The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
92
|
structure length |
92
|
Chain Sequence |
KIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Extended Substrate Recognition in Caspase-3 Revealed by High Resolution X-Ray Structure Analysis
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
CASPASE-3
|
| total genus |
19
|
| structure length |
92
|
| sequence length |
92
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2006-04-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3KJN B; 1RHM B; 5IC6 B; 1RWW B; 1SC3 B; 3QNW B; 2C2K B; 1RHR B; 2FQQ B; 2HBQ B; 3KJQ B; 3IBC B; 2QL7 B; 2C1E B; 3R6G B; 3SIP B; 4DCJ B; 1RHQ B; 2H4Y B; 2CNN B; 4ZVU B; 2XZD B; 5K20 B; 3GJT B; 2Y0B B; 4JB8 B; 5IC4 B; 3D6F B; 4ZVQ B; 4ZVT B; 1RWO B; 2XYH B; 1QDU B; 3GJS B; 2C2Z B; 3EDQ B; 3GJQ B; 2QL9 B; 3NS7 B; 1RHK B; 3R5J B; 4LSZ B; 1RWN B; 1RWP B; 2XYG B; 2CNO B; 2XYP B; 2CJX B; 1I3O B; 1F9E B; 3EDR B; 2C2O B; 2H5J B; 3KJF B; 3R7B B; 1SC4 B; 1QTN B; 2HBY B; 2Y1L B; 2H51 B; 1SC1 B; 1BMQ B; 2CJY B; 2H54 B; 4ZVS B; 1RWX B; 3R6L B; 2XZT B; 1PYO B; 3RJM B; 2H5I B; 4DCO B; 2QLB B; 2CNK B; 2QL5 B; 2QLJ B; 4ZVR B; 1NME B; 3R7S B; 4DCP B; 1IBC B; 3R7N B; 2QLF B; 3P45 B; 2H4W B; 1ICE B; 4ZVP B; 2H65 B; 3D6M B; 1RHJ B; 3IBF B; 1GFW B; 2H48 B; 1RWK B; 2C2M B; 2P2C B; 2HBZ B; 1RWV B; 1RE1 B; 2CNL B; 4ZVO B; 2DKO B; 2CDR B; 1PAU B; 1I51 B; 1RWM B; 3GJR B; 3P4U B; 1RHU B; 2HBR B; 3D6H B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HI0 P; 2V6A A; 2WVF A; 2V4Q A; 1SPB P; 1YVF A; 1PCA A; 4A8O A; 5DQH A; 1H2V Z; 2BOA A; 4V19 J; 4DR4 F; 2AIR B; 2MKK A; 3GJQ B; 2KH9 A; 4LSZ B; 4DV2 J; 4WXO A; 3SCI E; 2AD9 A; 4M8L A; 2B8Q A; 2OPS A; 3VAK A; 1LWX A; 3A12 A; 1L5U A; 1JLC A; 1K1S A; 3PYE A; 1HFE L; 1FKP B; 1WHV A; 4WJB A; 4U7C A; 1XNQ J; 1X0P A; 3CIM A; 1WSR A; 4B9U A; 3NRB A; 1S1T A; 4Y2M A; 4DOZ A; 5K8P A; 4DL6 A; 3BGU A; 4U95 A; 3QJL A; 2AP6 A; 4X4U A; 3FBE A; 2AJ1 A; 4BS2 A; 2RS2 A; 4NCA A; 3KG1 A; 4GVB A; 4LF8 J; 4IRD A; 1MMD A; 3O44 A; 3C16 A; 4WXW A; 2EI5 A; 5CZV A; 1TTH B; 5EUH A; 4B9N A; 4IR1 A; 2RHS B; 4HAC B; 3QRR A; 1DLO B; 3CW2 C; 1T0T V; 3KDO A; 2XLJ A; 2LEP A; 3GCW P; 3PYG A; 4OQJ A; 2JC1 A; 2BDP A; 2AV5 A; 4WP8 A; 3D0H E; 4X62 F; 1TL7 B; 1ZA1 B; 1XNR F; 2KHC A; 2CVI A; 3QRQ A; 1HWI A; 2KN4 A; 3LGN A; 1LW0 B; 2WVB A; 5EWE A; 2CXE A; 4B3M J; 3CCW A; 5LMU J; 3CJR A; 3H5U A; 2I5J B; 2WCX A; 2N4D A; 2J6U A; 5EX3 A; 3HZE A; 3A4T A; 5KTQ A; 1VJQ A; 3MAA A; 1YI2 S; 5GAG I; 4JI3 F; 1X5S A; 1GMV A; 4BCA A; 2KYZ A; 4M5D B; 1F2G A; 3QFH A; 1VQK S; 2ZD1 A; 2FJA B; 1RT4 B; 1NSQ A; 1S0O A; 5D77 A; 5HMW A; 5JJB A; 2BUN A; 4B3T J; 4DDF A; 5AT1 B; 2YWK A; 1WEX A; 4L3N A; 4EGL A; 4YY3 F; 4EO6 A; 2VG6 B; 1N33 J; 2IA0 A; 2CG8 A; 3RU0 A; 2EXU A; 3BQ0 A; 2VDH A; 3C2P A; 2CQD A; 3L3C A; 2ZZM A; 2R7S A; 4CLT A; 4RU2 A; 3UE2 A; 4L75 A; 4DJB A; 2CNN B; 1HI8 A; 1JMT A; 1QUP A; 4NZ7 A; 4PKD B; 1X5P A; 4DG1 B; 5D0H A; 3UNG C; 4MK7 A; 4J37 A; 3MEG B; 4H4K C; 2JEF A; 3KUG A; 4UY8 T; 2CPI A; 2YVS A; 4ICL A; 4MFB A; 2UXB F; 1U47 A; 3A13 A; 2NUH A; 3DLJ A; 4WFN Q; 4Q5V A; 1QSS A; 4L74 A; 2DO0 A; 3KK2 A; 1TL5 A; 2MQP A; 3A8I A; 4FNI A; 4DEZ A; 1H73 A; 2KVQ E; 2MKC A; 2HQD A; 4W98 A; 4LBI A; 4ES2 A; 1H7W A; 1UZD A; 3G6X A; 3Q23 A; 4RBT A; 1IQZ A; 1V5I B; 1BQN A; 1U1O A; 1S59 A; 3MWB A; 2CPX A; 3BSA A; 1YTY A; 1HPZ A; 2DPI A; 1LWF A; 1YG0 A; 2B7B B; 4AFF A; 5HO4 A; 2W4D A; 3JAM U; 3GFZ A; 2DK2 A; 4NXM J; 1SKW A; 4JI4 F; 4USV A; 2Y0B B; 7FD1 A; 2H5E A; 1RT7 A; 5H9E J; 5ITH A; 1W26 A; 1FKO B; 2RT3 A; 2Y9H A; 2GS8 A; 1VQ7 S; 2QA4 G; 4MJK A; 2AT1 B; 1CUL B; 5IT0 A; 3M6U A; 4CH1 A; 4ED4 A; 1VC0 A; 3KHH A; 4RJV A; 1YIT S; 2MQQ A; 2HEK A; 4GC7 A; 2WAQ D; 2MLY A; 3DLB A; 3NLC A; 2Q6B A; 3PJW A; 2ZDP A; 3EM1 A; 3NCQ A; 1IKV A; 3NP5 A; 1X7V A; 5HLF B; 2UZA A; 3N79 A; 5GVQ A; 3A3O B; 3TO8 A; 2FJV A; 4TKT A; 2FTR A; 3H25 A; 4ED2 A; 1YGY A; 4DV5 F; 3K17 A; 1YJR A; 4C97 A; 3IRX A; 1F5B A; 2FHM A; 1U25 A; 1WNE A; 2D74 B; 3AAW B; 2PEB A; 3F41 A; 2HQG A; 2MXY A; 3UCG A; 4RUB A; 4D3H A; 2UXB J; 1KQF B; 1RAH B; 3NKY A; 4ITS A; 1GXU A; 2YWW A; 3DHW C; 1RP5 A; 3TAM B; 4Y3C A; 1TKX B; 1YBT A; 1HBN B; 4PAB A; 1FKP A; 4ZS6 A; 2J9E A; 2FC8 A; 2XO7 A; 5BYS A; 4NEY A; 3CJQ A; 2F4V F; 2MQN A; 1GNK A; 1T9V A; 4K50 A; 4ELV A; 3X1L B; 1K44 A; 1HBU A; 2RS8 A; 4DUZ F; 3EXY A; 1JKH B; 5EDW A; 4M1K A; 3I0R B; 3BR8 A; 2D9O A; 1S0N A; 2YXL A; 2DIT A; 1WSV A; 3BJY A; 2P9E A; 4IUF A; 3BSO A; 1RAD B; 1IKX B; 3ZZO A; 2VPW B; 2NPI A; 3SFG A; 3TEG A; 1DQ8 A; 4P2X A; 3MM8 B; 4GKK J; 1N8R T; 4JI4 J; 3OTB A; 1NPP A; 3MD3 A; 3F44 A; 4X64 J; 1TL7 A; 4B3O A; 1YJ9 S; 3I5B A; 1FWP A; 5DGB A; 3RR7 A; 3D67 A; 1XC9 A; 2ACM A; 4B3S F; 1LW0 A; 2OH2 A; 2DY1 A; 3HMJ G; 1SL2 A; 5L1L A; 5JMN A; 4F4W A; 1X0F A; 1MWY A; 3NGR A; 2DHX A; 3BKT A; 3T9N A; 2UUB J; 1JLB B; 1RZM A; 4O4G B; 4ZCM A; 3W2W B; 4I2Q A; 5CA5 A; 4GKJ F; 2LDY A; 2XBP A; 1G6B A; 2YWG A; 3OTO J; 3GIM A; 3KUH A; 4I0W A; 4OX8 A; 3OHA A; 1ZTW A; 1V5V A; 3J80 U; 3MGJ A; 1RT4 A; 4Y0F A; 2X1A A; 3THP A; 5F3T A; 1ZPW X; 3QT7 A; 1R8C A; 2Z4P A; 3CD7 A; 2C2M B; 2LMI A; 3M2R B; 3SYZ A; 1N5S A; 2K1R A; 3OVA A; 4IDK B; 2R7V A; 3RB6 A; 2DEJ A; 4TQR A; 5MLC V; 4YDX A; 4DG1 A; 3MEG A; 4WU2 A; 1HBO B; 4KFB B; 3J81 U; 2VOP A; 4PAA A; 1LK7 A; 3GJT B; 2HHX A; 3K59 A; 4XTT A; 1HBM B; 4CQ1 A; 3K0J A; 2VPZ B; 1AB8 A; 4ED5 A; 1U2C A; 2HS3 A; 4MK9 A; 4Z2X A; 2JC0 A; 2L9N A; 5C42 A; 1TZ0 A; 1VRU B; 2ZH4 A; 4JI5 J; 3HHL B; 2B9X A; 5LM7 E; 2XMU A; 2ZJR Q; 5HVF A; 2NS1 B; 4M5J A; 3QT6 A; 3ETM A; 4GRS A; 1RU1 A; 5HQL A; 3SSR A; 3M8W A; 4DUZ J; 2V4J A; 5GMK a; 4QWE A; 1FF2 A; 2KFZ A; 4NA2 A; 5C7P A; 2WZ1 A; 2QE5 A; 4I1T A; 5F8J A; 4DCO B; 4I7F B; 3OFE A; 4B9S A; 2V63 A; 3LGM A; 3OL6 A; 3GON A; 3UQS A; 4NMX A; 3BS9 A; 4BBY A; 3C3L A; 5E3Q A; 2BM0 A; 2ROG A; 2UUC F; 2J0W A; 4XDC A; 2W2O P; 2AJ2 A; 1U2F A; 1N54 B; 3BRE A; 3CSK A; 1VS3 A; 2VL1 A; 2EK6 A; 3D7S B; 1FE4 A; 4CLZ A; 3AQO A; 2I38 A; 1FKO A; 4C98 A; 2ZH9 A; 1S4E A; 5FLX U; 3MOZ A; 3MF5 A; 4U67 Q; 4JV0 A; 2BQR A; 4DFM A; 4HYK A; 1N88 A; 2E1R A; 4ILM A; 3QZ8 A; 1F9H A; 1GMW D; 3DDI A; 2MLZ A; 3GE9 A; 2B4P A; 4PR6 A; 2GO9 A; 2EK1 A; 4WKR A; 1BXN A; 5HLF A; 2A6M A; 1OY6 A; 1NK4 A; 4JYA F; 1OQ3 A; 3MR2 A; 4PXB A; 2O66 A; 4P75 A; 2B4U A; 2FLO A; 3LAM A; 4ELT A; 2J0X A; 4J9L A; 4ZP7 A; 3NGS A; 1S6Q B; 2QA1 A; 3TYT A; 2ASY A; 2B56 A; 2VU5 A; 2ROP A; 2MKJ A; 5AXK A; 5B0G A; 3MAH A; 4BC9 A; 4Q45 A; 3V4M A; 3VGT A; 3OQ2 A; 5K8N A; 1Q8K A; 1RHM B; 2XSF A; 4HI1 A; 3I4H X; 4JI6 F; 4C9D A; 4HTI A; 4DF8 A; 3POT A; 4ZVU B; 1RDR A; 4USH A; 3KXD A; 4O44 B; 1S9G B; 3ET6 A; 1HBN A; 4OYP A; 1U45 A; 2WSF C; 4RZR A; 3HSG A; 5HBM B; 1TR0 A; 1U48 A; 2IY5 B; 4HTJ A; 5BR8 F; 1SC4 B; 1UPP A; 3VVU A; 2FJD B; 5T7L A; 1NSA A; 1F60 B; 1T95 A; 3HI9 A; 1VDH A; 4QWC A; 2R2R A; 2XMV A; 1S99 A; 1JKH A; 3QPI A; 2RDI A; 4J9O A; 3AJD A; 3I0R A; 1MU2 B; 2IJR A; 3LTO A; 5C25 A; 1W2I A; 3MR6 A; 2KU7 A; 3PW5 A; 4NXN F; 3P49 B; 3OT9 A; 4IO9 Q; 3KHL A; 2IYI A; 2GHW A; 4G6V B; 1R43 A; 2R2T A; 3LP1 A; 1GX5 A; 2F9J A; 3HUL A; 3QGH A; 3JSR A; 3N28 A; 3QWP A; 3DLG A; 3AOB A; 3BH6 B; 4ALZ A; 5H9E K; 2KO1 A; 1R0C B; 3HHK A; 3W3S A; 2YQ0 A; 4A8K A; 2N4C A; 4LF7 F; 2UXD J; 1R8B A; 2J7W A; 2L48 A; 2C2Z B; 1JLB A; 5CXT A; 3IAS 9; 3Q0A A; 4UZC A; 3HZG A; 2J5A A; 5EWG A; 5I42 A; 3W2W A; 2RHQ B; 2JX2 A; 3K58 A; 5B0E A; 1FA0 A; 2RIJ A; 1W7W A; 1N34 J; 1YK9 A; 4DN9 A; 5HRO B; 1RTZ A; 4C48 A; 2GAG C; 4OHV A; 3NMA A; 4PUO B; 1VFJ A; 5CYJ A; 2AYM A; 4IFV A; 1Q7Y T; 4C8Y A; 4PWD B; 3JB9 k; 3HDS A; 2RKI A; 3HPO A; 4IH5 A; 1RTD B; 3UVJ B; 2HHV A; 1UFW A; 2AGP A; 3M2R A; 4ZP6 A; 1MN9 A; 2ASL A; 2XHC A; 3FQK A; 2ZDO A; 2AYG A; 5CHC B; 1OS5 A; 3LA0 A; 2HLU A; 1H2U X; 2YWF A; 4OZ2 A; 4IDK A; 2CPH A; 5D4O A; 5JUM A; 5DJB A; 1NHK L; 1TU0 B; 1T3O A; 1HBO A; 1U8S A; 3CCU S; 2PII A; 1CSJ A; 1PG5 B; 4DSF A; 2M4M A; 1PC5 A; 2QL7 B; 2YKQ A; 4FYW B; 1QTM A; 2CJA A; 3ENQ A; 1VQL S; 2LEA A; 3U1L A; 4WWS A; 1RWP B; 2XYG B; 1TUW A; 4H4K A; 4WTO B; 4DF4 A; 3ISN C; 1VR6 A; 2Q79 A; 4RW6 A; 3KJF B; 4L76 A; 4MKA A; 3E01 B; 4IQX A; 3SSS A; 2BKN A; 4LRA A; 1WC5 A; 4NXN J; 4X4Q A; 1ZYQ A; 4W92 B; 2NZC A; 2QFI A; 1X60 A; 1VQM S; 2DXE A; 1GQE A; 1WAC A; 3OL7 A; 1XER A; 3SEO A; 3W1Y C; 1XR6 A; 1VQN S; 2MST A; 1C0T A; 2OFH X; 1M5P C; 4LR7 A; 5I3P A; 5DM7 Q; 2DGW A; 2DKO B; 3FVY A; 3DDN A; 3FZB A; 3NCR A; 1KON A; 4LF7 J; 3TZX A; 3TAP A; 5KFH A; 4NLS A; 2COL A; 4PG8 A; 1QE1 A; 2VC1 A; 1HNI B; 3X3U A; 1FTC A; 2OLW A; 1KNZ A; 2LP4 A; 2QSF A; 1VOM A; 3QT5 A; 1FRI A; 5KFI A; 4QPT A; 1K8A T; 4KQZ A; 4Y34 A; 4EZ9 A; 1Z1Z A; 1EET A; 3DU5 A; 1RYR A; 2K8G A; 2J0S D; 1WG4 A; 2AJ4 A; 5K9F A; 2D69 A; 4LFA J; 2V2V A; 1HNX J; 1Y00 A; 5LMN F; 4DR1 F; 2ZBC A; 1P9Q C; 1UJ6 A; 2IMO A; 4QR2 A; 2WVD A; 2N7C A; 4DPO A; 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2XMM A; 3G2X A; 4PUO A; 5HQ8 A; 2CPJ A; 1VRT B; 1S7H A; 1IWG A; 1GAO A; 2YPY A; 1OMS A; 1YSJ A; 4USU A; 2EFP A; 1YJU A; 3D1O A; 3JQK A; 5DGA A; 2WSE C; 3FRZ A; 1Q16 B; 3FZ2 A; 1TQL A; 1LXN A; 2QYG A; 2BAC A; 4KO0 B; 4PZV A; 4JV1 A; 2DNY A; 3MAQ A; 2HYI B; 2V68 A; 4P74 A; 4DUY J; 3MM9 B; 3Q89 A; 1NPK A; 2DGU A; 5CYQ B; 4WFX A; 1HQ2 A; 4WK3 A; 2DNP A; 4Z7Y A; 5SUH A; 3EXC X; 1WHX A; 4USM A; 3I9V 9; 5AXN A; 1B64 A; 2A2C A; 3VAI A; 2E1A A; 2OPP A; 4FXV A; 4Z7C A; 4DX5 A; 1S57 A; 4X65 J; 5B7W A; 1H7X A; 3N0V A; 1YDL A; 1FE0 A; 2OEM A; 4PPZ A; 3S8S A; 4NOH A; 5A6W A; 2OEJ A; 4G1I A; 2ERR A; 5DRK A; 4ZMM A; 3BSN A; 4KKO A; 2JFK A; 1GTE A; 1AUD A; 3CTR A; 4K4U A; 4P7V A; 2XWY A; 5HSP A; 3VAM A; 1MWZ A; 1AZS A; 4OI3 A; 3EZO A; 1SC6 A; 2KM8 C; 2NUU G; 3R8Y A; 1CJV B; 4JI8 F; 1HD1 A; 2YX1 A; 1IJF B; 4NZ0 A; 1WHW A; 4ECU A; 2ZVI A; 2ZH7 A; 1CVJ A; 2K7K A; 2QJ3 A; 1RT2 B; 4F0M A; 2JEJ A; 3RB3 A; 2VAS A; 3QNW B; 4DCJ B; 2CQ4 A; 4RKU C; 4X4S A; 2GVZ B; 1EB0 A; 3CXC R; 1WHY A; 3TJ9 A; 4TYB A; 1VLY A; 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