03
5AQFA 3SK3A 1NMDA 1Y64A 4BRNA 4H0XB 2BTFA 3IFRA 3FGUA 3L4IA 2Q36A 2PAVA 4CZJA 3T4AG 4B1XB 1CZAN 2YI1A 3VF6A 5LY3A 4EZNA 1K8KB 1QQNA 1TUUA 2NLXA 3D2FA 4RCHA 3QB0A 3DXKB 1NGBA 5BN8A 3F9MA 5BN9A 4B1UB 3CJBA 3FZMA 1LOTB 2HF3A 4K43A 2VCPA 4MLHA 5AQNA 5AZIA 1JCEA 1BOTO 5AQMA 4C23A 1HKGA 3HTVA 5I9EB 3W3DA 1Q18A 5AQVA 4KBOA 3FE1A 2ZF5O 3OHRA 1S22A 3UKRA 3DXMA 4EZPA 3RSEA 3ZX0A 2YCHA 4EHUA 2GEMA 4EZRA 4EZTA 1X3NA 2ZGZA 2A5XA 4IJNA 4JHDA 2HF4A 3VEZA 4JWIA 3A5LC 1HUXA 5FPMA 4A2BA 1GLFO 3QICA 4R5GA 4PKGA 3LDLA 2H3GX 5BREA 4H0YB 2GWJA 4FWPA 1BG3A 1V4SA 2A6AA 2W41A 4CBUA 1GLCG 4BR5A 4BRPA 1ATRA 1DGKN 3BUZB 3EZWA 3UE5A 3DXMB 4BC4A 3LL3A 3I33A 4GNIA 3RSEB 4BRKA 3O1BA 4BR2A 5BPNA 4JN4A 3HZ6A 3U8XA 3MK6A 1BA0A 4B1YB 3QFUA 1DKXA 3FLCO 2ASOA 4FWNA 3MDQA 2D0OA 5AR0A 1XUPO 3GDQA 3EKUA 2V7YA 4B1ZA 4FWMA 3CERA 3P4IA 4BRCA 4XH4A 4BRGA 2QWLA 5AQTA 2V7ZA 5AQQA 4B9QA 3A8YA 3M3ZA 3VEWA 3ENOA 3DPOA 1S3XA 4FWKA 1C0GA 2E20A 4A61A 3SLCA 3VETA 4XH5A 4FWSA 4J8FA 5ADXA 3ZETA 5JLHA 1E4FT 2YJFA 7HSCA 1BDGA 5AQHA 4EZVA 3ULEA 3LDPA 5AQGA 1ZXOA 3L0QA 3AY9A 4E81A 4BREA 3DPQA 4BC5A 4BG8A 1J6ZA 5KPZA 3IUCA 3MCPA 4BGBA 1SAZA 3ZETB 4BVOA 4CBXA 5F2RA 1EQYA 3LDQA 5BRFA 2QM1A 3ENHA 3CJ7A 3KVGA 2CGJA 4FOEA 3BF3A 3WQTA 4O8KA 1GLLO 4WV7A 2CH5A 2FSJA 1QZ6A 4HY9A 2HMPA 4BGAA 3L3OM 2A3ZA 3WUHA 4HYBA 3ULEB 4EHTA 2GUPA 2FXUA 4CZMA 1MWMA 1RGIA 4H0VB 4FPAA 5AQPA 3L6QA 3J8AA 2BUPA 4EFHA 4RWTA 1U2VA 2Q97A 4IXCA 1E4GT 1LCUA 2P9IB 2QWMA 3WEEA 1NGIA 4MO4A 1NGGA 2YHWA 4R5LA 2A42A 3T46A 3QDKA 1R59O 4Z94A 3VF2A 1NLVA 1WUAA 3M6GA 4A62A 3H46O 4FPBA 1GLBG 3O8MA 5LJWA 3MN7A 2Q1NA 3C7NA 5F0XA 2FF3B 3MMVA 4I6MA 1HLUA 3VOVA 3IDHA 3A0IX 2IVNA 4PL8A 4AM7A 3DAWA 2Q0UA 5KQ8A 4MO5A 3H45C 5KQDA 2FF6A 3AAPA 3DOBA 2Q0RA 4JAXA 3D2FB 3EL2A 2YJEA 4BRFA 1TYQA 1X3MA 3H0XA 4E1JA 3CQXA 3T48A 5FPNA 1OKJA 4H0TB 3C7NB 4A2AA 3O4WA 5AZIB 2ASMA 4FWRA 3DQGA 3B8AX 4I6MB 1IG8A 5AFUA 3D2EA 4EZUA 4QS9A 1ESVA 4B1WB 4FL9A 5E26A 1NGJA 4YDUC 3U9ZA 3UKRB 2GTDA 1YAGA 2Q31A 3S41A 2QW9A 3LM9A 3R6MA 5F1XA 1DKYA 2QXLA 4H5WA 3BP8A 1NGCA 4JHDB 3AARA 2E2QA 3HI0A 1QQMA 2V52B 2F9WA 2P9NA 2VWBA 3VF4A 3CI5A 4WV5A 4BRHA 1Z05A 2P9PA 4FWQA 4H5NA 4AM6A 3R9PA 1MDUB 1SQKA 3CJAA 4H0PA 3R8EA 4XEIA 3T49A 4WQ5A 4CJ7A 3U4LA 4CZHA 5EX5A 4BRMA 4WQ5C 3DJCA 3UKUA 2NZTA 5AZJA 1HPMA 2E88A 5JLFA 4NO7A 1BA1A 1NGEA 2P9NB 3JS6A 1Z6RA 2P9KA 3FZFA 5BRDA 1QZ5A 4FO0A 4BRLA 4FOIA 3O80A 4PKIA 2E1YA 2HOEA 3BEXA 2E2PA 2KHOA 1NM1A 2PBDA 3CJ1A 5ELZA 3W0LA 2CGLA 2ZGYA 5AZJB 1CKRA 1Q5LA 4R5IA 1RDWX 3JXUA 2WINM 5EXWA 3EKSA 3TPQA 1NGAA 5BPMA 4BRQA 2P9UA 3EN9A 1BWFO 2DPNA 4NB4A 4HTLA 3QMLA 4IZ9A 5AQYA 3WXIA 4JD2A 4JWDA 3VEVA 1MA9B 3FZKA 4FWLA 3FZHA 5LJVA 3M1FA 1RFQA 1HJOA 3ATVA 2NRHA 3O5BA 3OHXM 1KAZA 5BR9A 5AQIA 2IVOA 4M7XA 5AQJA 4DQ8A 3SJHA 3G25A 3QBXA 2YHYA 4JNEA 2QWRA 1T6DA 1XQSC 1C0FA 4K25A 4CI6A 4JWEA 4DCHA 3VERA 5BPLA 3VPZA 4JD2B 3CIPA 2IVPA 4K41A 4IO8A 3VGLA 2A41A 4H6IA 3LDNA 3TU5A 2CGKA 1V4TA 5AQRA 1ZC6A 3H1QA 3ZX2A 3ZX3A 1U6ZA 4BR0A 4H0OA 4JWCA 4EZZA 2FSKA 2QWPA 3FR0A 3MN9A 5JICA 1DG4A 5B8HA 4H6HA 3IMXA 5EOYA 5ADXH 4CZKA 3O08A 4QS7A 4BQZA 3DXKA 5BRHA 1BO5O 2AA4A 5AQSA 1U2VB 2QFFA 3EO3A 4QS8A 1GLEG 4BC3A 1NWKA 3GOIA 5TKYA 1T6CA 2E2NA 1H1VA 3WEEB 1DEJA 2V51B 4B1VA 4EZSA 3DPPA 5FPDA 4R5JA 3VGKA 3WT0A 5AQUA 4O5FA 3LDOA 3GL1A 3A5NC 4RTFD 3WXLA 3WXKA 3GG4A 4CZEA 1NGFA 1YVNA 1P8ZA 3MN6A 1BU6O 3BF1A 4ISFA 3QNJA 1ATSA 4EZYA 2QWQA 3CHWA 3CETA 3U9DA 5KPTA 1HKCA 4YDUA 3A5MC 3A5OC 5FPEA 5KPRA 2I7PA 1NGDA 1WOQA 4CZLA 2GWKA 2ITMA 3ID8A 1YXQA 4XH1A 3VEXA 1JCGA 1JCFA 1X9JA 3UB5A 2OANA 5CE3A 1YUWA 1TYQB 2D4WA 1QHAA 3ATUA 4K42A 3GE1A 3KHYA 3WXJA 2Q2RA 4BVPA 1KXPA 1IJJA 4WQ4A 1HKBA 2VYPA 4EAHD 4EIAA 4H03B 4CZFA 3N8EA 4BG9A 3HSCA 4CD1A 3WQUA 4WQ4C 1GLAG 2W40A 2J4RA 3D2EB 4ISEA 4Y0WA 2IIRA 2AP1A 4L3QA 2E2OA 4BC2A 4BRDA 4PL7A 5AQZA 3SMPA 1KAYA 4FWOA 4EZOA 3C0BA 4PKHA 2OP6A 1G99A 3H3NO 1SZ2A 4M7YA 4BRIA 4CBWA 3KZBA 5AQWA 2GELA 3D7EO 1GLJO 5EVZA 3O6WA 5E84A 4EZQA 4DB3A 3VENA 2P9PB 2P9SA 3VGMA 4BROA 3SMSA 3FZLA 5EY4A 3H1VX 2QWOA 4LC9B 4BQLA 3O1WA 2BPRA 1XC3A 1NGHA 2CH6A 1HX1A 3QBWA 4BR9A 3LM2A 3HBTA 1DKZA 3UKUB 4F01A 3I8BA 1GLDG 2I7NA 5AFUH 3DWLA 3CJ9A 4IJAA 2P9KB 4GY2B 3MN5A 4PO2A 5AQOA 1MWKA 2P9SB 3VEOA 4JNFA 4F00A 4H5RA 4BR4A 2FSNA 1ZBSA 2UYTA 2E1ZA 4M63C 2WUSA 4EZXA 2P9LA 2YHXA 3GBTA 4BRAA 2ZWHA 2D0PA 1KAXA 4CZGA 2E8AA 1NBWA 3H6EA 4EZWA 4F9OA 1T44A 1QQOA 2EWSA 4ISGA 3AAQA 4BR7A 4DHYA 2P9UB 4R5KA 3ZEUA 2A40A 3HM8A 3H3OB 4CZIA 1DKGD 4IWVA 5AQXA 3T47A 2P9IA 4CD3A 3FFKB 1U00A 5AQKA 3QFPA 1BPRA 4H5TA 2QWNA 3VESA 2P9LB 4FSVA 5AQLA 2ASPA 4H5VA 5JMVA 3CJCA 4HWIA 1K8KA 4MLEA 3CQYA 3VEYA 2FLOA 1D4XA 1TUYA 4WYBA 2F9TA 2D1KA 1ATNA 3ZEUB 1BUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I04A 2DTUA 3ZSZA 4F4KA 1NMDA 3RRGA 4OKKA 4JI5K 3VQ7A 3FGUA 4E19A 4E7IA 2PAVA 3T4AG 4B1XB 1CZAN 3C6UA 3DMJA 3L3VA 3G9GA 3G0ZA 5LY3A 1HNVA 3C6AA 3BDPA 4IW0A 3F9MA 3OYAA 2NRWA 3EEQA 3BUQA 1WBBA 4LF5K 2F8SA 2O4GA 5IWAK 4H4OA 2NRXA 5AQNA 4FLUA 5AZIA 3G6EN 2ZJQL 2W6LA 5AQVA 1U47A 4F3OA 3MCAB 2ZF5O 4CGDA 4NSWA 2O8DB 1VSDA 2ZGZA 3LP1A 3O3MB 4JHDA 3NDKA 1C1CA 4FZPA 4ILGB 5CZ1A 4A2BA 3DOKA 1HUXA 3KLHA 3SPZA 2MI7A 4JI4K 1GLFO 1VSLA 3QICA 4M45A 2H3GX 5BREA 1BG3A 1V4SA 2W41A 3F9KA 2C08A 4C8KA 5M1OA 1GLCG 4BRPA 1ATRA 3BUZB 3HVRA 3NMUA 4GNIA 3RSEB 4CECA 2YL9A 3O1BA 2YV0X 3U8XA 3MK6A 1BA0A 4B1YB 3DLKA 3VQ9A 5CY4A 3FLCO 3SPYA 4FWNA 4YNQA 1T03A 2O0I1 1S6QA 3QEVA 3GDQA 4AZHA 4B3OA 4NXNK 4FWMA 3CERA 4E72A 3KK1A 5LL6Z 4BRCA 4CK1A 5AQTA 3MEGA 4DV5K 1WAFA 3M3ZA 4FWKA 4LSLA 3P31A 1TGOA 1LAVA 3TSQA 3O4QA 3L2VA 4F2RA 2VGMA 3IAYA 4GV6A 1NJWA 1E4FT 4M3RA 3OY9A 4DSKA 2YJFA 4JI7K 4OLBA 3VQDA 2G8UA 4F8RA 3O3HA 1TQUA 1BDGA 1K73O 4KTWA 3LDPA 4KV8A 5AQGA 4B9UA 1HYSA 2HHHK 1YVUA 4CFAA 2OTLN 3DPQA 1UAXA 3K2PA 3OYIA 1QWUA 5KI6A 5F2RA 1EQYA 5BRFA 2QM1A 1CZ9A 3RMBA 4YHHK 4HVJA 4F3TA 1Q8IA 2Z1IA 2GUPA 2FXUA 4CZMA 4JI8K 4CJFA 3ZSRA 3L6QA 4KHQA 2BUPA 4DKWA 4LF9K 2BH1A 1U2VA 4CJEA 4HHTA 2B4JA 1IO2A 1CLQA 4M3XA 4KPYA 4CESA 1VQ5N 4N56A 1B92A 4RW9A 2G8VA 5KGXA 3AVGA 1HJRA 4CJ3A 2VG7A 4CHZA 3PSFA 5F0XA 2KLAA 3NHGA 1Z25A 3MMVA 4BACA 3KK2A 1XHXA 3IDHA 3A0IX 2IVNA 4CW7B 3N4QA 4ATMA 2V0OA 3H45C 2FF6A 3S3MA 3Q7BA 3AAPA 3ZSOA 4AHUA 3SUQA 1N34K 4JAXA 3D2FB 4DS5A 1UA0A 4E1JA 2NCZA 3CQXA 2QEXN 1HYVA 2OBLA 1OKJA 1X1PA 4G1QA 4H0TB 4A5BA 4ZHRA 2PYLA 4A2AA 3O4WA 4FWRA 1W97L 3B8AX 1IG8A 1RTIA 4JKEA 4DLEA 2UU9K 1ZBUA 1NGJA 4FJXA 3UKRB 2GTDA 1YAGA 5F1XA 3D52A 2YKNA 3I8DA 4DR6K 3ULDA 1VQLN 1O1WA 2OCEA 3L2UA 5FLXO 4FM1A 3WNGA 2P5OA 4LFAK 1VK0A 3P5JA 3ER8C 2HNDA 1VQ8N 4WF9L 4DYLA 2VWBA 2BE2A 4JKAA 3K58A 1BGXT 1Z05A 3NCIA 1N32K 1ASWA 1KTQA 4B3TK 3D6RA 2JNSA 1WNSA 4JI6K 3T49A 1FW6A 3U4LA 4NXMK 2D5RA 4BRMA 4C8MA 2C1GA 5HRRA 1TV6A 4OKEA 2HNYA 1PS3A 2RPIA 2D0BA 3JS6A 3CC4N 2P9KA 4FLZA 3K5OA 3FZFA 5BRDA 4BRLA 3J7AP 3E9OA 3HAIA 1S1WA 1KVAA 2PBDA 5GIPA 3T3FA 1FJGK 5ELZA 2CGLA 3RMCA 1CKRA 4WPEA 4GKJK 3JXUA 4CGIA 2HHVA 4NQIA 4AZCB 3EKSA 3DX4A 2ETJA 5J2PA 2HHQA 4BRQA 4J2EA 2DPNA 1KVBA 1YWMA 5AQYA 2DY4A 3AVMA 4OO1J 3VEVA 5J2NA 4CJKA 2OPSA 4N47A 5LJVA 2KZZA 3M1FA 3OYHA 3A2FA 3OYCA 4DQ8A 2IVOA 1EWQA 4IWPA 1I4DA 4JNEA 2QWRA 1T6DA 3VQCA 4DSLA 2X3VA 4K25A 4DSJA 4DTOA 1ITGA 4HR1A 4KAZA 4DLGA 4K41A 2HHTA 2YNIA 4IO8A 3EJUA 4H6IA 4CK3A 1W7AA 3H1QA 3ZX2A 2EHGA 5GADP 4EZZA 4DTXA 4X64K 5JICA 4H6HA 3D50A 4FM3A 4CZKA 1BQMA 3O08A 4BQZA 4C8OA 1BO5O 2AA4A 5CZ2A 3P39A 1KD1O 5M1PA 4JI2K 4NYFA 2E2NA 1JJ2M 1U04A 3HO1A 1Q86O 3PX0A 3M5RA 3GL1A 3A5NC 4I2QA 5HRSA 3CFPA 2O8DA 3GG4A 1JLQA 1VQ4N 3MN6A 1BU6O 4JLCA 1YTAA 4NCBA 4ISFA 4FLWA 3EY1A 2X78A 4ILGA 5FDLA 4CEQA 1JQKA 3PIPL 3KWGA 1VRTA 3CHWA 1RDUA 2WFBA 3D0PA 1SU8A 5KPTA 1HKCA 4YDUA 3A5OC 4IOAL 3ACOA 1I4LA 4LH5A 3ID8A 3KD1E 3M8RA 4DV1K 4XH1A 4RW4A 3ZSQA 3MEEA 1TK5A 2XRIA 1G15A 1X9JA 1IH7A 4OKJA 1QSSA 1EWRA 1YUWA 5CYMA 2YL6A 3QESA 3ATUA 4BVPA 4FLYA 3PO5A 4X65K 4GV3A 2W00A 4YORA 4DR4K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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