The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
HKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and kinetic analysis of caspase-3 reveals role for s5 binding site in substrate recognition
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
caspase-3, p17 subunit
|
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
18
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| structure length |
94
|
| sequence length |
94
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2006-05-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RJM B; 2H4W B; 3D6M B; 2H5I B; 4ZVO B; 2C2M B; 3EDQ B; 2CJY B; 3D6H B; 2C1E B; 4LSZ B; 1SC3 B; 2C2K B; 3R6L B; 4DCP B; 3P4U B; 3GJS B; 3IBC B; 1QDU B; 3QNW B; 3EDR B; 2QLJ B; 1RHU B; 2H5J B; 2XYG B; 2H54 B; 1BMQ B; 2Y0B B; 1RWN B; 1PAU B; 1RWM B; 3R7B B; 5IC4 B; 1RWX B; 1SC4 B; 4ZVU B; 3D6F B; 1RWK B; 3SIP B; 2FQQ B; 3GJT B; 2H65 B; 1RE1 B; 3R7S B; 3KJF B; 5IC6 B; 1NME B; 1RWP B; 1RHQ B; 2QLF B; 3P45 B; 2H4Y B; 4DCO B; 4JB8 B; 3GJR B; 2CNL B; 2P2C B; 1RHK B; 2C2Z B; 1I51 B; 2CJX B; 2QL7 B; 4ZVP B; 2CNO B; 2QL5 B; 2Y1L B; 2HBZ B; 2C2O B; 3KJN B; 1RHJ B; 1SC1 B; 2HBR B; 1F9E B; 4ZVR B; 1I3O B; 1RHM B; 1RWW B; 4ZVT B; 3R7N B; 3R5J B; 3R6G B; 2DKO B; 1IBC B; 1RWV B; 2H48 B; 2HBY B; 1RWO B; 5K20 B; 2XYH B; 3GJQ B; 2CDR B; 2QL9 B; 1ICE B; 3IBF B; 3KJQ B; 2CNK B; 4DCJ B; 2QLB B; 2CNN B; 2XZD B; 2H51 B; 1PYO B; 1QTN B; 2XZT B; 2XYP B; 4ZVS B; 1RHR B; 2HBQ B; 4ZVQ B; 3NS7 B; 1GFW B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HWT A; 3OD2 A; 3EZ5 A; 3W66 A; 4FBT A; 3D1O A; 4B3R J; 4RO0 A; 2FVQ A; 2RD5 C; 5GAE I; 4DN9 A; 1TZ0 A; 3QMQ A; 3HZE A; 2H54 B; 3ISN D; 4DV3 J; 4OFZ A; 3I82 A; 2CVI A; 3R7B B; 2CJB A; 4DL5 A; 1U2C A; 3MI7 X; 3D3C J; 3E2E A; 1HMV B; 1S6P B; 5C42 B; 2HQI A; 2KVQ E; 1R8B A; 3RRK A; 3SCL E; 3PRV A; 4ETX A; 3HHL D; 1E6V B; 2DK2 A; 3NCQ A; 3H2V E; 2G0I A; 3T9Z A; 1Y11 A; 1IKW B; 3CC7 S; 3BSC A; 4JI7 J; 1QTM A; 3OTC A; 4NXM J; 4PG7 A; 2VFS A; 2Z2M A; 4Q0B B; 2NXE A; 2KL8 A; 3FEZ A; 4F0H A; 1FKO B; 3BPS P; 3BYP A; 3T1H F; 2ZBI A; 3MUV P; 4YR2 A; 4E0D A; 2HIQ A; 2IM0 A; 1PAE X; 2KRR A; 1UWB B; 4RNM A; 5ETO A; 3G86 A; 2WW8 A; 1SC3 B; 1U7L A; 5F3Z A; 2EFN A; 4YB5 A; 4WTO B; 3PW2 A; 2FZC B; 1TL1 B; 5K9F A; 3MM5 A; 1S4E A; 1FA0 A; 3GSI A; 4M5D B; 3J80 Y; 3FBE A; 1WD6 A; 4C9D A; 5KFN A; 2GNK A; 4M5J A; 4QU7 A; 5B7W A; 4FDF A; 3UN2 A; 3MPW A; 2UUA F; 3AQP A; 2ZC4 A; 1S9E A; 1D9F A; 2JLE A; 1X31 C; 2QL7 B; 2HQG A; 4DV2 J; 2NYI A; 2WVF A; 4F25 A; 4P52 A; 1TR0 A; 2K06 A; 4I68 A; 2EFV A; 4B3T F; 2VH7 A; 1B7F A; 2EWH A; 4GKK J; 3SQO P; 1SJ1 A; 2J7U A; 5BXI A; 3NGR A; 1C0T B; 5C2G A; 2J76 E; 2J0W A; 4IYQ A; 1YX2 A; 4DU7 A; 1NK6 A; 4KHR A; 2MZT A; 3CSK A; 3KK2 B; 1D9D A; 4DV0 F; 4ZVS B; 3HFV A; 3VVT A; 4O3R A; 4YDX A; 3PR5 B; 2AKW B; 4CTA A; 3ZZT A; 2HSE B; 5B0C A; 1SBR A; 2KT3 A; 4MFB B; 1A7G E; 4K4W A; 2ZBQ A; 4ZPT R; 4C8Y A; 5FD1 A; 1IR2 A; 1TL4 A; 3QLH A; 4RNO A; 2IVF B; 3HHL B; 1T3N A; 3TO8 A; 3FRY A; 3KFW X; 3SFU A; 1GT8 A; 3DGV A; 1T3O A; 1RHQ B; 1PKU A; 3KMQ A; 2HIY A; 3MEK A; 3Q8Q B; 1F60 B; 2ILZ A; 4FZV A; 4B9S A; 2F40 A; 2L9W A; 2YPZ A; 3C14 A; 1DZ5 A; 1H72 C; 1BHN A; 4FF4 A; 1O6X A; 5AXL A; 1NJY A; 2ZM6 F; 2XLJ A; 2ROE A; 4MT1 A; 3D4J A; 2V0N A; 3RBX A; 1ZET A; 4X4P A; 3FRZ A; 2YKN A; 5IXU A; 3JAM U; 1XQI A; 2KI2 A; 3K5O A; 4CM2 A; 5EWG A; 2FB0 A; 1JK9 B; 1RZM A; 4RUA A; 3UN5 A; 4LRB A; 4WFA Q; 3ET6 A; 1RGV A; 1HI1 A; 2W2M P; 5A8W A; 4H54 A; 4QIW D; 5DG8 A; 3D2W A; 1S1X B; 4OV1 A; 5G4D A; 4ZP9 A; 1OSC A; 2LXU A; 1Q8I A; 2WON A; 2UVU A; 2WAQ D; 1RT4 A; 3FC9 A; 2I0X A; 3EDR B; 1OQ3 A; 2B3T B; 4MKY A; 2BEF A; 2E7X A; 2MPU A; 1SC4 B; 3BGR A; 3K8W A; 4YFU A; 2GIQ A; 2E1M C; 4URS A; 4I6A A; 1EKS A; 3HLU A; 4DX7 A; 3HHK A; 3H2L A; 3SQG B; 2E5H A; 3EZO A; 1NDC A; 3AD7 C; 1TV6 A; 2FY8 A; 2R4F A; 5KG3 A; 4FXW A; 1JIH A; 2OPR B; 3LP2 A; 3CJT A; 4ECZ A; 4C3K A; 2HFN A; 3J7Y I; 2KKH A; 3E01 A; 2DR5 A; 1ZAW A; 2GQQ A; 3L95 X; 1B3T A; 4C8M A; 1UTA A; 3H5S A; 2JEI A; 3OW2 R; 4AND A; 2CA9 A; 3KUH A; 4MYT A; 2CNK B; 5CD4 H; 4CO4 A; 1SJQ A; 4G1Q B; 3Q86 A; 1JB0 C; 2DO4 A; 1RT7 B; 2VG5 A; 1BWV A; 1HHS A; 1S5Z A; 2OEJ A; 1SKU B; 2D3O R; 1HHQ A; 4C11 B; 5RUB A; 2Q43 A; 4M95 A; 2MHN A; 3M2V B; 1U2R A; 4DBQ A; 4KGV B; 3GV8 B; 2EKN A; 5I42 A; 3SSR A; 4B3R F; 1GTE A; 2AEJ A; 1F2G A; 3HXM A; 2DR9 A; 1U0H B; 2DT9 A; 4FS1 A; 2DNM A; 4UOH A; 1KVI A; 3CCU S; 3LW5 C; 3D6F B; 4DV3 F; 5IQQ A; 2OTJ S; 2POK A; 3C6U A; 2PD1 A; 3GG1 A; 2QFI A; 3CJ5 A; 3QSI A; 2HGN A; 4NLW A; 2LYV A; 1IJE B; 3BN7 A; 4DPO A; 1TUG B; 1X4D A; 3VHQ A; 3R2D J; 3UDC A; 1NSA A; 2YVS A; 2Z58 B; 5HJX A; 4DF8 A; 1LWC B; 1Q79 A; 2K2P A; 5HMY A; 2D9O A; 4ETZ A; 3PR4 A; 4HL9 A; 4IR9 A; 4RL1 A; 4NXM F; 5KFR A; 4Y2M A; 1J2V A; 1Y5N B; 1X8D A; 2G0C A; 1H73 A; 5KT7 A; 4ZN1 A; 4QYR A; 1ZPW X; 3CWJ A; 2MQO A; 3K5M A; 1U6B A; 4YHH F; 4UST A; 1IKX A; 3QFW A; 2VUG A; 5B0A A; 3RRG A; 4YQW A; 1TAQ A; 4HHU A; 2SXL A; 3H90 A; 2AX1 A; 4A8X A; 3EDQ B; 5L9N A; 1UMJ A; 5ETL A; 5H9E J; 1U1P A; 1AYE A; 1UVL A; 5ETS A; 1FK9 A; 4X2B A; 3B54 A; 4F0M A; 1RDR A; 4X65 J; 1W25 A; 1WNE A; 3L9Z A; 3VGU A; 1VLY A; 5DRK A; 1FER A; 3TW0 A; 1EIY B; 1N5Y A; 4KKO B; 3TX0 A; 2KTQ A; 4DQI A; 5B09 A; 3GJR B; 4XO0 A; 4TU8 A; 5U47 A; 2ZH4 A; 4ED7 A; 3QWP A; 1N5V A; 3DLJ A; 5M2P A; 4DV2 F; 2ATC B; 4O3S A; 1Q16 B; 1LWF A; 2PN6 A; 1NPK A; 5IT0 A; 3HFZ B; 2B51 A; 1SIZ A; 2RS8 A; 2G0J A; 1RWO B; 4EZ9 A; 4HVZ A; 1REV A; 3MM7 B; 2DGW A; 2HS0 A; 5DLG A; 1TFW A; 2CQB A; 4DR7 F; 2HPU A; 3MM6 B; 3T6J A; 1WOR A; 4OLP A; 5DDP C; 3UD4 P; 1G3O A; 5CYQ B; 3CO9 A; 1SV5 B; 3H59 A; 4PZV A; 3US5 A; 1SI9 A; 3B4D A; 4JI6 J; 3HJF A; 1FRH A; 3ENQ A; 1FJG J; 1XR7 A; 2XMU A; 1RYS A; 1R0A A; 2AGQ A; 3BQ0 A; 1HBN A; 1T02 A; 4ECR A; 1VYA A; 1WG1 A; 3FQL A; 5K8O A; 5K8N A; 3JTP A; 4NLX A; 4TKT A; 3ZTQ A; 4WP3 A; 3QO9 A; 4ED2 A; 4IOC Q; 3DOL A; 3M2R A; 4DDF A; 1TVR B; 5CYJ A; 4JP8 A; 3T5K A; 1QLN A; 4IFV B; 5C25 B; 3KK3 B; 2J9C A; 4MAK A; 3MEC A; 4GVB A; 4O0N A; 1K9M T; 3PNI A; 1YLX A; 2F5G A; 3NWG A; 3R1L A; 1MWY A; 2CQG A; 1VQP S; 1HBM B; 4QCL A; 3CJQ A; 3QGG A; 2DR8 A; 2XS7 A; 1FRI A; 1LKZ A; 2V8P A; 4KFB A; 2RUS A; 4QWC A; 3GWC A; 4MJK A; 2P6S A; 2DXE A; 3B8H A; 4ZPV R; 2KFN A; 1VQ4 S; 4NYZ A; 3DGP A; 3WQP A; 4P2S A; 2QIF A; 4X4S A; 3BDE A; 2QA1 A; 3DRS B; 2K7J A; 1TFY A; 1YHQ S; 3TEH B; 4KC5 A; 4J9Q A; 1UVK A; 3Q8Y A; 3KK1 B; 1D09 B; 1NH7 A; 1H7X A; 1BE4 A; 1BLU A; 5F0W A; 2JFK A; 2LQ9 A; 2H65 B; 3EGN A; 5DLF A; 4E2F B; 1CJU B; 2JC0 A; 2LEB A; 3OFH A; 3PX0 A; 2GML A; 4DPX A; 1RHK B; 2O01 C; 1NU4 A; 1VIX A; 1X9M A; 4D3H A; 4GKJ J; 2AEM A; 3TUI C; 4B9M A; 2HK2 A; 4WE1 A; 1U8W A; 4I4B A; 1OSD A; 2K3I A; 4JI0 F; 2K7K A; 3WZ0 A; 5K20 B; 4OZ2 A; 1Q1K A; 1G4C A; 3V6D A; 4ZLJ A; 4C8L A; 4RW9 A; 5BYQ A; 4ED8 A; 2CZ9 A; 3T6B A; 3D0I E; 4DFM A; 1FRX A; 2RF2 B; 2VFT A; 5AE2 A; 3TNV A; 1NJX A; 4C98 A; 4OZJ A; 2QEX S; 4LFC F; 1BXN A; 4QWD A; 4YR0 A; 2IMW P; 3ICL A; 1AZS A; 4P9S A; 2XYG B; 1RT5 A; 4LF8 J; 2CUY A; 3SCK E; 1N5S A; 2IY5 B; 1CSJ A; 4OHV A; 2JNJ A; 1VRU B; 3GV7 B; 4CLW A; 2Y1J A; 1FD2 A; 3CJ8 A; 4FKY A; 4K4V A; 5D15 A; 4PYD A; 1RTD A; 1U24 A; 3GZ7 A; 2HEK A; 4K50 A; 4RNN A; 1OYE A; 4ILM A; 1YRX A; 3AQO A; 4N8O A; 2CDR B; 3IBW A; 3IG1 A; 1VS3 A; 2HRU A; 3RAM A; 1L3V A; 2L48 A; 2N4D A; 4C0B A; 3PW5 A; 2DB1 A; 5KFI A; 4G3I A; 5T41 A; 5H1S V; 4HAC A; 1WG4 A; 5DM6 Q; 2VBW A; 2AIR B; 2FVS A; 5K14 B; 4OL8 A; 4UY8 5; 1NB2 A; 4IO9 Q; 2CRL A; 4NLG A; 2DNH A; 2AW0 A; 4NLQ A; 3MUR P; 1Q8L A; 4A8S A; 4M5H A; 3UNY A; 3ZNJ 1; 1S6P A; 5AXM A; 1FJC A; 2ZOM A; 2ZOF A; 4X65 F; 2WHO A; 5KFV A; 3JQK A; 1MLA A; 2E9R X; 4ZLP A; 1E6V A; 2V8G A; 5GAH U; 3CDW A; 2IAJ B; 1IKW A; 3OUY B; 4M5G A; 4JI4 F; 3N5F A; 1IR0 A; 1ZA1 B; 4DX5 A; 3QRQ A; 2W8L A; 2DNK A; 1FKO A; 4PG5 A; 1IBC B; 5FJ4 A; 3KNG A; 3LA0 A; 4IQX A; 1ZPV A; 4HH0 A; 3LWL A; 2CQP A; 1GMV A; 2QFJ A; 3LGM A; 5ADZ A; 5L38 A; 1MWZ A; 2RE1 A; 4ER8 A; 1VRT B; 1HNZ J; 2Z2L A; 1TL1 A; 3W2W A; 2CPJ A; 1UFK A; 1RT6 B; 3M8Q B; 4M5D A; 4CWB A; 2ZKU A; 2ZJQ Q; 1FJG F; 2C2E A; 2M8D B; 3MZI A; 5CD4 A; 5DM7 Q; 1BMQ B; 4GRS A; 1NJW A; 4PAA A; 3L4B C; 3Q8P B; 4WF9 Q; 3SIP B; 2AYE A; 4WYL A; 1HBU B; 4FKX A; 2DRB A; 2IHR 1; 4U8Y A; 1BQM A; 3BV8 A; 4ZVE A; 2B9X A; 3N01 A; 1OWX A; 1X5P A; 1V5I B; 4AE5 A; 4FVC A; 1RAC B; 2FGC A; 2GJI A; 3CDE A; 1TL5 A; 2DXF A; 1L3U A; 4IR1 A; 4MIW A; 2CIM A; 1C0T A; 2BA9 A; 5KFQ A; 1CUL B; 3QZ8 A; 2DKO B; 4RNF A; 1HNI B; 4K4Y A; 1L3T A; 3J7A 1; 3HVA A; 2ZEJ A; 3KK2 A; 1MWQ A; 3T3F A; 1Q78 A; 3NAH A; 1NDK A; 2HZV A; 1UVJ A; 5IS2 A; 4DQQ A; 1C1C B; 4O0I A; 4DV5 J; 4J90 A; 3CD7 A; 2WVE A; 2MLX A; 2IYI A; 4DX8 H; 4O44 A; 3TQE A; 1JXL A; 1VMB A; 2MXY A; 1FX2 A; 3DHW C; 5B0E A; 2QG9 B; 2GMJ A; 2V2Z A; 3KLI B; 3KTQ A; 2X7I A; 1X5O A; 2Q6B A; 4CIO A; 2LKZ A; 2PEH A; 4OZ0 A; 2FHO B; 5HLF B; 1KNZ A; 4O4G A; 4DS5 A; 1M5K C; 1KFS A; 1U25 A; 4O3P A; 1J5O B; 4HDH A; 4QR2 A; 3M6U A; 2NPF A; 1RLD A; 1BQN B; 3FFI B; 4KGZ B; 4RX6 A; 2MKY A; 2YKP A; 1VBY A; 2LA6 A; 2HZA A; 4CRJ A; 2W7A A; 7FDR A; 2W8K A; 4ES2 A; 6FDR A; 1KHV A; 4ZHR B; 2HBR B; 3HMJ G; 1Q81 T; 4DL0 C; 4JI1 J; 3LPE A; 3HCX A; 4OHZ A; 3G8T A; 2ZKT A; 2UVR A; 2OEM A; 1NUE A; 2QA4 G; 4Q44 A; 2VPY B; 4LF2 A; 1N48 A; 2XYP B; 4NLO A; 4LRF A; 4B9T A; 4OJ3 A; 3RJM B; 1T11 A; 1ZH5 A; 3QJL A; 4XK8 C; 4IRD A; 2YKO A; 3S1T A; 2R9L A; 1BQX A; 5HBM A; 5HAT A; 1U47 A; 4P71 A; 2XWY A; 2QMW A; 5GMD A; 4QIV A; 3VQS A; 1D8Y A; 3R8Y A; 1JLC B; 4EI2 A; 1R3N A; 2AJ2 A; 3OVB A; 3PX4 A; 2GJ2 A; 4HLB A; 5I4M A; 3SQG A; 2Z2Y B; 4DR5 F; 2KG1 A; 3ISZ A; 2OPR A; 3UD5 A; 1T05 B; 1R43 A; 1S57 A; 4CT9 A; 2BJ1 A; 4CLK A; 5K5M A; 1S97 A; 1SB6 A; 4PCQ A; 3QRP A; 3CJ4 A; 2DPI A; 3LQV A; 4B9U A; 3G71 S; 4LF4 J; 1Q82 T; 2NPI A; 4Q45 A; 1RWW B; 3CIZ A; 1RP5 A; 1SH3 A; 1SJF A; 2HHT A; 5T14 A; 4OX7 A; 4U8V A; 3MGJ A; 4LFA J; 4B02 A; 3GE9 A; 1RT7 A; 1D9A A; 5J2Q B; 5IM0 A; 1CS4 B; 3H5X A; 1CQM A; 1R0B G; 2ZDP A; 4LVO P; 1GFW B; 2QE5 A; 2OFH X; 1FDA A; 2XBP A; 3CD5 A; 5L1L A; 4TQS A; 2W2O P; 3PX6 A; 4ZPW R; 3L3C A; 2DNQ A; 3I0S B; 1U0H A; 1IWA A; 1HWK A; 1QDU B; 5HAO A; 1ZAV A; 1WC3 A; 3G87 A; 5LSO A; 2BQU A; 3CT9 A; 3EVM A; 1PO6 A; 3TAP A; 2VQF J; 1RWP B; 3EIC A; 1CVJ A; 2BJD A; 1QAI A; 1VIO A; 4QPT A; 1UWA A; 3D3B J; 2Y3Y A; 2VBX A; 2OSR A; 1WHW A; 4DSI A; 3ZFV A; 1LWC A; 3C16 B; 3UVJ A; 2Y1L B; 4ZLN A; 1AFJ A; 1F9E B; 1NRK A; 1KBR A; 4I0W A; 2E5J A; 2E29 A; 5GAD U; 2RHQ B; 1ZA2 B; 4O3Q A; 3ILO A; 4KO0 B; 4NE9 C; 3EGZ A; 3CJ3 A; 4CLS A; 4ZVF A; 1LFP A; 1DQA A; 1FRJ A; 1UFW A; 2MQM A; 4GC7 A; 2QLB B; 2XNQ A; 1WKJ A; 5IWA J; 1JLB B; 1KKH A; 2PSZ A; 2JDJ A; 1R8A A; 1U6F A; 3QJJ A; 4IG3 A; 5HAN A; 2CPD A; 2GAH C; 2GJF A; 2MKI A; 1JLF A; 1HWL A; 2YNF B; 4Y2K A; 2HND B; 1HNZ F; 2ZBP A; 1RAF B; 1CG2 A; 4CNZ A; 2AX0 A; 1WF1 A; 1R89 A; 4E98 A; 3ZO7 A; 1QSS A; 3R5C A; 1Z1Z A; 1VQN S; 2WCX A; 4KKO A; 3L7P A; 3Q89 A; 2HNY B; 2B43 A; 1JQG A; 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