The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
IKKAHIEKDFIAFCSSTPDNVSWRHPTMGSVFIGRLIEHMQEYACSCDVEEIFRKVRFSFEQPDGRAQMPTTARVTLTRCFYLFPGH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
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| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
A Common Allosteric Site and Mechanism in Caspases
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-1
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| total genus |
15
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| structure length |
87
|
| sequence length |
87
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.36: Caspase-1. |
| pdb deposition date | 2006-06-14 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SC4 B; 3IBC B; 3GJT B; 3KJQ B; 4ZVT B; 1RHM B; 2C2K B; 2H51 B; 3QNW B; 2CNO B; 2XZD B; 4ZVU B; 3SIP B; 1I51 B; 1RHR B; 1RWO B; 2XZT B; 2H5I B; 3D6M B; 2CNN B; 3RJM B; 4DCJ B; 2QLB B; 2DKO B; 3NS7 B; 2XYP B; 3EDR B; 2CNK B; 1RHQ B; 3KJN B; 1QTN B; 3GJR B; 2C2M B; 1BMQ B; 1RWP B; 4LSZ B; 4ZVR B; 2XYH B; 2C2O B; 2H4W B; 1RWX B; 1RWK B; 2HBQ B; 4DCO B; 1PAU B; 3R7S B; 2QLJ B; 4ZVS B; 1SC3 B; 4JB8 B; 1RHK B; 3D6H B; 3P4U B; 1IBC B; 2CJX B; 2H4Y B; 3GJQ B; 1NME B; 2C2Z B; 3KJF B; 5IC6 B; 1RE1 B; 5K20 B; 1GFW B; 2FQQ B; 3R7B B; 2C1E B; 3R6L B; 3P45 B; 1RWV B; 3EDQ B; 3GJS B; 1SC1 B; 2H5J B; 1I3O B; 2HBY B; 1ICE B; 1RHU B; 1QDU B; 2QL7 B; 2QLF B; 3D6F B; 2H48 B; 2CNL B; 4ZVO B; 2H54 B; 4ZVQ B; 3IBF B; 2HBR B; 2Y1L B; 3R6G B; 2CDR B; 3R5J B; 2CJY B; 2P2C B; 2HBZ B; 4ZVP B; 1RWN B; 1F9E B; 2Y0B B; 5IC4 B; 1RHJ B; 2H65 B; 4DCP B; 2XYG B; 1RWW B; 1PYO B; 3R7N B; 2QL9 B; 2QL5 B; 1RWM B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3ZTP A; 2GGP B; 5J2N A; 3D0I E; 2GNK A; 2Y0S D; 1UVK A; 4IG0 B; 2XZT B; 2XMV A; 1FJ7 A; 2B4V A; 3CDB A; 1FXR A; 2LQ5 A; 4AD6 A; 1Y5I B; 1OSD A; 1Z1Z A; 1GXL A; 2FJD B; 1HBN B; 3GTY X; 3SFG A; 1U25 A; 2G0I A; 3MMC A; 3SFU A; 4YFU A; 3HFZ B; 1WEL A; 3MR2 A; 4K4W A; 4DF4 A; 4RNF A; 3GJQ B; 3SQG A; 2LU2 A; 1TKX B; 2FQQ B; 4KHP J; 3CO0 P; 3OHB A; 2AHO B; 2HQC A; 2QFI A; 1FWL A; 3UVJ B; 4XK8 C; 4X64 J; 5IT4 A; 2XCA A; 1FHT A; 3DLK B; 1LEO A; 1HNI B; 3A3N B; 4DN0 A; 3TW0 A; 4ZJO A; 4RW4 A; 3K5P A; 4W90 B; 1FE4 A; 5CD4 A; 1WDT A; 3D5M A; 2J7W A; 3NOG A; 3KLE A; 3MCN A; 3FFI B; 5HP1 A; 2NXJ A; 3FVY A; 3J7Z 5; 1LWE B; 5J2P A; 1DJ0 A; 1YDL A; 4IRD A; 2H5I B; 1UW4 A; 5HN0 A; 1L5U A; 4FXW A; 3UDC A; 3RAM A; 2HHX A; 5IQ6 A; 3ZTO A; 1P27 B; 2ASD A; 3IR7 B; 1N5Y A; 2WTF A; 3DLH A; 3PRV A; 2IJR A; 2K7K A; 3BS9 A; 1SL2 A; 5HK4 A; 4Y65 A; 4DQI A; 3H98 A; 5FJ4 A; 4B9S A; 3UR0 A; 3Q8Y A; 5HVH A; 3GCW P; 4OYP A; 5LSL A; 1CS4 A; 1PBU A; 2UU9 F; 2MHE A; 4PZV A; 4FF1 A; 1ZAX A; 2DRD A; 2OML A; 4DL0 C; 4DL5 A; 1S1W B; 2M2B A; 4HVZ A; 2PEB A; 4C8Y A; 1RT5 A; 2DIT A; 5KG3 A; 1RAH B; 4U6P A; 2DPI A; 2HVE A; 2EWH A; 1XMQ J; 1UET A; 3V5R A; 2AGQ A; 4DR1 F; 3B4M A; 4LSN B; 5KG1 A; 3M30 B; 4ES2 A; 3DLG A; 4DSJ A; 1CQM A; 1CQN A; 3TUP A; 3IGN A; 1RXO B; 1LV5 A; 4Q44 A; 4KGM A; 1UJ5 A; 4DL3 A; 3V6D A; 2WVF A; 3N0V A; 3VQT A; 1FNM A; 3U27 A; 3TVZ A; 2Y8Y A; 4JI8 F; 3N6L A; 4OX6 A; 1HNV B; 1TZ0 A; 1RDR A; 1MSW D; 1VRQ C; 2XG8 A; 1C1C A; 3I31 A; 1IBL J; 3VGU A; 5LSO A; 2C2N A; 5K8P A; 2IVY A; 3SDE A; 3PTW A; 1BQM B; 2MZT A; 3Q0A A; 4FXV A; 1Y4Z B; 4R0E A; 2YNH A; 1RTZ A; 1TL7 A; 3I9Z A; 4DV5 J; 3EXY A; 2DHX A; 3T9N A; 1M5K C; 2ZH8 A; 3V2U C; 3QIP B; 3K0J A; 4C8K A; 5LMU F; 1YJU A; 3OPK A; 3OFF A; 1DZ5 A; 1R8P A; 2D69 A; 2HHS A; 3KMS A; 5HO4 A; 2Y1I A; 4DR4 F; 2E9Z A; 5B7W A; 1VBZ A; 1WJ9 A; 1ARO P; 4JYA F; 1FRJ A; 2UUW A; 2QLX A; 2ALZ A; 2QA4 S; 1SC4 B; 3FCV A; 2XC9 A; 5F8N A; 1L3V A; 4NPO A; 3POT A; 4KFB B; 1YTY A; 2BJE A; 1OWX A; 4KH0 B; 3I0R B; 3ISN C; 3KLI A; 2XI3 A; 4ECS A; 4LF7 J; 4PXC A; 1WKJ A; 4NA2 A; 2YNG A; 2HHV A; 2EFV A; 4KH1 B; 1VC0 A; 4RW8 A; 4MH8 A; 3D6H B; 3AXK A; 4DUY F; 1S1V A; 1RJJ A; 3OVS A; 4I7F B; 2JDJ A; 2UUA F; 2R2R A; 5AXM A; 3E51 A; 2GJ2 A; 1YHQ S; 3AXM A; 4WP9 A; 2W25 A; 2FVP A; 4WTO B; 2AGO A; 1TK8 A; 4OX9 F; 4OZ3 A; 2ROE A; 4NLQ A; 4J9S A; 1YGY A; 4H4O B; 4OLO A; 3IR5 B; 1EAY C; 4ED5 A; 4OJH A; 4GO7 X; 2H54 B; 1RIS A; 4I2Q A; 2VQE J; 5F8L A; 4ZP9 A; 3CGI A; 3VF0 B; 1HW8 A; 1UWB B; 4BC7 A; 2KO1 A; 2HNY A; 2BAN B; 1VQM S; 4WKR A; 2XHW A; 2G2Y A; 1JB0 C; 3RRH A; 2CNO B; 5AJ3 F; 3UW1 A; 3W5Y A; 5L39 A; 2D9O A; 4CRJ A; 3S1T A; 4G1P A; 3VTI A; 2Q3P A; 3TQE A; 1X9M A; 3PJ9 A; 1FK9 B; 2B4U A; 3MMJ A; 4KC5 A; 3HVR A; 1JKH A; 3CMA S; 1CJV A; 4MMO A; 3I5A A; 1T8E A; 4F2S A; 3EVW A; 4C97 A; 2R4F A; 4PWU A; 1H3D A; 4DV4 J; 4WJB A; 4OI2 A; 2PN6 A; 3BH7 B; 2GVZ A; 3PKM A; 4B3S J; 4NXM F; 1C0T B; 1WHW A; 3UD4 P; 3HSJ A; 3PKY A; 2DY9 A; 4JI5 J; 1GMV A; 4RW7 A; 2DNO A; 3PO5 A; 4BBY A; 3KG0 A; 2CJY B; 2EG2 A; 4WPA A; 1SJ1 A; 1FDD A; 2LA6 A; 3EJM A; 3PIO Q; 3QJP A; 3KFW X; 2AP6 A; 2D41 A; 3AH6 A; 4CLT A; 3CUL A; 4WFN Q; 2XLJ A; 1N48 A; 2WW8 A; 5J2Q A; 1U26 A; 2ASL A; 1EJ7 L; 4ED3 A; 4QU6 A; 4ZN1 A; 4TVA B; 3QQC D; 2AWZ A; 1QTN B; 3M8S A; 1JNR B; 2GO9 A; 5HBM A; 5GMD A; 4RR5 A; 5L46 A; 2O67 A; 3EVO A; 2W9C A; 5BXI A; 3HSG A; 5D3G B; 2M52 A; 2J0Q D; 1WC4 A; 2UZA A; 4CM2 A; 4EMD A; 1U1R A; 4CIO A; 1IM4 A; 1N0U A; 2XUL A; 2VV5 A; 3A4T A; 3PR5 B; 2OTJ S; 2BJD A; 5EWF A; 4OYO A; 4ZVG A; 5IM0 A; 4B08 A; 3GFZ A; 3OTO F; 2GAG C; 3N28 A; 3OL9 A; 4NLS A; 2Z56 B; 7FDR A; 1B0T A; 2ATC B; 1S77 D; 5CYJ A; 2ZBP A; 4GRS A; 3JTN A; 3M6X A; 1YJV A; 3BEG B; 3WZ0 A; 4YDD B; 1G3O A; 3I0S B; 4KPY A; 1S9E B; 2A6M A; 4QWB A; 3C2P A; 1FFW B; 1BD6 A; 3H7H B; 4LFB F; 1NSQ A; 4FS2 A; 2QTW A; 4A8S A; 1MWZ A; 4R5P B; 5L1I A; 3TA1 A; 4AXI A; 5G4D A; 2IIH A; 1QSY A; 3HSZ A; 1SIZ A; 4O4R A; 3FCH A; 2H1Y A; 2FJB B; 2PEH A; 1GTE A; 4WF9 Q; 2V9K A; 2QT7 A; 1KSP A; 5HJX A; 2Z30 B; 4LVO P; 4NI2 B; 2GA7 A; 4HL9 A; 1F2G A; 3GCX P; 4FNI A; 3H5Y A; 2Z8Q A; 1VRU B; 1UAW A; 2RS2 A; 4JI6 J; 1ACM B; 4ED0 A; 4ECU A; 1HA1 A; 3MHY A; 3J7Y U; 4F4Z A; 1P9Q C; 5JVH Q; 2HHW A; 2UUB J; 4DR3 F; 3CCW A; 4KHR A; 1QLN A; 1KFS A; 3NMR A; 2B6A B; 1LWF A; 3R5B A; 4Z2X A; 1KVJ A; 4C3K A; 2CUY A; 4ANC A; 3V4I B; 4K8R A; 2OSQ A; 4LRB A; 3MEG A; 3W60 A; 1ZH5 A; 4DX6 A; 3TEG A; 3ZTQ A; 3LPE A; 1Z2L A; 2V67 A; 2ZVI A; 3GYG A; 4ILL A; 4P9S A; 1AUS L; 5C7P A; 4DQP A; 2UXC F; 1AT1 B; 4F7V A; 3AD7 C; 4FBU A; 2V2Q A; 3FMB A; 3OL8 A; 5C24 B; 3PCO B; 3P96 A; 2C3P A; 3H42 A; 4UOC A; 3LOU A; 3VAL A; 1H2V Z; 2BRK A; 2XSJ A; 1AB8 A; 1BMQ B; 2VA3 A; 4ED1 A; 1HWI A; 1UCN A; 3GIJ A; 1J5E J; 4F4Y A; 2NZC A; 1HNZ F; 1SVD A; 3BQ0 A; 1Y10 A; 5KFI A; 3GG0 A; 1FRK A; 1J2V A; 4URG A; 1NSK L; 4Q45 A; 1NPP A; 5J2M B; 1QAY A; 1KKH A; 2V68 A; 1SJR A; 3OTE A; 4HLB A; 3TZY A; 4DLG A; 2BE9 B; 1EIY B; 2DNR A; 4DPW A; 1U0H A; 3CDW A; 5B09 A; 4HTJ A; 1XER A; 3M1V A; 4JV1 A; 1CEZ A; 3GR1 A; 1W7W A; 3EYZ A; 4LBI A; 4I68 A; 1CPZ A; 5C5J A; 3PRD A; 2HIQ A; 4OYX A; 1U8S A; 2EXU A; 3CJT A; 1HI0 P; 4OHY A; 1HQU B; 5JVG Q; 1R27 B; 3BO2 A; 2HQI A; 2ILZ A; 3IBC B; 2XMA A; 1FJG F; 1RHM B; 1VQO S; 4A8M P; 3B6B A; 3MMA A; 1H38 A; 3UNY A; 4LMZ A; 2CWX A; 3O3L A; 5IOL A; 2W9A A; 2R8J A; 3JSR A; 1DTT B; 2Q6B A; 2A3J A; 3LWM A; 1KFD A; 3RBD A; 4DFJ A; 2YKO A; 2OTL S; 3TNV A; 3GV7 B; 3OLA A; 1PAU B; 2Q79 A; 4JB8 B; 1GEH A; 3P4U B; 1X4D A; 3VAF A; 3V6J A; 3DXB A; 1A7G E; 5D0G A; 5C25 A; 1PGZ A; 2VPY B; 2RQ4 A; 2DR9 A; 2CRL A; 2VG7 A; 3CJQ A; 3DOM A; 2VKZ G; 1QTM A; 2H5J B; 5HMY A; 2E5I A; 1KRP A; 4K5R A; 5ETL A; 3X1L B; 3F41 A; 1SKU B; 3RW7 A; 1R8A A; 1T9Y A; 2WVC A; 2CIM A; 4C3L A; 1ZS6 A; 1U6Z A; 3T1H F; 3E2E A; 5T41 A; 3DLE B; 3CJ3 A; 4UF4 A; 3W9J A; 2I6W A; 3EPI A; 4CO1 A; 4A8W A; 3OR2 B; 3HHL B; 3I4H X; 2NQP A; 4DS4 A; 3PW2 A; 1IWA A; 1V3S A; 4IR1 A; 4O3S A; 4DR2 J; 1YJW S; 3DLL Q; 2HZA A; 2E66 A; 3LP2 A; 4O3N A; 2C22 A; 2P9G A; 2C2M B; 3C6U B; 6FDR A; 1S9G B; 2YWH A; 1SJ3 P; 3CWJ A; 1J27 A; 1MWY A; 2YNI B; 4HKQ A; 2IFX A; 2V4Q A; 1HWK A; 1KOH A; 1F9F A; 4E0D A; 2B4O A; 4UY8 5; 2X3D A; 4CO2 A; 3UI3 A; 2AYB A; 1NB2 A; 4XPE A; 1NDK A; 3MEC B; 3A1Y G; 1TKX A; 4RLE A; 4FVC A; 3BO4 A; 3HVA A; 4IUF A; 1F5C A; 1Y9O A; 1L3S A; 1URN A; 4OZ5 A; 1F9E B; 3BM7 A; 2AT1 B; 4YN3 B; 1RT6 B; 1Q0N A; 2QEX S; 4KQZ A; 4U67 Q; 1S6Q A; 3W9I A; 3OUY A; 4DUZ F; 4OYW A; 2JZ5 A; 3HVT B; 5LJ3 Y; 4F04 B; 1RHR B; 3MED B; 4A8Q A; 5KFU A; 2HFZ A; 4Q7A A; 1EX8 A; 1P8G A; 3ZZY A; 3UCG A; 2RQC A; 2DH7 A; 2IBK A; 3NS7 B; 4QCL A; 2CNK B; 4A8F A; 1VJW A; 2H9Z A; 3SZ2 A; 2ZH6 A; 1PJ5 A; 3DKD A; 4I0W A; 1APS A; 2BOP A; 3GSI A; 4PXB A; 2XY6 A; 2FZC B; 3ZZP A; 1NEE A; 1YJT A; 2HW3 A; 3KJF B; 4ZP7 A; 3GG1 A; 3HSD A; 2ZZT A; 1Q8K A; 4OZJ A; 5CH7 B; 2QZ8 A; 4OI3 A; 2KYZ A; 2KJW A; 1VK3 A; 4ZVH A; 1DFD A; 1GTH A; 4LJM A; 2CQH A; 4NRT A; 3MXH P; 4ZN3 A; 2RHQ B; 3AB4 B; 2ROG A; 1X0F A; 2W9B B; 1Y11 A; 4ZVQ B; 2YX4 A; 2Y1L B; 2HFV A; 4A46 A; 4LF8 F; 2HNZ A; 3OL7 A; 3GIL A; 1FWK A; 3KDO A; 3HHE A; 1ZOT A; 2IYG A; 3U1N A; 4PCQ A; 1NHU A; 1N34 F; 2OSR A; 4LIR A; 2Z0G A; 3PW5 A; 2ROP A; 1E6Y B; 1PIE A; 4M5D B; 3DI6 A; 2DIU A; 4UUX A; 2N4C A; 1Q4R A; 5ETT A; 2ASY A; 2DYA A; 3UR3 C; 1HHT P; 3TUI C; 5EWG A; 3PVX A; 2MDA A; 2R7V A; 3RRG A; 1WC1 A; 1U1Q A; 1FRL A; 3H5S A; 1X8D A; 3KK1 B; 2QLJ B; 2J6T A; 2QO3 A; 5HMX A; 4ZPV R; 1NK6 A; 3ENW A; 2L3M A; 3IRX A; 4QWC A; 4C2M A; 3DMJ B; 2C1E B; 3BQ2 A; 2HPU A; 6FD1 A; 3R2C J; 2BR0 A; 4G6V B; 5KFY A; 4B3M F; 1KC8 T; 3K59 A; 2GML A; 1Y0H A; 2QLW A; 3CME S; 4EYI B; 2G9O A; 4K4U A; 3IMQ J; 3MTJ A; 5BJR A; 4YR3 A; 3W63 A; 1IBK F; 3K8W A; 4CLZ A; 3DFE A; 4FKX A; 2G0J A; 2XTJ P; 2D7S A; 3JB9 k; 2GCF A; 2FHO B; 4WP8 A; 4LBP A; 4ZVT B; 4WFA Q; 3T1Y F; 2I9S A; 4DI6 A; 2F9D A; 4LSL A; 1YKW A; 1X4H A; 3DM2 B; 3Q8S B; 1EZZ B; 2ZH5 A; 2N7C A; 2A18 A; 3O5T B; 2R3V A; 2DKO B; 1GNK A; 1HQE B; 3F56 A; 1UEK A; 3DHW C; 2R7Q A; 3MCM A; 3D9B A; 1XNQ F; 3PNI A; 3VV2 B; 4EBD A; 4RNO A; 4X65 J; 4B9L A; 1HWU A; 4NLT A; 3WHI A; 2JEI A; 4ZOS A; 2RU3 A; 4KAI A; 4CYU B; 3AA8 A; 3ISZ A; 3RB4 A; 2FTR A; 1G1X A; 1R8H A; 2H5E A; 2DIS A; 1JNZ B; 2ZD1 B; 1S72 S; 2CXE A; 4I6Y A; 1B7F A; 1YJN S; 3W7B A; 3LH2 S; 4D3H A; 1RHU B; 3PO4 A; 4H4M A; 1N5V A; 2MMY A; 2HLT A; 3D3B J; 3GV8 B; 2BBE A; 5ADZ A; 3TWZ A; 5FLX U; 4YQW A; 1K8A T; 2FC8 A; 4P75 A; 4OJ3 A; 4Q0B A; 4YOE A; 2LXF A; 2RQK A; 3BO3 A; 2QG9 B; 5E3R A; 3QID A; 4LRA A; 3D6M B; 2I38 A; 1N5Q A; 1VLO A; 1RB0 A; 2VBW A; 2VBY A; 3MOZ A; 2MTL A; 2DNL A; 2IY5 B; 2B4P A; 4RNM A; 2LLZ A; 4M5L A; 1HIY A; 3LGM A; 3P3D A; 4P7V A; 4HI1 A; 2GIF A; 3KLG B; 1VIX A; 4DCO B; 3Q83 A; 4FXD A; 1YQH A; 3MR5 A; 2ADB A; 1RTD B; 1CJK B; 1S76 D; 3TQ1 A; 5DG9 A; 1NME B; 1YI2 S; 2CG4 A; 4HAC B; 4ECT A; 2W1B A; 1NK0 A; 1TR0 A; 1VQ6 S; 5DZ6 A; 1UVL A; 3R6L B; 5KFB A; 4UW2 A; 3ONQ A; 3Q24 A; 2OPS B; 1GXU A; 2DY1 A; 3AHP A; 3D54 A; 4N8O A; 5A8R A; 3SSS A; 2DNM A; 4P2S A; 4FBT A; 9RUB A; 2VPW B; 3HCX A; 3TEH B; 2BRL A; 4P73 A; 4ECW A; 3HHK A; 4ZS6 A; 2KB2 A; 4LQ9 A; 4R25 A; 5ETN A; 3M8R A; 4ZPB A; 4CWB A; 3DGP B; 4KV8 B; 1PYO B; 4O0N A; 2Q1L A; 1JLA B; 3I96 A; 1UZH A; 1VBY A; 4OJ1 A; 3GLJ A; 1X31 C; 4EGL A; 4LVN P; 3P5B P; 2CPF A; 4LF2 A; 4RUB A; 1CJU A; 1S1X B; 5DZ7 A; 5L9N A; 2OJ3 A; 4PXE A; 3B54 A; 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