The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
337
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sequence length |
1034
|
structure length |
1033
|
Chain Sequence |
MPNFFIDRPIFAWVIAIIIMLAGGLAILKLPVAQYPTIAPPAVTISASYPGADAKTVQDTVTQVIEQNMNGIDNLMYMSSNSDSTGTVQITLTFESGTDADIAQVQVQNKLQLAMPLLPQEVQQQGVSVEKSSSSFLMVVGVINTDGTMTQEDISDYVAANMKDAISRTSGVGDVQLFGSQYAMRIWMNPNELNKFQLTPVDVITAIKAQNAQVAAGQLGGTPPVKGQQLNASIIAQTRLTSTEEFGKILLKVNQDGSRVLLRDVAKIELGGENYDIIAEFNGQPASGLGIKLATGANALDTAAAIRAELAKMEPFFPSGLKIVYPYDTTPFVKISIHEVVKTLVEAIILVFLVMYLFLQNFRATLIPTIAVPVVLLGTFAVLAAFGFSINTLTMFGMVLAIGLLVDDAIVVVENVERVMAEEGLPPKEATRKSMGQIQGALVGIAMVLSAVFVPMAFFGGSTGAIYRQFSITIVSAMALSVLVALILTPALCATMLKPIAKGDHGEGKKGFFGWFNRMFEKSTHHYTDSVGGILRSTGRYLVLYLIIVVGMAYLFVRLPSSFLPDEDQGVFMTMVQLPAGATQERTQKVLNEVTHYYLTKEKNNVESVFAVNGFGFAGRGQNTGIAFVSLKDWADRPGEENKVEAITRATRAFSQIKDAMVFAFNLPAIVELGTATGFDFELIDQAGLGHEKLTQARNQLLAEAAKHPDMLTSVRPNGLEDTPQFKIDIDQEKAQALGVSINDINTTLGAAWGGSYVNDFIDRGRVKKVYVMSEAKYRMLPDDIGDWYVRAADGQMVPFSAFSSSRWEYGSPRLERYNGLPSMEILGQAAPGKSTGEAMELMEQLASKLPTGVGYDWTGMSYQERLSGNQAPSLYAISLIVVFLCLAALYESWSIPFSVMLVVPLGVIGALLAATFRGLTNDVYFQVGLLTTIGLSAKNAILIVEFAKDLMDKEGKGLIEATLDAVRMRLRPILMTSLAFILGVMPLVISTGAGSGAQNAVGTGVMGGMVTATVLAIFFVPVFFVVVRRRFS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Transport of lipophilic carboxylates is mediated by transmembrane helix 2 in multidrug transporter AcrB.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli (strain k12)
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| molecule tags |
Transport protein
|
| molecule keywords |
Multidrug efflux pump subunit AcrB
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| total genus |
337
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| structure length |
1033
|
| sequence length |
1034
|
| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-04-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00873 | ACR_tran | AcrB/AcrD/AcrF family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold | Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold | Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Multidrug efflux transporter AcrB pore domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Multidrug efflux transporter AcrB pore domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Multidrug efflux transporter AcrB pore domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains | Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains | Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2GIF A; 4ZLJ A; 4U8Y A; 1T9U A; 1T9W A; 4ZLL A; 4K7Q A; 1T9Y A; 4C48 A; 4DX7 A; 4ZJO A; 1OYD A; 4DX6 A; 4ZJL A; 2I6W A; 1T9V A; 3AOC A; 3AOA A; 3NOG A; 2HRT A; 4ZJQ A; 2DRD A; 4ZIV A; 4ZLN A; 3AOD A; 4ZIW A; 1OYE A; 1IWG A; 1OY6 A; 2HQC A; 1OY8 A; 4U96 A; 5JMN A; 3W9J A; 2V50 A; 3NOC A; 4MT1 A; 1T9T A; 2RDD A; 2J8S A; 2DHH A; 3W9H A; 3W9I A; 4ZIT A; 4CDI A; 4U95 A; 2HQF A; 3D9B A; 2DR6 A; 3AOB A; 1OY9 A; 2HQD A; 4DX5 A; 1T9X A; 2HQG A; 2W1B A; 4U8V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2LQ8 A; 2U2F A; 4XAK A; 1JJ2 R; 3FBE A; 2FJE B; 2IHR 1; 1FKP B; 3B4D A; 4MYU A; 5IXU A; 1QAI A; 2EFQ A; 2FHJ D; 2MKK A; 4DQP A; 4W92 B; 1SIW B; 2Y8W A; 3K5N A; 3V81 A; 1G4C A; 2JVR A; 2JFK A; 1VHI A; 2FD2 A; 3DDN A; 3ZZO A; 3QJJ A; 5KFR A; 4I1T A; 3LH2 S; 2Y9H A; 2APO A; 2GJ2 A; 3CJK B; 1ZH5 A; 3ZNJ 1; 1Q7Y T; 1FX4 A; 2VKR A; 1RTJ B; 4JBC A; 4IYQ A; 1U0H B; 4C0O C; 1QTM A; 4DR4 J; 1AXQ A; 3T1Y J; 4RBV A; 3IRW P; 2JEF A; 2JFD A; 1RWW B; 5JUM A; 5FLX Y; 2MHE A; 1JNR B; 3CCE S; 3BGU A; 3Q86 A; 2EC2 A; 5CD4 A; 4J9S A; 4DF4 A; 1HMV B; 5EDW A; 3DLB A; 3TP2 A; 2RQC A; 3SDE A; 4CO1 A; 4URG A; 2D3Z A; 3RR7 A; 4LFB J; 4MFB A; 3RYL A; 5K8N A; 2BJ3 A; 2CQ3 A; 1N52 B; 4OX9 F; 3EUN A; 5DM6 Q; 1GFW B; 1UL3 A; 2GX8 A; 4O44 B; 1NKB A; 1I51 B; 1KQK A; 3CD6 S; 4K4S A; 4ZP7 A; 3GQC A; 4AXJ A; 1KON A; 4JYA J; 1EZZ B; 1MML A; 3PJX A; 1K9M T; 4C48 A; 4ES2 A; 4DG1 B; 2P8I A; 1OPI A; 2XI3 A; 4B3T F; 2HHX A; 2I6W A; 2N3L A; 3AOA A; 4NI2 A; 2ZHO A; 4FP9 A; 4WE1 B; 1HNV B; 4Z7C A; 2OLW A; 2CXE A; 3ILJ A; 1RWO B; 1KD1 T; 3GCX P; 4ZHR B; 3AHP A; 4YB1 P; 1VRT A; 3GON A; 1M5K C; 2BUN A; 5GAG I; 3OSN A; 9ATC B; 3OVA A; 1I3O B; 4ZCK A; 2B51 A; 2DHA A; 2XUL A; 3CCZ A; 3M4X A; 1XC9 A; 2DHS A; 2OI2 A; 1ELO A; 1YJV A; 5AXM A; 4MIA A; 3OW2 R; 1F2H A; 1RWK B; 4LR8 A; 3CT9 A; 4OZ1 A; 3KOA A; 4L3N A; 4I4B A; 2J7W A; 3BGL A; 4ZLP A; 5G0R A; 2R8K A; 2Q3P A; 5B0E A; 3ZTO A; 3CJ2 A; 4I64 A; 3VQT A; 1KTV A; 4LQ9 A; 4X4P A; 4IRD A; 1HQU B; 2PA8 D; 4FF3 A; 4I2Q B; 1ZAV A; 2BQR A; 3ITH B; 4A8S A; 2BAN A; 1KWM A; 3IR7 B; 2DR8 A; 2E66 A; 4O4R A; 4Y34 A; 3EZ5 A; 1NPP A; 2VZ9 A; 4KV8 B; 4UZC A; 2J5A A; 2XO6 A; 2F9D A; 2B5J B; 3BSN A; 2IIH A; 3H42 A; 3RAM A; 4AFF A; 2R7S A; 1RLD A; 3MCM A; 2C3U A; 4CM2 A; 1YRU A; 3W9I A; 1WKJ A; 4MIW A; 2R7O A; 2OD6 A; 5IM0 A; 3PY8 A; 4LF6 J; 3CIZ A; 3D9B A; 1NK8 A; 3NWG A; 3P3D A; 3WQP A; 2JC0 A; 4JI2 F; 4ZPV R; 2XWY A; 4KGZ B; 4X62 F; 1RT1 B; 2HQG A; 4FN5 A; 3IFE A; 1O5J A; 3Q2S C; 4XDC A; 3DOK A; 3T6B A; 3WX8 A; 2QFI A; 1HBO A; 4CLT A; 2KT5 A; 4LF8 J; 1SB6 A; 4WII A; 1E6V A; 4M5D B; 1KQF B; 2CIM A; 3MI7 X; 4HAC B; 4CT9 A; 3VAF A; 3AD9 C; 3MFH A; 1G7C B; 2VPX B; 3SQG B; 4C8K A; 1D3W A; 5FJ4 A; 4E0D A; 1BY9 A; 4J90 A; 2Z2Y B; 1FDN A; 1XTZ A; 1KHW A; 2WON A; 3ISZ A; 1D9D A; 4QWC A; 4DLE A; 4KQZ A; 1TK8 A; 2IJF A; 2PMZ D; 1LXN A; 5A8R A; 3ZO7 A; 3M9O B; 3NGU A; 4LF5 J; 1Y5N B; 2HRU A; 2MQM A; 4M1K A; 1BGX T; 1H74 A; 2KI2 A; 4RR5 A; 4Y2C A; 2ALZ A; 3GZ7 A; 3OJS A; 4LFB F; 2PD1 A; 4IFV B; 2Z56 B; 5KFW A; 1ZM4 A; 1DTQ A; 4PQU B; 3HHD A; 1NPR A; 3T5H A; 2O67 A; 5M2R A; 5B08 A; 4B9U A; 1RAD B; 3HZG A; 4TXS A; 5LMU J; 2QFJ A; 1W26 A; 3MM5 B; 1UVL A; 2BE2 A; 1GMV A; 2VOD A; 4C9D A; 3TAM A; 2N82 B; 3U27 A; 4FYX B; 4ZKA A; 5GMD A; 3RBX A; 5IT9 Y; 2XLK A; 3PFE A; 5K20 B; 3QBC A; 3MTK A; 4NCG A; 1LWC B; 1S1U B; 3B82 A; 3JXO A; 4TN2 A; 5EUH A; 4O3P A; 2MKS A; 1PKU A; 4PCQ A; 4EGL A; 2N4D A; 4RUA A; 2FVS A; 1S6Q B; 1K8A T; 1A0O B; 2W25 A; 2GZO A; 4KY3 A; 3SSQ A; 1REG X; 2ZVS A; 4DR7 F; 3K5O A; 1OYE A; 1VRU A; 2KHD A; 3DLG B; 3QNW B; 5IV3 A; 2MGZ B; 2ZKT A; 1UPM B; 2G2O A; 3FCV A; 3U1L A; 4CO3 A; 5LM7 E; 3PG9 A; 3H8Y A; 4X66 F; 4X4V A; 1D8Z A; 2UUT A; 3CJS A; 3QMQ A; 1PIL A; 2V63 A; 2Z4P A; 4TNO A; 1U1O A; 3GYX B; 4P6Q A; 4DR1 J; 3ENA A; 3PO5 A; 1K1S A; 4CO0 A; 2UUC J; 1H7W A; 4QPX A; 4FYV B; 2IRY A; 2XZT B; 5HMY A; 2XLI A; 2G2Y A; 1CG2 A; 2QL9 B; 4KGM A; 4ZCM A; 3M8R A; 3R3T A; 4I69 A; 1SQE A; 1U02 A; 2DGQ A; 2X3D A; 4WIQ A; 2Y8Y A; 4QCL A; 1DLO B; 2VHG A; 3T1H F; 3P49 B; 3FUY A; 3RB0 A; 2RDI A; 1A7G E; 1S1W A; 1UFL A; 1M1K T; 3M2U B; 5CZV A; 3MM6 B; 5HBM A; 3SXL A; 2FVQ A; 2G13 A; 2KJW A; 2OAU A; 3PEH A; 4Z7Y A; 1IR2 A; 2V8D A; 4DR3 F; 4GC7 A; 1FX2 A; 2KFZ A; 2Y0S D; 1FRX A; 1J5E J; 3ISN D; 5FDL B; 3BS9 A; 3VCD A; 4CI0 B; 1ROF A; 2B43 A; 4LBP A; 2RVJ A; 4L75 A; 2GFF A; 2JOQ A; 2LP4 A; 5B0D A; 3AOB A; 3QSI A; 3KLG B; 1LWE A; 4AL6 A; 2LLZ A; 3MM9 A; 1TR0 A; 4ED5 A; 4B3O B; 3RBE A; 3NGK A; 3OXF A; 1KLM A; 4G1I A; 5KFD A; 2B6A B; 3NGS A; 4MAK A; 1U8S A; 4X4S A; 3DLK A; 2B9W A; 2WB1 D; 1VBZ A; 1N4L A; 1RKJ A; 1W7W A; 1CUL B; 2JSX A; 2B4V A; 5KFX A; 5F8G A; 3BBB A; 4H4O A; 3OQ2 A; 4OZ3 A; 3OD2 A; 4F4K A; 4I7F A; 1ZTT A; 5K8M A; 5IWA J; 2FGO A; 4ZJO A; 2QN6 B; 1UAW A; 3NGD A; 2Y0B B; 3A8J A; 1FKO A; 2XGP A; 2IRX A; 3EDR B; 4WFY A; 3PYF A; 3K5L A; 3VTI A; 2CNL B; 3CCJ S; 2UP1 A; 3CJT A; 1VQ9 S; 3NMR A; 2GQC A; 4KH0 B; 2OIH A; 2IBK A; 1UEK A; 1H0H B; 3MM8 B; 3S7R A; 4QYZ K; 4RW8 A; 2OPP B; 4V19 J; 1G2E A; 4IG3 B; 4M94 A; 2C42 A; 2V34 A; 5I42 B; 3NAI A; 3DRX A; 3MEE B; 2HKE A; 2NUH A; 3ICL A; 3TA1 A; 1DJ0 A; 1KVK A; 4DQS A; 5K14 B; 2LU2 A; 1HL6 A; 3JQK A; 1DUR A; 2MLX A; 1HNZ F; 3HK2 A; 2IY5 B; 1JXV A; 2F8M A; 5ETK A; 3JSB A; 2MJN A; 4U7U K; 2VPZ B; 3RRG A; 5A8R B; 3C6U A; 1Q7L B; 2B7C B; 2DIV A; 2E7V A; 1UJ5 A; 2RKI A; 4B02 A; 4ED1 A; 1T95 A; 4P2S A; 4ZVT B; 5DQI A; 1WEZ A; 2VDH A; 4YQW A; 3NS7 B; 1ZYQ A; 4QIG A; 3W2V B; 2PMH A; 4UQG A; 1UMJ A; 5AXK A; 1FJ7 A; 1WHY A; 4JI4 F; 4YDD B; 3PZP A; 2OO4 A; 3IAM 9; 3UQS A; 1S1V A; 1IKX B; 4C97 A; 2KZM A; 3QIP A; 2F8E X; 3FFI B; 5KT7 A; 3DCA A; 2H4Y B; 1RBL A; 1ZAW A; 4ES1 A; 4OZ5 A; 6FDR A; 4IR1 A; 1XNR J; 1RT1 A; 4ZIT A; 2XSJ B; 4LF8 F; 2KFY A; 2IM0 A; 1LV5 A; 1K73 T; 1T3N A; 1YRT A; 2DR9 A; 1VQK S; 1NBE B; 2K3K A; 4G1Q A; 2ZBP A; 5FDL A; 1RWX B; 3O44 A; 4KHM A; 5DG7 A; 4RW7 B; 1JLG A; 4CCH A; 4RL1 A; 4FF2 A; 1K47 A; 2JC1 A; 2LDI A; 5AE1 A; 4PG4 A; 3VGV A; 2DXF A; 2W4C A; 2JLG A; 4ERD A; 2W4P A; 3N6M A; 5AXL A; 1WG4 A; 3D7S B; 1K0T A; 4CH1 A; 5LJ3 Y; 4JB8 B; 1VQ8 S; 4K8R A; 2OEL A; 4AYB D; 3MED A; 1S48 A; 2YX1 A; 4PXE A; 5D15 A; 5SUH A; 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2H4W B; 4YR3 A; 1EHW A; 2FVR A; 2UVV A; 1RTJ A; 2WBR A; 2YQ1 A; 1EQ0 A; 1X7V A; 1H3D A; 3FQL A; 2WON B; 2A6M A; 1RCO B; 3GTY X; 1NHU A; 4AXI A; 5U47 A; 3L3C A; 1FRK A; 3MMB B; 4IO1 A; 4DX6 A; 3TJ8 A; 3VAK A; 1M5O C; 4F0K A; 1QTN B; 4DL3 A; 4MKB A; 2VG5 B; 3BSO A; 2R7X A; 2EFP A; 2RF2 A; 5GMK a; 3BYP A; 5H9E K; 3G6V A; 1S0N A; 4ZCI A; 2ZHA A; 2BKN A; 3Q23 A; 1IKV B; 1NKE A; 3RBZ A; 1BD6 A; 4DSI A; 2Q6B A; 3M8P B; 3PYE A; 4QWB A; 4PG5 A; 2VL1 A; 4DPO A; 3IBW A; 4JP8 A; 4EK2 A; 4DX5 A; 3CGI A; 3M30 A; 5KOW A; 1T9X A; 2DK2 A; 5A6W A; 1VI7 A; 2IBO A; 2KU7 A; 2MQ8 A; 3EGW B; 3FDS A; 4HTJ A; 1U1Q A; 4QJV A; 4ZMM A; 2QTW A; 3G2X A; 1LQ9 A; 1SJQ A; 1OPZ A; 3MMC A; 1IVZ A; 1NCL A; 1UW9 A; 1WUU A; 2E5I A; 2KXH A; 5T7L A; 3ZFV A; 4F02 A; 1FER A; 1B70 B; 1OJ4 A; 3TVK A; 4EZ6 A; 3PJ9 A; 5IC4 B; 1IBM F; 2BKO A; 4O3S A; 4G3I A; 2AW0 A; 1QAX A; 3SV3 A; 5AJ3 F; 2L3M A; 3GR0 A; 2OH2 A; 4Q0B A; 2J9D A; 3D5M A; 1OY6 A; 3CO9 A; 1YTY A; 3NG8 A; 3PRB A; 2IMW P; 3BEG B; 2IA6 A; 4E8U A; 5F8I A; 1U6Z A; 3C8Y A; 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