The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
103
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structure length |
103
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Chain Sequence |
ASGVDDDMACHKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Exploring the S4 and S1 Prime Subsite Specificities in Caspase-3 with Aza-Peptide Epoxide Inhibitors
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CASPASE-3 P17 SUBUNIT
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| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
18
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| structure length |
103
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| sequence length |
103
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2006-05-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1I51 B; 1SC1 B; 3GJQ B; 1RWP B; 1RWX B; 4LSZ B; 2P2C B; 2C2O B; 3IBF B; 2H4W B; 2QLB B; 2QL9 B; 3R6L B; 3EDQ B; 1QTN B; 2HBQ B; 2CDR B; 1QDU B; 2Y1L B; 3GJS B; 2C1E B; 1BMQ B; 1I3O B; 2CNO B; 3R5J B; 1IBC B; 1RHQ B; 2CJY B; 4DCP B; 2C2M B; 2CJX B; 4ZVS B; 3P45 B; 2CNL B; 2CNN B; 2DKO B; 2H4Y B; 3GJT B; 4JB8 B; 4ZVQ B; 3R7N B; 1SC4 B; 3R7B B; 1PYO B; 1F9E B; 2QL5 B; 1RWO B; 2XYG B; 3EDR B; 5IC4 B; 3D6H B; 2HBZ B; 1RWW B; 2H65 B; 2C2Z B; 3RJM B; 3KJQ B; 2H54 B; 1NME B; 2XZD B; 4ZVT B; 1RWN B; 4ZVO B; 2XYH B; 2XZT B; 1RE1 B; 2QL7 B; 4ZVU B; 2H5J B; 1RWV B; 1RHJ B; 2FQQ B; 1RHM B; 3SIP B; 2QLF B; 1GFW B; 1RHK B; 1RHR B; 3D6M B; 3P4U B; 2HBY B; 5K20 B; 1SC3 B; 2Y0B B; 3QNW B; 3R7S B; 4DCJ B; 4ZVP B; 3GJR B; 1RWM B; 5IC6 B; 3IBC B; 2H51 B; 1ICE B; 1RHU B; 3KJN B; 2HBR B; 2QLJ B; 2C2K B; 1PAU B; 2H48 B; 3KJF B; 2CNK B; 3D6F B; 3NS7 B; 4DCO B; 1RWK B; 2H5I B; 2XYP B; 3R6G B; 4ZVR B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2QEX S; 3PEH A; 4O0N A; 4D3H A; 1LWF B; 5AE2 A; 1Q5Y A; 3OR1 A; 2BOA A; 2UU9 F; 2ZIT A; 5LSR A; 3GWC A; 1LV5 A; 1IKY A; 3FSY A; 3SDE B; 4UY8 5; 3MEG A; 2M4M A; 2CQI A; 1NKE A; 4OI0 A; 1WUU A; 4HVZ A; 5T41 A; 5U47 A; 2Z2Z A; 1HWI A; 2EBG A; 4QWD A; 3IWX A; 2W2P P; 2LYV A; 5HBM A; 2VG7 A; 3DXB A; 4LBH A; 3GCX P; 6AT1 B; 2SXL A; 2AV5 A; 2DHG A; 1U1N A; 3BDE A; 3CCS S; 2DGX A; 2PD1 A; 1DLO B; 2HVH A; 1S1W B; 3TRG A; 3MMA B; 2F40 A; 2BX6 A; 2EFQ A; 2K7K A; 2RB7 A; 2HND B; 4LUB A; 3EWG A; 5HLF B; 4OHX A; 2E5H A; 2LQ5 A; 1SV5 B; 3A3O B; 1U24 A; 1EKR A; 3DU5 A; 4LRC A; 2RNE A; 1R8C A; 3S1T A; 2CJY B; 4WP8 A; 3OTO F; 5A8R A; 1U1O A; 4NWB A; 2RIL A; 3KNA A; 3PW5 A; 1IKW A; 2Y1R I; 1Q8K A; 1AFI A; 4DUY F; 2F63 A; 4A47 A; 2VQE J; 1HNI A; 3NMA A; 2I38 A; 3K58 A; 3RYL A; 4DQQ A; 4ZPB A; 3TEG A; 4DPT A; 2RSQ A; 1RHM B; 3SIP B; 1OY9 A; 2ZWO A; 1HLW A; 3U1M A; 4KV8 A; 4I64 A; 2CPH A; 1B3T A; 4GVB B; 4C11 A; 4W98 A; 1CJT B; 5C7P A; 3KJF B; 3K7R A; 4J37 A; 3PKY A; 4ICL B; 1UW4 A; 3S7R A; 1N34 F; 4OHZ A; 3M6V A; 3VVU A; 1PJ5 A; 3BS9 A; 1IM4 A; 4FZV A; 3IN5 A; 1RB0 A; 3LAM A; 2PDA A; 4DG1 A; 5DLG A; 2ADB A; 3V6D A; 3QMQ A; 3L95 X; 4G3I A; 3R5B A; 3QQC D; 1HQE B; 4ETZ A; 3TAM B; 2ZKT A; 3DLG B; 3FQL A; 3PG9 A; 3TVY A; 5E33 A; 2KM8 B; 2B51 A; 5KT2 A; 4L75 A; 3DRR B; 3EVW A; 1PKU A; 4B17 A; 1S6P A; 4ZVO B; 1QVF R; 4P72 A; 4QOT A; 1RHJ B; 3H59 A; 1FK9 A; 2YPZ A; 3UPF A; 3T9Z A; 4U7U K; 3KLH B; 2VL1 A; 3HZG A; 2I5J A; 4R25 A; 4CI0 B; 4ZN1 A; 5J1E A; 2FGO A; 3DDI A; 4DSK A; 4M5M A; 1HBM A; 4S0M A; 3H40 A; 3NS7 B; 4LF7 J; 4RLE A; 4NEY A; 2JFD A; 4H4M B; 2OTJ S; 2CQ0 A; 2N3L A; 4C98 A; 1TUG B; 4EO8 A; 3H90 A; 2BJ8 A; 4F0H A; 4W4M A; 3CJ2 A; 2QA1 A; 1YBA A; 2ZHA A; 4X2B A; 1Q95 G; 3J7A N; 5KFG A; 5D0H A; 1RWO B; 4DR3 J; 2P9E A; 2ROP A; 3W64 A; 4EFA C; 5B0G A; 1RT6 B; 3K5N A; 1EP4 B; 3M7V A; 1S0M A; 2XS5 A; 2XQC A; 1FT8 A; 5A8K B; 2PEB A; 3EJM A; 2R4F A; 4FXD A; 4UY8 T; 4PXE A; 2W4C A; 1F2H A; 1FRL A; 2KZM A; 1N8R T; 2HWH A; 1S6O A; 3HP6 A; 3VAG A; 2DY9 A; 2CJB A; 4USM A; 2K06 A; 3BGU A; 4MFB B; 2MZT A; 3DN9 A; 3PHT A; 3GIJ A; 3CPW R; 2NUH A; 4O4G B; 2F4V F; 2R2R A; 2P2C B; 1VOM A; 2V94 A; 2ZJQ Q; 4X4U A; 2E5J A; 2B4O A; 3HHK A; 4K0K F; 4ECU A; 4E0D A; 4LQ9 A; 3C16 B; 3TQE A; 3TVK A; 2CZV C; 4B3T J; 5I42 A; 3PFO A; 2Z8Q A; 3DGP B; 4X84 A; 3EZO A; 1U1K A; 2ZUA A; 4QCL A; 3GYN A; 1HWJ A; 2OD4 A; 1U1P A; 1NAQ A; 3UD3 P; 4GC7 A; 5IM0 A; 3MEK A; 3LPY A; 1SH3 A; 4F3Q A; 4Q5V A; 2V4J B; 2PO4 A; 2UUW A; 4QR0 A; 2RT3 A; 2M52 A; 3IRX A; 1HNZ F; 1U45 A; 4A8K A; 1YG0 A; 4PYD A; 1KHW A; 1HI8 A; 4YDD B; 4DX8 H; 2HHH F; 4Q0B B; 5MLC V; 2AP6 A; 3HSJ A; 2DD8 S; 2RML A; 5CAA A; 4A8F A; 2HFZ A; 5KFB A; 4UST A; 2V2V A; 2DGQ A; 2VBW A; 5B0D A; 1XNQ F; 1E6Y B; 5E5N A; 3OHA A; 1KC8 T; 1R8A A; 1S49 A; 1VIO A; 1X5O A; 4DZD A; 2ZKU A; 4RO0 A; 3FFI A; 2BE9 B; 1KTQ A; 1FDN A; 2XEX A; 4ETX A; 3BQ2 A; 3GIK A; 4LSN A; 4JBC A; 1G6B A; 1RT7 A; 3QRR A; 3JQK A; 2RIJ A; 4ZVG A; 1Q81 T; 1UEK A; 3C66 A; 4EUV A; 3I5C A; 2CVI A; 3GFY A; 1M1K T; 1L3K A; 3OD2 A; 1F3F A; 4PXC A; 1HR0 F; 3THP A; 4DV2 J; 2X51 A; 2ZD1 A; 3M32 A; 3ZZY A; 4J90 A; 1NDP A; 1OO0 B; 2AT1 B; 2J0S D; 5F8J A; 3M8R A; 4TU9 A; 4NLO A; 4A8Y A; 4LFA F; 4ZCL A; 4X4T A; 3ZTR A; 4DJB A; 4I6W A; 2LQJ A; 4Y2K A; 1N5T A; 2GHP A; 1XNR F; 1CPZ A; 3AXK A; 1N33 J; 2HHQ A; 4B3O A; 1QUP A; 4NEZ A; 2ZH6 A; 3ZC4 A; 3H5S A; 4ECV A; 4AL6 A; 1UL3 A; 3NCQ A; 2OEL A; 3Q83 A; 4OJG A; 1TR0 A; 4IRD A; 5CAB A; 4ID5 B; 3W62 A; 2W8L A; 2VG5 B; 3LQV A; 1LWE B; 2F65 A; 1XMQ F; 1KN6 A; 3MOJ B; 5IV3 A; 3A8E A; 4OX6 A; 1N0V C; 5IQQ A; 1QVG R; 1Q1K A; 4U6P A; 4B9M A; 2VFS A; 9ATC B; 2MZ1 A; 2DK2 A; 2IJR A; 1HBN B; 2HHU A; 1UKU A; 2FHJ A; 2VUG A; 5KG1 A; 2ZM6 J; 5AE1 A; 1NSK L; 2XMW A; 3IMQ J; 2HLT A; 2PFD A; 3H5Y A; 4KTQ A; 2WSC C; 2VBX A; 2K7J A; 1PAE X; 2QT7 A; 4ECQ A; 4R0E A; 4IOC Q; 2R7U A; 2CPD A; 3A8K A; 1NND A; 2CPI A; 5IT9 Y; 3C3L A; 2ZVS A; 1TUW A; 2IBK A; 3T1H F; 5RUB A; 2FVS A; 4ZS6 A; 2P9G A; 2UUB J; 1JLG A; 4LBP A; 3PW2 A; 1VQY A; 4Y2C A; 4FPR A; 2MLZ A; 1HQ2 A; 2CJX B; 1D9A A; 1EIY B; 2E7W A; 3O8W A; 1VK8 A; 3B4D A; 3OUY A; 3OL9 A; 2MST A; 3OLB A; 4LSL B; 5HQL A; 3ZTO A; 3BO4 A; 3P5T L; 1T9T A; 1VJW A; 3Q2S C; 4F4A A; 5ETL A; 4LJM A; 4M5J A; 1X9W A; 4H4K C; 3I0S B; 5AXM A; 3WX4 A; 1Q78 A; 2OEM A; 1JKH B; 5D0R A; 2F4F A; 3KG4 A; 2J6T A; 2M3D A; 2YWW A; 2F9J A; 3KUE A; 2VQE F; 1DJ0 A; 4YB6 A; 1EET A; 3HJF A; 3KWM A; 1SKS A; 2AX1 A; 3HVW A; 3WIV A; 2VFR A; 5CYQ A; 4ZIT A; 2RQC A; 1QD1 A; 1UFL A; 3WDO A; 4GO5 X; 3VGV A; 2KJW A; 3G96 A; 5L1I A; 2ZBQ A; 3EX7 B; 4J9S A; 2VFU A; 3BKU A; 2KRB A; 4WE1 A; 3OVB A; 5JVH Q; 2E5L F; 1HW9 A; 4ILL A; 1BY9 A; 1M1H A; 4YR2 A; 3HD2 A; 5L9X A; 3P3D A; 3OFG A; 1ZOT A; 2HEK A; 1I94 F; 4KO0 B; 4DUT A; 2AEJ A; 2FVP A; 3HK2 A; 1JLA A; 3VQT A; 4WFX A; 5HQM A; 3DXS X; 3GMG A; 4Y28 C; 3OTC A; 2DNR A; 1V5V A; 1ZM2 A; 4F0M A; 5IT0 A; 1ELO A; 1VQP S; 1XN9 A; 5HK4 A; 1N88 A; 1R3N A; 2XZD B; 2ZOM A; 2AWZ A; 4P73 A; 5KFK A; 2XSJ A; 4OI1 A; 2DXE A; 1X4C A; 1GTE A; 1B0P A; 3AA8 A; 4HYK A; 4UQG A; 3MXH P; 4WZQ A; 1LWF A; 3T19 A; 2N3O A; 4KRW A; 4L76 A; 1ZH5 A; 1IJE B; 1U49 A; 1U8S A; 3SDE A; 4RUH A; 1Y3J A; 4KQZ A; 1RTZ A; 4RW7 B; 2JVO A; 3I4H X; 3M8Z A; 4JV1 A; 4EZ9 A; 4TU8 A; 2RRB A; 3NGU A; 4FNI A; 2L3M A; 2CQB A; 3V4M A; 3EGZ A; 9RUB A; 1DUR A; 2HHX A; 1Y0H A; 3BRE A; 2UVV A; 3KUG A; 4TY9 A; 3D4J A; 1FEH A; 3HM9 A; 4CO0 A; 1TQL A; 1SJ4 P; 4JYA J; 1ZPV A; 1HQU B; 1DTQ B; 4QU7 A; 3PX0 A; 3GYX B; 4F36 A; 2FY1 A; 2DHA A; 2CJQ A; 5E3R A; 2A6M A; 4CLP A; 4DUZ F; 1B7Y B; 1PYO B; 3BGL A; 4P75 A; 4A46 A; 4I67 A; 4M94 A; 1LWX A; 1DLO A; 1RWW B; 1HBU B; 1SJF A; 1S1W A; 2DIV A; 3MMA A; 2YNI B; 5KFX A; 2V5H G; 1LQ9 A; 3W2W B; 2LXU A; 3ETO A; 3W63 A; 4DF4 A; 4WII A; 1NSP A; 2Y0S D; 3T1Y J; 1JLE B; 2CPE A; 5HLF A; 3QID A; 1LW0 B; 2YKM B; 2GO9 A; 1SV5 A; 2Y0B B; 3SFG A; 1TV6 B; 4NLG A; 5SUH A; 1LXN A; 4EO6 A; 5D8H B; 5KFQ A; 1SBR A; 4PWD B; 3LP0 B; 1VQ7 S; 1FWK A; 4Y2I A; 1RTJ B; 2VBZ A; 2X7I A; 1WD6 A; 1ZBT A; 1O5J A; 3FSX A; 1RT4 A; 1QTN B; 2UXB F; 3NGD A; 3QFH A; 2L9D A; 3QRP A; 2VU5 A; 2J7W A; 4EBC A; 1W7W A; 5DS7 A; 2DEJ A; 4OX8 A; 4PQA A; 3PY8 A; 3CMQ A; 4C8K A; 2FVQ A; 4ZVE A; 2HAF A; 4GVB A; 4XDC A; 4J9L A; 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4ZP8 A; 4M5L A; 4M5I A; 2FLO A; 4U8V A; 1RT6 A; 1EP4 A; 2F8H A; 1WAC A; 2IRY A; 3UWT A; 3AA9 A; 3US5 A; 1VQ6 S; 2PC6 A; 3SCI E; 1VQN S; 2FVR A; 3GV7 B; 2EBE A; 3WZ0 A; 3MWB A; 1NK0 A; 3EVM A; 4ER8 A; 3CD7 A; 3BBC A; 1VHI A; 2KH9 A; 4J9O A; 3M2U B; 4FS2 A; 3CJS A; 2NYI A; 4MFB A; 1FEE A; 2EK1 A; 2MKY A; 4GVL A; 1U6F A; 4NX9 A; 5FLX Y; 4CH1 A; 3BF4 A; 4YEA A; 1HAR A; 4CLW A; 2NXE A; 4ED6 A; 3MR2 A; 4BS2 A; 1GMV A; 4P10 A; 4B9L A; 2GVD B; 3CCQ S; 5KG4 A; 2ERR A; 4DR6 J; 1XR7 A; 5ETK A; 1UZD A; 4K5S A; 3DGP A; 2NXN A; 4OHV A; 1PYT A; 2A6O A; 3DOM B; 4CH7 A; 1IR2 A; 5DQI A; 2KKH A; 3K17 A; 1M0S A; 2YBV A; 4ZIV A; 2IPO B; 4WP9 A; 4RNF A; 1OS5 A; 2V4J A; 4P52 A; 3OBI A; 5KFW A; 4EYH B; 4M5K A; 3EPI A; 1VJQ A; 3CCZ A; 2HRT A; 3HHL D; 3KK1 B; 3ICL A; 1UP1 A; 3KG0 A; 1FTC A; 4Q0B A; 3LAL A; 1HD1 A; 2KT5 A; 1HHQ A; 3UDC A; 5A8W A; 2DXF A; 3P8B B; 4DL0 C; 4LR8 A; 1BQX A; 1Y5I B; 2XWX A; 2CPZ A; 1BC6 A; 3DCA A; 3DLL Q; 3KTQ A; 3EZU A; 5I3P A; 3F73 A; 1GFW B; 3PEJ A; 5AJ3 J; 2CJ9 A; 2IVF B; 2KYZ A; 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