The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
215
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structure length |
215
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Chain Sequence |
GTGAMWLTKLVLNPASRAARRDLANPYEMHRTLSKAVSRALEEGRERLLWRLEPARGLEPPVVLVQTLTEPDWSVLDEGYAQVFPPKPFHPALKPGQRLRFRLRANPAKRLAATGKRVALKTPAEKVAWLERRLEEGGFRLLEGERGPWVQILQDTFLEVRRKKDGEEAGKLLQVQAVLFEGRLEVVDPERALATLRRGVGPGKALGLGLLSVAP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
An RNA-Induced Conformational Change Required for Crispr RNA Cleavage by the Endoribonuclease Cse3.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Thermus thermophilus
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| molecule tags |
Hydrolase/rna
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| molecule keywords |
CSE3
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| total genus |
56
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| structure length |
215
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| sequence length |
215
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-02-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08798 | CRISPR_assoc | CRISPR associated protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Crispr-associated protein; domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Crispr-associated protein; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2Y8W A; 4QYZ K; 5CD4 A; 3QRQ A; 1WJ9 A; 5H9F K; 3QRR A; 2Y9H A; 5H9E K; 3QRP A; 4U7U D; 4DZD A; 2Y8Y A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ZJR Q; 4DCJ B; 4M5K A; 2DIS A; 2FC9 A; 4HYK A; 2Q6B A; 3RYL A; 2EFO A; 1VRU B; 1RTZ A; 4DV3 F; 2C3P A; 1TL7 B; 1WC1 A; 2LXF A; 4MYT A; 2QTW A; 2DXF A; 2PI4 A; 1B64 A; 4LF2 A; 3R6G B; 1BHN A; 1SUQ A; 1LV5 A; 1FDN A; 2MTL A; 2KDO A; 2ZBR A; 4KH1 B; 3EXY A; 4CO4 A; 2DJW A; 3V6J A; 4UOG A; 2FJD B; 2PDA A; 4FYV B; 2RHQ B; 1Y11 A; 1RTH A; 4A8K A; 4N41 A; 4CTA A; 4C8O A; 1ZPV A; 5A8R A; 3OVB A; 2AIR B; 4CT8 A; 1SL0 A; 4GC7 A; 4M95 A; 1KN6 A; 4P9S A; 2CQ4 A; 4LF9 J; 3SCJ E; 1Y5N B; 4OZ2 A; 2E5L F; 4E8U A; 1H6K X; 3QFW A; 2H65 B; 4B3T F; 2VIH A; 1LWC A; 3B8H A; 4ID5 B; 3M30 A; 4NRU A; 1WOR A; 4XDD A; 2R2T A; 1VC5 A; 2C28 A; 3UCU P; 1N6Q A; 1MN9 A; 4I2P B; 4DPO A; 1CG2 A; 2IVY A; 1H74 A; 4PG5 A; 4X4S A; 3W9J A; 2HBZ B; 3B4D A; 2Q6C A; 4ECU A; 3AA9 A; 1WKJ A; 2VA2 A; 3PW2 A; 1GK8 A; 2J9D A; 4PQU B; 4CLL A; 4JI0 J; 1OQ6 A; 5L9N A; 3T6J A; 1MRO A; 2MHN A; 2KXF A; 4DLG A; 1N5Y B; 4KHP F; 2DXE A; 1Q4R A; 4ZP6 A; 3RW7 A; 2FLL A; 4YB5 A; 4EU0 A; 3HHL B; 3VF0 B; 1LEO A; 5D77 A; 2N7Y A; 1VDH A; 4OYB A; 3H8Y A; 4P75 A; 3HHL D; 1S1W A; 4NLX A; 4D3H A; 1K1S A; 4NLY A; 2IAJ B; 3T19 A; 3DOL A; 2D74 B; 3Q8U A; 1VOM A; 4CI0 B; 1WD6 A; 3QNW B; 2MKH A; 1ZZN A; 1NO8 A; 2WSE C; 2OAU A; 3DU5 A; 3SFG A; 1PGZ A; 4X4N A; 2B5J A; 1RU2 A; 1T05 A; 2GHW A; 4Y34 A; 1FEH A; 5DGA A; 1FTC A; 1V3S A; 1PAU B; 3US5 A; 2ASJ A; 4V19 X; 3HSZ A; 2AJ0 A; 3LH2 S; 2CPJ A; 3QRR A; 2J7U A; 4KFB A; 2QO3 A; 5GMK a; 4PG4 A; 1SJ1 A; 1R0A A; 3QZ8 A; 4TXS A; 3T5L A; 2RUG A; 2BR0 A; 4JI6 J; 1P1T A; 1KFD A; 1VK8 A; 2P9G A; 3LF0 A; 4DPY A; 2DNZ A; 3PYD A; 5GAG I; 3Q89 A; 2V4Q A; 3ZC4 A; 4F3M A; 5A2Q Y; 2DGQ A; 3M9O B; 2FJX A; 1Q1K A; 5KFK A; 4LFB J; 4QYZ K; 2VFU A; 3CIM A; 2EFN A; 5IT4 A; 2HAF A; 3C15 A; 3D3C J; 1JMT A; 3BEG B; 3MR7 A; 3GIR A; 5IWA J; 2F8M A; 3HT0 A; 2UXC J; 2AF6 A; 2WSF C; 3JAM U; 4IFY B; 1PG5 B; 1CJT A; 3DYA B; 3QGH A; 3S6E A; 1S6Q B; 1RCO B; 2UV8 G; 4ECZ A; 1CUL A; 1OO0 B; 2OPP A; 2VC1 A; 3HKZ D; 4RUB A; 5HVF A; 3PEH A; 5B0D A; 4FF2 A; 2GV1 A; 2ERR A; 1TKD A; 4CCH A; 3GFH A; 3PJ9 A; 2QGF B; 1U1P A; 4L73 A; 1UW9 A; 1NK7 A; 1IBL F; 2CQG A; 2HHH F; 3IWL A; 1UJ6 A; 5IFM A; 2ZOM A; 1O6X A; 9ATC B; 2LKZ A; 4XO0 A; 2KG0 A; 3BJY A; 3CD0 A; 4DX7 A; 1NB7 A; 1TQL A; 4L6V 3; 5LMN J; 1MU2 A; 1RAF B; 4KY3 A; 2HVE A; 2R7O A; 1S0M A; 2B51 A; 3FC9 A; 4PR6 A; 3MOZ A; 3DFE A; 4RW9 A; 3GSD A; 3TRG A; 3THV A; 2DRA A; 3NWR A; 1AXQ A; 4TKT A; 3AT1 B; 4OV6 A; 1R8B A; 2WW4 A; 4V1A k; 4ZVQ B; 3ZTR A; 3V6H A; 3FCH A; 1MW7 A; 1HWU A; 1R43 A; 4FZV A; 4IFV B; 1J2V A; 1R6V A; 4Y6I A; 4YR0 A; 5HP1 A; 5IT9 Y; 2N4C A; 3HSG A; 1UVM A; 4WE1 A; 3KLG A; 1F9F A; 4LR9 A; 2EW9 A; 3GLJ A; 2V50 A; 4ECT A; 2PII A; 3DLE B; 4YN3 B; 4XPC A; 3RRH A; 1ZZF A; 2F4V F; 3P8B B; 2QL5 B; 3PKY A; 4OZL A; 1TUW A; 4I2Q A; 3WX4 A; 3KG0 A; 5HP1 B; 1FRM A; 3NAI A; 1IBC B; 3GFZ A; 1H98 A; 1ZA1 B; 4HVZ A; 3MEC B; 3KG4 A; 2UUC F; 3BRE A; 4K4S A; 4U8V A; 1H72 C; 1J27 A; 2IA6 A; 1TEL A; 1ZTT A; 2GS8 A; 4DS5 A; 1URN A; 2HMI B; 1HW8 A; 1DY3 A; 3G8T A; 5KFF A; 4G3I A; 2ATL A; 1TKX B; 1XIQ A; 4OYA A; 1RYS A; 1HPZ B; 3GZ7 A; 3CJ3 A; 3N6L A; 5GAD U; 4H4K A; 1IR2 A; 3RAQ A; 5EDW A; 4LSL B; 3KJV B; 3HUL A; 3UCG A; 3P6Y C; 4P2M A; 1KQK A; 3PR5 B; 3O5T B; 2H3E B; 2EPI A; 4NXM F; 1S1U B; 4X65 F; 3QAE A; 1IKY A; 3Q2S C; 2KTQ A; 3SDE B; 5KFG A; 1RA7 A; 1UKU A; 2HND B; 5LL6 d; 1M90 T; 2A2D A; 2B7B B; 1UFL A; 3ONQ A; 1GQE A; 4DZD A; 4Z7C A; 1DQA A; 4P71 A; 4ELT A; 2QC3 A; 4ED1 A; 1EET A; 4KYZ A; 1YJV A; 5HI7 A; 1VQ8 S; 3KTQ A; 2ZOF A; 4X84 A; 3M4X A; 3JQM A; 3OVA A; 4C9D A; 3SV3 A; 2KT2 A; 1VHF A; 3FBC A; 3H25 A; 2C2K B; 2QYG A; 2PA8 D; 3H0P A; 4FF1 A; 5DS7 A; 5ETT A; 1EKR A; 4U96 A; 3KOA A; 1HWL A; 2O1P A; 1NDC A; 2PT0 A; 4MK8 A; 3BQ1 A; 1X0P A; 5E7O B; 1FK9 A; 1Q0N A; 4ICL A; 3WQP A; 1KWM A; 4LF4 J; 1RU1 A; 5KFC A; 1FXD A; 1SH0 A; 3NLC A; 4IDK A; 1JLQ A; 4LRA A; 1U1K A; 3CJ4 A; 1Q82 T; 1DAR A; 3G82 B; 3IBF B; 3OV7 A; 2AT1 B; 1ZYQ A; 1NK5 A; 3POT A; 2R7W A; 4B9U A; 4ID8 A; 5KFQ A; 1CC7 A; 1S7I A; 3MPD A; 5IC6 B; 5HAO A; 4RLE A; 2ADC A; 2M9K A; 2QMW A; 2M7S A; 2Q79 A; 2R42 A; 2WBM A; 3KJQ B; 5JUM A; 5IV3 A; 2ZM6 J; 3EYZ A; 4ED4 A; 4YOE A; 2E1R A; 4J9V A; 4I2Q B; 2ASL A; 3M2R A; 4GVL A; 2ZVI A; 4I68 A; 3O1L A; 3R8Y A; 4JI5 F; 3ENV A; 4DV7 F; 2XS2 A; 4M5D A; 5AT1 B; 3MEG A; 1HBN B; 5F0W A; 4YQW A; 3LWL A; 3LUY A; 2DB1 A; 3EXC X; 2EKN A; 3BGF A; 4DV4 J; 2DY9 A; 4OLP A; 4DR5 J; 3JQK A; 5KFL A; 3FEX B; 4DV0 J; 2V9K A; 1X7V A; 2RD5 C; 1UEV A; 4OYW A; 2H4Y B; 4P73 A; 4LF5 J; 2VPW B; 3FQL A; 5D4N A; 1SJQ A; 4WTY A; 4LR8 A; 4MIA A; 4ALZ A; 3UR0 A; 3OT9 A; 4DUZ J; 1CS4 B; 2MZT A; 5C24 A; 5HQ8 A; 2OD4 A; 2MGZ A; 4QBU A; 2FVP A; 4K4Z A; 2VFT A; 4PQA A; 1O8B A; 1LW0 B; 5F0U A; 1HHS A; 4KV8 B; 1IBM F; 4DR6 J; 1LWE A; 3I4H X; 1RGV A; 4NA3 A; 5GAG U; 4ZP9 A; 2J6T A; 3A3O B; 2MZJ A; 1PKU A; 1RJJ A; 1JJ2 R; 2DGX A; 2HIY A; 1T8E A; 1EQM A; 2CJX B; 1TK5 A; 3MAA A; 4RU2 A; 1SIZ A; 3HI9 A; 3T1Y F; 5MAO A; 3DM2 B; 1NRK A; 2QA2 A; 3HSD A; 2YKP A; 4IOA Q; 2W01 A; 4WFA Q; 1HIY A; 2I0X A; 1CJU B; 2J8A A; 1SQF A; 1S6Q A; 4PAA A; 2YKN B; 2MQO A; 1CJT B; 1FFW B; 1HQU B; 3DYA A; 5F3T A; 1R3N A; 4ZCM A; 2E9R X; 2ATC B; 3L7P A; 1FF2 A; 4B3O B; 4ETZ A; 3AHP A; 3BYR A; 5ETS A; 3M32 A; 1QTN B; 3D2W A; 4DR4 F; 4WKR A; 2OEJ A; 2UU9 J; 3V4I B; 2DGV A; 3LP2 B; 2DRD A; 3HX9 A; 5T7L A; 3V4M A; 3TQ1 A; 3ZXW A; 2BE2 A; 5CD4 A; 1FKP B; 2J5A A; 1ZS6 A; 2CYY A; 2XHC A; 4UUX A; 3SV4 A; 2R8K A; 4GO7 X; 3TA1 A; 1RT5 A; 1VJQ A; 2COL A; 2FY1 A; 4CDI A; 2YTC A; 4I6W A; 4NEY A; 4G1Q B; 1YBA A; 4P2X A; 2PFD A; 3B82 A; 2CUY A; 2LQB A; 5G4D A; 3CC2 S; 1YHQ S; 1U0H A; 5DLF A; 2DGU A; 2OFG X; 3H7H B; 4P7V A; 2B5J B; 2ZD1 A; 4C8Y A; 3D7S B; 4DF4 A; 2XZD B; 2HBQ B; 1RHU B; 1H0H B; 1X5O A; 2WW8 A; 2CJY B; 2YQ1 A; 3TX8 A; 2MLX A; 2R7R A; 3VAF A; 4DQR A; 1QSY A; 2E1C A; 1Y7P A; 2CQC A; 1LWF B; 1RWV B; 1REG X; 5T41 A; 1N34 J; 2OFH X; 3I0S B; 4C3L A; 1B3T A; 1FNM A; 1YX2 A; 3DRS B; 2ROE A; 2NXN A; 3MD1 A; 4CIO A; 1Q79 A; 2LYV A; 3IM8 A; 3HFV A; 2D7S A; 3FZB A; 2QX0 A; 3IS9 B; 3MM5 B; 3PYF A; 3SXL A; 4CLT A; 1NK9 A; 4WJB A; 1KSP A; 3CDA A; 2WB4 A; 4URS A; 4CLW A; 3PVX A; 2RUS A; 3HFZ B; 2CAJ A; 2BJ8 A; 3ELH A; 3MUR P; 2HQ3 A; 3MMJ A; 2KG1 A; 1VYA A; 2MZR A; 1PC4 A; 3BSN A; 5GAD I; 4QWE A; 1RAE B; 4GRS A; 4USH A; 3ILI A; 1TV6 B; 4ZLL A; 1HNW J; 3TI0 A; 2FJA B; 3CE8 A; 4DR4 J; 4AUK A; 1YVF A; 2O67 A; 1R0C B; 3DOM A; 2FHJ D; 3M05 A; 3NP5 A; 4Z7Y A; 4TNO A; 5CYQ A; 3GYG A; 1NND A; 4N47 A; 3BGR A; 4IOB A; 4EBD A; 2K7K A; 2FIU A; 4LIR A; 1MWY A; 2DCL A; 1D8Z A; 2AZ1 A; 2HEK A; 6AT1 B; 2BM1 A; 3JSY A; 1GMW A; 3D6H B; 2ZOG A; 1U1Q A; 1SL2 A; 1M5K C; 3PTW A; 2HS0 A; 2CQ3 A; 2YNH A; 3D6F B; 2GNK A; 3PJX A; 4K2X A; 1FRI A; 3S1T A; 3MM8 B; 1KD1 T; 4X4P A; 3R5C A; 4RW7 B; 4DSI A; 4F50 A; 1LKZ A; 1RAC B; 3VZI A; 3G6Y A; 5LT5 A; 3UD3 P; 5LSO A; 1TL4 A; 2VG6 B; 5KFD A; 4PWD B; 1WEL A; 5E3R A; 1IKV A; 1X60 A; 4TU7 A; 1IQT A; 4G1Q A; 2CJA A; 5HBM A; 3H2U B; 2H5J B; 4WFX A; 2R2U A; 2VDH A; 3AXM A; 2AJ2 A; 3Q8R B; 2RDJ A; 1X4F A; 3CW2 C; 4WKY A; 2AX0 A; 4CH0 S; 1UVI A; 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1EHW A; 2MKC A; 3OFG A; 4HH1 A; 2R7S A; 3FUY A; 2F1F A; 1S9E A; 1VJW A; 3MMB B; 3N9U C; 3VR1 A; 1TKZ B; 3C6U A; 1VR6 A; 3TUI C; 1WTB A; 1HNW F; 2AGO A; 2G0J A; 3CB4 A; 4F4Z A; 2PC6 A; 5J1N A; 4DR1 J; 3P49 B; 3O3L A; 1AFI A; 5EWG A; 2HVD A; 4LSL A; 1EKS A; 2G1H A; 2LDY A; 1NSQ A; 2H9Z A; 2XNR A; 4Q0B A; 4L3N A; 2Z30 B; 5KG3 A; 3CUL A; 3LP2 A; 4K59 A; 1RBA A; 3UN3 A; 4AL7 A; 1LXJ A; 1RIS A; 2AZ3 A; 1JLE B; 1GAO A; 2CRL A; 5J2N B; 2HRU A; 3UN5 A; 4X62 J; 2MY7 A; 2V2Q A; 4CH7 A; 2GO9 A; 3CJS A; 1FXL A; 3TQE A; 2HFZ A; 4KAI A; 1YK9 A; 4U6P A; 4UQG A; 1WF2 A; 1SJR A; 2VG5 B; 3GPA A; 3DRP B; 4OX8 A; 5CYM A; 3CCZ A; 4PXE A; 4KR0 B; 2QMU B; 1NZA A; 2F4V J; 1JLC B; 2PEH A; 3D6M B; 3IWX A; 2IM0 A; 2ZUG A; 1RP5 A; 4DR7 F; 4NXN F; 5HK4 A; 2OJ3 A; 1W26 A; 4QR1 A; 5D78 A; 1N32 F; 2AMC B; 4FXW A; 3HSJ A; 4JP8 A; 1OYE A; 3T6B A; 1EIY B; 2JWN A; 5HL7 Q; 1LWE B; 3R5G A; 2HLU A; 3NGK A; 2HNY B; 3BSC A; 2CJQ A; 1HYS A; 3UO0 A; 3D6T B; 3KK2 A; 5HSP A; 4JV1 A; 1U25 A; 4WFN Q; 1RT2 A; 3CCU S; 5M2P A; 2F9J A; 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