The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
65
|
structure length |
65
|
Chain Sequence |
b'TIRVIVSVDKAKFNPHEVLGIGGHIVYQFKLIPAVVVDVPANAVGKLKKMPGVEKVEFDHQAVLL'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification of the interactions critical for propeptide-catalyzed folding of Tk-subtilisin
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Tk-subtilisin
|
| source organism |
Thermococcus kodakarensis
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| total genus |
9
|
| structure length |
65
|
| sequence length |
65
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ZWP A; 2XTJ P; 3VHQ A; 1ITP A; 3P5B P; 2W2Q P; 3QFH A; 3A3O B; 1V5I B; 3BPS P; 2Z30 B; 2E1P A; 3SQO P; 3T41 A; 2QTW A; 2Z2Z A; 3BGO P; 2W2P P; 4OV6 A; 3A3N B; 2Z56 B; 3CO0 P; 2Z2Y B; 2PMW A; 2W2O P; 4JP8 A; 4NE9 C; 4NMX A; 3VV2 B; 3CNQ P; 3WIV A; 1SPB P; 3GCX P; 2ZWO A; 3H42 A; 4K8R A; 3AFG A; 3A3P B; 2Z57 B; 3WHI A; 1R6V A; 2W2N P; 1SCJ B; 3GCW P; 4YN3 B; 2Z58 B; 3WIU A; 2W2M P; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WG5 A; 1Q86 T; 5KFB A; 3MEG B; 2BEF A; 3RBE A; 2XUL A; 4O3S A; 4QBU A; 1LKZ A; 2BUN A; 4M1K A; 1NHU A; 4EYI B; 2CG8 A; 2ZD1 A; 4C3L A; 4FN5 A; 1N5Y B; 2BJ3 A; 2YX4 A; 3J7Y U; 1L3K A; 3ETM A; 5E7O B; 1TL3 B; 5J2M A; 3ET6 B; 4F4A A; 2HFS A; 1U6Z A; 4DG1 A; 1WOP A; 2XO6 A; 2X1B A; 1IR1 A; 1FX4 A; 1R8C A; 3LWM A; 1R8B A; 2V4Q A; 1NK8 A; 2VBZ A; 4FBT A; 2DGW A; 5F0W A; 2HIY A; 1J27 A; 2IA0 A; 4OIX A; 5I3P A; 4X4T A; 2KG1 A; 4ZVH A; 3OVA A; 4MH8 A; 1HBU B; 4FZV A; 4NI2 B; 4NRT A; 4IUF A; 3S6E A; 1N5V A; 3EX7 B; 1QAY A; 1ZH5 A; 3W60 A; 3UQS A; 4JV0 A; 3RAQ A; 2BJ9 A; 1T9W A; 4IFV B; 4DV3 F; 2PSZ A; 1U1O A; 4JI5 J; 3NGT A; 1LWX A; 3ENQ A; 4GRS A; 4OX8 A; 2KG0 A; 1BGX T; 1VRU B; 2AYG A; 3DLK B; 2AQ4 A; 1NRK A; 1MN9 A; 1GT8 A; 2XMM A; 2VQF F; 1TL3 A; 2WVE A; 2VFU A; 2XQC A; 4ITS A; 2LXF A; 2RUG A; 3DRS B; 2LP4 A; 4YB7 A; 3BR9 A; 3ENW A; 1RHM B; 2AX1 A; 2Y1I A; 5D0R A; 2MQL A; 3GJS B; 5ETT A; 1PYO B; 2W2P P; 2KJV A; 4HH1 A; 4U8Y A; 5GAH U; 3PIP Q; 2V8H A; 2FHJ D; 3QNW B; 4CLS A; 2F65 A; 1HBU A; 4YUD A; 1PC5 A; 2VFS A; 4JI6 J; 1SJF A; 2KM8 C; 3SQO P; 2HRT A; 1VK3 A; 1RUS A; 1RWM B; 4OHW A; 2O66 A; 2ZZN A; 3DM2 B; 3JAM U; 4IFV A; 1RTI B; 3A3O B; 1YGY A; 4K2X A; 4PQU B; 1L3U A; 4OI2 A; 2KRB A; 1TAQ A; 3UO0 A; 2Q43 A; 1LK7 A; 5E3P A; 2GML A; 2XSJ B; 1TVR B; 4MYT A; 3UNY A; 1ZTW A; 2E7V A; 4BHQ A; 4AYB D; 2C28 A; 3CDB A; 1JX4 A; 4CM2 A; 3H7H B; 4ZVP B; 2GA7 A; 3RYL A; 2EPI A; 3NWG A; 1EKR A; 1WSR A; 4CNZ A; 3MZI A; 1H3D A; 4KKO A; 1TKD A; 1L3V A; 1IVZ A; 4B3R F; 2FJW A; 4E98 A; 1IKY B; 4I67 A; 2ZDO A; 2ZE2 B; 3HHL B; 3Q8R B; 2HVI A; 3DOM B; 3EE3 A; 2RE1 A; 5A0Y B; 1MU2 B; 2CPH A; 1IKW B; 1C2P A; 5BR8 J; 1Q0N A; 4OJG A; 1PYT A; 1LFW A; 5HVF A; 5L1K A; 5F3Z A; 3VVT A; 5GAD U; 2OEJ A; 4F2S A; 3ZTR A; 4NLS A; 3DM2 A; 3VGS A; 3PW5 A; 4B17 A; 1BQN B; 1XNQ J; 3NXZ A; 5D4P A; 1VIS A; 3FSY A; 5KAK A; 2B4U A; 2XM3 A; 2ZOM A; 1H0H B; 4QR2 A; 2HSE B; 4GKJ F; 3VAL A; 1CC8 A; 1NKE A; 2ZJP Q; 1TVR A; 4OI4 A; 1IBK F; 3QAU A; 2J0W A; 2NXE A; 2ZC3 A; 3VZI A; 2D1C A; 3H0P A; 3G87 A; 3OXF A; 3BBC A; 1RHK B; 2MZR A; 4KT0 C; 3CVK A; 1T9V A; 1J5O B; 3M6X A; 2XWX A; 1W2I A; 3M9O B; 3G8S A; 2WCX A; 3HHL A; 3BJY A; 3UDC A; 2W25 A; 4N8N A; 4G1P A; 3DYA A; 4MFB A; 4ZVO B; 5LSL A; 3J7Z T; 1Y3J A; 4WU2 A; 2U1A A; 3CCQ S; 5DGB A; 3HZE A; 3EGV A; 1KD1 T; 2Y1J A; 3H5S A; 4TKT A; 5ETV A; 1GXT A; 4QR1 A; 4UUX A; 3OL6 A; 5D4N A; 3OTO F; 2J7K A; 4GVL A; 5M2P A; 3D6T B; 2VFR A; 3POT A; 2IM3 A; 2BOA A; 4BWM A; 1RTZ A; 2DNH A; 4F7V A; 4AT1 B; 1Y5I B; 1R0A A; 2ZWO A; 3G6V A; 2R8K A; 4FP9 A; 3KHL A; 1ZOT A; 2JFD A; 4CO1 A; 2QC3 A; 4WWS A; 4PG5 A; 5D4O A; 2V5H G; 3HF5 A; 1HBM B; 1QSL A; 2YNI B; 3M32 A; 2EFV A; 5JVG Q; 2BAC A; 3HI9 A; 1MMD A; 1S6P B; 3M30 B; 2AT1 B; 1DHM A; 1I94 J; 1K1Q A; 2CUY A; 2EFN A; 2AJF E; 1X5S A; 2I1R A; 1YQH A; 1P27 B; 5F0U A; 2OPR B; 4AL5 A; 1JLC B; 1URN A; 2GJI A; 1TL7 A; 1RWP B; 2GO8 A; 3R5C A; 3UDL A; 1XK8 A; 2MMY A; 4C8N A; 1VIO A; 4DQR A; 2BXJ A; 1C0T A; 1JIH A; 2NR0 A; 4ID5 A; 1H6K X; 3LQV A; 1PSD A; 1S6Q B; 2FLN A; 5F8H A; 3FJ2 A; 4X4Q A; 4DUY J; 2CG4 A; 2MKK A; 3TAR A; 5HQ8 A; 5F8J A; 4ZVS B; 4ZVR B; 2IAJ A; 5IT9 Y; 3FQL A; 1HW9 A; 3RU0 A; 4ELU A; 2KO1 A; 1HBM A; 4OI0 A; 3H4B A; 4DSK A; 4UOG A; 4P6Q A; 1Y7P A; 1XMO J; 2PEH A; 1BLU A; 1UPP A; 1HQE B; 1U6F A; 4JUZ A; 4N7T A; 4LRE A; 4WFN Q; 3DU6 A; 2CQB A; 4YDX A; 1S1X B; 2OLW A; 3AA8 A; 2QGF B; 1RYS A; 3LW5 C; 2VPW B; 1DTQ B; 4P2X A; 4NEY A; 1S77 D; 3HXM A; 2J9E A; 1SL2 A; 2W2N P; 3WC0 A; 4F04 B; 3MED B; 4AD6 A; 3SCI E; 2DGQ A; 4DR1 F; 2NXJ A; 3AOD A; 2OPS B; 4Q5V A; 3M6U A; 2MJN A; 3O44 A; 4I69 A; 2W4D A; 3FRY A; 4OHY A; 1H7X A; 5EGY A; 2AJQ A; 1JLB B; 1CG2 A; 3J80 U; 1KHV A; 1VQ5 S; 2VBX A; 4QZV B; 3M9M B; 1HNZ F; 5F9N A; 3GP9 A; 4LVN P; 4F26 A; 3I4H X; 3AXM A; 1X4A A; 2V67 A; 5J2Q B; 4AXI A; 1EP4 A; 2UU9 F; 4F25 A; 4DQI A; 1RAJ A; 2JLE A; 2NPI A; 2HWI A; 3WX4 A; 3SQG A; 3I5B A; 2XMV A; 5L46 A; 3R8Y A; 1DTQ A; 5LJ5 Y; 2C3O A; 3BGL A; 2PMH A; 1UMJ A; 2HHH J; 1XJW B; 2DNL A; 4PAA A; 3CCM S; 4KO0 B; 1QY7 A; 5CD4 H; 5HMZ A; 5D6G A; 2HGM A; 2B3T B; 2OTJ S; 4YS2 A; 1NK9 A; 4M63 A; 2DGT A; 2MDA A; 1TK8 A; 4CNY A; 4OJ1 A; 4NXN J; 2OPS A; 4HVZ A; 2YKM B; 1P9Y A; 5IC6 B; 5C2G A; 5L8R C; 2CQI A; 4DFM A; 4ZK7 M; 2BOP A; 3L3C A; 1DAX A; 4YFU A; 1ELO A; 1PAE X; 4F3Q A; 2WVF A; 5KFC A; 4NMX A; 3C6U B; 2V9W A; 2UUA J; 3PV8 A; 2F9D A; 4F0M A; 4DSL A; 1WDD A; 3HZG A; 4LR7 A; 4CO3 A; 1FCA A; 2V94 A; 3KJV B; 4RZR A; 1WUU A; 2OKQ A; 4AE5 A; 5KFA A; 5DO2 A; 3T1Y J; 4B9N A; 1HFE L; 4HT5 A; 2Z2M A; 3JSM B; 4ZVG A; 3QGP A; 4YY3 J; 3IC1 A; 2HHV A; 3NMA A; 4U95 A; 3CJ8 A; 4R0J A; 4Q45 A; 1M1G A; 1LK5 A; 4DV2 J; 2C2R A; 3QYY A; 4A8M P; 4FYV B; 2DXE A; 3M7V A; 1GMW A; 4GO7 X; 2FJD B; 1ZBT A; 5KFQ A; 5EWF A; 5G4D A; 3QBC A; 2JWN A; 5DDQ C; 4J9R A; 2VJV A; 1BC6 A; 5HP1 A; 1XER A; 1X4E A; 5J2N B; 3AB4 B; 2QL9 B; 3TR5 A; 1XR5 A; 2VKR A; 5DDR C; 2HLU A; 2YKN B; 1R8H A; 2XS7 A; 3EXC X; 2E44 A; 5KG7 A; 1G1X A; 2PT0 A; 1CSJ A; 3C6U A; 1UPM B; 4Q7A A; 3KJF B; 1O0P A; 3TYT A; 1N34 F; 4NX9 A; 4TQR A; 1QAX A; 3C16 A; 2FQQ B; 1F0X A; 4NLV A; 3GFX A; 2ZH1 A; 4PPD A; 3W5Z A; 4DL5 A; 4KFB B; 2XTJ P; 2RRA A; 1BMQ B; 1A6L A; 3C19 A; 1Q8I A; 2HFN A; 2VIH A; 1RAG B; 3QO9 B; 4G65 A; 2Q6B A; 3QRQ A; 2F8M A; 4TU9 A; 2ZKU A; 4HTJ A; 4IH7 A; 4DPO A; 4LVO P; 4LBI A; 3EZU A; 2QN6 B; 1OY6 A; 4R25 A; 1DTT A; 4FF3 A; 5HQM A; 4U6P A; 5L39 A; 2QA4 G; 4TLQ A; 3HDS A; 3A8J A; 4YDD B; 3KLH A; 4JI7 F; 4Y28 C; 5CXT A; 2KZZ A; 3HJF A; 2LDI A; 3PKM A; 2XCA A; 1IM4 A; 1R3N A; 2KU7 A; 5KG0 A; 5I42 A; 3I96 A; 4RUH A; 2HQ3 A; 4JI8 F; 5I4M A; 2G2Y A; 3SZ2 A; 4XIU A; 2JSX A; 1HI8 A; 4DV3 J; 3C6T A; 1LWC B; 2VL1 A; 4AQY J; 2F3J A; 5C2C A; 3QO9 A; 3MEK A; 1HI1 A; 2N7Y A; 2DCU B; 2W9C A; 1KQF B; 1UA1 A; 2GQQ A; 3K89 A; 1HAR A; 2VQF J; 3AD7 C; 4ZOS A; 4QWB A; 2VHG A; 2H3E B; 2BQU A; 3B8H A; 4F2R A; 1FWP A; 4WKR A; 1IR2 A; 1MSW D; 3M2V A; 1REG X; 2DPJ A; 1U7L A; 4BC7 A; 3U1L A; 2QZ8 A; 2HFZ A; 3A8E A; 2D3U A; 4DL3 A; 2YKA A; 3ZZO A; 4M5K A; 3ENV A; 1T3N A; 5I3U A; 1CEZ A; 3CJR A; 5DQG A; 1PJ7 A; 4I6Y A; 3KLE B; 2GJF A; 3AFG A; 3OTC A; 1X7V A; 2VA3 A; 2I8E A; 1T9T A; 1NHK L; 1X9S A; 3VR1 A; 3QMQ A; 5B0B A; 2GHV C; 3BS9 A; 3GTY X; 3TVK A; 3EVW A; 1HNV B; 1DZ5 A; 3EUN A; 1FJE B; 4ZKA A; 3W65 A; 2RF2 B; 1Q16 B; 2BKN A; 3X1L B; 3MM9 B; 1HLW A; 3CJ0 A; 3EPI A; 4B3R J; 4DV1 F; 4TU7 A; 4OZN A; 3W2W B; 2JEG A; 1L3T A; 4Z7C A; 5CQG A; 3O2I A; 3PR5 B; 1Y3K A; 3CC2 S; 2OEK A; 2B8Q A; 4X4V A; 3QIP A; 2D74 B; 2ALY B; 5D3G B; 5D78 A; 5HL7 Q; 3KLE A; 2C42 A; 4F0H A; 2XY5 A; 2DYA A; 3DGP B; 2DKO B; 4DBQ A; 4ES1 A; 2W9A A; 4P2S A; 2IJR A; 1N88 A; 1EET B; 4GKJ J; 3PDN A; 4L3N A; 4S0M A; 5BYR A; 1NHV A; 1IBK J; 1RWX B; 1HNV A; 3KK3 A; 4Q43 A; 1GEH A; 3IGN A; 4DV6 F; 3K8V A; 4EZ6 A; 4HAC B; 2RF2 A; 2HMI A; 3MM9 A; 2XHC A; 1GTE A; 2CQ2 A; 3IRW P; 2FY8 A; 5AJ3 F; 3N9U C; 3BQ0 A; 4NAS A; 2W9B A; 3AB2 B; 2QMX A; 4F8R A; 1NKB A; 2R2U A; 1FWK A; 4MMO A; 3HFZ B; 1ZAX A; 5L9N A; 1VS3 A; 2ASL A; 3LGH A; 3H25 A; 4PG8 A; 1SCJ B; 2GIQ A; 1KRP A; 2HUR A; 2HHW A; 2C2O B; 5D3G A; 5IQ6 A; 3N6N A; 4OYI A; 3CF5 Q; 1FVQ A; 4OYW A; 4PWW A; 3OTO J; 4A4J A; 1TL5 A; 2Z8Q A; 2HRY A; 2BJE A; 2ACM A; 1IR0 A; 4K4V A; 1ZA2 B; 3UN3 A; 3W8P A; 3MCM A; 3ENA A; 2CA9 A; 1EET A; 1U1P A; 2KDO A; 1OYE A; 1TUV A; 1WC3 A; 3QZ8 A; 3EM1 A; 4LIR A; 2MY8 A; 2YWF A; 5DG9 A; 4JV5 F; 2GMJ A; 3D9B A; 4HAC A; 2KL8 A; 3VGU A; 1UWB B; 2AHO B; 2HG4 A; 2GHW A; 2IVY A; 2J9D E; 2QT7 A; 3FEX B; 1KS2 A; 4H4K C; 4DFJ A; 1J5E F; 1TKT B; 4FS2 A; 2DR9 A; 1R0B G; 1S72 S; 1QM9 A; 4CO2 A; 3PR4 A; 3O3L A; 1FFS B; 1TL1 B; 3TO8 A; 3UCZ P; 5F3T A; 1YTY A; 1XMB A; 1VBX A; 4V19 X; 3TEG A; 1B99 A; 3OL7 A; 2WBM A; 2CPI A; 2LVW A; 3D2W A; 4MK7 A; 3D54 A; 1RT5 B; 1CQM A; 3TRG A; 1QJH A; 3OHB A; 5EDW A; 3PW7 A; 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3PYE A; 3Q23 A; 2JRS A; 3ZZU A; 2VH7 A; 1EHW A; 3IS9 B; 4WXO A; 1I1G A; 1RAC B; 2OPP B; 4PXC A; 1FK9 A; 1KVI A; 4YB5 A; 2F4F A; 3D1H A; 4LRB A; 2ZBQ A; 5KG1 A; 5FII A; 3KLF B; 3QGH A; 4IG3 A; 2NUH A; 2J6U A; 4P72 A; 2E7W A; 3MUT P; 4MKA A; 3L9Z A; 2DH9 A; 1QE1 A; 3PTW A; 4J9P A; 1NJX A; 3SFU A; 4USM A; 1T05 B; 1SUQ A; 2EBE A; 5HJX A; 4GMK A; 4LBP A; 2Y1L B; 1D0E A; 2BKP A; 4ILM A; 2XSF A; 3HO1 A; 5DET A; 2HBR B; 5C25 A; 1M5S A; 1HWJ A; 5IV4 A; 1RAH B; 1VOM A; 4BS2 A; 2ACY A; 2OPP A; 2EWH A; 1SC4 B; 1Q82 T; 3R6G B; 3AA9 A; 3BDP A; 4MAK A; 5LMU J; 3HSZ A; 1LW2 A; 1P1L A; 3R1L A; 1TL4 A; 4PKD B; 1PKU A; 3SIP B; 4UQT A; 4ECT A; 3AJD A; 3KLF A; 2FC9 A; 2GAG C; 4GO5 X; 2AMC B; 3H2U B; 1L3S A; 1RCO B; 1T9U A; 1NH8 A; 1IXK A; 4FF1 A; 2DTJ A; 2V2K A; 3OUY B; 2FVR A; 1WOR A; 4R8U B; 3HHL D; 5BYS A; 2HFO A; 3HVT A; 4R5P B; 3VAG A; 3DCA A; 1ZZN A; 2V9K A; 3FCH A; 4W92 B; 1NXI A; 2IJN A; 2C3Y A; 3QRR A; 3HKW A; 1NO8 A; 5I3Q A; 3EWG A; 4JI1 J; 1WC0 A; 2PA8 D; 5LSO A; 2LQB A; 4IO9 Q; 2FDN A; 3HKZ D; 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