The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
|
sequence length |
88
|
structure length |
88
|
Chain Sequence |
AIKKAHIEKDFIAFCSSTPDNVSWRHPTMGSVFIGRLIEHMQEYAASADVEEIFRKVRFSFEQPDGRAQMPTTERVTLTRAFYLFPGH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A common allosteric site and mechanism in caspases
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-1
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
13
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.36: Caspase-1. |
| pdb deposition date | 2006-01-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SC1 B; 1RWM B; 2QLJ B; 3D6H B; 3GJS B; 2XYG B; 1RWP B; 3R6G B; 2HBY B; 1PAU B; 4DCP B; 1RWV B; 4ZVR B; 3D6F B; 4ZVT B; 3GJT B; 3SIP B; 2C2O B; 2CNO B; 2HBQ B; 2CJY B; 3RJM B; 3KJN B; 4ZVU B; 1RWW B; 4ZVQ B; 2H4Y B; 1RWN B; 2CNK B; 1IBC B; 1RWO B; 3R7B B; 2XYH B; 1RHK B; 1NME B; 3R7S B; 1RHU B; 2QLF B; 4ZVP B; 4DCO B; 2CNL B; 2Y1L B; 1RWX B; 1SC4 B; 1BMQ B; 3P45 B; 1RWK B; 4DCJ B; 1RHR B; 2QL7 B; 3NS7 B; 3QNW B; 2DKO B; 2QL9 B; 4ZVO B; 2XZT B; 2CJX B; 5IC4 B; 1F9E B; 5IC6 B; 5K20 B; 2H48 B; 2HBR B; 3R7N B; 3EDQ B; 2C2Z B; 2C2M B; 2H4W B; 2H65 B; 2Y0B B; 3KJQ B; 2XYP B; 2H5J B; 2CNN B; 3GJR B; 3EDR B; 1ICE B; 3IBF B; 2QL5 B; 2HBZ B; 3KJF B; 3R5J B; 1QTN B; 1GFW B; 1RHM B; 1RHJ B; 3IBC B; 4ZVS B; 2H5I B; 1I3O B; 2C1E B; 2CDR B; 2XZD B; 3P4U B; 1RHQ B; 2H54 B; 2FQQ B; 2H51 B; 3R6L B; 1RE1 B; 4JB8 B; 4LSZ B; 1SC3 B; 3D6M B; 1I51 B; 1PYO B; 3GJQ B; 2QLB B; 2C2K B; 2P2C B; 1QDU B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DV3 F; 4FS2 A; 2OUG A; 1X4G A; 3OVS A; 4WPA A; 4NAS A; 4IDK A; 3MWB A; 1K9M T; 1PIE A; 3FNN A; 2DH9 A; 3CIM A; 1NUE A; 1YRX A; 1EP4 A; 2Y1J A; 1LW0 A; 1WHV A; 3TA2 A; 1M90 T; 4ELV A; 3B82 A; 3R7S B; 3BZQ A; 2DIT A; 3UCU P; 3AH6 A; 2DGV A; 3TUP A; 1SC4 B; 1UP1 A; 1HLW A; 3NCQ A; 1T02 A; 4OJ3 A; 1U1L A; 1YHQ S; 2RML A; 2RQK A; 3KG4 A; 3AA8 A; 3TUI C; 2GIQ A; 4X62 J; 2F9D A; 4F4X A; 2XMV A; 3NGT A; 4F3O A; 2W4C A; 1I94 F; 4DUT A; 4DXL A; 5KG4 A; 5JUM A; 4WF9 Q; 4GC6 A; 1URN A; 3EGZ A; 2JLG A; 4P74 A; 2I2Y A; 3MEC A; 3SI8 A; 4XK8 C; 3FFI B; 3NGS A; 3SQG A; 4DR7 F; 1VQ9 S; 1HPZ A; 1VRU B; 5HI7 A; 4ED1 A; 1TKZ B; 4RR5 A; 3QT7 A; 3BR8 A; 3DLG A; 2LFV A; 3VF0 B; 1DRZ A; 3TX0 A; 5F8H A; 3KYL A; 4LF8 F; 3G82 B; 4M5I A; 3VAH A; 3SQO P; 2YNF B; 4RW7 B; 4IH6 A; 2JNJ A; 4C4W A; 4NWB A; 3IWL A; 4K8R A; 2MJU A; 3IO1 A; 2IC3 A; 3MDF A; 2DTJ A; 3K7R A; 3DOK A; 4JI5 F; 2RH3 A; 5HMY A; 1M1H A; 4X4N A; 1RTH A; 3W64 A; 2UXD J; 1TL7 A; 1U0H B; 3QO9 A; 2CPF A; 3W2W A; 3K8V A; 4NLT A; 5E5N A; 1G4C A; 5K20 B; 1JX4 A; 4IO9 Q; 6AT1 B; 1NK9 A; 3CJ3 A; 2Y0B B; 1N33 F; 1RT1 B; 1JLG B; 2ZHB A; 3IR6 B; 2O66 A; 3T1H F; 1RAB B; 4NPO A; 2KVI A; 2XMM A; 2PA3 A; 1OSD A; 3UD5 A; 5AT1 B; 3PEJ A; 4P9S A; 4B08 A; 2L48 A; 2EVZ A; 1Q81 T; 3GIJ A; 4B02 A; 3W61 A; 2GQ2 A; 4NLY A; 3N9U C; 1VR6 A; 1OJ4 A; 2OMO A; 3N6L A; 1WHW A; 4DL2 A; 4YB7 A; 3SIP B; 2UVW A; 3JAM Y; 4WYL A; 3L09 A; 2RDJ A; 2E1A A; 2CAD A; 2LU2 A; 1YJV A; 3V6J A; 1XMO J; 1BLU A; 4DL0 C; 4IFY B; 1VIS A; 4N56 A; 2WK4 A; 1R8H A; 1S6Q B; 2ZEJ A; 4ECT A; 3C46 A; 3D9B A; 2I1R A; 1J2V A; 3PKM A; 3VAF A; 1DY3 A; 1CUL B; 4CQ1 A; 1IJF B; 1IKY B; 4DN0 A; 2RS8 A; 3MEG B; 2J9C A; 1U09 A; 2B43 A; 1S97 A; 3OSP A; 1HQE B; 3SFU A; 4ETX A; 1NAQ A; 1VRT A; 4M5L A; 2QLX A; 4DL5 A; 2BJE A; 1RHQ B; 2ZHO A; 2MKI A; 1AUD A; 4S0M A; 2HIQ A; 4CH7 A; 4ED5 A; 2NZC A; 1X60 A; 3NEK A; 4YR0 A; 1KBR A; 4EI2 A; 2V34 A; 3UDC A; 3N4W A; 1EAR A; 4F4A A; 1H3D A; 5GAE U; 3MMB A; 2VG6 B; 4CLL A; 2OSR A; 5J1N A; 2CNO B; 1H38 A; 2MST A; 2HIY A; 1E6V B; 2IRX A; 4ZN3 A; 4DFP A; 4CYU A; 1FRM A; 4DR2 F; 1ZA1 B; 2LLZ A; 2OPS A; 4LF9 F; 2GJ2 A; 4XDD A; 4DFJ A; 1R31 A; 4DPO A; 3H2V E; 3IBW A; 3EDQ B; 1NRK A; 2FLP A; 3KJQ B; 5HRO A; 2VFT A; 5LMN J; 3TUZ C; 1C1C B; 4NRU A; 2HFU A; 5F3Z A; 5L1L A; 1IR1 A; 2AHO B; 3CJK B; 1HFE L; 4DR4 F; 3MPY A; 2CJA A; 1XMQ F; 2BE2 A; 1UVL A; 2OGU A; 3ITH A; 5BR8 J; 2IAJ A; 1GMW A; 1KS2 A; 1F3F A; 2XZD B; 3ET6 A; 1REV A; 1NB7 A; 2EKY A; 3G87 A; 2AZ3 A; 4RJV A; 3GU0 A; 3VTI A; 3G86 A; 2ASY A; 4O4G B; 4C0H A; 4Y2C A; 1V3S A; 2EBE A; 3AJ1 A; 2ZC3 A; 3FRZ A; 2IM3 A; 2RRA A; 1E6Y B; 4PQA A; 4B9U A; 1SJ1 A; 5KFW A; 4AL6 A; 4FXD A; 3OXF A; 4OYW A; 3B4M A; 8AT1 B; 1FXD A; 2K7J A; 3R7B B; 1PG5 B; 5HSP A; 3TO8 A; 2Z0G A; 3POT A; 2V6A A; 4WTO B; 2N3L A; 1RAD B; 2XY6 A; 1U1R A; 1DHM A; 4IG0 B; 5IZH A; 3PW0 A; 3S01 A; 3NOG A; 1OIA A; 2I5J B; 3LP2 B; 3FZ2 A; 2XB2 D; 4BBY A; 3SXL A; 2EG1 A; 1S10 A; 4J9R A; 2C2M B; 1P1L A; 2VG5 B; 4NCG A; 4KHR A; 3I5B A; 4PPZ A; 1S99 A; 1NK4 A; 1JQG A; 3B8H A; 2M2B A; 3BBB A; 4IOB A; 1XJW B; 3CNQ P; 3ICL A; 1H7X A; 2CPD A; 2A6M A; 4B3O A; 2KG1 A; 2FUG 9; 4OQJ A; 1WEY A; 3D54 A; 5KFS A; 4O44 B; 1SCJ B; 2DYA A; 2KDO A; 2BX6 A; 3OPK A; 1RCX B; 4B3S F; 4OYP A; 3EYZ A; 4M95 A; 2DK2 A; 3TNV A; 5I3U B; 4IUF A; 3IN5 A; 1JLA A; 3G8Q A; 1YJN S; 2DR7 A; 3MZI A; 4HVZ A; 2N4C A; 4FKY A; 2F63 A; 2V2V A; 5I4M A; 1D09 B; 3NRB A; 3DRP B; 1TZ0 A; 2RIJ A; 4J37 A; 3H5S A; 2XNQ A; 3OHA A; 2XEX A; 4WU3 A; 3H98 A; 2CQC A; 4DV5 F; 2E44 A; 2XSF A; 2V8D A; 2ZBR A; 1WDT A; 2CZ4 A; 1IN0 A; 2WSE C; 5CQG A; 3DMJ B; 1CJU A; 2ZH3 A; 2HQI A; 1NZA A; 4DHV A; 2E5L J; 1J5O B; 1FES A; 1QVF R; 2ERR A; 2BQU A; 2PEH A; 4QYR A; 4NI2 B; 2W2O P; 2VOP A; 1FWK A; 5HBM A; 3GIK A; 1TEL A; 2V9K A; 1VK3 A; 1OSC A; 2HNY B; 2IM2 A; 2BW7 A; 2LDI A; 2CDR B; 4NZ7 A; 1S1X B; 1FTR A; 1F3V A; 1Q5V A; 1UVM A; 3GYG A; 4KO0 B; 1YGY A; 4NMX A; 1OMS A; 2AJ0 A; 4AD6 A; 1WDD A; 4QW8 A; 4NZ6 A; 2WOM B; 2BMB A; 2CPE A; 2HVD A; 1IR2 A; 1HBU B; 1S9E B; 2ZOM A; 1HNZ F; 3CDU A; 3AD8 C; 2GV1 A; 3HSJ A; 1JB0 C; 5GAG I; 4PKD B; 2C2O B; 2D74 B; 2MKJ A; 1RTD B; 2KM8 B; 2HVZ A; 2DY9 A; 4ZJL A; 3OVB A; 3AOA A; 4RW4 B; 5BYQ A; 5ITH A; 2V9W A; 3C16 B; 1FRX A; 4ZVG A; 3N01 A; 3C6U A; 1NXI A; 2DGU A; 2FZK B; 3KNG A; 2VQE F; 2K06 A; 5B0B A; 4ED7 A; 2BJ1 A; 3DGP A; 4ITS A; 2F3J A; 3IG1 B; 2RQ4 A; 3V4I B; 5LSR A; 4AL7 A; 1UL3 A; 3GIL A; 3CCV S; 4RKU C; 5E33 A; 1EKS A; 3J81 U; 4FBT A; 4ZCL A; 4PEO A; 1CC7 A; 1LW2 A; 5CD4 A; 3JQK A; 2B9Y A; 4I6W A; 1S6P B; 3CMA S; 4NLW A; 1DBD A; 2HSE B; 1TK0 A; 1HMV A; 2CJB A; 5J2P B; 5HMX A; 4RNN A; 4OJH A; 1U8S A; 3LW5 C; 2IA6 A; 3OD2 A; 5JVH Q; 1RTJ A; 1NSQ A; 1YKW A; 4IO1 A; 3CD5 A; 3FQL A; 4G65 A; 5ETR A; 2FY8 A; 2F4V J; 1IBK J; 2EEY A; 2OAU A; 1KQG B; 2YKP A; 3D1H A; 2CFX A; 2OFH X; 1G3O A; 4V19 X; 2BAN A; 4O0I A; 1WC6 A; 2HW3 A; 2VON A; 2CXE A; 1UMJ A; 3ONQ A; 5HAT A; 4RU9 A; 2MKY A; 1TU0 B; 3PX6 A; 3CD7 A; 4RNM A; 3F73 A; 4KGM A; 3LQV A; 5H9E K; 1NJI T; 4FNH A; 4CZC A; 3I87 A; 4N5S A; 2UP1 A; 2HBR B; 1N36 F; 3BPD A; 4DQR A; 1BWE A; 3WBZ A; 5J1P A; 1X9W A; 1BQM A; 3DI6 A; 3LGN A; 2V8P A; 3WQP A; 4WBF A; 1FER A; 1IBM F; 2BDP A; 3X3U A; 3R5G A; 3H59 A; 4ES2 A; 2HLT A; 2C1E B; 1FKO A; 4OYB A; 1H98 A; 3K5P A; 4LSL B; 4KT0 C; 4CH1 A; 3IM9 A; 4FYY B; 1AUS L; 5AJ3 F; 2FVP A; 1KQF B; 2FHJ D; 2XCA A; 4LSN B; 5KFN A; 3OL8 A; 2AP6 A; 1P9Y A; 3SZ2 A; 5KFE A; 2VFV A; 1FFS B; 3OXL A; 3CCQ S; 3CF5 Q; 1T7P A; 1W7W A; 2RU3 A; 3NL0 A; 3O6Q A; 3BKU A; 2VOD A; 2X1A A; 3T6J A; 3QJP A; 3EZU A; 2OD6 A; 3C8Y A; 5HLF B; 1TAU A; 3KLF B; 2AEF A; 2MHN A; 4JI3 F; 2XNR A; 3PW4 A; 4ZIV A; 4ATN A; 2NUU G; 5IM0 B; 3D1Q A; 1ZZN A; 3AHP A; 3H5Y A; 5T14 A; 2L08 A; 4CLZ A; 3RBD A; 1IUJ A; 1N32 J; 3J7A N; 3VAJ A; 3FFI A; 1T05 B; 4OV6 A; 2B4O A; 3S6E A; 1VRU A; 1K44 A; 5FLX Y; 1TKZ A; 4KY3 A; 4Q44 A; 1KD1 T; 2E9T A; 2A1B A; 3KLI B; 4UOG A; 3AB2 B; 4FVM A; 5H1S V; 3G82 A; 4NEZ A; 3P96 A; 3QRP A; 2YNF A; 4RW7 A; 4J9V A; 3T1Y F; 1FFW B; 4ID8 A; 3US5 A; 2W2N P; 3BO4 A; 2K3I A; 2JFK A; 2EFO A; 1JNR B; 2ROE A; 3GON A; 4USU A; 4OHV A; 3CO9 A; 1V6H A; 2XQC A; 4YQW A; 1O0P A; 3T9N A; 1GXT A; 3TI0 A; 3HHL C; 4YOE A; 1U0H A; 2ZH8 A; 5A2Q Y; 4F4Z A; 1N4L A; 2H4Y B; 2M8D B; 5D8H B; 1PC5 A; 3CME S; 1Y3J A; 3KDN A; 2V2Z A; 4PXC A; 1EAY C; 3ZTQ A; 1VBK A; 3QT5 A; 3CJ5 A; 4FDF A; 1RT1 A; 4JI4 J; 1VBX A; 3FSI A; 4M5G A; 1H0H B; 4KB7 A; 1LKZ A; 1ZPW X; 1QM9 A; 1QUV A; 2MQO A; 4TXS A; 9ATC B; 3ZZP A; 4I68 A; 4QBU A; 3WX4 A; 2J7K A; 1PIL A; 2MY8 A; 4QCL A; 5HMZ A; 5EWG A; 4H4O B; 5KT5 A; 3MMJ A; 3PAC A; 2EFQ A; 4PXD A; 1RA6 A; 4OZL A; 1N0U A; 4MKA A; 4F8R A; 1VI7 A; 5L8R C; 1T3O A; 2KJV A; 2DBB A; 4X62 F; 3RBX A; 1Q7Y T; 3ENA A; 3EVW A; 1VFJ A; 4ECW A; 4CP5 A; 5DLF A; 1ZPV A; 1FE0 A; 1R0A A; 1MLA A; 3C66 A; 1S6Q A; 3N0V A; 4MKV A; 3MM6 B; 4DBQ A; 4LR9 A; 4P2F A; 5DGB A; 3T41 A; 1CUL A; 1IKY A; 4TVA B; 4Q43 A; 2N7Y A; 2EKN A; 4G3I A; 3MEG A; 3WX8 A; 3EGV A; 1HQE A; 1U02 A; 2RRB A; 1UFL A; 2CWK A; 5G0R B; 5IQ6 A; 1I5O B; 2LKZ A; 2J6S A; 3O2I A; 1XER A; 1BHN A; 3X1L B; 2ZDO A; 2Z30 B; 3MAA B; 1CJV B; 3D0H E; 3H5U A; 3WIV A; 1JLF B; 1TUG B; 2FZG B; 1FJC A; 2NSC A; 1X4D A; 4K4X A; 1EHW A; 2UXD F; 1VQ6 S; 2YKN B; 1JXE A; 5LSO A; 2VG6 A; 3CJ0 A; 1VC0 A; 1T9Y A; 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2N4D A; 4HL9 A; 3BQ0 A; 5KG7 A; 1GMW D; 2YWK A; 1Q4R A; 2PSZ A; 4ZOS A; 4O44 A; 2QC3 A; 4KJI A; 3M8Q B; 4F2S A; 3LP1 B; 4ZLP A; 1F5B A; 3V2U C; 2RF2 B; 2CAJ A; 4IRK A; 2HHV A; 5I3U A; 1RHM B; 1X5T A; 4ZPD A; 2IBK A; 5ETL A; 3OFE A; 4P73 A; 1SV5 B; 2HVI A; 4JBC A; 3RGI A; 4E2F B; 4J9M A; 4A8S A; 3A13 A; 1U49 A; 3DRP A; 3W1Y C; 1IWG A; 2QLJ B; 5LMN F; 2BR0 A; 3SSS A; 3G6Y A; 1HL6 A; 5BR8 F; 2E1P A; 3HZG A; 4AE5 A; 2ZWO A; 4JYA J; 2HRY A; 3DMJ A; 2R7S A; 1LK5 A; 2W8L A; 3A8E A; 4WZM A; 2YQ3 A; 1J5O A; 2UUT A; 3RR7 A; 2UXC J; 4LQ9 A; 2QL7 B; 2CPY A; 2XGQ A; 1PAE X; 1KOH A; 1UW9 A; 1EQ0 A; 1HNV B; 1S1X A; 1NJZ A; 4AQY J; 3QGH A; 3LWL A; 2O3D A; 2Z8Q A; 1TUV A; 2XHW A; 2DNZ A; 4HH1 A; 3MR3 A; 3RAM A; 2WOM A; 1ZAW A; 1EJ7 L; 3HO1 A; 1S9E A; 4E8U A; 4NRT A; 3NAI A; 1RT5 B; 4JB8 B; 3N6N A; 5CA5 A; 3D0I E; 2IRU A; 2CKW A; 1RTD A; 2VPW B; 4O3P A; 4NLS A; 4A8F A; 8RUC A; 4RW4 A; 3AY0 A; 4FF3 A; 3C16 A; 1FRI A; 2R2U A; 2XYG B; 3R6G B; 1VS3 A; 1WOP A; 2GHP A; 1HR0 F; 3LP0 B; 2X3D A; 2HFO A; 2R7V A; 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