The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
103
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structure length |
103
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Chain Sequence |
ASGVDDDMACHKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Extended Substrate Recognition in Caspase-3 Revealed by High Resolution X-ray Structure Analysis
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Caspase-3
|
| total genus |
19
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| structure length |
103
|
| sequence length |
103
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2006-04-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HBY B; 3R7N B; 1I3O B; 2HBR B; 2DKO B; 3D6F B; 2Y0B B; 1RWX B; 2H5J B; 4DCJ B; 2H51 B; 4ZVQ B; 3RJM B; 3SIP B; 1F9E B; 2QL9 B; 3GJT B; 2CJX B; 3KJQ B; 3GJR B; 3P45 B; 2QLJ B; 2QLF B; 2CNO B; 2C1E B; 2FQQ B; 2Y1L B; 2XYP B; 1RHQ B; 4LSZ B; 2QL7 B; 3R6L B; 3R6G B; 2C2O B; 2H48 B; 3KJN B; 1PYO B; 3NS7 B; 3QNW B; 3D6M B; 4ZVR B; 1IBC B; 1ICE B; 3GJS B; 2C2Z B; 4DCP B; 2QLB B; 2XZT B; 2XYH B; 3EDQ B; 1RWO B; 1SC1 B; 5IC4 B; 1SC4 B; 4ZVS B; 1RE1 B; 3KJF B; 2HBZ B; 1RHR B; 1RWV B; 2H5I B; 3P4U B; 1RHJ B; 2CNK B; 1QTN B; 3GJQ B; 3IBC B; 3R7B B; 2H54 B; 2CJY B; 2H4W B; 3R5J B; 1RWN B; 3R7S B; 2H65 B; 4JB8 B; 1RHK B; 3IBF B; 4ZVU B; 2C2K B; 4DCO B; 2CDR B; 5K20 B; 1I51 B; 1RWM B; 1RHM B; 5IC6 B; 3D6H B; 4ZVO B; 2CNN B; 2C2M B; 3EDR B; 1PAU B; 1BMQ B; 2QL5 B; 1RHU B; 1SC3 B; 2CNL B; 2XZD B; 4ZVP B; 1RWP B; 2P2C B; 4ZVT B; 1GFW B; 2XYG B; 1RWK B; 1QDU B; 1NME B; 1RWW B; 2H4Y B; 2HBQ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TZ0 A; 3NS6 A; 5KFS A; 3I32 A; 2HEK A; 4MKV A; 1RLD A; 4TXS A; 2O66 A; 2HRY A; 2AEF A; 1KOH A; 3V2U C; 4J9U E; 2E5J A; 4WZM A; 3BKF A; 5I42 A; 3LTO A; 2W2N P; 5AE1 A; 1JLQ A; 2DHA A; 2MKI A; 2MDA A; 3RAM A; 4K0K J; 2MY8 A; 3LP2 B; 2QLX A; 1UAW A; 1XER A; 2GO9 A; 4EYI B; 4CO5 A; 1JLA B; 5EGY A; 2VZ9 A; 3A4T A; 4RW7 B; 1FXD A; 2QLW A; 5ETO A; 2CJQ A; 1SQE A; 4K4V A; 2OPQ B; 1EX8 A; 1XR7 A; 3PX0 A; 1N0U A; 1RAI B; 3ENW A; 3PHT A; 4LFB J; 4Q2M A; 1NJY A; 1FRM A; 2C2K B; 2DR7 A; 2ZHA A; 4ZPD A; 3N79 A; 2R7V A; 4DSJ A; 1AYE A; 2NUU G; 4UQT A; 1WI8 A; 4J9P A; 2ZDO A; 2FGO A; 3DYA A; 4ZS6 A; 1FFG B; 1H98 A; 3TP2 A; 2PA3 A; 1VBK A; 2VC1 A; 1FRJ A; 3KDO A; 2HQG A; 2K1R A; 1YJ7 A; 3EGW B; 5HMX A; 3BO3 A; 4FDF A; 1LWC B; 2DY9 A; 2BW2 A; 3Q86 A; 2GVZ A; 3GU0 A; 2YX7 A; 1VDH A; 4M5N A; 2GVD A; 2VG6 A; 4Y65 A; 3ZNU A; 1U1M A; 2B9E A; 4EBD A; 1AA1 B; 2OI2 A; 5I3U A; 2PFF B; 1FVS A; 1S0N A; 4EYH B; 5ADZ A; 2XMJ A; 3PV8 A; 1VIO A; 5K9F A; 2CPJ A; 1KEK A; 3QJL A; 2BKN A; 1FI4 A; 1HNX F; 1KD1 T; 1J2V A; 1DRZ A; 4OHX A; 3LP0 B; 2IJN A; 4F0H A; 1X4F A; 3HFK A; 2GS8 A; 5KFG A; 3UVJ B; 2C2R A; 1M5P C; 2LXF A; 3IAM 9; 3ILL A; 2YKN A; 1KS2 A; 2ZZN A; 2E1A A; 3ISZ A; 2QMX A; 1QY7 A; 3MAQ A; 3PRB A; 3JQM A; 3HKW A; 3KHH A; 4R5P B; 4LF8 J; 1LWF B; 2DNN A; 3G82 B; 2LU2 A; 4AQY J; 1RTH A; 2KXN B; 2R2S A; 4OZ0 A; 3PHE A; 1RDR A; 1U6F A; 2OIH A; 1YIJ S; 2VQF J; 4PUO A; 5D6G A; 3RBX A; 5KFJ A; 2CJX B; 1FXL A; 4Q0B B; 4LF2 A; 2MQ8 A; 3MPV A; 2JC0 A; 5EX3 A; 1LEO A; 5C24 A; 3L9Z A; 5HQ8 A; 4X4O A; 3OTO J; 3KHR A; 5AXN A; 1HWJ A; 4L76 A; 5L9X A; 4DF8 A; 2DGO A; 4M5K A; 3FMB A; 2AEJ A; 4KGK A; 1TK8 A; 3FFI B; 2CZ4 A; 6FD1 A; 5K8P A; 4HVZ A; 1HPZ A; 2IRX A; 2DNR A; 1EJ7 L; 2UUC F; 3QGG A; 5KFI A; 1S79 A; 2DXE A; 4DV1 F; 2HHQ A; 3I31 A; 4K4U A; 1HQU B; 3EGN A; 1RT7 B; 4ZDN A; 4QIF A; 4JI1 J; 1OY9 A; 2RQ4 A; 2FVP A; 3ISN D; 4NCA A; 2MZQ A; 3FSI A; 2J0S D; 3E8O A; 3IFE A; 1VK8 A; 1R8P A; 2OSQ A; 3DDI A; 4LRE A; 5HMW A; 3GSD A; 3DDK A; 4DL7 A; 4QWC A; 2VD3 A; 3V81 A; 3TZZ A; 3RUB L; 1P6T A; 3TZY A; 1AB8 A; 1I5O B; 2X51 A; 5HJY A; 1R8A A; 3CNQ P; 3EM1 A; 4EZ9 A; 4KC5 A; 4KRW A; 2IFX A; 4XPE A; 2WAQ D; 2IMO A; 4ZCL A; 1RKI A; 2DIT A; 3MPW A; 1T9U A; 3BBF A; 3VHQ A; 3KWM A; 4C7Q A; 2UVR A; 4DUZ J; 9RUB A; 4J37 A; 4NEZ A; 4C3M A; 1VC6 A; 1N0V C; 1WKK A; 1RAD B; 2YNF B; 4K8R A; 3ETO A; 1VJQ A; 5J2P B; 2AP6 A; 5FII A; 1HMV A; 3POT B; 3FCW A; 3ZFV A; 3KUH A; 3QFW A; 1CJT A; 3LF0 A; 2LA6 A; 3MFH A; 1VIS A; 3PJX A; 1XWL A; 1I1G A; 2FLL A; 2DYA A; 3TZX A; 1K0T A; 2I9S A; 3A8J A; 3I0S B; 1XK8 A; 1LFW A; 4FN5 A; 3IXQ A; 5KOX A; 1YJT A; 4B9N A; 3NG8 A; 4CT9 A; 1PCA A; 5CAB A; 2AIR B; 2Z2Y B; 1KC8 T; 1X60 A; 4F3O A; 2G1D A; 2QLF B; 4ZPC A; 5BYQ A; 2OD4 A; 3PEH A; 5IZH A; 5B09 A; 1SL0 A; 1RT3 B; 1ZM4 A; 1V3R A; 3EE3 A; 4LQ3 A; 5CYQ A; 3CMA S; 3WIV A; 1FKA F; 2FHJ A; 1JX4 A; 5HAO A; 2I6W A; 1D8Z A; 4CYU B; 3D3C J; 2CIM A; 3CJT A; 3SQG A; 2NYH A; 4MKY A; 1CSJ A; 2J0W A; 1RYR A; 4N8O A; 2ASL A; 1IKV B; 1ZZN A; 1UKU A; 3MEC A; 1IM6 A; 4BWM A; 2HNZ A; 4ZVO B; 4DR6 J; 4ES3 A; 1GXT A; 4NRT A; 2DO0 A; 1GK8 A; 2BQU A; 2RUS A; 4OX9 F; 3CDW A; 3O5T B; 2W7P A; 4ECQ A; 2OLW A; 4WKY A; 3FNN A; 2UXC F; 5HRO B; 2NXU A; 4EBC A; 4QYZ K; 2V2V A; 3UFC X; 2YX4 A; 3F41 A; 3TUJ C; 3TW0 A; 3QAE A; 4ES1 A; 3EPG A; 1XN9 A; 1V3S A; 4P52 A; 2BRL A; 3GYX B; 4C3L A; 5M2R A; 1WKL A; 4CLU A; 5EDW A; 3OV7 A; 1BQX A; 3GJS B; 3ELH A; 4OHY A; 3DM2 A; 2RT3 A; 5LT5 A; 2ZNZ A; 1OQ6 A; 2MZR A; 4AT1 B; 3L4B C; 2GHW A; 4CLF A; 1M0S A; 2B9W A; 2EFV A; 3SYZ A; 3W5Z A; 4WFB Q; 4LF5 J; 1OJ4 A; 4DR4 J; 2IIH A; 3IR5 B; 2GIQ A; 2V4J B; 1RTJ B; 1WD6 A; 3K57 A; 8RUC A; 5J2N A; 3M6U A; 4NCG B; 3LH2 S; 1AFI A; 3AJ1 A; 3F0N A; 4IFY B; 1M5O C; 4D3G A; 4RUB A; 2HWH A; 1KQS R; 2FPH X; 1PJ6 A; 3W66 A; 4CO1 A; 4B3R J; 1G2E A; 4DFK A; 3KK2 A; 2LEC A; 3D7S B; 3PCO B; 4AL7 A; 3KMS A; 1N36 J; 2Z0G A; 2BV3 A; 3D6M B; 3DOL A; 4HEA 9; 4H4O B; 1VS3 A; 1BD6 A; 4A8O A; 2YNG B; 3G87 A; 4UOG A; 1X9S A; 1HBN A; 2F1F A; 1R31 A; 3SEO A; 5KFD A; 2PMW A; 4TY8 A; 3PR4 A; 2KVQ E; 2VPX B; 1T03 B; 1APS A; 4L72 B; 4RWW A; 2CPI A; 1VRQ C; 3X3U A; 1ROF A; 2C28 A; 2XY5 A; 3GIK A; 1D0E A; 2NSC A; 2FYX A; 2UUB F; 3CJ4 A; 3ETM A; 4B9U A; 4DR2 F; 3GYG A; 2AYM A; 1SH2 A; 3KK3 A; 1GAO A; 3MUR P; 1EIY B; 3PYG A; 4DL5 A; 3P6Y C; 1T02 A; 3RB6 A; 1YKW A; 2IC3 A; 1SQF A; 1YJR A; 3PEJ A; 3MAH A; 3M2R B; 3Q2S C; 1SIZ A; 3M4X A; 1NEE A; 4B3O B; 4A8X A; 2W25 A; 1UW4 A; 4X2B A; 5ETL A; 2C1E B; 2IM3 A; 5GAH I; 2J0X A; 3DLJ A; 4J90 A; 2ILY A; 4HDG A; 1LNQ A; 2P6T A; 3VTI A; 5A2Q Y; 2EKN A; 2HHT A; 5DZ6 A; 2ZH7 A; 3V4M A; 1NH7 A; 1JNZ B; 2A6M A; 3J7Y U; 5DET A; 1XNR F; 1BQN A; 4I2Q A; 3BO2 A; 3V6J A; 2RIJ A; 4DSI A; 3AB4 B; 3SV3 A; 1GTH A; 2LEA A; 3Q8V A; 3HVR A; 2X1B A; 2UXB F; 1ULR A; 1KLM A; 4P2F A; 3HUL A; 1TL5 A; 2W01 A; 2HS0 A; 1M5H A; 2HMI A; 2F4V F; 4AL5 A; 4DQQ A; 4JYA J; 2R7O A; 4FPR A; 2F9J A; 3DXB A; 4B9L A; 3SIP B; 3RB4 A; 2JLG A; 4O4R A; 4JI0 F; 4ZLN A; 1IKY A; 1CJU A; 3OUY B; 2R2U A; 4QQB A; 2AGO A; 4G1I A; 1X0F A; 1PYO B; 2ZNY A; 3ADA C; 5KFE A; 4LSN A; 2W1B A; 4YY3 F; 1GT8 A; 3QBC A; 4J7C A; 1L3U A; 1IBL J; 2M4M A; 2VIC A; 5HMY A; 3TNV A; 2MXY A; 2PDA A; 1YRT A; 2KT3 A; 4PWU A; 2HND A; 2RAQ A; 2HWT A; 5B0E A; 4NE9 C; 3FUY A; 1SV5 B; 2KH9 A; 2VKZ G; 4FKY A; 3CDE A; 3CCV S; 3UE2 A; 3PO5 A; 2QC3 A; 1R0B G; 2Q6B A; 5L1J A; 3WX8 A; 5ETQ A; 2JJ4 D; 4HH1 A; 2GV1 A; 2B9X A; 1AZS B; 2CWK A; 1EHW A; 3HD2 A; 2BOA A; 4WPA A; 2XO7 A; 1MU2 B; 2XGQ A; 2KL8 A; 3D6F B; 4DR7 J; 2C3P A; 3DI6 B; 1X7V A; 4CM0 A; 2QA2 A; 4N8N A; 2HRU A; 1K44 A; 2EFQ A; 4BC9 A; 2XS7 A; 4F0M A; 2F5G A; 4GMK A; 1FKO B; 5JUM A; 1L3T A; 1S1X A; 1UZD A; 4UUX A; 5KFV A; 5AXL A; 4QWE A; 3DHW C; 1VQ4 S; 1WHV A; 3KJF B; 4ED3 A; 2F8H A; 1EP4 A; 2B4O A; 4XIU A; 1NJW A; 3BR8 A; 5D15 A; 2ROG A; 5IQQ A; 1OSC A; 1Q79 A; 3EVM A; 1MW7 A; 3GR0 A; 1HWI A; 2WVD A; 3KK1 B; 4ZLP A; 4I1T A; 4F7V A; 3HI9 A; 4ZIW A; 2CZ9 A; 3VGV A; 4EWT A; 1E6Y A; 1SXL A; 2X7I A; 4DWI A; 1RGV A; 1X4D A; 2HFU A; 4PXB A; 4WCE Q; 3J81 Y; 1HWU A; 1SVD A; 2CPH A; 2Y0B B; 3Q2T C; 2VPZ B; 5HAT A; 1X31 C; 2BJ1 A; 2JSX A; 2DNH A; 1HBU B; 1QUP A; 1NKC A; 2QO3 A; 4ZP9 A; 2W9B B; 1X4B A; 3P49 B; 1JKH B; 3G4S S; 4Q44 A; 1U47 A; 1Q0N A; 3BM7 A; 5A8R A; 4NYP A; 3RG6 A; 5K5M A; 3NS7 B; 5F41 A; 2VFS A; 3NCQ A; 3R5G A; 2FZG B; 2J7W A; 3DU6 A; 1S9G A; 4DR5 F; 2PA8 D; 9ATC B; 4NLD A; 2ZEJ A; 5KT7 A; 2Y0S D; 1P27 B; 5DGB A; 3PJW A; 3CE8 A; 1N5Y B; 1RHJ B; 2BJ7 A; 3M8P A; 3CJ5 A; 5LXY A; 4B3T J; 2FTR A; 1VRU B; 3MMC A; 2H65 B; 4KFB B; 2XLJ A; 2MQM A; 1FFW B; 4RBU A; 4OFZ A; 1EQ0 A; 1F0X A; 2HLT A; 4EU0 A; 3AH6 A; 3GV5 B; 4I2P B; 1L5U A; 2RHQ B; 2V34 A; 4ECY A; 4RPF A; 3R7N B; 2YTC A; 1F5A A; 2FZK B; 1U48 A; 1NK7 A; 1T95 A; 2HIQ A; 2VG5 B; 2ZZM A; 2W2O P; 3HZG A; 1FCA A; 5JMN A; 4H4M A; 1P9Y A; 2DGU A; 2QL7 B; 2HHH J; 1KKH A; 2MMY A; 3MM6 B; 4OYO A; 4ZVR B; 5IV3 A; 5AJ3 F; 2ZOM A; 3DLG B; 4A47 A; 3MAA A; 1HHQ A; 2ZBC A; 2ZKU A; 3DYA B; 1Y4Z B; 3CJ3 A; 2RU3 A; 4W98 A; 2D1C A; 2BAN A; 2GIF A; 2ZH1 A; 2G0I A; 3I6P A; 1WKJ A; 4V19 J; 1Z2L A; 4CLY A; 2DHX A; 2XMW A; 2OEK A; 3JYT B; 3BZQ A; 2ZVS A; 2OKQ A; 2K1R B; 2Y8Y A; 4DF4 A; 1ACM B; 2JDJ A; 3MM8 A; 3NNC A; 4Q43 A; 2HQI A; 3PW0 A; 1NK4 A; 4J5O A; 4DV5 J; 4C8Y A; 2PI4 A; 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2CDR B; 1Q8I A; 3W2V A; 3ENQ A; 1KVJ A; 4ID8 A; 3FQL A; 4TNO A; 2VAS A; 3K58 A; 1HQE B; 2IJF A; 2DTJ A; 3Q24 A; 2JEG A; 1M5V C; 2Y9H A; 4Y2C A; 4BC7 A; 4Y28 C; 3M9N B; 4DR4 F; 2OD6 A; 3ZTR A; 1S0M A; 2CFX A; 2LQB A; 1D9F A; 2BJ9 A; 3PIP Q; 2BE9 B; 2HQC A; 5ETP A; 2FIU A; 2AYG A; 1EET A; 4GVB A; 5JJB A; 3JAM Y; 1IBK J; 3CGI A; 3AXK A; 1C0T A; 4OYW A; 1H72 C; 3SZ2 A; 1T05 A; 3RR8 A; 1HNI A; 2QEX S; 2ZC3 A; 2ILZ A; 5DLF A; 1SL1 A; 1M1H A; 3MMA B; 1X5T A; 2BUN A; 1VBX A; 1S9F A; 1UPP A; 4LIW A; 2GCF A; 2DGV A; 4CRJ A; 4JI7 F; 2MJN A; 3AOD A; 2VBY A; 2EEY A; 4ITS A; 1VC5 A; 2R9L A; 4MIW A; 1Z1Z A; 4JI2 F; 1WHX A; 3AOA A; 5DG8 A; 4USH A; 4MKA A; 2GAH C; 1UVJ A; 3PIO Q; 3S6E A; 4M1K A; 1HWL A; 1GFW B; 4J9Q A; 1F6T A; 2RDD A; 1QTM A; 2GNK A; 2BOP A; 2LMI A; 4YUD A; 4WYL A; 3K59 A; 2QE5 A; 4QPT A; 1NZA A; 3D2W A; 2CPD A; 1YI2 S; 2OPP B; 1WC5 A; 1S4E A; 3MEE A; 4UOF A; 2YWW A; 3OFF A; 3O3L A; 3D66 A; 2ZZT A; 3MR6 A; 1T11 A; 1T9T A; 3MEC B; 4G1Q A; 5D78 A; 2B4V A; 1VQO S; 3MCN A; 3M30 B; 4I6Y A; 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