The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
|
sequence length |
60
|
structure length |
60
|
Chain Sequence |
TIRVIVSVDKAKFNPHEVLGIGGHIVYQFKLIPAVVVDVPANAVGKLKKMPGVEKVEFDH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Identification of the interactions critical for propeptide-catalyzed folding of Tk-subtilisin
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Tk-subtilisin
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Thermococcus kodakarensis
|
| total genus |
10
|
| structure length |
60
|
| sequence length |
60
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-06-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2W2P P; 2Z2Y B; 3BGO P; 3CNQ P; 2Z58 B; 2Z2Z A; 3A3N B; 1R6V A; 3WIU A; 3P5B P; 2W2O P; 3WIV A; 2PMW A; 1ITP A; 4NE9 C; 1SPB P; 4K8R A; 2W2M P; 4OV6 A; 2QTW A; 3A3O B; 3GCW P; 2XTJ P; 3BPS P; 3T41 A; 3WHI A; 3GCX P; 3SQO P; 2E1P A; 1V5I B; 2Z57 B; 4YN3 B; 3VV2 B; 3QFH A; 3AFG A; 2W2Q P; 4JP8 A; 2ZWO A; 2W2N P; 3CO0 P; 3H42 A; 2Z30 B; 3A3P B; 4NMX A; 3VHQ A; 2ZWP A; 2Z56 B; 1SCJ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QGG A; 5DQH A; 1T7P A; 3QJL A; 4DV1 J; 4DR4 J; 2IPO B; 1PBA A; 1TU0 B; 2N3L A; 3SQG B; 5B0A A; 3FCW A; 3RYL A; 2HGL A; 3TW0 A; 2MZJ A; 3MMB B; 4LR9 A; 1FNX H; 2CPX A; 1WNE A; 2O3D A; 1VRT A; 3J7Z T; 2XMK A; 4NPO A; 3C46 A; 3R1L A; 2B0G A; 5E3C A; 1FXR A; 4DSL A; 5KFA A; 1DTT B; 1WI8 A; 4C3M A; 4NCB A; 5KFJ A; 1AB8 A; 2I5J B; 3MXH P; 1SJQ A; 5LJ3 Y; 4LSL A; 2G9O A; 3EZ5 A; 2CQP A; 2G4B A; 3LP0 A; 4P73 A; 1P6T A; 2JRS A; 3I0S A; 2J0W A; 3GV7 B; 1S0N A; 4LF6 J; 2R8G A; 2RVJ A; 3DI6 A; 4CLW A; 3DRS A; 1TL4 A; 2FC8 A; 3BSC A; 1U0H A; 3SEO A; 1TKT B; 3L7U A; 4USH A; 1AUS L; 2HQC A; 5B08 A; 1D8Y A; 2O67 A; 2QTW A; 4FDF A; 4S0M A; 1RXO B; 3QT5 A; 4HYK A; 3D6M B; 3WX4 A; 3B78 A; 3E3X A; 1FRM A; 1SV5 A; 3H2U B; 1TP7 A; 3SBM A; 4LVN P; 3MEE B; 5THW A; 1N36 F; 2D9O A; 1FKO A; 4A8Q A; 3M32 A; 2V34 A; 2DR7 A; 3MOZ A; 2EFN A; 3X1L B; 3K7R A; 2OGU A; 4J9O A; 3CGI A; 3OJU A; 4Z37 A; 4LFC J; 1B99 A; 1UL3 A; 4CRJ A; 1S76 D; 5B0E A; 3SQO P; 5E2Q A; 2XLJ A; 5FII A; 4O3S A; 3TZW A; 2L08 A; 3BH6 B; 4LBH A; 1RT4 B; 3BBB A; 2EKN A; 4RO0 A; 4NAS A; 4G3I A; 5CCL A; 3T1H J; 3JS9 A; 3W7B A; 3J7Y I; 2X3D A; 4W4M A; 3FCV A; 1NJW A; 4CLL A; 3R7S B; 4JV5 J; 2WVF A; 3KK2 B; 1TVR B; 4JBC A; 4RNH A; 4UQG A; 3FNN A; 2O01 C; 2FUG 9; 1UJ4 A; 1FFG B; 2XNQ A; 4CYU B; 1YSJ A; 4DR1 F; 2E7W A; 3PJ9 A; 2C3M A; 1M5K C; 3EWG A; 1HQU A; 5KG1 A; 1H0H B; 4KBI A; 4EK2 A; 1T03 A; 5L9X A; 2FLN A; 3IC1 A; 3KLG B; 3AJ1 A; 5D0H A; 1A7G E; 3H5S A; 3DLG B; 3SFU A; 1R8B A; 4QBU A; 1LKZ A; 5FD1 A; 3TZX A; 4Y2A A; 1BQN A; 3FSY A; 3DMJ A; 1UWA A; 4Y0F A; 4NXM F; 4PG6 A; 4NLD A; 5F8G A; 2ATC B; 3M8W A; 2VQE J; 1U6Z A; 3FQK A; 4LF4 J; 4F4W A; 5D0G A; 4UTG A; 2AZ3 A; 1Q5V A; 2W24 A; 1YJV A; 2DRD A; 3GSD A; 1AA1 B; 2IM3 A; 5J2Q A; 4OJG A; 4USM A; 2JEI A; 1T11 A; 1XBW A; 4LUB A; 5LXY A; 4KV8 B; 3LAM A; 2DBB A; 1RIS A; 4WII A; 2C42 A; 2IVY A; 3G82 B; 4AL6 A; 3I32 A; 2GVZ A; 2PT0 A; 3JQM A; 2CKW A; 4OMF G; 4CT9 A; 4UUX A; 3RR7 A; 2HIQ A; 2O5D A; 3M6V A; 1YZ6 A; 1RK8 A; 2DNO A; 3HHL D; 3MCO A; 2E9R X; 3C14 B; 3C8Y A; 3QFH A; 3RZA A; 3VAH A; 1RWX B; 3MEC B; 1S7I A; 1GMU A; 2V2K A; 2ZD1 B; 4ED8 A; 2RAQ A; 3NGU A; 4XPC A; 2ZBQ A; 1NH8 A; 2W4P A; 3N01 A; 2AJ2 A; 4PG4 A; 1R0A A; 4WE1 B; 3OVB A; 4NA3 A; 5IM0 A; 2HHQ A; 4NRU A; 3G6X A; 4Z2X A; 2MZR A; 1WTB A; 1PAU B; 4LSZ B; 4MKV A; 2KM8 B; 3UWT A; 5GVQ A; 3OR2 B; 2ZC3 A; 4DSK A; 3QPI A; 2CQC A; 1UJ5 A; 2QIF A; 3ZTQ A; 3QFW A; 4LIW A; 4HR2 A; 4ECU A; 3ZZT A; 4P2X A; 4PQU B; 3SQG A; 2UP1 A; 3CCE S; 1U48 A; 3MM8 B; 5GAD U; 2BE7 D; 3MMB A; 1X4H A; 2B4U A; 1OY9 A; 1MG7 A; 4OZ1 A; 4IOA Q; 2JSX A; 3SMZ A; 4BWJ A; 4HDG A; 5E3A A; 3IN5 A; 4RU2 A; 2XQC A; 2VFS A; 1IBL J; 1NME B; 2MXY A; 3FMB A; 2CPJ A; 4YR0 A; 1WSV A; 1RAB B; 2PSZ A; 4ETZ A; 4ZLL A; 2E5I A; 5IC4 B; 2AQ4 A; 2NSB A; 3LPY A; 4P10 A; 4PWD B; 1H2T Z; 1TL1 B; 2Y0B B; 3QIP B; 4RNO A; 3HD2 A; 3QLH A; 3BV8 A; 1NSQ A; 1E6Y A; 3NS6 A; 3JSR A; 2BZ2 A; 4C8K A; 2CZ9 A; 3ITH B; 4CLZ A; 5I3Q A; 1SKR A; 2AYE A; 2HFZ A; 5D4L A; 2ERR A; 2XCP A; 7FDR A; 3JSY A; 4QU7 A; 1N5S A; 1CC7 A; 2BJ3 A; 1NUE A; 5A8R B; 5G4D A; 4CP5 A; 3Q24 A; 4QR1 A; 2F4V F; 2DGO A; 3QRQ A; 2QA1 A; 3ENA A; 2P6T A; 1VBZ A; 3QGH A; 2H3E B; 3TJ8 A; 2KXF A; 4M5M A; 4G1I A; 5KFV A; 2WBR A; 4HI2 A; 2DY9 A; 2QFI A; 3BQ0 A; 2GHW A; 2R8J A; 4CQ1 A; 4MK7 A; 4RUC A; 5GAH U; 2M8H A; 1UKU A; 1XC9 A; 3R3T A; 3MTK A; 1FEE A; 3MEE A; 4L72 B; 3C15 B; 4E2F B; 1NPK A; 4IKA A; 3I31 A; 2X1A A; 1VIO A; 3GV8 B; 1FWP A; 4NLT A; 2F1F A; 1XER A; 3DLE B; 4K5R A; 1AXQ A; 3G71 S; 3L4B C; 2ALY B; 4AL7 A; 4FXV A; 2QRR A; 2HVH A; 3O3L A; 2FVR A; 1O5J A; 1SJ4 P; 4RUH A; 3CD7 A; 4U7U D; 2ZNZ A; 1U1L A; 1FES A; 2K2P A; 4N7T A; 1RWV B; 3KK2 A; 5D6G A; 3BEG B; 4CNY A; 5HBM B; 4M5N A; 1X9W A; 1B0P A; 3M9M B; 4ELV A; 2KZM A; 4JI5 F; 4OYZ A; 4R5P B; 4C97 A; 3U1N A; 1ACM B; 2AYM A; 3EX7 B; 4RWW A; 3DU6 A; 4I6W A; 4CYU A; 1AT1 B; 3MI7 X; 1HWU A; 1X4F A; 1HWL A; 4X4R A; 2CA9 A; 1KTQ A; 2ROG A; 5BXI A; 2C28 A; 5HMW A; 3R7N B; 2IC3 B; 4I56 A; 3T1A A; 3KNG A; 4HH1 A; 4O23 A; 2XHC A; 3L09 A; 5KFQ A; 2AEF A; 3RRK A; 1K0V A; 1RTH A; 1BWE A; 1MML A; 5HAN A; 5LMU F; 4KR0 B; 1N4L A; 2G2Y A; 2ASJ A; 1KDN A; 4JI4 F; 3R2D J; 4HT7 A; 1UVL A; 2G2O A; 2RQM A; 2ZJP Q; 3OQ2 A; 5GAG I; 4J90 A; 2K7J A; 2D74 B; 3RRG A; 2VA2 A; 4PXE A; 3EE3 A; 3FGV A; 4X4N A; 3TZZ A; 3CMQ A; 4USV A; 5B0G A; 3M30 A; 2QYC A; 4YB5 A; 4KV8 A; 4DF8 A; 2MZT A; 4RW7 A; 4EZ6 A; 3WIU A; 1IJF B; 2DXE A; 2HQG A; 5KFB A; 4WFY A; 3G82 A; 4ED1 A; 1GQE A; 2Y1J A; 2RT3 A; 2OPS B; 2VG6 B; 3ADA C; 4IO9 Q; 3HZG A; 2J0Q D; 3Q89 A; 2C2K B; 2VIH A; 3KXD A; 3HO1 A; 3V2U C; 3I4H X; 1Q4R A; 1URR A; 3C14 A; 3A8J A; 3C19 A; 1K1S A; 3HVA A; 2UXB J; 5KFZ A; 5C42 B; 4FNI A; 4C3K A; 4UY8 5; 2FJA B; 3BSO A; 2FZK B; 4Y2M A; 5CZX A; 3GU0 A; 1U49 A; 1Y5L B; 4WF9 Q; 1SVD A; 4Y2I A; 1N88 A; 1Q5Y A; 4M1K A; 2MZQ A; 1EIY B; 3CD5 A; 2HKE A; 3MM6 A; 4N8O A; 3US5 A; 2BYC A; 4WE1 A; 4ITS A; 2OTL S; 1FO1 A; 2CWK A; 3TAQ A; 1S1T B; 2IHR 1; 2CNN B; 2IY5 B; 3OLA A; 2HSE B; 4N41 A; 3GFX A; 2BJ8 A; 2KHD A; 3JTP A; 1YJR A; 3K2Y A; 1YBA A; 2MYF A; 3W5Y A; 2WBM A; 4JI0 F; 2WW8 A; 2AZ1 A; 5CAA A; 3RAQ A; 1T3N A; 3Q8Q B; 2VKZ G; 3E01 B; 4ZPV R; 1T9U A; 4RW4 A; 5C24 B; 2IRX A; 2C3Y A; 4ES3 A; 1HPZ B; 1TKX A; 4DEZ A; 2NUU G; 3PW2 A; 4HVZ A; 3UN5 A; 4CLK A; 2L9W A; 4NCG B; 3AA9 A; 4EBD A; 2IVM A; 1AFI A; 2XY7 A; 1VIX A; 1ZA1 B; 4RUA A; 2AF6 A; 4O4G B; 5K9F A; 4HI1 A; 2CPZ A; 3OD2 A; 1QUP A; 1D3W A; 4N47 A; 3UDE A; 1FF2 A; 3UR0 A; 4QWB A; 3M6X A; 1Q8K A; 4DN0 A; 5IV4 A; 1TL1 A; 4KGM A; 4IDK B; 4KY3 A; 1VYA A; 3ITH A; 2OPR B; 2RU9 A; 2ZZN A; 1FI4 A; 5K8N A; 3KLH B; 3GJR B; 2ASL A; 3MR5 A; 4OV6 A; 4LF6 F; 5A8R A; 1PC4 A; 3FUY A; 4IQX A; 4CH1 A; 3AQO A; 3OTD A; 1UW4 A; 2A1B A; 2MZ1 A; 4P7T A; 4XDC A; 3ICL A; 4M5D A; 3FEZ A; 3QSI A; 3KJN B; 3SFG A; 5AJ3 J; 4D3H A; 1XR7 A; 4XAK A; 3CJ5 A; 1FXD A; 4LF1 A; 2DXF A; 1U2R A; 2WB1 D; 3VVT A; 2QGF B; 1HQ2 A; 2XY6 A; 4ED4 A; 1JLC B; 4ZCM A; 7AT1 B; 4FF3 A; 3EPG A; 1CVJ A; 1S6Q A; 2X1G A; 3C15 A; 4K4W A; 2ROE A; 1N52 B; 4PR6 A; 4QIE A; 2KFN A; 3A8I A; 3OV7 A; 3DLE A; 1S49 A; 4UZB A; 4LFC F; 3KJF B; 1CS4 B; 2V8P A; 5ETL A; 3RGI A; 4ZJO A; 1FNM A; 1JLQ B; 3S1T A; 3BO4 A; 5IV3 A; 1PYO B; 2ZKU A; 4XTT A; 1WOP A; 2EVZ A; 5D15 A; 2LDI A; 2DIS A; 1A9N B; 1L3U A; 1LQ9 A; 3TJA A; 3OHB A; 2CZ4 A; 2VJV A; 5HBM A; 4KFB B; 4ECT A; 4JV5 F; 1V3Z A; 2V69 A; 1NK6 A; 3B4M A; 3OXL A; 3DCA A; 3MPY A; 5ADZ A; 4IYQ A; 2R3V A; 2DR5 A; 2BR0 A; 1T95 A; 3TA1 A; 4OX7 A; 5AXK A; 3PNI A; 3I96 A; 2QC3 A; 2JWN A; 3PKM A; 4DV6 J; 4F26 A; 3FDS A; 1DAR A; 5KFD A; 2ZHA A; 3C6U B; 2IIH A; 3UVJ A; 4JI7 F; 3MMC A; 2A0F B; 2YX7 A; 1YRT A; 2KG0 A; 4I0W A; 1B0T A; 4YHH F; 3UW1 A; 4I67 A; 3RW7 A; 2DNQ A; 2B9E A; 3KJQ B; 1RA7 A; 5D8H B; 1WHW A; 4DR7 J; 4LRB A; 2ADC A; 3PDN A; 4X4O A; 4IG3 B; 1B4S A; 1Y3J A; 5T41 A; 4C3L A; 4DS4 A; 2LP4 A; 3CDA A; 1RBL A; 1M1H A; 3RBX A; 2DIT A; 2VQE F; 2EK1 A; 3K5P A; 2NXU A; 3WBZ A; 4LF4 F; 2MY7 A; 4CO1 A; 5ETP A; 3PJX A; 1V9O A; 3CJQ A; 1VBK A; 3DU5 A; 1HBU B; 2XS5 A; 4CLP A; 4TLR A; 1G3O A; 4DU7 A; 1SL2 A; 1IJE B; 3ILJ A; 4KT0 C; 3SV3 A; 3C16 B; 2OPS A; 5GAE U; 3OXF A; 4KKO B; 1OPI A; 3AFG A; 3M2R B; 2QL9 B; 2RDD A; 1REG X; 1W25 A; 3JSM B; 1J2V A; 1P8G A; 3Q83 A; 2QN6 B; 3IS9 B; 1RAE B; 1I5O B; 4P2M A; 4LQ3 A; 3BQ1 A; 2ZBI A; 4OX6 A; 4Q43 A; 2YY3 A; 3P6Y C; 2D3O R; 3HSZ A; 3OTB A; 1JMT A; 2V50 A; 4DLE A; 1GT8 A; 4ELT A; 2R7T A; 1FJ7 A; 2BRL A; 3BR8 A; 4NYZ A; 1XMO J; 3B82 A; 2ADB A; 2R2S A; 4BWM A; 1KP6 A; 2AGQ A; 2I1R A; 3IGV A; 1GAO A; 3G6Y A; 2GJ2 A; 2QSF A; 3NXZ A; 1L3S A; 1IBK J; 1TAU A; 2RNE A; 1KD1 T; 4LSN B; 2H5I B; 2GIQ A; 2R8H A; 2H4Y B; 4QYZ J; 2IYG A; 2RUG A; 5LMN J; 4R25 A; 4IFY A; 2WVE A; 3ZNJ 1; 5C24 A; 4ES2 A; 1LK7 A; 1F9F A; 3CJT A; 4ZJL A; 4ZIV A; 2BKN A; 3UPF A; 1Q1K A; 3PVX A; 3OVS A; 3H2L A; 3K59 A; 3LWM A; 1D9A A; 2DHG A; 1RT7 A; 3RRH A; 1QLN A; 5B0B A; 2XYH B; 4I2P B; 5FLX Y; 3MUT P; 1DY3 A; 2HGN A; 5L1K A; 1KBR A; 3W9H A; 4OZ2 A; 4FN5 A; 2J0S D; 2QLX A; 5KFG A; 4IDK A; 2YWE A; 4OQJ A; 3W2V B; 2R42 A; 3MHY A; 4USK A; 5KFY A; 4K5S A; 1JQG A; 3DGP A; 1MW7 A; 2NCK L; 1WOO A; 2GCF A; 3R27 A; 3W8P A; 2W2P P; 4ZVE A; 2E1A A; 4DMZ A; 3KLH A; 2PMH A; 4X64 J; 2V4J B; 3PO4 A; 1WEL A; 3G8T A; 1QDU B; 3HT3 A; 2ZJQ Q; 3V4I A; 2HFU A; 4ZN1 A; 1S9F A; 2RS8 A; 2A10 A; 4U6P A; 1WKK A; 1U09 A; 5J2P B; 3MR6 A; 3EGZ A; 1R6V A; 2WZ1 A; 3BBF A; 4OYM A; 4DFP A; 2MGZ B; 5KFW A; 4B3R J; 5IWA F; 4LR7 A; 1BMQ B; 1FER A; 4UQT A; 3N6L A; 1UA0 A; 1NBE B; 3GFY A; 5CYM A; 1I3O B; 1IR2 A; 1LNQ A; 1SIW B; 4UY8 T; 4C8M A; 1UTA A; 3GQC A; 4K4S A; 2IDE A; 4C7Q A; 3QJP A; 4O3O A; 1KQS R; 4WYL A; 1LFW A; 1S1W A; 2P9G A; 2LXU A; 4WTY A; 4FF4 A; 4DFK A; 1CS4 A; 3DOL B; 4A4J A; 2LMI A; 5K14 B; 2RHQ B; 3IP0 A; 1Z4U A; 1G7C B; 2P9E A; 4CH7 A; 4I2Q A; 3MGJ A; 4GMK A; 3K57 A; 5F0W A; 4NXN J; 4D3G A; 4BBY A; 4YDD B; 4X62 J; 1PG5 B; 2BEF A; 4X66 F; 5DDP C; 4USW A; 3QYY A; 3W2W B; 2CAD A; 1HWI A; 1N5Y B; 4O0I A; 4URS A; 4XPE A; 1UMJ A; 4N8N A; 3CVK A; 2V5H G; 3NEK A; 3PFO A; 2EFG A; 2B7C B; 4MJK A; 3FVY A; 1GEH A; 2B7B B; 4DPU A; 1C1C B; 3FJ2 A; 3SCL E; 2E7V A; 1REV B; 3KUG A; 3Q23 A; 1G1X A; 1HNI B; 3JTN A; 2QMU B; 4PAA A; 3CPW R; 5BYR A; 1NK5 A; 4DV0 J; 3MFH A; 2KVQ E; 3HVW A; 5B7W A; 3M8S A; 4JI3 J; 1ZS6 A; 4MKA A; 4DUT A; 1VQY A; 3EIC A; 5GAH I; 1Y00 A; 5DQI A; 2MLX A; 3QAE A; 4WU2 A; 3PY8 A; 1ZTT A; 4ZVP B; 2MSS A; 2PMZ D; 2BJE A; 1ITP A; 2KZZ A; 3DDK A; 5IFM A; 4IG3 A; 3TVZ A; 4OLO A; 2Z57 B; 1V5V A; 4F3Q A; 2Q3P A; 5J2M B; 4TVA B; 4DCJ B; 4LF8 J; 1C0T B; 1DZ5 A; 5EHH A; 5ETS A; 1CUL A; 3BQ2 A; 2AJ0 A; 4FYW B; 4LMZ A; 1CC8 A; 3K5O A; 2KYX A; 2E1C A; 3FFI A; 1L3K A; 4PQA A; 2FC9 A; 2COL A; 3IAM 9; 1ZBT A; 2OEK A; 4OHX A; 2H65 B; 3VGT A; 5IOL A; 4C8Y A; 1SCJ B; 1XNR J; 2QG9 B; 1SQF A; 4H4O B; 3AXM A; 2HNY A; 3JTO A; 3C16 A; 5C25 A; 3GIM A; 4ED5 A; 3EJM A; 3I9V 9; 1U25 A; 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