The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
HKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
caspase-3, p17 subunit
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| publication title |
Structural and kinetic analysis of caspase-3 reveals role for s5 binding site in substrate recognition
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
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| total genus |
18
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| structure length |
94
|
| sequence length |
94
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2006-05-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ZVS B; 2Y1L B; 2CJX B; 1RHK B; 1RWV B; 2XZT B; 2H4Y B; 2H54 B; 2QL5 B; 4LSZ B; 5K20 B; 3SIP B; 2HBZ B; 2H5I B; 3GJR B; 4ZVU B; 2FQQ B; 1GFW B; 3GJT B; 4ZVR B; 2QLJ B; 2H51 B; 2QL9 B; 2C2Z B; 1BMQ B; 1RWX B; 3EDR B; 1RHR B; 4ZVQ B; 1I51 B; 3R7S B; 1RWP B; 2H65 B; 2XYG B; 3IBC B; 2C2K B; 2HBQ B; 1PYO B; 2CNN B; 2H5J B; 2XYH B; 3R6L B; 1SC1 B; 4ZVP B; 3KJF B; 1RWW B; 2H4W B; 2HBY B; 2P2C B; 4ZVO B; 2C2M B; 4DCP B; 2QLB B; 2QLF B; 1RE1 B; 3D6M B; 3D6F B; 1RWM B; 1RHQ B; 4JB8 B; 1ICE B; 3KJN B; 2CNL B; 1RWO B; 4DCO B; 3NS7 B; 2CNO B; 2Y0B B; 2QL7 B; 3D6H B; 2XYP B; 1QDU B; 3P4U B; 3GJQ B; 3KJQ B; 1NME B; 1SC4 B; 1F9E B; 4DCJ B; 2HBR B; 1IBC B; 2H48 B; 2XZD B; 1RHJ B; 1RHU B; 3QNW B; 3GJS B; 2CNK B; 1RWN B; 3R7N B; 2CDR B; 3R5J B; 3RJM B; 3P45 B; 5IC4 B; 5IC6 B; 1PAU B; 1RHM B; 1QTN B; 1SC3 B; 1I3O B; 3R6G B; 1RWK B; 2CJY B; 2C1E B; 2DKO B; 3EDQ B; 4ZVT B; 2C2O B; 3IBF B; 3R7B B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MD3 A; 1CS4 B; 2GO9 A; 3MCS A; 3E2E A; 4FZV A; 1S59 A; 2DCU B; 4H4K A; 3M8S A; 2IMO A; 4PUO B; 2KVI A; 3IO1 A; 3MMA B; 4OX8 A; 1XK8 A; 3PYG A; 1VQS A; 3POT A; 3WIU A; 3F73 A; 3WDO A; 3FZ2 A; 1EP4 A; 1SCJ B; 2BX6 A; 3KK3 B; 3LWM A; 4DR3 F; 2YY3 A; 4O3Q A; 4YEA A; 1M5V C; 4LQ3 A; 5DDR C; 4IRK A; 1E6Y B; 5D8H B; 5GMD A; 1U47 A; 2W7A A; 5KFL A; 4BC7 A; 2V8P A; 2W2N P; 3OJU A; 4WXW A; 2BE2 A; 4K4Y A; 2I1R A; 4RW4 A; 5DLG A; 4MTP A; 2K3I A; 2HMI A; 3NOC A; 1VK3 A; 4KHP J; 5J2Q B; 2KG0 A; 4R8U B; 2VBY A; 3UR0 A; 2CDR B; 3CJ8 A; 4NZ0 A; 2RIL A; 3ET6 A; 4LF5 F; 1PC4 A; 4OYZ A; 4OYP A; 1H6K X; 4NX9 A; 4JI4 J; 2Q3P A; 3N4W A; 1C1B A; 3NGK A; 2QL5 B; 2YXL A; 3BO3 A; 5KT4 A; 2IAJ B; 5I42 B; 2W7O A; 2XNR A; 2V8G A; 3BBB A; 4RW8 A; 1IR0 A; 3SFU A; 2E5J A; 5DQI A; 1KVK A; 2ZZN A; 2EG2 A; 2JVR A; 4I2Q A; 4M5K A; 1M1H A; 4HLB A; 1AUS L; 4NLW A; 3OR2 B; 1QE1 A; 4BCA A; 1UWB B; 2XLJ A; 1WSV A; 4JB8 B; 2MSS A; 4KKO B; 4U96 A; 1VRU B; 2HNZ A; 2V2Q A; 2VH7 A; 2ACM A; 3RZA A; 2ZC3 A; 1S6O A; 2FUG 9; 2U2F A; 3Q8V A; 1RYR A; 2X1F A; 4K5S A; 3EYZ A; 2KYZ A; 1RBA A; 4LIR A; 1LWX A; 5IC4 B; 2LEB A; 5JVG Q; 3R5C A; 1RU2 A; 1N0U A; 2HAI A; 2J7W A; 1RWK B; 3IBF B; 5HRO A; 3MR3 A; 1U0H A; 2DEJ A; 5T7L A; 4YHH J; 4NXM J; 3QO9 B; 2PT0 A; 5HJX A; 5K20 B; 3CVK A; 3M2U B; 1WEX A; 2M7S A; 4J9U E; 3LP0 B; 3R27 A; 1RTH A; 2LP4 A; 1URN A; 2Y1I A; 4B3M J; 2CPZ A; 2X3D A; 4E2F B; 4KY3 A; 4ED5 A; 2PI4 A; 2QN6 B; 2ZKT A; 1S76 D; 4B3R J; 1EQ0 A; 1H7W A; 3NLC A; 4Y2I A; 4OJ1 A; 5HLF B; 2NSC A; 3PFO A; 2LEC A; 2RHQ B; 3NGD A; 2BAN A; 3ITH B; 3KJF B; 3MFH A; 4RW7 B; 3W7B A; 3RTV A; 1NPR A; 3DRR B; 4NYP A; 2WK4 A; 4PXE A; 3KLF B; 2VJV A; 1FNM A; 4K4U A; 1RA6 A; 2HZA A; 3M2R B; 1TP7 A; 1VIO A; 3TJA A; 3TYT A; 2NQP A; 2CWK A; 3M2V A; 2OPR A; 4ZCM A; 4CT9 A; 1L3U A; 3FRZ A; 4H4M B; 2YH1 A; 1JXE A; 2OP5 A; 2V8D A; 3M32 A; 4DV7 F; 3NWR A; 2D1C A; 3ISZ A; 4LF4 J; 1RT4 A; 3F0N A; 4NLQ A; 1FES A; 3OUY B; 3T41 A; 4RW9 B; 3PAC A; 5FII A; 3MEG A; 1H2T Z; 2GJ2 A; 2ZUA A; 3CIZ A; 5F41 A; 4NLS A; 5FLX Y; 5KFX A; 2J7U A; 5DM7 Q; 2FIU A; 1QTM A; 3IAS 9; 2GX8 A; 2JRS A; 2MZR A; 1S9F A; 1JLQ A; 2RKI B; 1FDD A; 2VU5 A; 5BYS A; 2XB2 D; 1N6Q A; 1S6U A; 2P2C B; 3N28 A; 3MGJ A; 1HWI A; 2BA9 A; 3SV4 A; 4I4B A; 3G71 S; 4MKA A; 2RU3 A; 4CLL A; 1IKY A; 1RWO B; 1TL1 B; 1HNV A; 2E5G A; 1Y3K A; 1NUE A; 1CQM A; 3O6Q A; 4URG A; 4K4S A; 3CDW A; 1UEK A; 9RUB A; 3QSY B; 4ICL A; 1XR7 A; 4KFB B; 1IKW A; 1JJ2 R; 2J6T A; 4O44 B; 3VF0 B; 3SQG A; 2AYM A; 1Q5Y A; 2HHW A; 2X1G A; 3JQJ A; 3QIP A; 3AQP A; 1N5Q A; 4ZJQ A; 2HLU A; 2EFO A; 4JYA J; 3H90 A; 1VQP S; 3DLG A; 2K1R B; 5IZH A; 3FCV A; 2Y1L B; 1X4B A; 2VF3 A; 1SJQ A; 1Y3J A; 4IG0 B; 1HWU A; 3UQS A; 3V4I A; 3K5N A; 2B4P A; 2F9D A; 1WEL A; 1SVD A; 5ETR A; 4P6Q A; 1ULR A; 1SJ3 P; 3GSI A; 1HD1 A; 2F65 A; 1YJ9 S; 4A8S A; 3DOK A; 2AJ1 A; 2ZM6 J; 3CE8 A; 1IQZ A; 4IH5 A; 3OBI A; 3SCL E; 3VAM A; 4J9M A; 4EGL A; 1CJU A; 1RTJ B; 3TWZ A; 3ZNJ 1; 1UJ4 A; 2J0S D; 2COL A; 4C8M A; 2KI2 A; 1R8A A; 4PPZ A; 4CO4 A; 4A48 A; 2D3O 1; 1S9G B; 2DO4 A; 1RLD A; 2WRM A; 1IWG A; 3DDK A; 1VBZ A; 3D1O A; 1CSJ A; 4OYI A; 3D68 A; 3AOA A; 4ECT A; 1Z1Z A; 3D7S B; 4FPI A; 4DF8 A; 4NXN J; 4FS1 A; 1LWC B; 3BSO A; 1NZ8 A; 1WHW A; 3U1M A; 3GFZ A; 3MEE A; 1FD8 A; 3T1H J; 3Q83 A; 2AYB A; 1UW9 A; 2C3M A; 2BJE A; 1TTH B; 3BGU A; 1G2E A; 3BZQ A; 1HNW J; 1L3K A; 2GVZ A; 3C46 A; 4C4W A; 2AQ4 A; 4LIW A; 2A0F B; 1FHT A; 4QQB A; 3D1H A; 2FQQ B; 2OD6 A; 2H5E A; 2MDA A; 2VQF F; 3BO4 A; 1D8Z A; 2MZS A; 3DLE A; 2W9C B; 3AHP A; 2EWH A; 1HMV A; 5A6W A; 4OZ5 A; 4N56 A; 4YB7 A; 1T95 A; 4LF7 F; 5A0Y A; 3OFE A; 2RS2 A; 4DEZ A; 3P5T L; 5IQ6 A; 4XDC A; 4X62 J; 3QGG A; 1UW4 A; 5DG8 A; 5CXT A; 4J37 A; 4KSE B; 2F4V F; 3PJX A; 2D7S A; 4OZ0 A; 2VIC A; 2KT5 A; 2XS5 A; 4I0W A; 4USV A; 5EGY A; 4B17 A; 7AT1 B; 3J81 j; 4J9Q A; 4F67 A; 3MM7 A; 4LF9 J; 3I5A A; 2BQU A; 2D3Z A; 5GAE U; 5JXS A; 1TV6 B; 4TY9 A; 3J7Z 5; 3Q8S B; 3Q8P B; 3MF5 A; 2BKN A; 1U6F A; 2O5D A; 5L1J A; 5L1K A; 4JBC A; 1Z2L A; 5ETL A; 4DUZ F; 3MAA A; 1R89 A; 2V4Q A; 4M5D B; 1UFW A; 3GYN A; 2QA4 S; 2GIF A; 3CCR S; 4G1Q A; 2HWI A; 5F8G A; 2W25 A; 2GA7 A; 3M30 A; 4J9N A; 2N3O A; 4RW6 B; 5T14 A; 1OY9 A; 4K4W A; 1QJH A; 2LEP A; 4DPY A; 5B0D A; 3R5G A; 4PAB A; 4C8O A; 1SKW A; 3M7V A; 3KG4 A; 1MRO B; 4CLS A; 1T05 B; 1CUL B; 3CB4 A; 2W2Q P; 1S1T A; 4X65 F; 2F3J A; 4A8W A; 1ZTW A; 1RKI A; 1TQL A; 2KZZ A; 3J7Y U; 1KNZ A; 4MH8 A; 2ZD1 A; 1U02 A; 2CQD A; 4IG3 A; 1IXK A; 5LMU F; 3JSM B; 2ZHB A; 2AJQ A; 2WHO A; 2HGN A; 2FJV A; 4DV0 J; 1WDT A; 4J9O A; 4E8U A; 2H51 B; 5CYQ A; 2G1H A; 1FDA A; 3GU0 A; 1H72 C; 2H65 B; 4Z7C A; 3I5B A; 4DLE A; 2DD8 S; 3KMS A; 3M6W A; 4GVL A; 5KFT A; 4Y2K A; 4D3H A; 4BHQ A; 5HK4 A; 3HD2 A; 3LA0 A; 3N01 A; 2IYI A; 2FVC A; 2GGP A; 4AND A; 2ZFH A; 1X4E A; 3TVZ A; 4DCJ B; 2CQB A; 4HL9 A; 3CDE A; 1S9E A; 1NU4 A; 4JV5 F; 4O0I A; 1UVK A; 1FRL A; 4PYA A; 2BEF A; 4OHV A; 1N32 F; 3S01 A; 4G1I A; 2OD4 A; 1L3S A; 2HHP A; 2CJX B; 2ZOF A; 1NPK A; 3R5B A; 4M94 A; 2DNY A; 2HBZ B; 3GJR B; 2KRR A; 1P8G A; 3TZY A; 3EDR B; 2HWT A; 3BM7 A; 5MAO A; 1KLM A; 3CCU S; 4B9M A; 2FVQ A; 2WSE C; 1DQA A; 5GAG I; 1T3N A; 1SBR A; 2CAD A; 4J9S A; 2XS7 A; 2DR8 A; 2BXJ A; 1XN9 A; 3JSY A; 5EWE A; 5E3R A; 1NKC A; 4MK9 A; 1V5I B; 3QT8 A; 2RD5 C; 4GO5 X; 3ZZY A; 2DNK A; 2LXF A; 4USJ C; 1JLA A; 3KOA A; 1FWL A; 4FVC A; 3D6H B; 3ZZT A; 2HUR A; 4OI4 A; 1VQ6 S; 3UDE A; 2ADB A; 2DRD A; 2ZNY A; 3QJP A; 1TKZ A; 2FJD B; 2WON A; 3KHR A; 4R5P B; 2MLX A; 2GML A; 4P2M A; 1J2V A; 1YI2 S; 3CJK B; 5C24 A; 2GIQ A; 4DV1 J; 1PO6 A; 1FJG F; 1GXL A; 2MY8 A; 1FKP A; 2V69 A; 3I56 S; 3NCR A; 2RE1 A; 1KOO A; 1FF2 A; 4DFK A; 2E1R A; 4I6W A; 3K57 A; 4DXL A; 2R7Q A; 4QIG A; 4ED3 A; 4P2X A; 2HIY A; 1R0B G; 4UY8 T; 3MTJ A; 4C11 B; 3DOL A; 3G96 A; 3VV2 B; 2DR5 A; 4EBD A; 1Q86 T; 2GO8 A; 3ENW A; 2J5A A; 2PFF B; 2X7I A; 1S4E A; 3L7P A; 1HI1 A; 5A2Q Y; 2YX1 A; 4DMZ A; 3PX0 A; 4K4X A; 4DFP A; 1ICE B; 1YRT A; 4OI2 A; 3KG0 A; 2QA4 G; 2WAQ D; 3OSN A; 3MM6 A; 4NLT A; 3HKZ D; 4ED4 A; 2POK A; 3CF5 Q; 3AQO A; 3IXQ A; 4CO1 A; 3KJQ B; 3DYA A; 4ILR A; 3RB6 A; 3SI8 A; 1RHU B; 4DU8 A; 4JI5 J; 4C7Q A; 4M5G A; 3ZTO A; 4CLZ A; 1FWP A; 2B9Y A; 5DS7 A; 2C3P A; 4DDF A; 4OJH A; 3B82 A; 2CQC A; 1SC6 A; 1D0E A; 4OMF G; 1VIS A; 1A6L A; 3NCP A; 4OHZ A; 4F26 A; 2JLF A; 3J7A 1; 3DDN A; 2C2Z B; 1L3V A; 2VV5 A; 2LXU A; 2KKH A; 2YNF A; 3H59 A; 3FFI B; 3JTO A; 3MFI A; 3V6J A; 1WF1 A; 3DLJ A; 2YKQ A; 3JS9 A; 2GC8 A; 3TAR A; 3K17 A; 5CYM A; 3A8E A; 3OFG A; 1TL7 A; 3MEC A; 3GSD A; 1HWL A; 2KFY A; 3G86 A; 3F41 A; 1F1B B; 1L5U A; 2B9E A; 5ETT A; 3OXL A; 1MW7 A; 3DGP B; 3TEH B; 3RR7 A; 2V4J A; 4Q44 A; 3VVT A; 4QZV B; 2VA3 A; 3TAQ A; 4CYU B; 3BGR B; 1AW0 A; 2W01 A; 3GV8 B; 4NAS A; 1HBO A; 1F9F A; 3IAM 9; 4WKY A; 2WW4 A; 1S1X A; 1VRQ C; 2VA2 A; 4V1A k; 3ZTS A; 3QGI A; 1YJN S; 3VQT A; 1CC7 A; 1JWW A; 4U67 Q; 4AT1 B; 1WUU A; 5D6G A; 5EDW A; 1T94 A; 2XY6 A; 2RT3 A; 4PPD A; 1NRK A; 3T5J A; 2FY1 A; 2DH8 A; 2HVE A; 1N33 J; 3OQ2 A; 4OLP A; 4X4U A; 4C3L A; 3IG1 B; 5DG9 A; 2CZ9 A; 2LLZ A; 4Q2M A; 2BRL A; 1UZH A; 3VTI A; 4ED1 A; 4ZJL A; 4F3Q A; 4WFY A; 3HXM A; 5B0F A; 1JKH B; 4JI2 J; 2A2D A; 2QEX S; 4LSL B; 1DLO B; 2ZKU A; 4LR7 A; 1REV B; 2VUG A; 1MU2 A; 4GKJ F; 1RCX B; 4DR5 J; 2VAS A; 5J1N A; 1ARO P; 3BQ2 A; 1TAQ A; 4O3R A; 1QSL A; 5MLC V; 1LXN A; 1S79 A; 3C6T A; 3GCX P; 4RR5 A; 4I6Y A; 5LSL A; 4WP8 A; 4RKU C; 3X1L B; 2HFO A; 5KFV A; 5M2R A; 2RF2 A; 1KTQ A; 1H2U X; 3SXL A; 2WVF A; 3RR8 A; 1XNQ J; 3O8W A; 1R43 A; 3C8Y A; 3TZW A; 1N36 J; 3PR5 B; 2V67 A; 3DNC A; 4B3O B; 2M70 A; 2X1B A; 1WG4 A; 3L7O A; 1A9N B; 1KFD A; 1JLE A; 1SH0 A; 1RGV A; 3CCZ A; 3IBC B; 2C42 A; 4ZVE A; 4BWM A; 5HO4 A; 2BJD A; 1KHV A; 4B02 A; 4U8V A; 3C16 A; 3M8P A; 3KK1 A; 4NLY A; 4M8L A; 2ASY A; 2DXE A; 1S1V B; 3AJ2 A; 4Z37 A; 1AB8 A; 4QIF A; 5J2M B; 5EHH A; 3WIV A; 3UDC A; 5DZ6 A; 2E29 A; 4PWU A; 4MKY A; 1T9T A; 2L41 A; 1S1W B; 4FXV A; 2EFV A; 2EBE A; 3Q89 A; 1FDB A; 4U8Y A; 3U1L A; 3MOZ A; 4ZHR B; 1SJ4 P; 1FX4 A; 4Q43 A; 3KNG A; 2QMW A; 3R9L A; 4ER8 A; 2F8M A; 1S12 A; 4URQ U; 3MR2 A; 1JLG B; 1U1R A; 4TU8 A; 1HLW A; 1JNR B; 4I7F A; 2EFG A; 2J8A A; 3ISN C; 3PYD A; 4QWD A; 4V19 J; 4YQW A; 1TUW A; 3DRS B; 2NXJ A; 2QYG A; 5BJR A; 4WU2 A; 2JFK A; 2R7S A; 1FDN A; 5FLX U; 5L1L A; 4ECU A; 3MM9 B; 2Z8Q A; 3TI0 A; 1HYS B; 3ENV A; 2RNE A; 1FKO B; 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