5E84A

Atp-bound state of bip
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
606
structure length
606
Chain Sequence
SEDVGTVVGIDLGTTYSCVGVFKNGRVEIIANDQGNRITPSYVAFTPEGERLIGDAAKNQLTSNPENTVFDAKRLIGRTWNDPSVQQDIKFLPFKVVEKKTKPYIQVDIGGGQTKTFAPEEISAMVLTKMKETAEAYLGKKVTHAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGTIAGLNVMRIINEPTAAAIAYGLDKREGEKNILVFDLGGGAFDVSLLTIDNGVFEVVATNGDTHLGGEDFDQRVMEHFIKLYKKKTGKDVRKDNRAVQKLRREVEKAKRALSSQHQARIEIESFYEGEDFSETLTRAKFEELNMDLFRSTMKPVQKVLEDSDLKKSDIDEIVLVGGSTRIPKIQQLVKEFFNGKEPSRGINPDEAVAYGAAVQAGVLSGDQDTGDLVLLDVCPLTLGIETVGGVMTKLIPRNTVVPTKKSQIFSVGGTVTIKVYEGERPLTKDNHLLGTFDLTGIPPAPRGVPQIEVTFEIDVNGILRVTAEDKGTGNKNKITITNDQNRLTPEEIERMVNDAEKFAEEDKKLKERIDTRNELESYAYSLKNQIGDKEKLGGKLSSEDKETMEKAVEEKIEWLESHQDADIEDFKAKKKELEEIVQPIISK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
publication title Close and Allosteric Opening of the Polypeptide-Binding Site in a Human Hsp70 Chaperone BiP.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 78 kDa glucose-regulated protein
total genus 187
structure length 606
sequence length 606
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.6.4.10: Non-chaperonin molecular chaperone ATPase.
pdb deposition date 2015-10-13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1270.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 5e84A05
2.60.34.10 Mainly Beta Sandwich Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 5e84A04
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5e84A01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5e84A03
1ZBSA 4J8FA 4FWNA 3AAPA 1NGFA 3ZX3A 4H0YB 4B1ZA 4BRMA 4BRIA 3CJCA 4FOIA 5AQZA 1ATRA 4FWQA 3CIPA 4E1JA 3ULEA 4H5NA 1ATNA 5KQDA 2E2NA 3GE1A 2A6AA 3MN6A 3H45C 2QM1A 3FZMA 2Q0UA 4B1XB 5AQFA 3AARA 3ZETA 3VEVA 4WQ5A 2P9PA 5AQKA 2UYTA 1K8KA 3VOVA 4FPBA 4EZUA 5BN9A 1KAYA 1NGIA 2J4RA 4A2AA 4K43A 1D4XA 3CJBA 1JCFA 4BGBA 5BREA 1YXQA 1GLJO 3DOBA 3VERA 3ZX2A 5EX5A 4H6IA 3GG4A 3FZKA 3HTVA 4BRDA 3HM8A 2Q97A 5AQIA 4PL8A 4BRPA 4CD3A 2E2OA 4A2BA 2E1ZA 1QQMA 3DQGA 1U6ZA 5FPNA 3M3ZA 4CJ7A 5B8HA 1MDUB 1XC3A 4LC9B 5KQ8A 2CGKA 4XH1A 5AQSA 4JN4A 3O80A 4M7YA 3MDQA 3ZEUA 5AQTA 3QBXA 2NLXA 3EZWA 3IMXA 2F9TA 3LDQA 2ASMA 3CQXA 4K41A 2GELA 3UKRB 1GLEG 4HY9A 3DXKB 4IJNA 3QICA 4O5FA 3U9DA 2V52B 3VEOA 2E1YA 3A0IX 2Q36A 4I6MA 5F0XA 2P9NA 5KPRA 4FO0A 3VEXA 2P9UA 1DEJA 1QQOA 3D2EB 3L6QA 5JICA 4WQ5C 2QWOA 1GLCG 3MN7A 1V4SA 1T44A 2YHWA 1JCEA 2VCPA 3VF4A 3U4LA 4R5GA 2A5XA 3T48A 4HTLA 4ISGA 3VETA 1BWFO 3L0QA 3ATUA 3VEYA 4R5LA 2D0PA 2E2QA 2GUPA 3QNJA 2NRHA 1YVNA 3CQYA 3VGMA 2QW9A 2QWNA 3FZHA 2FSNA 2E2PA 4BGAA 4FWKA 5AZIA 1H1VA 4H5WA 4BRGA 3GBTA 3HZ6A 1NWKA 3I33A 4IXCA 3O08A 3T49A 3O5BA 5BN8A 1Q5LA 2IIRA 2FLOA 3BUZB 3R9PA 4H0PA 3WT0A 1NGEA 2YHYA 2EWSA 4M7XA 4CZLA 3RSEB 4B1WB 3BP8A 4JNEA 2YJEA 1GLAG 5AZJB 3W0LA 4BC5A 3H3NO 4R5JA 1T6DA 1NGHA 4EZSA 5BPNA 2A3ZA 3GOIA 3CI5A 5BRDA 3SLCA 2BTFA 7HSCA 4CI6A 3ZX0A 3I8BA 5AQVA 2IVPA 3HBTA 3WXLA 4BROA 5I9EB 2QWRA 1TUUA 3DXMB 3F9MA 4BVPA 2Q1NA 4CZHA 3T47A 3WXIA 5TKYA 4EZRA 2P9KB 3DJCA 1SQKA 1S3XA 4H03B 2YHXA 5AQYA 5EXWA 2YCHA 3GL1A 3MN5A 4DCHA 3TPQA 3HI0A 1NGCA 4WV5A 3ID8A 1NGBA 1MWMA 3DPPA 2P9LA 4EZPA 1NGDA 3BEXA 3HSCA 3FGUA 3JS6A 2IVOA 3DWLA 5JLHA 1KXPA 2A40A 4GNIA 4EHTA 4MO5A 1WUAA 5AQPA 3CJ7A 3EL2A 1QHAA 2ASOA 4CZEA 4F01A 2AP1A 1WOQA 2FXUA 2YJFA 1ZXOA 2VYPA 4PL7A 3VF2A 1BA1A 1GLFO 1MA9B 3C7NB 1IJJA 1NMDA 1J6ZA 2OANA 3QDKA 4JD2B 1LCUA 3O1BA 4FWLA 4JAXA 4EIAA 2P9IB 5E84A 2HOEA 2GTDA 3CHWA 5AFUA 1U2VB 4EZXA 4CZGA 1DKZA 4CBUA 4IJAA 1IG8A 4A61A 5AZJA 2D0OA 1DG4A 4H5RA 3VGKA 4AM7A 4M63C 5JLFA 3DPQA 3W3DA 3D2FB 4H0VB 1YAGA 1OKJA 3QFUA 5AQMA 3H0XA 1Z05A 4K25A 4BG9A 3A8YA 3IDHA 2ZGZA 1C0FA 1HX1A 4EZVA 3CERA 3VF6A 3LM2A 3WEEA 2WUSA 4EZZA 1X3MA 2OP6A 3DXMA 1X9JA 1LOTB 2ZWHA 4BRCA 4JWEA 1XQSC 4H5VA 1KAZA 1G99A 3OHRA 2H3GX 2KHOA 4CBWA 2Q0RA 1Y64A 3D7EO 2V7ZA 1DKGD 1QZ6A 3VENA 3FZLA 5AQGA 5ADXH 2QXLA 4FWPA 1TYQB 3UE5A 4BRAA 4H5TA 1Z6RA 2DPNA 3N8EA 4BRFA 3DAWA 3L3OM 1T6CA 4EZQA 3MK6A 5AQLA 5BPMA 1KAXA 3H46O 2F9WA 2CGLA 3QMLA 3O4WA 3CJ9A 4QS9A 3O1WA 3LDLA 4IZ9A 3ATVA 5AQUA 2CH5A 5F2RA 4NO7A 5ADXA 3UB5A 3B8AX 2P9SB 5KPZA 1HPMA 3BF1A 2D4WA 3QB0A 1P8ZA 2E8AA 2FSJA 4QS8A 1DKXA 1U2VA 4EZYA 3MCPA 1YUWA 4R5IA 5BPLA 3QFPA 1ZC6A 5F1XA 2QWQA 5AQRA 1TUYA 3MN9A 4DB3A 3QBWA 1SAZA 2I7NA 3CETA 4FL9A 3EKUA 5AR0A 4CD1A 4NB4A 1EQYA 1NLVA 1ATSA 4WQ4A 4BR4A 5LJWA 1NM1A 4K42A 2Q31A 4E81A 2QWLA 4FWRA 3SJHA 3TU5A 1S22A 4WYBA 5AQQA 5BRFA 4XEIA 3LL3A 4EFHA 3UKRA 3A5OC 2QFFA 1E4FT 3SMPA 1BPRA 3DXKA 5AQHA 3EN9A 4MO4A 3KZBA 5ELZA 4FWMA 1TYQA 3EO3A 3ZETB 3SMSA 3FZFA 4C23A 4EZTA 2CH6A 4Y0WA 4MLEA 3VEZA 2V51B 3D2EA 4BRLA 2GWKA 1X3NA 4F9OA 2QWPA 3VESA 3H3OB 5FPDA 2NZTA 3KHYA 3VGLA 2HF3A 5AQJA 5AQWA 3CJAA 4FPAA 4H0OA 3ENHA 3T4AG 5CE3A 4JWIA 4AM6A 2P9SA 4R5KA 4JHDB 3LDPA 4BC2A 4EZWA 1NBWA 3LDNA 3U9ZA 5JMVA 1Q18A 5AFUH 1BA0A 3ZEUB 5E26A 3L4IA 5KPTA 4FOEA 1DKYA 3M1FA 4BRNA 4BR9A 4PKHA 4BRHA 1BUPA 4FSVA 4IWVA 3MMVA 4PKIA 1CKRA 4RTFD 4WQ4C 4YDUA 1MWKA 5BR9A 3VEWA 3WXKA 2V7YA 3H6EA 3H1QA 2IVNA 1RDWX 5BRHA 1BG3A 2FF3B 4H6HA 4I6MB 2P9NB 3LM9A 4ISFA 4Z94A 1E4GT 3RSEA 3FLCO 3SK3A 2P9UB 1CZAN 4BQZA 4L3QA 3O6WA 3LDOA 3JXUA 1BU6O 3FE1A 4BQLA 3R6MA 4CZJA 2BUPA 5AQXA 4KBOA 2D1KA 3VPZA 2YI1A 1HKBA 2A42A 3A5MC 3J8AA 4HWIA 3A5LC 2E88A 1HLUA 3S41A 3FFKB 4HYBA 1ESVA 1NGAA 5EVZA 4IO8A 2AA4A 2ZF5O 2P9KA 5EOYA 5FPMA 3GDQA 4H0XB 4BRKA 1HKGA 1RFQA 2GEMA 4BG8A 4QS7A 4CBXA 1BO5O 5AZIB 2ZGYA 1V4TA 2PAVA 4B9QA 4JHDA 4O8KA 1U00A 2ITMA 3ENOA 4BRQA 1QZ5A 3H1VX 4EZNA 3EKSA 4FWOA 5LJVA 2GWJA 4YDUC 3KVGA 4JNFA 4CZFA 1RGIA 3C7NA 3WQTA 1HUXA 4JD2A 3UKUB 2P9IA 2QWMA 1C0GA 3P4IA 4PO2A 2VWBA 4EHUA 4JWCA 3G25A 2A41A 3T46A 4XH4A 3IFRA 4BREA 4ISEA 4FWSA 1JCGA 4BVOA 3M6GA 3D2FA 4BR0A 4XH5A 3IUCA 2Q2RA 4B1VA 1HKCA 2HMPA 4H0TB 4DHYA 2W40A 4MLHA 3ULEB 2I7PA 3DPOA 2P9LB 5AQOA 4CZKA 1XUPO 4EZOA 3CJ1A 1GLLO 3R8EA 4CZIA 4GY2B 4DQ8A 4JWDA 1NGGA 4B1YB 3BF3A 3WUHA 4RCHA 3AY9A 2HF4A 3C0BA 4CZMA 2P9PB 1DGKN 1HJOA 1K8KB 1R59O 1SZ2A 4PKGA 4EAHD 4BR5A 2FSKA 1QQNA 4B1UB 4BR7A 3O8MA 1BDGA 4F00A 3AAQA 5LY3A 2W41A 4RWTA 4A62A 4WV7A 4BR2A 1GLBG 3UKUA 2FF6A 2PBDA 2E20A 3OHXM 2CGJA 3U8XA 3FR0A 2WINM 4BC3A 2BPRA 5AQNA 3WEEB 3WQUA 5FPEA 2ASPA 5EY4A 3WXJA 3A5NC 1NGJA 1BOTO 4BC4A 1GLDG
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5J2NA 3ZSZA 1U04A 3ZX3A 1ITGA 3HOSA 4DR7K 5C10A 4KTQA 3I0SA 3BDPA 3CJCA 4JK7A 4E1JA 1YITN 3UITA 4U67L 4JI6K 3K5LA 3LDSA 1ATNA 2E2NA 3NFAA 2HHTA 1NK5A 3SJJA 2R7YA 5GIPA 1N6QA 4C8KA 1X9SA 2WBNA 4JLCA 3AARA 1KLNA 3VEVA 1OA1A 4LF7K 1ASVA 3VOVA 2OBMA 4FPBA 1VQ4N 4EZUA 2J4RA 4A2AA 3NCIA 1D4XA 1KVBA 3D45A 2I5JA 2QK9A 2OTJN 1FJGK 4MQ3A 3QINA 3NH1A 3TAGA 4KI6A 5AQIA 4BRPA 1GN9A 3WNEA 5M1FA 3ZSWA 2E2OA 1NJYA 3AVFA 1QQMA 1NK7A 4HUGA 3CCEN 1B9DA 4LC9B 1TAUA 2CGKA 2LXYA 4CF8A 4CJUA 4EZ6A 4JN4A 4M7YA 3ZEUA 3HAJA 3EZWA 3ZLJA 1GNTA 4FZOA 4RG8A 1W9HA 2F9TA 3EJQA 4KHSA 1GNLA 3CG7A 4KHNA 4DR6K 5I3UA 1Q7YO 3DYAA 1HWWA 4AZCB 3O3OB 5CYQA 3U9DA 1HYZA 3VQDA 3EJSA 4AZHA 3D0PA 3A0IX 2Q36A 4OGEA 2P9NA 4LH5A 3VN5A 2P9UA 1BGXT 2NRXA 5JICA 4Z4GA 4DV6K 3MN7A 1J9AA 2VCPA 3PIOL 5M1OA 1J54A 2HNYA 3ASMA 2A5XA 3C6HA 4N47A 3VETA 4CVNE 3RMCA 1HNWK 4BE0A 2F1BA 2E2QA 4DG1A 1K9MO 1TQSA 3LPUA 2Q13A 1EXQA 3LP2A 1YVNA 3FZHA 3QIPA 3AVNA 1W7AA 1Y97A 4JKEA 3DI6A 3GBTA 3HZ6A 1NWKA 3ZEDA 1TQWA 4IXCA 3MAQA 2GX9A 1HNVA 1URUA 2IIRA 2ZD1A 4DF8A 3QO9A 5AZJB 2FBXA 3W0LA 2OPRA 1D9FA 3ENBA 2D1LA 3SLCA 1IBMK 1RBTA 4OGCA 3I8BA 1JLCA 4M41A 4CFCA 4IG3A 2WYHA 2D0BA 1QTMA 1M90O 2C1IA 3DXMB 4DR5K 2O8EB 2OPSA 3LP3A 4KTWA 1Q9YA 1SU8A 1K6YA 4CJLA 4CK3A 5T7BA 4EP4A 4DR3K 3TAFA 3SUQA 3R1XA 2YCHA 3G9GA 4LH4A 1RBVA 2B5JA 5HRPA 3NDKA 4DQSA 3TPQA 1NGCA 5C12A 1NGBA 1OH8A 3BEXA 1NK6A 3OYFA 2D0AA 3CM5A 3AV9A 5AQPA 4F01A 2YJFA 4FJIA 1ZXOA 4OLBA 3ZT1A 3VF2A 3QNIA 3WNGA 2PFUA 1J6ZA 3NMUA 2NCZA 1LCUA 4FWLA 3THVA 3OY9A 4G1QA 4JAXA 4HUFA 4AHRA 4FJ5A 2P9IB 1ZBIA 5JS2A 4O0IA 2GTDA 3TTCA 1ZYQA 2O4IA 4BWJA 1ZBUA 1IV0A 3HXMA 1DG4A 4FJGA 1RTDA 4AM7A 5JLFA 2EHGA 3D2FB 4GKKK 1YAGA 4CESA 4K25A 3IDHA 5HROA 1C0FA 3VF6A 1T05A 2OP6A 1LOTB 4KIKA 4A57A 2YNIA 4BRCA 3TAPA 4GVMA 1TKDA 1RBSA 2WTUA 4HCCA 3DLGA 2KHOA 1Y64A 2ZM6K 3OK8A 2V7ZA 4ILJA 3V81A 2PYJA 3AVCA 3VQAA 2MI7A 3O4NA 4K0KK 1A5VA 3O3FA 4FWPA 3CC4N 3CCQN 1Q8IA 2O8CA 3S3OA 4FK0A 3CCRN 4BACA 4FJJA 3L3OM 1T6CA 4CCHA 4EZQA 1JQKA 3KKSA 1KAXA 3H46O 2F9WA 4DLGA 1LWFA 3CJ9A 3O1WA 2ALWA 3LDLA 2YI9A 4KI4A 3ATVA 1NJZA 1REVA 3O9RA 2CH5A 2F7PA 5ADXA 3L2WA 3B8AX 3SPZA 3BF1A 1XMOK 1BL3A 3SBSA 3TAMA 5FLEX 1P8ZA 2E8AA 2FSJA 3KK7A 4QS8A 4DV7K 3SZ2A 1DKXA 4EZYA 3MCPA 4TSXA 5BPLA 3AA3A 1ZC6A 2X6SA 2G8FA 3VQ8A 4I7FA 1SL2A 4PY5A 5AQRA 4BDZA 1JXBA 3MN9A 3HPHA 3ID6A 4DB3A 2I7NA 3O9TA 3L2UA 4DU3A 4C1NI 1VSHA 4FL9A 3EKUA 2B4JA 4GV9A 5AR0A 4CHNA 4NXNK 5LJWA 5GAGP 1ATSA 2VG5A 4BR4A 1KFDA 1NM1A 2YL6A 4FM2A 3RWUA 4E81A 2RPIA 4JK9A 5BRFA 3CCVN 3SNNA 3ITHA 3ZETB 1NU0A 5D3GA 4F2SA 3HYFA 4FJHA 3ER8C 4LSNA 5KGWA 3D2EA 2GWKA 3OYAA 4F9OA 2HHWA 1LW2A 2QWPA 4M3XA 3CFOA 3QETA 3IRXA 1VSFA 4DF4A 3AVGA 3T4AG 1I4DA 4AM6A 1J5EK 1R34A 4EZWA 1NBWA 4WF9L 5AFUH 3MX2A 3NE6A 1IKWA 5E26A 5KPTA 3DRRA 3J7ZO 4O0JA 1XC9A 2QKKA 2EX3A 4IWVA 3S3MA 3MMVA 4YDUA 4L8RB 3HPOA 1HMVA 2YIVX 3H6EA 3CCUN 1RDWX 5BRHA 2HHXA 1BG3A 4E7JA 4UY8O 4I6MB 3RSEA 3FLCO 1GOAA 3SK3A 1C1BA 1CZAN 3SI6A 4NXMK 4CJ4A 3JXUA 1YTAA 3FE1A 1I4TA 3NGYA 1QVFM 1ILYA 3SQ0A 2YI1A 3J8AA 3DRPA 2VQEK 4PUOA 3F7WA 3M3WA 2E88A 3S41A 1SL1A 1Q82O 3CM6A 1XHZA 4F8RA 3KDRA 5EOYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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