The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
100
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structure length |
100
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Chain Sequence |
GSVNEEARKFTENVVGGGERNRLIYCSNLPFSTAKSDLYDLFETIGKVNNAELRYDSKGAPTGIAVVEYDNVDDADVCIERLNNYNYGGCDLDISYAKRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Gbp2 interacts with THO/TREX through a novel type of RRM domain.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protein HRB1
|
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
25
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| structure length |
100
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| sequence length |
100
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-02-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00076 | RRM_1 | RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Alpha-Beta Plaits |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3K0J A; 2CPF A; 4PRF A; 1SJR A; 2MZQ A; 2KYX A; 1WEL A; 3SMZ A; 2MHN A; 2LQ5 A; 2MZR A; 5D78 A; 2F3J A; 2HGN A; 1KD1 T; 2KHC A; 5ITH A; 2FY1 A; 4WF9 Q; 2DNR A; 4PR6 A; 1QM9 A; 3HI9 A; 2RRB A; 2MZS A; 3CCE S; 1VBZ A; 2VOD A; 2CPZ A; 1CVJ A; 3CC2 S; 5IFM A; 3JB9 k; 1R8H A; 1X4D A; 1X5T A; 1X4E A; 1VQO S; 1YI2 S; 2CJK A; 2KG0 A; 1H6K X; 2OIH A; 2M2B A; 1FJ7 A; 4IUF A; 2DH7 A; 1YJW S; 2LEA A; 2LXI A; 2BOP A; 3DLL Q; 3EGZ A; 2DHX A; 1M90 T; 3OW2 R; 4BS2 A; 2CPY A; 1X4C A; 2RS8 A; 4ERD A; 2ERR A; 3FEY B; 4M5D B; 1VQK S; 1WEX A; 1PGZ A; 1U1O A; 2B0G A; 2DNL A; 2M8D B; 5MLC V; 3IWN C; 2OTJ S; 3TYT A; 2CQ4 A; 1P1T A; 3MUT P; 2M88 A; 1HL6 A; 1WF0 A; 2KI2 A; 2U2F A; 3G96 A; 3CF5 Q; 4RU2 A; 1K9M T; 1W2B R; 2RT3 A; 4FXV A; 2CPE A; 1DZ5 A; 3DXB A; 2DGW A; 2RS2 A; 2ADB A; 3THP A; 2QA4 S; 3CMA S; 4W90 B; 1YIT S; 2CQB A; 2KRB A; 2MGZ B; 1DRZ A; 1X4H A; 2RU3 A; 1ZH5 A; 2XS5 A; 1U2F A; 3CUL A; 2MY7 A; 1Q82 T; 3NNH A; 3S7R A; 1VBY A; 2CPD A; 1OO0 B; 2KXN B; 1WG1 A; 5CYJ A; 1Q81 T; 2JX2 A; 2MSS A; 2XB2 D; 5LSL A; 2I2Y A; 1RKJ A; 5EN1 A; 3RW7 A; 2MJN A; 3CCJ S; 2MZT A; 1VQM S; 2AYB A; 1UFW A; 1G2E A; 1U1K A; 1IQT A; 1FJC A; 2O3D A; 3S01 A; 2JVR A; 1SJQ A; 2CQ2 A; 2FHO B; 2KU7 A; 3MD3 A; 2DGO A; 3D2W A; 1VQ5 S; 1X4B A; 2PE8 A; 4U67 Q; 2LYV A; 3R1L A; 1NJI T; 2MYF A; 2DNZ A; 1YJ9 S; 2DNK A; 2J0Q D; 4OZ0 A; 2ADC A; 5CA5 A; 2LEC A; 2YTC A; 1U6B A; 1YJN S; 1N54 B; 4Y00 A; 1M5V C; 2KXH A; 2J8A A; 2OSR A; 4Y0F A; 1M1K T; 3Q2T C; 3PIP Q; 2CQC A; 2KRR A; 2DNG A; 5LJ5 Y; 2NLW A; 2CQH A; 2K3K A; 2CQ1 A; 2MPU A; 3CD6 S; 2HVZ A; 3CCM S; 3U1M A; 2X1B A; 1NU4 A; 1VQ6 S; 2GO9 A; 2DNQ A; 3VAG A; 1WF2 A; 2RVJ A; 1X5O A; 4YUD A; 2F9J A; 2MKI A; 3G6E S; 2FC8 A; 5LSO A; 2CQ3 A; 2CPJ A; 5BJR A; 1U1R A; 5LXY A; 3MDF A; 4F26 A; 1VQL S; 3J7Y U; 1SXL A; 2YWK A; 5GAE U; 2MXY A; 4C7Q A; 2KG1 A; 3P5T L; 2RQC A; 2DIU A; 4V19 X; 3ZZZ A; 1FNX H; 2DO4 A; 2G0C A; 1X5P A; 2DGS A; 2N7C A; 2MGZ A; 2NZ4 A; 1HA1 A; 2AD9 A; 1SJ4 P; 3UCG A; 1S79 A; 3CME S; 2DNO A; 3UD3 P; 2MKJ A; 4PKD B; 2N82 B; 1K8A T; 1WWH A; 2CPX A; 5JVH Q; 3CC7 S; 1U1P A; 1VQN S; 3Q2S C; 2D9O A; 5IQQ A; 3VF0 B; 1N88 A; 2RUG A; 1WHW A; 3ULH A; 1JJH A; 2CQD A; 1WI8 A; 2DHG A; 1HD0 A; 2KT5 A; 2DO0 A; 3R27 A; 2A3J A; 1VC6 A; 2Q79 A; 2MZ1 A; 2KN4 A; 3H2U B; 1K73 T; 1X4G A; 1QVG R; 1VQ9 S; 2E5H A; 2HGM A; 1A7G E; 2KXF A; 3TP2 A; 3MOJ B; 1M5O C; 2DK2 A; 2N3O A; 2CQG A; 2AYE A; 4TU8 A; 3P3D A; 3CCS S; 2HGL A; 2MZJ A; 3VAM A; 3G8S A; 2WBR A; 1UW4 A; 3CUN A; 3NMR A; 3VAF A; 2DGT A; 4UY8 T; 3P6Y C; 5HO4 A; 2UP1 A; 1WHY A; 5DET A; 2DNY A; 3G8T A; 5DDO C; 1VC0 A; 4CQ1 A; 2GHP A; 2QEX S; 3CCR S; 2I38 A; 3CXC R; 4A8X A; 2E5G A; 4WFA Q; 1KC8 T; 1DHM A; 1HD1 A; 1U1L A; 2XS2 A; 2XNQ A; 2RRA A; 2LXU A; 2LEB A; 3TO8 A; 2M70 A; 2XSF A; 2M7S A; 3UCZ P; 2L9W A; 2DGX A; 2DGV A; 4LJM A; 3CPW R; 3NNC A; 1FO1 A; 2F9D A; 2MJU A; 3MUR P; 4FXW A; 2DIV A; 2MQO A; 1F9F A; 2KFY A; 1Q86 T; 2JRS A; 2YH1 A; 2MY8 A; 4WKR A; 3VAL A; 5DM7 Q; 5DDQ C; 2DIS A; 1YIJ S; 4WCE Q; 3SXL A; 2HYI B; 1NO8 A; 3LQV A; 2DGU A; 3BO3 A; 1JJ2 R; 1KQS R; 3U1L A; 2SXL A; 2VON A; 3EX7 B; 2KM8 C; 1M5K C; 2CPH A; 3B4D A; 3IRW P; 1OWX A; 2X1F A; 2E5I A; 3ZZY A; 1N8R T; 3I55 S; 2MMY A; 1X0F A; 3RW6 A; 2X1G A; 2DNN A; 2HZC A; 5JVG Q; 3R1H A; 4CH1 A; 3BS9 A; 3UCU P; 1DBD A; 4ZKA A; 1H2U X; 2MQL A; 2PEH A; 1U1M A; 1BY9 A; 2M52 A; 1AUD A; 3MXH P; 5CXT A; 1N52 B; 2DH8 A; 1WTB A; 3UWT A; 3THT A; 1UAW A; 1M5P C; 3UE2 A; 3PIO Q; 1ZZN A; 3VAJ A; 1ZZF A; 2XS7 A; 3S8S A; 2MQP A; 2ZJR Q; 2M9K A; 4OZ1 A; 1SJF A; 2LA6 A; 2LKZ A; 2J76 E; 1O0P A; 2CQP A; 3SDE B; 3VAI A; 3CCQ S; 5LXR A; 1VBX A; 4LMZ A; 1KOO A; 1URN A; 1OIA A; 1YHQ S; 2MKS A; 5DDP C; 3UD4 P; 1H2V Z; 1YTY A; 4QPT A; 1VQ7 S; 3BEG B; 4IOC Q; 4CIO A; 1U6F A; 1WG5 A; 1JMT A; 1R8P A; 2DNM A; 2E5J A; 5GAG U; 2DNH A; 5IM0 B; 3MUM P; 4WFN Q; 2DB1 A; 2E44 A; 3G9C A; 2LMI A; 2DIT A; 3B4M A; 2KH9 A; 2L41 A; 4WFB Q; 3CCL S; 3LPY A; 1S72 S; 1UP1 A; 3P49 B; 2VOP A; 3HHN B; 1KOH A; 2M4M A; 4TLQ A; 1XN9 A; 4QQB A; 1WHX A; 1WF1 A; 2YH0 A; 3BO2 A; 4IOA Q; 2JWN A; 2FC9 A; 1WEY A; 3NS5 A; 1FXL A; 1RK8 A; 2OSQ A; 2ZJP Q; 4LIR A; 1U1N A; 2AYG A; 3G71 S; 4CH0 S; 2L08 A; 4YB1 P; 4C0O C; 3MUV P; 1L3K A; 1SJ3 P; 2D3O R; 1D9A A; 1VC5 A; 1WHV A; 4Z2X A; 4WII A; 2M8H A; 3H2V E; 2CQI A; 1U1Q A; 5HL7 Q; 2BZ2 A; 5GAD U; 4F02 A; 3S6E A; 4C4W A; 2U1A A; 1P27 B; 3MD1 A; 2DHS A; 5LJ3 Y; 5D77 A; 2EK1 A; 1A9N B; 2CPI A; 4P6Q A; 5H1S V; 4EGL A; 1B7F A; 2AYM A; 1WEZ A; 2VOO A; 2OJ3 A; 3N9U C; 2KVI A; 3SDE A; 1PO6 A; 2LA4 A; 3CCV S; 3G4S S; 4IO9 Q; 1FT8 A; 2FPH X; 1OPI A; 1X4A A; 2DNP A; 2X1A A; 5FJ4 A; 2M0G B; 1QVF R; 4W92 B; 4UQT A; 4ED5 A; 1D8Z A; 2OTL S; 4TU7 A; 1H2T Z; 3V4M A; 5GAH U; 2MKK A; 1VQ8 S; 2MQN A; 1VQ4 S; 2RNE A; 3BO4 A; 5GMK a; 5GVQ A; 2XNR A; 2G4B A; 4QU7 A; 2ZJQ Q; 1X4F A; 4YOE A; 5IM0 A; 2LCW A; 2RQ4 A; 2MB0 B; 3FEX B; 2KM8 B; 2MQM A; 2MST A; 2J0S D; 3J7Z T; 3US5 A; 1WI6 A; 2CQ0 A; 3VAH A; 2DGQ A; 2K8G A; 1WG4 A; 1JJ4 A; 3NS6 A; 4J5O A; 3NNA A; 2MKC A; 1Q7Y T; 2EK6 A; 1YWX A; 3CCU S; 2YKA A; 4TU9 A; 2JVO A; 3L3C A; 2QFJ A; 2EVZ A; 2MKH A; 4F25 A; 2D9P A; 3MI7 X; 2MQQ A; 1X5S A; 1FHT A; 3VAK A; 2V94 A; 3CC4 S; 3CTR A; 3I56 S; 3EGN A; 2DH9 A; 1FJE B; 5DM6 Q; 5DDR C; 2DHA A; 1VQP S; 2N3L A; 2G1D A; 4QU6 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DLE A; 1SJR A; 1V3S A; 1WEL A; 2E1R A; 1ZTW A; 5E2Q A; 3SMZ A; 2EKN A; 2HFN A; 1SV5 B; 4DF8 A; 4OI0 A; 4NOH A; 3D3B J; 2ZE2 B; 4O3O A; 3JAM Y; 4I7F B; 3SCI E; 1T03 A; 1VQO S; 2BQU A; 5C25 B; 2B9E A; 4FYY B; 3MPW A; 2DH7 A; 1HNW J; 1UCN A; 4NPO A; 1HHQ A; 3DRP B; 2CPY A; 1C1C B; 1IBC B; 3WZ0 A; 4WTO B; 3W5Y A; 4PXD A; 1Y5N B; 1HL6 A; 2YWF A; 3BGU A; 2RDD A; 3FVY A; 3MAA B; 1VIX A; 3M8S A; 3I32 A; 1K9M T; 1W2B R; 2ZUG A; 1JNZ B; 3HHL C; 2GVZ A; 4E2F B; 4YEA A; 2MGZ B; 2WON A; 4WKY A; 4NLT A; 2BJ3 A; 3KK3 A; 1U2F A; 5AE3 A; 1BWE A; 2CNN B; 1Q8K A; 5LSL A; 1RTH A; 4EUV A; 4OJG A; 2ILY A; 2KU7 A; 1DAR A; 4KV8 A; 1YJ9 S; 4IFV B; 5CCL A; 1RHR B; 3QT6 A; 4OLP A; 2LLZ A; 4B9U A; 2J8A A; 3FC9 A; 3LGM A; 2HK2 A; 1F9E B; 4RW4 B; 2BEF A; 1TU0 B; 1X5O A; 3W63 A; 4KHP J; 4OHW A; 5IQ6 A; 5LMN J; 2HHW A; 5A0Y B; 3MMC A; 3G82 A; 5HK4 A; 5FDL A; 2RQC A; 4B17 A; 2EFV A; 2DO4 A; 4K4V A; 1KVI A; 5J1P A; 1SJ4 P; 1S79 A; 3AOC A; 3UR3 C; 4K4X A; 1BQX A; 2RUG A; 1TKZ A; 4GC6 A; 1WC3 A; 2DXE A; 4P2S A; 2KT5 A; 4LRC A; 2ZH9 A; 4QWC A; 5L8R C; 5B09 A; 1Z2L A; 4RWW A; 3TP2 A; 3AB2 B; 1WDT A; 3RRG A; 2AYE A; 3QJP A; 3M2V A; 1V5I B; 2ZBI A; 4RUA A; 2DNY A; 1RWP B; 1U48 A; 2PI5 A; 4W4M A; 3DNC A; 3CCR S; 3HFZ B; 3HVR A; 3DI6 B; 2B43 A; 1DTT A; 1HD1 A; 5ETR A; 2LEB A; 3TO8 A; 1VR6 A; 2XSF A; 1RLC L; 5BYQ A; 3BJY A; 3BSO A; 3LP2 A; 4P72 A; 4N56 A; 3MUR P; 3D28 A; 3TAN A; 1UJ4 A; 3IS9 B; 4HT7 A; 1WTF A; 1OY9 A; 4ZP6 A; 2VG7 A; 2C2R A; 5A2Q Y; 1Q0N A; 3AOB A; 3LWM A; 4JI8 F; 2K1R B; 3F56 A; 5J2P B; 3TUZ C; 2MMY A; 2YX4 A; 3R7N B; 2ZH7 A; 3TA1 A; 1S9F A; 4GKK J; 3BPS P; 2PEH A; 2DXF A; 2W4C A; 4GRS A; 2DH8 A; 4DSL A; 1WTB A; 4I2P A; 2QO3 A; 3N6L A; 2B9X A; 4HDH A; 4FYD A; 1PC4 A; 2J7U A; 2CQP A; 1N34 F; 3DLK A; 4DFP A; 1XR7 A; 5KG6 A; 3UD4 P; 3TZW A; 4DX6 A; 4HH1 A; 1VJQ A; 2B8P A; 3GCX P; 3QQC D; 1T11 A; 1KLN A; 2DB1 A; 2BJ7 A; 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1KNZ A; 4DS4 A; 2KRB A; 1DY3 A; 1S76 D; 2R2R A; 1ZH5 A; 1MW7 A; 1FER A; 4X4V A; 4NCB A; 2GNK A; 1ZET A; 2W9C B; 1D09 B; 2O3D A; 1X31 C; 2XMU A; 4PPZ A; 2PE8 A; 2R7S A; 1KDN A; 4ZJL A; 4O44 A; 2FVR A; 4DDF A; 4RUB A; 2Q1L A; 3MHY A; 5KFJ A; 2IRY A; 4MYU A; 2QA4 G; 2GMH A; 3RR8 A; 3O44 A; 3PG9 A; 4CT9 A; 3U1M A; 3NKY A; 3RJM B; 1Q7L B; 5J2N A; 3FRY A; 4X66 F; 4BWJ A; 2CPJ A; 2EBE A; 3QGP A; 3OSN A; 3CD5 A; 3W61 A; 3K57 A; 2UV8 A; 3P5T L; 1JXV A; 2E1P A; 2PD1 A; 3NAI A; 4OLO A; 3LF0 A; 2CFX A; 1WKJ A; 3SEO A; 1PC5 A; 3UD3 P; 1P1L A; 3DYA A; 1R8A A; 3T41 A; 1AYE A; 4G1Q B; 5EGY A; 4KT0 C; 2QA2 A; 3ILO A; 4ZVQ B; 2ZDP A; 1MSW D; 2DHG A; 1ROF A; 5ETQ A; 1QAX A; 2BR0 A; 3EPG A; 2BUN A; 4RNM A; 4NLG A; 4IFY A; 3M30 B; 3ISN D; 5I42 B; 3G8S A; 3CUN A; 3ZO7 A; 1FWK A; 4BHQ A; 2I9S A; 3LAN A; 3SFU A; 4EZ6 A; 5KFC A; 1JXL A; 4F4X A; 2BKN A; 1FRX A; 4TVA B; 4KFB A; 3I4P A; 2PO4 A; 5KFR A; 4DF4 A; 4HHH A; 3AA9 A; 4L72 B; 3CJS A; 2YKN A; 1RYR A; 3AAW B; 2MQO A; 1F9F A; 5K14 A; 2MY8 A; 5AJ3 F; 4DV4 J; 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