The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
101
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structure length |
101
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Chain Sequence |
SGVDDDMACHKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for the inhibition of caspase-3 by XIAP.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CASPASE 3
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| molecule tags |
Apoptosis
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
15
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| structure length |
101
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| sequence length |
101
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2001-02-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2H65 B; 1SC3 B; 3QNW B; 4DCP B; 3GJS B; 2H51 B; 2CJX B; 2H54 B; 4DCO B; 2QL5 B; 3GJT B; 4ZVT B; 2XYH B; 1F9E B; 4ZVO B; 3D6M B; 1RWP B; 1RWW B; 3D6F B; 1IBC B; 2XYP B; 2XZT B; 2FQQ B; 3R7S B; 1QTN B; 4ZVR B; 2C2Z B; 1NME B; 1RWO B; 1SC4 B; 3KJF B; 3KJN B; 3IBC B; 2HBZ B; 2QLF B; 4ZVU B; 1RWX B; 3R6L B; 1RWV B; 3R7N B; 2DKO B; 3D6H B; 4ZVP B; 1RWK B; 1I51 B; 3SIP B; 1RE1 B; 1RWM B; 2HBR B; 2QLB B; 1SC1 B; 2H48 B; 2C2K B; 3P45 B; 5K20 B; 1QDU B; 2CDR B; 3EDR B; 2HBY B; 1RHR B; 2H5I B; 2QL7 B; 2XYG B; 3R5J B; 4LSZ B; 1PAU B; 1RHM B; 2HBQ B; 3EDQ B; 4ZVS B; 4JB8 B; 2H5J B; 5IC6 B; 2C1E B; 1BMQ B; 2H4W B; 4DCJ B; 3R6G B; 2CNL B; 3GJR B; 1I3O B; 3GJQ B; 2Y0B B; 2C2M B; 2P2C B; 1RHJ B; 3RJM B; 2CJY B; 5IC4 B; 3P4U B; 1PYO B; 3NS7 B; 1RHQ B; 1RWN B; 3R7B B; 2QL9 B; 2C2O B; 2CNO B; 1RHU B; 2CNN B; 2CNK B; 1ICE B; 4ZVQ B; 2XZD B; 1RHK B; 2Y1L B; 3IBF B; 3KJQ B; 2H4Y B; 2QLJ B; 1GFW B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KMS A; 1QVG R; 3CD7 A; 5KG7 A; 2GQ2 A; 3M2R A; 2EC2 A; 4WKY A; 4I69 A; 2ZH9 A; 5AE2 A; 2ZUG A; 4I4B A; 1V6H A; 3PKM A; 4UF4 A; 1RWO B; 3HJV A; 3GU0 A; 1ARO P; 5A2Q U; 4PZV A; 3WC2 A; 3KHG A; 4YME A; 1HA1 A; 2UUC F; 3ILL A; 1RT6 A; 2DT9 A; 1JLB B; 1WC1 A; 3AOA A; 5GAE I; 2C2R A; 1NRK A; 4DV4 J; 1LK5 A; 3HM9 A; 3W2V A; 4PAB A; 4LF1 A; 2L9D A; 1RB0 A; 4BDP A; 1LEO A; 4NZ0 A; 4GKJ J; 1N5Q A; 2A6M A; 1C1C A; 1NH7 A; 3FDS A; 1RAE B; 1BHN A; 1B70 B; 2N4C A; 2JLG A; 1YJ9 S; 1M1K T; 2VL1 A; 4CIO A; 4ZP7 A; 4G65 A; 3R97 A; 3PJ9 A; 1HWU A; 4DPT A; 5FII A; 2BKN A; 4P2S A; 2E7X A; 2HG4 A; 3AD8 C; 1CJU B; 1YX2 A; 1O8B A; 4KO0 A; 3PG9 A; 4DUZ F; 2UVW A; 1N36 F; 1FD2 A; 2EVZ A; 2WK4 A; 1UWB A; 1G3O A; 4DUT A; 2ADB A; 4OI4 A; 4O44 A; 2DNQ A; 3J7A N; 2E7V A; 3OR2 B; 1C1B A; 4JI6 J; 2XSF A; 1SJF A; 3T19 A; 3OSN A; 2KO1 A; 3FRZ A; 3AD9 C; 1M90 T; 2JJ4 D; 3T9Z A; 1FVQ A; 2X1F A; 1LW2 B; 2GVD B; 3D54 A; 4QIG A; 1HL6 A; 1T9Y A; 1B0P A; 4IH5 A; 2E1R A; 4RUC A; 4OV6 A; 2MEW A; 1RA7 A; 1I51 B; 4JI4 F; 2IRU A; 3H98 A; 5D4O A; 2MKK A; 4RJV A; 2QLB B; 4OZ0 A; 4PAA A; 3TP2 A; 2BJ3 A; 1S1X A; 1N33 F; 2KM8 B; 2DJW A; 1ZET A; 1BQN B; 1HKA A; 3L09 A; 1K8A T; 4TN2 A; 2E1C A; 3OXG A; 4ZIT A; 2DY1 A; 1IXK A; 2HRT A; 2MKI A; 2DHA A; 4GVB A; 1RXO B; 1R8B A; 2YWE A; 4UZB A; 3GJQ B; 4ED5 A; 2A18 A; 1VMB A; 4OYB A; 2HKE A; 4IG3 B; 1BE4 A; 1S6U A; 4LQ3 A; 1URR A; 3S6E A; 1ICE B; 1KNZ A; 4B3S F; 4ZVF A; 1YZ6 A; 4DI6 A; 4KIA A; 3J7A 1; 3G82 B; 1V3R A; 2QX0 A; 1DHM A; 2ZVI A; 1VQ7 S; 3OTO J; 3DRP A; 2O66 A; 1IBK F; 5JJB A; 1HBO A; 3T5H A; 2B3T B; 3R5C A; 1V3S A; 2VIC A; 2I2Y A; 1SIZ A; 5T7L B; 4JV2 A; 4O0N A; 3PHT A; 1WF2 A; 4Z2X A; 3R7N B; 2HFZ A; 4JI0 J; 2DR8 A; 1BQM B; 3OFE A; 2OFG X; 3QPI A; 3J7Y I; 5KFU A; 3VAM A; 1HWI A; 2CJQ A; 2ZH7 A; 2V2K A; 5E3A A; 1YWX A; 1X5O A; 1TAU A; 1YZ7 A; 4NXN F; 1J5O A; 4KYZ A; 5B0F A; 1Y11 A; 2MHN A; 2VFT A; 4CLT A; 2ZNY A; 2OPQ B; 5GAG U; 2EPI A; 2FLP A; 2QA4 G; 1HAR A; 3I9V 9; 1T3N A; 2VBZ A; 4OI3 A; 4N56 A; 2HAF A; 3VF0 B; 1DRZ A; 3MMJ A; 4UW2 A; 5JVG Q; 2ZFH A; 2KFZ A; 1L3S A; 3MAA B; 1S1W A; 5CYM A; 3D0I E; 3EGN A; 2CNO B; 3GG0 A; 4MK8 A; 3DOL A; 4ECZ A; 2DNY A; 5HP1 A; 2NUH A; 3M1V A; 1HHQ A; 1KRP A; 5CCM A; 2XY7 A; 3M8Q B; 3EE3 A; 1RT3 A; 4YQW A; 5HRO B; 2HVH A; 2JEJ A; 1S1V B; 2UUA J; 2FB0 A; 3I31 A; 3D9B A; 1C0T A; 5GAE U; 3MI7 X; 4N77 A; 1MU2 A; 4DDF A; 1RTI B; 2YKN B; 1IWG A; 3KDN A; 3PXG a; 4PG8 A; 4UUX A; 2V4J B; 1IVZ A; 3C8Y A; 2BQU A; 1A0O B; 4YB7 A; 4USV A; 3PW7 A; 3C6T A; 5KFR A; 4ZPB A; 3P45 B; 2CZ9 A; 4BS2 A; 4EBD A; 3MPD A; 1T7P A; 5KT3 A; 1VLO A; 2DNK A; 1GMU A; 3NGR A; 2KXH A; 4ANC A; 1JXV A; 1ZPW X; 1TMM A; 1QJH A; 1TVR A; 4I2P B; 2W25 A; 3MFH A; 4CZC A; 5C25 B; 2QYC A; 3N6L A; 4Y2I A; 4K5R A; 2M8D B; 1VBK A; 2M88 A; 2JHE A; 4DSK A; 4J9S A; 4ANE A; 1RHU B; 3CJ4 A; 3ENQ A; 2CQ0 A; 1Q81 T; 4OX9 F; 3IGV A; 4LSL A; 1U09 A; 1OQ6 A; 1VLY A; 4OLP A; 1HWK A; 5E5N A; 2FZK B; 5BR8 J; 2MXY A; 3CJ2 A; 3KLF B; 4ZCL A; 2ASJ A; 1TV6 A; 2K8G A; 3FEZ A; 4C8Y A; 2PDA A; 1UP1 A; 3FRY A; 2D3U A; 3LAK A; 1RT1 B; 4NLP A; 3HSG A; 3HHE A; 2MLZ A; 2JC1 A; 5GVQ A; 3OR1 A; 2JEF A; 1NZA A; 2FGC A; 2IM2 A; 3UR3 C; 1T03 B; 2LYV A; 2CQ2 A; 5KFL A; 5I4M A; 1UVN A; 4NLQ A; 2BXJ A; 1TUG B; 1QVF R; 3HO1 A; 1HIY A; 1FNO A; 2HFS A; 2YY3 A; 2LQ5 A; 3Q0A A; 1HWJ A; 1MLA A; 3K5M A; 3LWM A; 1MW7 A; 1XC9 A; 3IRX A; 2QSF A; 5AJ3 F; 2P9G A; 3D6T B; 2LXI A; 2KT5 A; 5IZH A; 1DY3 A; 1EP4 A; 1XQI A; 4NCB A; 1HR0 J; 2NSB A; 3CCL S; 2DR5 A; 2ZIT A; 2H51 B; 3DFE A; 2QLW A; 1HNI B; 3S8S A; 4KY3 A; 3V4I B; 3Q86 A; 4NRU A; 3OD2 A; 3D6F B; 1LWX A; 3HD1 A; 1SCJ B; 4QYZ J; 1KLM A; 3CCU S; 2B4P A; 1E6Y B; 4Q2M A; 3CNQ P; 3I4P A; 3J7Y U; 2ZBR A; 5GAD U; 1S6Q B; 2J6U A; 4B3T J; 1SVD A; 1ZBT A; 3GFH A; 5L1K A; 4OZ1 A; 4JV5 J; 2VH7 A; 1YTY A; 1HD0 A; 1K1S A; 1IQZ A; 1S6P B; 2XSJ B; 3GIK A; 3R5G A; 3LH2 S; 1EQM A; 1YBU A; 2DGO A; 1MNE A; 3GIR A; 3HX9 A; 3MZI A; 4DFP A; 3GV8 B; 1BMQ B; 1HNV A; 3CJK A; 4DV5 J; 2O67 A; 2JSX A; 4ELT A; 3BQ1 A; 2DNR A; 2HAI A; 5B0D A; 2JH3 A; 1NLK L; 2W2O P; 5IQ6 A; 3CD0 A; 2AYB A; 2DO0 A; 2L08 A; 5CQG A; 4DR7 J; 4I2Q B; 1NKC A; 2Y0S D; 2XS7 A; 4ZIW A; 3BS9 A; 4ID5 B; 1NK5 A; 1WSV A; 2W2M P; 3SYZ A; 1VQS A; 3LQV A; 4DN9 A; 3WX4 A; 1Q8L A; 1ZOT A; 1T05 A; 4R8U B; 1YIJ S; 1P6T A; 2AW0 A; 1NUE A; 5L1I A; 4TYA A; 3QID A; 3E51 A; 4B3O A; 4BC7 A; 2FLN A; 1NHV A; 1Q78 A; 5LMU F; 1PBA A; 2CZ4 A; 4QWA A; 5BYR A; 2BE2 A; 4MYU A; 4EBC A; 4X4O A; 2AP6 A; 4J9K A; 4NA3 A; 2O01 C; 3THV A; 2G9O A; 1N6Q B; 4R5P B; 1FD8 A; 5E3C A; 3N79 A; 4ZPA A; 2FLO A; 5J2P A; 3O2I A; 2GFF A; 4H4K C; 2W1B A; 4ZIV A; 4DUY F; 3RJM B; 4K0K F; 2Z30 B; 2N3O A; 1X4F A; 2G0J A; 2I5J A; 1NDC A; 4DV1 J; 4PXD A; 3R3T A; 3TX0 A; 2MKY A; 1VQP S; 3KK2 A; 2XMW A; 4PUO A; 1SKU B; 3BN4 A; 2Q6B A; 1H7X A; 2IVY A; 5ITH A; 2B4O A; 4AL7 A; 3O8W A; 3TAM B; 3BBB A; 3G2X A; 4ECV A; 5KFS A; 4B08 A; 2AJ0 A; 2D41 A; 3M30 B; 2DNZ A; 3C16 B; 5H9F J; 2ILY A; 2XY6 A; 4KHM A; 4B3R J; 2MST A; 2CQG A; 2BM0 A; 3ZTS A; 2DNL A; 3CED A; 4OYX A; 2O3D A; 1XMO F; 1I94 J; 5C42 A; 1KKH A; 2HBY B; 3D66 A; 2K06 A; 4OYM A; 3HVA A; 4MMO A; 5HMW A; 2C1E B; 4DZ6 A; 2DNG A; 2Z56 B; 1TQL A; 4KJI A; 2HQG A; 3MPW A; 5DLF A; 1FWL A; 5KFI A; 4PG5 A; 2EFO A; 2E9Z A; 1NK7 A; 1X9M A; 3GFZ A; 1KON A; 3K58 A; 4KFB A; 1VRU A; 2DVI A; 3ZTR A; 2D69 A; 2KXF A; 2NR0 A; 1XNR J; 3W65 A; 1A9N B; 4DL7 A; 4WXW A; 2VG5 A; 2EC0 A; 4HAC A; 3Q83 A; 3AB2 B; 2V0N A; 1FK9 A; 4ALZ A; 1NME B; 3MUM P; 2LXF A; 1B7Y B; 2ROG A; 2N4D A; 1WG4 A; 1KDN A; 3OTE A; 2ZH5 A; 3K17 A; 4JP8 A; 2KRR A; 3GE9 A; 5J1N A; 1R31 A; 2YNI B; 1RAC B; 2MLY A; 5LJ3 Y; 4DR5 F; 3I55 S; 3UQS A; 2E9R X; 2EXU A; 2RAQ A; 1FEH A; 4DV7 F; 2AJ4 A; 2V69 A; 1HNX J; 2VPX B; 2UXB J; 4CNY A; 4JI3 F; 4ID8 A; 2RIL A; 4WE1 A; 2B6A B; 2NYH A; 2OHD A; 4NA1 A; 3C19 A; 1IBL J; 3CJ5 A; 1X8D A; 2KTQ A; 1R8P A; 4HT5 A; 3BM7 A; 3DOM B; 2DGT A; 2QN6 B; 2UUW A; 5IT9 U; 1QE1 B; 2UU9 F; 3K2Y A; 4URG A; 2ZC3 A; 2EK1 A; 5LSO A; 1RA6 A; 4B02 A; 4GKK J; 5JMN A; 1S5Z A; 3A8K A; 4QR1 A; 2E7W A; 3PX6 A; 4QWE A; 8ATC B; 4LF2 A; 4DG1 A; 1K73 T; 2F63 A; 5ETV A; 2KVI A; 3H0P A; 3FBF A; 5E3Q A; 4TU7 A; 1IKX A; 2UXC F; 5IT4 A; 3T1H J; 3KJF B; 2FC9 A; 4F02 A; 2CA9 A; 3W2V B; 4QIW D; 3M8R A; 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3LAN A; 2CVE A; 4L3K A; 2NXJ A; 2AKW B; 4LR9 A; 4PQA A; 4X4T A; 3L9Z A; 4K4W A; 3NGD A; 3FQL A; 4M5D B; 1N5Y B; 4F4X A; 2R7T A; 3ZTO A; 3IWX A; 1CJK A; 1XIQ A; 4NX9 A; 4A8Q A; 1T0T V; 2VFS A; 1HFE L; 1S7I A; 2E5L F; 4DS5 A; 3QWU A; 1HHS A; 1RU1 A; 1A7G E; 4GC6 A; 1W2I A; 3V6D A; 4DSL A; 4GMK A; 1R0C B; 1FNX H; 3NBP A; 3BGF A; 4DQS A; 1K0V A; 3KTQ A; 3CVK A; 2RNE A; 3M6X A; 2XMA A; 1CPZ A; 2KI2 A; 1JXE A; 4LF7 F; 5C24 A; 3C46 A; 3V6K A; 1KQG B; 3BGR B; 4DQP A; 3FBC A; 3C6U A; 3S7R A; 5HP1 B; 2IIH A; 3JSM A; 1HNW J; 2DNM A; 2FPH X; 2BRL A; 4KV8 B; 2DO4 A; 1RT3 B; 4KGK A; 4PYA A; 3JSB A; 5KFF A; 4LFC F; 3I87 A; 3SV3 A; 4ED0 A; 5HO4 A; 3MM6 A; 1C0T B; 3DYA B; 3RTV A; 3LP2 B; 3D3C J; 1KLN A; 1MU2 B; 1X31 C; 4ZPW R; 3MM8 B; 3SI8 A; 5AXK A; 4FYW B; 4P7T A; 2IFX A; 2ASY A; 1ULR A; 3QRP A; 1YGY A; 1RDR A; 4O4R A; 4LBH A; 2LQ8 A; 3OVA A; 3DXB A; 4M5J A; 1XN9 A; 4QIE A; 3J7Z 5; 1FHT A; 4KQZ A; 3T6J A; 2WW8 A; 1RZM A; 3PAC A; 2XLK A; 3GB0 A; 1IN0 A; 5I42 B; 4C0H A; 1QAI A; 5ETO A; 3PJW A; 5FD1 A; 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