The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
187
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structure length |
187
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Chain Sequence |
SDIEVGHSMNLTNHFLVAMPSMKDPYFKRSVIYICEHNQDGAMGLMINAPIDITVGGMLKQVDIEPAYPQSHQENLKKPVFNGGPVSEDRGFILHRPRDHYESSMKMTDDIAVTTSKDILTVLGTEAEPEGYIVALGYSGWSAGQLEVELTENSWLTIEADPELIFNTPVHEKWQKAIQKLGISPAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Unknown function
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| source organism |
Vibrio cholerae
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| publication title |
X-Ray structure of hypothetical protein VC0467 from Vibrio cholerae: new fold. Northeast Structural Genomics Consortium target VcR8.
rcsb |
| molecule keywords |
Hypothetical UPF0301 protein VC0467
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| total genus |
38
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| structure length |
187
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| sequence length |
187
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02622 | DUF179 | Uncharacterized ACR, COG1678 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | VC0467-like domains | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | VC0467-like | VC0467-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HAF A; 2MUI A; 2HRX A; 2GS5 A; 2GZO A; 2AJ2 A; 2EW0 A; 2DO8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FJG J; 1VC0 A; 1ZA1 B; 2LYV A; 3OTO J; 5J2P A; 4DCJ B; 5D0E A; 3J7Z T; 4NYP A; 4YR0 A; 2ZOG A; 2N82 B; 4I56 A; 1IVZ A; 3POT A; 2CQ1 A; 3FEX B; 4TY9 A; 4KY3 A; 2O67 A; 1RTZ A; 3L7U A; 3D3C J; 2N4C A; 3IA0 A; 4IFY A; 5KG7 A; 2OSQ A; 3DC2 A; 4DUT A; 2XI2 A; 2D9O A; 3MMA B; 3RG6 A; 2O3D A; 3OW2 R; 5KT2 A; 3N6L A; 1MMD A; 4B9V A; 2YWK A; 1WSV A; 5LM7 E; 1TK0 A; 4MFB A; 3KUH A; 1ZZF A; 1RAI B; 3ICL A; 1PAE X; 3ILJ A; 3GYN A; 3R2C J; 4EYH B; 2I1R A; 2AEJ A; 5KFT A; 1Q4R A; 2R7O A; 2HNZ A; 2F8M A; 2B7C B; 2JRS A; 1N36 F; 5FJ4 A; 4D3G A; 3MAA B; 1A6L A; 4J9O A; 2IJN A; 1F2H A; 1CJV B; 2RDJ A; 3LP1 B; 3QIP A; 1GXL A; 1NU4 A; 2EW0 A; 1RHQ B; 4JI5 F; 4DV0 F; 4GC6 A; 3TRG A; 1UPP A; 3NGU A; 1B0T A; 1DLO B; 3PR4 A; 3K2Y A; 4HDH A; 4XIU A; 2CJY B; 4MJK A; 3MPY A; 2WON B; 4AUK A; 4GVB B; 1LW2 A; 4NCG B; 4X66 F; 2VBW A; 2J9D E; 1XNR F; 4OMF G; 4R5P B; 1RCX B; 1HAR A; 1GMV A; 4RW4 A; 3M6V A; 4DSF A; 3SCI E; 3TR5 A; 3BPS P; 4CNZ A; 1TAU A; 1I5O B; 2BXJ A; 1QD1 A; 1W25 A; 2COL A; 3CCJ S; 2YNH B; 3ENV A; 1NK6 A; 1NH7 A; 3Q8U A; 3MF5 A; 4NEZ A; 1RU1 A; 1SJ1 A; 4TY8 A; 1R0C B; 3MWB A; 2W01 A; 4ZK7 M; 4IO1 A; 1D09 B; 3DLE B; 2P6S A; 4MK9 A; 2D3Z A; 1FRH A; 2XS5 A; 1V3R A; 2E5L F; 2P2C B; 4UY8 5; 1T9W A; 3JB9 k; 4DS4 A; 2V8H A; 2RVJ A; 1PSD A; 1W2B R; 1KDN A; 1Q8B A; 1YWX A; 3MCS A; 2NXU A; 5IWA J; 2CPD A; 2B6A B; 1DQA A; 3M9N B; 5B0B A; 3PY8 A; 4J9S A; 3NCR A; 5IT9 U; 4DV3 F; 3TAM B; 1XMB A; 2DGV A; 4F67 A; 2CPF A; 4Z37 A; 2J9E A; 1XBW A; 2V2Q A; 4WXO A; 4YR2 A; 3OR1 A; 5A8W B; 3NCP A; 1GNK A; 4I68 A; 1D9A A; 3S7R A; 4B17 A; 2MZS A; 5K8N A; 3D4J A; 1RKJ A; 4P73 A; 2L48 A; 2YBV A; 3HHL A; 1NBE B; 1N33 F; 4GVL A; 1B70 B; 3GFH A; 2F7V A; 2KL8 A; 3ZZT A; 1FDB A; 4JYA F; 2HK3 A; 1U02 A; 2BYC A; 2WSF C; 4ECW A; 2Y0S D; 5IZH A; 4B08 A; 1MWY A; 2RIL A; 5J1E A; 5CHC B; 3C15 B; 4RUH A; 2V4R A; 3IWX A; 4AQY J; 3KOA A; 4DFJ A; 3NGR A; 3HM9 A; 3MED A; 2QRR A; 2AYG A; 5L9X A; 2PN6 A; 3GJR B; 1KWM A; 3M2R A; 4OLO A; 1IKX B; 2FY1 A; 2GVZ A; 1ICE B; 1MU2 B; 3IRW P; 3OFG A; 4F3M A; 4ZVO B; 3BGU A; 4RBV A; 1D8Z A; 4DG1 B; 4I67 A; 4MIA A; 3PEJ A; 5HJX A; 1HYS A; 2KFY A; 1BMQ B; 4ZVU B; 2IIH A; 5ETT A; 3TJ8 A; 3I31 A; 4LR7 A; 2QT7 A; 4H4M B; 1RT5 A; 2LLZ A; 2IYI A; 4KR0 B; 3HT3 A; 4YME A; 2NS1 B; 1LEO A; 2CQ4 A; 1AA1 B; 5D4L A; 3R7B B; 3E8O A; 2QA1 A; 3HJV A; 4ENO A; 2QSF A; 3KJQ B; 2F4V J; 1CSJ A; 2RRN A; 2MQ8 A; 4KH1 B; 4FF3 A; 2HHH F; 3OXG A; 2ACY A; 4CZC A; 3O6Q A; 1JK9 B; 2UXC F; 1WD6 A; 3G6Y A; 1UWA A; 4RLE A; 1WTB A; 3HT0 A; 3LP2 A; 4X4R A; 2GGP B; 1OJ4 A; 2ZBP A; 3HSZ A; 3TUP A; 2I5J A; 2VBZ A; 1SIW B; 2OPQ A; 4NXM J; 4I2Q A; 5D4N A; 2HUR A; 3LWM A; 2XLJ A; 1KTQ A; 4LRC A; 3I5A A; 3BO2 A; 3CD6 S; 2Z58 B; 4LF8 J; 1TEL A; 4CNY A; 1IKY A; 2M88 A; 4O3Q A; 3OSN A; 4J90 A; 2P5V A; 2CQH A; 4K4Z A; 3QSI A; 1VQN S; 2W25 A; 3DLG A; 4P2S A; 1MLA A; 3PR5 B; 1RTD A; 1CQM A; 1RAJ A; 2ZD1 A; 4A8S A; 2DNN A; 3N6M A; 1KFS A; 1U6Z A; 4FVC A; 3L9Z A; 4KRW A; 5CD4 A; 2D7S A; 5CYQ A; 1BGX T; 2JOQ A; 4JI3 J; 2X51 A; 1HQU A; 5J2N B; 1S1U B; 3CED A; 2C28 A; 1VHF A; 2JZ5 A; 2OP5 A; 4NI2 A; 2G0I A; 4X4P A; 3R1H A; 1JLQ A; 1R43 A; 5RUB A; 4DPX A; 2WHO A; 2W7O A; 2YX7 A; 4NLW A; 3OTE A; 4C11 A; 3EPG A; 5LMU F; 2A6O A; 3DRS B; 3G82 B; 3I5B A; 1ZS6 A; 3O5T B; 2WOM B; 1FCA A; 1JLA A; 3KLH B; 1MRO B; 2OD4 A; 1FKO B; 4ZN3 A; 2H5J B; 3SV4 A; 3P5T L; 3C2P A; 5CYM A; 3EDQ B; 4PG7 A; 4KKO A; 3LGN A; 3DFE A; 1TMM A; 3TWZ A; 4I1T A; 2YQ1 A; 4DR3 J; 1T11 A; 2LU2 A; 2MQL A; 2H4Y B; 2ZBC A; 4Q44 A; 2WCX A; 4J91 A; 1ZTT A; 1PYO B; 4F0M A; 3UR3 C; 2V5H G; 1K73 T; 3HUL A; 2N7Y A; 1QVF R; 1XMO J; 1O5J A; 2UVW A; 3FDS A; 3DLB A; 1C1B A; 3QGH A; 2HVH A; 2CUY A; 5LSO A; 2B8P A; 4K4X A; 1WC5 A; 1RSC A; 4FXV A; 3DLK B; 1UAW A; 4K5R A; 2RKI A; 3H90 A; 3OJU A; 2V4Q A; 1IBL J; 5HP1 B; 4JOU A; 5KG1 A; 3QT7 A; 2DY1 A; 4Y3C A; 2F9J A; 5BJR A; 4PUO B; 3L7O A; 4OI3 A; 3EYZ A; 2F65 A; 3CE8 A; 2CQI A; 4I6W A; 4LMZ A; 3OVB A; 2KVQ E; 4MK8 A; 2ASJ A; 3CO0 P; 5KFR A; 3BKU A; 3QAE A; 3MD3 A; 1RT7 A; 1X0P A; 4ED1 A; 1FRJ A; 2RSQ A; 4TNO A; 3WDO A; 2MQQ A; 2HHX A; 4TQR A; 5IXU A; 3T1Y F; 2GIF A; 3EZO A; 1GMW A; 2P9C A; 4ZHR A; 1DRZ A; 4WP3 A; 2ZZM A; 2OSR A; 4OL8 A; 5DG9 A; 4P2F A; 3OPK A; 4HHH A; 1U48 A; 2FJD B; 3CJ8 A; 1NSA A; 4RW9 A; 3ELH A; 3DLJ A; 2ZZT A; 3AAW B; 5JMN A; 1ZM2 A; 1S9G A; 5KFE A; 1XK8 A; 3G87 A; 1S9E A; 3WZ0 A; 3DGP B; 4NCG A; 3H59 A; 1J27 A; 1S9F A; 1J5E J; 4WXW A; 4WE1 A; 2VG5 A; 1REV B; 4R5P A; 1FRL A; 4CLY A; 3PZP A; 5C42 A; 1I6J A; 3D28 A; 2UXB J; 1DJ0 A; 2W7A A; 3LP0 A; 2OMO A; 1IBK J; 1HR0 J; 2HRX A; 3DHW C; 2LU1 A; 3D0G E; 3EVM A; 5EDW A; 2VFR A; 2F5G A; 3DMJ B; 2NRE A; 2B4U A; 1MNE A; 1UA1 A; 1JLB A; 4F4K A; 4IDK B; 5KTQ A; 1KHV A; 3VVT A; 2DEJ A; 2PT0 A; 1EET A; 3FNN A; 4N5S A; 3KK2 B; 3QLH B; 3K5M A; 4MIW A; 2Y8W A; 4TKT A; 5ETL A; 1F9F A; 3GV7 B; 4F36 A; 4I2P A; 3B78 A; 2UUC F; 2RS2 A; 1U0H A; 5GAH I; 2IRY A; 1LWX A; 2B4O A; 2AEF A; 3NKY A; 4LRA A; 1FXR A; 1KBR A; 2W2M P; 3KTQ A; 2Q6C A; 2VG7 A; 4GKK F; 4LFB F; 1KQS R; 3B4M A; 3F44 A; 2BE9 B; 2LQ9 A; 4HKQ A; 5CD4 H; 2RIJ A; 3FFI B; 4NX9 A; 3BGR B; 2OTL S; 1LXJ A; 2WVD A; 3A3N B; 2FHM A; 4USM A; 3ILI A; 1TL1 B; 3BN7 A; 2HRT A; 3M8P A; 1FJC A; 5A8W A; 5HJY A; 5GAE U; 1QAX A; 4OJH A; 2W1B A; 5KFF A; 1YTY A; 4OX9 J; 4EYI B; 1RT4 B; 2H65 B; 3VGV A; 1AYE A; 4DJB A; 1U45 A; 2ZHA A; 4TXS A; 3TA0 A; 4TLQ A; 3G8S A; 1NJY A; 4NLY A; 4USH A; 2NUU G; 3TJ9 A; 1FRX A; 1Y9O A; 1JXV A; 3K17 A; 2CWK A; 4PAA A; 1HBU B; 3GIL A; 3RAM A; 2DGQ A; 1VQ8 S; 2KG1 A; 1WF1 A; 3LTO A; 2MY8 A; 2E5J A; 1YX2 A; 3TZX A; 3W5Z A; 4R8U B; 2BUN A; 4OYI A; 4DPY A; 3C16 B; 4IYQ A; 2MZJ A; 1QTN B; 2W4C A; 2D3O 1; 4NYZ A; 3H25 A; 4ZPW R; 3CCL S; 2AV5 A; 4FF1 A; 1I94 F; 4WPA A; 5HL7 Q; 1Y11 A; 2Y1I A; 3J7A 1; 2DCU B; 2OEK A; 1X60 A; 1KOH A; 3ZZY A; 3K8W A; 2ALZ A; 4S0M A; 4DV7 F; 1FDN A; 4FBT A; 3AOC A; 1SV5 B; 2OUG A; 2R2R A; 3HHD A; 4ZCM A; 2HIY A; 2GHP A; 3CCV S; 1N0U A; 2ATC B; 2R7Q A; 2H9Z A; 5MLC V; 2XYH B; 3VAH A; 4NRT A; 2MGZ A; 2HMI A; 5E3P A; 3DXB A; 2MLY A; 2IJF A; 3CT9 A; 3ZZ0 A; 3HSJ A; 1UFW A; 3PHE A; 5H9F J; 2B9W A; 1AXQ A; 2MHE A; 4LIW A; 1GT8 A; 2R7S A; 1FWK A; 1S1W A; 2XEX A; 2DT9 A; 2ZDP A; 4RW8 B; 1FRK A; 1NRK A; 2V69 A; 2ZKT A; 4EBE A; 2HAF A; 3CME S; 1F6T A; 1SIZ A; 5GAG I; 3DRR B; 1LWC A; 2QO3 A; 3VAJ A; 5HAO A; 4ECQ A; 3T3F A; 1EZZ B; 5HO4 A; 1K1S A; 4ALZ A; 2QLB B; 2DXE A; 4L74 A; 2F8E X; 3P5B P; 5C25 A; 3I0R A; 2DR6 A; 3OUY B; 1KSP A; 1Q81 T; 3A3P B; 4W98 A; 2KDO A; 1FD8 A; 4WK1 A; 2GNK A; 3CCE S; 2F4F A; 4LR9 A; 3MPU B; 4DEZ A; 2QC3 A; 1SXL A; 1MMN A; 4IR1 A; 3MEE A; 1S1V B; 3O8W A; 3MFH A; 3QMQ A; 2JLG A; 4KO0 A; 2IY5 B; 3OFF A; 1T03 A; 4A8W A; 2CWX A; 4WFB Q; 4UOH A; 3LW5 C; 2IFX A; 2IDL A; 1VQK S; 3CCR S; 1ZAV A; 4I0W A; 1Y5N B; 1N56 A; 2CPI A; 2BQU A; 2HHQ A; 1VJQ A; 3MM5 A; 5J2M A; 5F8H A; 1R7I A; 1RTH B; 4WBF A; 4X4S A; 2NSC A; 3GIJ A; 3JQK A; 2CAD A; 2HWT A; 4P7V A; 1NK8 A; 4U67 Q; 2WOM A; 2RHQ B; 1FRM A; 3KLH A; 1CQN A; 4PXC A; 3M2V B; 4NA2 A; 3V4I A; 3T9N A; 4Y6I A; 2AJQ A; 3CVK A; 2FVS A; 4JP8 A; 1NPR A; 4B3T J; 4ITS A; 2KG0 A; 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3A8J A; 1XJW B; 3TQE A; 3LUY A; 3PYE A; 2XGP A; 5E5N A; 1C0U A; 2JDJ A; 1LQ9 A; 3TUZ C; 1FXL A; 2GQQ A; 2C3P A; 4P71 A; 3DYA A; 3G71 S; 1K0V A; 2ZEJ A; 3PYG A; 2YNI B; 1JLG B; 1S6P B; 2DNL A; 3A8I A; 3QGI A; 3SQO P; 3PFO A; 4FP9 A; 3ZZR A; 3I0S B; 3N28 A; 1U1L A; 5IFM A; 2CKW A; 2HYI B; 1O6X A; 3FBB A; 1EX8 A; 1Q53 A; 2JC0 A; 3AD9 C; 1OO0 B; 4DL6 A; 3HVT A; 1QUP A; 1PIL A; 3K7R A; 4OZJ A; 3H40 A; 2ZE2 A; 1KON A; 3KHR A; 2CXE A; 3TAN A; 2K06 A; 3KJF B; 3G86 A; 4WKY A; 2KM8 C; 1EAR A; 3KWM A; 2X1F A; 3TVK A; 3ZO7 A; 4RNF A; 1X8D A; 3HVR A; 2LP4 A; 3IMQ J; 3IWL A; 1YBU A; 4DR7 J; 3CCS S; 2YWH A; 2BJ1 A; 4PPD A; 4DL0 C; 2VQE J; 1FX4 A; 1S79 A; 3E51 A; 1HNI A; 5HRO A; 3ILO A; 2OPR A; 1G6B A; 1YRU A; 5I4M A; 2WRM A; 4ICL B; 1N54 B; 2RD5 C; 2VPZ B; 1ZH5 A; 3NGS A; 4M1K A; 5F9L A; 2AJ4 A; 4YDX A; 3CF5 Q; 2DCL A; 1TAQ A; 3IFE A; 4NXN F; 3MAQ A; 5KFJ A; 3C16 A; 4N77 A; 2HGM A; 1Z2L A; 3CTR A; 1CS4 B; 3THP A; 1S6Q B; 1T05 B; 2EKN A; 3E2E A; 3GFZ A; 4DPT A; 3QFH A; 3O1L A; 4M8L A; 3C6U B; 3NP5 A; 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