The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
70
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sequence length |
282
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structure length |
282
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Chain Sequence |
ALEWCKNRLEITGRSVFVDIMQQWVTGEEVPLYRHAIQQSIRLFLAGCAGILKPVKCMEYPPFPRLVSHGTGSAVASNLAFQHWLDLLLKDAVLDGDTIRQIDRIYLQSGIASVKWETIPEGARQIITQLMARQYPDWFGVASWSSHINGADCWTKLGVMQEHACNCDMLMIIPTRLAIELNGNSQLLTGVSTTHDLYSHLYGMAWPSGQNIIWQRDRINSLRLDFDSPSYPPSAELMGELSAVFDCEIRHWYQEPVNGIRGYDCYDRGDHVDSGEYGAGPF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a hypothetical protein from Yersinia
pseudotuberculosis
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Yersinia pseudotuberculosis
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| molecule keywords |
Hypothetical protein api92
|
| total genus |
70
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| structure length |
282
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| sequence length |
282
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-09-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06924 | DUF1281 | Protein of unknown function (DUF1281) |
| A | PF18406 | DUF1281_C | Ferredoxin-like domain in Api92-like protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Api92-like | Api92-like | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Api92-like domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2IJR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JL9 A; 1EX8 A; 5DZ6 A; 2CQ3 A; 3RW6 A; 1T02 A; 4U7U K; 5B0D A; 1RKJ A; 4EMD A; 3LPE A; 4YDX A; 4HYK A; 2DY9 A; 1UPM B; 1R0A B; 2HHS A; 4WBF A; 1UAW A; 3DU5 A; 5I3Q A; 1RQ0 A; 2ROG A; 3GSI A; 1RAF B; 3KK3 A; 1V6H A; 1UFW A; 2GGP B; 1C0T A; 5FLX U; 2O3D A; 4I2P B; 1HQE A; 2F65 A; 3CJR A; 3RJM B; 5IM0 A; 4E0D A; 4DX6 A; 2XWX A; 4C8Y A; 2V8D A; 1XK8 A; 1NAQ A; 4DR3 J; 3UW1 A; 1HWU A; 4KPC A; 2G4B A; 1KON A; 1FEH A; 2K1R B; 1HW9 A; 4P10 A; 4ZJQ A; 4F4W A; 1FRH A; 3BEG B; 3W2W A; 3PIP Q; 5E33 A; 4NI2 A; 4KV8 B; 2JDJ A; 4KR0 B; 4LR7 A; 3RAQ A; 4QQB A; 5ETV A; 4XDC A; 2IM2 A; 3CPW R; 2QLJ B; 5F8I A; 3DDN A; 2L9N A; 5E3Q A; 1FNM A; 1JMT A; 1S9G B; 2F7V A; 3VV2 B; 4B3M F; 2LEP A; 4OX9 J; 3TJ9 A; 4K59 A; 1S1U B; 2N7Y A; 5EN1 A; 1C4C A; 1AT1 B; 4Y2A A; 4JI1 F; 3ICL A; 2QSW A; 4HI2 A; 4YFU A; 1RYS A; 3AHP A; 4DU8 A; 3FBE A; 1F5B A; 2PA3 A; 3BKF A; 2EK1 A; 3MEE A; 3D6T B; 1RAC B; 4K0K J; 3OTC A; 3HJF A; 1SH0 A; 2RF2 B; 2W9B A; 5K8O A; 2KHD A; 4B9U A; 4YY3 F; 1WEZ A; 5DET A; 1AYE A; 4YHH F; 2QC3 A; 2OSQ A; 1S6U A; 4DL0 C; 5DG7 A; 4PG8 A; 5SUH A; 3M6W A; 5HAN A; 4IDK A; 4F0K A; 1KVI A; 2ZOG A; 5AE1 A; 5JUM A; 4ZLN A; 4QYR A; 4OZ5 A; 4ERD A; 2ZBC A; 5I42 B; 3G96 A; 2ADC A; 4YB6 A; 2X1F A; 3OVB A; 1V3R A; 3QSI A; 1FXR A; 3FFI B; 1YZ6 A; 2K2P A; 4NLO A; 4GC7 A; 4CDI A; 3QJL A; 1YSJ A; 1M5K C; 3FCW A; 2Y8W A; 3LGM A; 2CQ1 A; 3ITH B; 2XHW A; 3KKF A; 3EVM A; 2YWW A; 4RNN A; 1HA1 A; 2G0I A; 4IQM A; 4X65 F; 3HT0 A; 4NLW A; 1JLE A; 4MIB A; 3NLC A; 3Q8S B; 3WZ0 A; 4CI0 B; 2OPS B; 1PYT A; 3VAH A; 4PUO B; 3LO3 A; 1R27 B; 3MDF A; 4LUB A; 4FBT A; 2AYB A; 4ZLJ A; 4WK1 A; 2UVR A; 5IV3 A; 4DSJ A; 4CTA A; 4QR0 A; 2CZ4 A; 9ATC B; 1LXJ A; 2VKZ G; 1Y5L B; 2IMO A; 2LLZ A; 2NPF A; 4Z37 A; 3MEG B; 4C48 A; 1RT3 B; 4X66 F; 2UU9 J; 1C1B B; 2HQ3 A; 2VON A; 4DL6 A; 3TAQ A; 3KHR A; 5K14 B; 1M5O C; 2FJB B; 3MR5 A; 4I2Q A; 1FXD A; 3RAM A; 4ICL A; 3ZO7 A; 1GNK A; 1AZS B; 2XYG B; 4K7Q A; 1XEZ A; 3VGT A; 2E1R A; 2XCP A; 3ZNU A; 2YQ3 A; 1BMQ B; 3LP2 A; 4JI2 J; 2A0F B; 4ZJO A; 1T8E A; 3KJF B; 2C3M A; 4R25 A; 5J2P B; 2PA8 D; 2RE1 A; 4JI0 J; 5BYS A; 2HNY A; 4ED7 A; 1VFJ A; 2QL9 B; 2BX6 A; 3HVA A; 1BQM A; 4PR6 A; 3IO1 A; 5K5M A; 1NDC A; 3WQP A; 2LQB A; 3K58 A; 4A8S A; 4W92 B; 3FQK A; 1N6Q A; 4PKD B; 5GMK a; 3WHI A; 2HFU A; 3HHD A; 2RQC A; 4DS4 A; 2DNH A; 2W2Q P; 4UOH A; 1PJ5 A; 1T3N A; 2OIH A; 2XY6 A; 1NJX A; 2J7K A; 3GCW P; 2XM3 A; 1FEE A; 4O4G B; 4KJI A; 2BVZ A; 2R7U A; 3KLV A; 2GC8 A; 3DXB A; 1TQL A; 4M5K A; 1UPP A; 1Y5N B; 4PQA A; 2IA0 A; 3T1H J; 3KLI B; 5KFS A; 1DHM A; 1UEK A; 1L3V A; 4ANE A; 3KXD A; 4DV4 J; 2FZK B; 4KYZ A; 3IM9 A; 5LSO A; 1VC5 A; 4HAC B; 4IH5 A; 5G0R B; 1CPZ A; 5E3R A; 2V8G A; 3NAI A; 2C3O A; 2FZG B; 1S7H A; 2YKO A; 1MRO A; 3EIC A; 1PAU B; 1F60 B; 2AJQ A; 3MEC B; 2V94 A; 4HTI A; 3MTK A; 3DGP B; 2KJV A; 3RBX A; 2U2F A; 4RW7 A; 1SL0 A; 1QY7 A; 1HW8 A; 2CJQ A; 2EEY A; 1TEL A; 4MKY A; 2NYH A; 1TKZ A; 3GTY X; 3WC0 A; 3CDA A; 4JV5 F; 4ED5 A; 1TP7 A; 1MLA A; 2V4Q A; 4NLS A; 1X4F A; 4Z7Y A; 2H65 B; 2PN6 A; 2VFS A; 4DV7 F; 2DKO B; 4KGK A; 3OFG A; 4Z2X A; 1HNI A; 4DU7 A; 3CCQ S; 4EZ9 A; 1Q82 T; 3GMG A; 3T5J A; 2C2E A; 3MFI A; 2WRM A; 4EBE A; 1S1X A; 3DHX A; 4UOG A; 2ZWO A; 3I9V 9; 3PDN A; 1JXV A; 3AB4 B; 2BM0 A; 4CNZ A; 3KLG A; 3B4D A; 2ALZ A; 2QFJ A; 1IR2 A; 5IT9 Y; 3HD1 A; 4ZN3 A; 2YKM A; 2YH1 A; 4J91 A; 1SJQ A; 1RGV A; 2A10 A; 3QMQ A; 5CD4 H; 3N5F A; 4DLE A; 4OI2 A; 3B82 A; 3PEJ A; 1FHT A; 4NRU A; 1N32 F; 3M30 A; 2B51 A; 1C0T B; 2D3O R; 3VVT A; 1HQE B; 4O44 B; 3QT6 A; 4TNO A; 4LJM A; 5EWF A; 3ISZ A; 4UZC A; 5FD1 A; 2ZE2 B; 1RTI A; 5KFB A; 1CQN A; 3J7A 1; 4IRK A; 1NSA A; 2XLJ A; 1XER A; 3DKD A; 2CDR B; 3IMQ J; 3NNH A; 3HKW A; 1IXK A; 1CLF A; 4RW6 B; 4RU9 A; 3TZY A; 3FGV A; 3R5G A; 3M9N B; 5KG2 A; 1HNW F; 1WDD A; 3CCW A; 3NKY A; 3D66 A; 3CDB A; 3K59 A; 4NLU A; 2ZKT A; 2RSQ A; 1WSV A; 2FLP A; 5HN0 A; 3EMT A; 4PPZ A; 1EKR A; 2B56 A; 2XY7 A; 3N01 A; 3KLF A; 4HDG A; 4ID5 A; 2MGZ A; 3K7R A; 5BJR A; 2IBO A; 2KXN B; 4IG3 A; 2WB1 D; 1WC3 A; 3GJR B; 2IYI A; 4DR6 J; 4A8Q A; 2YNG A; 3PRD A; 2B0G A; 4CH1 A; 2GMH A; 3SEO A; 1MU2 A; 2RDI A; 1LKZ A; 5DRK A; 1RT5 B; 3ILJ A; 2L08 A; 2GJ2 A; 4NZ0 A; 2EI5 A; 2R7T A; 1JLQ A; 2U1A A; 1KHW A; 1JJH A; 2G0C A; 2F40 A; 3DNC A; 4P2X A; 3NY0 A; 1X5P A; 4IDK B; 3PM9 A; 3J81 U; 2FUG 9; 2DHA A; 3H4D A; 2C2Z B; 2W8L A; 4K4T A; 3W9J A; 1HHS A; 2LXU A; 3HVW A; 1LW2 A; 4LRB A; 2QMU B; 4B3T F; 1NM2 A; 2W01 A; 1YTY A; 5HVH A; 4J5O A; 1G1X A; 2ILY A; 4CQ1 A; 2CZ9 A; 4F4X A; 1YRU A; 4LQ9 A; 3ZXW A; 2GQC A; 3D3B J; 1HD0 A; 4XTT A; 2O66 A; 1SJ4 P; 2NS1 B; 3NGU A; 3O1L A; 4DL4 A; 1JLE B; 5KFT A; 2ZNZ A; 1AUD A; 1ZZF A; 2BUN A; 1NB2 A; 4KSE B; 4ZOS A; 1GX5 A; 1ZBT A; 1FI4 A; 4DV1 F; 3KFW X; 3JSR A; 4NML A; 3DM2 A; 1C1C B; 1HWL A; 4HHU A; 4QU6 A; 3BKT A; 2VV5 A; 4ZLL A; 3KG4 A; 1CJV A; 5DGB A; 1VJQ A; 1U47 A; 5J1N A; 3OTO J; 4RW4 B; 4B3S F; 2YNF B; 1URR A; 2K7J A; 3PRB A; 2DY1 A; 1NU4 A; 1R8A A; 4I2Q B; 3THT A; 3IGN A; 5A2Q U; 4CLY A; 3OR2 A; 4OV6 A; 1N5S A; 3A3P B; 3Q23 A; 1YHQ S; 2WON A; 2HHV A; 2RS2 A; 4NEZ A; 1SB6 A; 2GHP A; 5EWE A; 1TR0 A; 2VDH A; 4WU2 A; 2M70 A; 3W62 A; 3HHL A; 2HNY B; 1QTN B; 4F7V A; 2R8J A; 1BQM B; 3JSB A; 3HD2 A; 3FSI A; 2H5E A; 1LQ9 A; 3QT5 A; 2P8I A; 4DV3 J; 1H0H B; 1VK3 A; 2CQD A; 4DL2 A; 3I9Z A; 3C16 A; 5BYQ A; 4FYW B; 3V4I B; 3ZTQ A; 4J9K A; 2WK4 A; 2HLU A; 2MZQ A; 5DLF A; 3ZZ0 A; 5KFE A; 1P1T A; 2VIC A; 3TJ8 A; 4PG7 A; 2YNI B; 3AD8 C; 5KG6 A; 4DZD A; 2UP1 A; 5FDL B; 3ENQ A; 2E7W A; 5T7L A; 3FUY A; 4WFX A; 2YQ1 A; 3QAE A; 5RUB A; 2MXY A; 4JI3 F; 4D3G A; 3UPF A; 5AE3 A; 1UJ6 A; 2ABY A; 4DUY J; 3CT9 A; 3CSK A; 4WJB A; 2EXU A; 1WC1 A; 2ZH1 A; 2R7S A; 1QD1 A; 5C24 B; 1J5E F; 3TQE A; 1MRO B; 1W26 A; 4NOH A; 1U0S A; 1IBC B; 1T03 B; 3VQS A; 4OHX A; 3VAJ A; 1X31 C; 4TU9 A; 2BXJ A; 2V4J A; 2HGN A; 2GIF A; 2FLN A; 4RW7 B; 5KG0 A; 2C2M B; 4C8N A; 1TKZ B; 1Q5Y A; 1PIE A; 5AJ3 J; 1G2E A; 4G3I A; 5F0U A; 2AHO B; 3K8W A; 2PD1 A; 2UUB J; 1UVL A; 4H4M B; 1T95 A; 2DR6 A; 3R5D A; 5F3T A; 4NYZ A; 3J80 Y; 2DH7 A; 2I1R A; 2G0J A; 2OEL A; 2Z2Y B; 3C14 B; 1V5V A; 4ILR A; 2DO4 A; 3PR4 A; 4UZB A; 2HRY A; 3FKB A; 1RAH B; 3W2V A; 2GA7 A; 4DV2 F; 1HNI B; 2OPQ B; 2KN4 A; 3HSJ A; 4P73 A; 3SCK E; 1YZ7 A; 1VK8 A; 3R7N B; 3W1Y C; 4IOB A; 2VJU A; 2HFS A; 3MMB B; 3HO1 A; 5D77 A; 5AT1 B; 1PSD A; 5KFK A; 1YLX A; 1VQ7 S; 2VIH A; 3IS9 B; 1HD1 A; 3UDE A; 4QWB A; 4RUC A; 3AOD A; 1QVG R; 1XR6 A; 2CRL A; 2JEI A; 4F50 A; 2QMX A; 1TL5 A; 3JQM A; 3MMC A; 1HHQ A; 3JAM Y; 1KR4 A; 3HVT A; 1Y10 A; 5FJ4 A; 3H59 A; 2ZZM A; 3RUB L; 2ZVS A; 2WW4 A; 5T14 A; 3D9B A; 4Q45 A; 4FF3 A; 2IM0 A; 2BQU A; 5ETK A; 4K4Z A; 2JSX A; 2WBR A; 1VQO S; 4F4K A; 3G71 S; 3P3D A; 1RTH A; 2HVI A; 4TQR A; 2QT7 A; 3OHB A; 3BGO P; 2VPW B; 3O3L A; 5M2P A; 1RHU B; 1RHJ B; 5F0W A; 2W2P P; 4B08 A; 4F2S A; 3UCZ P; 1JNZ B; 3TA2 A; 2MQP A; 1QM9 A; 1VOM A; 4KGZ B; 2F8E X; 4MAK A; 1QSL A; 1U49 A; 2B9X A; 4OJ3 A; 2MGZ B; 1PBA A; 3EXY A; 2B3T B; 5ETS A; 4F67 A; 3BR8 A; 4X4P A; 3FSX A; 2AT1 B; 2DBB A; 5J1P A; 2PMH A; 5E41 A; 1QVF R; 3V6J A; 2YNG B; 2E5L F; 1DLO A; 3IBC B; 4DWI A; 4M94 A; 3BBB A; 2BW7 A; 1G4C A; 4QCL A; 2KYX A; 4X4R A; 1WOP A; 4LQ3 A; 3QAT A; 3DDI A; 1FDB A; 1Y9O A; 2CNK B; 2DHS A; 4CWB A; 2OPP B; 4P75 A; 1JLQ B; 4WII A; 3RBZ A; 2GJI A; 2J8A A; 2LVW A; 1LWE A; 1V3S A; 4F0M A; 1NK9 A; 1IKV A; 4LSL B; 4ECU A; 5D15 A; 3K57 A; 5H1S V; 1O8B A; 1RT4 B; 1ZAX A; 1TL3 B; 1TKD A; 3U1N A; 2ROP A; 1JLB A; 4OFZ A; 5J2Q A; 1RWK B; 3X3U A; 2ADB A; 4ZVP B; 1YIJ S; 1B3T A; 2XMU A; 1DAR A; 3CNQ P; 1BC6 A; 1ZAW A; 1MMN A; 3OL9 A; 4NWB A; 5EHH A; 4RNF A; 2HAF A; 4Q8F A; 5CAB A; 1WWH A; 1M5S A; 4YR0 A; 2EVZ A; 3RRG A; 4M1K A; 3ZNJ 1; 4TU8 A; 4RLE A; 1UZH A; 3DCA A; 1UVM A; 2ROE A; 1KVJ A; 3I4H X; 2V2Z A; 3ADA C; 5B7W A; 2BAC A; 2I0X A; 2WVF A; 3EM1 A; 2OHD A; 2G13 A; 3T1A A; 5IT0 A; 1B0T A; 2BJ9 A; 4NXM F; 1WOO A; 1U1Q A; 5D4L A; 4IOA Q; 1CJV B; 4ED2 A; 5IQQ A; 1U2R A; 3FVY A; 1HL6 A; 3KOA A; 1AW0 A; 1XMQ F; 3UR3 C; 4ANC A; 4QYZ K; 4ED3 A; 4C8Z A; 3EUN A; 1CG2 A; 1NBE B; 1SIZ A; 3V2U C; 4MH8 A; 1KFD A; 2FIU A; 1KQG B; 2AYE A; 1VHF A; 1TL1 A; 4AXJ A; 5D0G A; 1BUX A; 3J7Y I; 3OR2 B; 3VZI A; 3F56 A; 2WON B; 2HFV A; 3FEX B; 3C6T B; 2UXD J; 2MKC A; 1HBO A; 2HGL A; 1HFE L; 3CXC R; 1S10 A; 2UVV A; 5C42 A; 2EFQ A; 1YBU A; 5A6P A; 3OR1 A; 4PG5 A; 3NRB A; 2ZBI A; 3BGR A; 1ULR A; 1Q8I A; 4F8R A; 4U67 Q; 2W9A A; 1VRU B; 2AZ3 A; 5KG7 A; 2ZUA A; 4DN9 A; 2YNH B; 5E5N A; 4DV6 F; 1RCX B; 3QO9 B; 1KD1 T; 1W7W A; 3C16 B; 4GVB A; 3HF5 A; 3UCU P; 2D41 A; 2IHR 1; 1UVJ A; 5DM6 Q; 2F9D A; 3H25 A; 3VVU A; 3TO8 A; 1VQ8 S; 3LP0 B; 3K5P A; 3J7Y U; 3V81 B; 1YDL A; 3OL7 A; 5T7L B; 4XPE A; 2V2V A; 3KK2 A; 1NPR A; 3OQ2 A; 4JI4 F; 2D3U A; 3GON A; 4M63 A; 4NLR A; 4OLP A; 1HYS A; 1OY9 A; 1KTV A; 4E98 A; 1JNR B; 1GK8 A; 1VRT B; 2Y0B B; 4J90 A; 4IFY A; 2CNN B; 3FCV A; 2EBG A; 1X9M A; 4GKK J; 4UUW A; 1OIA A; 1MG7 A; 2J0Q D; 3VCD A; 1AFJ A; 3EZO A; 3BF4 A; 3HKZ D; 4RL1 A; 2GMJ A; 4DPX A; 4NZ6 A; 5KFF A; 2VJV A; 4DR4 J; 1UA0 A; 1H98 A; 2V4J B; 5F8N A; 1CJK A; 4FVM A; 1XNR F; 2LP4 A; 2D3O 1; 4A47 A; 4FKX A; 4ECY A; 2M7S A; 3HFZ B; 4KH0 B; 2NXU A; 3PJ9 A; 4OYI A; 3VTI A; 1I94 J; 5C2C A; 2DK2 A; 2IDL A; 3CW2 C; 3D0G E; 3MAQ A; 3CIM A; 1HWJ A; 4X4V A; 4ZIV A; 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