The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
|
sequence length |
103
|
structure length |
103
|
Chain Sequence |
ASGVDDDMACHKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Extended Substrate Recognition in Caspase-3 Revealed by High Resolution X-ray Structure Analysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-3
|
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
19
|
| structure length |
103
|
| sequence length |
103
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2006-04-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NME B; 1GFW B; 3GJS B; 5IC6 B; 5IC4 B; 4ZVQ B; 3NS7 B; 3SIP B; 2HBY B; 2H5J B; 2P2C B; 2H65 B; 2H54 B; 2DKO B; 2QLF B; 1I51 B; 3EDR B; 4ZVO B; 2C2K B; 1PAU B; 3KJQ B; 3D6H B; 4ZVT B; 3D6M B; 2C2M B; 1RHR B; 2QL9 B; 2QL7 B; 1RHU B; 3KJN B; 2QLB B; 4ZVR B; 3GJR B; 1RWX B; 1RHJ B; 1BMQ B; 2CNN B; 2QL5 B; 3IBC B; 1RHM B; 3P4U B; 4DCJ B; 2XYP B; 1RWM B; 4DCO B; 2QLJ B; 2HBQ B; 1PYO B; 1QTN B; 1RWK B; 2CNL B; 2H48 B; 2FQQ B; 1RWN B; 2C2O B; 3R6L B; 1F9E B; 1RWW B; 1RHK B; 1RWV B; 3P45 B; 3R6G B; 1RWP B; 3R7S B; 3GJT B; 1IBC B; 3D6F B; 3R7B B; 1ICE B; 3EDQ B; 2H4Y B; 2CNK B; 2HBZ B; 2CJX B; 4LSZ B; 2XYH B; 1I3O B; 3IBF B; 1RWO B; 3QNW B; 4ZVS B; 2XZD B; 2C1E B; 2XYG B; 5K20 B; 2Y1L B; 2XZT B; 2Y0B B; 1SC4 B; 2HBR B; 1RE1 B; 4ZVU B; 2H51 B; 2H5I B; 4ZVP B; 2H4W B; 2CNO B; 1QDU B; 4JB8 B; 2CDR B; 3R5J B; 2C2Z B; 3RJM B; 1RHQ B; 4DCP B; 3R7N B; 1SC1 B; 3KJF B; 1SC3 B; 3GJQ B; 2CJY B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1G4C A; 1H2V Z; 1SPB P; 3UWT A; 5KFF A; 2R42 A; 2OSR A; 2HHH F; 4NLD A; 3GII A; 2MY7 A; 2I1R A; 1ZPW X; 4U7U D; 1RTJ B; 4KH1 B; 2VG5 B; 3VF0 B; 4UW2 A; 4NXN J; 2BQU A; 2CAD A; 2BJE A; 2FZK B; 2KJV A; 2ZH7 A; 1F60 B; 2L3M A; 3DNC A; 4QCL A; 4IKA A; 4UY8 5; 1QTM A; 4RUC A; 2DR8 A; 3DYA B; 2POK A; 4BLG A; 4I69 A; 2CRL A; 2HND A; 2DGQ A; 4KKO B; 4MKA A; 4ECQ A; 4ED4 A; 4YHH F; 1M5V C; 2PC6 A; 3HO1 A; 2GMJ A; 4DR7 F; 3PIO Q; 5GAE I; 3IBF B; 4Y2C A; 3I5B A; 1X0F A; 2FD2 A; 3U1M A; 4I68 A; 2XI2 A; 2P9G A; 2F65 A; 1M1K T; 4FYY B; 3QRP A; 3GIM A; 1JLF A; 2D9O A; 4HEA 9; 2HHP A; 4KH0 B; 1SC1 B; 1JLQ B; 2JEJ A; 4TYA A; 4RNO A; 1DQ8 A; 4S0M A; 2C3M A; 2AKW B; 1RT5 A; 3QWP A; 3CD6 S; 3K7R A; 1O51 A; 2LQ9 A; 1TVR A; 3ZZT A; 1VBX A; 3F56 A; 3NMR A; 2VBY A; 2GFF A; 4GKK J; 3DDI A; 2E1M C; 2YNG B; 4ZPW R; 1S99 A; 2HUR A; 4OX6 A; 5L1K A; 1HPZ A; 4KV8 A; 3QO9 A; 2W4P A; 3LO3 A; 1RWM B; 4C8Z A; 2ATC B; 3TAQ A; 1HD1 A; 2KYX A; 1CPZ A; 2F4V F; 1QUP A; 3OLA A; 3FC9 A; 3SQG A; 1X31 C; 2U1A A; 3PKY A; 4LF8 J; 2WB1 D; 4KPC A; 4AE5 A; 2DGX A; 4JV0 A; 2E7W A; 3BKT A; 4TY8 A; 3PW0 A; 2WBM A; 3GR0 A; 4B3T F; 4XPE A; 2VG7 B; 3BN7 A; 4WE1 A; 1BC6 A; 1QDU B; 4ZJO A; 5HP1 A; 1XQI A; 3R5G A; 1HBU B; 5C24 B; 1IVZ A; 4KO0 A; 1IBK J; 5T7L A; 4X4T A; 1JJ4 A; 5KFA A; 2GJI A; 3EGN A; 3AQO A; 1F9F A; 2RJZ A; 3SSQ A; 2UUC J; 3SXL A; 1AUS L; 4CYU B; 4LRE A; 3AJ1 A; 2V63 A; 3KLG A; 2Z2Y B; 2ZVS A; 2XNR A; 2VON A; 3UD5 A; 4DPU A; 1CUL A; 3DXS X; 4O3O A; 4M5D B; 1HBO B; 4M95 A; 3M6U A; 2CJB A; 3RB6 A; 4F3Q A; 2N7Y A; 2BOA A; 1RWP B; 1FJ7 A; 2A18 A; 2HKE A; 3R7S B; 3OHB A; 1SL1 A; 2IBK A; 1WKL A; 1IUJ A; 2HBZ B; 2GML A; 3T5J A; 4RKU C; 1KVK A; 3ISN D; 1N8R T; 3KOA A; 4ZIV A; 3GIJ A; 1N56 A; 2ADB A; 2Z30 B; 1RTJ A; 5I42 B; 2YKM B; 4ZHR B; 2VG5 A; 4P75 A; 5KFY A; 3QJL A; 5CHC B; 3V6D B; 2VQE F; 1JK9 B; 3DYA A; 1KNZ A; 1FDA A; 3ZZZ A; 3VAG A; 4KKO A; 1SV5 B; 4JI5 F; 3QWU A; 2WSC C; 1AFI A; 2UUA F; 2EFV A; 4N56 A; 2XMW A; 2VOD A; 4QPX A; 4Q8E A; 5L46 A; 4NL5 A; 3OTC A; 2EFQ A; 7FD1 A; 4DQS A; 2E1C A; 3EX7 B; 3DHX A; 2OPS B; 2LQJ A; 5F8L A; 3ZO7 A; 1RAH B; 5IQQ A; 3IWL A; 2W4D A; 1SJ1 A; 1JXL A; 2C42 A; 4N76 A; 1JLQ A; 2BJ9 A; 2ZC3 A; 1HW9 A; 2YKP A; 4ZPD A; 4TNO A; 1VRQ C; 4FF1 A; 1OYD A; 3M05 A; 5IM0 B; 2D3O 1; 3AA9 A; 3SYZ A; 2FLN A; 1HQE B; 4URQ U; 2FHJ D; 4KGM A; 4Z7C A; 2N3O A; 1GT8 A; 2YNG A; 2ZUG A; 4WP8 A; 1HWU A; 2HYI B; 4NA1 A; 5IC6 B; 1RZM A; 2DIT A; 3R5D A; 1LXJ A; 2DNR A; 3A1Y G; 4Y2K A; 2L08 A; 4HVZ A; 2UUB J; 2DVI A; 2GHV C; 2OFH X; 3ULH A; 3QSY B; 1RHJ B; 4CI0 B; 1TL4 A; 2VG7 A; 2ZH8 A; 3HVR A; 1FVS A; 2CQD A; 5U47 A; 1UA0 A; 5CZV A; 2P9C A; 3OXG A; 1HBU A; 1UFL A; 5C24 A; 2E29 A; 4NA3 A; 4NZ7 A; 1KFS A; 1UET A; 1XN9 A; 3CD5 A; 2JX2 A; 2PE8 A; 3K5O A; 5KT4 A; 2EWH A; 3LOU A; 1CBK A; 3ZTR A; 2MMY A; 2YNI B; 3PY8 A; 1GK8 A; 4TN2 A; 4CYU A; 3ZZO A; 4WFX A; 1TL5 A; 4MTP A; 3VGU A; 4OX8 A; 1K0T A; 3EGW B; 4P10 A; 1CG2 A; 4YOE A; 2E5I A; 4NAS A; 3MI7 X; 1DQA A; 2BV3 A; 2E1R A; 4M5D A; 1HBO A; 2QSF A; 4PYA A; 5DET A; 4YR3 A; 1NH7 A; 4TYB A; 2C3U A; 3TZX A; 1RTZ A; 4KYZ A; 1N33 J; 4F4X A; 3NXZ A; 2FJV A; 2W9A A; 2ZNZ A; 2WOM B; 4I6Y A; 2HHS A; 2VV5 A; 4H4M B; 5KFM A; 3V5R A; 1U25 A; 2WVF A; 5I42 A; 2YKM A; 4ZHR A; 1NPP A; 4JI6 J; 3VHQ A; 2RIJ A; 3N79 A; 3V6D A; 1GMW D; 4HHH A; 2ZBQ A; 5CAA A; 4LVN P; 3HFZ B; 4KHP J; 1U0S A; 1SV5 A; 2GS8 A; 2Y0S D; 1RBO B; 2D9P A; 4DL7 A; 4DU7 A; 2X3G A; 1VFJ A; 1CJK B; 3MR5 A; 1R8B A; 4NEY A; 3FZB A; 2B8P A; 3PW4 A; 3QIP B; 1NME B; 9RUB A; 1IR2 A; 5AJ3 F; 5KFR A; 4GVB B; 2VA2 A; 2OPS A; 4HL9 A; 3TA2 A; 3A8E A; 2AJ4 A; 4A8W A; 3B6B A; 1SKW A; 2X1B A; 2C2K B; 5A8W B; 2B4V A; 4EUV A; 3D0G E; 4DFJ A; 3J7A N; 2X3D A; 2ZJR Q; 5IM0 A; 4PPD A; 1EB0 A; 3ZNJ 1; 1HAR A; 2CQ2 A; 1HQE A; 4NA2 A; 3R5A A; 1VC5 A; 3P8B B; 2PI4 A; 2RQ4 A; 2CVE A; 1FA0 A; 2R7W A; 3G6E S; 5LMU F; 2HVE A; 2AYE A; 2R2S A; 1AUD A; 4A8M P; 1S1U B; 1S7I A; 4B08 A; 1S0V A; 5L9N A; 5ETQ A; 5D4L A; 2XC9 A; 1WOP A; 2OSQ A; 3NCQ A; 1RHQ B; 4K4X A; 2B6A B; 3R7N B; 2E9R X; 4RBV A; 2BAB A; 3R3T A; 3MFI A; 2XHC A; 4FDF A; 5EWG A; 3BM7 A; 2ZZN A; 1I94 F; 1WHV A; 3QGG A; 1BHN A; 4ZVT B; 3L7U A; 4A48 A; 3O1L A; 1TUG B; 5ETP A; 1PG5 B; 1YZ6 A; 4MIW A; 2K1R B; 3TQE A; 3D3C J; 2VIC A; 4R8U B; 2XLI A; 1M1H A; 2YNI A; 3E51 A; 1JXE A; 2RKI B; 3JSY A; 4USM A; 5A6P A; 2B8Q A; 2NRE A; 2M8H A; 3ETO A; 4ALZ A; 4FYX B; 2BQ3 A; 3M1V B; 2FJX A; 3JSR A; 3DMJ B; 4AL7 A; 1AA1 B; 3OW2 R; 1X5T A; 3IAM 9; 1QM9 A; 1BUX A; 1ZAV A; 3KFW X; 2E1A A; 3OVA A; 4C9D A; 2EFG A; 2OD6 A; 3BGR B; 2ATL A; 1D1U A; 4EGL A; 3RB0 A; 4J9Q A; 1U0H B; 2P6S A; 2QZ8 A; 1QVG R; 4P72 A; 3H59 A; 3CMQ A; 2WOM A; 2GQQ A; 4NOH A; 2JVO A; 2COL A; 4H4M A; 1APS A; 2P6T A; 2VH7 A; 2J5A A; 3M9O B; 4DPY A; 3N4W A; 3BN4 A; 2Z56 B; 1UVL A; 4LFB F; 1XK8 A; 2I0X A; 1WUU A; 1U2F A; 3JTN A; 1DTT B; 2EG1 A; 3LA0 A; 3CO9 A; 3HHD A; 3HLU A; 3GB0 A; 1HA1 A; 1PYO B; 1WEL A; 1A6L A; 1CJK A; 3MMJ A; 3WC2 A; 1SCJ B; 1CQN A; 1OSD A; 1G2E A; 4K4U A; 3FEZ A; 3QIP A; 4HDH A; 1MN7 A; 3BPS P; 1RWO B; 4GVB A; 5FJ4 A; 1XER A; 1U49 A; 3MR6 A; 4P7T A; 2D3Z A; 4O4G B; 2MQO A; 1RE1 B; 2QMU B; 3H2V E; 1S4F A; 5GMK a; 5A8W A; 2RDJ A; 2HS4 A; 3NEK A; 3UN3 A; 4NXN F; 4DPT A; 3KJF B; 3KMQ A; 2QC3 A; 3PO5 A; 3KG1 A; 3OUY B; 3KWM A; 2XQC A; 3RBD A; 2BDP A; 2MKH A; 5KFE A; 4KJI A; 4J9M A; 2VIH A; 4G3I A; 3D6M B; 3MAQ A; 3I32 A; 1HQ2 A; 1ZM9 A; 3KK3 B; 2Q6C A; 3PRV A; 5HI7 A; 1X5P A; 2BX6 A; 2GZO A; 3O44 A; 3MD3 A; 1S1U A; 5GME A; 2YNH B; 2M52 A; 3TEH B; 3P45 B; 3DLK B; 4PG4 A; 2OTL S; 2B6A A; 3GJT B; 4RU9 A; 2DNN A; 3W3S A; 1KRP A; 2DBB A; 4WF9 Q; 1NK8 A; 1B3T A; 3N0V A; 2HHV A; 2V8V A; 1ROF A; 1GMU A; 2IDL A; 3E01 B; 2Z4P A; 4FBT A; 1J5O B; 1WG4 A; 2FHO B; 2IA0 A; 3ET6 B; 2QLW A; 1H2U X; 2NZC A; 4Q7A A; 3PO4 A; 2VUG A; 3CJR A; 4E8U A; 2I8E A; 4G1P A; 1NZ8 A; 3CJ3 A; 4GKK F; 1RLC L; 1HNZ J; 2ZH1 A; 1M5S A; 1BQM B; 2K1R A; 4L3N A; 3W7B A; 4XK8 C; 2DYA A; 3NBP B; 3DLL Q; 4KRW A; 4R8U A; 4F3M A; 2HBY B; 1S1V B; 1IR0 A; 3GPA A; 3CGI A; 1LW0 B; 3Q22 A; 3R2D J; 3MR7 A; 2RKI A; 3HVT B; 1SKR A; 1FX2 A; 1C4C A; 3ITH B; 4CIO A; 2F8H A; 3EYZ A; 3TVY A; 4A8F A; 4LF8 F; 4WBF A; 1ZM4 A; 1EHW A; 3M1V A; 2MJN A; 3Q0A A; 3E3X A; 4U8Y A; 3MUM P; 3DMJ A; 4L76 A; 2KXN B; 4PXC A; 4U9R A; 2QV6 A; 2AX0 A; 2GHW A; 1SH2 A; 1WOO A; 2H48 B; 4C8M A; 1R31 A; 1QD1 A; 2W2P P; 1TUW A; 3BGR A; 4GMK A; 2DH9 A; 2HFU A; 1LWE B; 4ZPC A; 1U0H A; 2LXU A; 2JWN A; 3IS9 B; 1IBK F; 2M3D A; 1FFS B; 4DR6 J; 3SEO A; 3OJS A; 2VFS A; 2NXC A; 4UZB A; 4ZVS B; 2ZZM A; 5DJB A; 2JOQ A; 2FZG B; 1U09 A; 3BGL A; 3QT7 A; 2YKA A; 2JEF A; 1HMV A; 2KZM A; 2UUC F; 2FY8 A; 3CCZ A; 1LFP A; 1VS3 A; 2RHQ B; 2MZ1 A; 2KT3 A; 2DGO A; 4OFZ A; 1DTT A; 3K59 A; 4FKX A; 4J5O A; 2ZKT A; 4KQZ A; 4TU8 A; 3O5T B; 4OYX A; 3DKD A; 4J9O A; 3PHE A; 4DG1 B; 3N6M A; 3HFK A; 1X60 A; 1RCO B; 1TL7 B; 1HNV B; 1NBE B; 4TQR A; 4J9P A; 2IPO B; 4DV6 J; 2V9K A; 4Z2X A; 1C0T B; 4O4G A; 2GAH C; 5IV3 A; 3SQO P; 1U02 A; 4ZCM A; 4H4O B; 2ZUA A; 3OL6 A; 3QGI A; 5F3Z A; 5LSL A; 2QG9 B; 4NLW A; 5I3Q A; 2WVE A; 2AJ2 A; 4P2X A; 3RUB L; 4QPT A; 2MKY A; 4ZVH A; 4YY3 J; 1UPP A; 5D6G A; 3HT0 A; 2FVR A; 3FFI B; 1DHM A; 3OUY A; 4QIG A; 5DGA A; 1Y5I B; 4K5S A; 1TAU A; 3CSK A; 1KVI A; 1WHW A; 4IOC Q; 3EPI A; 3AD9 C; 1S6U A; 2KRR A; 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2IC3 B; 2M8D B; 3IS9 A; 4EK2 A; 2QL5 B; 1CJT B; 1KS2 A; 2PN6 A; 4M94 A; 3ETM A; 3HD1 A; 1TKT B; 2KI2 A; 3TJ8 A; 3U7J A; 2C2O B; 1H2T Z; 3LWL A; 1MMD A; 5J2Q B; 4UST A; 2DIV A; 1EKR A; 4LFC J; 5C2G A; 3GV8 B; 1U1N A; 2JZ5 A; 2OUG A; 3VAL A; 4M5K A; 2DPJ A; 1ZZN A; 3D1Q A; 2V94 A; 3PV8 A; 2H3E B; 1TEL A; 2Y9H A; 2VKZ G; 4A8Y A; 4CO4 A; 1M0S A; 4TKT A; 4IYQ A; 1MLA A; 4FP9 A; 5E3C A; 4HAC B; 2C1E B; 2E9Z A; 2UVU A; 1VHI A; 2ZHO A; 2DH7 A; 4CLF A; 2ZJP Q; 1UFK A; 4DL3 A; 3C66 A; 4DG1 A; 4BC9 A; 1X9M A; 4K0K J; 1XC9 A; 4DQP A; 1N33 F; 3QJP A; 4IR1 A; 2VBZ A; 2RU9 A; 1TL7 A; 1HNV A; 1SJ3 P; 3QJJ A; 3G96 A; 3TRG A; 1AYE A; 1HI8 A; 2GAG C; 3AB4 B; 3EPG A; 1C0T A; 5F8N A; 3M2U B; 4H4O A; 3PR4 A; 2N82 B; 2BR0 A; 3ZFV A; 3H40 A; 3CJ5 A; 1HW8 A; 3SBM A; 4LF4 J; 4JI6 F; 2HRY A; 3WIU A; 4GC7 A; 4QIF A; 1B7F A; 4FVM A; 3W9I A; 2DRD A; 1JLG A; 3B8H A; 3FFI A; 3GYX B; 4EBC A; 3CDB A; 1EKS A; 2CJ9 A; 4C3M A; 4Q8F A; 4EYI B; 3JXO A; 3PYF A; 4KHP F; 3T6B A; 3CDE A; 1L3V A; 2FGC A; 1WI6 A; 3KUG A; 2CZ9 A; 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