The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
93
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structure length |
93
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Chain Sequence |
HKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
In Silico Identification and Crystal Structure Validation of Caspase-3 Inhibitors without a P1 Aspartic Acid Moiety.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CASPASE-3 SUBUNIT P17
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
18
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| structure length |
93
|
| sequence length |
93
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2010-11-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1F9E B; 3R5J B; 4ZVU B; 2XYG B; 2XYP B; 2Y1L B; 2HBY B; 3D6F B; 3R7N B; 1BMQ B; 2H48 B; 2QLJ B; 3EDR B; 5K20 B; 1PAU B; 1ICE B; 4ZVO B; 2C2Z B; 1RHM B; 3KJQ B; 1PYO B; 3GJS B; 1RHK B; 4JB8 B; 2FQQ B; 2HBR B; 4DCJ B; 4ZVQ B; 1I51 B; 1RWK B; 1RHJ B; 2CJY B; 2H4Y B; 3D6H B; 2H65 B; 2XZD B; 2C2K B; 2CNO B; 3EDQ B; 3R6G B; 5IC4 B; 2P2C B; 2DKO B; 4LSZ B; 2CNK B; 2H4W B; 4DCP B; 1RWN B; 2QL5 B; 2HBQ B; 1RWO B; 2QLF B; 2CJX B; 1GFW B; 1RWX B; 1RHU B; 3QNW B; 3NS7 B; 5IC6 B; 1SC4 B; 3R6L B; 2CNN B; 4DCO B; 3IBF B; 3GJT B; 2H5I B; 3IBC B; 1QTN B; 1RWW B; 1RWM B; 1RWP B; 1RHQ B; 2H54 B; 2HBZ B; 2CDR B; 3D6M B; 4ZVR B; 1RE1 B; 1SC1 B; 1NME B; 2C1E B; 3RJM B; 2H51 B; 1IBC B; 2QL7 B; 2Y0B B; 1RWV B; 3KJF B; 3GJQ B; 2CNL B; 4ZVS B; 3P4U B; 3KJN B; 3P45 B; 3R7B B; 3SIP B; 1SC3 B; 2H5J B; 1QDU B; 4ZVP B; 2XZT B; 2XYH B; 3GJR B; 3R7S B; 2C2O B; 2C2M B; 2QL9 B; 4ZVT B; 1RHR B; 1I3O B; 2QLB B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4KGV B; 3HT0 A; 1IJF B; 1PJ6 A; 2MLX A; 3CCM S; 5LSL A; 3HHK A; 2X1A A; 3BGL A; 4NLX A; 1AYE A; 4J9N A; 3BQ2 A; 5HQL A; 2LYV A; 1Q8B A; 2V8H A; 3NAH A; 1I51 B; 1EIY B; 1XC9 A; 4K59 A; 3AB2 B; 2XZD B; 3HHL B; 2GIQ A; 1EET B; 4UST A; 2VG6 B; 1KR4 A; 1LWE A; 2ERR A; 1TFY A; 1X9M A; 1CS4 A; 4ZLP A; 3N4W A; 3HHL A; 1EET A; 4C7Q A; 4Z37 A; 3LP0 A; 4LMZ A; 1RAO A; 4FKX A; 1HFE L; 1MWQ A; 2UXD J; 2D3O R; 3KK2 B; 3JYT B; 1FT8 A; 3Q86 A; 2HVE A; 4CO1 A; 3PEJ A; 2NR0 A; 2VPZ B; 4P2X A; 5GAD U; 5B0B A; 4UZC A; 3JYT A; 3GYX B; 1NME B; 2C1E B; 1ZZN A; 4DV2 F; 1DHM A; 4ZLJ A; 1RB0 A; 2A2C A; 3CIM A; 3WIV A; 3GV7 B; 1C1C B; 2VPX B; 1H73 A; 4JI2 F; 4Q2L A; 2VQF F; 2F40 A; 1XBW A; 4A4J A; 2L41 A; 3RRH A; 1FTR A; 3CWJ A; 2IM1 A; 4B9N A; 4IUF A; 2EFP A; 3MUT P; 2DIU A; 5KT7 A; 1L3T A; 2ATC B; 4DEZ A; 3FMW A; 2KZZ A; 3HM9 A; 3H5S A; 3N6N A; 4ZCL A; 2DR7 A; 4C3M A; 3IGN A; 2YQ1 A; 3FJ2 A; 1C1B A; 3GWC A; 5F3T A; 2GHV C; 2CPZ A; 4PXD A; 4UY8 T; 4KO0 B; 1B7F A; 1WG4 A; 5CH7 B; 2YH1 A; 3QWU A; 4EZ9 A; 4OI2 A; 4UTG A; 1FXL A; 4PQU B; 4RL1 A; 2U2F A; 5DRK A; 4ANE A; 3AD9 C; 4PQU A; 1HR0 F; 1IKY A; 4ZVR B; 5F9N A; 4YHH J; 5F8H A; 1SC1 B; 4H4M A; 4CYU A; 1ZAX A; 3UN5 A; 4LF1 A; 4URG A; 2Z57 B; 2L9N A; 2ZH8 A; 5B0D A; 2JEJ A; 2XYH B; 4M5H A; 2XS5 A; 5CAB A; 5A8K A; 3CO9 A; 4QYZ K; 3I87 A; 3W62 A; 4NCA A; 1IBL F; 4OYO A; 4DWI A; 4DR7 F; 2LXU A; 1T7P A; 2XY7 A; 1KOH A; 3HVT A; 1NK5 A; 3AD7 C; 2M70 A; 1MML A; 3WDO A; 1TKX A; 4EGL A; 2DCU B; 4DV1 F; 1K73 T; 2AIR B; 2EVZ A; 1NH7 A; 4ZP7 A; 2V9W A; 1S10 A; 3M6X A; 3DGP B; 3BBB A; 1W25 A; 4K2X A; 2V9K A; 2HQC A; 3DGP A; 3UCZ P; 1YK9 A; 3MAH A; 4DMZ A; 2E1M C; 4AD6 A; 1CSJ A; 2DNN A; 2HHX A; 4DR2 J; 3CVK A; 2NPI A; 1LK5 A; 3QJJ A; 2AX0 A; 3M6V A; 3BEG B; 3PYE A; 2NRE A; 1YJ9 S; 4TU9 A; 2BQR A; 3PRD A; 1RAC B; 2LA6 A; 4DN9 A; 4ZVE A; 1AUD A; 2HWT A; 3M1V A; 5GAG I; 4ECR A; 1F60 B; 4WF9 Q; 4FPI A; 3ITH B; 3ENV A; 5KT5 A; 4WIQ A; 4L73 A; 1F3F A; 4MJK A; 4I4B A; 1N0U A; 3IC1 A; 3M30 B; 2CG4 A; 3BSO A; 4XK8 C; 1YJV A; 3SFG A; 5J1P A; 1JQG A; 4EYH B; 2F7V A; 3SCJ E; 5LMN J; 1RAI B; 2OPR A; 2PFF B; 1PCA A; 4JI5 F; 4RX6 A; 2JDJ A; 1HQE B; 1WOR A; 1U6B A; 3C46 A; 2HHP A; 3D7S B; 3JSR A; 1S5Z A; 4QR1 A; 4G1Q A; 2CJX B; 4EEY A; 2R7U A; 2N4D A; 3M8Q B; 1WKK A; 2XWY A; 3QO9 B; 2YKA A; 3WX8 A; 5CYQ B; 2HNY A; 3M8Q A; 4R8U A; 4UOF A; 3CJ5 A; 3S8S A; 4RJV A; 1FRH A; 3T5H A; 3QRR A; 5KOX A; 2OSQ A; 2NUU G; 3GJQ B; 2RML A; 2VG7 A; 1X4E A; 2C2E A; 1VHI A; 3C15 A; 2F65 A; 2ZIT A; 5HQ8 A; 5HLF B; 3SCK E; 4E0D A; 1JJH A; 4LRC A; 3KMS A; 4ZVU B; 3AJD A; 3UI3 A; 3VF0 B; 4OI6 A; 1VI7 A; 2H48 B; 3C6T A; 3CJ4 A; 1Q81 T; 1IWA A; 5FLX Y; 2KYZ A; 4NML A; 5KG0 A; 1U1O A; 2JEI A; 4NXN F; 4RLE A; 4LR8 A; 5K8O A; 3DLB A; 1YIJ S; 5RUB A; 3HF5 A; 2RUG A; 1QE1 B; 3TA0 A; 2FZK B; 3QRQ A; 1X9W A; 1S7I A; 3VAM A; 3MEG A; 4ER8 A; 1KDN A; 1RBO B; 1VC6 A; 1FKP A; 4I6Y A; 2WW4 A; 3CJS A; 2B7C B; 5LSO A; 1HBO A; 2Z56 B; 3CXC R; 4X66 J; 3GR0 A; 3KJN B; 3D1O A; 1YJ7 A; 2C42 A; 1JLC A; 4F3O A; 3MEE B; 2ALZ A; 2V34 A; 4NA1 A; 1V5I B; 3NGK A; 1NLK L; 1C0U B; 2R7V A; 1KQS R; 3N6M A; 3MEE A; 4D3H A; 5D4P A; 2HBY B; 2AP6 A; 1G7C B; 2F1F A; 1VQL S; 1C0U A; 1N33 F; 4WZQ A; 3QT5 A; 3NNH A; 1AT1 B; 2F4V J; 4JB8 B; 2Z2M A; 1N54 B; 2CQP A; 1FO1 A; 3RBD A; 3H4D A; 2GAG C; 1S7H A; 3PX6 A; 2AJ2 A; 5IM0 B; 3W5Y A; 4WZM A; 2NQP A; 4WJB A; 2BDP A; 4OV1 A; 4DUY F; 4A8F A; 5IM0 A; 3CPW R; 4NWB A; 4E2F B; 2DR5 A; 4DCO B; 3U27 A; 1TK0 A; 1ZA2 B; 2QRR A; 3GE9 A; 1PC5 A; 4OZ5 A; 4ZIV A; 2ZH6 A; 3MPD A; 1RWU A; 2AX1 A; 2YWG A; 2VUG A; 2E5I A; 3AOB A; 3S6E A; 3DM2 B; 3A8I A; 4UOG A; 2V94 A; 5FII A; 2JEF A; 1FJG F; 3B4M A; 4C8Y A; 1B7Y B; 1FJC A; 5IT9 Y; 4NLR A; 2DRB A; 3PNI A; 3KG0 A; 2CG8 A; 2YNH A; 2DHX A; 3PIP Q; 4F2S A; 4JI2 J; 2R7O A; 1URR A; 1WEX A; 2RVJ A; 5AE3 A; 2VQF J; 4R0E A; 1V9O A; 2JH3 A; 4C8M A; 4QPT A; 1TK5 A; 2RDI A; 2C28 A; 5IT4 A; 2GJF A; 1QJH A; 5C25 A; 4JUZ A; 3V2U C; 1KVJ A; 3CCZ A; 5B0A A; 4LFB F; 1HBN A; 4Q0B A; 4DV4 F; 1TUG B; 4QIW D; 5HVF A; 2M3D A; 3BGF A; 1JXV A; 4PWU A; 4ZVF A; 1FFS B; 2IC3 A; 3SDE B; 3X3U A; 3QZ7 A; 1R8B A; 5B7W A; 2DIT A; 2X1G A; 5D0R A; 5DG8 A; 1TKZ B; 4CQ1 A; 2VFV A; 3MWB A; 1SUQ B; 2B43 A; 3IXQ A; 2WTF A; 2BM0 A; 4ELV A; 4QJV A; 5AXK A; 1SUQ A; 1SV5 A; 1HI0 P; 1DFD A; 1HR0 J; 1GQE A; 1Q8L A; 3IR6 B; 4DX5 A; 1XR6 A; 3PW0 A; 4M5M A; 4FS2 A; 3MED B; 4PEO A; 5CD4 A; 1H98 A; 3J80 U; 2JC1 A; 2CXE A; 4H4O B; 1KBR A; 2IBK A; 1S1X A; 1IN0 A; 2QZ8 A; 2QMX A; 3HSJ A; 4RU2 A; 2FJX A; 4OYX A; 3V6H A; 3NXZ A; 1IBL J; 2OEL A; 3D54 A; 4DR7 J; 5HJY A; 4ZHR B; 3G6Y A; 2JLG A; 3VZH A; 4V19 J; 1N5S A; 3QIP A; 1EAR A; 5DQG A; 4DV1 J; 2J9E A; 4C8Z A; 1VLY A; 3IR7 B; 4BC9 A; 1NZ8 A; 5KFR A; 3K5N A; 2CDQ A; 3TAQ A; 1VRU A; 3MMC A; 2EPI A; 5M2P A; 2ZVI A; 2H5I B; 3MM5 B; 1GTH A; 1FD2 A; 1FJE B; 3EUN A; 1U1N A; 4Y2K A; 3MD3 A; 1HWL A; 4C4W A; 2AEJ A; 8ATC B; 4WFY A; 1A7G E; 2QSW A; 2ZHO A; 1M1G A; 4ES2 A; 1A9N B; 1SH0 A; 2GS8 A; 3OVS A; 4B3M J; 3MTK A; 3W7B A; 5L8R C; 3U1N A; 3I0S B; 2LEB A; 4O4R A; 5KFG A; 2CJB A; 1N5T A; 1DY3 A; 3MTJ A; 3BH7 B; 4AL6 A; 4DCJ B; 3LW5 C; 1OJ4 A; 2DNH A; 2V4J A; 4OJ1 A; 5DLF A; 2R4F A; 4GO7 X; 1RT5 A; 1EZZ B; 1MRO B; 1Q78 A; 1FX2 A; 4QR2 A; 5GAE I; 2YX4 A; 2FVS A; 4NYO A; 4NRT A; 4ECU A; 2AYB A; 1RIS A; 3W5X A; 4ZOS A; 5J2M A; 2CPJ A; 4JI5 J; 3SSR A; 1RT4 B; 4X4O A; 5DZ7 A; 2DHS A; 1YRU A; 3AXM A; 1U2F A; 1IKW A; 1EP4 B; 1H6K X; 3ZTR A; 1WC4 A; 2PA3 A; 3TVY A; 1WDT A; 3POT B; 1EP4 A; 4X65 F; 2VG5 A; 1FXR A; 4HHH A; 1R89 A; 2KG0 A; 1WKL A; 4DPO A; 4OHZ A; 1HMV A; 2M7S A; 2JHE A; 2QJ3 A; 2GQ2 A; 4DV5 F; 1WC3 A; 4JV5 F; 4Y34 A; 3CDU A; 5E5N A; 2K1R A; 4KQZ A; 2PI4 A; 2VZ9 A; 2AT1 B; 3JQJ A; 3DLL Q; 3T3F A; 3HJF A; 4KB7 A; 3DRR A; 2BKO A; 3CD5 A; 4DFK A; 4NEY A; 3CME S; 2BJ9 A; 5KT6 A; 5HAN A; 4ZPT R; 1KNZ A; 1WI8 A; 3G82 B; 4NZ0 A; 3H4B A; 2DR9 A; 4NXN J; 2DTJ A; 1JLG B; 2DNQ A; 3R5B A; 1QTM A; 5DET A; 3G82 A; 3LQV A; 1WEZ A; 3H7H B; 4RPF A; 2XS2 A; 4E98 A; 1S72 S; 2GX8 A; 3UDL A; 1JLG A; 2DNM A; 1TV6 B; 3OFF A; 2PT0 A; 3LPE A; 2U1A A; 2GO9 A; 1Y10 A; 3FNN A; 2WHO A; 2E7W A; 4YEA A; 1N56 A; 4FNI A; 2O66 A; 2Z8Q A; 1YHQ S; 2ZE2 B; 1R8H A; 3DOM B; 3DMJ A; 3Q2T C; 5LXR A; 4PKD B; 5KFP A; 1H7W A; 1YJT A; 3NGD A; 1QLN A; 3CMA S; 2M0G B; 3K0J A; 3MPU B; 2ZE2 A; 3TJ9 A; 5IS2 A; 2HQD A; 4N5S A; 3DOM A; 4P75 A; 4PRF A; 1YQH A; 4U95 A; 4NLQ A; 1FHT A; 2AJ0 A; 3MPW A; 4C3L A; 4O3S A; 2O1P A; 2OH2 A; 3JSB A; 2IVY A; 5JXS A; 5KG6 A; 1U0H A; 2YKM A; 4GVB B; 1TKT B; 1TP7 A; 2BA9 A; 2MQN A; 4TY8 A; 4LSL B; 2XTJ P; 1QAX A; 4P52 A; 1C4A A; 4B3R F; 1HQU B; 3UR0 A; 4DV3 F; 3JQM A; 4MMO A; 1Y7P A; 4DSE A; 3I0R A; 1N33 J; 4RWX A; 2VL1 A; 2FGC A; 4J9V A; 4LSL A; 2QT7 A; 3KLH B; 4F8R A; 2XSJ B; 2ROG A; 3MI7 X; 1BD6 A; 5FJ4 A; 2ZUG A; 2A18 A; 3G6E S; 1KWM A; 3DNC A; 3MMB A; 4OJG A; 3FUY A; 2XSJ A; 3D0I E; 2XY6 A; 2OLW A; 2G2Z A; 1VQN S; 2MY7 A; 3Q2S C; 3KK3 B; 4DUY J; 4I6A A; 1HBU B; 3D3C J; 3GIM A; 2OD6 A; 4ZIT A; 4NMX A; 1UVK A; 2FB0 A; 5MLC V; 4LFC J; 1HI1 A; 1RHR B; 3T9N A; 3FCW A; 3TVK A; 4Z7C A; 3B54 A; 1M5O C; 1N48 A; 2DR8 A; 3LOU A; 1J5E F; 1TVR A; 3RZA A; 4PG7 A; 1KTV A; 2MSS A; 2KHD A; 4X64 F; 5HJX A; 1H72 C; 2RDJ A; 1WHX A; 1FJG J; 3IMQ J; 3GIL A; 3NS5 A; 4IQM A; 2FLN A; 4RBV A; 4W4M A; 5LSR A; 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3G4S S; 4OHV A; 2MPU A; 3RAM A; 5J2P B; 5G0R B; 2E9Z A; 4IFY B; 5BJR A; 1ZAW A; 1ELO A; 4OYP A; 3MGJ A; 1XQI A; 2AU0 A; 2DGT A; 1Y5I B; 5J2P A; 1S99 A; 2O01 C; 1TQL A; 2FHJ D; 4TQS A; 3Q8V A; 3IS9 B; 1RAJ A; 2GIR A; 1PIL A; 3ZTO A; 1FRX A; 3DLJ A; 4LSZ B; 2DNZ A; 4I2Q A; 3IS9 A; 4B3S F; 1LK7 A; 3H0P A; 2DRA A; 4F7V A; 5HVG A; 3R6L B; 2IY5 B; 3FVY A; 5SUH A; 1FDN A; 4EBD A; 3MCO A; 3VAG A; 1FTC A; 4MIA A; 2KZM A; 4OI3 A; 4O0I A; 4CO4 A; 4JV1 A; 4IR9 A; 5T7L A; 2JFD A; 1M5V C; 1PO6 A; 3N6L A; 4QIE A; 1Q4R A; 4HLB A; 3OR2 A; 4H4K C; 3ILJ A; 2HHW A; 1CJK A; 2PI5 A; 1UFK A; 2XYP B; 1VK8 A; 2WRM A; 5D4L A; 3TJ8 A; 2AD9 A; 3I5A A; 4X65 J; 1W26 A; 3ENQ A; 2KKH A; 2VJV A; 2E44 A; 1EQM A; 5DDQ C; 3ISN D; 4CLT A; 1M1K T; 4NLW A; 1WD6 A; 2FIU A; 4BLG A; 2AYG A; 4JV5 J; 3NWG A; 4M5L A; 1HKA A; 3E01 A; 2HHS A; 2VFT A; 5BXI A; 2WBM A; 1J5O A; 3AQP A; 2OD4 A; 3DU5 A; 3SQG B; 2HLU A; 1VQP S; 4N76 A; 1OS5 A; 1P1T A; 2ASD A; 4RW4 B; 1BC6 A; 5I3Q A; 2BZ2 A; 3KLG A; 4TNO A; 2P5V A; 1D09 B; 2E5L J; 3BYP A; 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