The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
101
|
structure length |
101
|
Chain Sequence |
MRRYEVNIVLNPNLDQSQLALEKEIIQRALENYGARVEKVEELGLRRLAYPIAKDPQGYFLWYQVEMPEDRVNDLARELRIRDNVRRVMVVKSQEPFLANA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Functional insights from the structure of the 30S ribosomal subunit and its interactions with antibiotics
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| total genus |
24
|
| structure length |
101
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| sequence length |
101
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| F | PF01250 | Ribosomal_S6 | Ribosomal protein S6 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KJV A; 4DR3 F; 1IJF B; 2HHH F; 4X65 F; 1CQM A; 4DV2 F; 2UXC F; 3T1Y F; 4B3T F; 1IBK F; 1FKA F; 2KJW A; 4X62 F; 4JI6 F; 1N34 F; 4DV5 F; 4LF6 F; 1I94 F; 4NXM F; 5LMN F; 4DV3 F; 4LF5 F; 2UUC F; 1IBM F; 4JI5 F; 4YY3 F; 1LOU A; 4LF9 F; 1HNZ F; 1J5E F; 4AQY F; 2UUA F; 2J5A A; 3OTO F; 4DUY F; 5AJ3 F; 4JYA F; 2RJZ A; 4DV6 F; 1IBL F; 2BXJ A; 3T1H F; 4YHH F; 4KHP F; 2E5L F; 4JI3 F; 1CQN A; 1HNW F; 2UXD F; 4DR4 F; 1G1X A; 1FJG F; 4DV0 F; 4DV1 F; 4JI8 F; 4LFB F; 4GKJ F; 4B3R F; 2B7C B; 4JI1 F; 4JV5 F; 2VQF F; 4DV4 F; 4JI2 F; 1GH8 A; 4NXN F; 4K0K F; 4LF8 F; 1G7C B; 2VQE F; 4GKK F; 2UXB F; 1B64 A; 1XNR F; 1N32 F; 1N36 F; 4JI0 F; 2ZM6 F; 1XMO F; 4DR6 F; 2BVZ A; 3ZZP A; 4X64 F; 4LF7 F; 4DR1 F; 4X66 F; 4DR2 F; 2UUB F; 4LF4 F; 1N33 F; 2UU9 F; 2B7B B; 1XMQ F; 5LMU F; 5IWA F; 4OX9 F; 1RIS A; 1F60 B; 4DR7 F; 1VMB A; 4JI4 F; 2YY3 A; 4DR5 F; 1HR0 F; 4JI7 F; 4DUZ F; 2F4V F; 3R3T A; 4B3M F; 5BR8 F; 4LFC F; 1QJH A; 1XNQ F; 4LFA F; 4DV7 F; 4B3S F; 1HNX F; 1IJE B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XLI A; 3PO5 A; 3DU5 A; 1Q86 T; 1O0P A; 4IH6 A; 1U1P A; 2VAS A; 3KLG A; 1HPZ A; 4P52 A; 2WOM A; 4DV3 F; 2BUN A; 1QY7 A; 1FJG J; 2YKN B; 4WJB A; 2AMC B; 2F7V A; 3HFV A; 3AFG A; 2VBZ A; 1APS A; 4AQY F; 3I5A A; 4C4W A; 4P74 A; 4RBV A; 3AOB A; 4MK9 A; 2FVC A; 1RDR A; 1U8W A; 2DNG A; 2BX6 A; 4GC7 A; 4FYX B; 3K8V A; 1FDB A; 2DHA A; 1S99 A; 2J7K A; 3KUG A; 4HKQ A; 3W9I A; 3W9H A; 1YQH A; 4F3O A; 2VV5 A; 3UQS A; 1RAD B; 2MZJ A; 1J2V A; 4Q5V A; 1MWZ A; 1N36 F; 1S49 A; 3KLG B; 1H38 A; 1HPZ B; 2BVZ A; 2WOM B; 3JXO A; 3L3C A; 1CJT A; 5AE2 A; 5IQQ A; 2XY7 A; 3OFE A; 4J9Q A; 2PT0 A; 2W8L A; 1VLY A; 2OAU A; 4KJI A; 4KFB A; 1BC6 A; 1TK0 A; 2EVZ A; 4OYW A; 1M5H A; 1JJC B; 4F36 A; 4RBT A; 4BWM A; 1RT3 A; 5KFD A; 2OFH X; 1J5E J; 4NLG A; 3M2V A; 2R9L A; 2CA9 A; 2IDE A; 2DY9 A; 2XMW A; 1YGY A; 2EWH A; 3PW4 A; 1S7I A; 4Y6I A; 3QAT A; 3PAC A; 1ARO P; 3OL9 A; 4KY3 A; 1CJT B; 4B9U A; 3NS5 A; 5J1E A; 3SZ2 A; 2ZIT A; 4KFB B; 4JI0 J; 2D7S A; 4DV0 F; 2G2O A; 3CJ3 A; 4NMX A; 1VHI A; 4N5S A; 3VAL A; 1RT3 B; 1REG X; 2DPI A; 5BYS A; 3M2V B; 4Z7Y A; 4HL9 A; 4G1I A; 4X2B A; 1UW4 A; 2LU2 A; 2CDR B; 3BGO P; 3V4M A; 3PHT A; 3DM2 A; 4XTT A; 2FD2 A; 4O23 A; 1O51 A; 2FHJ A; 4M5G A; 3BQ0 A; 4XK8 C; 4OZ3 A; 2E7V A; 2DB1 A; 1YHQ S; 2VA2 A; 1FFS B; 5KG3 A; 5J1E B; 4NA2 A; 1TTH B; 3EX7 B; 4LIW A; 3JAM U; 2WTF A; 2JNJ A; 2NSC A; 5E33 A; 4WFB Q; 1FKA F; 2W1B A; 2BOA A; 4DR4 J; 3UCG A; 2J6S A; 3VAI A; 3C6T A; 1FHT A; 5D4P A; 2UUT A; 3DM2 B; 3KLE A; 3MPW A; 4NWB A; 5EX0 A; 1SUQ A; 5L39 A; 2RIJ A; 2HW3 A; 3THP A; 5L1K A; 5KOW A; 2RQM A; 5G0R A; 3ZZY A; 2W25 A; 2MTL A; 3MOZ A; 4WKR A; 2XHC A; 2E5H A; 4JI2 F; 2VDH A; 4IUF A; 1RBL A; 4J90 A; 3OFF A; 4I4B A; 4PPZ A; 2MB0 B; 3LWL A; 2YWK A; 1U26 A; 5KFT A; 1Z2L A; 2R7O A; 3H90 A; 4KT0 C; 3MAH A; 2HNZ A; 1S76 D; 1NK6 A; 5KFJ A; 4WP3 A; 3C6T B; 3DRP A; 1RT2 A; 3KLE B; 4PWU A; 3P6Y C; 3MI7 X; 3K17 A; 4DV3 J; 2LCW A; 2RH3 A; 3CB4 A; 1SUQ B; 4DV7 F; 5G0R B; 4K4X A; 4PUO A; 2Y1J A; 1F2G A; 2XYG B; 1DQ8 A; 4URG A; 2UXC F; 1F2H A; 2Q6C A; 4B3T J; 1EAY C; 2HMI A; 4KC5 A; 2Y1I A; 5DO2 A; 5HQ8 A; 2M8H A; 1VQY A; 2IM3 A; 4N56 A; 2EKN A; 1OMS A; 4RWX A; 3DRP B; 4LVO P; 4J9O A; 3PTW A; 1RT2 B; 1G1X A; 1N36 J; 3WBZ A; 2KHD A; 4OFZ A; 1S4F A; 1U45 A; 1NHU A; 1SKU B; 3LAM A; 3NXZ A; 3MM9 A; 2M52 A; 3SFG A; 3TEG A; 3VCD A; 4PUO B; 8ATC B; 1YJ9 S; 4J91 A; 3ZC4 A; 1HA1 A; 5K8P A; 2G9O A; 4HR2 A; 2MJU A; 2AEM A; 1F0X A; 1U25 A; 1U2R A; 1RI7 A; 2FJX A; 3AOA A; 3DOL A; 3SCK E; 5IOL A; 1FEH A; 3D0I E; 3GG0 A; 1ZM4 A; 5CYJ A; 1FK9 A; 2XYH B; 2XMA A; 1NB2 A; 1QSS A; 4ZCL A; 2K2P A; 3MTJ A; 5GAG U; 5IV4 A; 1V6H A; 2EFQ A; 3BPS P; 3MM9 B; 3SCJ E; 2V2K A; 3D5M A; 3CJT A; 4BDP A; 2LXU A; 1JQG A; 3G8T A; 2GCF A; 2Q6B A; 4QBU A; 1RUS A; 1Q53 A; 4DV0 J; 1KVK A; 2BKN A; 5JUM A; 4OZ2 A; 3OTO F; 3DOL B; 2NYH A; 1EHW A; 2JLE A; 2IDL A; 3CCZ A; 1JB0 C; 1FK9 B; 3MM5 A; 2HHQ A; 1I6J A; 2CG8 A; 3QGI A; 3MMJ A; 4RNO A; 2DR7 A; 1ZBT A; 4Y3C A; 1A9N B; 5HP1 A; 1Y5L B; 1IM6 A; 5LT5 A; 3BSA A; 3I0R A; 3VR1 A; 1TQL A; 3QGG A; 3AOD A; 4LRB A; 2XI3 A; 3G71 S; 2F1F A; 3HT0 A; 3ILO A; 3A3P B; 1RWV B; 2AGO A; 3HHL D; 2FGO A; 4IDK A; 4DX5 A; 4DEZ A; 4ILM A; 1RHR B; 1S9G A; 1FX2 A; 4OV6 A; 2OPS A; 3LGH A; 3S6E A; 2W2M P; 2DKO B; 2GHV C; 1TAU A; 3MM5 B; 1HBM A; 2A6O A; 5GAD I; 4CP5 A; 3NEK A; 3AH6 A; 2OFG X; 1XR6 A; 2XMK A; 4CLL A; 2CKW A; 5HP1 B; 2CPZ A; 3NNH A; 2VKR A; 3O8W A; 2UUC F; 3I0R B; 1OYD A; 1S79 A; 2DEJ A; 1SC1 B; 2VC1 A; 5M2R A; 4JI2 J; 3ELH A; 1X4F A; 4IDK B; 1S9G B; 3QJP A; 4NI2 A; 4ED1 A; 2OPS B; 5KFM A; 3Q8Q B; 3P45 B; 1HBM B; 3HT3 A; 5ETP A; 1HLW A; 3LPE A; 1TL4 A; 1XNR F; 2VFS A; 1KOH A; 3LAL A; 4EBE A; 1B3T A; 4KGZ B; 3NRB A; 3CCL S; 4USM A; 1TK5 A; 4DV7 J; 4CDI A; 4NLY A; 4O3R A; 1NH7 A; 1KBR A; 2H54 B; 2UXC J; 4DR7 F; 2AYM A; 4ZPV R; 4MMO A; 3BBF A; 2BDP A; 4ZHR A; 4NI2 B; 4NCA A; 4NRU A; 1IN0 A; 2D9P A; 3ILL A; 2V8V A; 3K89 A; 1FRH A; 4KGM A; 4LR9 A; 4FKX A; 4CLY A; 2MMY A; 1X4A A; 3L09 A; 3BV8 A; 1RCO B; 1RTZ A; 2KXF A; 5LXR A; 5HMW A; 1Y3K A; 2IRU A; 3SQG A; 3ZZO A; 2CZ9 A; 3CC7 S; 4YY3 J; 3MPY A; 2W2N P; 3M1V A; 1YDL A; 1P6T A; 3R2D J; 3RU0 A; 3LUY A; 4ICL A; 1F3V A; 4WPA A; 3M2U A; 4ZHR B; 3FRY A; 1ULR A; 3T3F A; 4F4Z A; 1R6V A; 2V68 A; 4IG3 A; 3WX8 A; 1H74 A; 5DQH A; 1FRX A; 4DSL A; 1C0T A; 1RTD A; 3IMQ J; 2W7O A; 4F25 A; 2HBZ B; 3ETO A; 4ZLJ A; 3SQG B; 1TR0 A; 2ATL A; 3HO1 A; 5E0O A; 3M1V B; 2EFG A; 5KG0 A; 3Q83 A; 3SIP B; 4X4S A; 2UVV A; 2R8H A; 5A76 A; 4A8X A; 1Y4Z B; 4ICL B; 4LRC A; 2HRT A; 1VK3 A; 2ZH5 A; 3M2U B; 2OHD A; 2ZE2 A; 1KR4 A; 4NCG A; 4QIV A; 4ED2 A; 2FVS A; 3RJM B; 3OTO J; 2KB2 A; 1PJ7 A; 5GMD A; 4IG3 B; 1B0V A; 4N76 A; 2VF3 A; 2R7X A; 1SKR A; 4LSL A; 3W8G A; 1C0T B; 1NAQ A; 1RTD B; 4HYK A; 4WZQ A; 4MKB A; 2Y1L B; 4OYP A; 2K1R A; 2C3O A; 2UXD F; 5J2P A; 1FTR A; 3CE8 A; 4PYD A; 1NPR A; 2IVM A; 1SVD A; 4N7T A; 2DNZ A; 4GRS A; 2KG0 A; 1NSA A; 2ZE2 B; 1U1M A; 4NCG B; 1VC5 A; 4O3O A; 1NCL A; 4EU0 A; 2V4R A; 3DI6 A; 4MIA A; 2QSF A; 1U1O A; 2UV8 A; 1NEE A; 3U1M A; 2BRK A; 4LSL B; 4U8V A; 1RHM B; 4YME A; 5DRK A; 2OEL A; 3LGM A; 4DSF A; 3EGZ A; 2K1R B; 2UUC J; 5J2P B; 1QJH A; 5EN1 A; 1F6T A; 3TAN A; 1R8P A; 3FEY B; 3L95 X; 4QU7 A; 3T5J A; 1Q0N A; 4UUX A; 3DI6 B; 5AXN A; 2YWE A; 5KFW A; 3C15 A; 2M3D A; 2DXE A; 4PG7 A; 3UVJ A; 4HI1 A; 5IQ6 A; 5A2Q Y; 4KB7 A; 2FVQ A; 1XNR J; 1ZM3 A; 4OYB A; 1TU0 B; 2X1A A; 2ZH6 A; 3NNC A; 4TU7 A; 2R4F A; 1KVI A; 3O3L A; 4WBF A; 3MPU B; 1G7C B; 4J9R A; 4DR7 J; 1O8B A; 2ILY A; 1XMB A; 2NYI A; 1SJF A; 1SL0 A; 4ED0 A; 3R5B A; 4DQP A; 2Z8Q A; 3X3U A; 5EDW A; 3D28 A; 3C15 B; 3H5U A; 4O4G A; 2PFD A; 4E2F B; 3E51 A; 2C3M A; 3UVJ B; 4Y2A A; 1KRP A; 4RKU C; 2FY8 A; 2BAN A; 2YXL A; 4CRJ A; 3ZZT A; 1SJ4 P; 5DZ6 A; 2U2F A; 3PR4 A; 3MAA A; 3UN3 A; 3VAM A; 4N77 A; 4Y34 A; 1SC4 B; 2GGP A; 4BC7 A; 3QID A; 2GVZ A; 3ILJ A; 1JLF A; 2H9Z A; 3F56 A; 3ZXW A; 2DRA A; 2BAB A; 1UCN A; 2GZO A; 1D8Z A; 5IT9 U; 2DPJ A; 3ISN D; 4Y28 C; 2XWY A; 2W2O P; 2NXU A; 4O4G B; 4TQR A; 3FNN A; 3GON A; 1NH8 A; 2KH9 A; 3MHY A; 2G0I A; 2A6M A; 2MHN A; 5H9F J; 4AUK A; 2BAN B; 4DUT A; 3RRH A; 3CED A; 4EYH B; 1WSV A; 1S1W A; 4DS4 A; 3MAA B; 3WQP A; 2J9C A; 2E1C A; 2GGP B; 2GVZ B; 1BMQ B; 1JLF B; 4V1A k; 1FRL A; 2FJB B; 3Q23 A; 1IWG A; 4LF4 F; 3MMC A; 4A48 A; 2YKO A; 2LEA A; 1EKR A; 3CCV S; 4CLT A; 3A8K A; 1C4C A; 2CNN B; 1UP1 A; 2CJX B; 2KT2 A; 2QSW A; 2HHX A; 1SH0 A; 3DLJ A; 5KG2 A; 1NK4 A; 2GIR A; 2ZBI A; 1JK9 B; 4YB1 P; 4M94 A; 3CF5 Q; 2UXD J; 1S1W B; 4ZP7 A; 2OKQ A; 3UD4 P; 5KT7 A; 1RCX B; 4P9S A; 1X4H A; 1YRU A; 4O3Q A; 2RJZ A; 4MYT A; 1RA6 A; 3MMC B; 2JEF A; 2M2B A; 3D4J A; 3R9L A; 2KM8 B; 1VQM S; 2ZJQ Q; 2YNG A; 2D1C A; 3MEE A; 2XI2 A; 3IRW P; 3DOK A; 3DRX A; 1XQI A; 2BM0 A; 5F8I A; 5KFS A; 1RB0 A; 3ETM A; 4ZVP B; 2HS3 A; 4DLG A; 1D8Y A; 1SV5 A; 1FT8 A; 4BBY A; 2QL9 B; 2V67 A; 5KFQ A; 4TLQ A; 4ZPW R; 4L3K A; 2L9W A; 3AOC A; 1QTM A; 2YNG B; 3I5C A; 2VIH A; 4MYU A; 3MEE B; 3D0H E; 4RZR A; 3HSD A; 1DHM A; 2PDA A; 3NMR A; 1DTT A; 3KNA A; 3ZFV A; 2C28 A; 2YKM A; 3DOK B; 1RZM A; 2HQI A; 2HZV A; 1T11 A; 1P8G A; 1RA7 A; 3KK3 A; 1R3N A; 2HYI B; 4W4M A; 1RAJ A; 2AGQ A; 4F50 A; 1H2T Z; 4EZ9 A; 5KFK A; 5F8N A; 2QYG A; 1SV5 B; 1WI8 A; 2D3Z A; 4CLZ A; 4MFB A; 2DR6 A; 5L1L A; 4DV6 F; 1NK0 A; 2ZVI A; 3QYY A; 3CD0 A; 4DSE A; 5D0G A; 4TN2 A; 3G6V A; 3J7Y I; 2EFP A; 2QLB B; 1VC0 A; 1DTT B; 3M6U A; 1A7G E; 2B9Y A; 4GVL A; 1CJV A; 2YKM B; 1TUV A; 5LXY A; 1RP5 A; 1PO6 A; 1NO8 A; 3KK3 B; 1B4S A; 3MEK A; 4PR6 A; 1ELO A; 2DTJ A; 5GAD U; 4K5S A; 2PFF B; 4MFB B; 2RHS B; 1SBR A; 4A47 A; 2JRS A; 2EG2 A; 3S01 A; 2QLX A; 3WZ0 A; 5DZ7 A; 1UFW A; 4DV5 F; 1K0V A; 2J0X A; 3U1N A; 2RQC A; 5D0E A; 1CJV B; 3RTV A; 4U7U D; 4YR0 A; 1YIJ S; 2Z2L A; 2DGQ A; 2FJE B; 1JKH A; 5HJY A; 2R7U A; 3RR7 A; 3FSY A; 3CJ2 A; 4RUB A; 5EWG A; 5K8N A; 1HW8 A; 2BE7 D; 1U8S A; 1X31 C; 4WFA Q; 3KLH A; 4WK1 A; 4LF4 J; 1JLB A; 3VAK A; 3H5X A; 3NGR A; 4KRW A; 4E0D A; 2EK1 A; 1OWX A; 3M6W A; 3FMW A; 2ZDP A; 2JH3 A; 3BRE A; 2L08 A; 1TFY A; 4I64 A; 4CO1 A; 3QRQ A; 1UAW A; 4P2F A; 3BGR A; 5G4D A; 1SQE A; 2DGW A; 1S97 A; 3ONQ A; 1JKH B; 5DQI A; 2W8K A; 2AJ1 A; 2C2M B; 1ZAW A; 4IG0 A; 1ZZN A; 2LLZ A; 3TAQ A; 3D6T B; 3GIK A; 3V2U C; 4HT7 A; 4URQ U; 1TL3 A; 4U8Y A; 3AQO A; 2MQP A; 3KLH B; 1JLB B; 1UW9 A; 4FVC A; 1NXI A; 4Q7A A; 1U6B A; 4WE1 A; 3LAN A; 4QJV A; 2H5I B; 1VJW A; 2WVF A; 4YDD B; 1FXR A; 2AU0 A; 5CYM A; 4DL4 A; 3OVA A; 3KDO A; 3BO4 A; 4HDG A; 3RBX A; 3J7A N; 3P3D A; 3BGR B; 3EMT A; 3KJQ B; 2V9W A; 2N3O A; 4DMZ A; 1R6Y A; 3T1A A; 3D2W A; 4IG0 B; 2DBB A; 5LOQ A; 2CPI A; 3VVT A; 4PG4 A; 1NSP A; 4TYB A; 5KFX A; 2R2S A; 3OD2 A; 1TL3 B; 2YPY A; 3ET6 A; 3LP2 A; 3CJ4 A; 4C8L A; 4C8N A; 2R7S A; 3IP0 A; 4UQT A; 3KOA A; 1JLG A; 4WE1 B; 1P1L A; 2L48 A; 2P9E A; 2KU7 A; 3FCW A; 4ZK7 M; 3M30 A; 1GEH A; 2AJ4 A; 1DY3 A; 1WTF A; 3MWB A; 4P73 A; 5CYM B; 3EXY A; 1AYE A; 2V8H A; 3R97 A; 3FQL A; 1U02 A; 1W25 A; 1YK9 A; 4OYO A; 1JMT A; 1T0T V; 1RBO B; 3G87 A; 3WC2 A; 4CO3 A; 1GX6 A; 4F0M A; 1RWW B; 9RUB A; 1KQK A; 3QZ7 A; 3R5C A; 4DV6 J; 5CD4 H; 3ET6 B; 5HK4 A; 1FES A; 3LP2 B; 2CAD A; 2ILZ A; 1RTI A; 2DGT A; 3NY0 A; 3C8Y A; 2C3Y A; 2ZC3 A; 1JLG B; 1TAQ A; 2LFV A; 3GU0 A; 1U09 A; 2ACM A; 1T9T A; 2FIU A; 3M30 B; 4UF4 A; 4F26 A; 3ZZU A; 4C7Q A; 2EG1 A; 5KG5 A; 1ZM2 A; 1YSJ A; 1X4D A; 5H9E K; 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