The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
23
|
sequence length |
79
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structure length |
79
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Chain Sequence |
HMEAVQNRIVEAAERVPGVRGVIHLRARYVGQDIWADMIIGVDPENTVEQAHEICEAVQAAVCGKIRRIESLHVSAEAR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Magnetosome protein MamM
|
| publication title |
Cation diffusion facilitators transport initiation and regulation is mediated by cation induced conformational changes of the cytoplasmic domain
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Magnetospirillum gryphiswaldense
|
| molecule tags |
Metal transport
|
| total genus |
23
|
| structure length |
79
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| sequence length |
79
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-02-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Cation efflux protein, cytoplasmic domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3BYR A; 3W61 A; 3W66 A; 3W62 A; 3W5Y A; 3W8P A; 3W64 A; 2QFI A; 3BYP A; 3W63 A; 3W8G A; 3W5Z A; 3H90 A; 5HSP A; 3W60 A; 2ZZT A; 3W5X A; 3W65 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3I56 S; 1KDN A; 3KLH A; 2J0S D; 4TU7 A; 2YWW A; 3KK1 A; 4LVO P; 2G4B A; 4NEY A; 5DET A; 1YDL A; 3MM6 A; 1YIT S; 1NDP A; 1ZA2 B; 3NNC A; 2G0C A; 4ZP8 A; 4A4J A; 1RAO A; 2Q79 A; 3RRH A; 5D8H B; 2F8M A; 4NX9 A; 2XHC A; 3UI3 A; 3FFI A; 3NNA A; 4JI3 J; 2MY8 A; 4F2R A; 2E5I A; 1HQ2 A; 2I9S A; 2OJ3 A; 4DV1 F; 3LPY A; 1FEE A; 1FE0 A; 1O6X A; 2CJK A; 1JLE B; 4RNH A; 2Y1I A; 3ZC4 A; 3LPE A; 2GMH A; 1FVS A; 1RT5 A; 4E0D A; 2BJ9 A; 3M8S A; 3HF5 A; 3JQJ A; 2CZV C; 1SJ4 P; 4YHH J; 4FYD A; 1Z1Z A; 5L9N A; 1JJ2 R; 2DEJ A; 1U2F A; 1ZPV A; 2B8Q A; 5ITH A; 2AGP A; 3CJ3 A; 3AY0 A; 3C46 A; 4USW A; 1RTD A; 4O4R A; 4IH5 A; 1E6Y B; 1U0S A; 2UXC F; 2AEM A; 4I6W A; 2LEC A; 1X7V A; 4A48 A; 4NCA A; 3PXG a; 3JAM U; 2IYI A; 2R7X A; 2CQG A; 4N77 A; 3ETO A; 4DL7 A; 2DNG A; 4MYT A; 5DM7 Q; 4IRK A; 3TUZ C; 5ETP A; 1FK9 B; 4OYW A; 2W2O P; 4KPY A; 3IM9 A; 3TEG A; 1D9F A; 5D4L A; 3M6W A; 1S4E A; 5DDQ C; 1FNM A; 2FB0 A; 2J6S A; 5DQG A; 3EDQ B; 4DUZ F; 3NOG A; 2HWI A; 4KGZ B; 4EBD A; 1VQP S; 3ZZZ A; 1VC6 A; 3TZY A; 3CW2 C; 1QE1 B; 1J2V A; 1DTT A; 2XGP A; 2MJN A; 3TX0 A; 2CQ0 A; 1VI7 A; 3PHE A; 5E3A A; 1NZ8 A; 2MJU A; 2F9J A; 1DTQ B; 3CJ4 A; 1BQN B; 2MHN A; 2VG5 A; 3PR4 A; 1JXV A; 5BR8 F; 3AH6 A; 4ZLJ A; 1RSC A; 2ZWP A; 2R2S A; 2ZC3 A; 4Z7C A; 5HRO B; 4KV8 B; 2GVD B; 1NK7 A; 1JNZ B; 1OQ3 A; 2VL1 A; 2MYF A; 4YFU A; 4AQY J; 3FSI A; 2MZS A; 3HJV A; 4A8O A; 5LMN F; 4DV3 J; 3CMA S; 2RE1 A; 2WOM B; 1K0V A; 2HGN A; 1LW2 A; 3O8W A; 1P6T A; 2M88 A; 3HHL B; 1KEK A; 2QTW A; 1BQX A; 1B7Y B; 2PA3 A; 5CCM A; 1J5E J; 3V6D B; 1ZTW A; 3HX9 A; 2GVZ A; 1MMD A; 1JJH A; 4X62 J; 2YXL A; 3R7N B; 4TY8 A; 2FJV A; 4PXB A; 4HH0 A; 5I3U A; 2AGO A; 1JJC B; 1EET B; 1M5V C; 2OAU A; 1DRZ A; 4IH7 A; 4NCG B; 1IM6 A; 1RP5 A; 2KYZ A; 4ED4 A; 3OR2 B; 1N56 A; 3CCR S; 4EK2 A; 4P2M A; 1PJ5 A; 1KD1 T; 1MW7 A; 4L72 B; 1N5V A; 4W92 B; 1TL1 A; 3THT A; 4UUW A; 5J2Q A; 4ICL A; 4RW6 B; 5KT7 A; 1CSJ A; 4DL3 A; 4LF6 J; 1N33 F; 2HHH F; 1BHN A; 3R5J B; 3LP0 A; 4GVL A; 5D77 A; 1ELO A; 5A8K B; 2X3D A; 1M5H A; 5GAE I; 2FDN A; 5AXM A; 1RWW B; 3D1O A; 3UN2 A; 1S4F A; 2DK2 A; 2W7O A; 1Q8K A; 4PCQ A; 2HAI A; 4ELV A; 4K8R A; 2ZBI A; 2ROG A; 1SUQ B; 4USK A; 4XTT A; 4DUY J; 3DLG A; 2B0G A; 1BQM A; 1QM9 A; 4Y0F A; 2ZH4 A; 1YWX A; 1JLG A; 2H65 B; 5IXU A; 4RNN A; 2GMJ A; 2YWF A; 2XHW A; 1G2E A; 2BM1 A; 1PC4 A; 2MKI A; 1WDT A; 3FBE A; 1X9S A; 3ETM A; 2VPY B; 1HKA A; 4K50 A; 3W5X A; 4ZS6 A; 1I94 F; 2ZC4 A; 3JSR A; 2OP5 A; 1S9G A; 3TUJ C; 2UVW A; 1HHT P; 3L7P A; 2YKN A; 2ADC A; 3I0R B; 5ETN A; 4J9O A; 4PWU A; 3CGI A; 1NB2 A; 2HBR B; 3S1T A; 4I0W A; 4F4X A; 4ECZ A; 4LF8 J; 2UUW A; 4YR0 A; 4K4T A; 3ZTO A; 4USH A; 3M8Q B; 4QIW D; 4PWW A; 1NK6 A; 1SH3 A; 1N4L A; 4A8M P; 4AXJ A; 1UPP A; 3CO0 P; 1QUP A; 2XM3 A; 1HNW F; 4F0H A; 2YNF A; 5HP1 A; 3TUP A; 1LXJ A; 2J8S A; 4IDK B; 3G2X A; 1XEZ A; 4O3Q A; 3I4H X; 3KUG A; 3DC2 A; 3OR1 A; 3F73 A; 4UOF A; 2DH8 A; 1WD6 A; 3BO3 A; 3JXO A; 3ET6 A; 3V4I B; 1XMQ J; 2DH9 A; 4LF5 J; 4DV4 J; 3VVT A; 2DNM A; 2KL8 A; 4FPR A; 2AGQ A; 3D67 A; 1IBL J; 4N8O A; 2KI2 A; 4PEO A; 2XO6 A; 4KAI A; 4WK3 A; 4DPX A; 2ZH7 A; 3PFO A; 3KLH B; 1K9M T; 1V6H A; 4DV5 F; 2FTR A; 4PXD A; 4P2S A; 1REV A; 4HT5 A; 3GON A; 3QRR A; 1T94 A; 2C2K B; 3BB5 A; 1FDN A; 5HMX A; 1R6Y A; 3GZ7 A; 2IJR A; 4I56 A; 1I51 B; 1IBC B; 4P52 A; 2IDE A; 2NXN A; 3NGT A; 5KT2 A; 5HAO A; 3ZTR A; 5KFS A; 2RDI A; 4USJ C; 4ECV A; 3OUY A; 2AT1 B; 3FNN A; 1PBA A; 2I0X A; 2J8A A; 3RJM B; 3FFI B; 5IT4 A; 1LWC A; 4QPT A; 3OXG A; 3NWR A; 5E7O B; 2IRX A; 4K4X A; 3D6T B; 3I5A A; 1NPK A; 3ENQ A; 4TU9 A; 4ELT A; 3BR9 A; 4FYW B; 3RZA A; 4PAA A; 1N34 F; 2RU9 A; 4XAK A; 1PCA A; 1UW4 A; 1HNX F; 4PYD A; 2F40 A; 3OL9 A; 3EZU A; 4M5I A; 1F6T A; 3JSM A; 3T6B A; 3CCV S; 3I5B A; 4MTP A; 2HHP A; 5KFK A; 3BQ0 A; 1RTD B; 4TNO A; 1GT8 A; 2F8H A; 4FS2 A; 3H7H B; 1HL6 A; 2ZEJ A; 5MLC V; 2BV3 A; 5KOX A; 4OL8 A; 1ZH5 A; 4I7F A; 2MB0 B; 4R5P A; 3KKF A; 4R8U A; 4DR4 F; 5IZH A; 3MMJ A; 2GGP B; 2VC0 A; 2FY8 A; 1URR A; 1JLA A; 4KTQ A; 4M5N A; 3P3D A; 3K5M A; 4DL4 A; 2WW8 A; 1RAD B; 2MQN A; 5JMN A; 5IC4 B; 2DGU A; 4JI7 J; 3FBC A; 2G1H A; 2MLY A; 3C3L A; 2L08 A; 3MCO A; 2BX6 A; 1UAW A; 5C2C A; 1LFP A; 1FJG F; 3O3L A; 1KQG B; 1XR5 A; 2A2D A; 5BYR A; 2F7V A; 4KHM A; 2VG5 B; 3GCX P; 1M90 T; 2M8D B; 1KN6 A; 4K4Y A; 1NME B; 1KS2 A; 3W62 A; 2C3M A; 2FHJ A; 3U02 A; 2QLF B; 3ENW A; 3KNA A; 2NXU A; 3VHQ A; 1PBU A; 5K20 B; 4OI2 A; 1K0T A; 4YQW A; 3HJF A; 2Z0G A; 1TR0 A; 4ZVH A; 2GAH C; 1B0V A; 2EK1 A; 3HSG A; 3AT1 B; 3IRX A; 5LMU F; 4CLY A; 2OD4 A; 1FFS B; 4F4W A; 1B70 B; 4MIW A; 2GVZ B; 5L1K A; 3CCU S; 3DDI A; 4TY8 B; 4PG5 A; 2NS1 B; 2OH2 A; 4U7C A; 1FWL A; 3EM1 A; 5F8I A; 3WIU A; 3H90 A; 4RBV A; 4DSJ A; 4ED0 A; 2CAD A; 2BE2 A; 3RYL A; 3RBX A; 1TL1 B; 1PIE A; 4ICL B; 4P9S A; 5KT5 A; 3MEE B; 1SXL A; 2B5J A; 5A2Q Y; 3MPD A; 4JI3 F; 2DO0 A; 3P8B B; 2RRA A; 2MZR A; 4HT7 A; 4K5S A; 2QLX A; 1RWO B; 3LP0 B; 5D4O A; 3EJM A; 1K8A T; 3W9H A; 2OPP A; 1SV5 A; 4OX8 A; 2AP6 A; 3PV8 A; 9RUB A; 3TI0 A; 4R0E A; 5EUH A; 2LA4 A; 4O3S A; 4WBF A; 8ATC B; 2CPH A; 3BV8 A; 2CIM A; 4YHH F; 1RCX B; 1U26 A; 1X8D A; 1R43 A; 2ZH3 A; 1S72 S; 5IV4 A; 4HTJ A; 2V2Z A; 3DLG B; 3MEC A; 5K14 A; 2P8I A; 4B17 A; 1GQE A; 2RF2 A; 1JLG B; 3AA9 A; 2J7K A; 2V34 A; 2FIU A; 3CTR A; 3GQC A; 3W60 A; 2BAC A; 4CO4 A; 4FF4 A; 4WTO B; 4O4G A; 1PG5 B; 3DRP B; 4CP5 A; 3DHX A; 5CYJ A; 3A8K A; 2CZ9 A; 4DLE A; 2YX1 A; 4F0M A; 3CJ8 A; 4PG6 A; 4V1A k; 3GIR A; 2FVR A; 4JI5 F; 4PPZ A; 1UA1 A; 2YKN B; 3HZE A; 2M0G B; 5D4P A; 4DFJ A; 2JEI A; 2CQP A; 4MK8 A; 2K8G A; 2RJZ A; 4J9R A; 1ZM4 A; 2JNJ A; 1H7X A; 2E66 A; 3R97 A; 1FI4 A; 1H2U X; 2GX8 A; 2IJN A; 2YVS A; 2F63 A; 3QID A; 4PR6 A; 3KUH A; 4WE1 B; 2E9T A; 1VLO A; 1IQT A; 1HR0 F; 2F5G A; 2MY7 A; 3FC9 A; 2H1Y A; 3NGU A; 4YB1 P; 4NZ7 A; 4AQY F; 3K5L A; 3ENV A; 5KFL A; 3OR1 B; 4KY3 A; 4L73 A; 5H9E K; 2KHC A; 4IFV A; 3KDN A; 1NJX A; 2HVI A; 4HI1 A; 5KFX A; 1J5E F; 3OVS A; 2WVE A; 1RTH A; 1TUG B; 1N6Q A; 2H4Y B; 2K7J A; 2WRM A; 1Q16 B; 4ZP7 A; 3VZH A; 1GX6 A; 4DS5 A; 4UZC A; 5KG7 A; 4JBC A; 2KM8 C; 4CCH A; 2BDP A; 2P5V A; 2KRB A; 3DYA A; 2LYV A; 3SCJ E; 3R7S B; 5KFE A; 5GAH U; 2BJE A; 1P9Q C; 1A9N B; 4LF6 F; 2VG7 A; 3I31 A; 3NGD A; 5C42 A; 3OUY B; 2DRD A; 4V19 X; 2C2O B; 3QFH A; 3HT0 A; 4X66 J; 3LAM A; 1LWC B; 1PJ6 A; 2UUB J; 3LA0 A; 4UT4 A; 1J27 A; 4LUB A; 4I2P B; 2M2B A; 4ES3 A; 1FXR A; 2YKM B; 2CPD A; 4F7V A; 5CHC B; 3CMQ A; 4MK7 A; 3SZ2 A; 4DSI A; 3F0N A; 3DLE A; 5F9L A; 2RKI A; 3AD9 C; 4DUY F; 2VON A; 1RWP B; 4PG7 A; 3JB9 k; 4OX6 A; 2E1P A; 2KRR A; 1Q1K A; 4FVM A; 2B9W A; 4KBI A; 2V2K A; 1C4A A; 2WAQ D; 2AJQ A; 1U25 A; 4Q8E A; 3TUI C; 3DRR A; 4JV1 A; 3PYF A; 4LFC J; 4I7F B; 3C16 A; 4LF1 A; 1S6U A; 4ZVR B; 4OX7 A; 2QEX S; 2UVR A; 4R5P B; 4R8U B; 5LXR A; 4XPE A; 4B3T J; 1UFK A; 2Z30 B; 5KT4 A; 2XZT B; 1VIO A; 5T41 A; 5LL6 d; 2RU3 A; 5IM0 A; 2XG8 A; 2ZVI A; 4ECW A; 4ZVG A; 1JLA B; 3CD0 A; 4LRE A; 4O23 A; 1RT3 A; 4OJ1 A; 1A7G E; 3FZ2 A; 2HHX A; 4HHH A; 2DCU B; 2R7O A; 2EFG A; 2E29 A; 3GR1 A; 3CD6 S; 2OML A; 4OYO A; 3BM7 A; 2XS7 A; 3M8P A; 2J76 E; 2I6W A; 2HRT A; 4BBY A; 1XNQ J; 2U1A A; 2V5H G; 5T14 A; 1X60 A; 4OHZ A; 3AOB A; 3ZTP A; 3MPY A; 4DZD A; 2HBZ B; 1WHY A; 3BEG B; 2N4C A; 3AHP A; 4NYZ A; 2QYG A; 2CKW A; 1TL4 A; 5T7L A; 1R8A A; 3HHL D; 2XO7 A; 1SJ3 P; 2ZNY A; 1BC6 A; 4ED3 A; 1Q4R A; 1SC3 B; 4B02 A; 3MUM P; 3R1L A; 3K58 A; 2MQQ A; 3TA0 A; 4ZPD A; 4RUA A; 4AL5 A; 4IYQ A; 4KKO A; 1XMQ F; 4LF5 F; 1V3Z A; 4DV4 F; 2R4F A; 3SMZ A; 1Q5Y A; 5GVQ A; 5G0R A; 1HWI A; 3QO9 A; 3D3B J; 4LRC A; 1Y00 A; 3B8H A; 2B7C B; 2FYX A; 4UOH A; 4ATN A; 2WON A; 4X4R A; 4DF8 A; 1S1T A; 1IBL F; 2CDR B; 2XQC A; 2GHW A; 2X51 A; 5THW A; 1NDC A; 1KHW A; 5A2Q U; 5H9F J; 3MM8 B; 1OY6 A; 1RT4 A; 4F3Q A; 5HL7 Q; 5HBM A; 2R8K A; 2FJD B; 1JK9 B; 2FUG 9; 1KC8 T; 2EBG A; 5L1L A; 2FC8 A; 4NEZ A; 4URG A; 3ZZY A; 1QTM A; 2BAB A; 3D66 A; 3BBB A; 2BE2 B; 4LJM A; 5CD4 H; 3JTO A; 1UZD A; 2Z8Q A; 4DG1 A; 2IM0 A; 2AX0 A; 3QT6 A; 4P7V A; 1FX4 A; 2DHX A; 3RUB L; 2BKO A; 2AQ4 A; 3KUE A; 3BR8 A; 3MTK A; 1S1W A; 3OFG A; 3F44 A; 3TQE A; 5L1I A; 3L9Z A; 1SJQ A; 1SV5 B; 2IA0 A; 3G87 A; 3IWN C; 2UXB J; 1WNE A; 1JKH A; 3C6U A; 1TKD A; 4DWI A; 1VRT B; 1MWQ A; 4FXD A; 2JX2 A; 2ILZ A; 4IRC A; 2YPZ A; 4Y2I A; 3OSN A; 1S77 D; 3MUR P; 4OHY A; 2N82 B; 3H4B A; 1XER A; 2ATC B; 1ARO P; 3OL8 A; 1FX2 A; 3MEC B; 4IQM A; 3KLV A; 2RF2 B; 3MGJ A; 2HQC A; 1SCJ B; 1I3O B; 2FLL A; 2VDI A; 2HQI A; 2HBY B; 4O4G B; 1SH2 A; 4I6A A; 1AUS L; 2XLI A; 3GU0 A; 3QGH A; 3MXH P; 3FGV A; 2QA4 G; 1SIZ A; 5DQH A; 3IXQ A; 3MHY A; 1YLX A; 5SZT A; 4NA3 A; 4YR3 A; 4F04 B; 4KR0 B; 5CAA A; 4LF7 J; 3H42 A; 1S0O A; 2B9Y A; 1HNZ J; 4K7Q A; 4EBC A; 1QDU B; 4P75 A; 3M8R A; 2VHG A; 5LM7 E; 4DQS A; 4WPA A; 1RI7 A; 1MU2 B; 1FKO A; 2CPY A; 4IO1 A; 2A10 A; 2X1F A; 1RTI A; 1IJE B; 1GXU A; 3V6K A; 1EQ0 A; 3PKY A; 1NSP A; 1LNQ A; 1OWX A; 2F4F A; 2ZE2 A; 3BN7 A; 2MEW A; 1IBM J; 4DFK A; 3MMC A; 1AW0 A; 2HFN A; 3M30 A; 3NMR A; 1C1B B; 4K5R A; 3UCG A; 2B4U A; 4HHU A; 1KTV A; 3OTO F; 4QIF A; 4LR7 A; 2EK6 A; 2M7S A; 2HWT A; 2RS2 A; 2BOA A; 1EHW A; 1TKX A; 4DSK A; 1HNI A; 3HMJ G; 1WOP A; 4ED8 A; 2XMV A; 4CO5 A; 2M8H A; 5D0R A; 1BWV A; 1NSQ A; 1N6Q B; 2BKP A; 3KJF B; 1Y5N B; 1VCT A; 2J0X A; 4EEY A; 1LXN A; 4CRJ A; 2Z2Z A; 3GTY X; 2DNN A; 3GJS B; 4NLG A; 3NAI A; 2YQ0 A; 4OHX A; 3OFE A; 2VPX B; 1RU1 A; 4M5J A; 5A6W A; 3MZI A; 4MH8 A; 5C42 B; 4WWS A; 2VJU A; 3V2U C; 4C7Q A; 4F25 A; 3PYG A; 5A8R A; 4F2S A; 2H4W B; 2W1B A; 1H2V Z; 1QJH A; 1IVZ A; 5DJB A; 2ATL A; 1X0F A; 2DTJ A; 1ACM B; 1AZS A; 1SQE A; 4ID8 A; 3M4X A; 4F02 A; 5KFW A; 3VAL A; 4MAK A; 1IBK J; 1WG5 A; 4CO3 A; 2H5E A; 1LK7 A; 5ETS A; 4OIX A; 3DLE B; 2RKI B; 1B7F A; 1LWE A; 1QTN B; 4NLX A; 4USV A; 1VRU A; 3A12 A; 5KFO A; 2AJ0 A; 2CJX B; 2BMB A; 3J7Y I; 2ZBC A; 2Z56 B; 2W9C A; 4NLW A; 3VAF A; 2GIQ A; 2KN4 A; 1HBU A; 4MK9 A; 4ZJL A; 4DR2 F; 4RR5 A; 1HBN A; 2YWE A; 4NL5 A; 1G1X A; 4YN3 B; 2V2Q A; 3DRR B; 1S6O A; 3C16 B; 2DBB A; 3J80 U; 2RB7 A; 1S1U A; 3N6M A; 4ZPT R; 4NYO A; 2PE8 A; 2ZBR A; 4DUT A; 5IM0 B; 5BXI A; 4B3R J; 1JXE A; 2ZH2 A; 3H2U B; 1BE4 A; 1RT3 B; 4CO1 A; 4QBU A; 1RAF B; 5JVG Q; 2XZW A; 2A6M A; 3SV4 A; 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