1Y4CA

Designed helical protein fusion mbp
Total Genus 166
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
166
sequence length
490
structure length
480
Chain Sequence
EGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSLGIEGRSSEELLKIALQEAQKTLQQAQELAKKGGGEEQLKRALKRADRNLWAAQELAKKGGGGEELLKQALQQAQQLLRQAQELAKKGGGEELLKQALQQAQQLLQQAQELAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title De novo design of an IL-4 antagonist and its structure at 1.9 A.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose binding protein fused with designed helical protein
molecule tags De novo protein
source organism Escherichia coli
total genus 166
structure length 480
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.660 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) IL-4 antagonist (De novo design) like domain 1y4cA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y4cA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1y4cA01
5L8DA 5ISUA 2DWJA 3PMXA 3TCFA 3U72A 1ZLQA 1UTHB 2F5XA 3L6HA 3CFZA 4IO3A 1OVTA 1FTKA 4DZ1A 5I59A 2DVZA 3Q28A 4OWDA 4DLDA 1FQDA 1MS7A 2DE2A 4RXLA 4YU0A 3HHFA 5L9SA 1D9YA 4IO7A 1I6AA 2X7QA 1URGA 3OEMA 5I56A 2O84X 3FVKA 1US5A 5DVFA 3MWBA 3PD8A 1AOVA 3RNNA 3HN0A 3N6UA 3S9NC 4U22A 2QPQA 2XXTA 4G68C 4RPNA 4QFOA 3FXQA 1N3XA 3PGFA 3SEXA 3Q26A 3OELA 2NVUB 4F29A 5F1QA 3CIJA 1AMFA 1SQYA 4H1XA 3KSXA 3OSQA 3UK4A 2GFEA 3BFTA 1NH7A 1A54A 3W9WA 3FJ7A 4NTLA 3C35A 2H25A 1JEUA 2QS3A 3C33A 3KN7A 5CRYA 4IO5A 4C0RA 1B46A 1POTA 3PPRA 3DP4A 1SDXA 5KDTB 3WAFA 3OSRA 2V3UA 3B7DA 1H76A 2Q89A 1MDP1 1A55A 2XX7A 2AL4A 3IB1A 3MZ9A 5KCJA 1B9JA 2XXYA 1B51A 3W9VA 5AA2A 1TFDA 3G3GA 1FQBA 3MPKA 4RYAA 3FXUA 4G8HA 3M3KA 2P1SA 5L9OA 2ONSA 4GFRA 2F6GA 2ZNUA 1QVSA 4G8MA 4DIGA 2QSXA 1DTZA 1XT8A 3AXFA 3Q29A 5DT6A 3OD7A 1R1NA 4BDNA 4MH5A 1GR2A 2IA4A 4OYVA 1USYH 5CMMA 1YCJA 5CBRA 5BUUA 4R2FA 1MY0A 1L5TA 2B3FA 3EQ1A 1B5JA 2FNCA 3UORA 4R6HA 4JDFA 1JW5A 4C1UA 2RKMA 1FQCA 3V89B 1LGBC 4YB7A 4DE8A 2V93A 4MFIA 4QFNA 4ZS9A 3UIFA 1PBPA 1RKMA 2OWTA 4L17A 1SW4A 4F1VA 4QF9A 1S9TA 3GLBA 4KQPA 4Q5TA 3KEIA 3E13X 5I58A 2BJJX 4LZ5A 3PPPA 4GOTA 1I6QA 4NWCA 2DYXA 1D9VA 4LQ2A 4KPTA 3TTLA 5AA4B 2V25A 1B40A 1Y9UA 4QSEA 4H67A 5DTBA 1Y4TA 3CSBA 3TQWA 4F3SA 5H8QA 3PUZE 1MXXA 1LCFA 4Q8RA 3C36A 1A8FA 3USDA 5A5XB 5DEXB 4H8IA 3Q27A 2Q2AA 4F39A 5CC2A 5H8NB 1OQGA 3MUQA 3L6GA 3K6XA 4YKPA 1JNFA 3MJNA 1ZU0A 4R75A 4ESXA 4HW8A 1MQDA 2A5TA 4U2RA 4IO4A 3LSFB 4DXCA 4IO6A 3FVOA 3KFMA 2UXAA 2F78A 3B6QA 1KWHA 3MBPA 3OO7A 1R9LA 2I6EA 4THIA 4WEDA 2G93A 5TPAB 3OO9A 3VLVA 3IOUA 3PUYE 1SI1A 2D3IA 4ELOA 3G3FA 4TOZA 2O1LA 2V3QA 4KYSA 4O3BA 4FE8A 3V5AA 5I57A 5FHNA 4GL0A 2Q8JA 1R6ZA 3KOSA 3SEVA 5I2KB 4EQBA 1B1HA 4ELPA 1LSTA 2VGQA 4GXSB 5K2XA 2DWAA 4KHZE 1IQ7A 3K4UA 2E0SA 3KGCA 2UVGA 1DTGA 2O68A 2ZNSA 4ZECA 4G68A 5J1DA 4TLMB 1WDNA 2RC9A 4G8NA 4FEDA 3KN8A 1S50A 4IB2A 4F1UA 3VVDA 3OO8A 3W15C 3O6HA 4P0GA 4MBPA 1B6HA 4PFTA 3ZKLA 3TZAA 2Y7WA 4LONB 1BLFA 2H98A 3TTNA 5KZTA 3QYTA 3TTMA 2ZNTA 5K2YA 1DPPA 3PUWE 4YB5A 4O3CA 3G7WA 1ATGA 3MZBA 2V84A 1RYOA 3ZKKA 4OXVA 1ZTYA 1II5A 3SERA 3SETA 2NOOA 4R6KA 4Z0IA 1TT1A 3S9EA 1Q1KA 1R9QA 1UTBA 2XX9A 3OO6A 4JB7A 3RPWA 1D3KA 3OOAA 1UQWA 3CG3A 3U8QA 4M1VA 4F1YA 4F3PA 3MP1A 4NF5A 1B05A 2UYEA 3O6IA 5CI5A 3EHUA 4BLAA 3IB0A 3VFJA 4YMBA 2REGA 2Y7PA 3OXNA 1B3FA 1I69A 4U21A 2VOZA 1B4ZA 2I4BA 4IGRA 4EF2A 3S9LC 2UVJA 2ESNA 1HSEA 1FTLA 2DOJA 3C32A 1SW5A 3R26A 3TODA 1EZOA 5EHSA 3MVXA 4YZZA 2XXWA 3KSJA 1MXUA 1XVYA 4MF3A 4FIMA 2I4CA 4HCYA 1MY2A 5JK4A 3KG2A 1BTJA 1CE2A 3MVZA 1H44A 1FQFA 3G3JA 2QRYA 1ZKBA 3UA8A 2YPNA 4GRKA 4H5GA 1BKAA 2I0CA 3TYHA 4NWDA 4ZE8A 1H3DA 2ALUA 2HAUA 1B1XA 3S4UA 4QFKA 4JXIA 3TFLA 3VVEA 3C9HA 4BDMA 1SD3A 4FORA 3SEWA 1XOCA 1EU8A 1IXHA 3K6VA 1NNFA 4IO2A 2RC8A 3IJOB 3FVNA 4PFUA 3PPOA 4ONYA 2HFBA 2D21A 2B3BA 4U1ZA 5I2NA 3PUXE 1B3LA 4RNSA 1BIYA 4IGTA 5CMBA 4F31B 1Y1MA 5H8FA 3O97A 3LR1A 2F34A 4FJPA 2NXOA 3H6VA 4NF8B 5DVIA 1WVJA 3G3KA 2H99A 3I3VA 2HQ0A 1Y1ZA 3U8VA 1MXVA 2I3WA 1GVCA 3IL1B 1UTHA 1PB8A 2QL3A 2QS1A 2O69A 4ISUA 3G3IA 3I6VA 1HSJA 3RQTA 3RN8A 3R7XA 2VHAA 4LATA 4KYDA 3BFUA 3TCGA 4H6DA 1OMPA 2G29A 1LFHA 4N07A 1N04A 2I3VA 4DCXA 3GBAA 2R71A 2X26A 2XD2A 1YPNA 1LAHE 4Q0CA 1NNTA 4K3FA 2PYYA 1BP5A 2GRVA 1VFDA 1P99A 2PBWA 3H6TA 2DWIA 4IY5A 1B4HA 3O28A 3Q25A 4HTGA 1AL3A 3TELA 1ELJA 1MQJA 2DE4A 3MC2A 3OENA 2XXIA 2HAVA 3VV5A 3U1OA 5KDTA 2THIA 4LP2B 2FA7A 1UIVA 2DXRA 1MQIA 5ICQA 4GIZA 1ZJLA 3I5OA 3ECRA 3M3LA 3PU5A 4F22A 2PMSA 3SEUA 4QRZA 2B65A 3PD9A 1B7HA 3MQ9A 3O66A 4PFWA 1JVYA 2V3TA 4ZEIA 2HZKA 1LB8A 4F3BA 4OFOA 1LAGE 4KD5A 2W7YA 4OQOA 3TKDA 4MLVA 4POWA 5H8SA 2P2AA 3V8XB 3T22A 3K2DA 4EQ7A 2F97A 2KLFA 4OEUA 2I48A 3IOWA 2I49A 3M8UA 2D5WA 2XXXA 5JTYB 1QKBA 4ECFA 3FATA 2RF1A 5H8HB 1B0LA 3HV1A 3T9XB 1M5DA 3N6TA 2A5SA 3CFXA 3TUSA 3C31A 3KN3A 1QUKA 4KYEA 5TP9B 4R6YA 3G3HA 3IR1A 3IX1A 4EF1A 1PDAA 2E1SA 3JYRA 5F7VA 1VR5A 2HCAA 1JQFA 1NNPA 5ICTA 4KFQA 4PQJA 2XXRA 4DCYA 1UIUA 3RT6B 4XKQA 4OTEA 2Q88A 2P0SA 3H4ZA 4LA9A 2O6AA 3VLUA 4EXLA 4OZ9A 3QXMA 2QS4A 5AA3A 3U94A 1CB6A 1FTJA 4P0IA 3SEYA 1SVXB 3B6WA 5IAIA 2ZXTA 3FUZA 2OLBA 3DP6A 2F6PA 1LCTA 1JW4A 4PFYA 4UA8A 4I9DA 5FHOA 4G77A 4Z7EA 4EUOA 1N7WA 2ZMBA 4OMBA 4ZE9A 2Z8FA 4O3AA 2XXHA 1USYE 4H8JA 2Z23A 1HSLA 4F2QA 1LFIA 4M4GA 1IXGA 5ELVA 4F2OA 4XKRA 3B6TA 4YICA 1S7YA 2UVIA 3TPAA 5AA4A 4RY1A 2ABHA 1N7XA 3F11A 3SESA 3VXBA 4LUBA 4JWYA 4HS7A 3MP8A 3ZS6A 1EH3A 1MM6A 3MAMA 4YKKA 3RT8A 3RLFE 5CMCA 5JEIA 4YKJA 1IEJA 2F7CA 1XS5A 5A5XA 5DEXA 1OLCA 4EDPA 4X9TA 5FHMA 5H8NA 3LUYA 1AIVA 1XHYA 3MP6A 3MVYA 2OK2A 3S2VA 4LVQA 3KBRA 2R9JA 1IIWA 2PT1A 1A99A 1ANFA 1PBQA 4FATA 1B7ZA 4U4XA 1N3WA 4F3GA 3QSLA 3KJ7A 3UGWA 2XXPA 5AA1A 3HO7A 3T9HB 2Y7IA 2OZZA 3MZ1A 4ZZAA 4YAHX 5IKBA 2OWSA 3E3KA 4X48A 3WAEA 5TPAA 1URSA 5AE4A 1QUJA 4TQUQ 3QK6A 1SYHA 3GZGA 4EXKA 3PUVE 4F19A 4NF6B 3LBSA 3HHGA 3FZVA 3K0VA 3ONMA 4AB6A 1PEBA 3T93B 2OBGA 3T96B 4QHQA 3N94A 4PETA 3VDFA 1POY1 4AQ4A 5I2KA 5CM6A 4POXA 1LLSA 2O7IA 2X7PA 3C4MA 5TU0A 4KI0E 1SYIA 2DXYA 4BDQA 3IJXB 3UN6A 3RUMA 1QULA 3A3CA 2ZYMA 3LSXA 2DQVA 1O63A 4KCDA 3PMVA 1B5HA 2GHAA 4ZEDA 1N84A 2RC7A 4LZ7A 2PT2A 1Z7NE 1MY4A 4UACA 3VVFA 1RYXA 1SI0A 1DPEA 3FASA 4I1DA 3R6UA 1LB9A 1FW0A 5I59B 3KZGA 1M5CA 3H06B 4EQ9A 5I84A 1Y20A 1B3GA 4ZEFA 1TXFA 3FV1A 3MVWA 1QUIA 5CMKA 5EYFA 3IB2A 4GF8A 4XIGQ 4WKMA 1B5IA 2M8CA 3TMGA 4RJZA 4ELQA 2O7UA 1PB9A 3KOTA 1A40A 1B32A 1EZ9A 4R9GA 4LQ5A 5I56B 2F8DA 1P1NA 1TFAA 3TTKA 2UYFA 1N0TA 2XHDA 4JSDA 4E0WA 3CFLA 3EN3A 1NFTA 5HPQA 1NH8A 4PE5B 5AA2D 2IEEA 1DSNA 1B7UA 1FCKA 3K6UA 1P1QA 2DE3A 1LAXA 2Y84A 4QFLA 3H6WA 1VFEA 1Y4CA 4N6PA 1Z7ME 3EHSA 4TLLB 5B7DA 3QIMA 2PVUA 2F35A 3IO6A 3A3UA 1WODA 2QMXA 1M5BA 4JWOA 4OFLA 3SDFA 5KCJB 1LBBA 1JEVA 5AA2B 5B70A 2NUVA 1TWYA 1VSOA 4QSCA 1IXCA 3CSGA 1OIBA 3EHTA 2YLNA 4OENA 3TAJA 4GLIA 1P1OA 4ZEKA 3CRBA 4NF4B 1GGGA 4U4SA 1SW1A 1MXZA 5L9MA 4OFJA 4BDOA 3V83A 5FTIA 3E9XA 4NE4A 1D4NA 1IITA 4PP0A 2OCUA 2Z22A 3DLNA 3SKPA 3K1PA 1MPCA 3H6UA 4GQOA 4FAJA 1Y3QA 1N76A 3VLWA 4RA1A 5ITOA 2ONKE 3FJGA 1US4A 3HCQA 3H03A 1PB7A 3A09A 3FXRA 3IK6B 2ONRA 3CR9A 2VD2A 3QAXA 5EHMA 1Y3NA 2ZYKA 2I0BA 3ZSFA 4I62A 2NWJA 2GH9A 4NF8A 3T9VA 3DP8A 3GXAA 1QW0A 1SBPA 3K00A 1IZ1A 2OJTA 1MXYA 2GHBA 3O9PA 1NNKA 4IY6A 5HM4B 4AB5A 3FIRA 3U93A 3ODBA 2Y7KA 1XC1A 2R6GE 3CVGA 2PX1A 1I6BA 4ESWA 4NF4A 3QUJA 3TCHA 3ILUB 4OHNA 3T9UA 5I58B 3RY3A 1URDA 4RK9A 1JVXA 1PC3A 1LFGA 1MRPA 2DVCA 3K01A 1AH5A 3PPQA 2XD3A 1MDQA 5HBCA 1DOTA 5CBSA 3OMBA 1DMBA 5H8QB 3S9MC 4LZ8A 1MPDA 1MXWA 1OQHA 4R9FA 3K02A 3FV2A 2Y7RA 3EF7A 5DVJA 1QJMA 1MPBA 1ZMGA 1T0KA 2H4IA 2AIXA 2I58A 2CZLA 2YJPA 1J1NA 4RPOA 3HSTA 4R72A 5LOMA 4R2BA 4BDRA 4DXBA 1MG1A 4QFPA 4QSDA 3TQLA 4ND9A 4X1DA 5M2VA 4XTCQ 3D4CA 2A5TB 3E4RA 3JV9A 4GL8A 1SW2A 4GXAA 4I8CA 2HZ8A 4R73A 2WKYA 1QKAA 4MLQA 2Z8DA 1YTVA 3OEKA 3TDJA 3GBBA 2UVHA 4G4PA 2HEUA 4BDLA 1P1UA 2QMWA 3MPLA 4XKNA 2HZLA 5I57B 3MW0A 4ZEBA 1MQGA 2RINA 4X1BA 3H7MA 3P7IA 2XXUA 3CI8A 3IAZA 4C1TA 5JTYA 1B0HA 5H8HA 4DDDA 4F18A 4YKIA 1GV8A 2ANJA 2LFDA 1NKXA 4OESA 3K6WA 3ILTB 3K1NA 4G68B 3FVGA 1O64A 5TP9A 3FJMA 2AL5A 2XX8A 3N26A 3UP9A 3BKIB 1ZIUA 2DWHA 1H45A 2RCAA 4ELRA 3IORA 4OVJA 1NL5A 1M5EA 2LAOA 4FECA 3LSWA 3N5LA 3FD3A 3LC8A 4GVOA 3EPEA 3RTFB 1FQAA 4U1OA 1M5FA 3C34A 1A7LA 4GD5A 1B2HA 2VP1A 2LFFA 4N13A 5DYHA 3PPNA 2DSFA 4GWOA 3QUFA 1UTBB 2F7BA 4H0WA 1JW1A 3O29A 4G2ZA 2Z8EA 3K1MA 4XXUA 2H9BA 2ZYOA 1B3HA 5BWJA 1OLAA 2Q2CA 4NF5B 1LAFE 3THIA 4YMAA 4RK2A 3H3GA 1F9BA 4OEVA 4KCCA 2F36A 3PV0E 2XXQA 1B52A 1Q35A 4ZZEA 2CMOA 1B3EA 2QJEA 1VE4A 1IXIA 3LSLA 3DM0A 3O6GA 1A8EA 4YB6A 3TTRA 4DXUA 3IOTA 3VE1B 3O2AA 3U92A 3VXCA 4Q30B 2HXWA 2DP8A 4WEPA 1MH4A 1YAEA 1XVXA 4H65A 1JETA 3DELB 2DS9A 4KR5A 1MM7A 4NEDA 4R74A 1H43A 3TEPA 3CG1A 3IOVA 2AYSA 3RGYA 3D4GA 4E0XA 2H5YA 2VD3A 2ZYNA 3KJTA 1LBCA 4P11A 2QS2A 1MH3A 2XXVA 1FTOA 2RCBA 2REJA 3JZJA 1MQHA 1FTMA 1O7TA 4JWXA 4NF6A 3M3FA 4XKPA 3BBRA 1B58A 1MY3A 4ZDMA 2O51A 2FYIA 1GTKA 3RTWB 5ITPA 4HCWA 3HPIA 1ZBMA 5I2NB 1FQEA 4JSOA 4H5FA 1MY1A 1Y3PA 5FTHA 3PMWA 1IUDA 2Q9TA 4NMYA 2O1MA 4OERA 4WXJA 4JBZA 5H8FB 4OETA 3FGSA 1NMUA 2F7AA 1EZPA 1OVBA 1P1WA 4FEBA 3IO4A 3T66A 4U23A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L8DA 2LP4A 5ISUA 2DWJA 3PMXA 1BK4A 3WAQA 4MMPA 2EIMC 3TCFA 3U72A 3EG9A 1ZLQA 4Z9IA 1UTHB 2WBBA 1NLXA 2F5XA 3VF0A 3CFZA 3L6HA 4IO3A 4G61A 1OVTA 4X0RA 1FTKA 1H9GA 4DZ1A 3ECSA 5I59A 2DVZA 3Q28A 2YLDA 4OWDA 4DLDA 1FQDA 4MVUA 1OQCA 2P0NA 1PD0A 1MS7A 1QLEC 1R5ID 2DE2A 4RXLA 4YU0A 1OKKD 3HHFA 5L9SA 2YEVA 1D9YA 4XEVA 1IMBA 4IO7A 1I6AA 1JMWA 4OVQA 2R7SA 3A11A 1VDWA 2X7QA 2WBDA 5ET6A 4M63A 3K66A 2ZZVA 1URGA 4MIJA 1AEPA 1A41A 3OEMA 5I56A 2L7AA 2J7PD 2O84X 3FVKA 1US5A 3MFNA 5DVFA 4JURI 2IXOA 1E85A 2Y5KA 4BG0A 3MWBA 3PD8A 1AOVA 1O87A 1ORSC 3HN0A 3RNNA 3N6UA 4OANA 2PX0A 2OOCA 3S9NC 1NFNA 3K1IA 4U22A 2P7VA 5AGFA 3ZSUA 3T9OA 3X2QC 1RDYA 2QPQA 2XXTA 3TJ5A 4G68C 4RPNA 4QFOA 3FXQA 1N3XA 3PGFA 5BQHA 3SEXA 4AS5A 3Q26A 2QVUA 4NX1A 3OELA 2NVUB 4F29A 5F1QA 3CAXA 1AMFA 1SQYA 3CIJA 4H1XA 3EH1A 5FBPA 1MQVA 3KSXA 3OSQA 3UK4A 2GFEA 2R7VA 3BFTA 1NH7A 1A54A 1VLSA 3W2VA 3QMKA 3W9WA 4MVZA 3FJ7A 4NTLA 5L0GA 1NUXA 3C35A 1RKEA 2H25A 1JEUA 2WVNA 2QS3A 3C33A 3KN7A 5CRYA 4O79A 1LIHA 4CS9A 4IO5A 4C0RA 1K9YA 1B46A 1MMGA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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