The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
IKKAHIEKDFIAFCSSTPDNVSWRHPTMGSVFIGRLIEHMQEYACSCDVEEIFRKVRFSFEQPDGRAQMPTTDRVTLTRCFYLFPGH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
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| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
An allosteric circuit in caspase-1.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-1
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| total genus |
15
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| structure length |
87
|
| sequence length |
87
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.36: Caspase-1. |
| pdb deposition date | 2006-05-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QNW B; 2QL7 B; 2XZT B; 3SIP B; 1PAU B; 2HBQ B; 3R5J B; 2QL5 B; 2DKO B; 3D6F B; 3GJS B; 1F9E B; 2XZD B; 1RWW B; 2CJX B; 3IBC B; 4DCP B; 1ICE B; 1RWP B; 2H4W B; 1RHJ B; 4LSZ B; 1RWV B; 1NME B; 1RHK B; 1I3O B; 4ZVP B; 5K20 B; 3D6H B; 3EDR B; 3IBF B; 3GJT B; 3KJF B; 1GFW B; 2CNO B; 5IC6 B; 2QLB B; 1RWO B; 3R6G B; 2QL9 B; 2CNK B; 1RWM B; 5IC4 B; 2H48 B; 2C2Z B; 4ZVT B; 4ZVS B; 2HBZ B; 3P45 B; 2Y1L B; 1SC3 B; 3R7B B; 3R6L B; 2CNL B; 1RHQ B; 1RWN B; 1RWX B; 1SC1 B; 2H51 B; 2CNN B; 2H5I B; 2H4Y B; 1RWK B; 3KJQ B; 2QLJ B; 2XYH B; 2HBY B; 1RHM B; 1IBC B; 2XYP B; 4DCJ B; 1QDU B; 3NS7 B; 1RHU B; 2P2C B; 1BMQ B; 3D6M B; 4JB8 B; 1RE1 B; 2CJY B; 2C2O B; 3R7S B; 2C2K B; 4DCO B; 1SC4 B; 4ZVQ B; 2HBR B; 3KJN B; 4ZVU B; 3EDQ B; 1QTN B; 3GJQ B; 2Y0B B; 2H5J B; 4ZVO B; 3P4U B; 1PYO B; 1I51 B; 3R7N B; 2H54 B; 2FQQ B; 2XYG B; 2C2M B; 2H65 B; 3RJM B; 2CDR B; 4ZVR B; 2QLF B; 1RHR B; 3GJR B; 2C1E B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1IKW B; 1QM9 A; 4DR6 F; 3C15 B; 2WVC A; 4OFZ A; 4LF6 F; 4LFB F; 1YX2 A; 4KQZ A; 3KYL A; 2XUL A; 1CS4 B; 1TQL A; 1PYT A; 4CLS A; 4DG1 B; 5ETL A; 1WF0 A; 2XB2 D; 1HNZ F; 3CJ5 A; 2PE8 A; 4MIW A; 5HMX A; 3FNN A; 3MTJ A; 4QYR A; 3W2V B; 4X66 F; 4DV1 F; 3W2W B; 1F6T A; 3N01 A; 1RBA A; 5DET A; 2CPY A; 2ZKT A; 4AL7 A; 3QWP A; 3EXC X; 1EP4 A; 1XQI A; 5C7P A; 3J81 j; 2KDO A; 3IS9 A; 2E9Z A; 4BWM A; 3AJ1 A; 1VHF A; 3BO3 A; 5GAD U; 3MCN A; 4LF5 F; 2XMU A; 4RUH A; 1QUV A; 2WB1 D; 2DH8 A; 4IDK B; 2OSQ A; 4DL3 A; 1BQX A; 3J7Y U; 1X9M A; 5HBM B; 2ZH6 A; 2V4J B; 2HFS A; 2M7S A; 5D77 A; 3RTV A; 3K59 A; 1P9Q C; 3R7N B; 4I1T A; 1JWW A; 2VON A; 2JZ5 A; 1WOP A; 4LF9 F; 1IWA A; 1VI7 A; 3BN4 A; 3SMZ A; 3AXM A; 1R0C B; 1K1S A; 2N7C A; 1VQN S; 4WIQ A; 2WHO A; 2HQC A; 3IG1 B; 5KFS A; 2R8H A; 1FKO A; 4DQS A; 4EBD A; 2H4W B; 3VQT A; 5KT7 A; 5F0U A; 1ITP A; 2R7O A; 4RW6 A; 5AE3 A; 2W25 A; 2HMI B; 2D3O 1; 1PSD A; 3GJT B; 2KHC A; 2CYY A; 4KPY A; 1E6V A; 1HWI A; 3TX8 A; 1AW0 A; 4LBI A; 3W3S A; 3GR1 A; 1RWX B; 1H74 A; 4F50 A; 2NSC A; 2GA7 A; 5L9N A; 4OZN A; 3SI8 A; 4WWS A; 4ED6 A; 2OPP A; 2DHS A; 2J9D E; 2WON B; 4B3S F; 1ZTT A; 4QPT A; 5KFJ A; 1NO8 A; 2HHH J; 2R42 A; 4C2M A; 3NMR A; 1B70 B; 5ETV A; 2GMH A; 1J5E F; 2XNR A; 4ED5 A; 2QZ8 A; 2KVQ E; 3QNW B; 2NZC A; 1VJW A; 1S7I A; 2R8K A; 3Q2T C; 3JXO A; 2XCA A; 4GVL A; 1VRU B; 8RUC A; 3TZZ A; 2PSZ A; 4C8L A; 2AX0 A; 3OVB A; 2HIY A; 2O5D A; 4QCL A; 1NLK L; 2VD3 A; 4FNH A; 1E6Y B; 3BR8 A; 5C25 A; 2FGO A; 4K0K F; 1WTF A; 3GG0 A; 2K3I A; 2FZK B; 4HYK A; 4YEA A; 5JUM A; 1Q79 A; 1PIL A; 1R6Y A; 2N7Y A; 1YSJ A; 1RTD B; 1RAC B; 1H38 A; 4JI1 F; 4J9V A; 4ED7 A; 3D1H A; 1IKX B; 5D3G A; 2PI5 A; 1FRH A; 3CO0 P; 4D3G A; 4WFY A; 3M30 B; 2D9O A; 5B0G A; 2XY6 A; 2F8M A; 3MCS A; 1X4H A; 6FD1 A; 4J9P A; 1NBE B; 1FD2 A; 4DL6 A; 2Z57 B; 1ZPV A; 3AH6 A; 1XK8 A; 1SBR A; 4Y6I A; 1NJW A; 4ECW A; 4WK1 A; 2FC8 A; 3TP2 A; 3D0G E; 4DPW A; 3JSM B; 3LP0 B; 2MMY A; 3TO8 A; 1IVZ A; 5KFL A; 3C6U A; 1R89 A; 1F9E B; 1VS3 A; 2E7V A; 2LQ8 A; 2HFV A; 4NLS A; 1M1H A; 4ZCM A; 4DG1 A; 2RSQ A; 4X4S A; 2FYX A; 2IYG A; 3TOQ A; 3PX6 A; 2AX1 A; 3PYG A; 1FA0 A; 5KFX A; 1U6Z A; 4DV2 J; 2OO4 A; 1RSC A; 4DR3 F; 3UQS A; 2X3G A; 4EBE A; 3PM9 A; 1V9O A; 1FVS A; 1YHQ S; 1GAO A; 3EE3 A; 1FEE A; 2Z2L A; 3FEX B; 4FS1 A; 4BWJ A; 2Y1L B; 1JNZ B; 1IKV B; 1FJG F; 2HRY A; 2OEK A; 5HVH A; 4RW4 A; 1V3Z A; 1V5V A; 3FCW A; 3QIP B; 2UUA F; 3NY0 A; 2IPO B; 1MU2 B; 2CZ9 A; 1N5T A; 3CVK A; 3LAN A; 3OSP A; 2ZDO A; 1K73 T; 2ZJR Q; 4OX7 A; 5DJB A; 3DOL B; 1N5Q A; 2OPQ B; 1Q81 T; 2OTJ S; 1PIE A; 3GTY X; 5L1K A; 4YHH F; 2AYB A; 3PJ9 A; 4ZVR B; 4YUD A; 2PA3 A; 3MAA A; 4O3N A; 4ILL A; 5DZ7 A; 4LIR A; 4WFA Q; 2ZE2 B; 4TY8 A; 1S72 S; 2PFD A; 1EJ7 L; 4DFJ A; 5AJ3 F; 3GZ7 A; 2RNE A; 1FXD A; 1FD8 A; 1EET A; 1LW2 B; 1WC1 A; 2EKY A; 1KQG B; 2VBY A; 3PXG a; 2G4B A; 5KFQ A; 4XDC A; 4B9L A; 3QRR A; 3MOZ A; 5EUH A; 4ITS A; 3WIV A; 2DNP A; 2YKN B; 4JOU A; 4WFB Q; 2HNZ A; 4PWD A; 2J0W A; 2FY8 A; 3ZZ0 A; 4DUZ J; 4KGK A; 2HG4 A; 1VIX A; 3N4W A; 5KFU A; 1FKP A; 1S79 A; 4NAS A; 2E5G A; 5A8W B; 1I1G A; 2C2N A; 2Q79 A; 3G8S A; 5T41 A; 1TL3 B; 2Y0B B; 3MZI A; 5DLF A; 2M52 A; 4ZLJ A; 2XI2 A; 1I94 J; 4WP9 A; 2FQQ B; 1NB7 A; 1P9Y A; 4M5N A; 4HR2 A; 2CDR B; 1PAE X; 1Q86 T; 2F63 A; 1T03 B; 1WDD A; 1ARO P; 1WTB A; 4ZDN A; 2QTW A; 1IM4 A; 5HAN A; 5DS7 A; 3SFG A; 5AXN A; 5A0Y A; 3EM1 A; 3VAM A; 1Y10 A; 2OPS B; 4IO1 A; 4LF1 A; 3M8Y A; 3N6M A; 2R7X A; 3C19 A; 2OI2 A; 3W5X A; 3BGL A; 2HHV A; 3AQO A; 2HEK A; 3DN9 A; 2ADC A; 3JAM U; 3OR2 A; 5A2Q Y; 1E6Y A; 3DLL Q; 4ETX A; 1XMQ J; 1FO1 A; 2FTR A; 2JWN A; 2K1R B; 2FHK A; 2HBZ B; 1UA1 A; 4DV5 F; 1Z2Z A; 4FBT A; 1KOO A; 2HWH A; 1YI2 S; 1M5S A; 1U7L A; 2PII A; 3KK1 A; 4HKQ A; 3VGS A; 3C16 A; 3E3X A; 1TVR B; 4WE1 A; 3SCJ E; 2CAD A; 4DR7 J; 3MCM A; 4JI7 F; 2UUC F; 1U26 A; 1HBU B; 2B3T B; 4LRC A; 4NLY A; 3JTP A; 4OX8 A; 1NHK L; 4A8Q A; 2UU9 F; 1PG5 B; 1HW8 A; 2IBO A; 3R2C J; 3GJR B; 4ATN A; 2RH3 A; 3W9I A; 3I31 A; 2PMH A; 3HO1 A; 5LJ3 Y; 3D6F B; 4FN5 A; 2QA4 S; 5H9E J; 5IT9 Y; 2YWE A; 4B9N A; 2HHX A; 3RR7 A; 1B7Y B; 1QTM A; 3HKZ D; 4C97 A; 3QGP A; 2LXI A; 3V4M A; 5LMU F; 3D6H B; 3PIP Q; 2IDL A; 2UUT A; 1Y9O A; 2BOP A; 3MM8 B; 2XEX A; 1U09 A; 2PN6 A; 5AXK A; 1U0H A; 1RTZ A; 3I0R A; 3KLI B; 3P45 B; 4ZVE A; 4DX5 A; 1VRT B; 2MQQ A; 4HH0 A; 2Q1L A; 2E5J A; 1IKV A; 4DR1 J; 4X65 J; 1RWK B; 1WHV A; 4DQR A; 5DG8 A; 4HH1 A; 1FJ7 A; 2EWH A; 2HHT A; 2J6S A; 4DV4 J; 1UZH A; 3DC2 A; 3QIP A; 2CDQ A; 1RE1 B; 2HRT A; 1MU2 A; 3R7S B; 3FUY A; 2MKI A; 2D3Z A; 2E1A A; 2VPX B; 4CLY A; 2UVU A; 4ECX A; 1VDH A; 1WEX A; 5CYM B; 4FF1 A; 4KHP F; 3H20 A; 4MMO A; 4KSE B; 3ILL A; 3PJW A; 1U1K A; 2NXU A; 1RAB B; 1HPZ A; 1HWU A; 3B4M A; 5KG3 A; 2F4V J; 2L9W A; 5KFM A; 3D68 A; 1WC4 A; 2HWT A; 3BPD A; 4LF2 A; 5E2Q A; 5D78 A; 4C3L A; 4IO9 Q; 3OW2 R; 5C42 A; 1CJU A; 3IBF B; 1W7W A; 1XJW B; 3LP2 B; 2MQO A; 3M8R A; 3G8Q A; 1D9D A; 2KXH A; 1H98 A; 4DV3 J; 4USM A; 4NZ0 A; 1LKZ A; 2KYZ A; 3OR1 B; 4IH6 A; 4G6V B; 4F4K A; 2Z56 B; 1TKZ A; 1KC8 T; 3RBD A; 1BD6 A; 3DYA B; 1Y00 A; 1YLX A; 2PC6 A; 2MEW A; 2HAI A; 3I5C A; 3T1Y J; 4NOH A; 2J6T A; 4FYD A; 2GMJ A; 5A8W A; 4BBY A; 4CLW A; 3T5H A; 4KY3 A; 2B56 A; 4ECY A; 3OQ2 A; 1T05 B; 3QFW A; 3W1Y C; 2U1A A; 5HL7 Q; 4LR7 A; 4X4U A; 4UY8 5; 3DRX A; 4HLB A; 4ED2 A; 2IRY A; 1HL6 A; 3IAS 9; 3MFH A; 3MF5 A; 3BSN A; 4M5L A; 2VB6 A; 4UST A; 1CUL B; 3MM6 A; 3V81 B; 4JV0 A; 1PO6 A; 5ETT A; 1HNI A; 1WG1 A; 4V19 X; 4MK7 A; 2BV3 A; 2O1P A; 2UVW A; 4XDD A; 3GIM A; 2M88 A; 1WD6 A; 4QBU A; 2ZUA A; 4QWB A; 4ECS A; 1RKI A; 2B4U A; 3CDU A; 1RT5 A; 4ER8 A; 3J80 U; 3K5O A; 1DQ9 A; 1C0T B; 3A3P B; 4CLF A; 3FVY A; 4MKV A; 3ONQ A; 2MYF A; 2B5J B; 1SXL A; 1RHU B; 5EWG A; 4X2B A; 9ATC B; 4MT1 A; 2WOM A; 2BRL A; 4USI A; 4P6Q A; 2ZNZ A; 2VG5 A; 4BC7 A; 2BMB A; 1WDT A; 2AW0 A; 4J9K A; 1B4S A; 1VQ9 S; 1UTA A; 3DLE B; 2DGT A; 3U7J A; 2CUY A; 3CDE A; 2QLF B; 2HQ3 A; 2K2P A; 1HMV B; 1VQM S; 4IUF A; 1G2E A; 4QWA A; 1KHW A; 4DU7 A; 2ASD A; 3OT9 A; 3AD8 C; 2E44 A; 3CJ0 A; 4DWI A; 4DQI A; 4J5O A; 3M9O B; 3HFV A; 2RQM A; 1VQO S; 4OI6 A; 5C24 A; 2DH9 A; 2DIV A; 1S0O A; 2RHQ B; 2JOQ A; 1FRX A; 1ZET A; 5L8R C; 6AT1 B; 2NPF A; 2JSX A; 5IFM A; 1X5O A; 3CCW A; 4C8Z A; 2UUW A; 3THV A; 1U45 A; 2W9C A; 2K7J A; 3CIM A; 1CJK B; 1LWF B; 2FVC A; 4USU A; 2DEJ A; 1GQE A; 1ZM3 A; 4GO7 X; 3W60 A; 2YNH B; 5J1P A; 4LUB A; 1F9F A; 1AZS A; 1HFE L; 2FJW A; 3S7R A; 3PX0 A; 2IA6 A; 5HVF A; 2IMW P; 5D4L A; 2KFY A; 2VAS A; 2K7K A; 2V8H A; 2A6M A; 3UD3 P; 2DHA A; 4B3R J; 4F36 A; 5KFV A; 4PXD A; 2FLP A; 4OX6 A; 2XYG B; 2ZWO A; 2V94 A; 4FYX B; 3QT6 A; 5CYM A; 5LOQ A; 2JH3 A; 3ENQ A; 1Q8B A; 4IKA A; 3O8W A; 1BHN A; 3SIP B; 2CVE A; 1RAF B; 4RBT A; 4JI6 J; 4DCP B; 3HHK A; 1DLO B; 2DT9 A; 3CT9 A; 3RRK A; 5GAH I; 4CNZ A; 1FFS B; 2QA4 G; 3K5N A; 5G4D A; 2ZBQ A; 3ZFV A; 4N7T A; 5GAG U; 1NU4 A; 1YRX A; 4ZCL A; 2EG1 A; 2BVZ A; 2DNO A; 1TKD A; 4KYZ A; 2WVF A; 1R8B A; 4IG3 B; 3HJV A; 3PW7 A; 2OH2 A; 3OR1 A; 1LK7 A; 2IC3 A; 1HQE B; 2UZA A; 3MEC A; 4ZPW R; 2AJ4 A; 3BH7 B; 1S5Z A; 2HYI B; 1GMW D; 3JYT A; 5BYQ A; 4JB8 B; 1ZS6 A; 4MKA A; 2Y0S D; 4JI3 J; 3UDL A; 2K8G A; 2RML A; 5C5J A; 3W61 A; 4OHX A; 1T05 A; 1NK9 A; 4MKY A; 5G0R B; 4DEZ A; 3BSO A; 3R5G A; 1LW0 B; 1YDL A; 1U0S A; 3KLE A; 4C11 B; 1UJ4 A; 3GV8 B; 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5KFT A; 4B02 A; 3OHA A; 1JLQ A; 3ETO A; 2CJY B; 1XMO F; 1Q8L A; 4C3M A; 5D0R A; 3RW6 A; 2D3U A; 2RKI B; 2V2K A; 4JV2 A; 2IMO A; 2YNI B; 4MIB A; 1RAA B; 1URR A; 4JV5 F; 5HQM A; 4KFB B; 2QLW A; 2YH1 A; 5B08 A; 4TU9 A; 2AYE A; 4Q7A A; 2FHM A; 1YTY A; 1B0P A; 3I55 S; 4L3N A; 1JX4 A; 1U24 A; 4OJG A; 2YKQ A; 4Y34 A; 1RT4 B; 3DGP A; 2JJ4 D; 3WHI A; 2BX6 A; 3DCA A; 1I3O B; 3LTO A; 1T9Y A; 4TLR A; 2CXE A; 1UFW A; 1U2F A; 1RWM B; 2J5A A; 2DNQ A; 2WVD A; 4WII A; 1M5H A; 1HI1 A; 9RUB A; 2C22 A; 3HT3 A; 4ED1 A; 1RT3 A; 5J2M B; 1RI7 A; 5A8K B; 4NXM J; 2GJ2 A; 2BR0 A; 4B17 A; 4GMK A; 3M6X A; 1P8G A; 3KLV A; 1ZA2 B; 2E9R X; 4WTO B; 4OHY A; 2CZV C; 4X62 J; 2V69 A; 5DM6 Q; 3KLF B; 2VG6 B; 3IO1 A; 3R3T A; 2BRK A; 2HLT A; 5E7O B; 4JI8 F; 5CCL A; 2CJK A; 4C11 A; 2EFG A; 3FFI B; 5IT0 A; 1W2B R; 4YB6 A; 4UW2 A; 2J6U A; 2YKA A; 2VJV A; 2V68 A; 4GC7 A; 1S0M A; 1GMU A; 3IGN A; 3CJK A; 1HBM A; 1S6Q B; 4BS2 A; 1REV A; 4P71 A; 5KOX A; 4HI2 A; 5HLF A; 1TL7 B; 2AZ1 A; 4QOT A; 1FEH A; 4IG0 A; 3CCR S; 4OYI A; 4G1P A; 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