The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
IKKAHIEKDFIAFCSSTPDNVSWRHPTMGSVFIGRLIEHMQEYACSCDVEEIFRKVRFSFEQPDGRAQMPTTERVTLTRCFYLFPGH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
An allosteric circuit in caspase-1.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Caspase-1
|
| total genus |
16
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.36: Caspase-1. |
| pdb deposition date | 2006-05-25 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QLB B; 2H54 B; 1PYO B; 1RWM B; 3NS7 B; 4LSZ B; 1RWW B; 2XYP B; 3EDQ B; 3D6H B; 1SC4 B; 1QDU B; 4DCO B; 4DCP B; 1RHU B; 1RWO B; 2C2K B; 4ZVP B; 1RHK B; 4ZVQ B; 3KJF B; 1ICE B; 2QLF B; 2H5I B; 4ZVS B; 5IC6 B; 4ZVR B; 1IBC B; 1SC3 B; 2CJY B; 2QLJ B; 1I3O B; 4DCJ B; 1RHM B; 2H65 B; 2C2M B; 2P2C B; 3SIP B; 3QNW B; 2CNO B; 1PAU B; 4ZVU B; 2C2O B; 2CDR B; 1RWN B; 2H48 B; 3R6L B; 1NME B; 3GJS B; 2FQQ B; 2XYG B; 1QTN B; 2HBQ B; 2QL7 B; 2H4Y B; 2CNK B; 2XYH B; 4ZVT B; 2XZT B; 3KJN B; 3D6M B; 2H51 B; 2QL5 B; 3R5J B; 3R6G B; 3GJT B; 4ZVO B; 3R7N B; 1RWX B; 2CNL B; 1RWV B; 3P4U B; 3KJQ B; 3IBF B; 3EDR B; 5K20 B; 1RWK B; 2XZD B; 2Y1L B; 3R7S B; 2C1E B; 2Y0B B; 1RWP B; 3GJQ B; 2HBY B; 2HBZ B; 3IBC B; 1RE1 B; 1SC1 B; 1RHQ B; 2QL9 B; 4JB8 B; 2H5J B; 1RHJ B; 2HBR B; 2H4W B; 1GFW B; 3D6F B; 3GJR B; 2CNN B; 2C2Z B; 1BMQ B; 2CJX B; 3P45 B; 3RJM B; 3R7B B; 5IC4 B; 1RHR B; 1I51 B; 2DKO B; 1F9E B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RYL A; 3QGG A; 1WNE A; 2MQO A; 3BKU A; 4IFY A; 1ZTW A; 1AT1 B; 1NKB A; 5J2Q B; 4LF9 J; 2BQ3 A; 4LSN B; 2EKY A; 3BEG B; 1YRU A; 2CJY B; 2PII A; 1V5I B; 3D3C J; 3MHY A; 1JLC B; 1HWL A; 4A8M P; 1VRQ C; 1IBK J; 1Y4Z B; 1N0U A; 2E5J A; 2IMO A; 5A0Y B; 3K17 A; 2BXJ A; 3PEH A; 2BBE A; 1WD6 A; 2XHW A; 2XMT A; 3G6V A; 4ZKA A; 5HMZ A; 4ZK7 M; 3KUH A; 4N56 A; 3UE2 A; 1X5T A; 3KYL A; 1NXI A; 4JI4 F; 1XN9 A; 4RO0 A; 1JLB B; 2E1R A; 2YKO A; 3UR0 A; 3CW2 C; 2MGZ B; 3IWL A; 4DR6 F; 2W9C A; 2VPX B; 4C48 A; 2GML A; 1IR1 A; 2IMW P; 3MEC B; 2CQ0 A; 3Q83 A; 4WK3 A; 4DR2 J; 1TTH B; 2DR9 A; 1HI0 P; 5C2C A; 4I2Q A; 1RT4 B; 3W2W A; 2P9E A; 5E3P A; 1CEZ A; 4QPX A; 1RTZ A; 3CWJ A; 4FKY A; 2A18 A; 2WVB A; 2XMU A; 4CLW A; 3K7R A; 1NZ8 A; 2HHV A; 3VAM A; 4RNN A; 5U47 A; 2EI5 A; 1S6P A; 2RJZ A; 2QC3 A; 5HL7 Q; 2DIV A; 1U6F A; 2F65 A; 2KL8 A; 1PYT A; 3UDE A; 2EWH A; 1M1K T; 2ZBQ A; 2V0N A; 3EWG A; 4RL1 A; 1U2C A; 3K8W A; 2UV8 A; 3JTO A; 9RUB A; 3FZ2 A; 3SCI E; 4WIQ A; 4BC7 A; 1S1X B; 4UQG A; 5ETV A; 5H9F K; 4GKK F; 3CDU A; 1VRU A; 5EGY A; 5J2Q A; 3LF0 A; 5DZ6 A; 5LT5 A; 1P9Y A; 5JMN A; 1RAI B; 2YNG B; 1TEL A; 2AW0 A; 3GMG A; 1TK0 A; 1L5U A; 3MFH A; 4EYI B; 5LMN J; 3ULH A; 3J80 Y; 3B4M A; 1YI2 S; 3PDN A; 3UNG C; 4KAI A; 4LVO P; 1FRK A; 4PKD B; 3M7V A; 3LGM A; 2D3Z A; 1DTT B; 3C16 B; 3MUT P; 2OSR A; 3SQG B; 4DS5 A; 4KYZ A; 1JLB A; 1J2V A; 1JJH A; 1D09 B; 1LWE B; 3A8K A; 3QT8 A; 4RR5 A; 3QLH B; 4M5J A; 2PMW A; 5HMX A; 5HP1 A; 3HD1 A; 3GII A; 1LK7 A; 3TAR A; 2E9Z A; 3MEC A; 1G2E A; 2GNK A; 5D8H B; 1RTH B; 1NK0 A; 1T9U A; 3DXS X; 4KHM A; 2OTJ S; 5I3P A; 4Y2K A; 5KFZ A; 3OL9 A; 3VQS A; 1UA1 A; 3CJK B; 2FJA B; 3RZA A; 2QL5 B; 5A76 A; 4LBI A; 3JTN A; 1WUU A; 3B6B A; 3NCR A; 1RA6 A; 1D8Z A; 1BQM A; 3A8I A; 3T1Y F; 2M9K A; 3DOM B; 1VDH A; 4LF5 F; 3RRK A; 3T5J A; 4DR3 J; 3EYZ A; 3R2D J; 4RZR A; 3KLE A; 1CJK B; 4M8L A; 4CH0 S; 3W60 A; 2BZ2 A; 2LQB A; 4CNY A; 2AGQ A; 3TJA A; 1VQS A; 4K8R A; 3B54 A; 1PC4 A; 2MST A; 3VGT A; 3RBE A; 1KP6 A; 2QMU B; 4V19 X; 2GIF A; 1SKW A; 4PAA A; 4ZP7 A; 4LIR A; 3F0N A; 2W1B A; 2LKZ A; 4XK8 C; 1KD1 T; 4NLY A; 4NPO A; 1RT1 B; 4RNF A; 3OUY B; 3T3F A; 1S1V B; 4JV0 A; 4YB7 A; 3ISN D; 4PZV A; 3SQG A; 3G9C A; 4ZVH A; 1DTQ B; 2VIC A; 2HHX A; 2IDE A; 2DEI A; 4DX5 A; 1LWE A; 4Y3C A; 3G2X A; 2ACY A; 3QLH A; 3JSM B; 5HLF B; 1GTE A; 3AOD A; 3CE8 A; 1SC1 B; 5ETT A; 2W4C A; 1M5H A; 3KLI A; 2B9E A; 3CJ0 A; 2FJV A; 1JNR B; 2CPE A; 5KFY A; 3D28 A; 2IHR 1; 4JI3 F; 2VBZ A; 2CQH A; 1R3N A; 1JJC B; 3TA1 A; 3C14 B; 4ELU A; 3R2C J; 4X4T A; 2OI2 A; 1ZZN A; 1UEU A; 4Q5V A; 4ZN3 A; 3DLL Q; 2LDI A; 2V8G A; 3IO1 A; 2PEH A; 1WC1 A; 3QQC D; 2ZHA A; 2AGP A; 5JXS A; 4USM A; 3HHN B; 4K0K F; 1MU2 B; 4HH1 A; 4PYA A; 2OH2 A; 4RW4 B; 5J1E A; 2YBV A; 5F0W A; 3NAI A; 3K59 A; 1FKO B; 3M05 A; 3AQP A; 5FLX U; 3DRS B; 2CPZ A; 1Q16 B; 3M6V A; 4C98 A; 2Z2M A; 1N52 B; 3FBE A; 3ONQ A; 1VLO A; 2QA1 A; 1Q53 A; 2BJ9 A; 4I64 A; 2KFZ A; 1IBK F; 2BQU A; 2LDY A; 3TWZ A; 1TL3 A; 5IXU A; 3HUL A; 2CJB A; 4RW8 A; 3V4M A; 2C2N A; 2VUG A; 4OLP A; 3MM8 A; 4ECW A; 1RT1 A; 3EIC A; 1FDN A; 4YR0 A; 3V81 B; 3D6F B; 3I5B A; 4ED4 A; 3V4I B; 4JI8 J; 1NPP A; 4HAC A; 4ID5 B; 3Q8R B; 3AOC A; 1NH8 A; 1FTR A; 3E2E A; 5HLF A; 4ZS6 A; 3NGK A; 1OJ4 A; 4V19 J; 3OXL A; 2QLJ B; 1R8P A; 1SJ1 A; 4GVL A; 1RTD A; 5EWF A; 4RU9 A; 3PV8 A; 3HVT A; 5HVH A; 2KM8 B; 5CYQ A; 3HPO A; 1QTM A; 4BWJ A; 4ELT A; 1NO8 A; 1VK3 A; 1IJF B; 3EZ5 A; 1ZTT A; 3MR7 A; 5M2R A; 3CJQ A; 3HHL A; 4DG1 B; 4QBU A; 4DR5 J; 4FKX A; 2RB7 A; 2WCX A; 3IRX A; 4ED5 A; 3BF4 A; 4M5N A; 1HBN B; 2KU7 A; 4X4Q A; 2W24 A; 3QT5 A; 4P2X A; 4DR4 F; 3HVA A; 1CQM A; 1MU2 A; 4PWW A; 3BDE A; 4WU3 A; 2V67 A; 1UVI A; 2FGC A; 2OMO A; 3LQV A; 2PSZ A; 4ATN A; 3DRS A; 2CPJ A; 7FD1 A; 2LVW A; 4P7V A; 4HL9 A; 2K06 A; 1RXO B; 1TUV A; 2GCF A; 3ENA A; 3SI8 A; 4JI5 J; 1U8S A; 4ZJO A; 4TNO A; 2P9C A; 4YDD B; 5HI7 A; 2ZD1 B; 2L9D A; 2XSJ B; 9ATC B; 2MKK A; 3K58 A; 1K44 A; 3WIU A; 4QR2 A; 1FRJ A; 4HHJ A; 5FJ4 A; 1ICE B; 2Y1I A; 3ZZR A; 4OYW A; 2MKC A; 2E5I A; 3CDB A; 2G0C A; 1BE4 A; 2RHS B; 2W01 A; 1YKW A; 2GGP B; 3NXZ A; 2P5V A; 3O44 A; 1KDN A; 2FQQ B; 5B0F A; 5THW A; 2XC9 A; 2B4P A; 4K5R A; 1K1S A; 2W25 A; 2B5J B; 3HDS A; 2M5Y A; 4C6A A; 3OJU A; 2GIR A; 2ZBP A; 1TL7 B; 5C24 B; 1UWB B; 2QA4 S; 4TYB A; 2M0G B; 2XMJ A; 1LWX A; 1UJ5 A; 3BKT A; 1R89 A; 3RW7 A; 2LEA A; 1S0O A; 2XMW A; 3TAQ A; 3WHI A; 4RW6 B; 1YZ7 A; 1MG7 A; 3GWC A; 2D7S A; 1KLM A; 4LUB A; 2E29 A; 3DC2 A; 1HBN A; 1SH3 A; 2ZBR A; 4W90 B; 1OQ6 A; 2H9Z A; 2Z2Y B; 5GMD A; 3W66 A; 3CCV S; 2PGC A; 3LUY A; 4I0W A; 1EET B; 5K9F A; 2C2E A; 3GZ7 A; 4MKY A; 2VL1 A; 3SFU A; 3DGP A; 3VV2 B; 1KWM A; 5DM7 Q; 3D2W A; 3C6T B; 1NJZ A; 4KGZ B; 1HBM A; 4F25 A; 3KLV A; 2W2N P; 3OQ2 A; 5LXY A; 5DDR C; 4J9K A; 4ZPD A; 2EFQ A; 1RE1 B; 2GAH C; 2VC1 A; 2ZUA A; 2CQP A; 1KTV A; 1N6Q B; 2Q6B A; 4CLZ A; 1MWQ A; 4B3M F; 1MMN A; 2CPD A; 4L3N A; 2C3Y A; 3FKB A; 1U24 A; 3H8Y A; 2F9D A; 2UXD F; 2VIH A; 4QPT A; 2B9Y A; 4LR7 A; 1UWB A; 4DQS A; 4ZVG A; 4ED1 A; 2A2D A; 3OHA A; 1WJ9 A; 3W5Z A; 1S9F A; 2HVH A; 2DK2 A; 2XGQ A; 4HEA 9; 3ZZZ A; 4B9M A; 3J7Y U; 1IN0 A; 3QRP A; 4ERD A; 3PO5 A; 2ASJ A; 2KVI A; 2Z4P A; 3GE9 A; 2OEK A; 2ZH7 A; 1B0T A; 4CCH A; 1NM2 A; 2KG0 A; 1HNZ J; 3JQK A; 1PKU A; 4NAS A; 2OD6 A; 3ISZ A; 3MUM P; 4ZVO B; 3R1L A; 2NR0 A; 1K9M T; 2QYC A; 2ZH9 A; 4DS4 A; 3UFC X; 3R7S B; 1Y11 A; 3SV3 A; 3EVO A; 1SJ4 P; 1HIY A; 2DVI A; 3E51 A; 4DL5 A; 2FDN A; 1TVR A; 2CQ2 A; 4I2P B; 4P9S A; 1RT5 A; 1APS A; 2A1B A; 4HVZ A; 5ITH A; 3KK1 A; 2BJ3 A; 2M3D A; 1VQ7 S; 4UW2 A; 1GMV A; 1ZA1 B; 2XEX A; 4QQB A; 2MYF A; 1YJV A; 3I96 A; 3V6D B; 1YIT S; 1PYO B; 3PAC A; 1TFW A; 4Z37 A; 2DH9 A; 4RW7 B; 3OXG A; 5CYM B; 3M2U A; 4P71 A; 1TP7 A; 1S0N A; 1PBA A; 4USU A; 1FE4 A; 5B0C A; 2YNH B; 5EDW A; 3DU6 A; 1J27 A; 4X4V A; 2J6U A; 3G82 A; 2JFD A; 2DRB A; 3M30 A; 1FDD A; 1UJ6 A; 5HVG A; 3QMQ A; 1YX2 A; 4OI0 A; 3HSZ A; 8AT1 B; 4OV1 A; 2ACM A; 5DDQ C; 3CUL A; 5L8R C; 2Y9H A; 2IA6 A; 3QRQ A; 4OX7 A; 4P2M A; 1AFJ A; 2HZA A; 1ZAX A; 1W26 A; 3D54 A; 2V8D A; 2EKN A; 2X1A A; 1DLO B; 1HWK A; 2HFN A; 4H4M A; 2U2F A; 2I38 A; 3J7A N; 2YNF A; 5J2P A; 3QO9 B; 1UWA A; 3W64 A; 5BYS A; 3L09 A; 5CHC B; 4Y0F A; 4GO7 X; 2MQL A; 2IC3 B; 1MNE A; 5HK4 A; 1C1C A; 4IRC A; 1XEZ A; 4UY8 5; 2C2R A; 4DL7 A; 1NSQ A; 4DF8 A; 1XMO F; 4ZVQ B; 3CJ4 A; 2ZC3 A; 5KFH A; 3AA8 A; 5DG8 A; 1SC3 B; 2G13 A; 4TY9 A; 2CDQ A; 4I2P A; 3D67 A; 5D4O A; 2HWH A; 2W2P P; 4BC9 A; 3DLK B; 1N33 F; 1OY8 A; 3UN5 A; 3V2U C; 3NGS A; 3MR3 A; 4NXM F; 4AQY F; 1VQM S; 4DUZ F; 1VGY A; 1D3W A; 1HBO A; 2AEM A; 2PA3 A; 3Q86 A; 1N48 A; 4RW7 A; 2VBW A; 5CYM A; 4JI6 J; 2XY6 A; 2WSC C; 4QR0 A; 1SJ3 P; 1HNX F; 1WTF A; 2LP4 A; 1OYD A; 3GIR A; 4CLP A; 3SCJ E; 3LPY A; 4OX6 A; 4X84 A; 3CDA A; 2Q1L A; 2EC2 A; 3M2R B; 3VGU A; 2X3D A; 1LW0 B; 2DXF A; 5A6W A; 5KG3 A; 5HMW A; 3LAL A; 4QZV B; 2DR6 A; 3NCQ A; 5GMK a; 3DU5 A; 4CTA A; 4RU2 A; 3FBB A; 2ZZM A; 2WK4 A; 3EGV A; 4DCP B; 3K5N A; 1L3V A; 4Y28 C; 3NL0 A; 2A0F B; 3MUR P; 3OTO J; 5HAN A; 2CWK A; 3C2P A; 4EI2 A; 3QO9 A; 1SVD A; 2R4F A; 1HQE B; 3W8P A; 2F4V J; 2YVS A; 5I3U A; 2AKW B; 4DDF A; 2FYX A; 2B8Q A; 2IC3 A; 3QAT A; 4ZMM A; 1UVM A; 4K7Q A; 4F0K A; 4L72 B; 5L46 A; 2FLO A; 2J0W A; 3W9J A; 1WSR A; 2UXB F; 2MZR A; 4F2S A; 4CO1 A; 4OLO A; 2VG7 A; 4OZN A; 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2IYI A; 4TY8 A; 4EZ6 A; 4F26 A; 2EG2 A; 1AXQ A; 1W25 A; 5EX3 A; 4K2X A; 4DFP A; 1FKA F; 1KQF B; 4NZ7 A; 5F8N A; 3HCX A; 4F3M A; 4X66 J; 1K47 A; 1C1B A; 1U7L A; 1F9H A; 3L3C A; 2DGO A; 1EQ0 A; 3HFZ B; 2MKJ A; 1LEO A; 1UEV A; 2YWF A; 5A2Q Y; 2Q66 A; 1WEY A; 2AZ3 A; 2HGL A; 4EFA C; 1NJW A; 4R25 A; 1OWX A; 3RG6 A; 5D6G A; 1GXT A; 5IT9 U; 4OIX A; 5D0H A; 3IAS 9; 2IAJ A; 4X4N A; 3KKF A; 4WP3 A; 2EFV A; 3CC4 S; 2KXN B; 4DL0 C; 3US5 A; 1ZM3 A; 3MFI A; 2CAD A; 2R2R A; 3KG0 A; 2R8K A; 3GIK A; 3K2Y A; 4WP8 A; 2JVO A; 1NAQ A; 1FFW B; 3P49 B; 2OPR B; 5J2M B; 5DS7 A; 2HHU A; 4EEY A; 2MKS A; 4CP5 A; 3VVU A; 4B3R J; 1VIX A; 4A8Y A; 3H25 A; 1U1K A; 2RDI A; 2B7B B; 3X1L B; 2CDR B; 1RAC B; 2VH7 A; 3VQT A; 3W65 A; 4QIG A; 4HT7 A; 2BA9 A; 2V34 A; 1O8B A; 2D41 A; 4KGK A; 3HP6 A; 4M5H A; 1IM6 A; 2WOM B; 1MRO B; 3BZQ A; 1NHU A; 4WF9 Q; 1HPZ B; 3TI0 A; 3SEO A; 3GQC A; 1YBU A; 2CPH A; 2VQE F; 3IWN C; 1CJU B; 2JFK A; 1FE0 A; 3MM6 A; 5MAO A; 4LR8 A; 1R6Y A; 1MSW D; 4C11 B; 3MI7 X; 2VD3 A; 4WFB Q; 4I7F B; 1XNQ F; 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