The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
98
|
structure length |
98
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Chain Sequence |
PKMRLPTRSDMICGYACLKGTAAMRNTKRGSWYIEALAQVFSERACDMHVADMLVKVNALIKDREGYAPGTEFHRCKEMSEYCSTLCRHLYLFPGHPP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and enzymatic insights into caspase-2 protein substrate recognition and catalysis.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-2 subunit p18
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
21
|
| structure length |
98
|
| sequence length |
98
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.55: Caspase-2. |
| pdb deposition date | 2011-03-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IC4 B; 2P2C B; 4ZVR B; 3KJQ B; 3R5J B; 1I3O B; 2CJY B; 1RWM B; 2XZT B; 2C1E B; 2QLF B; 4ZVP B; 3NS7 B; 5IC6 B; 2CDR B; 1NME B; 3RJM B; 1RWX B; 5K20 B; 1QDU B; 4DCP B; 2Y0B B; 2CNK B; 4JB8 B; 2DKO B; 3IBC B; 2H48 B; 2HBY B; 1PAU B; 2QL7 B; 3GJS B; 2H5J B; 1RWV B; 2FQQ B; 2XYP B; 3GJT B; 1RHJ B; 1QTN B; 3IBF B; 2C2K B; 3R7N B; 3P4U B; 2CNN B; 3R7B B; 1RWN B; 3EDQ B; 3EDR B; 1PYO B; 4ZVO B; 2QL9 B; 3KJN B; 1RWP B; 3SIP B; 1F9E B; 2H51 B; 2H5I B; 1RWW B; 4ZVT B; 1SC4 B; 2XYH B; 2QLB B; 4DCJ B; 1RWK B; 1IBC B; 3D6M B; 3GJR B; 1I51 B; 3R6L B; 2C2O B; 3D6F B; 2QL5 B; 1BMQ B; 2QLJ B; 2XZD B; 1RHM B; 1RHK B; 3QNW B; 2H65 B; 2CJX B; 2CNL B; 2HBQ B; 1RE1 B; 1RWO B; 3GJQ B; 3D6H B; 3KJF B; 3P45 B; 4LSZ B; 2XYG B; 4ZVU B; 1SC1 B; 2C2Z B; 2CNO B; 4ZVS B; 3R7S B; 2C2M B; 2HBZ B; 1ICE B; 2H4Y B; 2H4W B; 4ZVQ B; 2HBR B; 1RHU B; 3R6G B; 2H54 B; 1GFW B; 2Y1L B; 1SC3 B; 1RHR B; 1RHQ B; 4DCO B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VAL A; 4OHV A; 3Q8R B; 2HVH A; 2N3O A; 2B5J A; 3M8Y A; 1OJ4 A; 3MXH P; 3LW5 C; 3C66 A; 3D6T B; 2FJW A; 1KLM A; 2HHS A; 3BGR A; 2DNO A; 4NCA A; 2M7S A; 3R7N B; 1FNM A; 3HHL C; 3TYT A; 2XEX A; 2OP5 A; 3NGT A; 1UP1 A; 4CTA B; 1EKR A; 3QBC A; 3O44 A; 3CJ0 A; 5D4O A; 2CPD A; 1F5C A; 1B64 A; 3MM9 B; 1VQY A; 4X4V A; 3BR9 A; 3F73 A; 2Z56 B; 2R2R A; 2MZR A; 4LF9 F; 3ZZO A; 2RRN A; 2ILZ A; 5GMD A; 2V4Q A; 3QZ8 A; 4W4M A; 3UD3 P; 4M1K A; 2G0I A; 3H2L A; 1U25 A; 4OHW A; 1NK7 A; 3ZZT A; 1ZAW A; 4CO3 A; 4TYA A; 3IM8 A; 2B9E A; 4G3I A; 4ZVS B; 1V5I B; 3R7S B; 1P1L A; 5DQG A; 3MZI A; 4Y28 C; 1S12 A; 4PXB A; 2CQ4 A; 2KO1 A; 1C0T A; 3AFG A; 1S1X A; 2GJI A; 4AL5 A; 2MQL A; 1RU2 A; 2MKJ A; 2OEL A; 5HI7 A; 3DM2 B; 4B08 A; 2R2T A; 3MMA A; 1NSP A; 1Q8I A; 1IKX B; 2DNQ A; 3M8Z A; 1HQE A; 2Y1I A; 3UE2 A; 2JFK A; 2LDY A; 4OHZ A; 5EX3 A; 2ROG A; 3SV3 A; 4M5G A; 4KT0 C; 1GX6 A; 2IM1 A; 2E5L F; 4EI2 A; 4ZVO B; 3DI6 A; 2JC0 A; 1HMV A; 1Y11 A; 3THP A; 2BOA A; 1VBY A; 2YKN B; 4N76 A; 1WKL A; 1U6F A; 1YJR A; 3UVJ B; 3M8R A; 5D77 A; 2BYC A; 5C2G A; 4ED7 A; 3KNG A; 1RT2 B; 2XMV A; 4YQW A; 3ZTP A; 4ZVU B; 4M5I A; 1KFS A; 2K1R B; 5HQ8 A; 2HQF A; 5L1L A; 3G8Q A; 2WB1 D; 1NU4 A; 4FNI A; 3B4M A; 4AXJ A; 3C19 A; 5JVG Q; 3CJ5 A; 4X62 J; 3WQP A; 2BX6 A; 4NL5 A; 2EC0 A; 4JI8 F; 4B3T F; 4DOZ A; 2BMB A; 4OI2 A; 2I8E A; 2NXJ A; 4WXW A; 4USH A; 1HBO A; 1PYT A; 1F9H A; 3GWC A; 2QFJ A; 2XUL A; 2VFT A; 1V6H A; 3SCK E; 2U2F A; 3FEY B; 3BB5 A; 5EDW A; 3G8T A; 2AGP A; 2B9Y A; 1XIQ A; 3PIO Q; 5GVQ A; 4NA2 A; 1NAQ A; 4NXN F; 1FX4 A; 1RWU A; 4NE9 C; 2KXF A; 2QLX A; 3JS9 A; 1X4E A; 4DPT A; 4ZP8 A; 3M9N B; 2FLL A; 3PVX A; 1S1V B; 3CTR A; 4JI7 J; 3N0V A; 2EEY A; 1JLA A; 4URQ U; 2GVZ B; 2PFF B; 2ZZM A; 3WIU A; 2E5G A; 5DLF A; 4DF8 A; 1JXV A; 1ZA2 B; 2PGC A; 1RUS A; 3BGU A; 3TAR A; 4C8Z A; 1HL6 A; 3FBB A; 2KB2 A; 3CGI A; 4EGL A; 3W61 A; 2YKO A; 4YME A; 2DIT A; 3GR1 A; 4E2F B; 1R0A A; 4CO4 A; 4IDK B; 1HI0 P; 1LXN A; 1FKA F; 4ECT A; 3OPK A; 3C2P A; 2OHD A; 4LIW A; 3RJM B; 1HKA A; 4EFA C; 2I9S A; 4JB8 B; 2FC9 A; 2HNY A; 1IKY B; 2HK3 A; 1JLB B; 2VBX A; 5HRO B; 1H3D A; 5IV3 A; 3M7V A; 3ZZ0 A; 3W7B A; 1H72 C; 3RGI A; 4ED3 A; 2IC3 B; 3PYG A; 4AXI A; 1LFP A; 3M8Q B; 5IS2 A; 4C0H A; 4AFF A; 1X8D A; 5J1N A; 4OHX A; 4K8R A; 1RLC L; 2IA0 A; 1S48 A; 3MI7 X; 2AWZ A; 3C16 B; 1KC8 T; 1N33 J; 3DFE A; 3IXQ A; 2XWY A; 4WP9 A; 2PEH A; 1Q78 A; 2LEC A; 4C0B A; 2HKE A; 1VRU A; 3H25 A; 2ZKU A; 3I82 A; 2HHX A; 3V4I B; 4CQ1 A; 2W9B A; 3D5M A; 4OI1 A; 2R9L A; 4KPY A; 4B3O A; 2LA6 A; 1T95 A; 4QBU A; 4ECW A; 2Z30 B; 4KKO B; 5KFQ A; 1A6L A; 4OMF G; 4J9L A; 1RGV A; 5CCL A; 2KHC A; 1OYD A; 2ZKT A; 4MKA A; 2RDD A; 3MTK A; 2AYG A; 1KVK A; 1VJQ A; 1EZZ B; 4X62 F; 1N34 F; 3CD5 A; 3CJT A; 2PII A; 3I4P A; 3ILJ A; 4KV8 A; 1WOP A; 2F8E X; 2D7S A; 2KT3 A; 5KFH A; 3IR5 B; 3W65 A; 3TAN A; 2JRS A; 4NYZ A; 2IVY A; 1M5H A; 3GP9 A; 4A8S A; 2JLE A; 2J5A A; 1Y9O A; 3CJ4 A; 2IJN A; 2OFG X; 2PI4 A; 1T9Y A; 1M5V C; 1GNK A; 2KFN A; 1NLK L; 4WE1 A; 5IM0 B; 2ATL A; 5GME A; 1QE1 B; 3BPS P; 4K0K J; 3CCM S; 1S4E A; 5A8K B; 1QUV A; 2HZA A; 3R5G A; 4L3N A; 1NPP A; 5HLF A; 4ZK7 M; 1R8B A; 1QLN A; 1F6T A; 1RWX B; 3N4W A; 2X1A A; 4Y00 A; 1N5V A; 1U8S A; 4MJK A; 3HLU A; 4A8W A; 2K2P A; 4C8N A; 2D9P A; 1UPM B; 3N9U C; 3CCQ S; 3V6H A; 3LGN A; 2AHO B; 4TQS A; 4IFV A; 2E7X A; 1VQO S; 1YJW S; 3QT7 A; 2A1B A; 2J9E A; 4UQT A; 4ZMM A; 4Y34 A; 1S4F A; 4M5K A; 1RWW B; 4DPY A; 2GW8 A; 4WIQ A; 2C2O B; 2KVQ E; 4LSN A; 4LRD A; 4L73 A; 1WI8 A; 3K59 A; 1VHF A; 2CJX B; 4X4U A; 3HM9 A; 3AJD A; 1UVN A; 3NAI A; 4DSI A; 2AV5 A; 1T3N A; 2W2O P; 4UOG A; 3G96 A; 3GYN A; 3ELH A; 4LRB A; 1XNR F; 1T03 B; 1ZTW A; 1UPP A; 3MR7 A; 2RVJ A; 3EZU A; 1FKO B; 1EB0 A; 2VPW B; 4DR6 J; 5B0C A; 3KTQ A; 2HWI A; 2GVD A; 4Z2X A; 1N33 F; 2VA2 A; 2CQG A; 2J7W A; 2DKO B; 3PKM A; 1XTZ A; 4C7Q A; 1JLG A; 3MUR P; 2DXF A; 4RW6 B; 3DRY A; 2MMY A; 2BAN A; 1WG4 A; 1RWP B; 1SH0 A; 4X2B A; 2DIV A; 4B9T A; 1VBX A; 1WC6 A; 3C6T B; 1ZYQ A; 3D2W A; 4ID5 A; 1D1U A; 3PW5 A; 4NLS A; 4WP3 A; 2I6W A; 3GMG A; 2MZS A; 2A2C A; 1BMQ B; 5ETN A; 1UWA A; 1XQI A; 4RNN A; 2K7J A; 1TP7 A; 4LSZ B; 2DH8 A; 2IHR 1; 3AT1 B; 4OV6 A; 4C3L A; 3DLG A; 4EZ6 A; 2MKS A; 2I5J B; 1YWX A; 1PG5 B; 1U6B A; 3PEH A; 3FQK A; 4DFP A; 1B0V A; 4ZPW R; 3PM9 A; 2B7B B; 1HI8 A; 2IMW P; 4LQ3 A; 4WFB Q; 4MK9 A; 3S1T A; 4HTJ A; 3R97 A; 2HQI A; 1RT3 A; 3ZZY A; 2OFH X; 2X1F A; 1WF0 A; 3HHL D; 2R4F A; 4DV6 F; 4OL8 A; 3CW2 C; 4DL0 C; 1FD8 A; 2ROP A; 5J2Q B; 2HVI A; 4LR9 A; 4IG0 A; 3EE3 A; 1UZH A; 3HXM A; 5K5M A; 1J27 A; 2Q6B A; 1QVG R; 3TJ8 A; 3W3S A; 2M2B A; 5F0W A; 4J9S A; 3C46 A; 2C3U A; 2QA4 G; 3FRZ A; 1JWW A; 1ZPV A; 2FHJ A; 1UJ6 A; 2OPQ B; 4USK A; 2XO6 A; 4DV1 J; 3GII A; 3EYZ A; 5CQG A; 3GPA A; 1SB6 A; 3DCA A; 3BDE A; 1GT8 A; 3T1H J; 2ADC A; 4ZCI A; 2VA3 A; 3K0J A; 1GH8 A; 1UKU A; 1HFE L; 2B3T B; 1JQG A; 5E3P A; 4NI2 A; 2LU2 A; 1PBU A; 2WHO A; 2HPU A; 4C4W A; 1FK9 A; 2QGF B; 3OV7 A; 2UVV A; 5CYQ B; 1KD1 T; 1FKP A; 2HSE B; 5DO2 A; 2RH3 A; 3NGS A; 2AP6 A; 3C15 A; 2VG7 A; 4NYP A; 2XTJ P; 4ANE A; 3NL0 A; 4IO1 A; 1GQE A; 3UR0 A; 4ZPT R; 1RBO B; 1U24 A; 1DAX A; 3VWS A; 5KFW A; 3H5S A; 3B4D A; 2IA6 A; 1S9G A; 3DN9 A; 3KHH A; 3KK3 A; 2FHM A; 2HGN A; 2IYI A; 2OSR A; 2W7A A; 1AFI A; 3PW4 A; 3RAX A; 4NCG B; 2DR5 A; 3GJT B; 2LKZ A; 5F8H A; 4ED1 A; 4EO8 A; 2KT2 A; 3J7A N; 2N4C A; 1DAR A; 2CXE A; 3QID A; 2UUW A; 4N47 A; 3FSY A; 3I5C A; 1DTT B; 4NZ6 A; 4DR6 F; 2EFV A; 1JLE A; 4EZ9 A; 4EBE A; 4EYI B; 4PAB A; 2W4D A; 2OPP A; 1PYS B; 1XMO F; 4DPO A; 3T5L A; 4EBC A; 3WX4 A; 1TL1 A; 1QSS A; 3NGD A; 1U6Z A; 1UFW A; 2PMH A; 2KKH A; 2VKR A; 4UUW A; 3EXC X; 3NAH A; 3OR2 A; 1FWL A; 4P2M A; 1VQ9 S; 1C2P A; 1KOO A; 3I0R A; 4I7F A; 2FB0 A; 4HHH A; 5BXI A; 1U1M A; 4IG3 B; 2X51 A; 3LAM A; 2CIM A; 4Q44 A; 4A8K A; 1I3O B; 2GIQ A; 3ENW A; 1XC9 A; 3OXF A; 3BF4 A; 1IM6 A; 4NLG A; 1RT6 B; 4DL2 A; 4TU8 A; 2KM8 B; 2OML A; 1G4C A; 2Y8Y A; 3PCO B; 4OLP A; 1BQM B; 3D66 A; 3RW6 A; 1N6Q A; 2WSE C; 2C3Y A; 1TVR B; 1RWN B; 3HX9 A; 5DDR C; 4B3M J; 2A6M A; 4K2X A; 1N8R T; 4CYU B; 2E29 A; 3FCH A; 2IPO B; 2NRE A; 1WOR A; 2YWK A; 1FDA A; 1ZH5 A; 3FEZ A; 3PRV A; 3TUJ C; 2LXI A; 3TW0 A; 4A8F A; 3LP2 A; 3CJR A; 3MFH A; 3NOG A; 2ZWP A; 2G2O A; 5BJR A; 2V2V A; 1ZA1 B; 3UQS A; 3DRR B; 3MPD A; 1JB0 C; 3GV5 B; 3LP0 B; 4DPU A; 3DNC A; 2WAQ D; 2P5V A; 2W2P P; 1YRT A; 2POK A; 2HYI B; 2NZC A; 2M3D A; 1RTJ B; 3OR1 A; 4DV3 J; 2E1R A; 4DV1 F; 1TKT A; 2W4C A; 1LWC A; 3T9N A; 1R27 B; 2GIR A; 1VOM A; 3I0S B; 5D6G A; 3T1H F; 2FY8 A; 2E5H A; 3TJA A; 2JVO A; 1N5Y A; 2W24 A; 1RTD B; 1IR2 A; 1HNX F; 1R7I A; 2KM8 C; 2F63 A; 3Q23 A; 1QSY A; 3NNC A; 4WFX A; 1CUL B; 4H4M A; 3MUM P; 1HYS B; 1NDP A; 2CQB A; 1XMQ J; 1HNZ F; 1LWE B; 4R8U A; 3C6U B; 5H1S V; 3Q8Y A; 1QAY A; 4WWS A; 5H9F J; 3O1L A; 5J2M A; 3MCS A; 2HHQ A; 1ZM2 A; 5LSR A; 1PJ7 A; 2W4P A; 3TEG A; 4QIF A; 1LK7 A; 2V0N A; 4CNZ A; 2BW2 A; 2V8H A; 3D9B A; 1FRM A; 2BBE A; 3A1Y G; 2AZ1 A; 2YPZ A; 4UOF A; 2MKI A; 1RBL A; 2P2C B; 1RWM B; 5C25 B; 4NLD A; 4CRJ A; 4KH1 B; 2J7U A; 1EAR A; 4PQA A; 1LV5 A; 3BH6 B; 1IBL J; 1JLF A; 3OHB A; 3AOB A; 1NK0 A; 1RWV B; 1VC6 A; 4DX8 H; 3KFW X; 4QPX A; 4QYR A; 5U47 A; 1KBR A; 2VU5 A; 1SUQ A; 3GSI A; 4RBT A; 1M90 T; 2DHA A; 2VKZ G; 2XGP A; 2PT0 A; 3JXO A; 4I56 A; 4F3M A; 4A4J A; 4FDF A; 4ZCL A; 1O5J A; 3FBE A; 3MAQ A; 5IXU A; 2J6U A; 5GAD U; 3FEX B; 2M52 A; 3T6B A; 3ET6 A; 2AMC B; 5DG8 A; 4J7C A; 1R6V A; 2BV3 A; 5H9E J; 4PAA A; 2CPY A; 3C3L A; 4WII A; 2EFP A; 2KRB A; 2EPI A; 5DQI A; 4TY9 A; 5HAT A; 4B3M F; 3MM8 A; 4ZIW A; 2EG2 A; 2VB6 A; 3IN5 A; 4DQQ A; 4M95 A; 4FN5 A; 2WZ1 A; 2QRR A; 3KLI A; 4TU9 A; 2BQU A; 3R1H A; 2XG8 A; 5IFM A; 3KJQ B; 3W1Y C; 3N6M A; 4YR3 A; 4NLQ A; 1GTE A; 2XMT A; 4FBT A; 5T41 A; 4AD6 A; 5FII A; 1NEE A; 2BM1 A; 4NEY A; 2CJA A; 1IR1 A; 4Y2I A; 2CA9 A; 3JAM Y; 2EK1 A; 1IKV B; 4DBQ A; 3B82 A; 3GON A; 4N8O A; 2NS1 B; 4CO1 A; 3EXY A; 2DT9 A; 1KFD A; 2IIH A; 2PE8 A; 4B3R J; 3LAL A; 2X1B A; 4XPC A; 4CDI A; 3NEK A; 3SCI E; 4KHP F; 3GIR A; 3SCL E; 3MEC B; 2CQC A; 1JLQ A; 4UST A; 1CC8 A; 1VQK S; 1YI2 S; 4F2S A; 3M30 A; 1NSA A; 1WEZ A; 5JVH Q; 3WHI A; 1EET A; 5T7L A; 1IQZ A; 2DR9 A; 4RBU A; 3VF0 B; 2H1Y A; 4RL1 A; 5DGB A; 3NBP B; 2YNF B; 2VQE J; 1VK8 A; 3BQ1 A; 4N5S A; 3RU0 A; 2ASL A; 3CO0 P; 4I6W A; 3FZ2 A; 1YZ6 A; 2DD8 S; 2F1F A; 2WRM A; 4A8O A; 2A6O A; 4DDF A; 4DX7 A; 1XMQ F; 1WC0 A; 3FCW A; 3MMB A; 3DYA A; 5THW A; 2YWF A; 4MFB A; 2HHP A; 3HFV A; 2W7P A; 2HS0 A; 1FWK A; 2V4J B; 2FLO A; 1KVJ A; 4JI3 J; 1IQT A; 4CLK A; 5KT3 A; 2OPR B; 3HI9 A; 3IS9 B; 2VPY B; 4DEZ A; 2F4V J; 1X9S A; 3LGM A; 4KAI A; 1GTH A; 3VGT A; 2XSJ A; 1KKH A; 1HQU A; 4A47 A; 1CS4 B; 3SDE A; 2J9D E; 3TUI C; 1WSR A; 4KYZ A; 2MEW A; 4IOA Q; 3PZP A; 4B9L A; 5L46 A; 4KJI A; 3MOJ B; 4USJ C; 3DGV A; 2PSZ A; 4ES2 A; 3R6L B; 3A8J A; 5KFP A; 1IBL F; 4KHM A; 4DSF A; 4URG A; 4NWB A; 2FJV A; 4YB1 P; 2YNG B; 4OX8 A; 2ZHA A; 4H4K C; 2JWN A; 3SFU A; 3HP6 A; 2PA8 D; 4FPI A; 2RT3 A; 1NBE B; 2P9G A; 1KRP A; 3R5J B; 3BKU A; 1S9F A; 2WVC A; 3HJV A; 4EMD A; 1I5O B; 4ZIV A; 3GCX P; 2KTQ A; 3M6X A; 2KDO A; 2HQG A; 1U2R A; 3AD8 C; 1CBK A; 2HAI A; 2HFN A; 1SC6 A; 2B9W A; 3E8O A; 4JI5 J; 4CO2 A; 3AQO A; 2GJ2 A; 1T0T V; 4LSL A; 3TQ1 A; 2UP1 A; 2CQI A; 2AZ3 A; 1MMN A; 1OQ6 A; 3BSC A; 3ONQ A; 2DGQ A; 2BAC A; 2QV6 A; 2RIJ A; 1TMM A; 2EG1 A; 1SV5 A; 4BS2 A; 1HR0 F; 3D28 A; 3MCM A; 4DR2 J; 2W1B A; 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