The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
|
sequence length |
93
|
structure length |
93
|
Chain Sequence |
KIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and kinetic analysis of caspase-3 reveals role for s5 binding site in substrate recognition
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
caspase-3, p17 subunit
|
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
18
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| structure length |
93
|
| sequence length |
93
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2006-05-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RHU B; 3IBC B; 2XYP B; 2C2K B; 2CJX B; 2CNL B; 1QDU B; 4LSZ B; 1RWK B; 4JB8 B; 5K20 B; 2CDR B; 1ICE B; 2H4W B; 2QL9 B; 1I3O B; 2CNK B; 1RHK B; 3D6M B; 2H51 B; 1RE1 B; 3GJS B; 2CNO B; 1RHQ B; 1QTN B; 3KJQ B; 4ZVT B; 4ZVQ B; 3P45 B; 5IC6 B; 2HBY B; 1PAU B; 3P4U B; 3QNW B; 4ZVP B; 5IC4 B; 2DKO B; 2H4Y B; 1RHM B; 1RHR B; 2XYH B; 1RWO B; 2C2O B; 2Y0B B; 1GFW B; 1PYO B; 1SC3 B; 2HBQ B; 1NME B; 2H5I B; 3KJF B; 1RWP B; 3EDR B; 3D6F B; 1RHJ B; 3R7S B; 2C2Z B; 3NS7 B; 1I51 B; 4ZVO B; 3R7B B; 1F9E B; 3EDQ B; 2H54 B; 1BMQ B; 2QL5 B; 3R6L B; 2XYG B; 2XZD B; 2HBR B; 1RWX B; 4ZVS B; 3R6G B; 3GJR B; 2H65 B; 3D6H B; 2FQQ B; 4ZVU B; 2XZT B; 2HBZ B; 1SC4 B; 4DCJ B; 3IBF B; 2Y1L B; 3R7N B; 2H48 B; 4ZVR B; 2C1E B; 3GJQ B; 1RWW B; 1RWN B; 2P2C B; 2H5J B; 1RWV B; 3KJN B; 2QLJ B; 2QL7 B; 4DCO B; 1IBC B; 1RWM B; 2C2M B; 4DCP B; 3GJT B; 3SIP B; 1SC1 B; 3R5J B; 2CNN B; 2CJY B; 3RJM B; 2QLF B; 2QLB B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2LEP A; 1KR4 A; 2OUG A; 4B3S J; 1HL6 A; 4LSZ B; 2G0I A; 3T9N A; 3GII A; 4OYA A; 4EMD A; 2HWH A; 1H38 A; 4LFC F; 4C9D A; 1HNX F; 4RW4 A; 2JL9 A; 1R8A A; 3VVU A; 1VLY A; 2F63 A; 2VFR A; 1R8H A; 2H4Y B; 2GQ2 A; 2F8H A; 1KBR A; 4ZMM A; 4A8K A; 2VOP A; 4ED1 A; 1TTH B; 4KBI A; 2VPY B; 4UST A; 3HCX A; 1HHT P; 4I0W A; 1F6T A; 4ZIV A; 5AE2 A; 3TR5 A; 4CNY A; 4P10 A; 1BXN A; 3C15 B; 3NXZ A; 3K8W A; 1JLA B; 3Q22 A; 4ZVS B; 4YME A; 4Q8E A; 3TQ1 A; 1EET A; 2JOQ A; 4LRA A; 4QIG A; 4FF3 A; 4LF4 F; 2DH8 A; 3D2W A; 1FD2 A; 2HZC A; 2LQB A; 1J5O A; 1KQK A; 3MM8 B; 4ALZ A; 3J7A 1; 4Q0B A; 1QE1 A; 1S1X B; 4DR5 J; 1GK8 A; 1T02 A; 3E51 A; 1HW9 A; 3HVT A; 2ZE2 B; 1FKA F; 4J9L A; 2MZS A; 4ECX A; 3VZI A; 3KHR A; 2OFH X; 4QIE A; 3MM9 A; 2J9D E; 4PXD A; 3IWX A; 2R2R A; 4DXL A; 2KG0 A; 2KI2 A; 1VBK A; 2KJV A; 1PJ5 A; 1JLB A; 3HFV A; 4NRU A; 5H9E J; 4P71 A; 3IAM 9; 2RKI B; 4CP5 A; 4UY8 5; 2ZKT A; 3PKM A; 3H7H B; 4FXV A; 2FHO B; 3H5U A; 4FP9 A; 2LKZ A; 5HP1 B; 4ECR A; 1IKW B; 7FDR A; 4DV6 J; 4DF8 A; 4XIU A; 3PEH A; 4U7C A; 1LWE B; 2FB0 A; 3TJ9 A; 1KQS R; 2E7X A; 3A8E A; 2IMW P; 4Y2I A; 2MST A; 3M30 A; 4DSL A; 5IT9 U; 2WOM A; 1GXT A; 5KFS A; 3UCZ P; 4RW8 B; 5EGY A; 4ZLL A; 5C42 B; 3IBC B; 1WKK A; 4YUD A; 3QAU A; 3HM9 A; 1MG7 A; 4ELT A; 2MLX A; 2XEX A; 3QO9 B; 1F5A A; 2GIQ A; 3QAT A; 4ED0 A; 3GJS B; 1VQP S; 2XNQ A; 2KHD A; 2Q6C A; 1NK9 A; 1RCO B; 2CDQ A; 2M8D B; 1CUL B; 4URQ U; 1X5S A; 4RUC A; 3GWC A; 1T94 A; 3ISN C; 2FY8 A; 4M5L A; 2QFI A; 4MIA A; 4KKO B; 3IWN C; 4DL0 C; 1SIZ A; 3CXC R; 5DGA A; 3KLH B; 3W5X A; 3RW7 A; 2RQK A; 4DR1 J; 1NK6 A; 2LP4 A; 4I2P A; 3TZY A; 3SYZ A; 5DDQ C; 4X4N A; 1N0U A; 2H65 B; 4MIW A; 4X4V A; 3MEC A; 1M1H A; 1UVN A; 4M5N A; 2H3E B; 2E5J A; 2CJA A; 4HDH A; 3PV8 A; 1TUV A; 4M5J A; 3M8S A; 2AEM A; 3C6U B; 5L46 A; 1P9Q C; 3GYG A; 5C7P A; 1C0T B; 3QGH A; 6FD1 A; 4PXE A; 1RAA B; 2W2Q P; 2YKN B; 3AFG A; 3UE2 A; 4JUZ A; 3BB5 A; 4NLY A; 3NCR A; 5J1P A; 4DU7 A; 4MKB A; 4EO6 A; 2CJQ A; 2BAN A; 2MDA A; 4TY8 B; 4I2Q A; 1APS A; 1WTB A; 2QMX A; 3Q23 A; 5EUH A; 2OJ3 A; 1SUQ B; 1S9G A; 4CO5 A; 2PC6 A; 2IDL A; 3MCM A; 4BCA A; 3MPD A; 1NPR A; 4NZ0 A; 2K1R A; 4JI5 F; 4DV3 J; 5KFZ A; 1NZA A; 2AX1 A; 3SQG B; 3N6M A; 4WFB Q; 2C22 A; 4ECZ A; 3OL6 A; 2EBE A; 1K73 T; 5J2P A; 3HI9 A; 4OI6 A; 3BGR B; 4IFY A; 5BXI A; 1DRZ A; 1YKW A; 4ZA1 A; 3DLL Q; 1JLE A; 4JI1 F; 5HK4 A; 3D3C J; 1N5Q A; 1ZPV A; 4ZVR B; 3CJK B; 1MU2 A; 2MJN A; 3R5D A; 1NJZ A; 1WOS A; 3V6K A; 4OYZ A; 4ED7 A; 2MZR A; 3PHE A; 2EC0 A; 1CS4 B; 3TX0 A; 3KFW X; 3AD8 C; 2UU9 F; 2E5L F; 1FF2 A; 3KLG A; 1WI8 A; 2JNJ A; 3SSR A; 4A8O A; 2LDI A; 4DUZ J; 3GIJ A; 2XGQ A; 3DDK A; 2XMV A; 3S01 A; 4X4S A; 3H20 A; 4LR8 A; 1IJF B; 4DV2 J; 2JLG A; 2VBY A; 5M2P A; 4K4S A; 1UWB B; 2VDH A; 2XBP A; 3MM7 A; 3T5K A; 3MXH P; 4DS4 A; 2OPR A; 4OIX A; 1P27 B; 3HJV A; 3UD4 P; 1V3S A; 2EFV A; 2BMB A; 1VGY A; 1R89 A; 2BJE A; 2CQ1 A; 2OIH A; 4JI8 F; 2E1P A; 3HT3 A; 3OFH A; 1P1L A; 2XMK A; 4M5D B; 4DV1 J; 4NLP A; 4ZJL A; 3M8R A; 3RUB L; 5AJ3 F; 1TEL A; 1SI9 A; 4URG A; 4USK A; 2GML A; 1MW7 A; 1RI7 A; 1C1B A; 3FMW A; 3UDE A; 4CYU A; 3PY8 A; 2C42 A; 4IG0 B; 4LQ3 A; 1SB6 A; 2ALY B; 4DV4 F; 2H5J B; 2JSX A; 2LXI A; 3KG0 A; 1LWX A; 5IXU A; 3H2L A; 2WVE A; 5LJ3 Y; 4XPC A; 4L6V 3; 1YJT A; 4CLU A; 1LW0 B; 1PC4 A; 2HFV A; 4ZCI A; 3M8Q A; 2Z56 B; 4RW9 A; 4F36 A; 3HHL D; 1X5P A; 4N76 A; 2VA3 A; 4DR4 F; 2MY7 A; 5DJB A; 4PEO A; 3UQS A; 3MCN A; 2YWE A; 2DGW A; 2HMI A; 4LT6 A; 3CDW A; 2DR6 A; 1GX6 A; 3CMQ A; 1RT1 B; 2KN4 A; 2ZIT A; 4ZVO B; 2E1R A; 5ETO A; 4W4M A; 5K8N A; 4BS2 A; 2V5H G; 9RUB A; 4BHQ A; 2ZWP A; 3LPE A; 3TQE A; 3QT6 A; 1FKO B; 1RT7 B; 3QT5 A; 1HQE A; 2V6A A; 2VPW B; 3PW4 A; 2HHT A; 4HHH A; 3ZNJ 1; 3G86 A; 4LFB F; 1MMD A; 1OY6 A; 3Q89 A; 2N4D A; 3FSX A; 3I9V 9; 4DSE A; 3O2I A; 3Q8Y A; 3GV8 B; 3TAQ A; 3QIP B; 2BW7 A; 2XSF A; 3UVJ A; 3ENQ A; 3VAJ A; 3BKU A; 3IA0 A; 1RT6 A; 3EPG A; 5C24 B; 2FVC A; 4ERD A; 3DLG B; 2BR0 A; 4WXO A; 2ZJQ Q; 3BF4 A; 3DLK B; 3G6E S; 3ZZY A; 4IFV B; 3A3O B; 1ARO P; 3MEK A; 2EC2 A; 4ES2 A; 4NXN J; 1JXV A; 2QSW A; 4PAA A; 3GON A; 1S49 A; 4O0N A; 4F4A A; 3A8I A; 1N33 F; 2EEY A; 4WPA A; 4NX9 A; 8RUC A; 1L3S A; 2W2M P; 3MPY A; 3ILO A; 3PYE A; 5K8O A; 1IWG A; 4A8M P; 2ASD A; 5LMN F; 3OL8 A; 4QBU A; 1OYD A; 2KYX A; 2UUW A; 4BBY A; 2DGS A; 1FD8 A; 1FRL A; 3OUY B; 3OXG A; 4H4K C; 1QSY A; 3S1T A; 4TLQ A; 4NZ6 A; 2KFY A; 1NDC A; 2W8L A; 1RT5 B; 2YKP A; 1TV6 B; 4PYA A; 5HQL A; 2F1F A; 3C15 A; 3IR5 B; 1JLA A; 1ZM4 A; 4IH7 A; 1SIW B; 1RQ0 A; 3M9M B; 5D0G A; 3UDL A; 2HHW A; 3WHI A; 2CNO B; 1TUW A; 3BSA A; 4AXI A; 1T95 A; 5FLX Y; 4JI2 J; 4RW6 B; 4LBI A; 4JV1 A; 4DR3 F; 4ZN3 A; 1TL4 A; 2FYX A; 3DXB A; 3MM8 A; 1PO6 A; 1YVF A; 2OD4 A; 3Q8V A; 1JJC B; 1GMW D; 3W9I A; 1S1X A; 4DQQ A; 2DIT A; 4LRB A; 1KFS A; 2M8H A; 3R7S B; 4PQA A; 4AL7 A; 3W9J A; 4ED2 A; 5E2Q A; 1NSQ A; 2ZE2 A; 2C3U A; 3MZI A; 2ZHO A; 2R7O A; 1CBK A; 3PX0 A; 3HF5 A; 4J9M A; 4LMZ A; 2HWT A; 2IYG A; 4HT7 A; 2V2Z A; 1VRT B; 4M5G A; 1JLG B; 1T9V A; 3FRZ A; 2MKY A; 2RKI A; 4JI0 F; 5DZ7 A; 3A3N B; 2LEC A; 2JEG A; 1AA1 B; 2DHA A; 3MMJ A; 2D3U A; 2JLE A; 5HP1 A; 2D3O R; 3OTO J; 2ZWO A; 1IKW A; 1VK8 A; 5K20 B; 4NCB A; 1LWE A; 4V19 X; 1VBX A; 4FF2 A; 2IDE A; 4YR3 A; 1UVL A; 4KGX B; 3B6B A; 1WF0 A; 4XK8 C; 2KFN A; 2NXE A; 1N4L A; 2DNH A; 4B3R F; 4RW8 A; 4YN3 B; 1G7C B; 3W65 A; 1V6H A; 2FC8 A; 5C42 A; 3D1O A; 2RT3 A; 2OD6 A; 3CED A; 1VCT A; 3TNV A; 2W9C B; 2HFN A; 4FN5 A; 3NAH A; 5E3C A; 2VB6 A; 3QO9 A; 4GO7 X; 3KK3 B; 1TAU A; 2ZBI A; 4YHH F; 1EAY C; 1CUL A; 3JS9 A; 1U24 A; 3BEG B; 1T3N A; 4PKD B; 1ZS6 A; 3ZC4 A; 1UFK A; 2B51 A; 4DX6 A; 5A6W A; 4KKO A; 1BHN A; 2QL7 B; 4WIQ A; 4N7T A; 3LH2 S; 1KTQ A; 4LF5 F; 3LOU A; 5C2C A; 3KLH A; 2C2D A; 1VI7 A; 3T19 A; 2AD9 A; 2VOO A; 1FVQ A; 2XO7 A; 4MJK A; 1VFJ A; 2AEF A; 2AW0 A; 2RRN A; 2W4P A; 1D09 B; 4RX6 A; 1N36 J; 2RVJ A; 4O3Q A; 4NA1 A; 2YTC A; 3J80 U; 2CIM A; 3J81 Y; 1XIQ A; 1CC8 A; 1U1R A; 2CPJ A; 1UTA A; 3C6U A; 4WFN Q; 1C0T A; 3ENW A; 3P5T L; 4DDF A; 2WCX A; 3MM5 B; 5EN1 A; 2YKN A; 2DNQ A; 2XSJ B; 4K4X A; 5DO2 A; 4YY3 F; 5GAG U; 4U9R A; 2ZH6 A; 2F9D A; 3G6X A; 5E3Q A; 1YZ7 A; 4TY8 A; 4DFJ A; 5KFI A; 1SKU B; 3G6Y A; 1SUQ A; 2W8K A; 4ED6 A; 2GCF A; 3AB4 B; 1H98 A; 1QD1 A; 2BM0 A; 3IR7 B; 2VON A; 1H2U X; 2KFZ A; 1S4F A; 3ZZ0 A; 4PPZ A; 2MZT A; 4TVA B; 2O1P A; 2FJD B; 5D4O A; 1XMQ F; 3A3P B; 1WOO A; 4K2J A; 4WTY A; 4EK2 A; 3SQG A; 3HUL A; 5CYJ A; 1TKD A; 3ZTQ A; 3KNG A; 2N3L A; 3RB6 A; 4DN9 A; 3BGR A; 1QTM A; 4ZHR B; 1IWA A; 2IA6 A; 3QSY B; 4HVZ A; 2V34 A; 2WK4 A; 4OHW A; 4ZCL A; 3H2U B; 2JHE A; 3CJK A; 2PT0 A; 3N5F A; 4ER8 A; 2HS3 A; 2LA4 A; 4ICL B; 1VQ8 S; 3TUI C; 1I5O B; 1CS4 A; 2OML A; 1KHW A; 5K8M A; 3CUN A; 1RWU A; 2M9K A; 2CPY A; 2GJF A; 2XYH B; 5IFM A; 1R43 A; 3CWJ A; 2G0C A; 2MMY A; 1FX4 A; 1Q5Y A; 3BQ1 A; 2KO1 A; 3QRR A; 2HVZ A; 3BDP A; 1RTI B; 1UWB A; 4WE1 B; 4UZC A; 3EPI A; 1XWL A; 4EZ9 A; 1RAB B; 5F0W A; 1REV B; 3GLJ A; 2AYE A; 4M5D A; 4BDP A; 5KFK A; 4LSL B; 3PW5 A; 5L1J A; 2UXB J; 4TU9 A; 1RGV A; 2KT2 A; 3LF0 A; 2MKI A; 4C3M A; 2HVH A; 5LSR A; 5K5M A; 1HNW F; 4QWE A; 1FJG F; 3UNG C; 4IG0 A; 2E9R X; 1U2R A; 2ZJP Q; 3BKF A; 4U95 A; 1X5O A; 5F8I A; 3UPF A; 2B7C B; 5D4P A; 1JX4 A; 4C8K A; 3PNI A; 2ZVS A; 2Z8Q A; 1LW0 A; 4OYW A; 3Q8P B; 1S7H A; 1RJJ A; 1WI6 A; 1YWX A; 3QSI A; 3M9O B; 1SJ4 P; 4GKK F; 4DLG A; 3GSI A; 4HLB A; 4NYO A; 1I6J A; 4KB7 A; 2H54 B; 2KT5 A; 4I4B A; 4BLG A; 2Z30 B; 3MR3 A; 3B54 A; 3GJR B; 2MYF A; 4DS5 A; 2C3M A; 2LU2 A; 3AA8 A; 3OTE A; 1S57 A; 5KTQ A; 1XER A; 3GYX B; 5L1L A; 1RT1 A; 1QJH A; 2IVY A; 3UDC A; 1SC1 B; 1B4S A; 4IUF A; 3FGV A; 2QMU B; 2CQB A; 7AT1 B; 3PKY A; 3HPO A; 4RNF A; 1FKO A; 5IS2 A; 1RT7 A; 1LXJ A; 2P9E A; 4ZCK A; 2KB2 A; 4GMK A; 1T03 B; 1RBO B; 4DUY J; 2QL9 B; 3NNC A; 4I6W A; 4O23 A; 4B3O B; 2B9W A; 2RDJ A; 1AZS B; 5T14 A; 1RT2 B; 3Q8Q B; 4K50 A; 4Z2X A; 2HVI A; 5M2U A; 1HWI A; 3BGL A; 3QIP A; 3OSP A; 2GIR A; 1H2V Z; 2MSS A; 1EJ7 L; 2OAU A; 2ADC A; 2WVC A; 2WSF C; 2VFU A; 5C24 A; 1WC3 A; 4HHU A; 3DLG A; 2R7Q A; 2JEJ A; 4DR7 J; 3FVY A; 1MWY A; 3DLK A; 1FRX A; 4IFV A; 2PMW A; 4OYI A; 3U1L A; 2IA0 A; 2HIQ A; 1RWV B; 2PD1 A; 4KFB B; 2GNK A; 4UOC A; 1KVI A; 1Q7L B; 4OMF G; 4XAK A; 4NA3 A; 3L4B C; 3EJM A; 3Q2T C; 3T1A A; 4IH6 A; 4YDD B; 1K9M T; 2A2C A; 1TK5 A; 1UZD A; 1C0U B; 5BYR A; 3JTN A; 4RNH A; 1E6Y B; 1NDL A; 1OIA A; 2R2T A; 4F7V A; 1QLN A; 2LXF A; 3OUY A; 1SH3 A; 3M05 A; 3HXM A; 1U02 A; 1CEZ A; 4DL7 A; 3IRW P; 3FFI B; 3R5G A; 4DZD A; 3QJJ A; 3NWR A; 1RT5 A; 4MKA A; 2BX6 A; 1TV6 A; 4Q7A A; 1NHV A; 3BSO A; 1B7Y B; 4ES1 A; 4OX6 A; 4HI1 A; 4HI2 A; 4AFF A; 2GO8 A; 2DR9 A; 1WC5 A; 2RJZ A; 1DLO B; 3FNN A; 1QAI A; 3I56 S; 3L7U A; 4GVL A; 4UOH A; 1WHW A; 3MR7 A; 3ZNU A; 4RW6 A; 5IM0 B; 3SXL A; 4WKY A; 3MCS A; 5E33 A; 4C97 A; 3OTD A; 4N77 A; 2XLI A; 2UV8 A; 3I55 S; 4KGZ B; 3FMB A; 5L9X A; 4C6A A; 3M4X A; 2PA3 A; 2N82 B; 2A2D A; 3RJM B; 4NML A; 3OT9 A; 3T1Y J; 2JX2 A; 3K5L A; 4G1P A; 1O8B A; 1WC4 A; 3K59 A; 5HAT A; 5KFT A; 1PC5 A; 2P6S A; 1VBY A; 1VRT A; 4P7T A; 1SC6 A; 1JLG A; 5HLF B; 1U1O A; 1XMO F; 1QY7 A; 3BBC A; 3NGT A; 3OLB A; 4EEY A; 2YWW A; 4USJ C; 3EM1 A; 4C7Q A; 2AIR B; 2IJF A; 5F8J A; 5LM7 E; 2HYI B; 3F41 A; 1PJ6 A; 2V69 A; 4J9N A; 2RU9 A; 1YJN S; 4M5M A; 3BJY A; 3HFK A; 3D0H E; 4X65 J; 1XMB A; 2WAQ D; 4U7U D; 2RH3 A; 3MFH A; 5KG1 A; 2B8Q A; 3RYL A; 1P9Y A; 3HX9 A; 1YBT A; 2V2Q A; 2CQ4 A; 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