The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
372
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sequence length |
1048
|
structure length |
1035
|
Chain Sequence |
GTVNNELGYQLFRDFAENKGMFRPGATNIAIYNKQGEFVGTLDKAAMPDFSAVDSEIGVATLINPQYIASVKHNGGYTNVSFGDGENRYNIVDRNNAPSLDFHAPRLDKLVTEVAPTAVTAQGAVAGAYLDKERYPVFYRLGSGTQYIKDSNGQLTKMGGAYSWLTGGTVGSLSSYQNGEMISTSSGLVFDYKLNGAMPIYGEAGDSGSPLFAFDTVQNKWVLVGVLTAGNGAGGRGNNWAVIPLDFIGQKFNEDNDAPVTFRTSEGGALEWSFNSSTGAGALTQGTTTYAMHGQQGNDLNAGKNLIFQGQNGQINLKDSVSQGAGSLTFRDNYTVTTSNGSTWTGAGIVVDNGVSVNWQVNGVKGDNLHKIGEGTLTVQGTGINEGGLKVGDGKVVLNQQADNKGQVQAFSSVNIASGRPTVVLTDERQVNPDTVSWGYRGGTLDVNGNSLTFHQLKAADYGAVLANNVDKRATITLDYALRADKVALNGWSESGKGTAGNLYKYNNPYTNTTDYFILKQSTYGYFPTDQSSNATWEFVGHSQGDAQKLVADRFNTAGYLFHGQLKGNLNVDNRLPEGVTGALVMDGAADISGTFTQENGRLTLQGHPVIHAYNTQSVADKLAASGDHSVLTQPTSFSQEDWENRSFTFDRLSLKNTDFGLGRNATLNTTIQADNSSVTLGDSRVFIDKNDGQGTAFTLEEGTSVATKDADKSVFNGTVNLDNQSVLNINDIFNGGIQANNSTVNISSDSAVLGNSTLTSTALNLNKGANALASQSFVSDGPVNISDATLSLNSRPDEVSHTLLPVYDYAGSWNLKGDDARLNVGPYSMLSGNINVQDKGTVTLGGEGELSPDLTLQNQMLYSLFNGYRNIWSGSLNAPDATVSMTDTQWSMNGNSTAGNMKLNRTIVGFNGFTTLTTDNLDAVQSAFVMRTKADKLVINKSATGHDNSIWVNFLKKPSNKDTLDIPLVSAPEATADNLFRASTRVVGFSDVTPILSVRKEDGKKEWVLDGYQVARAAATFMHISYNNFITEVN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of heme binding protein, an autotransporter hemoglobin protease from pathogenic escherichia coli
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase
|
source organism |
Escherichia coli
|
molecule keywords |
haemoglobin protease
|
total genus |
372
|
structure length |
1035
|
sequence length |
1048
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2005-01-31 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Double Stranded RNA Binding Domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TH0 A; 1DXW A; 4A1T A; 3SU6 A; 2IJO B; 3O8D A; 2XC1 A; 1A1R A; 3EYD A; 3M5N A; 1BT7 A; 5B6L A; 2A4R A; 2VFO A; 3SYJ A; 3SV6 A; 2GVF A; 4A92 A; 2V5I A; 3L6P A; 3RC6 A; 1TSP A; 3O8C A; 3SU5 A; 1DY9 A; 3LKW A; 5ETX A; 3RC5 A; 4R8T B; 3RC4 A; 1QA3 A; 3SZE A; 4B71 A; 2A4G A; 2FOM B; 5EQR A; 1QRC A; 3KEE A; 5H4I B; 3U1I B; 4JMY A; 3AK5 A; 1QA1 A; 2GGV B; 1NS3 A; 1DXP A; 2QV1 A; 3ML3 A; 2OC8 A; 2XNI A; 3PV5 A; 2YOL A; 2IOU G; 3KNX A; 3SU0 A; 2OC7 A; 1JXP A; 1RGQ A; 5FPT A; 2VFP A; 3H09 A; 2F9V A; 2OBO A; 4NWL A; 1RTL A; 2OC1 A; 3OTP A; 4B76 A; 3SUG A; 4RI0 A; 3SUF A; 4WH6 A; 4B6F A; 5EQS A; 1TYX A; 3KF2 A; 3SU2 A; 2VFN A; 5IDK A; 2XCF A; 4I33 A; 5EPN A; 3U1J B; 2F9U A; 5GPI B; 1QRB A; 1CU1 A; 5GJ4 B; 5GND A; 1CLW A; 2OIN A; 2VFM A; 1TYU A; 2P59 A; 4OM9 A; 2FM2 A; 3M5M A; 5FPY A; 5T1V A; 1TYV A; 1QA2 A; 4WH8 A; 2WV9 A; 2F4L A; 3LOX A; 2FP7 B; 5EQQ A; 2WZQ A; 2K1Q A; 2VBC A; 3SV8 A; 3KN2 A; 5EPY A; 4KH3 A; 2OK5 A; 3SUE A; 1W3C A; 1N1L A; 4NWK A; 2O8M A; 4K8B A; 4WF8 A; 1TYW A; 3OYP A; 4U01 A; 4A1V A; 3SV7 A; 4B75 A; 2XCN A; 3SV9 A; 3RIQ A; 4B73 A; 5FPS A; 4I31 A; 3M5O A; 3SU1 A; 4B6E A; 1DY8 A; 3SUD A; 2OBQ A; 3LON A; 3M5L A; 3P8N A; 4KTC A; 4TYD A; 2WHX A; 3P8O A; 3SU4 A; 3E90 B; 1QQ1 A; 4I32 A; 4A1X A; 3PV2 A; 5ESB A; 3O8R A; 2A4Q A; 2OC0 A; 1WXR A; 4B74 A; 2VFQ A; 2IJD 1; 4M9F A; 3SU3 A; 3O8B A; 1DAB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HAI H; 1O2Q A; 1IQG A; 3A86 A; 2F8B A; 3K6Z A; 1YLN A; 1MZA A; 1P2K A; 1TPA E; 2QGR A; 2RPC A; 1QBV H; 1XKA C; 3SJK A; 2I6S A; 2A4R A; 3A8B A; 3IG6 B; 1F0R A; 1NRO H; 4BTT B; 3ATM A; 4X1R U; 2RA3 A; 2ZTY A; 1RMD A; 1AVW A; 3PRD A; 4BAM B; 5DP6 A; 1TMB H; 4X6O A; 9EST A; 1BRU P; 1QA3 A; 2BQW B; 4AOR A; 1C2G A; 1P10 A; 4Y0Z E; 1SQA A; 1PJS A; 4AOQ A; 5AE3 A; 2BYA X; 3HPT B; 2CT1 A; 4XFQ A; 1C9T A; 3MNX A; 1KXE A; 2K7I A; 2VWM A; 1NS3 A; 2VJI A; 1KLT A; 2WPI S; 5DKM A; 1SGF G; 1T39 A; 3DD2 H; 3M7T A; 2KAI A; 2BHG A; 2SGD E; 2WPH S; 4FUI A; 3ZZB A; 2M9A A; 8GCH G; 4M9V C; 1T7C A; 3RXC A; 2W3I A; 1KXB A; 4DV3 E; 1P04 A; 3RM0 H; 1UTL M; 1HXF H; 3A83 A; 4HZH A; 5AHG H; 3TLO A; 2FMJ A; 4WY3 A; 2BSP A; 3OY6 U; 3A84 A; 1QUR H; 4BNR A; 5T6G A; 1H80 A; 1LM1 A; 3RXE A; 1AGJ A; 3GCH C; 2OIN A; 5A6K A; 3R3G B; 4R0I A; 1QCX A; 3S7H B; 4NXM E; 2ZU5 A; 1E34 B; 1XXF A; 4LZ1 H; 1FXY A; 1D3D B; 1GBK A; 4F6M A; 5IXM B; 4FVB A; 3GYM A; 4NG9 H; 1GDQ A; 1HAV A; 2W7Z A; 1EPT C; 1CHG A; 4AYV B; 5KED A; 2ZC9 H; 1SFQ B; 2XYA A; 1ESB A; 2Z9G A; 1TWX B; 1V2V T; 1XMN B; 4IW4 E; 1MKW K; 1PLU A; 4DR7 E; 2GJG A; 3FAO A; 4MPV A; 1C1P A; 4YT6 H; 1Z1B A; 3BEU A; 5CDF E; 1FUJ A; 4SGA E; 2LE2 A; 1YPK H; 3MU8 A; 1CGJ E; 4X1P U; 4JI4 E; 1MZD A; 3Q3K A; 3UQO A; 3SV9 A; 1C5X B; 3SV7 A; 3DUX H; 3RIQ A; 3DT0 H; 3F9F A; 2EMK A; 2W26 A; 1O3N A; 1GMD F; 3M5O A; 1O88 A; 1TNK A; 4B6E A; 4LOY H; 2HJJ A; 1LKA A; 2EM2 A; 4B3M E; 3MOC A; 1QNJ A; 3F2H A; 2PEC A; 3KWR A; 4U30 A; 3OAA D; 4YEI A; 1UTJ A; 1Y5U T; 2AER H; 1Z1I A; 3P8O A; 1KTT B; 2QY1 A; 3GCH B; 4NA8 A; 4ABB A; 3KQD A; 1OWI A; 3P70 B; 8KME 2; 4GLY A; 2NSP A; 1IQJ A; 1N8O C; 3N99 A; 1RIW C; 1O2G H; 1WXR A; 3B90 A; 4NIX A; 4Y10 E; 1GG6 B; 1B0E A; 1AWH B; 2XBX A; 3BN9 A; 3UOP A; 2ENH A; 2FOB A; 3P1X A; 1MTV A; 2PLX A; 3SN8 A; 1W8B H; 1O8D A; 2EPM X; 1GJ9 B; 1DST A; 1O2L A; 2ZFR H; 3V0X A; 4JI7 E; 3T1H E; 3AAU A; 2P8O B; 1DUA A; 4BC9 A; 4R2C A; 2C8X B; 3UIR A; 1PQ7 A; 2ODQ A; 2TGT A; 3SU5 A; 1T32 A; 4ZHL U; 2YSP A; 3LMW A; 1C1T A; 2QF0 A; 3T26 A; 4XOP A; 3RC4 A; 4DV0 E; 2VGC C; 1YCP K; 3GIC B; 1T4U H; 4XN3 A; 1ETT H; 3SZE A; 4X2V A; 1O3A A; 3FP6 E; 2YTN A; 2RCE A; 4IC6 A; 4JMY A; 1GBJ A; 3UK3 C; 3URC A; 5DSF A; 4UDW H; 2SNV A; 3MMG A; 2BD9 A; 1WHQ A; 1AN1 E; 2FDA A; 2OP9 A; 1O3E A; 3NKK A; 3OX7 U; 3U9A H; 2FS9 A; 3HXL A; 1P2N A; 3JAM C; 3A88 A; 1A1K A; 2JYA A; 1A1F A; 1KXD A; 3F9E A; 1KIG H; 1N8O B; 3SU0 A; 4OZY A; 3TJO A; 3HPS A; 3ENS B; 2IN2 A; 3H09 A; 4AFQ A; 1O2O A; 4X65 E; 2OBO A; 1HR0 E; 1GHZ A; 2UUF B; 1QTF A; 4ASU D; 1OFL A; 2BQ7 B; 3QTV H; 1O32 A; 3TGK E; 1LHG H; 2QF3 A; 4NHR A; 1V2R T; 3VYY A; 5T6F A; 3TPI Z; 3ATL A; 3RXK A; 2ZEB A; 2JH5 D; 4K60 A; 5GND A; 4F49 A; 1GJ6 A; 3A7Y A; 5HM2 A; 2Q6G A; 1EP6 A; 1P12 E; 2CGA A; 2VGC B; 1A1I A; 4WFT A; 1LVB A; 4XLF A; 1P2O A; 2ZHF H; 3T28 A; 4Y7B A; 2GV6 A; 1T8N A; 5A8Z A; 2I13 A; 2ZGB H; 4WH8 A; 1IBK E; 3L00 A; 3QZQ A; 2G4T A; 2HNT F; 4YZU A; 4P7D A; 1SGI B; 2K1Q A; 4OGY A; 1O2X A; 1Y5A T; 1BZX E; 4MNW A; 5A09 A; 3PV4 A; 2UUY A; 4KH3 A; 2P94 A; 5I46 H; 4I8H A; 1YPE H; 4OS7 A; 5KL3 A; 4CRC A; 4U2W A; 4KKD A; 4I8O A; 2WSS D; 2BD2 A; 4B3S E; 1EST A; 2ODY B; 2BLW A; 3EGK H; 1EFR D; 1O2Y A; 1EX3 A; 4Y8Y A; 2BDC A; 2LTS A; 3ZV8 A; 4L5N C; 4U32 A; 3QG5 C; 4NZL A; 1IQO A; 1P02 A; 2NUG A; 4ABD A; 4TSF D; 3SGQ E; 1GHB G; 1YP9 A; 3ECR A; 3K2U A; 4XSK U; 2SGE E; 1CA0 B; 5C67 A; 4H4F A; 2J5U A; 2PR3 A; 5GWZ A; 2Z8G A; 4KTS A; 1TRN A; 1IBM E; 1GMH F; 2ZDV H; 1MD8 A; 3SU3 A; 2JWO A; 1O3M A; 1FV9 A; 2XOK D; 2X6X A; 2YWQ A; 1GI4 A; 3TK9 A; 4ACA A; 1C1O A; 3SNE A; 4W8S A; 4R03 A; 1RS0 A; 1T31 A; 2LJU A; 1NPM A; 3A89 A; 4DR2 E; 3MNC A; 2P3F H; 3SV6 A; 4A92 A; 1BBO A; 1V2J T; 2ZGC A; 3FKS D; 3MI4 A; 2J9N A; 4DII H; 1S5S A; 3JU0 A; 1YBW A; 4Z6A H; 4FUJ A; 2EM3 A; 5GCH F; 1NRS H; 1ELB A; 3QO6 A; 5EGM A; 1FJG E; 2H9T H; 4B71 A; 2G5V A; 2EPZ A; 5IT9 C; 1IQN A; 2P3T B; 1S6L A; 3DHK H; 1TGB A; 5JBT A; 4X64 E; 2DGC A; 1X48 A; 1SGN E; 4M0V A; 3WY8 A; 1BUI A; 2Y7Z A; 1WOF A; 3AW0 A; 2Z3D A; 5A0B A; 4CR9 A; 1GDN A; 2ZG0 H; 2GMT B; 1O2H A; 2NU1 E; 4MNY A; 3LDX H; 2IOU G; 2N3H A; 4RH8 A; 4DV1 E; 1AO5 A; 1EP5 A; 1HG8 A; 1UTO A; 1O0W A; 1BBR H; 1OWH A; 1XXD A; 3VGC B; 3ZVG A; 3PO1 B; 3ADL A; 2PKS B; 3VB7 A; 3V3M A; 3DU1 X; 1BJV A; 2GKV E; 4Y79 A; 2AGE X; 2HAL A; 4QT8 C; 1GTK A; 3SUG A; 2EPX A; 2JIZ D; 2BBG A; 2N8X A; 4V02 C; 4LFA E; 1F92 A; 1O2T A; 4HFP B; 5EPN A; 3ZVA A; 2LO3 A; 1ZHP A; 2RS7 A; 1QGF A; 1QRB A; 1CU1 A; 4IS5 A; 1O2V A; 2UXD E; 3ZVE A; 2EOH A; 2ODR C; 1E36 B; 1DBG A; 4OJ6 A; 4DR3 E; 1Z6J H; 1KCD A; 3Q76 A; 5LPE A; 2FS8 A; 2J95 A; 4JCN A; 1GJ4 H; 1CO7 E; 1C5R A; 5CFF E; 2EM7 A; 2EMC A; 3EA8 A; 2YU8 A; 1KSN A; 1V2O T; 1P57 B; 4JK5 A; 5EOD A; 1QFK H; 1IHS H; 2WZQ A; 2BDG A; 2K8I A; 2DE9 A; 2NU0 E; 3M3S A; 5AE1 A; 2PP6 A; 1XVO A; 2EOF A; 2EPL X; 2FOH A; 1X47 A; 2YU5 A; 4R2E A; 4R2Q A; 4I8K A; 3LC5 A; 1DQ3 A; 4X2W A; 2HNT E; 1C1N A; 1VIT H; 2F43 B; 1P01 A; 3UB0 A; 1CGI E; 3B8Y A; 4K1T A; 1O3H A; 1XMO E; 2BM4 A; 2J94 A; 2NT6 A; 1YWU A; 1SGR E; 1O38 A; 1D6W A; 1W0Y H; 4I8J A; 2CJI A; 2LCE A; 3QGN B; 1GMD G; 5JB9 S; 1TLD A; 2Y80 A; 3FAN A; 2WBU A; 3CS7 A; 2BLQ A; 3LC3 A; 3ZOQ B; 1PQ8 A; 3VB3 A; 3O8R A; 3A8C A; 2IQ7 A; 1LDT T; 2OC0 A; 4NFF A; 2C90 B; 4WXV A; 4EW9 A; 1DT2 A; 4ISO A; 3E16 B; 3RML H; 2EY4 C; 3SBK A; 3IWD A; 3C6K A; 2EI8 A; 1K1M A; 1A1R A; 3W1E A; 2RSI A; 2YZT A; 3M5N A; 4CBO A; 3OTJ E; 1O5B B; 3LPR A; 3EQO A; 1A0L A; 1ZPB A; 4IBL H; 4ZYE A; 2ZHW H; 5JB8 S; 3PWC A; 2V5I A; 2DSY A; 1H8I H; 4RKO B; 2WPM S; 2EA3 A; 3SJ8 A; 1G3B A; 2ALP A; 4CRG A; 1DY9 A; 3B9F H; 1SVP A; 2PGQ B; 1E35 B; 4ZYG A; 1GPZ A; 3TQM A; 4O3U A; 1NBM E; 2FOM B; 1AUT C; 4J1Y A; 3HGN A; 1YPJ H; 2LP6 A; 3N7E A; 2EMI A; 1HXE H; 1L1G A; 3A80 A; 3TNS A; 5FL7 D; 1IHT H; 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1EZQ A; 2NU4 E; 1H9H E; 4X8U H; 3P17 H; 4IN1 A; 4JZD H; 4AGJ A; 1O5F H; 3LGU A; 4FUH A; 3TVJ B; 1MEY C; 3RDZ A; 1SFE A; 1OS8 A; 3PRO A; 1YUI A; 3ZVD A; 5GIB A; 1HAG E; 5A6B D; 1PXZ A; 1P0S H; 2UVF A; 2JPA A; 2NUF A; 1SQO A; 1ZTJ A; 2Z3C A; 4OJL A; 4ZH8 A; 3FIG A; 1DM4 B; 4A1T A; 4R2P A; 1GMH G; 4I8G A; 2XC1 A; 3U28 C; 2JH6 D; 2L74 A; 1BT7 A; 5IV8 B; 2GVF A; 2VQE E; 3A7T A; 1UK4 A; 2UWL A; 3F68 H; 3SW2 B; 1J14 A; 2ADR A; 2EM8 A; 4DV4 E; 2Z3E A; 3TU7 H; 1J26 A; 2XRC A; 5JPM H; 2BD7 A; 3UUZ A; 1YM0 A; 3FFG A; 4IMQ A; 3B23 B; 3QGJ A; 4AZ2 B; 4E7R G; 1HBT H; 2B5T B; 1PPE E; 5ETX A; 4F54 A; 4X1N U; 3MWI U; 2LVH A; 1TNL A; 2ZWL H; 1UHZ A; 1YPM H; 2GZ8 A; 2V83 A; 1MAX A; 2HLC A; 2BDI A; 1QL8 A; 3EE7 A; 5GCH G; 1O2S A; 2YNB A; 2CXV A; 1DSU A; 2B7D H; 1PPG E; 4Z1M D; 2UUK B; 3UNQ A; 1P2M A; 2QV1 A; 2AYW A; 3PV5 A; 1UJ1 A; 1F2I G; 1HNE E; 4Q2K A; 4K8Y A; 4YCQ A; 2HLD D; 2GV7 A; 1PDA A; 2EOZ A; 3WWB A; 3ODD A; 3ITI A; 3MU1 A; 3VPK A; 2ZP0 H; 1ELG A; 3RMM H; 1UVU H; 3VXE H; 2V7Q D; 1TBZ H; 1PYT C; 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