The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
45
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sequence length |
286
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structure length |
286
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Chain Sequence |
YGRLVSRAAIAATAMASLLLLIKIFAWWYTGSVSILAALVDSLVDIGASLTNLLVVRYSLQPADDNHSFGHGKAESLAALAQSMFISGSALFLFLTGIQHLISPTPMTDPGVGVIVTIVALICTIILVSFQRWVVRRTQSQAVRADMLHYQSDVMMNGAILLALGLSWYGWHRADALFALGIGIYILYSALRMGYEAVQSLLDRALPDEERQEIIDIVTSWPGVSGAHDLRTRQSGPTRFIQIHLEMEDSLPLVQAHMVADQVEQAILRRFPGSDVIIHQDPCSVV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the zinc transporter YiiP.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ferrous-iron efflux pump fieF
|
| molecule tags |
Transport protein
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
45
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| structure length |
286
|
| sequence length |
286
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01545 | Cation_efflux | Cation efflux family |
| A | PF16916 | ZT_dimer | Dimerisation domain of Zinc Transporter |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Alpha-lytic protease prodomain-like | Cation efflux protein transmembrane domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Cation efflux protein, cytoplasmic domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2QFI A; 3BYR A; 3W5Y A; 3BYP A; 3W8G A; 3W63 A; 3W64 A; 5HSP A; 3W5Z A; 3W61 A; 3W65 A; 3W60 A; 2ZZT A; 3W5X A; 3W8P A; 3W66 A; 3H90 A; 3W62 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3I5B A; 3U1L A; 3Q24 A; 1C1B B; 2UVW A; 1MML A; 5HQL A; 5B7W A; 3HHD A; 3MAH A; 4ZK7 M; 1JX4 A; 3UDL A; 2BE2 A; 1SKW A; 3OSN A; 2W9B B; 3TZZ A; 2QLB B; 4CI0 B; 3BDE A; 2QIF A; 3NEK A; 5K5M A; 5B09 A; 1FKO B; 1M0S A; 1U2F A; 1QJH A; 4O3N A; 2FJE B; 3UD4 P; 4O0I A; 2GJ2 A; 3NP5 A; 2AZ3 A; 1RT7 A; 3LA0 A; 4TU9 A; 4H4M B; 3IGV A; 1WAC A; 5A2Q Y; 3N01 A; 4ZOS A; 2HEK A; 3LUY A; 2BXJ A; 2VHG A; 1FES A; 1Q7L B; 1KQF B; 2A18 A; 4L76 A; 4NLD A; 3VGU A; 2ROP A; 2FZC B; 3DDN A; 4CLL A; 2ADC A; 1IWG A; 4Z37 A; 1RWV B; 3CCR S; 1M90 T; 3CDA A; 2UV8 A; 2ZBQ A; 1WC4 A; 2WVD A; 2HLT A; 2CJK A; 1NO8 A; 2Z4P A; 4O44 B; 3CJ3 A; 2NCK L; 1RXO B; 1HNV B; 4CP5 A; 5D0R A; 1HYS B; 1HWL A; 3THV A; 4LSL B; 1WDT A; 3HPO A; 1X4G A; 3KNA A; 2YNH A; 2Z30 B; 4IQM A; 4U67 Q; 1S1U B; 4OI2 A; 1PIE A; 3BGU A; 4TY8 B; 2HW3 A; 1WSV A; 5FDL A; 1B99 A; 2WOM A; 3KKF A; 1JIH A; 1BE4 A; 1XR7 A; 3SSQ A; 1KOH A; 1XEZ A; 3NXZ A; 2FB0 A; 5KFC A; 1V3R A; 1BGX T; 1IM4 A; 4DL0 C; 2OIH A; 2GO8 A; 3DRY A; 4O3R A; 1VBX A; 2JC1 A; 1Q86 T; 4HLB A; 2Z8Q A; 5E3P A; 1NDK A; 4NCG A; 1Z2L A; 3SQG B; 4NX9 A; 3V6J A; 3BGR B; 2AIR B; 2QTW A; 1F2G A; 4KAI A; 4OZ5 A; 2KJV A; 3PCO B; 4RWX A; 1Y11 A; 2CQ3 A; 1JLC A; 2OJ3 A; 4LR7 A; 3T19 A; 1IBL J; 1NHK L; 5EHH A; 1IBL F; 4C8N A; 2R7S A; 1FD8 A; 1JLQ A; 3CC7 S; 2YKM A; 2VG5 A; 3DRS B; 4Q0B B; 1FEH A; 1SC3 B; 3IBW A; 4MFB A; 3GFY A; 4F2S A; 4M1K A; 4DV6 J; 3FCV A; 1FJG J; 4DV6 F; 3VGV A; 3M8P B; 2VOP A; 3DOK B; 3I31 A; 3ZC4 A; 4H4M A; 4WK3 A; 4CLP A; 4CWB A; 2IDL A; 3NCP A; 4ED2 A; 5HSP A; 1T03 B; 4GKK J; 3QRQ A; 2QSW A; 5J2P B; 1WF0 A; 4GKK F; 2OUG A; 2VA3 A; 4RW4 B; 4AL5 A; 4OIX A; 3WQP A; 4AFF A; 1GX5 A; 2PN6 A; 3MCO A; 5AE1 A; 4I4B A; 2IJR A; 3CMQ A; 1T3N A; 3DYA B; 1QE1 A; 2BKN A; 3EMT A; 3LP0 A; 3BJY A; 2W4P A; 2UUC J; 3PO4 A; 4O44 A; 1X4C A; 2UUC F; 2M4M A; 3VAL A; 2DPI A; 1B0T A; 2YWW A; 3QGP A; 4UQT A; 1AXQ A; 4LR9 A; 1FA0 A; 4DPW A; 1VFJ A; 3DM2 B; 1XN9 A; 4NML A; 3V6K A; 2HND A; 5EUH A; 4CH1 A; 2MEW A; 3W9I A; 2R7Q A; 2Z2Y B; 3M8S A; 3D67 A; 4TLR A; 1HFE L; 3HSG A; 4K7Q A; 4NA2 A; 3FFI A; 4KR0 B; 4QW8 A; 3LAM A; 2BAN A; 2YKO A; 2HZV A; 2KG1 A; 4CQ1 A; 1MRO A; 4KFB A; 3CB4 A; 4DQI A; 5KFB A; 2MQL A; 1KDN A; 3M2U A; 4X4V A; 2HGM A; 4F3Q A; 2DXF A; 2DNH A; 1HQE A; 2ZBC A; 2YWK A; 2DHH A; 1YQH A; 2LQ5 A; 4UST A; 2EG2 A; 3IWX A; 4D3G A; 3IRX B; 3W8P A; 2CQD A; 2DGT A; 4F25 A; 4FBU A; 3BGF A; 1UWA A; 2MPU A; 1X60 A; 3DLB A; 3GON A; 4QWB A; 4ELU A; 1WHV A; 1OPI A; 4RBT A; 2M8D B; 4LQ3 A; 5EWF A; 4OYA A; 4KTQ A; 4WP8 A; 4KHR A; 1NB7 A; 2VPW B; 4YY3 J; 2K1R A; 2FY1 A; 4YY3 F; 4DX8 H; 1RT5 A; 4B3O B; 3QQC D; 1PJ7 A; 4P52 A; 3M6W A; 4I2P B; 4Y28 C; 2RRN A; 3H5Y A; 3RBX A; 3MTK A; 2GQ2 A; 2HFS A; 1L3S A; 3ZZZ A; 2NRE A; 2EFV A; 1SKS A; 2MB0 B; 4R5P A; 1WC0 A; 3BN4 A; 4PKD B; 2M9K A; 3V6D A; 3HFV A; 4CYU A; 3FQK A; 3R7B B; 2DVI A; 4ZVF A; 1YJ9 S; 1S1W B; 1FJE B; 1S48 A; 2V9W A; 3IWL A; 2XGP A; 3IM9 A; 1X8D A; 3CJ5 A; 2R7U A; 1ZBT A; 1KNZ A; 3J7A N; 2NSC A; 5DGB A; 3AOD A; 4ZCL A; 3RRK A; 3R7N B; 4HAC A; 2LEB A; 2DRB A; 2XSF A; 3HDS A; 2G13 A; 4OZ3 A; 3NS7 B; 3W62 A; 1AFJ A; 1TKZ B; 4P2S A; 4NI2 B; 2XNR A; 2E1M C; 2E5J A; 2MZJ A; 5KFQ A; 4KH0 B; 1TL7 B; 5F8G A; 3AT1 B; 3Q2S C; 3G6E S; 1HHT P; 4P2X A; 1CUL B; 3VAM A; 3GJS B; 3R5G A; 2G2Z A; 2CNN B; 1FO1 A; 1TMJ A; 7FD1 A; 3UW1 A; 3QZ8 A; 1EAR A; 4ED5 A; 3CD7 A; 4KRW A; 3B4M A; 3CCT A; 4ES1 A; 1HQU B; 1B7F A; 1BUX A; 5CH7 B; 2VJV A; 3BGL A; 2QGF B; 3N6N A; 4RW6 A; 4IFY A; 5CCL A; 1ULR A; 3ZXW A; 1S4E A; 3IRX A; 2Z56 B; 1XER A; 4DX5 A; 1QSS A; 5IC6 B; 1MU2 A; 3DGV A; 5J2M B; 3IRW P; 1QTN B; 4KC5 A; 2E66 A; 1VDH A; 4IR9 A; 2ZBP A; 2IPO B; 2ZIT A; 1U1M A; 1F0X A; 2ZJQ Q; 1TFW A; 4MIW A; 3A3P B; 1QSL A; 4C0O C; 2DEJ A; 3T5J A; 5DRK A; 1Y00 A; 3CNQ P; 3FC9 A; 2H4Y B; 5BXI A; 2RKI B; 2XMJ A; 3GFX A; 4WWS A; 2VG7 B; 2FHJ D; 2AJF E; 4P9S A; 5KFX A; 1SV5 B; 3UPF A; 3TNV A; 1HD0 A; 1FTR A; 1J5E J; 4DZ6 A; 3FEZ A; 3NBP A; 2PI5 A; 1QUV A; 1J5E F; 1M5H A; 1KFD A; 2OFG X; 5IZH A; 4V19 J; 2YQ1 A; 2V5H G; 1WSR A; 4C8M A; 4DPX A; 5IM0 B; 2IMO A; 1FK9 A; 2HBY B; 1U7L A; 2B4U A; 2R7T A; 3UNY A; 4IRK A; 4W92 B; 3OR2 B; 3K5P A; 2J9E A; 3BPD A; 1BC6 A; 1W2B R; 1UP1 A; 3TUZ C; 4ELT A; 3KJF B; 3EE3 A; 2D7S A; 4DSJ A; 3I4P A; 4ZIT A; 3L4B C; 1VRT B; 1FDA A; 5JVG Q; 5KG1 A; 4R0E A; 3QGI A; 3M8W A; 2E1A A; 4RX6 A; 2HQF A; 1EZZ B; 3CCZ A; 5A8R A; 2DNP A; 3K89 A; 1VC5 A; 1X4D A; 4HKQ A; 2G1D A; 3A8I A; 2O1P A; 4NI2 A; 4ZJQ A; 4RNM A; 3LAN A; 2RF2 A; 2VIH A; 4F4A A; 5JMN A; 4KKO B; 1RT1 B; 3QJL A; 4LT6 A; 5HQ8 A; 2DNQ A; 1Q8K A; 3BDP A; 4Q2M A; 3HKW A; 4KBI A; 2AKW B; 2M5Y A; 3H90 A; 1LWE B; 3D4J A; 2W7O A; 4FBT A; 4DPT A; 3HT3 A; 1WTF A; 4MKA A; 3IO1 A; 4M5D B; 1RWX B; 5D77 A; 3LF0 A; 3LTO A; 1HW9 A; 3DI6 A; 1IUJ A; 3BR8 A; 2KM8 B; 1SL1 A; 3D0H E; 3UN2 A; 2D74 B; 4OZL A; 3SDE A; 4PYD A; 2J6S A; 1Q8B A; 4PCQ A; 1QAY A; 4OI6 A; 1NAQ A; 2G0J A; 3M9M B; 3V4I B; 3PW4 A; 2OEJ A; 2VPY B; 2B5J A; 1TZ0 A; 1WC5 A; 5IWA J; 4Y2A A; 2CVE A; 4HH1 A; 4N56 A; 3OLB A; 2OEK A; 3G8S A; 1TV6 A; 5IWA F; 1YJV A; 3ZZU A; 4KO0 A; 3I0S B; 4CM0 A; 4OJ3 A; 5K8M A; 5KFM A; 2CPJ A; 1VCT A; 2N4C A; 4LF1 A; 1IKW A; 2BAC A; 5E3R A; 3GSD A; 2IYI A; 4DBQ A; 1FHT A; 4CNZ A; 4FNH A; 3ENV A; 5BR8 F; 1SV5 A; 4IH6 A; 1W25 A; 4U96 A; 2R3V A; 1KFS A; 1H7W A; 3MAA B; 4YHH J; 2H5I B; 4KT0 C; 4YHH F; 2DO4 A; 1CVJ A; 1CJT B; 1PYS B; 2BKP A; 2WTF A; 4NA3 A; 5F8J A; 3M30 A; 2MLY A; 2VOO A; 5K9F A; 3GCW P; 1S9G B; 3R97 A; 3HJV A; 5FLX U; 4N41 A; 2BJ1 A; 3FMB A; 2ZHO A; 4QIW D; 4LVO P; 3OR2 A; 3AXK A; 2KRR A; 3QFH A; 4ICL A; 3DGP A; 4JB8 B; 2HHX A; 4JI1 J; 1EJ7 L; 1RKJ A; 3KK2 A; 3HSD A; 2UUT A; 4WII A; 1X0P A; 3DXS X; 2ATC B; 2DNL A; 2C3M A; 3CSK A; 3DU5 A; 1FRL A; 4UUX A; 1SVD A; 2WCX A; 2O66 A; 2R2R A; 9RUB A; 3QT6 A; 3D9B A; 4A48 A; 1F9E B; 4PXE A; 2CAJ A; 1FKP B; 1KR4 A; 4ZVP B; 4RNO A; 3HVR A; 3K57 A; 1FXL A; 2HHV A; 4RZR A; 2YVS A; 4GVB A; 4CLT A; 3HF5 A; 1SJ4 P; 1GX6 A; 2OPS B; 3I55 S; 2WK4 A; 2CQ2 A; 4O3O A; 2H5J B; 4C9D A; 2BX6 A; 2LDI A; 2CWK A; 4DFJ A; 4H4O B; 3M9O B; 2DYA A; 4EYH B; 4HI1 A; 4LQ9 A; 2KG0 A; 4YQW A; 7FDR A; 4QU7 A; 4U7U K; 4KV8 B; 2DIV A; 1YWX A; 5KFJ A; 1O51 A; 4F7V A; 2J0Q D; 3DDI A; 3BEG B; 5CCM A; 3PXG a; 3GP9 A; 4P6Q A; 4R0J A; 2AYB A; 4ED0 A; 4KH1 B; 2Z0G A; 3LW5 C; 3ZZT A; 1URN A; 3GQC A; 3KLF B; 1S76 D; 1Z4U A; 3KG4 A; 1SBR A; 1HBO B; 2YWF A; 3WZ0 A; 3MUT P; 4OV6 A; 1HBM B; 1RSC A; 1R31 A; 4DFP A; 4PWD A; 2BYC A; 3RRH A; 3QT8 A; 4K5R A; 5B0D A; 3POT B; 6AT1 B; 5HK4 A; 4WYW A; 4DL6 A; 1E6Y B; 2LU1 A; 3GWC A; 3MM5 A; 4DR3 J; 5HMZ A; 3MGJ A; 2WBM A; 2DGU A; 1QUP A; 1HHS A; 2ZDP A; 2VD3 A; 5F8H A; 3QIP A; 1JJ2 R; 1HNI B; 4DV3 J; 4LIW A; 5MAO A; 1RT2 B; 3TWZ A; 2DD8 S; 1H2T Z; 4YUD A; 4DV3 F; 1T02 A; 1MN7 A; 5L38 A; 3R2C J; 5KFD A; 2MKS A; 5B0G A; 2VUG A; 4KHP J; 1HAR A; 1WHX A; 5KFP A; 4KHP F; 1SH3 A; 5C7P A; 2HBQ B; 4LF6 J; 4EO6 A; 2GNK A; 5LSL A; 4LF6 F; 2OPR B; 1RAC B; 2W7P A; 1V3S A; 2MY7 A; 3D6T B; 5J2N A; 2DRA A; 2DHG A; 3VCD A; 4ELV A; 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2ROG A; 3K2Y A; 1GEH A; 3GR0 A; 3T5K A; 4M5G A; 1RUS A; 5A6W A; 2KT5 A; 4TVA B; 2NLW A; 1S9E B; 4W90 B; 1RKI A; 5L46 A; 3H7H B; 2W1B A; 2UVU A; 3ETO A; 2E5G A; 1FRX A; 3QMQ A; 4G1Q A; 3P8B B; 3MPV A; 4LSZ B; 2IM2 A; 1SL2 A; 1F6T A; 2XZW A; 2SXL A; 3Q0A A; 5KOW A; 3W66 A; 1QVF R; 4LSN A; 3OV7 A; 3GB0 A; 4RR5 A; 2VF3 A; 5KFZ A; 1V9O A; 2MZQ A; 2F40 A; 4DF8 A; 4MK9 A; 1AZS B; 1CJU A; 5IS2 A; 4U7C A; 1RIS A; 4OX7 A; 1ZAW A; 3ZO7 A; 2PE8 A; 3MEG B; 1EET B; 2VBZ A; 1U6F A; 4IDK A; 3S6E A; 3NGT A; 4F67 A; 1N6Q B; 3A1Y G; 2OSR A; 4UOH A; 1C4C A; 2J0S D; 2P6T A; 1HMV A; 3G4S S; 3D0G E; 4NZ0 A; 4IQX A; 3PIP Q; 2DY1 A; 3QT7 A; 4EBE A; 1ZA2 B; 5F8I A; 1VQO S; 3OFG A; 3DNC A; 1AB8 A; 3CXC R; 4LFC F; 3T5L A; 2J6U A; 2QL9 B; 4C4W A; 1G6B A; 4WZM A; 2JSX A; 2B8P A; 4Y2C A; 5T14 A; 3KHL A; 3NMR A; 2J8A A; 1CS4 B; 5CAB A; 3M32 B; 5LM7 E; 1FE0 A; 3KHH A; 1VBZ A; 2I0X A; 1WOS A; 5H9E K; 4DDF A; 4DMZ A; 2MQN A; 2J0X A; 3M8Q A; 4HTI A; 1TL3 A; 2FVP A; 2E1C A; 2WSC C; 3O44 A; 4OHZ A; 4DG1 B; 3DLG A; 4CO4 A; 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