The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
KIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Extended Substrate Recognition in Caspase-3 Revealed by High Resolution X-Ray Structure Analysis
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
CASPASE-3
|
| total genus |
19
|
| structure length |
92
|
| sequence length |
92
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2006-04-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JB8 B; 4ZVQ B; 2CNK B; 3D6H B; 3EDR B; 5IC4 B; 2XZD B; 3SIP B; 2QL9 B; 3P45 B; 3P4U B; 1GFW B; 1RWO B; 2XYH B; 2C1E B; 2QLB B; 3GJS B; 1RWP B; 2H5I B; 3GJQ B; 2QL7 B; 3GJT B; 4ZVU B; 2H65 B; 1IBC B; 2CNO B; 2C2Z B; 1RHJ B; 2CNL B; 2H48 B; 4ZVS B; 1RWM B; 1F9E B; 5IC6 B; 4ZVT B; 2C2K B; 2H54 B; 2C2M B; 2HBY B; 3KJN B; 1RWV B; 1RE1 B; 1PYO B; 1RHU B; 3KJQ B; 3R7N B; 2QL5 B; 3QNW B; 1RWW B; 2QLF B; 1SC1 B; 3R7B B; 4DCO B; 3R6G B; 3R7S B; 1SC4 B; 1RHM B; 2C2O B; 2FQQ B; 3EDQ B; 2H4W B; 1ICE B; 1I3O B; 2XYP B; 2CNN B; 1RHK B; 2QLJ B; 1RHQ B; 4LSZ B; 3D6F B; 2XZT B; 3GJR B; 1PAU B; 4DCP B; 2CDR B; 4ZVP B; 3KJF B; 3IBC B; 2CJY B; 1RWN B; 2DKO B; 2Y0B B; 4ZVO B; 2P2C B; 5K20 B; 2Y1L B; 2H4Y B; 4DCJ B; 3R5J B; 1RWK B; 1RWX B; 2H51 B; 2HBR B; 3RJM B; 1NME B; 3D6M B; 1I51 B; 2HBQ B; 3IBF B; 3R6L B; 2HBZ B; 1RHR B; 4ZVR B; 1QDU B; 2CJX B; 1SC3 B; 2XYG B; 1QTN B; 3NS7 B; 2H5J B; 1BMQ B; #chains in the Genus database with same CATH topology 5J2Q A; 2DNK A; 4QW9 A; 1URN A; 5H9E J; 2ZZN A; 3Q24 A; 3RR7 A; 2KYX A; 4DUZ J; 2JHE A; 4LF4 F; 2UXC F; 4RNO A; 4LF7 J; 2Y3Y A; 3GJQ B; 3P49 B; 1Y4Z B; 3MR5 A; 3M1V B; 3N6M A; 2FVP A; 4FVC A; 2KJW A; 3UCG A; 4DHV A; 3QRR A; 5HJX A; 2W2N P; 2OEL A; 4H4O A; 3CE8 A; 5AT1 B; 2HYI B; 3HHL D; 3K5M A; 4ID8 A; 2DGW A; 2R7U A; 1HWK A; 2V0N A; 1U0H B; 2AMC B; 4CO4 A; 2YNH B; 3D3B J; 4BLG A; 2BKO A; 1X4C A; 4NWB A; 2PII A; 4EBE A; 3I32 A; 2EFV A; 3MCS A; 3M8Z A; 4I4B A; 2ATC B; 1S7I A; 2HG4 A; 3K58 A; 4V19 J; 3JXO A; 2V4Q A; 2EG1 A; 5HMY A; 2IM0 A; 1C0U B; 1URR A; 3KLI B; 2W9B A; 4X4V A; 2DY9 A; 3T6B A; 2KB2 A; 3MMB B; 4B3R J; 4A47 A; 2ROG A; 1SJ3 P; 4CTA B; 4AD6 A; 5HQL A; 2XY7 A; 4C48 A; 3D6H B; 2CQ2 A; 2CQB A; 3P4U B; 3H2V E; 2H3E B; 1VQ8 S; 3OL8 A; 3UD3 P; 4OI0 A; 2QLW A; 5J2N A; 3MM8 A; 1SUQ B; 2B43 A; 2KU7 A; 1SQG A; 3PG9 A; 3VGU A; 1NLK L; 5HAN A; 1RJJ A; 2W2Q P; 5C2C A; 1RAE B; 4DX6 A; 3UDE A; 4KGZ B; 1BUX A; 5FII A; 4F04 B; 3LW5 C; 5KFB A; 5DJB A; 3ZZU A; 3DDK A; 5CD4 H; 3ONQ A; 3I5B A; 4C9D A; 2ILY A; 1G6B A; 3EX7 B; 1X4G A; 2DNL A; 2MKK A; 2R8J A; 5HAT A; 1RDR A; 4ED5 A; 2Y9H A; 3UNY A; 4QWC A; 2EC2 A; 2XQC A; 2BJ1 A; 1RWN B; 1B0V A; 2AX0 A; 2V8D A; 3ULH A; 5CCL A; 3DNC A; 5AE3 A; 4BWJ A; 1RWK B; 3U27 A; 1TKX A; 1KHW A; 1YRT A; 3D6T B; 4P73 A; 3TJ9 A; 1N32 F; 1BD6 A; 4MK7 A; 1LFW A; 2K8G A; 1MG7 A; 4QWA A; 4PQU B; 3DU5 A; 2J5A A; 3Q8R B; 4DR3 F; 1WHW A; 4Q5V A; 1EAR A; 4C3L A; 1Q0N A; 2GO9 A; 3D68 A; 2DCU B; 1VIX A; 3PW7 A; 2ZH9 A; 4LF9 J; 2JEI A; 1IBC B; 3MI7 X; 1N56 A; 4F36 A; 4Y34 A; 1N33 J; 3JTP A; 1UKU A; 1RAF B; 3CDW A; 2ZHB A; 4B9M A; 3UN2 A; 3PRV A; 4YP3 A; 4AFF A; 3MR7 A; 2QX0 A; 3MPW A; 3W65 A; 4OYA A; 4ZS6 A; 2MKS A; 1I3O B; 2XYP B; 3M6W A; 3QAE A; 5HMX A; 3KHR A; 1AA1 B; 4OI6 A; 1FCA A; 3CO0 P; 3PW0 A; 1NK9 A; 1Q8L A; 1DHM A; 1DTT A; 3D9B A; 4KY3 A; 2CUY A; 5A8K B; 4ECU A; 2KG0 A; 4WII A; 1VYA A; 3JYT B; 2WVE A; 4ES2 A; 2ACY A; 2UXD J; 4OYB A; 1BMQ B; 1CJT A; 3OJS A; 2OPS A; 5C24 A; 4PWD B; 4JI4 F; 1KFS A; 1S7H A; 1Y9O A; 2Q3P A; 4RW6 A; 2GVD B; 2AJQ A; 2OLW A; 5DQG A; 2LLZ A; 5AXM A; 3HUL A; 4JI5 J; 4KYZ A; 4CLS A; 4R0J A; 4DR5 J; 3D0I E; 1UVK A; 2R7V A; 2BX6 A; 2AZ3 A; 4ZVT B; 3LP1 A; 4OHW A; 1CEZ A; 3KJN B; 1F6T A; 4I1T A; 1EQM A; 1WHX A; 5HL7 Q; 1TL1 B; 4X65 J; 3VGV A; 3I5C A; 1BLU A; 3ZZP A; 4FF1 A; 2CQC A; 2PSZ A; 1YJT A; 2FIU A; 3KHG A; 2NUH A; 3SFG A; 5HVH A; 4XPC A; 1VBX A; 4YHH J; 3DLH A; 3BSA A; 2CPJ A; 2GHP A; 3T1Y J; 4DV4 J; 3EM1 A; 3WBZ A; 3J7Y U; 3FUY A; 1JLG A; 2QFJ A; 3KK2 A; 4IFV B; 4O4G A; 1Y3J A; 1RT1 A; 3QMQ A; 2E5L J; 1UFK A; 4WK1 A; 2BJD A; 2KT2 A; 2AJ4 A; 1GMW A; 2W7A A; 2Y8W A; 4LVN P; 2YKA A; 3BF4 A; 3HFK A; 1GTE A; 5IQQ A; 5IT4 A; 4B3O B; 4OYI A; 2FVQ A; 3MM5 A; 2ROE A; 2IFX A; 4X4P A; 1X9S A; 2AGQ A; 1IKX B; 2K06 A; 4ZVQ B; 1B4S A; 4E2F B; 3H5X A; 1NSQ A; 2E9Z A; 1CJV B; 2UUB J; 3BJY A; 1FK9 B; 1IWG A; 3C15 A; 4RU2 A; 3E3X A; 1FX4 A; 3FCH A; 3NG8 A; 1S1X B; 4P72 A; 3N4W A; 1NDP A; 3H25 A; 1FKP B; 2MLY A; 3ZZY A; 3DFE A; 2MTL A; 2V9W A; 3R5B A; 1R43 A; 4K0K J; 1FEH A; 3M8P A; 1H2T Z; 2WON B; 4G6V B; 3MF5 A; 3TA0 A; 1FDB A; 5MLC V; 1SB6 A; 1S49 A; 2NR0 A; 3DLG B; 4DUZ F; 5B7W A; 4GVB A; 3S6E A; 3PV8 A; 4LF7 F; 2L3M A; 5HP1 A; 1LV5 A; 3OQ2 A; 1U8W A; 1L3S A; 1MNE A; 4G3I A; 5T41 A; 2AYM A; 4WE1 A; 2EG2 A; 3KLG B; 4N8N A; 2HBR B; 2Z57 B; 2V50 A; 4TU8 A; 4TYB A; 2FD2 A; 1NAQ A; 1P27 B; 3NS6 A; 3QID A; 5GMK a; 2EXU A; 4J9R A; 3NGT A; 1XWL A; 4F25 A; 3SCI E; 4CLK A; 3I0S B; 3ETO A; 2DVI A; 3R3T A; 1G3O A; 3JQM A; 3I4H X; 3SQO P; 2KZZ A; 1E6Y B; 1JLA B; 1S1U A; 1QVG R; 4LBH A; 3PW2 A; 1AUD A; 1VQO S; 3KLE B; 4NMX A; 4B3R F; 3R7B B; 1WG5 A; 2WBM A; 2KRB A; 4LJM A; 4RZR A; 1RT7 B; 4F0H A; 2IJR A; 3LAL A; 1OY9 A; 1WC6 A; 5KT5 A; 4M5M A; 2XMA A; 5AE2 A; 1DBD A; 4LRA A; 4O0N A; 2R42 A; 3PM9 A; 4HL9 A; 3H4B A; 4ECV A; 4J9U E; 1N5Y A; 3WIU A; 5CAA A; 3TUZ C; 5I3U A; 3KK3 B; 3DRR A; 2DH9 A; 4F02 A; 4IRD A; 1OPZ A; 2YNI A; 2DPJ A; 2ZOM A; 3J80 Y; 3C3L A; 3X3U A; 2ZOF A; 2B7B B; 3H5S A; 4MKY A; 2KDO A; 2YX4 A; 4WWS A; 3T1A A; 4J9S A; 2BMB A; 3R8Y A; 2B4P A; 1FXL A; 4I56 A; 1WHV A; 4YOE A; 1LWE B; 4DSK A; 2KHD A; 3QIP A; 3PO4 A; 2HNZ A; 2AJ2 A; 4GRS A; 2ZE2 B; 4HH1 A; 2MKH A; 2FY8 A; 4BBY A; 2LFV A; 3OUY B; 1W2I A; 3BKU A; 4FNH A; 3SEO A; 3PKY A; 2N3L A; 1QAI A; 5C42 B; 2QLJ B; 2V5H G; 2KXN B; 1RI7 A; 4DQR A; 2VB6 A; 3IFE A; 2UVW A; 2UUC J; 2IVY A; 1U0H A; 4F2R A; 4LF9 F; 1KOH A; 3CMQ A; 4FS2 A; 2DIS A; 1M5S A; 3O2I A; 1NME B; 1UVI A; 3TQE A; 3EXY A; 4WJB A; 5D0H A; 3HKZ D; 5J2P B; 1GMV A; 1D0E A; 2B56 A; 2BRL A; 3NKY A; 2R9L A; 4FF4 A; 4CH7 A; 2XYG B; 4BHQ A; 2U2F A; 3KLI A; 3AD8 C; 2MPU A; 3H7H B; 2X51 A; 1RT2 A; 3DLB A; 2FC9 A; 4HDG A; 3KG1 A; 4RNN A; 4C4W A; 3BGF A; 4XK8 C; 1TV6 A; 3QO9 B; 1FNM A; 5LSR A; 3AOC A; 3O44 A; 3MR2 A; 3AY0 A; 4LRB A; 2HRT A; 2FLN A; 3KLV A; 1RWV B; 1XR6 A; 2C42 A; 3AAW B; 3DLL Q; 5HN0 A; 1NB2 A; 3IG1 B; 2L9W A; 3QFH A; 1DLO A; 2LQJ A; 2QA4 S; 2UXD F; 5JMN A; 5KG6 A; 4A46 A; 1K1S A; 2LKZ A; 4G1Q B; 2NXN A; 2VPX B; 3W9I A; 4OV1 A; 1BC6 A; 2KXH A; 3TUJ C; 5B08 A; 2E44 A; 4YQW A; 4JI5 F; 2JDJ A; 3TWZ A; 1MMN A; 4DR5 F; 2MY7 A; 1RWX B; 3NWR A; 4ZLL A; 3ZZT A; 2XY6 A; 2C3M A; 1KQF B; 2BJE A; 1BQN B; 2PFD A; 4RBV A; 4DUY J; 3IWX A; 3T9Z A; 5F8M A; 3DLJ A; 4X65 F; 3G6V A; 2JJ4 D; 4K4T A; 2VFU A; 1ZS6 A; 5C7P A; 3B4D A; 1SC3 B; 4XIU A; 3CC7 S; 3OL6 A; 1WAC A; 1UP1 A; 4YHH F; 2W4P A; 3IRX B; 3ZTQ A; 3T1Y F; 2AYG A; 4DV4 F; 3GJS B; 2MB0 B; 4TVA B; 3FC9 A; 2CFX A; 3OLA A; 2MZS A; 2E5L F; 3ISZ A; 4CO2 A; 2YKN A; 2HHH J; 2Z2L A; 4ZVE A; 2RIL A; 1LQ9 A; 2AJ0 A; 1MMD A; 4C8O A; 4GO5 X; 4USW A; 4HHH A; 3MUT P; 2YWK A; 2CNN B; 4TU7 A; 5M2R A; 2MEW A; 3LAN A; 1KRP A; 2G9O A; 1S99 A; 3DRS B; 2JFK A; 2UUB F; 3HSD A; 4D3G A; 4JV1 A; 3W1Y C; 4N8O A; 4DV6 J; 2PO4 A; 3PHT A; 4ILM A; 1WOP A; 4K5S A; 4IG0 A; 1OSC A; 5E33 A; 2W9A A; 4NLD A; 4M8L A; 4NI2 A; 4YEA A; 1YZ6 A; 2QMW A; 3EJM A; 4ZN1 A; 2OPP A; 5A8K A; 1QAJ A; 2AKW B; 2WBR A; 4ZCL A; 1RT5 A; 1X4A A; 1X5O A; 3HVW A; 1IR2 A; 3I9Z A; 2DHA A; 3EVO A; 2ADC A; 4DLG A; 4KR0 B; 3CCR S; 4PXB A; 4ZVU B; 4X4Q A; 4JI8 J; 5DDO C; 1RU1 A; 4LSL A; 2OUG A; 2HZV A; 2QLF B; 2UZA A; 1ZA2 B; 2RIJ A; 1HL6 A; 1GTH A; 2BW2 A; 2BA9 A; 3SCJ E; 2CJ9 A; 2E9T A; 5C5J A; 2CVE A; 3WX4 A; 1R0A B; 2A1B A; 3HHK A; 4WP9 A; 1NSK L; 1YZ7 A; 3H42 A; 1AW0 A; 2OSR A; 3CJ8 A; 4ECR A; 1NCL A; 1L3V A; 2IAJ A; 1NK4 A; 2RU9 A; 1I1G A; 2CPI A; 1WF2 A; 4EFA C; 4TQS A; 3HZG A; 1EP4 B; 3HHN B; 3DDI A; 3CB4 A; 3RW6 A; 1WOO A; 3MD1 A; 1OQ6 A; 2YWE A; 1UWA A; 4Q7A A; 2P6S A; 5KFN A; 2ZC3 A; 1JLE A; 4WFN Q; 1PIL A; 4RWX A; 1OYE A; 1G2E A; 2JLG A; 1FO1 A; 1L3K A; 2YX7 A; 1U25 A; 2JH3 A; 2QRR A; 1Y5I B; 2YQ1 A; 4OZL A; 2OGU A; 2MZ1 A; 4EBD A; 3QYY A; 3A8K A; 1ACM B; 2JL9 A; 3MEG A; 2HSE B; 4B17 A; 1BWE A; 4UQT A; 3UO0 A; 2BE2 B; 2ZNY A; 4DFJ A; 3DOM A; 3MOZ A; 1UEU A; 3UD4 P; 1WNE A; 4UOG A; 3BN7 A; 4J9K A; 2P9G A; 1P1T A; 5KG3 A; 2G1D A; 4QPX A; 1RTH B; 3ISN D; 2AGO A; 1QSS A; 2WON A; 1GX6 A; 2QGF B; 1C4C A; 4NX9 A; 1W26 A; 3DLG A; 4DPY A; 3RJM B; 2M5Y A; 5G0R B; 3OL9 A; 4QOT A; 1QSL A; 1IN0 A; 5HRO A; 2HQG A; 4YME A; 3H40 A; 1PKU A; 2LYV A; 4LVO P; 3C8Y A; 2H5J B; 2YWG A; 1U2R A; 2WB4 A; 1LK7 A; 1M5P C; 1KR4 A; 3HHD A; 5U47 A; 2G0J A; 1OS5 A; 2KVI A; 2BAB A; 3A3N B; 2CQ0 A; 2BZ2 A; 2CVI A; 4CT8 A; 2M2B A; 3WIV A; 2X3D A; 3JTN A; 5H9F K; 2DBB A; 1VQS A; 3PYG A; 2UUC F; 1WKJ A; 3BSN A; 4AQY J; 3I0S A; 1XNR J; 3C6T B; 2CIM A; 3KOA A; 1YJR A; 4RBU A; 1S6P B; 3I9V 9; 2CKW A; 1SIZ A; 4LRE A; 1JLA A; 1W2B R; 5E41 A; 2DGQ A; 4HTJ A; 1FEE A; 1C0T B; 4EI2 A; 1WHY A; 3DLE A; 1RIS A; 1QM9 A; 2F8H A; 2NUU G; 2KG1 A; 4LFB J; 4RPF A; 1RAB B; 2BV3 A; 3G8Q A; 2KZM A; 3DGV A; 3M2R B; 3HVR A; 4NPO A; 2BE9 B; 3RYL A; 5KFK A; 4K4W A; 3CW2 C; 2AIR B; 2YVS A; 4YUD A; 4Z7C A; 4EGL A; 3PEJ A; 1UPM B; 2HAI A; 4ICL B; 4DOZ A; 1FVS A; 1T02 A; 2PEB A; 1S77 D; 3PTW A; 4KKO A; 3TX8 A; 1Q1K A; 2DCL A; 3FCW A; 3OXG A; 3T19 A; 4F8R A; 4ED2 A; 4B9L A; 2ZZM A; 2QYC A; 2R3V A; 4OI4 A; 1QUV A; 3ENQ A; 3C14 A; 4X64 J; 1VQP S; 6FDR A; 1LWE A; 4DUY F; 3CCM S; 2HFS A; 2E7W A; 4CO3 A; 2CQH A; 1WG1 A; 1VDH A; 5D0R A; 2EPI A; 4P7T A; 3Q8U A; 4CRJ A; 1QUP A; 5DG8 A; 5A0Y A; 1B64 A; 2YWH A; 2LQB A; 4NLY A; 4NLV A; 1W7W A; 3V6J A; 2RUS A; 1M5H A; 4DCP B; 4PKD B; 3OJU A; 2FVC A; 3KJF B; 2WVF A; 1U6F A; 4IYQ A; 2RS8 A; 4F4A A; 4U7U K; 4PG8 A; 1YG0 A; 4LIW A; 4C7Q A; 4FDF A; 3PR5 B; 1KLN A; 2DB1 A; 1ZYQ A; 1XNQ J; 2HHH F; 4KT0 C; 3BSC A; 1T9Y A; 3MM7 B; 4PQA A; 4LFC J; 4LMZ A; 4PXC A; 4F0M A; 2CQI A; 3TZW A; 2H1Y A; 4NXM J; 1HWI A; 3Q8Y A; 5KFM A; 1BQM B; 2CJX B; 3NS7 B; 1PCA A; 4MYT A; 5J2P A; 2VH7 A; 3AQP A; 5DQH A; 3OTO J; 3W3S A; 5IWA J; 2K1R A; 1DQ8 A; 1R0B G; 3MHY A; 4P2M A; 3MFI A; 3BKF A; 4CO0 A; 2ZUA A; 2XSJ A; 5SUH A; 4P6Q A; 1R6V A; 1WOR A; 4CLT A; 4DV6 F; 5J1P A; 1U1R A; 1U1L A; 5KG4 A; 4G65 A; 4ZMM A; 5DLG A; 2BOA A; 3D66 A; 4RW4 A; 2Q66 A; 2X3G A; 3SV4 A; 2NSC A; 5D4P A; 3EGN A; 2JWN A; 4RL1 A; 2HFV A; 1EZZ B; 3Q8V A; 2XWY A; 5A6P A; 5LOQ A; 1JJH A; 4Y28 C; 1IBL J; 3MM6 A; 1TMJ A; 4I7F B; 1HNW F; 2VFV A; 1RAJ A; 1EET B; 3GTY X; 1OYD A; 3R27 A; 4JI8 F; 7FD1 A; 5BYQ A; 4P2F A; 2GJF A; 3GYX B; 3L7O A; 1R7I A; 2HBZ B; 3V6D B; 3DYA A; 1HKA A; 1QDU B; 4M5I A; 2IJF A; 2IIH A; 3D0H E; 3HXM A; 3MZI A; 1RWO B; 1X9M A; 2NRE A; 2XMT A; 2ZH4 A; 3CME S; 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