The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
158
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structure length |
158
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Chain Sequence |
TVAYIAIGSNLASPLEQVNAALKALGDIPESHILTVSSFYRTPPLGPQDQPDYLNAAVALETSLAPEELLNHTQRIELQQGRVRKAERWGPRTLALDIMLFGNEVINTERLTVPHYDMKNRGFMLWPLFEIAPELVFPDGEMLRQILHTRAFDKLNKW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosph
|
| publication title |
Structural and functional roles of residues D95 and D97 in E. coli HPPK
rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Transferase
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| total genus |
41
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| structure length |
158
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| sequence length |
158
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| ec nomenclature |
ec
2.7.6.3: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase. |
| pdb deposition date | 2009-08-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01288 | HPPK | 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1EQM A; 4AD6 A; 5ETM A; 4CYU B; 1DY3 A; 1KBR A; 1RU1 A; 2F63 A; 3ILL A; 3HD1 A; 3KUG A; 1TMJ A; 5ETV A; 3ILI A; 2QX0 A; 4CWB A; 2BMB A; 5ETO A; 3KUE A; 4F7V A; 3HSG A; 1RAO A; 5ETR A; 3UDE A; 4M5J A; 5ETS A; 3ILO A; 1HKA A; 1EQ0 A; 3HD2 A; 1RU2 A; 2CG8 A; 2F65 A; 4PZV A; 3UD5 A; 1IM6 A; 4M5L A; 1RTZ A; 3MCM A; 3QBC A; 3UDV A; 4CRJ A; 1TMM A; 4CYU A; 1F9H A; 5ETT A; 4M5M A; 4M5K A; 3KUH A; 4M5H A; 5ETK A; 1HQ2 A; 3HSJ A; 5ETN A; 5ETL A; 5ETP A; 1Q0N A; 4M5I A; 5ETQ A; 1CBK A; 3HCX A; 3ILJ A; 4M5N A; 1RB0 A; 3HSZ A; 3IP0 A; 4M5G A; 3MCO A; 3MCN A; 3HT0 A; 1G4C A; 3HSD A; 1EX8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1S49 A; 3THP A; 1KBR A; 4NLX A; 2E29 A; 1TL1 A; 1AA1 B; 3QT5 A; 1NHV A; 3KLH A; 2IC3 B; 4K2X A; 3HFK A; 5EWE A; 4YUD A; 3PJ9 A; 1X8D A; 4DL0 C; 4UOH A; 3OTD A; 2R4F A; 4AL7 A; 2VOO A; 4OZ3 A; 2DIU A; 2MY8 A; 4U96 A; 2HZC A; 2MSS A; 1QSS A; 1PAU B; 4C11 A; 2CZ4 A; 1P27 B; 4OYO A; 2FGC A; 3MEG B; 5D3G B; 4KGM A; 4NYZ A; 5KFZ A; 4TY8 A; 4CLZ A; 3M8S A; 4USH A; 2IRX A; 3M8R A; 3LPY A; 1KWM A; 1Q79 A; 5K9F A; 1QUV A; 2XWX A; 2AJQ A; 1S7I A; 1FE4 A; 3BGL A; 2JLG A; 1KON A; 3H0P A; 3K89 A; 3QSY B; 2M9K A; 2NUH A; 4NI2 A; 4WP3 A; 4JBC A; 4J9N A; 3BQ1 A; 3HHK A; 3IM8 A; 2RIJ A; 4TN2 A; 5HP1 A; 2DXE A; 2UV8 G; 5HVF A; 4WCE Q; 1HBM A; 1KDN A; 1FO1 A; 3ZTQ A; 1Q5V A; 1M90 T; 3ENQ A; 2ZOF A; 4KKO A; 1KD1 T; 2MZS A; 3T1A A; 3MD3 A; 4PQA A; 1MU2 B; 3R7S B; 2E44 A; 1TFW A; 3I96 A; 2CQI A; 4URS A; 4DSI A; 1RTH A; 3ZZ0 A; 3GYG A; 1S9G A; 3DXB A; 4A8Q A; 3UNG C; 1NK8 A; 4DR3 F; 3MGJ A; 1KQG B; 3JYT B; 3PG9 A; 1RT2 A; 4OX6 A; 3C2P A; 1S6U A; 4X4U A; 4N8O A; 4Z37 A; 5J1N A; 3KK1 A; 3FBF A; 2RF2 A; 1SKS A; 3QSI A; 3KDO A; 1EAY C; 2C2N A; 4G1P A; 5J2P A; 5DM7 Q; 2N4D A; 3V6K A; 3KHL A; 5KT4 A; 2HNY A; 2JOQ A; 4KB7 A; 2QTW A; 3TOQ A; 4NLY A; 2H54 B; 3SCJ E; 3AA8 A; 3CED A; 3P4U B; 4CWB A; 4ICL A; 3W2V B; 1GK8 A; 1WOR A; 5HQ8 A; 1O8B A; 1TUG B; 1HBO B; 3G2X A; 4H4M A; 1HLW A; 2D9P A; 4ES2 A; 4ECZ A; 3N6L A; 3A8I A; 4LF8 F; 2FY1 A; 2FVQ A; 2G0J A; 4RW4 B; 4MH8 A; 5B0G A; 1PG5 B; 2RU9 A; 3OJS A; 1FRL A; 3VAI A; 2HQF A; 2E9T A; 4ZK7 M; 5F9N A; 5HO4 A; 1SH3 A; 5GMK a; 4URQ U; 4DN9 A; 1VQN S; 1QVF R; 1K1S A; 2BBE A; 4B02 A; 1RAA B; 4RO0 A; 2AT1 B; 3LAM A; 2XSJ A; 4F4A A; 1VS3 A; 4MIW A; 4MT1 A; 3M32 A; 4ECW A; 1N36 J; 4JI5 J; 3TQ1 A; 3ZTS A; 2IYG A; 2Q6B A; 2CJY B; 4GO5 X; 3ETM A; 1TEL A; 3HSJ A; 2BAB A; 1SC4 B; 1WUU A; 4GVL A; 1CQN A; 3Q86 A; 4DV6 J; 1F0X A; 2UZA A; 2Y0B B; 2UVW A; 1UVL A; 3NKY A; 2OPR A; 1RA7 A; 5KFP A; 2HVI A; 2YKA A; 2CQ2 A; 2VBW A; 5MLC V; 4OZN A; 4C48 A; 1SXL A; 1P1T A; 3MEE B; 1FX4 A; 2DR7 A; 2IM1 A; 1LFW A; 4RUA A; 1VQ8 S; 2DHG A; 1EP4 A; 2OD6 A; 1JIH A; 2DT9 A; 1JJ2 R; 2K7J A; 1YX2 A; 4HTI A; 5D8H B; 4ZPT R; 2XLJ A; 3V6D B; 4C8Y A; 3M9N B; 1XJW B; 3KNA A; 3SQG A; 3Q8P B; 2UV8 A; 1E6V B; 3A3O B; 2VG6 B; 2QV6 A; 2JSX A; 4NPO A; 2FHJ D; 3IC1 A; 4OYP A; 4LR9 A; 2PA8 D; 5KFT A; 4F0M A; 1SL0 A; 4A8S A; 2B4V A; 3DN9 A; 1RI7 A; 4DUZ F; 4X4R A; 1JXL A; 4C4W A; 3PV8 A; 2EFG A; 2RIL A; 3ULH A; 4DI6 A; 3V81 A; 3ENV A; 3JTO A; 1FFG B; 4X62 J; 4FVC A; 2B8Q A; 3H4B A; 1EKS A; 3LP1 B; 2IFX A; 2W1B A; 2RUG A; 1BD6 A; 2F8H A; 2GHW A; 4FNH A; 3GFY A; 2GIQ A; 4K7Q A; 1G4C A; 4WK1 A; 4LQ3 A; 4XK8 C; 5F8G A; 1OPI A; 3NNC A; 2IBO A; 4CH0 S; 4UQT A; 4J9R A; 4WXW A; 4X4V A; 1RWO B; 1EB0 A; 1U2C A; 2DR9 A; 2K3K A; 3E8O A; 3DLE A; 1AYE A; 3RRG A; 5HAT A; 3D6F B; 4FF1 A; 2VZ9 A; 2M7S A; 3ITH B; 3RRH A; 4YHH F; 2EFV A; 4J9U E; 5F8N A; 3MTK A; 3GIL A; 1FDD A; 1NB7 A; 1R8P A; 5B0F A; 1D0E A; 2PDA A; 3DRR A; 3GSD A; 5KTQ A; 4R8U A; 2MKS A; 3CIZ A; 3R2C J; 1N34 F; 3AOD A; 4EU0 A; 3LTO A; 2IJN A; 5T7L B; 3QRR A; 1Y5I B; 1RTZ A; 1JX4 A; 3A3P B; 1C1B B; 4MK8 A; 3UDC A; 5BR8 F; 1D9D A; 1W7W A; 2G0I A; 4DLE A; 1AW0 A; 1NDC A; 2HQC A; 5G0R B; 2V8G A; 5GMD A; 4DS4 A; 2MZT A; 3VQS A; 2YNI B; 4M5D B; 4XPC A; 2LEP A; 8ATC B; 4F4Z A; 1X0F A; 5GAD I; 4WPA A; 3G82 B; 3NAI A; 1MWQ A; 1RHM B; 1J5E F; 5DG8 A; 2QYC A; 3C6U B; 2HND A; 1AZS A; 3QYY A; 2LLZ A; 3HT0 A; 2EW9 A; 2YWE A; 2XHC A; 3CDU A; 4J9V A; 1UPP A; 2CVE A; 2HZA A; 4AL5 A; 4RWX A; 3J81 Y; 1RAC B; 1OSC A; 2J7U A; 3R5J B; 1U1O A; 5ETK A; 3BYP A; 3JB9 k; 4DUY F; 1FRI A; 4DL3 A; 3OVS A; 2WTF A; 2GW8 A; 2OPP B; 1FRM A; 3J7Y U; 4YR2 A; 4ZP9 A; 1N54 B; 2QC3 A; 1LWE A; 3PEH A; 5F8H A; 4DV2 J; 2OFH X; 4I4B A; 1REV B; 4P52 A; 1HI0 P; 3ENA A; 3N9U C; 2AF6 A; 1S0V A; 4ID5 B; 5DQI A; 2HQI A; 2R2U A; 1IXK A; 4UUW A; 4J9K A; 3W5X A; 4CH7 A; 1WKL A; 4OJ3 A; 3H5S A; 1ZAV A; 4RNN A; 2I1R A; 2DR6 A; 4Q7A A; 5DGB A; 1TFY A; 2VQF J; 3H90 A; 4CIO A; 2G2O A; 4BCA A; 1QTM A; 4AXI A; 3G87 A; 5E3Q A; 3J7Z T; 1MN7 A; 1DAR A; 1DQ8 A; 2CQD A; 1LW2 B; 3M30 A; 2OKQ A; 1GXU A; 1X4H A; 2XMA A; 2KYZ A; 2V9K A; 1M0S A; 1JK9 B; 1BQN A; 2WB1 D; 4ZJO A; 7FD1 A; 4IFY B; 1WC1 A; 3M9M B; 1U49 A; 3EXC X; 3CT9 A; 4LF4 J; 4PG4 A; 1NHK L; 1FK9 A; 2KN4 A; 2V5H G; 3H59 A; 2C2R A; 1IQT A; 4YB1 P; 1U1P A; 3TQE A; 2XY6 A; 4OX7 A; 3PW4 A; 3R3T A; 4FYX B; 4DV1 J; 5HLF A; 3TJ8 A; 3P8B B; 1HNX J; 2QFJ A; 3MM6 A; 4W92 B; 4KRW A; 2C42 A; 2DNG A; 4ZVT B; 4DQP A; 3PIP Q; 1A0O B; 4M94 A; 2EI5 A; 2LP4 A; 1KKH A; 1F5C A; 3EJM A; 4UQG A; 3CDW A; 2NYI A; 4IH7 A; 3MM8 A; 1ZM9 A; 4FXD A; 2M5Y A; 3JSR A; 4DQQ A; 3L95 X; 4NZ7 A; 4JI0 J; 3K8W A; 5IWA F; 2MQN A; 5IM0 A; 2XMU A; 1GMU A; 2POK A; 2C3Y A; 2E1M C; 2HBZ B; 2ZVS A; 4RU9 A; 1WSR A; 3HVT B; 1TVR B; 1GTE A; 2G9O A; 3BO2 A; 2HS0 A; 2DCU B; 3QID A; 2AEM A; 3FEY B; 3I5B A; 2R8G A; 5ETO A; 1NHU A; 3CME S; 2DGS A; 2EKN A; 4NEY A; 3QBC A; 3NNH A; 3H2V E; 4RX6 A; 3V4M A; 3WIV A; 3PO5 A; 3VTI A; 2DVI A; 3LP2 B; 2V68 A; 1SIW B; 3FNN A; 2IVF B; 1G2E A; 3AD7 C; 5I3Q A; 4NE9 C; 1VBY A; 2HPU A; 3D3B J; 4LRA A; 2CG8 A; 3QFH A; 4FNI A; 2DPI A; 2V8D A; 2CJ9 A; 2YKQ A; 2FVC A; 3QT8 A; 3BO4 A; 2EBG A; 2QL5 B; 3MR3 A; 1K9M T; 2MZQ A; 5HQM A; 1TL5 A; 3RRK A; 2UXD J; 3FSY A; 3KKF A; 2C2D A; 1Q82 T; 4GKJ J; 4CM2 A; 3DOL B; 3RB0 A; 2R42 A; 3D9B A; 3IWN C; 2DBB A; 1DLO B; 1JJH A; 4F7V A; 4AFF A; 3N6N A; 3NAH A; 2FHM A; 1LWF B; 1O6X A; 5D0H A; 5KFW A; 1ULR A; 4C7Q A; 3FSI A; 3DRS A; 1IBK J; 4JI2 J; 2C2K B; 3V5R A; 1VMB A; 1FRJ A; 3EZ5 A; 4UOG A; 4ZP7 A; 4RUC A; 2F3J A; 3SSR A; 1XTZ A; 2MQO A; 2GMH A; 4ZLP A; 1N56 A; 4KTQ A; 2HZV A; 3MMB A; 1U2F A; 3MCN A; 3MEG A; 2W4C A; 2F63 A; 1VQK S; 4A8X A; 4F0K A; 4X4Q A; 4CO3 A; 1TU0 B; 2CNO B; 3G4S S; 1Q53 A; 1TV6 B; 4NLW A; 1LK7 A; 4ZPA A; 1ZTW A; 2GIF A; 2VOP A; 4CLS A; 2ABY A; 1V3S A; 3KJQ B; 3GFZ A; 5K8P A; 2H48 B; 3BSN A; 1NXI A; 4CNZ A; 3C6T B; 1NRK A; 5CYJ A; 4LIW A; 3DGP B; 2Y0S D; 1WTB A; 2RB7 A; 3A13 A; 4CI0 B; 2X1A A; 2B5J A; 4PWW A; 1TQL A; 3UD4 P; 4FF2 A; 4AQY J; 5A2Q Y; 2QMU B; 1S79 A; 2BOA A; 1PC5 A; 1VQ9 S; 1CBK A; 4B9S A; 2DHA A; 5KT2 A; 4OFZ A; 2OO4 A; 5IQQ A; 3W3S A; 3R5A A; 1RTI B; 4ES1 A; 4TYB A; 3KJV A; 4B17 A; 4DEZ A; 4OZ1 A; 3VAG A; 3TUZ C; 4N41 A; 2PSZ A; 2E7X A; 3ET6 B; 1Q8B A; 4KHP F; 5A8K A; 2JH3 A; 4ITS A; 2CPY A; 5CAA A; 4Y2I A; 1SJR A; 5HI7 A; 4ZPC A; 2JL9 A; 4DCJ B; 1UFL A; 2YXL A; 5DDO C; 3LA0 A; 2GJI A; 4JOU A; 3IA0 A; 2XBP A; 1JLB B; 2JNJ A; 2J0X A; 4NOH A; 3BN7 A; 1BC6 A; 4B3M J; 3S01 A; 4WE1 B; 2W8K A; 2E7W A; 1N33 J; 4PWD B; 2MZ1 A; 2R8K A; 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3PKM A; 4DV4 F; 3KHG A; 1YHQ S; 4C8M A; 3IR6 B; 3FCV A; 4HH1 A; 2RSQ A; 3FFI B; 1O5J A; 5C24 B; 2K3I A; 2MPU A; 1JLF A; 3KLI B; 2X1B A; 5F3T A; 2HNZ A; 1AB8 A; 3LP1 A; 1OS5 A; 2HK2 A; 5CD4 H; 3TAM B; 2O01 C; 4IO9 Q; 3JSM B; 3RR7 A; 1SL2 A; 5J2N A; 1HHT P; 4QR1 A; 2YH1 A; 2DGW A; 4OHW A; 1J5O B; 4C8L A; 1P8G A; 1WDT A; 3GFX A; 2HGM A; 5HAO A; 3FBE A; 4CYU A; 2Q66 A; 1FFS B; 2UUA F; 2X51 A; 3ZZR A; 4LFA F; 2FJB B; 4KO0 A; 4X64 J; 3EZO A; 5KG2 A; 3KG1 A; 3PCO B; 1XMO J; 4PCQ A; 1HQE A; 2Z57 B; 1R27 B; 1VC5 A; 3UN3 A; 4PYD A; 1IBL J; 2OH2 A; 2Q79 A; 3UW1 A; 4ECQ A; 4DS5 A; 3ITH A; 8AT1 B; 2MQ8 A; 1Y10 A; 4ES3 A; 3IM9 A; 2Y1J A; 4ECY A; 5JJB A; 2O1P A; 1RU2 A; 2BJ8 A; 4BBY A; 3EGZ A; 4FYD A; 1R3N A; 2ZNY A; 2RQM A; 1TKT B; 3D1H A; 3BKU A; 5RUB A; 2HGN A; 4QZV B; 2CPI A; 4B3R J; 5E2Q A; 3OTO F; 1C1B A; 1FE0 A; 4M5I A; 1T9W A; 4K4Z A; 1D9F A; 5IT0 A; 4XTT A; 4WTO B; 1X5T A; 3M8P B; 1RGV A; 3ILI A; 1HYS B; 2QO3 A; 4KE5 A; 2XMJ A; 3I6P A; 1K0T A; 3L9Z A; 4V1A k; 4WJB A; 1HD0 A; 4NXM F; 5DDP C; 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