The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
93
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structure length |
93
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Chain Sequence |
HKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
In Silico Identification and Crystal Structure Validation of Caspase-3 Inhibitors without a P1 Aspartic Acid Moiety.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
CASPASE-3 SUBUNIT P17
|
| total genus |
19
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| structure length |
93
|
| sequence length |
93
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2010-11-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GFW B; 3GJQ B; 1RWM B; 2CJY B; 3QNW B; 4ZVO B; 2CNN B; 4ZVU B; 1IBC B; 1QDU B; 2CDR B; 1RHM B; 1RHU B; 3SIP B; 2H4W B; 3KJN B; 1RHK B; 1RWV B; 5K20 B; 2H5J B; 3EDQ B; 2P2C B; 2H5I B; 2HBR B; 5IC4 B; 1RWO B; 1RHJ B; 3RJM B; 2HBZ B; 2QL9 B; 2XZT B; 3P4U B; 2XZD B; 1SC3 B; 1RWN B; 3R7N B; 4ZVP B; 4DCJ B; 4ZVS B; 4JB8 B; 3GJR B; 1BMQ B; 3D6H B; 1SC1 B; 2QLB B; 5IC6 B; 3R6G B; 3R7B B; 3R6L B; 3P45 B; 1RWK B; 1RHQ B; 2FQQ B; 2QL7 B; 2C1E B; 3IBC B; 1PAU B; 2H65 B; 1PYO B; 4DCO B; 1NME B; 2DKO B; 2XYP B; 2C2O B; 2QL5 B; 1QTN B; 1SC4 B; 3D6M B; 1I3O B; 1RWP B; 2C2M B; 1RHR B; 4LSZ B; 3GJT B; 2CNK B; 3R5J B; 1I51 B; 3GJS B; 3KJQ B; 3EDR B; 2XYG B; 2C2Z B; 2H51 B; 2HBQ B; 3KJF B; 2CNL B; 1ICE B; 2CJX B; 3R7S B; 4ZVQ B; 3NS7 B; 1RE1 B; 3IBF B; 2H48 B; 1RWX B; 2C2K B; 2Y0B B; 1F9E B; 2QLF B; 4ZVR B; 4ZVT B; 2H54 B; 2CNO B; 2HBY B; 1RWW B; 2XYH B; 3D6F B; 4DCP B; 2H4Y B; 2Y1L B; 2QLJ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2MJU A; 1V6H A; 1YRU A; 4ID5 B; 3PJW A; 3JTP A; 2QA1 A; 2XUL A; 4NLQ A; 2CVE A; 5BYR A; 1OY9 A; 2DIS A; 4TXS A; 3ITH A; 4KHR A; 1WHY A; 3PX0 A; 2HUR A; 3KLF A; 5M2R A; 1RAF B; 3MUR P; 3FSI A; 3HD2 A; 2MSS A; 3G87 A; 3PEH A; 2ALZ A; 1LWC B; 1QVG R; 3U1L A; 2IIH A; 1RU1 A; 1ZS6 A; 4CLF A; 1SJQ A; 2VQF F; 4I2P A; 4JI8 J; 2LXU A; 2B3T B; 1G2E A; 3J80 U; 3EVO A; 1AW0 A; 1FKP B; 1AA1 B; 3V4I B; 5K9F A; 2BEF A; 3OLA A; 3E01 A; 1KTV A; 4MYT A; 1JLF B; 5KTQ A; 3HD1 A; 2L41 A; 4YB6 A; 2ERR A; 5DDR C; 1ZZN A; 4NCG B; 1LWF A; 2FGO A; 2WSE C; 2J7W A; 3W5X A; 3OW2 R; 5HLF A; 2DNG A; 3MHY A; 1QAI A; 5GME A; 1RUS A; 4PAB A; 4HLB A; 4JI4 F; 4N8N A; 1HQU B; 3QNW B; 3PKM A; 4C0O C; 1XC9 A; 4WK3 A; 2AEJ A; 4WFY A; 4U96 A; 4YP3 A; 5EX0 A; 4LRF A; 3ISN D; 1S12 A; 1M90 T; 2WOM B; 1CJU B; 4RW4 B; 2JEF A; 3U1M A; 2GCF A; 1N5Y B; 4YEA A; 2GHP A; 2YWG A; 2QA2 A; 4B17 A; 3LW5 C; 3I55 S; 3VCD A; 3BPD A; 3G71 S; 4OFZ A; 3F0N A; 3R7B B; 1QAJ A; 3O3L A; 2FDN A; 2DTJ A; 2EFN A; 3WDO A; 2XSJ B; 4QU7 A; 5D77 A; 2VBY A; 5EGY A; 3IAS 9; 1SH0 A; 4QYZ K; 2ZKU A; 5EWE A; 4MFB B; 5KFD A; 3DXB A; 2ZE2 B; 5KFZ A; 3O8W A; 4Y00 A; 4KFB A; 2QMW A; 3TEG A; 1S1U B; 3BKU A; 1S0M A; 2XMM A; 2PI5 A; 1IKX B; 3CED A; 1HR0 J; 2LEA A; 4WZM A; 3KFW X; 3DM2 B; 1I94 F; 2E5L J; 3OL9 A; 1AZS B; 2MQQ A; 1FNO A; 1KOO A; 5KG7 A; 3MR5 A; 3M05 A; 8AT1 B; 5HL7 Q; 2HQG A; 2YNG A; 4ZP8 A; 5K8O A; 2JLE A; 1ZM2 A; 3NGD A; 3M8Y A; 3M6W A; 1RTD A; 1VIX A; 3E2E A; 1U0S A; 5B0F A; 4NLS A; 2ZWO A; 4QIF A; 3HVW A; 4ED1 A; 3DLL Q; 4DZ6 A; 1FDD A; 1HNV B; 3PDN A; 2P9G A; 2VOD A; 3OL6 A; 2HFV A; 1QTN B; 2VKR A; 3FZ2 A; 3H5Y A; 5IZH A; 5E0O A; 5SUH A; 4PG5 A; 4PYD A; 2YKO A; 4ZJO A; 4DS4 A; 4RNN A; 3ZTP A; 3GSI A; 1KS2 A; 3CCT A; 1LXN A; 3MM7 A; 1GXT A; 1FTR A; 1WOO A; 4B9N A; 3PHE A; 4NZ6 A; 1OWX A; 4P7V A; 1RTH A; 2WVE A; 2WTF A; 1WG5 A; 2CAD A; 2LDY A; 3US5 A; 2UV8 G; 4OYO A; 7FD1 A; 1OMS A; 3AA9 A; 1O5J A; 4OV6 A; 4I68 A; 3VHQ A; 1H2V Z; 2CKW A; 2GVD B; 2VA2 A; 3TNV A; 5C25 A; 2DGQ A; 4AYB D; 3M8Q A; 1UWA A; 1W2B R; 1V3S A; 3D54 A; 3QT8 A; 3JQJ A; 2DK2 A; 4PQU A; 1BLU A; 4J5O A; 3CIZ A; 3V81 A; 3AA8 A; 2C1E B; 2XMW A; 4HHU A; 3A12 A; 2ACM A; 5EWG A; 1NDC A; 3PX4 A; 3PG9 A; 1KWM A; 3NY0 A; 4DV7 J; 3BPS P; 3I0S A; 3S6E A; 3OSN A; 1KRP A; 3H4B A; 3GIM A; 2JLG A; 4I7F B; 3CD5 A; 1ZAX A; 1RLC L; 3T9N A; 3K7R A; 4ZVE A; 3O2I A; 2MHN A; 4DV0 J; 3T41 A; 1NSA A; 2AJQ A; 1BY9 A; 2C2N A; 2HNY B; 3CO0 P; 4OI1 A; 4K4U A; 2HBY B; 4TY8 A; 1WTB A; 4ES3 A; 3QT5 A; 3BBC A; 4LT6 A; 3FQK A; 5I3U A; 1JK9 B; 1ZH5 A; 1PAE X; 3J7A N; 1KQK A; 4CLP A; 2DHA A; 3PIO Q; 2HMI B; 3M2R A; 4WIQ A; 1TMM A; 2V94 A; 1PO6 A; 3I32 A; 4HI2 A; 5F8N A; 4DUY J; 3H8Y A; 4YY3 J; 1TV6 A; 3WIU A; 3MEE B; 4ZVP B; 3TA1 A; 2RF2 A; 2QMU B; 5B09 A; 4K4Z A; 2NUU G; 3A13 A; 9ATC B; 3KTQ A; 2VOP A; 2H1Y A; 5BJR A; 1X4C A; 1HMV A; 1LKZ A; 1TL3 B; 2ADC A; 1MU2 B; 1NJX A; 3HVA A; 1P1L A; 2ZH4 A; 2PMW A; 2YKA A; 1F3V A; 5D4O A; 2YPZ A; 2FIU A; 3MUM P; 2DNR A; 1TKT A; 3CSK A; 3L9Z A; 4WXO A; 1I1G A; 4RUC A; 2ZD1 A; 4ZIW A; 2Y9H A; 4JI6 F; 2FJD B; 1PYS B; 4OHW A; 5GAH I; 4NLT A; 5DDP C; 2V50 A; 2OUG A; 3IA0 A; 2AD9 A; 2MLY A; 1HBO B; 1WSR A; 4CO4 A; 4FXW A; 3Q86 A; 2V4R A; 3WQP A; 4PWW A; 3W7B A; 1JXV A; 1JJH A; 1W26 A; 2CQI A; 4BDP A; 1NDK A; 4J9U E; 3FQL A; 1W25 A; 1IM6 A; 1R0B G; 2UUB J; 1T03 B; 3MMA A; 4KQZ A; 1RB0 A; 1OPZ A; 1T9V A; 2KT3 A; 1FJ7 A; 5KFE A; 2M5Y A; 2NSB A; 2QV6 A; 2HHH J; 1TKZ A; 2J8A A; 1VHF A; 4A8Y A; 1L3K A; 4ZPB A; 4TNO A; 1FFG B; 2DRA A; 1OYE A; 4PG7 A; 1VLY A; 3DGV A; 2E44 A; 2MKK A; 4DF4 A; 1U1N A; 2F8E X; 3ZZP A; 2AMC B; 3C16 B; 3NGS A; 2QIF A; 5BR8 F; 1XMQ F; 5CQG A; 2CA9 A; 4K4X A; 1WEL A; 4X4V A; 1YI2 S; 1T9Y A; 3MPD A; 3IXQ A; 4ZMM A; 2WHO A; 3J7Z T; 1S76 D; 3PVX A; 1S1T B; 4ERD A; 3CME S; 4CI0 B; 1TL5 A; 5ETP A; 1QE1 B; 1MLA A; 3HSJ A; 1Q81 T; 4WP8 A; 4ECX A; 2VF3 A; 1JLE B; 1XR5 A; 3C15 A; 3DGP A; 1ZPW X; 3JSB A; 1VJQ A; 2RIJ A; 3FC9 A; 3VGS A; 2HHQ A; 5A0Y B; 3RJM B; 2HBZ B; 1EIY B; 3AT1 B; 2IDE A; 4DV3 F; 5HRO A; 3MMJ A; 2ZOG A; 4KV8 B; 2VG7 A; 4XO0 A; 4OIX A; 2DNK A; 2LKZ A; 3R6L B; 2EI5 A; 2X51 A; 3W2V A; 1MMD A; 1FRL A; 1IQZ A; 5FJ4 A; 5D0E A; 2KHD A; 4F50 A; 2V2Q A; 2CPY A; 4OJH A; 2F63 A; 5DG8 A; 4YDX A; 5KT6 A; 2BA9 A; 3O6Q A; 1HQE B; 3BZQ A; 4YME A; 5IQ6 A; 1K8A T; 3UDL A; 5ETK A; 3RUB L; 3DRS A; 4XDD A; 2ZFH A; 4AQY F; 1CSJ A; 2QC3 A; 2HQI A; 4CO1 A; 4ZIV A; 1NK6 A; 4I6Y A; 2FLL A; 1FJG J; 2OLW A; 3QSI A; 1LFP A; 2ZJQ Q; 1PC4 A; 3MF5 A; 2LQ9 A; 3CE8 A; 4HH0 A; 1YBU A; 2JX2 A; 3DRP A; 4B3M F; 1D09 B; 2ZC3 A; 2JHE A; 2CDQ A; 3RAQ A; 3KK3 A; 1VQ6 S; 1XJW B; 2DGO A; 2B9W A; 5LSR A; 1DZ5 A; 2XLJ A; 3DLE A; 4C8O A; 3QMQ A; 5CYJ A; 1X5T A; 3HFV A; 3D68 A; 1K1Q A; 1DLO B; 1U4B A; 3TA0 A; 2RNE A; 4IR9 A; 2CNK B; 3H42 A; 2ZH6 A; 2MMY A; 2QLW A; 3EGZ A; 2KO1 A; 3PFE A; 3IR7 B; 2EFV A; 2E5J A; 2HNZ B; 2XBP A; 3AY0 A; 4ZN3 A; 3CCU S; 1E6Y A; 1CJK A; 3PXG a; 2QEX S; 3GJQ B; 2J6T A; 1OQ3 A; 1Y10 A; 1G7C B; 2G2Z A; 2UVR A; 4IFY A; 4W4M A; 5KG1 A; 1HFE L; 4Y6I A; 1N4L A; 1Z4U A; 4P9S A; 3N6M A; 3W61 A; 3UE2 A; 4LFC J; 4LF4 F; 1TEL A; 2HND B; 2MEW A; 7AT1 B; 2D3Z A; 3I0R A; 1X60 A; 3IRX B; 4B9U A; 3MCS A; 1JLC B; 1U6F A; 3TZZ A; 1PJ7 A; 2YWH A; 1V3R A; 5A2Q Y; 5L8R C; 1LW2 B; 4PPD A; 4H4O B; 1SIZ A; 3P49 B; 1IBM J; 1VDH A; 3MR7 A; 1NND A; 1WC0 A; 3BYR A; 3GR0 A; 3CD0 A; 3THT A; 2DD8 S; 1NJI T; 5BYS A; 4FNH A; 1REV B; 4EBD A; 3DLK B; 3CC4 S; 3TQE A; 5CCM A; 4MKA A; 3KNA A; 2D7S A; 2MB0 B; 3A3P B; 3SYZ A; 5B0A A; 4C4W A; 5LXY A; 5C2C A; 2CRL A; 2D69 A; 4IG0 A; 4LF9 F; 4ZOS A; 4UY8 5; 1WUU A; 2Y0S D; 4DR2 J; 4NAS A; 2CWX A; 4BS2 A; 4B3S F; 4DCP B; 3T6B A; 2UUA J; 1YJ9 S; 1HI0 P; 3TYT A; 4O4G B; 2CJA A; 4TU8 A; 1K73 T; 4BWM A; 2CPX A; 2HHX A; 3MR6 A; 3KDN A; 4C98 A; 2L9D A; 2QT7 A; 1KLN A; 4RBV A; 1Y5N B; 4DX5 A; 3Q24 A; 4M5K A; 4Q7A A; 2POK A; 2GQC A; 2RRA A; 1D9A A; 1FF2 A; 4WE1 A; 1VRQ C; 3MZI A; 2OD4 A; 2HK3 A; 1H3D A; 4O4R A; 4DU8 A; 4ZP7 A; 4OX9 J; 2IY5 B; 4K5S A; 2E9Z A; 2UXB J; 1JLB B; 4NL5 A; 5H9F J; 1OPI A; 3SXL A; 2ZDP A; 3Q8Q B; 3QFW A; 4NEZ A; 1X8D A; 4K0K J; 3MEC B; 2AYB A; 1S1W A; 3VAI A; 1S6Q B; 3LQV A; 3AXK A; 4HR2 A; 5F41 A; 5AE2 A; 2W2N P; 4R8U B; 2DEJ A; 2R7R A; 2PFD A; 4M5H A; 1VQS A; 1UA1 A; 3IBF B; 3CJ3 A; 3CCE S; 4DLG A; 2HWH A; 5GAE I; 1X7V A; 4FDF A; 1IKV B; 1D1U A; 4X4Q A; 4IFV A; 3H90 A; 2L9N A; 1HD1 A; 3PCO B; 2A3J A; 4KO0 A; 5MAO A; 2WON A; 4Q43 A; 2KI2 A; 4Y0F A; 1O6X A; 5E33 A; 1KD1 T; 3CDW A; 4ED8 A; 2GAH C; 3PAC A; 1UFW A; 2XMU A; 3H4D A; 4PQA A; 3HDS A; 2H3E B; 4CNY A; 2C3U A; 4NML A; 1TVR B; 3HFZ B; 1KN6 A; 4PXD A; 2MTL A; 5T41 A; 4CO5 A; 4QYR A; 3B54 A; 3AJ2 A; 2QYG A; 1UEV A; 5L9X A; 2EBG A; 4ZK7 M; 4L76 A; 2RS2 A; 1NDP A; 2D3O R; 4HAC A; 3ZZZ A; 1WOP A; 1T8E A; 4AE5 A; 5J2P B; 3EZO A; 4EYH B; 3OVA A; 3I31 A; 2B4P A; 4CT9 A; 1N5V A; 4NRT A; 2AZ3 A; 2C2M B; 2FC8 A; 1KFS A; 3RB6 A; 3I4H X; 3SSS A; 1I51 B; 2XNQ A; 4XAK A; 2OTL S; 5F8G A; 2R7T A; 1N8R T; 4ANC A; 1DTQ A; 5KG3 A; 2YX7 A; 2MLX A; 1QAX A; 2CWK A; 3L3C A; 2BQR A; 1JLQ A; 2P6S A; 3CVK A; 1I6J A; 5J2Q B; 3F56 A; 3NRB A; 1D0E A; 2OPQ B; 4B9V A; 2BJ9 A; 3GZ7 A; 5THW A; 2VQF J; 3DLG B; 2ZH8 A; 1U7L A; 1X4G A; 4LBH A; 1RQ0 A; 3K5O A; 3H2U B; 3RGI A; 3BS9 A; 4CO0 A; 4K4W A; 4MH8 A; 1NPR A; 2VHG A; 3KLF B; 3LPE A; 5A8W B; 1U49 A; 3PM9 A; 5JMN A; 3R1L A; 2ZJR Q; 4ZHR A; 1XMO J; 3QGP A; 4CH0 S; 3AOD A; 2EPI A; 1FXL A; 2XO6 A; 1HBM B; 3DRR A; 1NJY A; 2DO4 A; 3DLB A; 5G4D A; 2DJW A; 4F0H A; 1VBZ A; 1X4H A; 2YKM A; 2EEY A; 2Q66 A; 5KT4 A; 3E01 B; 2W9B B; 3W64 A; 1BD6 A; 2B4V A; 3TUP A; 3P5T L; 2BJ1 A; 4AFF A; 4X4R A; 1YZ6 A; 1U26 A; 4KHP J; 2ZHA A; 2LA4 A; 3N28 A; 3D4J A; 1JJ4 A; 1R31 A; 3SQG B; 4H4K A; 4Q44 A; 2WCX A; 2YX4 A; 2ZHO A; 5HLF B; 5KT7 A; 2EK6 A; 1D9D A; 2RUG A; 3P3D A; 4RPF A; 2HGL A; 3MPV A; 4A8Q A; 4ZVG A; 2HZC A; 3AD8 C; 3BB5 A; 1UJ4 A; 2AU0 A; 3VAJ A; 2E66 A; 4LF6 J; 2R3V A; 2BJ8 A; 3BSC A; 3LGM A; 2IVM A; 1A7G E; 1YZ7 A; 3DNC A; 5IV3 A; 3IS9 A; 4ED4 A; 4CLK A; 3PO4 A; 2LMI A; 4IKA A; 4BCA A; 1VBY A; 4DN9 A; 2HAF A; 1VLO A; 3W3S A; 3OUY A; 1LQ9 A; 2AJF E; 1IJE B; 1SKS A; 1TP7 A; 4EFA C; 1WHV A; 1YJU A; 2XB2 D; 1HNX J; 2AKW B; 4PWD A; 4OZJ A; 4J9R A; 2YTC A; 4FN5 A; 2V4J B; 4C8M A; 1GXU A; 3OLB A; 4QWE A; 3RBD A; 1S1V A; 5HAO A; 4LF5 F; 4FS1 A; 4EBE A; 3V5R A; 2CJ9 A; 4IRC A; 3IC1 A; 1QM9 A; 3NS5 A; 3QIP A; 4IUF A; 3KK1 A; 5GAG U; 3W8G A; 2Z2L A; 1WC4 A; 2OH2 A; 4DSK A; 2X7I A; 4I56 A; 2ZC4 A; 2MZR A; 2QZ8 A; 3GFH A; 1QDU B; 4F4K A; 1RTD B; 5CD4 A; 4DU7 A; 5DLF A; 4MKV A; 3CJK A; 2FZK B; 1IR1 A; 5IT0 A; 1RHJ B; 2KKH A; 3F41 A; 3P4U B; 3HUL A; 2CXE A; 4PUO A; 2FJA B; 4I1T A; 2ALY B; 4OYI A; 1A0O B; 4LVN P; 1C1C B; 3TX0 A; 4DR6 J; 1HW8 A; 4OZL A; 5IWA J; 3ETM A; 1T9W A; 5EUH A; 5HAN A; 1RAG B; 4FF3 A; 1K47 A; 1PAU B; 2J0X A; 1KFD A; 2AP6 A; 3B4D A; 3QGG A; 3M2V A; 5CD4 H; 2H5E A; 3MMC A; 5KFQ A; 5CYM A; 4JV1 A; 3M30 A; 3NAI A; 1Y4Z B; 3C6T B; 2GIQ A; 3GFZ A; 4LIR A; 4Z7C A; 3EJM A; 1WF0 A; 3OJU A; 1IVZ A; 3QQC D; 4OYA A; 3HFK A; 3FJ2 A; 2VG5 A; 1KTQ A; 1JXE A; 1HLW A; 1Q8L A; 2LQB A; 3C6U A; 2Z56 B; 3MED A; 4KPY A; 4P2X A; 1XQI A; 4CLT A; 5C25 B; 1S0V A; 3I6P A; 3KLV A; 1FO1 A; 2H5J B; 1CC8 A; 4IRD A; 3GE9 A; 1HD0 A; 3K2Y A; 2MZT A; 1U1O A; 3CDA A; 3CWJ A; 4IDK B; 1NKE A; 2BE9 B; 5KFH A; 3V81 B; 3FSX A; 3ILO A; 2FHK A; 1PJ5 A; 1BHN A; 2HHP A; 3JQK A; 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