The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
|
sequence length |
84
|
structure length |
84
|
Chain Sequence |
b'TQGFAVLSYVYEHEKRDLASRIVSTQHHHHDLSVATLHVHINHDDCLEIAVLKGDMGDVQHFADDVIAQRGVRHGHLQCLPKED'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Nickel responsive regulator
|
| publication title |
Crystal Structure of the Nickel-Responsive Transcription Factor NikR
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Metal binding protein
|
| total genus |
26
|
| structure length |
84
|
| sequence length |
84
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-08-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08753 | NikR_C | NikR C terminal nickel binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | ACT-like. Chain A, domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Y3Y A; 2NZC A; 2CA9 A; 2PC6 A; 3OD2 A; 3BKU A; 2WVD A; 3BKF A; 2F1F A; 3PHT A; 2WVB A; 2BJ7 A; 2BJ9 A; 2FGC A; 2HZA A; 1Q5V A; 2BJ3 A; 3LGH A; 2WVF A; 2BJ1 A; 2CAJ A; 3BKT A; 2BJ8 A; 2WVE A; 2HZV A; 2WVC A; 3QSI A; 2CAD A; 1Q5Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DMZ A; 1BUX A; 1ZM4 A; 3KKF A; 4ES1 A; 3KXD A; 4DDF A; 1G7C B; 1GK8 A; 2F1F A; 3NOG A; 4PEO A; 1SH2 A; 1KFS A; 2KFN A; 5ETT A; 4NLT A; 3O2I A; 2GVD A; 3J81 j; 2JFK A; 3MPY A; 4OI1 A; 4C97 A; 3CCJ S; 4NZ6 A; 2B5J B; 2EW9 A; 4IH7 A; 2RHS B; 2FVP A; 3OL6 A; 4ED2 A; 3FMW A; 1T03 A; 3L95 X; 1DQA A; 2MYF A; 5D78 A; 4WK1 A; 2RU9 A; 2MJN A; 4OI2 A; 1F1B B; 4X4P A; 4C3M A; 2W4D A; 3OR1 B; 2PMH A; 1QE1 A; 3I96 A; 2P6S A; 1XMB A; 1FX2 A; 3VV2 B; 4Y65 A; 3GIR A; 1G3O A; 4PXB A; 1G2E A; 2VIH A; 3TW0 A; 5DQG A; 4PXD A; 3M7V A; 3MR5 A; 2IDE A; 5AE1 A; 1VC0 A; 4LF6 F; 2K3I A; 5IV3 A; 1CC7 A; 2RB7 A; 4F4Z A; 1QDU B; 4KT0 C; 1H98 A; 3NBP A; 1TTH B; 2AX0 A; 2V2Z A; 4UY8 T; 3EDR B; 1Q16 B; 4KRW A; 3D1H A; 1W2I A; 2AYG A; 5KG4 A; 3KYL A; 2HQI A; 2V34 A; 1DZ5 A; 2CZV C; 2YWE A; 3D6T B; 4MFB A; 1IR2 A; 1WEZ A; 2F9J A; 1Y9O A; 2RQ4 A; 1SVD A; 4LFB J; 3D2W A; 2XY5 A; 3A1Y G; 2Y0B B; 3VF0 B; 1E6Y A; 1VRT A; 2F65 A; 3NXZ A; 1P8G A; 1EAR A; 3CJR A; 3OD2 A; 1GMW D; 2MHE A; 4ZP6 A; 2VFS A; 1GTE A; 3TAQ A; 3D0G E; 1HWL A; 5HJY A; 2OPS A; 3CJ2 A; 3HKW A; 1IQT A; 2XWX A; 2ZBP A; 4AQY F; 4UOC A; 1VQY A; 3GJT B; 1GMV A; 3CCT A; 1Y10 A; 3HPO A; 1Y5I B; 3ZZY A; 5C42 B; 4LR8 A; 1H7W A; 3VGU A; 1YKW A; 4AND A; 1XC9 A; 2FZK B; 1RUS A; 3H42 A; 4ELV A; 2HIY A; 2AJQ A; 5GAD I; 3GR1 A; 1FRI A; 2E5G A; 1NJI T; 4UOH A; 1PCA A; 3CO0 P; 4A4J A; 3VGT A; 4AXI A; 1X4D A; 3OLA A; 1JLF A; 4B3M J; 2POK A; 5AJ3 J; 1HL6 A; 2HWI A; 3M6V A; 1S0V A; 2MKI A; 3EPG A; 5KFS A; 3DLK A; 2F5G A; 4F3Q A; 4A8X A; 4MK7 A; 2W8K A; 5L9N A; 1PIE A; 1PJ7 A; 1HQE A; 4LIW A; 5A0Y B; 5KG5 A; 2HRU A; 1WC1 A; 5C5J A; 1RWK B; 1LEO A; 1G6B A; 2MHN A; 2GHV C; 4ZVG A; 2MKS A; 3TWZ A; 4PG4 A; 2P2C B; 3HHD A; 1F2H A; 4IUF A; 2MQN A; 2GJI A; 2QLX A; 4DX7 A; 2XS2 A; 4X4R A; 4C3L A; 4DJB A; 2VF3 A; 3FUY A; 2XGQ A; 1FCA A; 1D1U A; 3SSR A; 5M2R A; 3SXL A; 2XTJ P; 2R2U A; 4XDC A; 2YKN B; 3BGR B; 5EN1 A; 3WBZ A; 1FXL A; 1GNK A; 1UJ5 A; 3HHL A; 3PFO A; 5ETM A; 4F4A A; 4JI4 F; 1U48 A; 3IGV A; 3OBI A; 5LJ5 Y; 3MCM A; 4B3S F; 4QYZ K; 2FQQ B; 4ECV A; 4K0K F; 1VQK S; 3T9Z A; 2GQ2 A; 2KFY A; 4ZPT R; 3OVB A; 2RUG A; 3SZ2 A; 2HWT A; 3JSB A; 2D74 B; 4EZ6 A; 2N82 B; 4LSN B; 1JKH B; 1SCJ B; 1KHW A; 1NPR A; 2VFR A; 4LT6 A; 1Q8L A; 2UXC F; 3M9O B; 2GIF A; 1LWE A; 2A6O A; 4DFJ A; 1DAX A; 4DR6 J; 3HMJ G; 3LOU A; 2JX2 A; 4Z37 A; 2MJU A; 2ZD1 A; 3MEC A; 1HHT P; 1CS4 B; 2ZC4 A; 4QIW D; 4QWD A; 2YX7 A; 1KS2 A; 3P6Y C; 2CZ9 A; 1NDC A; 4DV2 J; 4DL4 A; 3ZZP A; 5JMN A; 2XYH B; 4OYP A; 1U0H B; 2ASJ A; 3UNY A; 4ECU A; 1XBW A; 3AB2 B; 1HLW A; 2GAG C; 4Z7Y A; 4WU3 A; 3W7B A; 3QIP B; 4OZ1 A; 1ZBT A; 3W9J A; 3CJT A; 2DNM A; 4NXN J; 1O51 A; 2Y8Y A; 1RHQ B; 1R0C B; 2OJ3 A; 3DLB A; 3M2V A; 3MMC B; 2B5J A; 4AYB D; 1CJK B; 4N56 A; 2QA2 A; 5HLF B; 1TVR B; 2QLB B; 3R5C A; 4HKQ A; 3OR1 A; 3F56 A; 2AQ4 A; 4PYD A; 2O67 A; 4MKB A; 2DGT A; 4YB1 P; 3BR8 A; 1FDA A; 4LF5 J; 1SUQ B; 1M5V C; 3I87 A; 3L09 A; 2ASY A; 2DRB A; 2C3U A; 5IM0 B; 1HNV B; 5SZT A; 2UUT A; 4LFB F; 2DHG A; 1QSL A; 1VLY A; 2Y1L B; 2IDL A; 2WSC C; 4M5H A; 1GMU A; 4L3K A; 3NMA A; 5I4M A; 3W5X A; 1SJQ A; 3CWJ A; 2V0N A; 4ZHR B; 3NL0 A; 2HAF A; 3HFK A; 3DHW C; 1RT5 B; 4C8L A; 4DFP A; 4UQG A; 2DNO A; 4OL8 A; 1TKT B; 3R2C J; 1LW0 B; 5GMK a; 1Q78 A; 4P73 A; 1RAO A; 2BZ2 A; 3VVU A; 1HBM B; 2ZZM A; 2BVZ A; 5A76 A; 4ZCL A; 4CLZ A; 2W2Q P; 2V2Q A; 3I9Z A; 1FFS B; 3HHL C; 4ZVS B; 1ITP A; 3BGL A; 3K5L A; 5C42 A; 2R2T A; 1L3V A; 4QBU A; 2C28 A; 3THT A; 3HHE A; 2QA4 S; 1RTZ A; 2HBZ B; 3IC1 A; 3IWL A; 1NO8 A; 3S01 A; 3K17 A; 2YX1 A; 2LXI A; 2W24 A; 4F36 A; 5GVQ A; 3NKY A; 3CCE S; 3QMQ A; 1PYS B; 3KG4 A; 1U4B A; 1IQZ A; 2Q1L A; 2DK2 A; 4MMO A; 1EZZ B; 1VQ6 S; 5K5M A; 2PMW A; 4OYM A; 1LV5 A; 3PM9 A; 4OX7 A; 2HGN A; 1W26 A; 1PO6 A; 5CH7 B; 1D9A A; 3TZZ A; 4UT4 A; 2B9Y A; 4H4K A; 2CPD A; 4UUW A; 5A0Y A; 4K4W A; 1RCX B; 5J1E B; 4YDD B; 2VC1 A; 2JRS A; 2R2S A; 1YIT S; 2ALY B; 4DX8 H; 3MUM P; 4OZ2 A; 4P71 A; 1WOP A; 3SI8 A; 2CQB A; 3BJY A; 2MKY A; 2YKN A; 3BGR A; 2LXU A; 4CO3 A; 3RB6 A; 1VQP S; 1YZ6 A; 2LCW A; 3CGI A; 3ILI A; 3RW6 A; 2JVR A; 2Y9H A; 2KG1 A; 3NGR A; 4Y34 A; 2IM0 A; 1BXN A; 4QIE A; 3EPI A; 1QAY A; 2JEF A; 4OFZ A; 2PD1 A; 3CJ5 A; 4HH0 A; 3EX7 B; 4ED1 A; 2JDJ A; 3PW2 A; 1VR6 A; 3KJQ B; 3Q86 A; 4L75 A; 1RT4 B; 4LBP A; 2X1G A; 1UEV A; 4F4X A; 1T05 B; 2HFZ A; 1X0F A; 4DR6 F; 2CQ3 A; 1JKH A; 3IS9 B; 2DR6 A; 4W92 B; 2HW3 A; 4DR2 J; 3OTC A; 3QT6 A; 3DN9 A; 4URS A; 5J1N A; 2VQE J; 4DV2 F; 1N5Q A; 2R4F A; 1EKR A; 4EZ9 A; 3RUB L; 3GYX B; 3Q22 A; 4U7U K; 2H9Z A; 5L1I A; 1ZAV A; 1CS4 A; 1KVK A; 2HKE A; 1H3D A; 4O23 A; 2WB1 D; 5D15 A; 2XSJ B; 4Y2I A; 4NXN F; 1RXO B; 2QMW A; 2BEF A; 1CJV B; 2DEI A; 1U0H A; 1DLO B; 1S4E A; 2ILY A; 2CRL A; 4PWW A; 5I3U B; 4DU7 A; 4S0M A; 4MKV A; 1JIH A; 4DXL A; 4CO5 A; 3QIP A; 4PPZ A; 4CWB A; 4ZCM A; 3PX0 A; 4B9U A; 2XUL A; 2H4Y B; 1TUW A; 2E9Z A; 4LIR A; 1S12 A; 2QIF A; 1CJK A; 1Q8I A; 4LF5 F; 3ETO A; 3BBB A; 4LF2 A; 5HLF A; 1W7W A; 2QT7 A; 1TVR A; 5ETQ A; 3KJN B; 1Y3K A; 3M8S A; 2GMJ A; 4J9R A; 3KJV B; 2ZOF A; 2AV5 A; 4FF2 A; 1U0S A; 5F0W A; 4WII A; 4ZJL A; 4H54 A; 1SUQ A; 4ZPD A; 2AGQ A; 2KKH A; 1UET A; 1LQ9 A; 1HNV A; 3US5 A; 1FNX H; 2QL7 B; 2DKO B; 4EBD A; 4H4K C; 1WOS A; 1F9F A; 4QWC A; 3G6V A; 4ZHR A; 3DLE B; 3BGF A; 2XMK A; 1TL7 A; 5KFD A; 3MM5 B; 1VQS A; 3IG1 B; 2AKW B; 3B78 A; 1NHU A; 1TKT A; 1UW4 A; 2RKI B; 2GFF A; 4IQM A; 4KYZ A; 1LW0 A; 1NEE A; 4DQP A; 4B17 A; 2OFG X; 1SJ4 P; 3CT9 A; 1HBM A; 1RIS A; 3UW1 A; 3OW2 R; 1N32 J; 2WHO A; 3ISN C; 5GAH U; 2X51 A; 3CUN A; 4IRK A; 2G2Z A; 3NS5 A; 1M5O C; 4MK8 A; 5KFI A; 3I55 S; 2V9W A; 4RBV A; 3DDN A; 2EFV A; 2E5J A; 2B9W A; 1N4L A; 1PYO B; 3MUT P; 2R8H A; 5DGA A; 2WVE A; 2FVR A; 2BR0 A; 5KFT A; 2R9L A; 5CYQ B; 1GFW B; 2PEB A; 3Q24 A; 3KHR A; 3I0S B; 4WZQ A; 3GJQ B; 2IFX A; 2E1P A; 2BKO A; 3V81 B; 3GV8 B; 5J2Q B; 2ZZN A; 3W2W B; 5E41 A; 3CCL S; 1S1V B; 3M6X A; 3MD3 A; 1P1L A; 1RLD A; 1F3V A; 3GE9 A; 3H59 A; 1PYT A; 5KT3 A; 2ZBQ A; 1FRM A; 2YNF B; 2PII A; 2XWY A; 3VAF A; 1OJ4 A; 3KFW X; 3FCV A; 1U24 A; 3AOA A; 3G96 A; 5F8N A; 5J1E A; 3GCX P; 2BE9 B; 1JMT A; 1C4A A; 1LWF B; 4B9N A; 4HHU A; 5HMY A; 4P2M A; 2QRR A; 3BV8 A; 4HI1 A; 2BAC A; 4QW9 A; 2ATL A; 4L73 A; 4F8R A; 3V4M A; 5LOQ A; 3UCZ P; 2OLW A; 2D9P A; 1B0P A; 3W2V B; 2CPI A; 3QAT A; 3KUG A; 3V6D B; 2FGO A; 4LR9 A; 3K59 A; 1NSA A; 4P75 A; 5B0B A; 3C3L A; 2RD5 C; 2KTQ A; 2XZW A; 4IKA A; 4DLG A; 3FBF A; 4EYH B; 4DR5 J; 4ED3 A; 2HZC A; 2XLK A; 2DNP A; 1Y11 A; 3ADA C; 2CFX A; 2OAU A; 2VQE F; 1KDN A; 1TL3 B; 2G0C A; 1FRX A; 4TVA B; 3FBB A; 4NZ7 A; 2X3G A; 1T05 A; 1L5U A; 2JZ5 A; 1WHY A; 2CPZ A; 4D3H A; 3SEO A; 4LQ9 A; 3IS9 A; 5BJR A; 1L3T A; 1ZM9 A; 3V5R A; 3PRB A; 3AD9 C; 1VQL S; 2RU3 A; 3F73 A; 4I6A A; 4K4S A; 2DGQ A; 2LXF A; 2DIS A; 3QAE A; 5KT5 A; 6AT1 B; 3G6E S; 3MD1 A; 4TYA A; 2LEP A; 2OEJ A; 4PG7 A; 4C3K A; 2MQQ A; 5IT0 A; 3TQE A; 3CDA A; 5LL6 d; 1S5Z A; 4WBF A; 1MNE A; 2DXD A; 2Z2M A; 1CJV A; 1V5I B; 3EGZ A; 4ERD A; 1YGY A; 1DLO A; 4JI7 J; 3IN5 A; 4KGK A; 3HD1 A; 3BF4 A; 1JJC B; 4OLO A; 2WVC A; 4EFA C; 1WC6 A; 2BRK A; 3PW0 A; 4ECR A; 2QGF B; 2IYG A; 2VBZ A; 5LMN J; 1BC6 A; 4OHX A; 5HVG A; 2ZBI A; 3ULH A; 3CJ4 A; 3D6F B; 2APO A; 3Q2S C; 4DFM A; 4JYA J; 1FNO A; 1T95 A; 2MZJ A; 1JJH A; 1UFK A; 3KJV A; 3VGV A; 4OYA A; 4ZVQ B; 2D7S A; 2IMO A; 4DPT A; 1RI7 A; 2J9D E; 4AFF A; 4J9L A; 2PDA A; 4YUD A; 4IDK B; 5K8P A; 4GKK J; 2JEJ A; 1R0A B; 5DET A; 5JXS A; 2X3D A; 4PR6 A; 5KTQ A; 5A8K B; 5D6G A; 2KT2 A; 1HQU B; 2JJ4 D; 2L48 A; 1XN9 A; 1UEU A; 2CG4 A; 1TK0 A; 3FDS A; 4FYD A; 4FZV A; 2C2K B; 4AL6 A; 2C2N A; 4DFK A; 2AJ1 A; 2B7C B; 1WKL A; 1HNZ J; 3WX4 A; 4A8W A; 2W1B A; 1NXI A; 3DLE A; 3HFV A; 3NGT A; 3MM5 A; 6FDR A; 3LWM A; 1U6F A; 3IG1 A; 3CDE A; 3OHA A; 2F63 A; 1WF0 A; 2R2R A; 5DDQ C; 1OQ6 A; 3W5Z A; 4TN2 A; 2ZDO A; 2FHO B; 3O1L A; 4ZVF A; 3W9H A; 1IJF B; 3HDS A; 4DI6 A; 3H4D A; 2H51 B; 2HMI B; 1FDD A; 3FRZ A; 1FFG B; 5F8J A; 3MTK A; 2P9C A; 4LQ3 A; 4FBU A; 1HBO B; 5DS7 A; 4OZ3 A; 3CCZ A; 3BYP A; 1VBX A; 3RBZ A; 3NP5 A; 4RU2 A; 1BQX A; 1C0T B; 2Q66 A; 4C8O A; 4ILL A; 1IBM J; 4CRJ A; 5CYQ A; 3I0S A; 4G1Q A; 1ICE B; 1IM6 A; 3V81 A; 3W2W A; 3DLJ A; 3G87 A; 1FEH A; 4PUO B; 4I2P B; 3CJK B; 1S1V A; 5D3G B; 4CQ1 A; 2EFN A; 4KHR A; 1NHV A; 3RJM B; 2AD9 A; 4TY8 B; 4RNN A; 2YNF A; 2UP1 A; 4RNH A; 2DR5 A; 1TFY A; 2BX6 A; 4NLP A; 3EZO A; 2W9C B; 4Q8E A; 2HVH A; 5KFW A; 5KFC A; 1N54 B; 3SSQ A; 3ZO7 A; 1GT8 A; 3EM1 A; 1NB7 A; 5GAD U; 2YWF A; 1LWF A; 3RTV A; 2ZH1 A; 2RH3 A; 4NCB A; 3W1Y C; 4F0K A; 2VQF J; 3BS9 A; 2LLZ A; 3IGN A; 3JQM A; 3BM7 A; 3LUY A; 1S1X B; 3GPA A; 4DR5 F; 2D1C A; 3D6M B; 3V6H A; 3W2V A; 2DRA A; 3W61 A; 3V6D A; 1J27 A; 3ZZU A; 1LOU A; 1EHW A; 2WVF A; 2FHK A; 1JLQ A; 1P27 B; 2HS3 A; 4WTO B; 1RHR B; 4PQU B; 4GO7 X; 1IUJ A; 1YBA A; 2AIR B; 1TL3 A; 3TJA A; 4YB6 A; 4RL1 A; 1NDL A; 4L3N A; 3KWM A; 1TUV A; 1R8A A; 5HAO A; 3J7Z T; 2FC9 A; 1AXQ A; 2NSC A; 4DSE A; 3MAH A; 3ILJ A; 5A2Q Y; 3A13 A; 3OTO J; 4HLB A; 4JI7 F; 2HAI A; 3BQ2 A; 2ROP A; 4MIA A; 2CNK B; 2JH3 A; 2RS2 A; 1MN9 A; 1SI9 A; 4UOG A; 5DG9 A; 4KC5 A; 4C8N A; 3MM7 A; 4MYT A; 2YVS A; 4Y6I A; 5LMN F; 2MDA A; 5CYM B; 4ED0 A; 1TAQ A; 5KAK A; 2DNH A; 5HVH A; 5KFO A; 3U1L A; 4JYA F; 2UUW A; 2IYI A; 1MWZ A; 4ZJQ A; 2J7U A; 2IVF B; 1VQN S; 4RZR A; 4ECQ A; 3POT B; 2H1Y A; 4GKK F; 4FF4 A; 4NRT A; 1K8A T; 2CDR B; 1BQN B; 4I64 A; 1TMM A; 3GWC A; 4IR9 A; 2RQK A; 2HVZ A; 2F8H A; 1SC1 B; 2CIM A; 2VA3 A; 1QVF R; 2HFN A; 1IWG A; 1R0A A; 3C2P A; 1FO1 A; 2QE5 A; 1LWC B; 1I5O B; 2ROE A; 1HNZ F; 3DYA B; 4KSE B; 2AEM A; 5JUM A; 1HQU A; 2PN6 A; 2Z0G A; 2JVO A; 1VBY A; 1HW8 A; 1U1L A; 4A8Q A; 3HJF A; 4CLY A; 2DT9 A; 4WFZ A; 1NJY A; 3MZI A; 1UL3 A; 1UFW A; 1D09 B; 1V3S A; 2IY5 B; 4DL0 C; 4ID5 B; 2JSX A; 3BN4 A; 4ZLL A; 2BJ8 A; 4DQR A; 2GQQ A; 2M7S A; 1R43 A; 1IKY B; 3PYE A; 2B9X A; 2V2V A; 2OP5 A; 1ROF A; 5CCM A; 4E0D A; 1EB0 A; 2YXL A; 2XG8 A; 3C6T B; 4W4M A; 1JK9 B; 2G9O A; 2HMI A; 3PR5 B; 1IBM F; 4XK8 C; 1IVZ A; 3H8Y A; 3RAM A; 1KVJ A; 3HSD A; 1HBO A; 2ZHA A; 1RWW B; 4F4Y A; 2XLI A; 2DYA A; 1D9D A; 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