The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
103
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structure length |
103
|
Chain Sequence |
ASGVDDDMACHKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Extended Substrate Recognition in Caspase-3 Revealed by High Resolution X-ray Structure Analysis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-3
|
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
19
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| structure length |
103
|
| sequence length |
103
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2006-04-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2XYG B; 2H5J B; 3GJS B; 1RWP B; 2C2M B; 4DCO B; 3GJR B; 3D6F B; 3QNW B; 1I3O B; 1GFW B; 2HBY B; 1RWV B; 1QDU B; 4ZVP B; 2CNK B; 2C2K B; 3D6H B; 1PYO B; 1SC3 B; 4ZVR B; 2C1E B; 2DKO B; 2XYH B; 5IC6 B; 1QTN B; 3R7S B; 3D6M B; 1RHU B; 2CJX B; 1SC1 B; 3RJM B; 2QLB B; 3IBC B; 4JB8 B; 2QL5 B; 3R5J B; 4ZVU B; 2Y1L B; 1I51 B; 2CNL B; 1F9E B; 3EDQ B; 2H5I B; 3KJN B; 1RWK B; 2HBZ B; 3P4U B; 3SIP B; 1RHJ B; 2QL7 B; 3R7B B; 3P45 B; 3KJQ B; 2QLF B; 2H65 B; 2H48 B; 1RHQ B; 1NME B; 1RHK B; 2FQQ B; 4ZVO B; 2C2O B; 4ZVQ B; 4ZVS B; 2CNO B; 2Y0B B; 2XYP B; 3R6L B; 2C2Z B; 3NS7 B; 1RHM B; 1RWN B; 2H4Y B; 3R6G B; 5IC4 B; 1RWX B; 5K20 B; 2H54 B; 2CDR B; 2HBQ B; 1IBC B; 2XZT B; 4DCJ B; 1PAU B; 1RWM B; 1SC4 B; 4ZVT B; 2H4W B; 1RWO B; 2QL9 B; 2CJY B; 3IBF B; 2P2C B; 4DCP B; 1RHR B; 2QLJ B; 3GJT B; 3EDR B; 2CNN B; 3GJQ B; 1RE1 B; 1RWW B; 2HBR B; 3R7N B; 3KJF B; 1BMQ B; 2H51 B; 2XZD B; 4LSZ B; 1ICE B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1RT3 B; 2E5G A; 2D41 A; 4JI2 J; 4HDG A; 1Q86 T; 4DLE A; 2I9S A; 1IR2 A; 4F3O A; 1OY8 A; 5E3A A; 4ELT A; 2XYH B; 3WIV A; 2KI2 A; 1O5J A; 2WK4 A; 3P6Y C; 2D7S A; 3KUE A; 1VRT A; 4CO3 A; 3EDQ B; 4DQP A; 4YDX A; 3K89 A; 3QT6 A; 2HHS A; 2ZZT A; 4ELU A; 4MYT A; 2J0X A; 3ADA C; 1T9V A; 3DXS X; 4ENO A; 4CDI A; 1JLE B; 2VOD A; 3RUB L; 4ERD A; 1JXL A; 3CD0 A; 3FK4 A; 3KLG B; 2NZ4 A; 4HDH A; 4Y3C A; 2Q3P A; 2CPY A; 1JWW A; 4K4U A; 2RNE A; 4XTT A; 1X4A A; 4NI2 B; 4DV5 F; 5KT2 A; 1N5Y A; 1VHI A; 3C46 A; 5AE2 A; 1C0U A; 3CT9 A; 2MEW A; 3JS9 A; 4J9O A; 4X4O A; 2CQC A; 2HRT A; 5B0A A; 4K0K J; 1SUQ B; 4C0H A; 5D15 A; 2XHW A; 2ZEJ A; 3OTC A; 1I5O B; 4LMZ A; 3GSD A; 4KBI A; 1JB0 C; 2A1B A; 4B3S F; 2GIQ A; 2AX0 A; 1WDD A; 1X4E A; 4JP8 A; 2UXC J; 2YNF B; 1K1S A; 3PRB A; 3BZQ A; 4QW8 A; 3IG1 A; 1U09 A; 3TJ8 A; 1RZM A; 5HMY A; 3HDS A; 3EUN A; 1UZH A; 3C8Y A; 2GC8 A; 2YX1 A; 4MIW A; 1OMS A; 4PYD A; 3G82 A; 2QLF B; 3VVU A; 3AY0 A; 2HHW A; 3BSA A; 1NME B; 2E9Z A; 5DZ6 A; 5ETT A; 2HNZ A; 4YME A; 1FES A; 3QSY B; 2PMH A; 4HI2 A; 2JLE A; 3DCA A; 2KZM A; 3GYN A; 2MQQ A; 4DR7 F; 4IOC Q; 1NKC A; 2K7K A; 4RBU A; 1F2G A; 4FVC A; 4L3K A; 4DX5 A; 1FX2 A; 2B4O A; 4W98 A; 5KFP A; 2VFU A; 2FLL A; 2CQB A; 3T19 A; 5J2P B; 2LEB A; 2LU1 A; 4RZR A; 3D1Q A; 1VQP S; 2K3K A; 1T02 A; 5KOX A; 1GT8 A; 3K5O A; 2QA2 A; 3MEE A; 4Y0F A; 3OUY A; 3T5L A; 4AD6 A; 2BVZ A; 3IC1 A; 1IKW B; 2AJ1 A; 4TQS A; 3CPW R; 3MEK A; 3FBC A; 3R1H A; 2QLB B; 1B70 B; 4NYO A; 2R7R A; 4MK9 A; 5LJ5 Y; 2QC3 A; 1PAE X; 2MQN A; 4F0K A; 2CJA A; 4WE1 B; 2HBZ B; 1BQX A; 3TAN A; 2BR0 A; 2BKP A; 4G1I A; 3D6T B; 3I32 A; 5HI7 A; 2IVF B; 2HFU A; 2K1R A; 1XR6 A; 1TMM A; 3I0R A; 1U26 A; 1BY9 A; 3K59 A; 4EGL A; 1HBN B; 3A8E A; 3QSI A; 4KGK A; 4J9S A; 4I6A A; 4MK7 A; 1YIT S; 3UPF A; 2RU3 A; 1KVJ A; 5KFQ A; 3KMQ A; 5KFD A; 2UUW A; 1HBU B; 2L9N A; 1VLY A; 1NLK L; 3DMJ B; 4RBV A; 3EVM A; 2HEK A; 4YP3 A; 3OQ2 A; 1NO8 A; 3LPY A; 3BQ1 A; 3T1H J; 3PYE A; 4JYA J; 2LFV A; 3H2V E; 1Q4R A; 5C2G A; 4YQW A; 4K4Y A; 3HUL A; 3D6F B; 5EUH A; 4EUV A; 1VCT A; 3Q2T C; 5ETQ A; 2PD1 A; 7FD1 A; 3BO3 A; 3MCM A; 3BBF A; 4UTG A; 3AB4 B; 4CLK A; 1SJF A; 2OEM A; 5L1J A; 3QRQ A; 2ZJQ Q; 1GMW D; 4O3R A; 3MM6 A; 2WBM A; 5J2N A; 5KFO A; 3N28 A; 3D3B J; 4DV0 J; 1LW0 B; 1S79 A; 5T14 A; 2F7V A; 3NGS A; 1LWC B; 4C8K A; 2MLX A; 2HFZ A; 3I4P A; 4HYK A; 2LQ9 A; 4R0E A; 2CNO B; 2J7U A; 2NS1 B; 3FMB A; 1MN9 A; 3CCE S; 2FHJ D; 2LQ8 A; 3M6W A; 4DQS A; 4AFF A; 4L6V 3; 2NQP A; 2HNY B; 2AYB A; 3QIP A; 3UR3 C; 1HPZ B; 5KFT A; 2ZKT A; 2EBG A; 4DEZ A; 2E5H A; 4C3L A; 4NAS A; 1TK0 A; 1MMD A; 2RRA A; 1FCA A; 5T41 A; 1JJC B; 4Z2X A; 4BCA A; 3WQP A; 5HBM B; 2ZOF A; 3PW7 A; 1XNQ J; 1VGY A; 5JVG Q; 1QAI A; 2YWE A; 4YB6 A; 1JJ4 A; 1F0X A; 2DD8 S; 3KXD A; 2I5J A; 4ZIV A; 1H3D A; 2LQB A; 2X1B A; 1RT2 A; 4OJ3 A; 3OL6 A; 4G3I A; 3QZ8 A; 3TUJ C; 3D3C J; 4LFC F; 1P6T A; 4PG5 A; 1WEZ A; 1Q1K A; 2BJD A; 1K1Q A; 4HT7 A; 4PYA A; 4M63 A; 4CO1 A; 1U4B A; 1HWU A; 2QRR A; 4NZ0 A; 4IRC A; 3QBC A; 4H4O A; 1UWB B; 1PCA A; 1RKI A; 4EFA C; 1WC1 A; 4JI4 F; 2QMU B; 3R6L B; 3NY0 A; 2LVW A; 2EEY A; 5C42 B; 1CC8 A; 2YKO A; 1TFY A; 2DXD A; 1QE1 A; 4AQY J; 4YEA A; 4JI7 F; 4DWI A; 4ZVF A; 1TK5 A; 1HNX F; 1TL7 B; 2BW7 A; 4Q45 A; 4V19 X; 1RAJ A; 4URQ U; 3CJ4 A; 4GC7 A; 1FKP A; 3G86 A; 4WZQ A; 3N5F A; 2Z0G A; 4O44 A; 3B4M A; 3G96 A; 3FC9 A; 4WXO A; 2OEL A; 1G6B A; 4I1T A; 3GV8 B; 3LP1 A; 5DM7 Q; 1S1U A; 3TRG A; 3DGP B; 5ETO A; 2KHD A; 3C2P A; 4JV5 J; 4FKY A; 2RDJ A; 3PNI A; 2BE7 D; 1HWI A; 2GJ2 A; 2R42 A; 4OV6 A; 3M32 A; 3PHT A; 4MKA A; 3VR1 A; 3T1Y F; 3TNV A; 3MM5 B; 1XMO F; 4PG4 A; 3NCP A; 4QIE A; 4C8Z A; 3TAQ A; 4DV1 J; 2FHO B; 3C3L A; 1YSJ A; 3DLK A; 1XR5 A; 9ATC B; 4DL3 A; 2YNI B; 1U0S A; 1VIS A; 2KZZ A; 1FXL A; 4RW9 A; 1RTZ A; 4WKR A; 4KV8 B; 5DDP C; 3BB5 A; 1FT8 A; 4DL5 A; 3RW6 A; 2YWW A; 2LQJ A; 4R25 A; 5JJB A; 4ZHR A; 3GWC A; 3GIL A; 2VON A; 3IAS 9; 3MED B; 3NGU A; 1XC9 A; 2BKO A; 1MSW D; 2O66 A; 2KXF A; 1RU2 A; 2ZJP Q; 1RKJ A; 2CPX A; 5KFK A; 3H5Y A; 4ECQ A; 4ED1 A; 1KRP A; 1JLA A; 2GGP B; 1XMQ J; 4DQI A; 4WTO B; 4UST A; 1RA6 A; 2R4F A; 4AL5 A; 1JLC A; 2F4V J; 1BUX A; 1M90 T; 2BXJ A; 1FJG J; 3HD1 A; 5KG5 A; 2IBK A; 1VQK S; 4MAK A; 4BS2 A; 4IQX A; 2ZWO A; 1LFP A; 4QR1 A; 2HRU A; 2V8D A; 1RT4 A; 1NBE B; 1K8A T; 1C0T B; 2BOA A; 1G4C A; 2HND A; 1RYS A; 2H5E A; 2HIY A; 2UUA F; 4KIA A; 3IA0 A; 3Q89 A; 4JUZ A; 4TU7 A; 2W2M P; 4JI8 J; 5F41 A; 3DKD A; 4MJK A; 4MMO A; 3KUH A; 3UQS A; 3R9L A; 4N5S A; 1KLM A; 2RS8 A; 1S6P B; 5CCL A; 1UJ6 A; 2EKN A; 1REV B; 3VAH A; 1VRU B; 3KK1 A; 3HHL B; 2VG6 B; 1NJY A; 1S76 D; 1FRM A; 1EQM A; 2DGT A; 3SZ2 A; 4F2S A; 4DX6 A; 4YN3 B; 2MYF A; 3KLI B; 1S77 D; 4LRA A; 4UOF A; 4CLY A; 1TEL A; 4MFB B; 1PJ5 A; 1NH7 A; 4HHU A; 4DG1 A; 3SBM A; 2XG8 A; 4J9Q A; 1OYE A; 3QRR A; 1S5Z A; 2LEA A; 5BYQ A; 3KDN A; 3TVY A; 2MQO A; 2IM1 A; 2D1C A; 4ZCL A; 3EM1 A; 2ZH7 A; 2XO6 A; 3LA0 A; 2AZ1 A; 3PW5 A; 5HQL A; 4DFK A; 3GB0 A; 4KGX B; 4FF3 A; 4G1P A; 2WRM A; 3M30 A; 1S48 A; 5HAN A; 4LFB F; 4WU2 A; 1JMT A; 4OJG A; 1EKR A; 1QAJ A; 3GFX A; 3CJS A; 3DRR B; 4YB5 A; 2FZC B; 3F56 A; 1AA1 B; 1ZH5 A; 3RAX A; 2CFX A; 4OI6 A; 1RJJ A; 4YY3 J; 2FVP A; 5GAE U; 4MIA A; 3MCO A; 3TA0 A; 1N6Q A; 2D3O 1; 4LF9 J; 2PGC A; 2B9E A; 3L3C A; 1T9X A; 1VJQ A; 2JEJ A; 5A8W B; 4CO4 A; 5B09 A; 5LJ3 Y; 2QX0 A; 4O3S A; 5A2Q U; 1RIS A; 4NLQ A; 4JI1 F; 1GFW B; 4KYZ A; 4LF2 A; 2ZM6 F; 1X4F A; 5GME A; 1BQM B; 4A48 A; 2RVJ A; 2QFJ A; 4WK3 A; 3UR0 A; 2V63 A; 3MR5 A; 2COL A; 4WYW A; 1Q5V A; 2WTF A; 3QWP A; 1UFL A; 2N7Y A; 1VQ8 S; 5F0W A; 3NGR A; 3P4U B; 2AU0 A; 2HVZ A; 3GIJ A; 2YKM B; 1IWA A; 3A4T A; 2AV5 A; 5F9N A; 5HRO A; 3H2U B; 3MAQ A; 1U48 A; 1Y3K A; 2KVQ E; 2VAS A; 4B9V A; 2D69 A; 2XHC A; 1RAA B; 2NPI A; 2JJ4 D; 2Q43 A; 4B02 A; 3M9O B; 4EMD A; 4NZ7 A; 2HWT A; 4FYY B; 2Y1R I; 1SIW B; 1SJR A; 3CJ3 A; 1NK9 A; 1J5O A; 1U1P A; 3HFK A; 3NOG A; 4ZN1 A; 2HVE A; 1N32 J; 2BQU A; 4IYQ A; 3FZB A; 5GMD A; 1N34 J; 5BXI A; 1FDB A; 2Z56 B; 2UXD F; 4FBT A; 2IYI A; 3M6X A; 3AB2 B; 4CO0 A; 5SZT A; 2MZS A; 1HNV B; 1FTC A; 3QJJ A; 3M6V A; 2MKY A; 5JUM A; 3OTO J; 2E5J A; 4I0W A; 1KDN A; 1FWL A; 3PYG A; 1V9O A; 3MCS A; 3UN5 A; 1A0O B; 3MMC B; 4KAI A; 2BE2 B; 2OIH A; 4M5D A; 5D0R A; 3POT B; 4NLX A; 5LSR A; 1ZPV A; 4ZVS B; 2GVZ A; 2GMH A; 3BSC A; 3NOC A; 5CXT A; 3OXF A; 4M5I A; 1FEH A; 1FF2 A; 3C16 B; 3PEH A; 3UN2 A; 4IRD A; 1TL3 B; 5HN0 A; 3M8R A; 5GAG U; 2ASL A; 2PEB A; 5J2M B; 4OFZ A; 1LW2 A; 1TV6 B; 1SJ1 A; 4WP9 A; 1RWW B; 4IH6 A; 3OR2 B; 1P1T A; 3IN5 A; 3DLE B; 1RLC L; 3W66 A; 4J9L A; 3DDI A; 3CJ2 A; 3V6H A; 2E1R A; 1T05 A; 3V6D B; 2LXF A; 4P72 A; 4CO2 A; 4M8L A; 5DJB A; 1RTI B; 2HFS A; 3H5X A; 5KFU A; 1FDN A; 2XCA A; 3LPE A; 2VFV A; 1D9F A; 3LWM A; 5HVH A; 4ANC A; 3TZX A; 2DH8 A; 4FNI A; 2DPJ A; 1U1M A; 1RTJ A; 4OYZ A; 1RT7 B; 3KG4 A; 2GJF A; 1BQN B; 3W2V B; 4ZP9 A; 1KN6 A; 1FTR A; 2QL7 B; 4ZCM A; 3UVJ B; 2XLJ A; 1IBK J; 2B8Q A; 2CPJ A; 3KLE B; 5T7L A; 1N5V A; 3FBB A; 3AQP A; 4K7Q A; 3OFH A; 4HKQ A; 4FYV B; 3CXC R; 3HP6 A; 4ZVQ B; 3OL8 A; 3RTV A; 3SFU A; 4F36 A; 5IFM A; 3NAI A; 4J9M A; 1OIA A; 3LTO A; 2E7X A; 4UZC A; 3WC2 A; 2V0N A; 4DCJ B; 4BWJ A; 2QGF B; 4KJI A; 4ZVT B; 4JI6 J; 4CLF A; 2ASJ A; 2Z2Z A; 3U27 A; 1SL2 A; 4WP3 A; 5B0E A; 1Q7Y T; 1D3W A; 4R5P B; 4H4K C; 3A13 A; 1X4C A; 4DI6 A; 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1BC6 A; 4UQG A; 3H4D A; 2E5L F; 3KLV A; 1HYS B; 4F26 A; 4J9P A; 4JI0 F; 3LAK A; 1CBK A; 3DM2 A; 2V8G A; 2DGX A; 2HK3 A; 3HD2 A; 5BYS A; 3EWG A; 2X3G A; 2L48 A; 1QUV A; 3AXK A; 4ED2 A; 5LM7 E; 1VQ6 S; 2QL9 B; 4HR2 A; 1R6V A; 1TK8 A; 4IG3 A; 3CJK A; 1ZA2 B; 1RB0 A; 3Q83 A; 1TKT B; 2OPR B; 3FFI A; 1PKU A; 2W4D A; 4PUO B; 4OZ0 A; 4PZV A; 2YNG A; 1Q5Y A; 5EGY A; 2ZZM A; 2BAN B; 1YTY A; 3JYT B; 2WOM A; 5DG7 A; 1H74 A; 4KRW A; 1VQO S; 3BR8 A; 1IBL F; 3W62 A; 2R8H A; 2B3T B; 4DPU A; 2KH9 A; 2E66 A; 3D2W A; 3PKM A; 3BJY A; 1PBA A; 2YWK A; 1CEZ A; 4IFV A; 4RW8 B; 4GC6 A; 2JRS A; 2XWX A; 1LXN A; 1HQE B; 2HZC A; 2EWH A; 4NCA A; 4OQJ A; 2WCX A; 1PC5 A; 1U47 A; 1S9G A; 3QLH B; 1HW9 A; 1JLG B; 2BUN A; 1C1C A; 3AD9 C; 1WOR A; 2JNJ A; 3D67 A; 4CQ1 A; 3P8B B; 3PXG a; 3DI6 B; 2DH7 A; 3PVX A; 2V2Q A; 1T9Y A; 2UP1 A; 2V50 A; 4KO0 B; 1VC0 A; 1H73 A; 2R7O A; 2GIF A; 1D9A A; 2Y1I A; 3QFH A; 1YJ7 A; 3TA1 A; 4DV5 J; 2QT7 A; 4LSZ B; 4U7U D; 5KT5 A; 1Y9O A; 3GFH A; 4RNO A; 3T9N A; 3TZY A; 4OI0 A; 2IDL A; 5ETP A; 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