The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
74
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structure length |
74
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Chain Sequence |
GSHMVNVLKGVLIECDPAMKQFLLYLDESNALGKKFIIQDIDDTHVFVIAELVNVLQERVGELMDQNAFSLTQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution Structure and Self-association Properties of the p8 TFIIH Subunit Responsible for Trichothiodystrophy
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
TFIIH basal transcription factor complex TTD-A subunit
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| total genus |
13
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| structure length |
74
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| sequence length |
74
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-01-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06331 | Tfb5 | Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | TFB5-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YDL A; 3DGP B; 3DOM B; 2JNJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3D1H A; 1HAR A; 2NXU A; 4TLR A; 3FZB A; 3C14 B; 2MKK A; 3C6U A; 3ADA C; 2KXH A; 4HH1 A; 1S57 A; 4NML A; 1XMO J; 4KC5 A; 4QIF A; 2N82 B; 3AQP A; 1HHQ A; 4MKV A; 2ZBQ A; 1FF2 A; 2IRY A; 2PA3 A; 3BZQ A; 5GAD U; 4LF7 J; 2GHW A; 3UR0 A; 1W7W A; 1RAE B; 3CD0 A; 2ZJR Q; 1FJG F; 2K1R B; 1VR6 A; 1M1G A; 1FTC A; 2HPU A; 4FN5 A; 3N9U C; 4MK9 A; 1BE4 A; 3W9J A; 4EBD A; 3T6J A; 1EHW A; 1GXU A; 3MAA A; 5T41 A; 2KT5 A; 1Z2L A; 4CLW A; 3BGR A; 3N6L A; 4CQ1 A; 3SDE A; 1X7V A; 1CQM A; 1X4H A; 5J2M A; 4JV1 A; 3UVJ B; 3RW6 A; 4ILM A; 1HHT P; 3CC7 S; 2YVS A; 4LSL B; 3MM6 B; 2MSS A; 4RW6 A; 1TK5 A; 4DSI A; 2XCA A; 1YRT A; 3KLF B; 2CQ2 A; 5KFU A; 5F9L A; 4DUY J; 2PC6 A; 3KOA A; 5J2Q B; 4FYY B; 4ZOS A; 3W2V A; 2QA1 A; 2D9P A; 3CXC R; 3AJ1 A; 4ES3 A; 2EK6 A; 1WC6 A; 4F3M A; 2X3G A; 2YPZ A; 1W2I A; 3GV8 B; 2W4P A; 2MKS A; 2O67 A; 1X4E A; 4RPF A; 2DY9 A; 2WAQ D; 2C2O B; 2E7V A; 2MZ1 A; 3SQG A; 4QWC A; 5DG9 A; 3MPV A; 1LK5 A; 2NSC A; 4I6W A; 4GC7 A; 2HBZ B; 1VRT A; 1IKY A; 2E5G A; 2OH2 A; 3GFZ A; 1OY6 A; 2DNL A; 4C11 B; 1NK8 A; 1TEL A; 1RT4 B; 3KLI B; 3ENA A; 2G2Y A; 3T1H J; 4A8X A; 4P73 A; 3M8R A; 1G7C B; 1R7I A; 4H4O A; 4ANC A; 4LF9 J; 1R43 A; 1VJQ A; 5EWE A; 2YKQ A; 4QW8 A; 3EZ5 A; 4OZ0 A; 4TY8 A; 4WZM A; 3I0S A; 2QYC A; 4KHR A; 3KLE B; 1RBA A; 1UCN A; 4HHJ A; 4KGM A; 5L1I A; 3VAK A; 2BAB A; 1IN0 A; 3GJT B; 1HFE L; 3V4I B; 2X3D A; 3A3N B; 3DU6 A; 2Z58 B; 5GMD A; 1JXV A; 4DCO B; 2CQ0 A; 4LBP A; 1FE0 A; 3A4T A; 3IAS 9; 4HTI A; 4RNN A; 2AGQ A; 3CJR A; 5A8R B; 3MGJ A; 4ZN1 A; 2NQP A; 2ZBP A; 3TA1 A; 4NOH A; 2J8A A; 2RRN A; 4TLQ A; 2HQF A; 1FNM A; 5IM0 A; 4DX8 H; 1NSP A; 5AXL A; 4X64 J; 3I4P A; 2XHW A; 3W66 A; 1N33 J; 2HAF A; 3HDS A; 1DTT B; 5L1K A; 4PRF A; 2OEK A; 1D8Z A; 1MU2 B; 3D6T B; 1FRH A; 4WZQ A; 1XR6 A; 1UVK A; 2WVC A; 2H48 B; 1C4A A; 2PE8 A; 4OQJ A; 4WP9 A; 4TN2 A; 2AWZ A; 1LXJ A; 2NZ4 A; 2ZEJ A; 2E1A A; 3HSG A; 4TU7 A; 1AZS B; 1ARO P; 4K2J A; 1WOP A; 4K59 A; 4FVC A; 5IWA J; 2QE5 A; 4KO0 B; 5AJ3 J; 2XB2 D; 4WFN Q; 3IN5 A; 3P4U B; 4QW9 A; 4DR3 J; 3CC2 S; 2VF3 A; 3MF5 A; 1ZS6 A; 3OR2 B; 3M2U B; 3WBZ A; 2OPP A; 3T1A A; 4B3S F; 4X2B A; 4AQY J; 3WC0 A; 4LFC F; 4LRC A; 1UZD A; 3HPO A; 3FEZ A; 2FJA B; 3PEH A; 4RLE A; 2WB4 A; 3MEC B; 4USW A; 4Y2M A; 3OXF A; 3HP6 A; 3W8G A; 2ZBI A; 4DN9 A; 2V4Q A; 3MPY A; 4OL8 A; 1VC5 A; 3T9N A; 4Q2M A; 3OTB A; 4L6V 3; 2YX4 A; 5JXS A; 4WFA Q; 3PW7 A; 2CQD A; 2EWH A; 2Y1J A; 1VRU A; 3Q86 A; 2W9C A; 3QIP B; 2XS5 A; 4F4W A; 3KLG A; 4B3O A; 3HVR A; 4P2F A; 2RKI B; 1OSC A; 3H20 A; 4TYA A; 1QSY A; 1K1Q A; 3SCK E; 1NEE A; 2NXC A; 2DNH A; 4IO9 Q; 3HHL B; 3MI7 X; 4DR4 J; 3DOL A; 3H8Y A; 1EAR A; 4NLP A; 3PTW A; 4KH1 B; 3LQV A; 2VZ9 A; 4I1T A; 2ZVS A; 2MHN A; 1U0H A; 1UA0 A; 3JTO A; 3ONQ A; 1N54 B; 5KT6 A; 3VWS A; 1KHW A; 3O1L A; 2OSQ A; 2V50 A; 5L8R C; 1M5H A; 3RUB L; 2MB0 B; 1WJ9 A; 4B9N A; 1EJ7 L; 2YH1 A; 1TK0 A; 3R8Y A; 1ZTT A; 4NLW A; 2E66 A; 3D0G E; 3OL8 A; 3KG1 A; 1RAI B; 2HBQ B; 1RAA B; 2NXE A; 1O8B A; 1Y3J A; 1X9S A; 1CC8 A; 1HI1 A; 4M94 A; 2UVR A; 3MM7 A; 2HVH A; 1V3S A; 3IAM 9; 2QL5 B; 1PAU B; 5RUB A; 4OZJ A; 2CVI A; 1T9T A; 2XSJ B; 3D9B A; 3AD8 C; 1U1N A; 5KFN A; 2J7W A; 3W2W A; 4DL5 A; 2BJ9 A; 2WSC C; 2VC1 A; 2ACY A; 4I69 A; 5KT7 A; 4DPO A; 4BDP A; 3O44 A; 3MPW A; 2AD9 A; 3Q2T C; 3T9Z A; 1NK9 A; 5AT1 B; 1H72 C; 2JJ4 D; 2UUA J; 4LSN A; 3J7A N; 1SJ1 A; 8RUC A; 2DNG A; 3NAI A; 4F3O A; 2YX1 A; 3M2V A; 1S6Q B; 5IV3 A; 4EO6 A; 3U1L A; 2CJX B; 3BPD A; 5KFC A; 2Y9H A; 1RWV B; 3JAM Y; 5BR8 J; 1KRP A; 3GON A; 2BJ8 A; 4DUT A; 2OD4 A; 2MKH A; 3K5P A; 3GMG A; 4AL7 A; 4NCG B; 2B4V A; 4C7Q A; 2MLZ A; 1RWN B; 2W2N P; 2A2D A; 5LJ5 Y; 1F5B A; 5CHC B; 1VQO S; 5K14 A; 1XER A; 4RJV A; 1R6V A; 5AXK A; 3DLL Q; 4KBI A; 2XMV A; 3R5B A; 4A8S A; 4PQA A; 1SKS A; 3NMA A; 3I5A A; 3MEE A; 2MZS A; 3TEG A; 2HBY B; 1K47 A; 1RTH B; 3BRE A; 2J6T A; 1P1T A; 3I4H X; 2PT0 A; 3PIP Q; 4I56 A; 3FZ2 A; 1FEE A; 5I42 A; 3T5H A; 4OX9 J; 4HI2 A; 2J9D E; 1WF0 A; 2MQL A; 1VBY A; 1NPK A; 3T5L A; 4PWU A; 3PW2 A; 2HHS A; 3H2L A; 1DAX A; 4I2Q A; 3AB2 B; 1L3U A; 1QY7 A; 1S49 A; 2XMA A; 1RHU B; 5THW A; 2VIH A; 4JV5 F; 1YJU A; 4MFB B; 4AL6 A; 4OJG A; 1RWO B; 3IR7 B; 2FZK B; 1O5J A; 2C3M A; 3KJN B; 1TAU A; 1YGY A; 2HK3 A; 2W7P A; 2Z8Q A; 2VB6 A; 3GR1 A; 5KT3 A; 5L9N A; 2HSE B; 1RLD A; 3BS9 A; 3PFE A; 3GJQ B; 1O6X A; 2BDP A; 1DRZ A; 1HR0 F; 2W2M P; 3CE8 A; 1WHX A; 2MQN A; 5FLX U; 2QRR A; 1TP7 A; 4CO4 A; 2ZIT A; 4ECZ A; 3LP1 B; 4HDH A; 5I3U A; 3M2R B; 3HMJ G; 2JH3 A; 3CJK B; 1IWA A; 1RWX B; 2ZHA A; 7FDR A; 2DIT A; 2G2O A; 4PXC A; 2XMK A; 4YOE A; 3HSZ A; 3IR5 B; 5BYR A; 1JB0 C; 5DDP C; 2E5J A; 4X65 F; 3W61 A; 1SVD A; 4DZ6 A; 2UP1 A; 1V3Z A; 3Q8P B; 4DX5 A; 2VL1 A; 5GVQ A; 1NDK A; 1UJ6 A; 1U7L A; 6FD1 A; 2D3U A; 3MR6 A; 2MKY A; 3C8Y A; 3Q8U A; 1AUS L; 2DR6 A; 3J7Y I; 5AXM A; 2LYV A; 1RK8 A; 1SQF A; 4DR6 J; 1ZAV A; 1JLB B; 4YUD A; 4Y3C A; 5E7O B; 2DRA A; 1U8W A; 2ZC3 A; 4FXW A; 5DQH A; 1ZZN A; 4RUA A; 3QPI A; 2WTF A; 2JWN A; 1HWJ A; 1WF1 A; 5I4M A; 1SQG A; 3Q8V A; 3ET6 B; 2GIQ A; 5F8M A; 2Q6B A; 2XI3 A; 3GYX B; 1R8C A; 1HQE A; 1BMQ B; 1ZA2 B; 3QGI A; 3H4B A; 4KHP J; 1N5S A; 4K8R A; 2OPQ A; 2NR0 A; 4I0W A; 1PGZ A; 1UET A; 2GGP B; 2M8H A; 3WHI A; 3HHE A; 1UP1 A; 3EXC X; 3HM9 A; 3M8S A; 1T3O A; 4CP5 A; 3CCT A; 2X7I A; 1U49 A; 1R8A A; 3GFY A; 2VU5 A; 3MMB A; 3GJS B; 4WU3 A; 3NGR A; 4NEZ A; 2QTW A; 4AL5 A; 1PYO B; 2XS7 A; 1U25 A; 1MML A; 5EWF A; 2DD8 S; 3OBI A; 4RR5 A; 1GMU A; 2HHP A; 1IKV A; 3CNQ P; 2Z30 B; 2AJ0 A; 4CLU A; 5D3G B; 3HD1 A; 1RT5 A; 4NLU A; 5F8N A; 1N5Q A; 3EGV A; 3C15 A; 3KYL A; 2DIV A; 4QR0 A; 2HNY A; 1ICE B; 2DB1 A; 3A8I A; 4ZVO B; 3KUH A; 2DEJ A; 2ZKU A; 4JYA F; 1OY9 A; 3SCI E; 4C0B A; 4C3L A; 1GX5 A; 1TL3 A; 5G0R A; 2UXC J; 1HKA A; 2N7C A; 5KFG A; 5FDL A; 3S1T A; 3AT1 B; 4Y28 C; 2CJQ A; 1RZM A; 1X5S A; 2X1G A; 3MTJ A; 1K44 A; 1ZET A; 2B8P A; 4TKT A; 1KLM A; 5J2P A; 4O44 B; 1KVI A; 1RT7 B; 3SXL A; 3HUL A; 4GKJ J; 1QLN A; 4IFY A; 1RHK B; 3TAM A; 4JP8 A; 3H2V E; 2MQ8 A; 2KJV A; 1NXI A; 4DV4 F; 3HSJ A; 4LBI A; 4PWD B; 2HUR A; 1SIZ A; 4DQQ A; 1HNW J; 4ER8 A; 3BQ0 A; 2HWI A; 3B82 A; 2AX0 A; 4V1A k; 3LAN A; 4HYK A; 2RRA A; 1FKA F; 2HND A; 3K59 A; 2FTR A; 3KJV B; 3CTR A; 2VBX A; 3CCL S; 4QYR A; 2GA7 A; 2ZE2 B; 2HG4 A; 2M8D B; 2VQE F; 2CJA A; 3UW1 A; 1U1Q A; 2AIR B; 5L9X A; 2PDA A; 3FSY A; 1C1C B; 1LWC A; 2GVD A; 3OL6 A; 2CNK B; 4L3N A; 1NK5 A; 5HP1 A; 1LEO A; 5JJB A; 2JHE A; 2XYH B; 3H59 A; 1N32 J; 3KTQ A; 5IOL A; 1HI0 P; 5ETS A; 3I0R B; 2B0G A; 2XMT A; 2DR7 A; 3QT7 A; 4EZ6 A; 5KG2 A; 4DSJ A; 4KV8 A; 4C8O A; 4C0O C; 3E3X A; 3OQ2 A; 5GAE U; 3PG9 A; 4NLD A; 4PQU A; 1Y9O A; 2KHD A; 3JSM A; 4YN3 B; 1PYS B; 2KYX A; 5E3Q A; 3VZH A; 3VGV A; 2RF2 A; 4K0K F; 1RKI A; 3Q8Y A; 2QX0 A; 3MCO A; 4M5J A; 1S0N A; 1N36 J; 3I6P A; 2VG7 B; 1CQN A; 1VQ7 S; 1E6Y B; 1GT8 A; 5F0U A; 3UCZ P; 2OPR B; 3L3C A; 2R8G A; 1UEV A; 3N79 A; 2YQ1 A; 4G1P A; 2AYB A; 2QO3 A; 5KFH A; 5HQM A; 1NH7 A; 2DEI A; 4C8Z A; 5L1L A; 2R8H A; 4IG3 A; 4OYZ A; 2EKY A; 4FZV A; 3O3L A; 1BUX A; 4ED1 A; 1RUS A; 1S1W B; 1PBU A; 2IA6 A; 2HEK A; 1CS4 B; 3BBC A; 2OFG X; 3C16 A; 4FS1 A; 1T0T V; 3TW0 A; 5FJ4 A; 4ERD A; 4LQ3 A; 2XWX A; 2VPY B; 3Q0A A; 2HQI A; 2F63 A; 4DL2 A; 1YTY A; 4Q0B A; 1UJ4 A; 2MGZ B; 3NMR A; 4QZV B; 1M5O C; 1MN7 A; 2J0W A; 4B9L A; 2GQQ A; 3HHK A; 1WHY A; 2HW3 A; 4WYL A; 1UKU A; 6AT1 B; 1XR7 A; 3P96 A; 4P2S A; 4DG1 A; 3GII A; 2J7U A; 1Y0H A; 1V3R A; 1SJ4 P; 2YQ3 A; 3AQO A; 2J76 E; 1RP5 A; 3FCV A; 3UO0 A; 3B54 A; 2DO4 A; 1T05 A; 5J1E A; 3NS5 A; 3RBX A; 4ZIT A; 2LCW A; 5D6G A; 2YPY A; 2J7K A; 3B4M A; 3IR6 B; 4GKK F; 5KFL A; 2O1P A; 3KJF B; 3I5B A; 4R25 A; 2HVE A; 4P7V A; 1YKW A; 2UU9 F; 3G87 A; 5HK4 A; 3G6E S; 3KK2 B; 4ECS A; 5KFR A; 3QRQ A; 2EFO A; 5LMN J; 3M8P B; 1RJJ A; 1Q8K A; 2R8K A; 4O23 A; 2HIY A; 3CED A; 3SI8 A; 2XMU A; 4F04 B; 3DRP B; 2E5L F; 5F8J A; 3RAM A; 1Q7Y T; 4HR2 A; 3V4M A; 3OL7 A; 2KG0 A; 3HJV A; 2DXE A; 3RTV A; 2IBK A; 1FTR A; 2OPS B; 4EBE A; 3EE3 A; 1K9M T; 4CWB A; 2VFV A; 2LQ5 A; 3ZFV A; 5CCM A; 1S5Z A; 1FJ7 A; 1VQP S; 3B6B A; 3EZO A; 3QAE A; 1URN A; 2BKP A; 3UNY A; 3HCX A; 2F40 A; 1H98 A; 2B4O A; 2CIM A; 3AOA A; 5LSO A; 1RE1 B; 2VON A; 3LP2 B; 1RAF B; 1XJW B; 1U48 A; 4ICL B; 4HDG A; 1L3T A; 2YWE A; 3QJJ A; 3IBW A; 4JOU A; 1DTQ B; 4L74 A; 2RHQ B; 1JJH A; 3EX7 B; 4NYP A; 3G8S A; 2ASJ A; 4ELV A; 4DPW A; 1WNE A; 2V2V A; 5C42 B; 3QZ8 A; 3AAW B; 3GIM A; 4RNM A; 1VYA A; 1RTD B; 3K5O A; 2QT7 A; 4MKA A; 2KDO A; 5GAH I; 2HAI A; 1XNQ F; 3DMJ A; 4G1Q A; 1BLU A; 4ZP7 A; 4NZ0 A; 1WTB A; 4Z7C A; 3M9O B; 5J2N A; 2YNI B; 4LR7 A; 4NL5 A; 2E1C A; 3FKB A; 1Y4Z B; 3EVO A; 3EUN A; 2HRT A; 3K17 A; 3HHL D; 4DX6 A; 1HNX F; 2E5H A; 5SUH A; 3DOK B; 2CWX A; 4UST A; 4X4R A; 2ZHO A; 2A1B A; 4KKO A; 1WEX A; 4J5O A; 2RQM A; 5E33 A; 1MRO B; 1U2R A; 4ZVR B; 1EKS A; 3IBC B; 2CPI A; 4PPZ A; 3P6Y C; 3DGV A; 2FVR A; 1RIS A; 1TKT A; 1N48 A; 3FRZ A; 3SCJ E; 3POT B; 1VQY A; 1DJ0 A; 2GCF A; 2YKM B; 3A12 A; 2B3T B; 4FPR A; 4J9O A; 1EQM A; 1XWL A; 2B43 A; 1LW0 B; 3CJ2 A; 4KAI A; 1TVR B; 1BQM A; 1FDD A; 2GW8 A; 1TFY A; 2J5A A; 2MQM A; 2YNG B; 1NK7 A; 4Q43 A; 1A9N B; 2ILZ A; 3IMQ J; 3TYT A; 3JB9 k; 2RT3 A; 4JI1 F; 1IM4 A; 4ZK7 M; 3AA9 A; 2QLW A; 4AT1 B; 1F3V A; 4CLT A; 1HMV A; 5CA5 A; 3QMQ A; 3S7R A; 3PO5 A; 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