The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
AIKKAHIEKDFIAFCSSTPDNVSWRHPTMGSVFIGRLIEHMQEYAASADVEEIFRKVRFSFEQPDGRAQMPTTERVTLTRAFYLFPGH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A common allosteric site and mechanism in caspases
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-1
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| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
13
|
| structure length |
88
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| sequence length |
88
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.36: Caspase-1. |
| pdb deposition date | 2006-01-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2P2C B; 5K20 B; 1NME B; 1RHQ B; 2H4Y B; 2XYP B; 3KJN B; 2XZT B; 1PAU B; 1RWV B; 2CNK B; 1RWP B; 5IC4 B; 2H51 B; 1RWM B; 1RWX B; 2HBY B; 4ZVU B; 4ZVR B; 2CDR B; 3GJQ B; 2QL5 B; 3KJQ B; 4ZVT B; 1IBC B; 3EDQ B; 2H65 B; 1F9E B; 2C2K B; 2QLF B; 2H4W B; 3SIP B; 1I3O B; 1BMQ B; 3D6F B; 4DCO B; 3R5J B; 2XZD B; 3GJT B; 2CNL B; 2DKO B; 1QDU B; 2Y1L B; 2Y0B B; 3R6G B; 1RWN B; 3R7N B; 2C2Z B; 2HBZ B; 3QNW B; 3NS7 B; 2H48 B; 1RHJ B; 2XYH B; 3R7B B; 4JB8 B; 4DCP B; 2CNO B; 1QTN B; 2QLB B; 3EDR B; 3GJS B; 4DCJ B; 2H5J B; 1GFW B; 1RHR B; 1ICE B; 3GJR B; 2QL7 B; 2FQQ B; 3IBF B; 1RHM B; 1SC1 B; 3KJF B; 2H54 B; 2C2O B; 2CJY B; 4ZVP B; 4LSZ B; 1RWW B; 3P4U B; 3R6L B; 3D6H B; 1I51 B; 3R7S B; 2HBQ B; 4ZVQ B; 5IC6 B; 2XYG B; 1RWO B; 3P45 B; 1SC3 B; 2QLJ B; 2HBR B; 1SC4 B; 1RHK B; 1RWK B; 3IBC B; 1RHU B; 2CNN B; 2C1E B; 2H5I B; 2C2M B; 2QL9 B; 4ZVO B; 3RJM B; 3D6M B; 4ZVS B; 1RE1 B; 1PYO B; 2CJX B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2B8Q A; 2EI5 A; 3BBC A; 1MML A; 5IT4 A; 1G3O A; 1ZAX A; 4ICL A; 2CNK B; 2FD2 A; 3UI3 A; 2IDE A; 3C19 A; 3K59 A; 3FEZ A; 3ET6 B; 2FLL A; 2XWY A; 2OD4 A; 2ZBR A; 1X4D A; 3TW0 A; 3PIO Q; 4QYZ J; 1TKT B; 4Q43 A; 2DTJ A; 3CD6 S; 2C3Y A; 4MFB B; 2IFX A; 4FYW B; 4PQA A; 1HWJ A; 1JJC B; 5D0H A; 5HMX A; 4DLE A; 4JV5 F; 2Q6B A; 2HQD A; 1HLW A; 1U1P A; 3GJR B; 3F56 A; 2UUC J; 2EBE A; 4OHX A; 3NNA A; 1FDB A; 1Y3K A; 1RTZ A; 1BQX A; 1C0U A; 3W9H A; 4DUT A; 1CLF A; 1SC4 B; 5KFP A; 1M5O C; 3HMJ G; 4I2P B; 4UOH A; 5KFF A; 1R8C A; 3X3U A; 2BJ3 A; 1S49 A; 5IWA J; 1BQN A; 2DHH A; 1CEZ A; 4Y00 A; 1T05 B; 3V6D A; 2KZZ A; 2F4V J; 4A8Y A; 3CE8 A; 4UUW A; 4ED5 A; 3QAU A; 1S1V B; 4PWD B; 1KVJ A; 4DR2 F; 2BJ9 A; 2VDH A; 4UY8 5; 3CIZ A; 4JI3 F; 4OYI A; 4W4M A; 2W9C B; 1HD1 A; 3PRB A; 2F8E X; 1QDU B; 4ZCM A; 1S1X A; 4LF7 F; 3POT A; 2PFF B; 4TNO A; 1HI0 P; 4ED0 A; 2O01 C; 1PIE A; 4WE1 B; 3K89 A; 1UFK A; 4CZC A; 5L1I A; 2LYV A; 4CIO A; 3M05 A; 1SXL A; 4KO0 A; 1RTD A; 4NLS A; 1Z2L A; 1HNI B; 2ZZM A; 2V4J B; 4WCE Q; 4CH1 A; 5F0U A; 2Z57 B; 3HVT B; 2M4M A; 3CME S; 5B0F A; 2HVI A; 2XM3 A; 1KBR A; 3Q8Y A; 1ZS6 A; 2IJN A; 2BOA A; 2WW4 A; 4JUZ A; 2KT2 A; 2IRY A; 3MR2 A; 2CDQ A; 3GIL A; 3SYZ A; 4WBF A; 2DGO A; 4B08 A; 1TV6 B; 3CCS S; 3V6H A; 4Q7A A; 2M70 A; 1R0A A; 1LWE A; 2X7I A; 1B0P A; 2EBG A; 3UDL A; 2W24 A; 3M2V A; 1NK6 A; 5AJ3 J; 3GQC A; 3MPU B; 1WOR A; 3GTY X; 2IC3 B; 2DB1 A; 2XS7 A; 3JYT B; 3J80 U; 3HSZ A; 4TY8 B; 3R5B A; 1B7Y B; 4HLB A; 2ZH8 A; 4CM2 A; 5H9E J; 2NSC A; 1NHV A; 1BHN A; 2BM1 A; 3HZG A; 4FVC A; 3E01 A; 3OJS A; 4R0J A; 2OSR A; 2B3T B; 1SC1 B; 1S9G B; 2J7K A; 3R1L A; 3OHA A; 5DQG A; 4X4Q A; 4LIW A; 4DMZ A; 1YBT A; 3BSC A; 3AB2 B; 1R43 A; 2HS3 A; 4EYI B; 1H38 A; 2E9Z A; 3BJY A; 2DIT A; 3G6Y A; 1R7I A; 3JTP A; 4DX7 A; 3K5M A; 3WIU A; 1TVR B; 4ZVO B; 4CM0 A; 1NLK L; 2MGZ A; 5KFJ A; 1YX2 A; 4NEZ A; 4C8L A; 4O4G A; 4BBY A; 4DR3 J; 1TL1 B; 2QA1 A; 3KNG A; 3PFE A; 1T9Y A; 2H51 B; 1H6K X; 1YJW S; 2MJN A; 3IG1 B; 1FES A; 1FWP A; 3D9B A; 4EK2 A; 1TKX A; 2EC2 A; 1Y7P A; 1IKV B; 5B7W A; 3AA9 A; 2V2V A; 3C15 B; 2LLZ A; 1PJ5 A; 5KFX A; 4WP3 A; 1RLD A; 1U0S A; 3BKF A; 3QGH A; 2HZC A; 5M2R A; 1HBO B; 1PJ6 A; 4NLV A; 3L95 X; 3VR1 A; 4HT5 A; 4QR2 A; 2AWZ A; 4DSE A; 2IA6 A; 2N3O A; 3TZW A; 3DLL Q; 4YB6 A; 4P72 A; 2R2R A; 3CXC R; 2DXD A; 2KM8 C; 2GGP A; 2W4C A; 4A8M P; 3E2E A; 3I56 S; 2DEJ A; 3PJX A; 4PXD A; 3BGR B; 4OHY A; 2V34 A; 1HW8 A; 1S0M A; 3P45 B; 2HMI B; 2M8H A; 2ASY A; 4IFV B; 2VV5 A; 2NUU G; 4CO0 A; 4OHW A; 3JXO A; 2G4B A; 3RR7 A; 1RCO B; 1N33 J; 1T7P A; 5A6W A; 3GV5 B; 1VHF A; 1ZET A; 4N8O A; 3O6Q A; 1IKX A; 4GO5 X; 3SXL A; 1R27 B; 3NY0 A; 5HP1 B; 1IKW B; 1V5V A; 3TVZ A; 3N6N A; 2G2O A; 5A8W B; 2LCW A; 5J2M A; 3B6B A; 2JLE A; 4MMO A; 1LKZ A; 2ZOG A; 2HQF A; 1Q4R A; 2GCF A; 1U49 A; 4K0K J; 4CLT A; 4MIW A; 2GX8 A; 1HIY A; 4ZPW R; 2ZH1 A; 2C3O A; 4ED2 A; 3AB4 B; 4CI0 B; 2NLW A; 4CLK A; 1BE4 A; 1S97 A; 4XTT A; 2I5J B; 1S0N A; 1BLU A; 4KY3 A; 4A8K A; 1TK8 A; 1N8R T; 4J90 A; 4DS5 A; 2BYC A; 1CC8 A; 1NJW A; 1H72 C; 3A4T A; 4ED6 A; 7FDR A; 1X60 A; 1S6U A; 1T3N A; 1SI9 A; 3K2Y A; 1QVF R; 1P6T A; 5T14 A; 1FF2 A; 1SH3 A; 3KG1 A; 4NA3 A; 4ZN1 A; 4GKJ F; 2D69 A; 4DX6 A; 1Y11 A; 1URR A; 1U1L A; 4NLD A; 2C2E A; 4X66 J; 5IQQ A; 3NOC A; 4LF4 J; 1ZA2 B; 2VG5 A; 1XMQ J; 3NWR A; 4C3L A; 1HQE B; 2CJB A; 3V2U C; 2CQC A; 3UCG A; 4HHU A; 4ZCK A; 3IP0 A; 3FJ2 A; 4TQR A; 5HJY A; 2OPP B; 2JJ4 D; 3MPV A; 2V68 A; 4F2R A; 3H8Y A; 1ZAW A; 1JLB B; 1X4A A; 2RHS B; 1BGX T; 4NI2 B; 2A1B A; 3PW7 A; 1FFW B; 1S4F A; 5L1K A; 4ENO A; 1KD1 T; 4LMZ A; 5KG4 A; 2YQ1 A; 1DHM A; 2GVD A; 3H5U A; 3EDR B; 4GC6 A; 2HSE B; 3W62 A; 2KFY A; 3MM5 A; 4ZPV R; 4Q5V A; 4OJ1 A; 4QIW D; 5E0O A; 5K14 B; 1E6V B; 1WF0 A; 3I5A A; 4J9M A; 4R8U B; 1WAC A; 1EIY B; 1FFG B; 1U24 A; 1V9O A; 3I96 A; 3HPO A; 1P1L A; 5T7L B; 1FT8 A; 3SQG B; 3GFZ A; 1A9N B; 4CRJ A; 3EVM A; 4HEA 9; 5ETK A; 1UFW A; 1NJY A; 2UZA A; 2QZ8 A; 4PQU A; 4KIA A; 5C24 B; 3PR5 B; 3PYD A; 3SSS A; 3OFE A; 3D54 A; 4PG6 A; 2CXE A; 4ZVG A; 5LXY A; 2DR5 A; 4XDC A; 2U1A A; 3UO0 A; 1GXT A; 4NX9 A; 3V81 B; 3CDE A; 4ZDN A; 2KHC A; 1NDP A; 1S1T A; 4V19 X; 1REV A; 4USH A; 1HR0 J; 1FRH A; 3QNW B; 1LW0 A; 1F3F A; 3HF5 A; 2IMW P; 1AUD A; 1KTQ A; 2OO4 A; 5KG3 A; 5FJ4 A; 2FJW A; 1NPP A; 2VA2 A; 3AQP A; 4QOT A; 4JI6 F; 4G65 A; 3MFI A; 4ECR A; 4C0H A; 1RJJ A; 1QAI A; 5LM7 E; 4HHJ A; 4HH1 A; 4H4O A; 3PDN A; 2QSW A; 3QGG A; 5AXM A; 2FLN A; 1AW0 A; 1XMO J; 4PYD A; 1DZ5 A; 2CIM A; 1S1U A; 3E3X A; 2A18 A; 1KFS A; 2FZC B; 4ED7 A; 3HFZ B; 1MG7 A; 3G86 A; 1HQU B; 1F2H A; 1QE1 A; 3N01 A; 1OQ6 A; 3M30 A; 5B0G A; 4I6W A; 4DBQ A; 2K8G A; 3SSR A; 3PEJ A; 1R89 A; 2HK2 A; 3VAF A; 2X3D A; 2B6A A; 5KT7 A; 2W9A A; 5J2P A; 2IRX A; 3TJ8 A; 2NXE A; 4KYZ A; 2HHU A; 3W66 A; 2R7V A; 4YB7 A; 4MIA A; 1RZM A; 1RT1 B; 2VFS A; 3FRY A; 1S1W B; 3MR3 A; 1WHW A; 2ASL A; 3K5O A; 1RTJ B; 2FYX A; 2RDD A; 1ZTW A; 2ZM6 J; 2XHW A; 3QZ8 A; 1NK0 A; 3MMA A; 3RRG A; 2KFN A; 1FJG F; 4DI6 A; 5DG7 A; 2EPI A; 3IRX A; 4C0B A; 3MED B; 3FFI A; 1X4F A; 1MN7 A; 1DQ8 A; 1GNK A; 4B9N A; 3QT5 A; 1RP5 A; 3JB9 k; 2LEP A; 3WBZ A; 1K0V A; 4G1Q B; 3IBF B; 3LTO A; 2CPJ A; 1N0V C; 3IFE A; 5DDO C; 5EGY A; 4YHH F; 3T41 A; 2CPD A; 3PO4 A; 3A12 A; 4X84 A; 2E1P A; 4CO4 A; 1HBM B; 4M5G A; 1VQP S; 3A8J A; 1WOO A; 2CNN B; 2R7O A; 3H4D A; 2DD8 S; 3DGP B; 1JLC B; 2HHS A; 4M5J A; 1NCL A; 4TYB A; 5E7O B; 4KBI A; 4WYL A; 2XGQ A; 3KHR A; 4KH0 B; 4BC9 A; 4Q2L A; 1TMM A; 4KB7 A; 5DRK A; 3Q8R B; 3G82 A; 4C8O A; 1S79 A; 3R97 A; 2AYB A; 1VRU B; 2GHP A; 1OJ4 A; 2KRR A; 1IBL F; 1QM9 A; 2EC0 A; 2VA3 A; 4A8Q A; 4K2X A; 1IWA A; 5CAA A; 1QSS A; 4OI2 A; 2XB2 D; 1KHV A; 3PW5 A; 4RW8 B; 5FLX U; 2HS4 A; 2ZDP A; 2C28 A; 3K57 A; 2DGT A; 2WVE A; 5I4M A; 2CQ0 A; 2LMI A; 1BWE A; 4U8V A; 2ZWO A; 3S7R A; 2BJ8 A; 1WUU A; 4A4J A; 3VQS A; 2J0X A; 4O44 A; 2GAH C; 3T1Y F; 1SKR A; 1I94 J; 5KFL A; 4DR5 J; 2DR6 A; 1VLY A; 4LRF A; 4LF9 J; 1BUX A; 4OI1 A; 4ELU A; 4Y3C A; 1GK8 A; 3M6V A; 1UVJ A; 5HQL A; 2A6M A; 2VOP A; 3OHB A; 1JLE B; 2L9W A; 2D3O R; 2DNP A; 1IWG A; 1J5E J; 4OYA A; 3O44 A; 1K1Q A; 1YSJ A; 1GQE A; 1X5P A; 1S6Q B; 2HFZ A; 5H9F K; 1C4A A; 1LEO A; 2AX0 A; 1LOU A; 4HDG A; 5EN1 A; 3KK2 A; 2QC3 A; 2HNY B; 1DLO A; 2R7U A; 2XTJ P; 2YNH B; 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3R5C A; 3DLB A; 5D4O A; 2YKO A; 3P96 A; 3TVY A; 5EX0 A; 4M5D A; 4LR9 A; 3TUI C; 4A8F A; 3MAA A; 3Q86 A; 1MMN A; 1G6B A; 4OQJ A; 2PFD A; 2IY5 B; 3DOL B; 5GAG U; 3R5D A; 4XPE A; 1HMV A; 1NK8 A; 3LP0 A; 5D78 A; 3EVO A; 2H1Y A; 3N5F A; 4DFM A; 2MLX A; 2JC1 A; 3M8P B; 3LP2 A; 4BWM A; 2HBY B; 3CCU S; 1HYS A; 3ZO7 A; 1OPZ A; 2DR8 A; 3H2U B; 1X9M A; 1AZS A; 5DDQ C; 2K06 A; 4N76 A; 1KHW A; 3V5R A; 1G7C B; 1X5S A; 2BKO A; 1RTI A; 1CQN A; 5KG6 A; 3RAQ A; 4USV A; 3MEE A; 3VHQ A; 2WVF A; 3MM7 A; 1NEE A; 2FPH X; 1F0X A; 2E5I A; 4I7F A; 3JSM A; 1FDA A; 1S48 A; 2AP6 A; 1GH8 A; 1WEL A; 6AT1 B; 1NO8 A; 1JXL A; 3PIP Q; 1W2B R; 4RUC A; 1O6X A; 4LBH A; 1HI8 A; 3DRX A; 4U7U D; 3NNH A; 3SCK E; 3PTW A; 3DHW C; 2G2Z A; 4WFX A; 2E1R A; 4HT7 A; 1RT3 A; 3S6E A; 2B4O A; 2HGM A; 2YWF A; 5CA5 A; 3T3F A; 2WB1 D; 3DI6 B; 4K5S A; 4CDI A; 2MY7 A; 4YDX A; 4KFB B; 4L75 A; 2FHJ A; 2YQ3 A; 3I4H X; 4OYB A; 1MN9 A; 4QJV A; 4UY8 T; 4HTJ A; 2GMH A; 4LBI A; 4ILM A; 2CQB A; 4EBE A; 4A48 A; 2HWH A; 2YH1 A; 3IN5 A; 1NB2 A; 1TL5 A; 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