The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
NSADSANDGFVRLRGLPFGCTKEEIVQFFSGLEIVPNGITLPVDPEGKITGEAFVQFASQELAEKALGKHKERIGHRYIEVFKSSQEEVRSY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structural basis of G-tract recognition and encaging by hnRNP F quasi-RRMs.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Rna binding protein/rna
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source organism |
Homo sapiens
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molecule keywords |
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein F
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total genus |
16
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structure length |
92
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sequence length |
92
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2009-03-02 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00076 | RRM_1 | RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OO0 B; 1ZH5 A; 2L08 A; 1QM9 A; 3LQV A; 3CMA S; 2RRB A; 2VOO A; 3NNC A; 1WI8 A; 1WHV A; 3VAL A; 1PGZ A; 3VAJ A; 3CCV S; 2M8H A; 2DO0 A; 1X0F A; 3CCM S; 2MHN A; 2RS2 A; 2DGO A; 2RQ4 A; 5IM0 B; 5LJ3 Y; 2DHG A; 3I55 S; 2M2B A; 2VOP A; 1UP1 A; 2AYG A; 2MKK A; 1UFW A; 2KG1 A; 1KC8 T; 4TU8 A; 3K0J A; 2CQB A; 2CJK A; 2CQ1 A; 3P5T L; 1B7F A; 3IWN C; 3S6E A; 3UD4 P; 2G4B A; 1N8R T; 1Q81 T; 1L3K A; 2DGW A; 2CPF A; 3VF0 B; 1RKJ A; 1N54 B; 2MZQ A; 3THP A; 1VQ6 S; 4QU7 A; 2KXH A; 1H2T Z; 2ZJP Q; 2FY1 A; 2LXU A; 2DNN A; 2LA4 A; 1Q7Y T; 1HL6 A; 2OSQ A; 1VQK S; 3MDF A; 2N82 B; 2MB0 B; 3V4M A; 2X1B A; 2YH1 A; 2KG0 A; 1KOO A; 3I56 S; 2DH8 A; 2X1F A; 5H1S V; 2XS7 A; 5GAD U; 3MXH P; 4U67 Q; 2DGQ A; 1K9M T; 2LQ5 A; 2KN4 A; 3G96 A; 2DH9 A; 1FJE B; 3DXB A; 1FJ7 A; 1VQP S; 2ZJR Q; 2CQ4 A; 2KRB A; 1WI6 A; 4CH0 S; 2DIU A; 3VAM A; 3N9U C; 4IOA Q; 1SJR A; 2BOP A; 1URN A; 1HA1 A; 3R1L A; 4Y00 A; 3H2U B; 2CQC A; 1X4C A; 4OZ1 A; 2KT5 A; 5LSO A; 4W92 B; 2XNQ A; 1U1R A; 2VON A; 3PIO Q; 2MZJ A; 4QPT A; 5DET A; 3VAF A; 3G9C A; 2M70 A; 2KM8 B; 1OIA A; 1UAW A; 4CQ1 A; 2FC9 A; 2QEX S; 2LMI A; 3SDE A; 4F25 A; 1U6F A; 1U1N A; 4LIR A; 1X4H A; 2RU3 A; 3CCS S; 2DIV A; 4YB1 P; 3CME S; 4ZKA A; 3RW6 A; 1VC0 A; 2DB1 A; 1YJ9 S; 1R8H A; 5JVH Q; 1DZ5 A; 1JJH A; 3CC7 S; 2CPX A; 1WEZ A; 3EX7 B; 3G8S A; 2KHC A; 1OWX A; 2MZT A; 5MLC V; 2MSS A; 2I2Y A; 1X4A A; 2MYF A; 1H2V Z; 2AD9 A; 2RQC A; 3Q2T C; 2CQ2 A; 2D9O A; 2N3L A; 1X4F A; 4P6Q A; 3B4D A; 2N7C A; 3UD3 P; 4PKD B; 2XSF A; 3J7Y U; 2DNM A; 2PEH A; 1X5S A; 2X1G A; 1HD1 A; 2M9K A; 2SXL A; 2D9P A; 3CXC R; 2DIS A; 1WEL A; 2DNG A; 3SXL A; 2EVZ A; 2U2F A; 2EK6 A; 4W90 B; 2DGV A; 3P49 B; 3FEX B; 3U1L A; 1YJW S; 3H2V E; 2EK1 A; 2MKS A; 2JX2 A; 1X4E A; 1WTB A; 3MOJ B; 2JVR A; 1Q82 T; 1H6K X; 2KM8 C; 1VBX A; 4WFB Q; 4IUF A; 2MKH A; 1W2B R; 3VAI A; 2MZ1 A; 2LEC A; 3CUN A; 1DHM A; 5DDQ C; 4C7Q A; 1WEY A; 3OW2 R; 5BJR A; 3MUV P; 2DNP A; 2MGZ A; 2LEB A; 5GAG U; 2E5H A; 1NJI T; 5LJ5 Y; 2E5G A; 1M5V C; 1VQO S; 2RRA A; 2I38 A; 2DNL A; 3U1M A; 1M1K T; 1FO1 A; 1YJN S; 3CTR A; 2MZR A; 3CCL S; 2MJN A; 2L9W A; 2KRR A; 2KXF A; 2DNY A; 3R27 A; 1N88 A; 1UW4 A; 1U1O A; 2M8D B; 1WEX A; 4J5O A; 1U1P A; 2DGX A; 4PR6 A; 4A8X A; 1U1Q A; 3DLL Q; 2DHS A; 2CPI A; 2CPZ A; 3P6Y C; 3J7Z T; 2DNQ A; 2G1D A; 4OZ0 A; 1PO6 A; 3RW7 A; 1A7G E; 2CQ3 A; 1WWH A; 3CCR S; 3MUM P; 4F02 A; 2FPH X; 3NNA A; 1S79 A; 2MMY A; 2L41 A; 2LEA A; 5ITH A; 2KXN B; 3G8T A; 2F9J A; 2MZS A; 1YHQ S; 1Q86 T; 3CCJ S; 2HGM A; 3VAK A; 1QVG R; 5IFM A; 1M90 T; 2NLW A; 1P1T A; 2ERR A; 2E5I A; 2M88 A; 2B0G A; 2AYM A; 3PIP Q; 2MJU A; 2CPE A; 4WCE Q; 2CPD A; 2MQM A; 2M7S A; 3BEG B; 3SMZ A; 1VQ4 S; 1A9N B; 4C0O C; 1K8A T; 2CQ0 A; 3TYT A; 2XNR A; 3NS6 A; 3S01 A; 2MST A; 3JB9 k; 4UY8 T; 2ZJQ Q; 1IQT A; 4TU9 A; 5GAE U; 2MY8 A; 2RVJ A; 1M5K C; 2RT3 A; 1G2E A; 2A3J A; 3HI9 A; 3TP2 A; 1WF0 A; 2DK2 A; 2MQL A; 1VBY A; 3CCQ S; 2MQQ A; 1YI2 S; 1FHT A; 1FXL A; 3BO2 A; 5DM7 Q; 5CA5 A; 4CH1 A; 4QU6 A; 3CD6 S; 3S7R A; 4LMZ A; 1F9F A; 2KYX A; 2LA6 A; 1KQS R; 2BZ2 A; 2J8A A; 1NU4 A; 1U1K A; 2CQP A; 4TLQ A; 2DNR A; 1P27 B; 3EGN A; 2MKI A; 2ADC A; 1VC6 A; 1FNX H; 1U1M A; 2CQI A; 5IM0 A; 4LJM A; 4IOC Q; 1X4B A; 2X1A A; 2MQP A; 2OSR A; 2OIH A; 5LXR A; 2DNZ A; 1N52 B; 3CF5 Q; 4PRF A; 1D8Z A; 2KFY A; 3CCE S; 3VAG A; 1VQ7 S; 1VQN S; 3UCZ P; 3SDE B; 2CPH A; 1HD0 A; 2DHX A; 3Q2S C; 3R1H A; 3L3C A; 2DGU A; 5CXT A; 3MUT P; 3UCU P; 3ULH A; 2J0S D; 3D2W A; 2G0C A; 4RU2 A; 2HZC A; 2PE8 A; 1JMT A; 1M5P C; 3VAH A; 1X5O A; 2CPJ A; 2DHA A; 2DH7 A; 2M0G B; 2K3K A; 2FC8 A; 1U2F A; 2AYB A; 1ZZF A; 2OTJ S; 3CCU S; 1VQ8 S; 2CQH A; 2NZ4 A; 1D9A A; 2DGS A; 3BS9 A; 5GAH U; 2DGT A; 2FHO B; 4TU7 A; 1DRZ A; 5D78 A; 1X4D A; 3ZZY A; 2MKJ A; 4V19 X; 4WKR A; 2KH9 A; 1H2U X; 1WHX A; 5DDR C; 2MQN A; 1XN9 A; 2M52 A; 2XB2 D; 2HGL A; 2OTL S; 1NO8 A; 2F3J A; 2RNE A; 4UQT A; 4WFN Q; 1S72 S; 1U6B A; 2MPU A; 1WG4 A; 1AUD A; 3MD3 A; 4ED5 A; 2DNK A; 3S8S A; 2E44 A; 1FT8 A; 2RS8 A; 3CC2 S; 1VQ5 S; 2Q79 A; 3G71 S; 5HL7 Q; 3MUR P; 1WG5 A; 1X5T A; 2KU7 A; 5FJ4 A; 1SXL A; 1QVF R; 1CVJ A; 4ERD A; 1X4G A; 2WBR A; 3UWT A; 2MY7 A; 2AYE A; 2DIT A; 4Y0F A; 1YTY A; 4Z2X A; 4YOE A; 2VOD A; 3LPY A; 2HYI B; 2O3D A; 2F9D A; 2JRS A; 2K8G A; 2MQO A; 1R8P A; 2MGZ B; 2QFJ A; 5DDP C; 2E5J A; 3G4S S; 3NMR A; 5IQQ A; 1M5O C; 2GO9 A; 3P3D A; 5D77 A; 1JJ4 A; 2UP1 A; 2KI2 A; 2YH0 A; 2HGN A; 2XS2 A; 1WHY A; 5CYJ A; 4BS2 A; 1VC5 A; 3UE2 A; 5GVQ A; 5LXY A; 2KVI A; 1DBD A; 2DNO A; 3THT A; 1K73 T; 2LKZ A; 1VQM S; 2M4M A; 5LSL A; 4WFA Q; 3TO8 A; 2D3O R; 2CQD A; 1WG1 A; 3MD1 A; 3ZZZ A; 1OPI A; 5GMK a; 2XS5 A; 2QA4 S; 2GHP A; 1YIT S; 3BO3 A; 2LYV A; 2YTC A; 1JJ2 R; 2RUG A; 1RK8 A; 2ADB A; 1SJ4 P; 3CPW R; 1YIJ S; 2JVO A; 1WF2 A; 4QQB A; 4YUD A; 2J76 E; 5DDO C; 3EGZ A; 1SJ3 P; 4M5D B; 5HO4 A; 4FXW A; 4WF9 Q; 1U1L A; 2U1A A; 3HHN B; 2DO4 A; 2YWK A; 1ZZN A; 2MKC A; 1KOH A; 3NS5 A; 5EN1 A; 3BO4 A; 2JWN A; 1KD1 T; 2HVZ A; 2LCW A; 2V94 A; 2DNH A; 4F26 A; 1WF1 A; 1SJQ A; 2J0Q D; 4EGL A; 3B4M A; 5JVG Q; 4IO9 Q; 1WHW A; 2OJ3 A; 2N3O A; 3CUL A; 3NNH A; 3MI7 X; 1O0P A; 1BY9 A; 3IRW P; 1YWX A; 2YKA A; 2CPY A; 3CC4 S; 4WII A; 3G6E S; 1X5P A; 4CIO A; 1VQL S; 2MXY A; 4C4W A; 3UCG A; 4FXV A; 1SJF A; 2LXI A; 1VQ9 S; 5DM6 Q; 1FJC A; 3FEY B; 2CQG A; 3US5 A; 1VBZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3D1H A; 1HAR A; 2NXU A; 4TLR A; 3FZB A; 3C14 B; 2MKK A; 3C6U A; 3ADA C; 2KXH A; 4HH1 A; 1S57 A; 4NML A; 1XMO J; 4KC5 A; 4QIF A; 2N82 B; 3AQP A; 1HHQ A; 4MKV A; 2ZBQ A; 1FF2 A; 2IRY A; 2PA3 A; 3BZQ A; 5GAD U; 4LF7 J; 2GHW A; 3UR0 A; 1W7W A; 1RAE B; 3CD0 A; 2ZJR Q; 1FJG F; 2K1R B; 1VR6 A; 1M1G A; 1FTC A; 2HPU A; 4FN5 A; 3N9U C; 4MK9 A; 1BE4 A; 3W9J A; 4EBD A; 3T6J A; 1EHW A; 1GXU A; 3MAA A; 5T41 A; 2KT5 A; 1Z2L A; 4CLW A; 3BGR A; 3N6L A; 4CQ1 A; 3SDE A; 1X7V A; 1CQM A; 1X4H A; 5J2M A; 4JV1 A; 3UVJ B; 3RW6 A; 4ILM A; 1HHT P; 3CC7 S; 2YVS A; 4LSL B; 3MM6 B; 2MSS A; 4RW6 A; 1TK5 A; 4DSI A; 2XCA A; 1YRT A; 3KLF B; 2CQ2 A; 5KFU A; 5F9L A; 4DUY J; 2PC6 A; 3KOA A; 5J2Q B; 4FYY B; 4ZOS A; 3W2V A; 2QA1 A; 2D9P A; 3CXC R; 3AJ1 A; 4ES3 A; 2EK6 A; 1WC6 A; 4F3M A; 2X3G A; 2YPZ A; 1W2I A; 3GV8 B; 2W4P A; 2MKS A; 2O67 A; 1X4E A; 4RPF A; 2DY9 A; 2WAQ D; 2C2O B; 2E7V A; 2MZ1 A; 3SQG A; 4QWC A; 5DG9 A; 3MPV A; 1LK5 A; 2NSC A; 4I6W A; 4GC7 A; 2HBZ B; 1VRT A; 1IKY A; 2E5G A; 2OH2 A; 3GFZ A; 1OY6 A; 2DNL A; 4C11 B; 1NK8 A; 1TEL A; 1RT4 B; 3KLI B; 3ENA A; 2G2Y A; 3T1H J; 4A8X A; 4P73 A; 3M8R A; 1G7C B; 1R7I A; 4H4O A; 4ANC A; 4LF9 J; 1R43 A; 1VJQ A; 5EWE A; 2YKQ A; 4QW8 A; 3EZ5 A; 4OZ0 A; 4TY8 A; 4WZM A; 3I0S A; 2QYC A; 4KHR A; 3KLE B; 1RBA A; 1UCN A; 4HHJ A; 4KGM A; 5L1I A; 3VAK A; 2BAB A; 1IN0 A; 3GJT B; 1HFE L; 3V4I B; 2X3D A; 3A3N B; 3DU6 A; 2Z58 B; 5GMD A; 1JXV A; 4DCO B; 2CQ0 A; 4LBP A; 1FE0 A; 3A4T A; 3IAS 9; 4HTI A; 4RNN A; 2AGQ A; 3CJR A; 5A8R B; 3MGJ A; 4ZN1 A; 2NQP A; 2ZBP A; 3TA1 A; 4NOH A; 2J8A A; 2RRN A; 4TLQ A; 2HQF A; 1FNM A; 5IM0 A; 4DX8 H; 1NSP A; 5AXL A; 4X64 J; 3I4P A; 2XHW A; 3W66 A; 1N33 J; 2HAF A; 3HDS A; 1DTT B; 5L1K A; 4PRF A; 2OEK A; 1D8Z A; 1MU2 B; 3D6T B; 1FRH A; 4WZQ A; 1XR6 A; 1UVK A; 2WVC A; 2H48 B; 1C4A A; 2PE8 A; 4OQJ A; 4WP9 A; 4TN2 A; 2AWZ A; 1LXJ A; 2NZ4 A; 2ZEJ A; 2E1A A; 3HSG A; 4TU7 A; 1AZS B; 1ARO P; 4K2J A; 1WOP A; 4K59 A; 4FVC A; 5IWA J; 2QE5 A; 4KO0 B; 5AJ3 J; 2XB2 D; 4WFN Q; 3IN5 A; 3P4U B; 4QW9 A; 4DR3 J; 3CC2 S; 2VF3 A; 3MF5 A; 1ZS6 A; 3OR2 B; 3M2U B; 3WBZ A; 2OPP A; 3T1A A; 4B3S F; 4X2B A; 4AQY J; 3WC0 A; 4LFC F; 4LRC A; 1UZD A; 3HPO A; 3FEZ A; 2FJA B; 3PEH A; 4RLE A; 2WB4 A; 3MEC B; 4USW A; 4Y2M A; 3OXF A; 3HP6 A; 3W8G A; 2ZBI A; 4DN9 A; 2V4Q A; 3MPY A; 4OL8 A; 1VC5 A; 3T9N A; 4Q2M A; 3OTB A; 4L6V 3; 2YX4 A; 5JXS A; 4WFA Q; 3PW7 A; 2CQD A; 2EWH A; 2Y1J A; 1VRU A; 3Q86 A; 2W9C A; 3QIP B; 2XS5 A; 4F4W A; 3KLG A; 4B3O A; 3HVR A; 4P2F A; 2RKI B; 1OSC A; 3H20 A; 4TYA A; 1QSY A; 1K1Q A; 3SCK E; 1NEE A; 2NXC A; 2DNH A; 4IO9 Q; 3HHL B; 3MI7 X; 4DR4 J; 3DOL A; 3H8Y A; 1EAR A; 4NLP A; 3PTW A; 4KH1 B; 3LQV A; 2VZ9 A; 4I1T A; 2ZVS A; 2MHN A; 1U0H A; 1UA0 A; 3JTO A; 3ONQ A; 1N54 B; 5KT6 A; 3VWS A; 1KHW A; 3O1L A; 2OSQ A; 2V50 A; 5L8R C; 1M5H A; 3RUB L; 2MB0 B; 1WJ9 A; 4B9N A; 1EJ7 L; 2YH1 A; 1TK0 A; 3R8Y A; 1ZTT A; 4NLW A; 2E66 A; 3D0G E; 3OL8 A; 3KG1 A; 1RAI B; 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4PWU A; 3PW2 A; 2HHS A; 3H2L A; 1DAX A; 4I2Q A; 3AB2 B; 1L3U A; 1QY7 A; 1S49 A; 2XMA A; 1RHU B; 5THW A; 2VIH A; 4JV5 F; 1YJU A; 4MFB B; 4AL6 A; 4OJG A; 1RWO B; 3IR7 B; 2FZK B; 1O5J A; 2C3M A; 3KJN B; 1TAU A; 1YGY A; 2HK3 A; 2W7P A; 2Z8Q A; 2VB6 A; 3GR1 A; 5KT3 A; 5L9N A; 2HSE B; 1RLD A; 3BS9 A; 3PFE A; 3GJQ B; 1O6X A; 2BDP A; 1DRZ A; 1HR0 F; 2W2M P; 3CE8 A; 1WHX A; 2MQN A; 5FLX U; 2QRR A; 1TP7 A; 4CO4 A; 2ZIT A; 4ECZ A; 3LP1 B; 4HDH A; 5I3U A; 3M2R B; 3HMJ G; 2JH3 A; 3CJK B; 1IWA A; 1RWX B; 2ZHA A; 7FDR A; 2DIT A; 2G2O A; 4PXC A; 2XMK A; 4YOE A; 3HSZ A; 3IR5 B; 5BYR A; 1JB0 C; 5DDP C; 2E5J A; 4X65 F; 3W61 A; 1SVD A; 4DZ6 A; 2UP1 A; 1V3Z A; 3Q8P B; 4DX5 A; 2VL1 A; 5GVQ A; 1NDK A; 1UJ6 A; 1U7L A; 6FD1 A; 2D3U A; 3MR6 A; 2MKY A; 3C8Y A; 3Q8U A; 1AUS L; 2DR6 A; 3J7Y I; 5AXM A; 2LYV A; 1RK8 A; 1SQF A; 4DR6 J; 1ZAV A; 1JLB B; 4YUD A; 4Y3C A; 5E7O B; 2DRA A; 1U8W A; 2ZC3 A; 4FXW A; 5DQH A; 1ZZN A; 4RUA A; 3QPI A; 2WTF A; 2JWN A; 1HWJ A; 1WF1 A; 5I4M A; 1SQG A; 3Q8V A; 3ET6 B; 2GIQ A; 5F8M A; 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