The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
114
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sequence length |
462
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structure length |
450
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Chain Sequence |
MEIAFLLNGETRRVRIEDPTQSLLEWLRAEGLTGTKEGCNEGDCGACTVMIRDAAGSRAVNACLMMLPQIAGKALRTIEGIAAPDGRLHPVQQAMIDHHGSQCGFCTPGFIVSMAAAHDRDRKDYDDLLAGNLCRCTGYAPILRAAEAAAGEPPADWLQADAAFTLPAFLPETSDALADWYLAHPEATLIAGGTDVSLWVTKALRDLPEVAFLSHCKDLAQIRETPDGYGIGAGVTIAALRAFAEGPHPALAGLLRRFASEQVRQVATIGGNIANGSPIGDGPPALIAMGASLTLRRGQERRRMPLEDFFLEYRKQDRRPGEFVESVTLPKSAPGLRCYKLSKRFDQDISAVCGCLNLTLKGSKIETARIAFGGMAGVPKRAAAFEAALIGQDFREDTIAAALPLLAQDFTPLSDMRASAAYRMNAAQAMALRYVRELSGEAVAVLEVMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Mechanism of Substrate and Inhibitor Binding of Rhodobacter Capsulatus Xanthine Dehydrogenase.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Oxidoreductase
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source organism |
Rhodobacter capsulatus
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molecule keywords |
XANTHINE DEHYDROGENASE
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total genus |
114
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structure length |
450
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sequence length |
462
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chains with identical sequence |
C, E, G
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ec nomenclature |
ec
1.1.1.204: Transferred entry: 1.17.1.4. |
pdb deposition date | 2008-12-04 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00111 | Fer2 | 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain |
A | PF00941 | FAD_binding_5 | FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase |
A | PF01799 | Fer2_2 | [2Fe-2S] binding domain |
A | PF03450 | CO_deh_flav_C | CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | [2Fe-2S]-binding domain | ||
Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Enolase-like; domain 1 | CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 | Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TYG B; 3ETR B; 1E10 A; 1DGJ A; 4YXD B; 1N63 C; 1MBT A; 3S1D A; 4FXC A; 3AE6 B; 3AEA B; 2M56 B; 4PWC A; 3S1F A; 5FXD A; 1FRD A; 1L6V A; 1W1R A; 1JWB D; 1FFV C; 3SFE B; 1QOB A; 1F0Z A; 2VFR A; 4P6V F; 4TVY A; 2MH7 A; 2WDQ B; 2JX5 A; 1X2G A; 4ZOH C; 3DED A; 5C2T B; 1DOI A; 3W9C B; 4C7Z A; 3AE1 B; 5D79 A; 5FXF A; 3AE2 B; 3W5U B; 3P1M A; 2L52 A; 4O95 A; 5GXG B; 1ZP0 B; 3VR9 B; 1NYR A; 3NVZ B; 2LEK A; 3AB5 A; 1YJI A; 3VR8 B; 2RK5 A; 1JQ4 A; 3W8Z A; 1N5W A; 3AEE B; 4C80 A; 2PVG C; 4C7Y A; 3AE7 B; 1KRH A; 2ACZ B; 5H8Y E; 2I0K A; 1N62 A; 1J7C A; 1XO3 A; 1R7S A; 4KX6 B; 4JWU C; 1N5W C; 3S1C A; 4WQM A; 2BT6 A; 1FXI A; 5ADZ A; 1PFD A; 1XLP A; 1GPX A; 5FXE A; 1L0V B; 3DWG C; 2M19 A; 5AUI A; 3I99 A; 3NS1 A; 2QJL A; 2QKN A; 1SB3 B; 4ZOH B; 1N5X A; 4TVW A; 4OAL A; 1ZUD 2; 2L83 A; 1QLB B; 2MBR A; 3HUI A; 1QLU A; 3AH7 A; 1NVI D; 3A7A A; 1T3Q A; 3HRD D; 1AWD A; 1RM6 C; 2VAO A; 3B2F A; 1UXY A; 1DII A; 1A70 A; 2QPM A; 3ZYY X; 4HRS A; 1WYG A; 3AED B; 3P4P B; 1YQ4 B; 1T3Q C; 2WU2 B; 5EE3 A; 3ABV B; 3AMZ A; 4PZF A; 2WU5 B; 2WQY B; 3KJM A; 1DOX A; 1YJJ A; 1FO4 A; 1YQ3 B; 3JS8 A; 4YSY B; 1FIQ A; 3RPF C; 1RYJ A; 1FFV A; 1EWY C; 4WWM A; 1XLN A; 5G5G A; 2KMM A; 3PO0 A; 5AE2 A; 2WS3 B; 1XLQ A; 3NRZ A; 3EUB 3; 1E9M A; 1FM0 D; 1QOF A; 1I7H A; 3CWI A; 1W1Q A; 1W1L A; 1N60 A; 5HMR A; 1XLO A; 3NS1 B; 1KF6 B; 4ZHP A; 2CJO A; 1E0Z A; 1E8G A; 1VLB A; 1AHV A; 5EE1 A; 1V97 A; 2R8D A; 2HTM E; 3KWL A; 1RM6 B; 3AE8 B; 1N60 C; 4YT0 B; 1I19 A; 3VTE A; 5AUK A; 2BVG A; 2OAI A; 3C0P A; 3W8W A; 2GQU A; 1RWS A; 4BBY A; 3VRB B; 3FC4 A; 3EUB 2; 1JRO A; 3D2J A; 1L5P A; 1WGK A; 5HQX A; 1QOA A; 1ZXI A; 2PVO D; 4PYT A; 2WLB A; 3FAH A; 4YSX B; 4EC3 A; 1QOG A; 4N59 A; 1AHU A; 2Q4W A; 2KAJ A; 2P3H A; 2PIA A; 2BVF A; 3NVV A; 2WDR B; 5H92 C; 3AN1 A; 1ZXI C; 2CU3 A; 4YTN B; 4BCA A; 3W5V B; 4ZHO A; 4IDI A; 3B9J A; 2VFT A; 1ROE A; 1FIQ B; 1WWT A; 4PVJ A; 3PM9 A; 3FW8 A; 1W1J A; 2AXR A; 3S1E A; 2R2Z A; 5G5G B; 3BII D; 4YTP B; 4ML8 A; 4PVH A; 3NRZ B; 1DOY A; 1WRI A; 1VJK A; 4N58 A; 4USA A; 4US8 A; 1MBB A; 5G5H A; 2N0S B; 1QLT A; 1F0X A; 1DIQ A; 1W1K A; 1J7A A; 1VQZ A; 2NQW A; 2EXR A; 4XLO A; 1UWM A; 3A7R A; 1WXQ A; 3P4Q B; 1TJE A; 4HRO A; 4PWB A; 1JW9 D; 2Y5C A; 2E5A A; 1HSK A; 4PVE A; 3FW9 A; 1NI3 A; 2WP9 B; 1ZR6 A; 2H88 B; 2PLS A; 2G1E A; 5AE1 A; 4JB1 A; 2Q5W D; 4N6E B; 1V8C A; 3TSJ A; 1WVE A; 3B2G A; 3SR6 A; 2VFU A; 1VAO A; 3NVV B; 1FFU A; 1FXA A; 2VFS A; 2W3S A; 3HVZ A; 1W1O A; 1OQR A; 2BS3 B; 1NEK B; 5EE0 A; 3B9J B; 1NYQ A; 1OQQ A; 1E6E B; 2K22 A; 1QF6 A; 3P4S B; 4LTU A; 1FFU C; 1OFF A; 2W54 A; 3AE5 B; 4ITK A; 3R07 C; 2YVS A; 2W55 A; 1IUE A; 1W1M A; 3TX1 A; 2JQR B; 5G5H B; 1PUT A; 1AHZ A; 4JWS C; 1AYF A; 1RFK A; 2Q85 A; 2B76 B; 2EKI A; 2MJE A; 3L4P A; 1SIJ A; 3NVY A; 1FMA D; 1FRR A; 2WDV B; 2MJ3 A; 4BC7 A; 5EE9 A; 3NVW A; 3LB8 C; 1TKY A; 2OHF A; 1SB3 C; 3GSY A; 3AE9 B; 1N61 A; 3LLB A; 5FXP A; 3WCQ A; 2K5P A; 4HG0 A; 1WVF A; 3W8X A; 2GQT A; 4JX1 C; 1SF0 A; 3SR6 B; 3FW7 A; 4MLA A; 2O3G A; 1N61 C; 1JRP A; 3P4R B; 1NEN B; 3LAE A; 2W3R A; 1E8H A; 1E7P B; 3AM9 A; 4BC9 A; 2AX5 A; 1CJE A; 3CIR B; 2P4P A; 3ETR A; 4YSZ B; 1B9R A; 3D2H A; 3AEB B; 2QIE B; 1CZP A; 2E3T A; 4A9A A; 3TSH A; 1JAL A; 1E0Y A; 1ZOY B; 2PLI A; 1TKG A; 1KFY B; 4UD8 A; 3HRD C; 3AEC B; 1N62 C; 3FWA A; 1X2H A; 3BW7 A; 5AE3 A; 2DBY A; 1GAQ B; 2FBW B; 3D2D A; 3AEF B; 2MJD A; 3NVY B; 3DWM A; 4JAY A; 3P63 A; 1QT9 A; 5C3J B; 1TKE A; 2BVH A; 3NVW B; 3AE4 B; 4DNS A; 2DWQ A; 2VFV A; 2K9X A; 4PVK A; 3AEG B; 1PDX A; 4US9 A; 2PKO A; 4YTM B; 3VRA B; 1JWA D; 3NVZ A; 3AE3 B; 3AV8 A; 1W1S A; 1L6U A; 5MPO A; 2CJN A; 2BS4 B; 3SFD B; 2BS2 B; 1N63 A; 1J7B A; 3A7U A; 2H89 B; 1VDV A; 1DZN A; 2P13 A; 3LXF A; 5HHZ A; 1E8F A; 3DQ0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TYG B; 2YML A; 4F3O A; 1WIA A; 1HEK A; 2HHV A; 2IPI A; 2TSS A; 2BQR A; 4YXD B; 1N63 C; 1SJD A; 2VZK B; 2BQ3 A; 4FP1 A; 3SD5 A; 4RU9 A; 4ED3 A; 2MUC A; 8ICZ A; 1J2M A; 3AE6 B; 1XT9 B; 3KHL A; 4J6I A; 2M56 B; 5HHH A; 4H4Y A; 2Y4G A; 4PWC A; 2KJH B; 2WXP A; 2KEY A; 1SXT A; 5FXD A; 4NNJ B; 3S1F A; 2W11 A; 2WXJ A; 1ZD5 A; 2QAR A; 3NFU A; 1XC9 A; 3QE9 Y; 5D49 A; 1WR6 E; 1V86 A; 2I38 A; 3FV9 A; 2HBK A; 5KFT A; 5KT2 A; 1JMS A; 1M94 A; 1FFV C; 2HBM A; 5B5E U; 1X66 A; 2FPL A; 2ZIW A; 2JY6 A; 1JDF A; 3TAR A; 1YZ6 A; 2FLL A; 1JWU D; 1PUZ A; 4I2F A; 1F0Z A; 3K1G A; 4C8L A; 4GFI A; 5AWV A; 1ZD3 A; 2ES6 A; 2R61 A; 5HR7 A; 4ELU A; 3H4D A; 1TZO A; 2NCN A; 2JX5 A; 5ENL A; 3TL5 A; 2KQ4 X; 5KVH A; 2EZY A; 2FCQ A; 4F5O A; 4X5V A; 5KFR A; 1DOI A; 3B08 A; 4C7Z A; 3MHS D; 2A1J A; 3PLU A; 1LFD A; 3NHE B; 4ARC A; 3QNM A; 2D10 A; 2JRH A; 4KLL A; 3KHR A; 1D6E C; 3AE1 B; 3VVW B; 4DXG A; 2LJI A; 2XID A; 3W5U B; 2PA6 A; 2JZ3 B; 1IYF A; 5BMH A; 2QVH A; 1KFD A; 3OLM D; 4KKI A; 4CQN A; 3V3X A; 5GXG B; 4FS2 A; 2ALZ A; 1ZP0 B; 3TWB A; 3PR5 B; 1V1O A; 4OZA A; 3VR9 B; 1EF5 A; 2H3Q A; 1NYR A; 3NVZ B; 3ZDT A; 1Z00 B; 3ZLG A; 4UAT A; 1HQR D; 1YNT E; 4A6Q A; 1C7Y A; 2P8B A; 1H2I A; 5J0O A; 1PGX A; 5DB7 A; 2AH5 A; 2XH7 A; 2C2R A; 4J3O D; 4GGH A; 2PTL A; 2DGZ A; 5CEH A; 2L8J A; 4TQS A; 2RK5 A; 3Q8L A; 3H4K A; 4OW0 A; 1NJX A; 3W8Z A; 1VZ6 A; 4ZDV A; 1N5W A; 3MZN A; 3B1L X; 3MY9 A; 2E1F A; 2BW2 A; 1SXD A; 1L0X B; 4HDO A; 8ICR A; 3DEQ A; 5DCN A; 2J6U A; 4ASW C; 4W9D A; 3TW9 A; 1YMH E; 5BO4 B; 5LNK 1; 4C8N A; 1XO3 A; 2PE6 B; 1X40 A; 1OEP A; 3WK4 A; 4IR1 A; 4QIW F; 2RP5 A; 3BZK A; 5L1I A; 1E5W A; 2JRI B; 4JWU C; 1N5W C; 3V7J A; 2F5Z A; 1V6E A; 2HQM A; 1SJC A; 4WQM A; 1T3N A; 1BPD A; 5ALK A; 1FCL A; 5EU9 A; 1CUK A; 2EAO A; 2ZZP B; 3KYD D; 4NEW A; 2P88 A; 4TKN A; 2WNM A; 4PGY A; 1WJU A; 3M9M B; 5GTI U; 9ICM A; 3ZJV A; 4YFK A; 3DWG C; 3GZN B; 3N4F A; 3O0F A; 2L00 B; 2KZM A; 2CFY A; 4HCL A; 3RNB C; 3NS1 A; 5AK5 A; 2QJL A; 2A3V A; 2V3P A; 1PK3 A; 2OFJ A; 3FYY A; 5KG1 A; 2PFP A; 3N6H A; 2XH2 A; 9ICB A; 2KK0 A; 4FFD A; 3MHZ A; 1N5X A; 1GB1 A; 1HA5 A; 2R9Z A; 3HWT A; 4O5E A; 2RDH A; 2ISO A; 3JPO A; 1SE4 A; 4RPX A; 2KJ6 A; 2X8G A; 2WOV A; 3M95 A; 1KD0 A; 2D8C A; 3CP8 A; 3UQB A; 7ICL A; 2B21 A; 3K1R B; 4DSK A; 2YEP F; 2P8C A; 1ZQN A; 2DEN B; 1QSS A; 2DX5 B; 2QHO A; 5KG6 A; 2WYQ A; 4GC6 A; 4GLS C; 2YAU A; 2K8H A; 1WH3 A; 2J42 A; 4FZM A; 1T8E A; 3CAW A; 3H7I A; 4RNN A; 4HCN B; 5D4B A; 3RJH A; 5J2A A; 1TFR A; 3AED B; 2KSO A; 3S5S A; 1WRD B; 2WXQ A; 4UBC A; 5J2R A; 1KN0 A; 2YB1 A; 3M8R A; 5FJT A; 3ML8 A; 4RQ7 A; 2C2E A; 3H40 A; 2WU5 B; 2IA6 A; 1AN8 A; 3KJM A; 5IN7 A; 1L7M A; 1R4N B; 1WR1 A; 2QDE A; 5ALU A; 2BQU A; 4ECY A; 1WGD A; 2KQ7 A; 3MC9 A; 1YQ3 B; 3PSF A; 3NZG A; 1JN3 A; 3DVG X; 4F5N A; 2UVV A; 5KFE A; 2IYD B; 4H4Z A; 2EDU A; 2IHN A; 5AKY A; 4BOS C; 3QZ7 A; 1Q3V A; 3GO2 A; 1QTM A; 3IV6 A; 3Q8C A; 2MW5 A; 4KIT B; 3IDW A; 4F92 B; 3DG3 A; 4U6P A; 2ZCB A; 4H4Q A; 4Q8F A; 1ZDV A; 4U7C A; 3T3F A; 1S10 A; 2OKT A; 1XLN A; 1TE2 A; 2KNJ A; 3L10 B; 3R66 C; 2KMM A; 2WS3 B; 3II4 A; 1IXR A; 2KD1 A; 3NRZ A; 3EUB 3; 3T8Q A; 1VRA B; 1PK1 B; 2JZB A; 1ZQB A; 4JV2 A; 5HMM A; 7ICU A; 2AAQ A; 3MGH A; 8ICU A; 2ZTD A; 5KT5 A; 1QSL A; 2HHX A; 3N4M B; 4F7Z A; 4JE3 B; 2GR0 A; 4KKJ A; 2MCN B; 4OD0 A; 1W1L A; 3T5J A; 1ZQT A; 4P0Q A; 2WB1 C; 3AL0 B; 9ICQ A; 1P98 A; 3QFB A; 5L1L A; 2IBK A; 2AU0 A; 1SE3 A; 2WXR A; 3R7R A; 3RIT A; 4AOF A; 1U49 A; 1U4A A; 1Z3E B; 4GDL A; 4ICA A; 1DTN A; 1ZQY A; 4M6W A; 4KLJ A; 2KAN A; 4H2A A; 2HTM E; 2KE7 A; 8ICX A; 3AE8 B; 2WF8 A; 1XAN A; 3SI8 A; 2FMP A; 4UB6 U; 1SSN A; 3VTE A; 4PS8 A; 5AUK A; 4E0D A; 1ZQS A; 3FJ4 A; 5J8Y A; 4O3N A; 2MWS B; 5KFG A; 3KHG A; 4M9N A; 7ENL A; 4BBY A; 4A3R A; 2Z0D B; 2EQ6 A; 3SV4 A; 4RFB A; 2GBN A; 4GU2 A; 5EWE A; 4DSJ A; 2Z7J A; 5AI6 A; 2FJ6 A; 2N4F A; 1JOA A; 3BVG A; 1KFT A; 3DDC B; 1QOA A; 1E8X A; 1SKW A; 5J8Y C; 1D5X C; 4UB2 A; 4J1O A; 3QU5 A; 4S0R A; 2IDY A; 5JCL A; 1W6T A; 1ENF A; 4EC3 A; 4DSE A; 4IQT A; 4N59 A; 3V7K A; 1NK7 A; 4I2G A; 1TS5 A; 4RGT A; 3CK5 A; 3UIN B; 4B9N A; 3PFR A; 3N7R C; 2ZXH A; 3CST A; 4KSK C; 4WIP A; 1XWL A; 1IGD A; 5ALX A; 4DOB A; 3SYZ A; 4B95 A; 3KD3 A; 2A8X A; 2WDR B; 6ENL A; 3D2S A; 3PHW B; 4HPP A; 4MH0 E; 4B9K A; 4MKS A; 5FR3 A; 2L76 A; 1LVL A; 3OAW A; 2QEJ C; 5AM4 A; 5ALS A; 2EMS A; 4IDI A; 3V5F A; 4HVB A; 3B9J A; 4GDK B; 4PPX A; 5DQG A; 4DCC A; 1FIQ B; 4ACF A; 4KX3 A; 4DHJ B; 4M6U A; 1IYX A; 3FW8 A; 3S1E A; 3T6C A; 4O3O A; 5G5G B; 3H8J A; 2MQJ A; 4YTP B; 1FEA A; 4R8U B; 4YWG G; 2OCE A; 1YQB A; 2KFK A; 4B6W A; 1DOY A; 4DQO C; 1MFW A; 3H9D A; 2GRI A; 3TEY A; 4YMM A; 2UUV A; 5J2B A; 1MHX A; 4N58 A; 3IAS 1; 2HHW A; 4IP4 A; 4UB4 A; 1DOQ A; 4Q2J A; 1F0X A; 2QAE A; 1KTQ A; 1NJZ A; 2L0F A; 3DFY A; 9ICS A; 4A20 A; 3RJA A; 4DFP A; 3ZIM A; 3M6Z A; 5DBA A; 3SQP A; 2GLS A; 5DPT A; 4DNA A; 4YCX A; 4QZC A; 3DBR I; 1J8C A; 3PST A; 1NDA A; 1L3V A; 4H4V A; 5BOE A; 3BZC A; 3H8S A; 3QJZ A; 2QGY A; 3ISC A; 3PNC A; 3A7R A; 3ZD9 A; 4UAR A; 3CB3 A; 2DL0 A; 4HRO A; 1RQL A; 1ZQU A; 4C0Z A; 2H3V A; 2XGQ A; 1RZT A; 1JW9 D; 1ZGU B; 1WX9 A; 2GQW A; 2Y5C A; 4EMI A; 5KT4 A; 1HSK A; 1WYW B; 3CNH A; 2FLN A; 3IK4 A; 2WOW A; 4DX3 A; 2W7O A; 2W03 A; 3ZDE A; 2L7R A; 3DVN V; 5HP4 A; 1ZXH A; 1QH9 A; 2DYB A; 1ZR6 A; 1ONE A; 2H88 B; 3EFU A; 2PLS A; 1F77 A; 1GRE A; 1WJ6 A; 3SJN A; 3M7D A; 3LVV A; 4JB1 A; 4AJY B; 3TIX A; 2RQ5 A; 3RJK A; 1X9M A; 3Q3O C; 3TQP A; 2GRT A; 4EEW A; 1JXL A; 1K53 A; 2O2V B; 2BBC A; 3UCC A; 5KFD A; 2MP2 B; 3IT6 B; 8ICA A; 3R2T A; 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