The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
94
|
structure length |
94
|
Chain Sequence |
CHKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Caspase-3 in Complex with Darpin-3.4_I78S
rcsb |
| molecule keywords |
CASPASE-3
|
| molecule tags |
Hydrolase/protein binding
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
17
|
| structure length |
94
|
| sequence length |
94
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2010-11-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2H5J B; 4ZVO B; 1PYO B; 4DCJ B; 1RWV B; 2HBQ B; 2Y1L B; 2FQQ B; 2H4W B; 3NS7 B; 3R5J B; 1RWK B; 3EDQ B; 1RHQ B; 3P4U B; 1RHK B; 2QLF B; 2HBR B; 1RHR B; 2XZD B; 2CNK B; 2HBZ B; 2Y0B B; 1I3O B; 3GJQ B; 4ZVR B; 2XYP B; 1QTN B; 2CDR B; 2CJY B; 1RHJ B; 1RWO B; 3KJN B; 3KJF B; 3IBC B; 3RJM B; 1RWM B; 1SC4 B; 1RWW B; 3R7N B; 3R6G B; 1BMQ B; 1SC3 B; 3EDR B; 3GJS B; 2C2K B; 2QL9 B; 1RWP B; 3R7B B; 1SC1 B; 2H5I B; 3D6F B; 3GJT B; 5IC4 B; 2XZT B; 4ZVQ B; 2H4Y B; 3R6L B; 4ZVS B; 1GFW B; 2XYG B; 1I51 B; 2C2M B; 2QLJ B; 4ZVU B; 2CNO B; 2HBY B; 2H51 B; 1RHU B; 1RWN B; 2C2O B; 4ZVP B; 1F9E B; 2XYH B; 4DCP B; 5K20 B; 1QDU B; 5IC6 B; 2H54 B; 4ZVT B; 2P2C B; 4LSZ B; 1NME B; 3GJR B; 2QL5 B; 3D6M B; 1RE1 B; 3IBF B; 2QLB B; 3KJQ B; 1IBC B; 3P45 B; 3SIP B; 1RHM B; 2QL7 B; 3R7S B; 2C2Z B; 2CNL B; 2H65 B; 2CNN B; 2C1E B; 2H48 B; 1PAU B; 2DKO B; 4DCO B; 1RWX B; 1ICE B; 2CJX B; 4JB8 B; 3QNW B; 3D6H B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LSL A; 5ETP A; 3FRZ A; 1OPZ A; 3CVK A; 1RT3 A; 4Q0B B; 4KGK A; 5F8M A; 4ZPW R; 2DNL A; 2QA2 A; 3AOB A; 4LR8 A; 1ACM B; 1HWJ A; 2CNK B; 4FBU A; 1VJW A; 3DGP B; 4ZA1 A; 5IV3 A; 3BN7 A; 2UVW A; 5LJ5 Y; 2YKO A; 2K1R A; 3MF5 A; 2FYX A; 1GAO A; 2LVW A; 1WHX A; 3AY0 A; 5C2G A; 4OV6 A; 3SZ2 A; 3DOL A; 3GJS B; 5D6G A; 2YTC A; 3S6E A; 1HQE A; 1SC1 B; 3PRB A; 4JV5 J; 2OPR B; 3CJ5 A; 2XNQ A; 2BXJ A; 3T1Y F; 1B7Y B; 5CCM A; 1KVJ A; 3H5S A; 1FWK A; 2BBE A; 3W9J A; 1Q1K A; 4WK1 A; 2BJ9 A; 2DEJ A; 2FJB B; 4M5K A; 3JB9 k; 3GR1 A; 1FK9 A; 2IJF A; 5EX0 A; 2V4R A; 1U25 A; 2YY3 A; 3NGK A; 3HO1 A; 3CCJ S; 1K44 A; 3SV4 A; 4DL7 A; 2VB6 A; 1LFW A; 1U2F A; 3V4M A; 5IQ6 A; 4PXC A; 2N7C A; 1RT7 A; 1HAR A; 2MZ1 A; 4KPY A; 1YIT S; 3DI6 B; 5A8W B; 3T3F A; 4USI A; 3CJ4 A; 3EPG A; 2B7B B; 2NZ4 A; 1X9S A; 2MYF A; 1FFG B; 4OYO A; 3SI8 A; 3ZZP A; 1VCT A; 1WC3 A; 2CQ2 A; 2OPP B; 3HT0 A; 2XC9 A; 1GH8 A; 4Z37 A; 1TAU A; 3T19 A; 2GIR A; 3EYZ A; 3PKY A; 3Q0A A; 3R3T A; 1QE1 B; 1IWG A; 2DNO A; 2CDQ A; 2KXH A; 1Q8I A; 4PWD A; 3IAS 9; 1WHY A; 2QFI A; 2NRE A; 1PBU A; 5G0R A; 5F0U A; 3J7Z 5; 2BJ7 A; 2IAJ A; 2R8G A; 2RML A; 3FMB A; 4ED2 A; 2GVD B; 1EET A; 1WTB A; 3K5P A; 2HHH J; 3MAA A; 2RQM A; 3HHL A; 3U1N A; 4K2J A; 3SIP B; 2R8K A; 2B6A A; 4TLQ A; 1GEH A; 4DG1 A; 4I4B A; 4IR1 A; 2ZBR A; 1YK9 A; 2V2Z A; 1RBL A; 2VPW B; 4FYX B; 1MW7 A; 1OIA A; 1X9M A; 4KHM A; 3J7A 1; 3OL7 A; 3C46 A; 2W1B A; 2KT2 A; 1FRH A; 2Y1L B; 1HNW J; 1OJ4 A; 1VGY A; 2QLF B; 2BM1 A; 1WG1 A; 2GVZ B; 1T05 A; 4OJ3 A; 1TL3 A; 3PAC A; 5L9X A; 1HHS A; 3I4P A; 3RGI A; 3NG8 A; 2K7K A; 5KFT A; 4U6P A; 2HVI A; 6FDR A; 4LMZ A; 1TL7 B; 1NU4 A; 4ECR A; 1ROF A; 4AL6 A; 2OEK A; 5LSO A; 2DGV A; 2CWX A; 3JTP A; 5DM7 Q; 4YB6 A; 4IFY A; 5KFQ A; 4J9R A; 3M8Q B; 4FF2 A; 4M94 A; 4P75 A; 4DV5 F; 3MED B; 3C66 A; 3BRE A; 5J2P A; 1FKO A; 1MLA A; 1RAH B; 1YZ7 A; 3A8I A; 4L76 A; 3A3O B; 5HN0 A; 1GX6 A; 1ZS6 A; 5DDO C; 1VJQ A; 3KLH A; 4AUK A; 3KMS A; 4DU7 A; 2BAB A; 5KT2 A; 5HLF A; 2JC0 A; 3ZZR A; 4UUW A; 4NL5 A; 5J1E B; 1U8W A; 3CB4 A; 2N82 B; 4ZPC A; 5LL6 d; 1FWP A; 4ZP7 A; 1NJI T; 3POT A; 3NAH A; 4P52 A; 1LV5 A; 2F8H A; 2LFV A; 4DR3 F; 4RBV A; 4PG8 A; 1RWK B; 3GWC A; 1TQL A; 4C11 B; 1JXV A; 5DRK A; 4XK8 C; 4DQS A; 2UUB F; 1F1B B; 2RKI B; 3ISN C; 1UEK A; 2YH0 A; 4RW7 A; 2BYC A; 3PV8 A; 2IIH A; 4LSN B; 1MWZ A; 5DET A; 5LXR A; 1RYR A; 3TWZ A; 2FTR A; 4F67 A; 4H4M A; 4CI0 B; 1RIS A; 1J5E J; 4FYY B; 5M2U A; 4OYM A; 1N5Q A; 4V1A k; 2BE2 A; 1Q0N A; 4YHH F; 1RA6 A; 2VH7 A; 1G4C A; 2JOQ A; 3M2R B; 2DRB A; 2OPS B; 1VYA A; 1C1C A; 3CD0 A; 1GMW D; 2IPO B; 3J80 U; 4ZCI A; 4RW6 B; 4FKX A; 2J0W A; 1Y4Z B; 4M5G A; 1H74 A; 1VLY A; 3D1Q A; 3HVA A; 4ZHR A; 2GHW A; 3PW0 A; 2HGL A; 2YH1 A; 1HI8 A; 2XZW A; 3UWT A; 1RCX B; 2UUC J; 3MMJ A; 2W4D A; 4U67 Q; 1N36 J; 4C7Q A; 2XYP B; 2E5H A; 4E0D A; 2I38 A; 4F4Y A; 1HNI B; 4YR0 A; 4X66 F; 3CJR A; 2E5L F; 3B82 A; 4DV2 F; 2RDI A; 2W2Q P; 1TL5 A; 1Z2Z A; 4DQP A; 3BQ1 A; 4B3R J; 3PTW A; 4TXS A; 2FVR A; 3SV3 A; 2DO0 A; 5CXT A; 3O5T B; 3DRX A; 1AUD A; 4RNF A; 1TK5 A; 4DX8 H; 3OVA A; 1OY6 A; 4PWW A; 4F7V A; 2RQC A; 4WWS A; 3DLH A; 3PXG a; 4HR2 A; 3L95 X; 3GII A; 2E29 A; 4KJI A; 1VBK A; 2RAQ A; 4TU8 A; 2G0I A; 3KLF A; 5F8L A; 1QY7 A; 5E41 A; 4ZN1 A; 1RA7 A; 3DU5 A; 5IM0 A; 2Z58 B; 2QRR A; 1QAJ A; 3Q83 A; 4J37 A; 4ZVO B; 4A8M P; 4I2Q A; 1N34 J; 2DH9 A; 5K9F A; 2CUY A; 5C5J A; 1S7I A; 3SBM A; 4DN0 A; 1N5Y B; 1FRJ A; 3AB2 B; 2VZ9 A; 5DGA A; 4C48 A; 3HD2 A; 1RTD A; 3K0J A; 1JJ4 A; 4YFU A; 1U47 A; 1PJ6 A; 1UL3 A; 1TK8 A; 3U1L A; 2JSX A; 4L3N A; 1PO6 A; 4HI2 A; 3BH7 B; 2XYG B; 1CVJ A; 2PA8 D; 4RKU C; 1SVD A; 3ELH A; 2KN4 A; 4CO2 A; 3FQK A; 5DS7 A; 4P9S A; 3VGV A; 2B0G A; 3OLB A; 3DCA A; 3RBD A; 4KKO A; 4LF6 F; 1Z2L A; 1WDT A; 1JIH A; 4R8U B; 4WFZ A; 3A8K A; 5ETM A; 4U7U D; 3VWS A; 1IR0 A; 1QSY A; 1PYS B; 3PW7 A; 2DR6 A; 1K0V A; 2R7T A; 2E1M C; 3AJ1 A; 3BO3 A; 4TKT A; 3T5J A; 4MTP A; 2OI2 A; 3DLL Q; 3TZZ A; 2FJX A; 4YN3 B; 1TFY A; 3T1H F; 1T3N A; 2M2B A; 5ETR A; 3J7Z T; 3H4B A; 3P5T L; 5JJB A; 4UT4 A; 2YNH A; 2MSS A; 3IR7 B; 1UVM A; 2HS0 A; 1JLA A; 4OZ2 A; 1SH3 A; 2X1G A; 4I0W A; 1LWC A; 2WAQ D; 3ONQ A; 3V6J A; 2HFO A; 4YB1 P; 4DFP A; 2R2S A; 2VC1 A; 3CCE S; 3ET6 A; 1HW8 A; 4J9V A; 1JLC A; 5IT4 A; 3GIM A; 1U0S A; 1VR6 A; 3OV7 A; 1HBU A; 2QN6 B; 1GFW B; 1VQ5 S; 1NJX A; 4B3S J; 2WOM A; 1F3V A; 2XMJ A; 1LNQ A; 2KM8 C; 2CKW A; 1D8Z A; 2XYH B; 3GIJ A; 2KHD A; 2Z56 B; 3P49 B; 1X5P A; 4BC7 A; 2FB0 A; 3FSX A; 1NDP A; 3Q8P B; 3Q8U A; 1FHT A; 4LUB A; 2RIL A; 5KFG A; 5C42 A; 3CMA S; 2YWH A; 5G0R B; 4W98 A; 1XR5 A; 1C0T A; 2ZC4 A; 2RIJ A; 1RWX B; 3E01 B; 2HQ3 A; 4GC6 A; 3CCS S; 3PEJ A; 2W7A A; 3RZA A; 1DFD A; 3D6H B; 3NS6 A; 3GG1 A; 1IKV A; 2A6O A; 1OWX A; 3G8Q A; 2AGP A; 3HHL B; 3LAM A; 1IBK F; 1PGZ A; 3MCO A; 2XTJ P; 3C16 B; 4ECV A; 3JS9 A; 3UN2 A; 1IM6 A; 5E7O B; 3N5B A; 2RNE A; 2AX1 A; 3OVB A; 4X4P A; 1YBT A; 3MTJ A; 2PD1 A; 2HFN A; 2R2R A; 1FD2 A; 4DR5 F; 2WBR A; 2H1Y A; 2YWW A; 3J7Y I; 1TL3 B; 3NY0 A; 3CDU A; 3RR8 A; 3DLK A; 3NAI A; 5L1K A; 1ELO A; 1IJF B; 3DLE A; 2P9E A; 4DLE A; 1HIY A; 3I5B A; 4UOC A; 3M6U A; 1KRP A; 1D9A A; 1TKZ B; 3R5G A; 4O0N A; 2HHU A; 2J0S D; 4DV1 F; 1U1N A; 5B0B A; 2MZQ A; 3M8Z A; 4OI2 A; 2H5J B; 3VF0 B; 1AZS A; 1J5O A; 1B70 B; 4NA1 A; 2W2O P; 2VBY A; 4CTA A; 4PG4 A; 3WX4 A; 1KOO A; 5L1J A; 4CO0 A; 3NGT A; 4D3H A; 4X4S A; 1RWM B; 5DG8 A; 1RXO B; 4P6Q A; 5H9F J; 4ECT A; 2GZO A; 2ACY A; 4N41 A; 4MIB A; 1YGY A; 5HJY A; 3R1H A; 1WNE A; 1UCN A; 4I7F B; 4G6V B; 2K3I A; 1OY8 A; 1VRU B; 3VGU A; 4ZIV A; 2QA1 A; 1AUS L; 1ZBT A; 3KDO A; 3NRB A; 1DBD A; 1JKH B; 5E5N A; 4JI3 F; 1WJ9 A; 1CJV B; 3HP6 A; 3O1L A; 1VBY A; 2PEB A; 1MN7 A; 2DR8 A; 2BE2 B; 4HLB A; 4RNO A; 4K4W A; 5CYM A; 5B0F A; 3A8J A; 4DUZ F; 2WVC A; 1YJ7 A; 4WFX A; 4C8O A; 2BAN B; 2VBZ A; 3FRY A; 2GIQ A; 3NOG A; 3UN3 A; 2ASL A; 1C1C B; 4ICL A; 3RG6 A; 1R0A A; 3QT7 A; 3JYT B; 4ZPT R; 4IRC A; 2XMW A; 2KL8 A; 1EHW A; 4HH0 A; 3FC9 A; 4M63 A; 4B3M F; 3ETO A; 2WON A; 4I6Y A; 1X5O A; 2AYM A; 2YX1 A; 2WVB A; 2K7J A; 3AOC A; 1L3S A; 3W7B A; 4Z7Y A; 1L5U A; 2COL A; 4B9S A; 2HLT A; 2WSC C; 4ZHR B; 4K4X A; 1RWP B; 3UW1 A; 3BQ0 A; 2I2Y A; 4P2X A; 4DSK A; 3UDL A; 2XCA A; 3UNG C; 1I51 B; 3OL8 A; 4HKQ A; 1FKP A; 1CC7 A; 3PZP A; 2WB1 D; 4FYD A; 2MZT A; 4RW8 A; 5FDL B; 2DXD A; 3J80 Y; 1S0V A; 3NNH A; 1TEL A; 1QD1 A; 4DMZ A; 4CYU B; 1NPP A; 2GJI A; 3QGH A; 1RT2 B; 4IH6 A; 1RT4 B; 1S49 A; 5DG9 A; 3DRR A; 3LP0 A; 1VHF A; 4OI6 A; 5D0G A; 1M5K C; 4M95 A; 1BQM B; 5DZ6 A; 1KHW A; 5HI7 A; 1YJV A; 2IC3 B; 3I0S B; 5A8R B; 3U7J A; 2F5G A; 4DR7 J; 4RWX A; 1NK6 A; 3HHL C; 3HM9 A; 3HSG A; 5A0Y B; 3DRS B; 4ZKA A; 3OUY A; 4I6A A; 3V6H A; 5CQG A; 3R7N B; 3TVZ A; 4LF5 J; 1C1B B; 2M0G B; 1LW0 A; 2KH9 A; 4DDF A; 2DNG A; 3SFU A; 3QID A; 4WBF A; 1SL0 A; 4Q5V A; 2D74 B; 2WTF A; 3PX0 A; 2BW7 A; 5LOQ A; 3W3S A; 4ZCK A; 2I6W A; 1RWN B; 2I9S A; 2DGT A; 1IQT A; 1WSR A; 2F9D A; 3GIR A; 1CBK A; 2W9A A; 1OMS A; 1KNZ A; 4WP8 A; 4KV8 A; 2OH2 A; 1N32 J; 2FY8 A; 3KXD A; 1VK8 A; 2KJV A; 2B4V A; 2H48 B; 2DR9 A; 1AA1 B; 3QMQ A; 2G9O A; 2XUL A; 2QSW A; 2XI3 A; 4ATN A; 5E2Q A; 4QIW D; 4O3N A; 2ASD A; 4RPF A; 1Q7Y T; 4NLS A; 4QW9 A; 3MM8 A; 3RYL A; 4PUO B; 4CLF A; 4Y65 A; 3MFI A; 1WEX A; 4DL2 A; 2CJ9 A; 2MEW A; 2Q6C A; 1GXL A; 1Y5L B; 3ISZ A; 3QQC D; 1IKW B; 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1RT5 A; 5CZX A; 3R7S B; 2CNL B; 3T1A A; 3ZC4 A; 2PI5 A; 2CQ1 A; 3K57 A; 3FSY A; 3FQL A; 1Y11 A; 5AJ3 F; 1RBA A; 3JSB A; 1IKY A; 1MRO A; 5CAA A; 1Q4R A; 1H6K X; 1Q53 A; 1HWL A; 2DGS A; 1RBO B; 4NZ7 A; 2AF6 A; 3IC1 A; 1H2T Z; 3IN5 A; 1HW9 A; 4L3K A; 1E6V B; 4DFM A; 2FZC B; 1HQU B; 2AMC B; 2OLW A; 2RH3 A; 4RNH A; 5A8K B; 2H9Z A; 1W2I A; 3TEH B; 4FNH A; 5C25 A; 3MM6 A; 4X4Q A; 5HO4 A; 3Q22 A; 1J5O B; 2CQP A; 3D6F B; 3DRP B; 3H4D A; 5L8R C; 1F9F A; 3GPA A; 3W66 A; 2VOO A; 4JV5 F; 1RKJ A; 4IO1 A; 5KG1 A; 4GRS A; 1GQE A; 1ZYQ A; 1NPK A; 1EKR A; 4ED7 A; 3TI0 A; 1UA0 A; 3QAT A; 1YIJ S; 2QJ3 A; 4ZVT B; 3ZTP A; 3F41 A; 3D9B A; 2QL5 B; 4X4O A; 3D7S B; 3KUG A; 3EGN A; 1KD1 T; 4DV4 J; 3W1Y C; 3ENA A; 3KJQ B; 4UOH A; 2CQH A; 6FD1 A; 4PWU A; 5L9N A; 3EXY A; 3A4T A; 4C3K A; 2D69 A; 2O67 A; 4GVB B; 1B99 A; 4YDX A; 2GJF A; 3TA2 A; 3BGU A; 3HVR A; 4DL0 C; 3L3C A; 5CH7 B; 2GNK A; 1LEO A; 3KLV A; 2OUG A; 1XMB A; 2C42 A; 3ITH A; 1NK9 A; 5EGY A; 2R2T A; 2E9R X; 2RRN A; 5B0C A; 3M9O B; 4B9U A; 1NH8 A; 2QMU B; 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