The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
AIKKAHIEKDFIAFCSSTPDNVSWRHPTMGSVFIGRLIEHMQEYACSCDVEEIFRKVRFSFEQPDGRAQMPTTERVTLTRCFYLFPGH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Common Allosteric Site and Mechanism in Caspases
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-1
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| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
15
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| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.36: Caspase-1. |
| pdb deposition date | 2006-06-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QLJ B; 3R7B B; 3KJF B; 2H5J B; 2H5I B; 4ZVQ B; 1F9E B; 3IBF B; 2QLF B; 1RWO B; 2C1E B; 2C2K B; 2H54 B; 2H65 B; 1QTN B; 1RWM B; 3D6H B; 2HBR B; 2XYP B; 2QL9 B; 2Y0B B; 1RWW B; 1RHR B; 2Y1L B; 3R7N B; 2HBZ B; 1I3O B; 1BMQ B; 3EDR B; 2H48 B; 3GJT B; 1NME B; 2CNL B; 4JB8 B; 3RJM B; 1RHU B; 3IBC B; 4ZVR B; 5IC6 B; 2DKO B; 1PAU B; 2C2Z B; 2QL5 B; 2HBQ B; 2XYH B; 2XZT B; 3D6F B; 3R6G B; 1ICE B; 1RHK B; 1RWP B; 5IC4 B; 3GJQ B; 1RWV B; 4DCO B; 2CNO B; 1QDU B; 4DCJ B; 3SIP B; 4ZVT B; 1I51 B; 5K20 B; 2QLB B; 3P45 B; 4ZVO B; 1SC1 B; 1RWN B; 3QNW B; 3KJN B; 2QL7 B; 2CNK B; 4LSZ B; 3NS7 B; 3KJQ B; 1RE1 B; 1RHQ B; 1SC3 B; 2CDR B; 2CJX B; 2XZD B; 1RHM B; 2P2C B; 2C2M B; 1GFW B; 2XYG B; 1IBC B; 3GJR B; 3P4U B; 3D6M B; 2CNN B; 1RHJ B; 1RWX B; 2C2O B; 2HBY B; 1RWK B; 2CJY B; 2H4Y B; 3R6L B; 2H4W B; 4DCP B; 3GJS B; 3EDQ B; 1PYO B; 2H51 B; 1SC4 B; 3R5J B; 4ZVU B; 3R7S B; 2FQQ B; 4ZVP B; 4ZVS B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1S6Q A; 3DDI A; 3EXC X; 2BBE A; 1XNR F; 3KYL A; 4H4M B; 4QJV A; 2J76 E; 4GO7 X; 5F8H A; 5FDL B; 5LMN J; 1QY7 A; 4WFX A; 3MGJ A; 1Y5N B; 2DNZ A; 4FYY B; 3AOD A; 4PWD A; 2ROP A; 3C6U B; 4LF6 J; 3E01 B; 2BM1 A; 3W7B A; 3M9N B; 1I3O B; 1XK8 A; 4C11 A; 2MSS A; 4LVO P; 4HL9 A; 3LP1 A; 4NXM J; 4PWU A; 1P27 B; 3MFI A; 5ETP A; 4U8V A; 1S57 A; 2B51 A; 3HXM A; 2LA4 A; 2OEM A; 1VLY A; 4NXN J; 2C42 A; 2CQP A; 1S72 S; 3CMA S; 3GG1 A; 4KAI A; 3KLH A; 2WW8 A; 4F2R A; 1VIO A; 3AXK A; 4F0H A; 1VOM A; 4OX8 A; 3PW7 A; 2B4V A; 3E2E A; 1F3V A; 1M5P C; 3TUI C; 2UUC J; 4JI7 J; 4OYA A; 4DI6 A; 4LT6 A; 3QZ7 A; 4IOC Q; 2VAS A; 4RW7 A; 1ZAW A; 4CO3 A; 2AHO B; 4DR5 J; 3TEH B; 3NOC A; 4OHZ A; 3SCL E; 4PEO A; 2FD2 A; 2XMK A; 3FQK A; 5I3U A; 2DHG A; 4ZLL A; 3HHL B; 3L9Z A; 3FVY A; 2IJN A; 2HRU A; 1UJ6 A; 4M5H A; 4WZQ A; 4X4T A; 1CPZ A; 3UCZ P; 3C8Y A; 5DQG A; 3WHI A; 1NH7 A; 3T19 A; 4JV5 F; 5A2Q Y; 1A7G E; 5HAT A; 5L39 A; 1SVD A; 3DLK B; 2LQJ A; 4ZP7 A; 1H2V Z; 2AIR B; 1VC0 A; 5MAO A; 3JSM A; 4DV5 J; 2ZIT A; 5CYJ A; 4LQ9 A; 2VG7 B; 4RUC A; 3ZTR A; 2K7K A; 1LW0 B; 4XIU A; 1WC3 A; 2BJ1 A; 4RJV A; 4O3R A; 2L9W A; 2DNN A; 3LH2 S; 3ZTQ A; 4A8F A; 3OTO J; 4DPX A; 2VV5 A; 2ZHB A; 3PAC A; 3PM9 A; 5HMX A; 2J0X A; 2VON A; 1N5Y B; 1E6V A; 2YKO A; 1SV5 A; 5KFI A; 3TOQ A; 4MTP A; 4ECZ A; 1X9W A; 1BE4 A; 4U9R A; 2FUG 9; 3QIP B; 1U09 A; 3N6M A; 5CZV A; 2ASJ A; 5I42 A; 3BSA A; 4WKY A; 1N0U A; 3CCE S; 2D74 B; 5JMN A; 1QAY A; 4CTA B; 4LRF A; 1WKK A; 4WE1 A; 5HQ8 A; 1UZD A; 3J7Z T; 1BMQ B; 5B0D A; 2Z2Y B; 2CNL B; 5AE1 A; 2H9Z A; 2J8S A; 1LWF A; 5SZT A; 3J7Z 5; 4MIA A; 3T3F A; 2PA8 D; 3TA2 A; 4HVZ A; 3ZZU A; 4IR9 A; 2CXE A; 2EG1 A; 2VA2 A; 2ZH6 A; 1YJT A; 1NJI T; 4F26 A; 4EBE A; 2XGP A; 2CQG A; 1HWL A; 3RB4 A; 4LSN B; 2QFI A; 4J9P A; 3P6Y C; 1YIT S; 1DLO A; 2XCP A; 3IGV A; 1CS4 B; 2C2O B; 3N4W A; 3K2Y A; 4HH1 A; 3DGV A; 2NRE A; 2AT1 B; 2RQM A; 3R5J B; 4NX9 A; 4NCA A; 1V3R A; 3PHE A; 3BDP A; 2RB7 A; 5U47 A; 3SI8 A; 1ZYQ A; 2RIL A; 2CQI A; 4C48 A; 2UUB F; 1W25 A; 5GAH U; 2F4F A; 2RRA A; 4QOT A; 1FVS A; 1VRT A; 2RHS B; 5L8R C; 2DIV A; 2ZC3 A; 4OHY A; 1SJ1 A; 3NGD A; 3I31 A; 1MWZ A; 1VBY A; 3N79 A; 2GIR A; 4KFB A; 5HLF A; 2KM8 C; 4TY8 A; 3GFY A; 2E5L F; 4OYI A; 4LF9 F; 4M5J A; 4NYO A; 5K20 B; 5ETO A; 3C3L A; 4DHV A; 1SUQ B; 2I8E A; 3OL7 A; 3GG0 A; 2XMJ A; 3DYA B; 1GMU A; 3NXZ A; 1EHW A; 2R7V A; 3Q89 A; 4QWC A; 2NLW A; 2UUA J; 2HBY B; 1NDL A; 5ETK A; 1JJH A; 1S48 A; 6AT1 B; 4ITS A; 3R6L B; 5HAO A; 4QIF A; 5J2N A; 4I69 A; 3B82 A; 2H5E A; 1MRO B; 1U1O A; 3C6T B; 3W5Z A; 1FKA F; 1TKT B; 3NNA A; 1U1N A; 4V19 J; 4P72 A; 3JSB A; 3IBF B; 1F1B B; 4CLP A; 4DZ6 A; 3IP0 A; 4ZOS A; 4J9M A; 2CDQ A; 3M2V B; 1Y3K A; 3W5X A; 4AQY F; 1H98 A; 3DC2 A; 4FPR A; 4ZVG A; 2HQG A; 3D6T B; 3QFH A; 2EFG A; 4K7Q A; 5C2C A; 5HRO A; 1XJW B; 2W8K A; 2RUG A; 1RAH B; 5IV4 A; 2X1B A; 1AFJ A; 2AX1 A; 1NJX A; 5D4N A; 2W9A A; 1HFE L; 2CWX A; 4NYZ A; 5THW A; 4IFY B; 2OPQ A; 3G87 A; 4DLG A; 3A13 A; 2YH0 A; 3ET6 B; 4ED0 A; 4OZ5 A; 4AL7 A; 2HFZ A; 4HYK A; 1XMO J; 3QJP A; 4NCG A; 2J7W A; 2YNH A; 1RAE B; 4ANC A; 2AF6 A; 3Q22 A; 1XMQ F; 1VIS A; 5KFK A; 3T9N A; 3CCL S; 7FDR A; 2HMI B; 3T1A A; 2IVY A; 2N82 B; 1O5J A; 4A47 A; 2BKN A; 4U7U K; 1UJ4 A; 2RJZ A; 1EX8 A; 3VVT A; 2ABY A; 4R8U A; 1RJJ A; 4DMZ A; 2RRB A; 2PI5 A; 1ZM2 A; 5F41 A; 2BE2 A; 2XYP B; 1XWL A; 3MF5 A; 2NUH A; 1R0B G; 3I5A A; 2EFO A; 3TVK A; 1X5P A; 3I87 A; 1S59 A; 1S76 D; 2KVQ E; 4ZKA A; 3QQC D; 1HNX J; 4ZJQ A; 1ZOT A; 1AYE A; 1PAU B; 4LJM A; 4LBH A; 4LF1 A; 2VB6 A; 3WIU A; 2FJW A; 2C3M A; 1YJV A; 5MLC V; 4LF5 J; 1WWH A; 3Q8Y A; 3WZ0 A; 4RX6 A; 2GVD A; 4B9N A; 3UDL A; 3OUY B; 2VFR A; 1YBT A; 3MWB A; 2KH9 A; 1ACM B; 4R25 A; 1TL1 A; 3QJL A; 3NOG A; 5KAK A; 2LKZ A; 3W8P A; 1UVK A; 1FX2 A; 4X64 F; 3ITH B; 1L3K A; 4B3M F; 3UE2 A; 1XQI A; 3A3N B; 2LU2 A; 3CD5 A; 3AOB A; 1TQL A; 3LP0 A; 1T11 A; 3MR3 A; 1NSK L; 3JTP A; 1GQE A; 2JVR A; 4P75 A; 2G4B A; 4ZVU B; 2G0C A; 5E3Q A; 2MTL A; 5DZ7 A; 2H5J B; 3RR8 A; 4WFZ A; 1GMW A; 2GS8 A; 3POT A; 5KFQ A; 4A8W A; 2C2K B; 3D4J A; 2RQC A; 1CQN A; 1CJT A; 2B9Y A; 2GW8 A; 4M5L A; 2KJW A; 1KQG B; 2DNR A; 2G13 A; 4M5K A; 1R43 A; 1Z1Z A; 3QRP A; 5KT7 A; 3DGP A; 4Z7C A; 2NYH A; 4X62 F; 3BGR A; 3ZZR A; 1ZTW A; 2ZNY A; 4W90 B; 2RQK A; 2Q3P A; 2DHX A; 3MOZ A; 4R0E A; 5GAD I; 4DPW A; 2X51 A; 3LOU A; 4DQP A; 3IG1 B; 2ZBP A; 2Y1R I; 3HFZ B; 4RLE A; 4K4S A; 5H9F K; 4ECQ A; 1F5B A; 2WON A; 4KKO A; 3I32 A; 3T5L A; 5DM6 Q; 2OHD A; 3H8Y A; 1REV A; 2DGQ A; 4JI8 J; 3VAK A; 2W1B A; 3FBF A; 3CJ8 A; 2DGO A; 1VQK S; 2W4D A; 1B99 A; 2E1R A; 1W2I A; 1LV5 A; 3WX4 A; 2ZKT A; 1FO1 A; 4IRD A; 3KKF A; 2AZ3 A; 1VYA A; 3MEE A; 2N3O A; 1RAO A; 1WG1 A; 5A8W A; 5KTQ A; 3PIP Q; 2ZD1 A; 3T41 A; 4YB5 A; 2QEX S; 1OWX A; 2RHQ B; 4RBT A; 1BLU A; 2DPJ A; 3FFI A; 1RT3 B; 3EDR B; 1NO8 A; 4UY8 5; 1S1W A; 4N76 A; 1P9Y A; 3MD1 A; 3IBC B; 2DHA A; 3PRV A; 3CJK B; 2BRK A; 3M8Y A; 3IM9 A; 1NU4 A; 2MKS A; 3BO2 A; 1QDU B; 4ZVT B; 1N36 J; 4YHH F; 3FNN A; 4DR7 F; 2LYV A; 2RU9 A; 4D3G A; 2JRS A; 3O5T B; 2YKM A; 4MIB A; 1R31 A; 4QBU A; 1X5T A; 1GH8 A; 2XLI A; 3THP A; 2KRR A; 5IWA F; 3GFZ A; 3HVT B; 1S1X A; 3DRX A; 2IMW P; 4OJH A; 4WFN Q; 5M2P A; 2J9C A; 3R7S B; 4N7T A; 2A1B A; 2F4V J; 2IRY A; 4C7Q A; 5J1E A; 1VIX A; 4DL2 A; 2OEJ A; 3RAM A; 2A0F B; 2AGO A; 4NA2 A; 5ETM A; 1JLA B; 4OYW A; 1HNZ F; 1DTQ A; 1WHY A; 1AUD A; 1KHV A; 2DXD A; 3D0H E; 1QLN A; 3KMS A; 2WVF A; 3V6K A; 3K5M A; 2RH3 A; 5HI7 A; 2JSX A; 3F44 A; 2X3D A; 3OFG A; 1SQE A; 3G82 B; 5T7L A; 2PD1 A; 1S6Q B; 2C2E A; 3CJQ A; 3V5R A; 4F4W A; 3W2W A; 3CE8 A; 1S49 A; 3UN2 A; 1G6B A; 3DNC A; 1DBD A; 3GLJ A; 1NPR A; 4PWD B; 1IR2 A; 1XNQ F; 1X4G A; 1VQY A; 4C11 B; 4UQG A; 3LP1 B; 3QO9 A; 3HZE A; 2XZW A; 2PE8 A; 3ZNU A; 1L3V A; 5SUH A; 2H4W B; 1X9M A; 4K8R A; 4KYZ A; 5GAE I; 1VI7 A; 4TQS A; 1L5U A; 3IN5 A; 2LA6 A; 2I1R A; 2QMW A; 1KDN A; 1FFG B; 4L74 A; 4Q2M A; 4I6A A; 2XY6 A; 4LFA J; 2RAQ A; 3KLH B; 5LL6 d; 1LEO A; 1IN0 A; 2JZ5 A; 4ZVF A; 3VAM A; 1NAQ A; 3HHK A; 1UA0 A; 3UNG C; 1YTY A; 4RW7 B; 3OR2 A; 1PIL A; 1XNR J; 1UEK A; 1WTF A; 1JMT A; 2HVH A; 2XB2 D; 2M88 A; 1H74 A; 5KFY A; 2XZT B; 1YRX A; 2HVD A; 2ZBC A; 2QSF A; 2B3T B; 1KNZ A; 1VDH A; 2R2U A; 5I3U B; 2D3U A; 3K7R A; 1Y0H A; 3Q8S B; 4I4B A; 4NZ0 A; 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3EGW B; 4Y6I A; 2XY5 A; 2Z2M A; 4XPC A; 1QSY A; 3PG9 A; 1N32 F; 1S97 A; 2HS4 A; 5B09 A; 4X66 F; 4PXC A; 3Q2S C; 1DLO B; 2PFD A; 1K8A T; 4PUO A; 1WHX A; 4X4Q A; 1WF0 A; 1I6J A; 4NL5 A; 2N7C A; 4QYZ K; 4YDX A; 4A48 A; 3RJM B; 2B9W A; 1AUS L; 2HGM A; 3TQ1 A; 2HAI A; 2KO1 A; 3RB6 A; 4C98 A; 1DQA A; 1PJ7 A; 4CQ1 A; 1FWK A; 1JLE A; 4O44 A; 2GZO A; 3J81 j; 2QE5 A; 1AZS A; 1O51 A; 3J7A N; 2K2P A; 3TUP A; 3H2L A; 3IRW P; 2XWY A; 2R7T A; 1VRT B; 4JP8 A; 5K8M A; 2KT3 A; 2LLZ A; 4OLP A; 2JHE A; 4I7F A; 3JAM U; 3HJF A; 1HNV A; 3G86 A; 2V50 A; 4KFB B; 2DEJ A; 5HO4 A; 5HLF B; 1HPZ A; 4TY8 B; 2HHX A; 2ZOF A; 2GML A; 2HGN A; 2MZT A; 1P8G A; 3HSG A; 2CQH A; 3D1O A; 4P2X A; 3CB4 A; 1FT8 A; 3OTD A; 1Y00 A; 1K9M T; 1YZ7 A; 4HH0 A; 1T9V A; 3LAK A; 1WSR A; 1QSL A; 5LT5 A; 2FB0 A; 5B0F A; 2R7S A; 4CLF A; 1T9Y A; 2ASL A; 1M5S A; 4O4R A; 3R7N B; 2UUB J; 1FRM A; 3PV8 A; 3BV8 A; 3D1Q A; 1BY9 A; 1TMJ A; 2HZC A; 5J2N B; 3OT9 A; 1S4E A; 3R6G B; 3EGZ A; 2IRX A; 4USW A; 3M6U A; 2GMH A; 1U6B A; 2E7X A; 2J5A A; 5E0O A; 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