The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
NTIRVIVSVDKAKFNPHEVLGIGGHIVYQFKLIPAVVVDVPANAVGKLKKMPWVEKVEFDHQAVLL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Requirement of left-handed glycine residue for high stability of the Tk-subtilisin propeptide as revealed by mutational and crystallographic analyses
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Tk-subtilisin
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Thermococcus kodakarensis
|
| total genus |
9
|
| structure length |
66
|
| sequence length |
66
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.62: Subtilisin. |
| pdb deposition date | 2007-06-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1SPB P; 2W2M P; 2XTJ P; 4K8R A; 2Z2Y B; 4NE9 C; 3BGO P; 3VV2 B; 3H42 A; 3GCW P; 3AFG A; 2ZWO A; 4JP8 A; 1SCJ B; 2W2P P; 2Z2Z A; 2PMW A; 3CNQ P; 3QFH A; 3T41 A; 2E1P A; 1R6V A; 2Z30 B; 1V5I B; 4YN3 B; 4OV6 A; 4NMX A; 3WIV A; 3CO0 P; 2Z58 B; 3A3O B; 3BPS P; 3SQO P; 2Z57 B; 2ZWP A; 3A3N B; 2W2O P; 2W2Q P; 1ITP A; 2Z56 B; 3GCX P; 3WIU A; 3VHQ A; 3WHI A; 2W2N P; 3P5B P; 2QTW A; 3A3P B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PRF A; 4PKD B; 1UAW A; 2HSE B; 4ED2 A; 1DAR A; 3NGS A; 4IR9 A; 4CT8 A; 1Q8I A; 3CJQ A; 3PO4 A; 3CE8 A; 1TL7 A; 1JMT A; 1HI1 A; 3OJU A; 3JAM U; 1MRO B; 4O3N A; 4LFB F; 3BQ2 A; 3DLG A; 3KK2 B; 3THP A; 1QJH A; 4W92 B; 4NLP A; 3FZB A; 2E44 A; 1E6V A; 2YKM A; 3EDQ B; 3H98 A; 4KV8 B; 3DRS B; 4CLK A; 5HL7 Q; 3I9Z A; 2WBR A; 4M5H A; 2OPR A; 2DB1 A; 1UPM B; 4HT7 A; 1EQM A; 2E7W A; 1S0M A; 3FCV A; 5KFQ A; 1FO1 A; 5A8K B; 4JI2 J; 2C3Y A; 4MKB A; 2UZA A; 2E5J A; 3A13 A; 2C2Z B; 1KTV A; 4ITS A; 1I94 F; 5KFY A; 4EBD A; 3LP0 B; 3PRV A; 2CQ1 A; 2Z58 B; 3TR5 A; 3F41 A; 2MPU A; 3HJF A; 2YXL A; 2YVS A; 2F8M A; 4PAB A; 1HR0 J; 1TAU A; 3M1V B; 1G4C A; 4DQR A; 3P4U B; 4RUA A; 1ZZN A; 1JJC B; 4DL3 A; 4GO7 X; 2N7Y A; 4EK2 A; 4CO0 A; 3QLH A; 2C28 A; 5L39 A; 4DEZ A; 2LKZ A; 2QE5 A; 5CXT A; 4DL0 C; 4UQT A; 4NLW A; 2K1R B; 3Q8P B; 3VTI A; 3SCK E; 1RHJ B; 2BE2 B; 1WAC A; 5GME A; 2ASJ A; 3W9H A; 4ER8 A; 4QOT A; 3M32 B; 4HHJ A; 5KG7 A; 3GG1 A; 1XMQ J; 1FTR A; 1VGY A; 4DUZ F; 1SJ1 A; 3Q8S B; 1SKW A; 1U8W A; 1S1U A; 3M6V A; 2ZE2 B; 4QIE A; 1HBU B; 4GKK J; 1P9Q C; 2DNO A; 4OZ3 A; 4L73 A; 4O4G A; 1HL6 A; 1GT8 A; 4B3R F; 4B9N A; 2POK A; 2W9B B; 4TN2 A; 4FP9 A; 2JH3 A; 3IA0 A; 3M6U A; 3BGF A; 2XO7 A; 1NDC A; 3GCW P; 2RUG A; 1JXE A; 3D1O A; 3GIM A; 1IKY B; 4URG A; 3T1A A; 5E3R A; 4AL5 A; 4RPF A; 4EZ6 A; 1X4F A; 4B9S A; 4HL9 A; 1N36 J; 2GQ2 A; 2VC1 A; 4OZ2 A; 5IT9 Y; 2FLL A; 3IG1 A; 4EO8 A; 2CQ4 A; 3DMJ A; 5THW A; 2KM8 B; 5SUH A; 2CDR B; 4PG5 A; 5GVQ A; 3NWG A; 1GH8 A; 2AJ4 A; 2LA4 A; 1DTT A; 3VWS A; 2DD8 S; 4AUK A; 3LP2 B; 5CZV A; 1DHM A; 3HZE A; 4OI4 A; 3GWC A; 3HFV A; 4FPR A; 1AFI A; 4DPT A; 4EZ9 A; 1HNW F; 1WOS A; 1FJ7 A; 1SH0 A; 3HJV A; 4J9M A; 3BSO A; 3GJQ B; 2IMO A; 2ZJP Q; 3DLB A; 4Q45 A; 2HHH F; 1XIQ A; 3LAM A; 1HNV B; 2IM0 A; 1S1W A; 4ECX A; 2GGP B; 2UXD J; 2AJF E; 3J7Y U; 4M5N A; 2W7P A; 1BQM B; 2LXU A; 2JVO A; 4UST A; 1SV5 A; 4LFC F; 1AW0 A; 2KHC A; 4KQZ A; 4UOF A; 4WZQ A; 1RBA A; 4P10 A; 3SMZ A; 2GIQ A; 3MM9 A; 4B3O A; 3VZH A; 1S0V A; 3EXC X; 4LIW A; 3V6J A; 2CJA A; 3MEG B; 2R7V A; 3M8Q B; 3O3L A; 3ZTS A; 2D3U A; 3M2U B; 4BHQ A; 1N6Q B; 5HK4 A; 1IR0 A; 2CIM A; 3D6M B; 3BH6 B; 1CLF A; 1WF2 A; 1HHQ A; 3MM6 B; 3FRY A; 2OIH A; 3H7H B; 3LGM A; 1FTC A; 4ZPC A; 3G2X A; 1U47 A; 2HFU A; 2ERR A; 4YY3 J; 1SB6 A; 4KO0 A; 2JVR A; 1ZM2 A; 5D3G A; 3GFX A; 1UEK A; 2W2O P; 4ZLJ A; 1C1B B; 1YJR A; 2FHM A; 1EIY B; 2CJQ A; 3MWB A; 2MYF A; 3DOL B; 3CT9 A; 4LF6 F; 3DFE A; 1BGX T; 4F4X A; 1VQ7 S; 2Z2L A; 3FSX A; 4J9R A; 2XLI A; 5IWA F; 1DFD A; 3WBZ A; 2OD4 A; 2CPI A; 3MAH A; 4V1A k; 3CCV S; 5LJ3 Y; 5IFM A; 4AND A; 2MZ1 A; 1S6Q B; 3DRX A; 1FRJ A; 2O01 C; 4B9L A; 5HVF A; 2CJY B; 2MKJ A; 4OYI A; 2K7J A; 1W25 A; 2DH7 A; 4Y00 A; 3R27 A; 3EGV A; 1OY8 A; 3T9Z A; 1HQE B; 1ZOT A; 4G1I A; 4P2F A; 4CI0 B; 2VQE J; 4F0H A; 3CIZ A; 2RKI B; 2B4U A; 1RKJ A; 3C8Y A; 3LGH A; 3E01 B; 1LXN A; 3ZZY A; 3NL0 A; 5I3P A; 3CDB A; 3CMA S; 4TYA A; 1VBK A; 4IO9 Q; 4OV6 A; 1AT1 B; 2QA4 S; 3ITH B; 1R0A B; 1HNI A; 1D9F A; 1HPZ B; 4A8K A; 3PRD A; 3TAN A; 1K1S A; 4N41 A; 2A2D A; 3CC7 S; 2XYH B; 1NPR A; 4OMF G; 5JUM A; 2ACY A; 2LCW A; 3IGN A; 2YWG A; 4TNO A; 2HS4 A; 4ZPB A; 4LBP A; 3IAM 9; 4DI6 A; 3SSQ A; 3K59 A; 4RKU C; 3LF0 A; 1S9E A; 4F25 A; 5KFF A; 4X4R A; 2NXJ A; 3ZFV A; 3ILI A; 5D78 A; 1RWW B; 2LA6 A; 2DIT A; 1CC7 A; 3G96 A; 3KHG A; 4J90 A; 2VPX B; 4HAC A; 1AYE A; 1Z1Z A; 3UD4 P; 1R0C B; 4F3O A; 4DPO A; 2DNH A; 2HHX A; 3CJK A; 4FDF A; 5HRO B; 1HNZ J; 2AYB A; 4KY3 A; 3L7O A; 1JLA A; 3W3S A; 3MMA A; 1CQN A; 2XGP A; 1WOO A; 1I5O B; 3LH2 S; 1U1P A; 5I42 B; 4NWB A; 1U6F A; 2Q79 A; 2LQ9 A; 2QA2 A; 5HJY A; 3TI0 A; 1YK9 A; 3DLK A; 4FYW B; 1PC5 A; 1V5I B; 4DV0 J; 2LXI A; 3NXZ A; 4DV6 J; 3JTO A; 3DRR B; 2V2K A; 3SDE B; 4WBF A; 1LKZ A; 5AXN A; 3MR7 A; 4XO0 A; 4C2M A; 4ZP8 A; 3NOC A; 2M52 A; 1M0S A; 4JI0 J; 3HFZ B; 3P6Y C; 4KHM A; 2XY5 A; 4TXS A; 1SQF A; 2H4W B; 3ELH A; 1FJG J; 3OR2 B; 2CKW A; 3MMB B; 3MFH A; 4DV3 J; 4PWD A; 3MTJ A; 2XB2 D; 4WE1 A; 2I6W A; 1UWB A; 4FF3 A; 3CJ3 A; 5KG0 A; 4OX7 A; 1ZAX A; 1VBY A; 1TKT B; 2E9R X; 3ONQ A; 3K17 A; 3CJ4 A; 1QVG R; 3PR4 A; 1PGZ A; 4ZP7 A; 3HD1 A; 5H9F K; 3UDL A; 3MED B; 4RW7 B; 3P3D A; 2DNR A; 2LEP A; 4UOC A; 4B3T J; 4EFA C; 3AD7 C; 4CYU A; 3L3C A; 1L3S A; 2QFJ A; 3DOM B; 1FX2 A; 3PYE A; 3VAM A; 2CQB A; 4DQP A; 1VJW A; 5KFE A; 1Y00 A; 1BQX A; 5DZ6 A; 2GZO A; 1CEZ A; 4NYZ A; 4DX6 A; 3FZ2 A; 2OUG A; 4PYA A; 1B0T A; 3A8I A; 3MCN A; 3CJT A; 1FES A; 3H8Y A; 3J7A 1; 1HBN B; 3U1M A; 3TUI C; 5L1I A; 4HT5 A; 1BHN A; 1SH3 A; 4U6P A; 2E29 A; 1FRL A; 3MCO A; 1VC6 A; 3J7Z 5; 4WTO B; 2VU5 A; 4WCE Q; 1NME B; 3I56 S; 4I7F A; 2P5V A; 1X4A A; 4H4K A; 5DZ7 A; 5DDO C; 3QGH A; 3CD0 A; 3LP1 B; 1Q1K A; 5DGB A; 2HVI A; 1P8G A; 2P9E A; 2IVF B; 2DY9 A; 3MR3 A; 2EBE A; 3R5J B; 3TRG A; 3D66 A; 5J1P A; 1HA1 A; 4JP8 A; 3BGL A; 2DCL A; 3C46 A; 3QT5 A; 4JI2 F; 1Y3J A; 5KFL A; 3VAG A; 2WAQ D; 4L6V 3; 2AJ1 A; 5F9N A; 4QIW D; 2XNR A; 4PPZ A; 5KG1 A; 1SC4 B; 5M2P A; 1HMV B; 4X4P A; 2OJ3 A; 1KOH A; 1WHW A; 3BF4 A; 1S97 A; 4USV A; 1S77 D; 2F1F A; 4KH0 B; 3MPD A; 1HR0 F; 3US5 A; 1NJW A; 1RWN B; 4C8K A; 3DDI A; 3DI6 B; 3ZZP A; 1O6X A; 3QFH A; 4DV7 J; 1I6J A; 2IM1 A; 1HKA A; 1S4E A; 1S1V B; 1MRO A; 3PW5 A; 3BPS P; 2KO1 A; 3DHX A; 4USW A; 2ZJQ Q; 3KK2 A; 1VCT A; 3CC4 S; 4F4Z A; 2W4P A; 2OH2 A; 2R7R A; 4J9Q A; 2KTQ A; 1RAO A; 1V6H A; 4A8Y A; 4DV2 J; 4TU8 A; 4KV8 A; 3DRS A; 2ZHO A; 1UW4 A; 1XMQ F; 2RQK A; 1CQM A; 4DOZ A; 5A8K A; 2Z30 B; 4J7C A; 1U1R A; 5C2C A; 3MM5 B; 4UY8 5; 2V2Z A; 3DRP B; 4FNI A; 4Z7C A; 4QJV A; 4IOA Q; 3LWM A; 3LP0 A; 4DFJ A; 1VC0 A; 2FC8 A; 4AT1 B; 1PC4 A; 3M1V A; 1IR1 A; 4OHX A; 1PYT A; 2IAJ B; 2HBZ B; 1XMB A; 3NNH A; 1N4L A; 2J9E A; 2KRR A; 3ZZU A; 5KG6 A; 2GW8 A; 5G0R B; 1N36 F; 4NCB A; 1SKU B; 2CYY A; 5KOX A; 3EZU A; 2K1R A; 2BZ2 A; 4I0W A; 4PZV A; 1VIO A; 2BE2 A; 2RU3 A; 4NLV A; 2CWX A; 2QLX A; 2BOP A; 1Y4Z B; 5HI7 A; 5ITH A; 1R3N A; 5K20 B; 2E9Z A; 3M32 A; 2KI2 A; 1S48 A; 2FC9 A; 4AXJ A; 2J0X A; 2E5H A; 3HUL A; 4OHW A; 2V2Q A; 2VF3 A; 2RML A; 3NKY A; 2RHS B; 2H65 B; 1CPZ A; 2ZE2 A; 4NA1 A; 2H5I B; 3EPI A; 1H6K X; 1HBU A; 2BE7 D; 4I2P B; 1RT7 B; 3R1L A; 4B9T A; 2OD6 A; 4DN0 A; 3FCH A; 4WFZ A; 2CPX A; 2W9B A; 4L3K A; 4LR7 A; 2DBB A; 2NXE A; 1VQL S; 2L08 A; 3AB4 B; 4QWE A; 2BRL A; 3C66 A; 3PNI A; 4CT9 A; 4CRJ A; 2JC0 A; 2HRY A; 4FXD A; 4FXV A; 3Q8V A; 4C8O A; 4DR6 F; 3VQS A; 2NXC A; 3I31 A; 1Y9O A; 2LXF A; 3W8G A; 4OI1 A; 3OL9 A; 4CLT A; 3M2V B; 1O8B A; 3EVM A; 4WFB Q; 4ID5 B; 1N88 A; 4OZ5 A; 1FRK A; 3OVS A; 1HIY A; 3JSY A; 4Q8F A; 1D9D A; 5E3Q A; 2NPF A; 1V3Z A; 3DU6 A; 9RUB A; 1R31 A; 1JLC B; 2NR0 A; 2EK6 A; 4KSE B; 2ZKT A; 2M2B A; 3LP2 A; 2LFV A; 3V6D B; 1GX6 A; 1UP1 A; 2BV3 A; 2J8S A; 4CLY A; 3HHE A; 1S9G B; 3WC2 A; 3PG9 A; 4YY3 F; 5IT4 A; 5HLF A; 1TL1 A; 4IRK A; 3FFI B; 2YNI B; 4U7U K; 1HNV A; 5KFI A; 5LMU J; 3T6J A; 2GGP A; 2DH8 A; 2HWI A; 1RU1 A; 2CNO B; 3V2U C; 3QQC D; 3D1H A; 8RUC A; 4IFV B; 4A47 A; 4ANC A; 3I9V 9; 1KDN A; 4P9S A; 3ZZT A; 2R2R A; 3ISZ A; 1QY7 A; 1S49 A; 2VJV A; 1UPP A; 1VQS A; 4NA3 A; 1O0P A; 5D4N A; 3H5U A; 2RRB A; 4B3S F; 2DXE A; 5GAE U; 3B78 A; 4ZJL A; 4LVN P; 1FXR A; 4OL8 A; 3I32 A; 3MEG A; 3M8Q A; 4E0D A; 1RCO B; 1PBU A; 4D3G A; 1PKU A; 4ZPD A; 1NSQ A; 3M2U A; 1N6Q A; 1RP5 A; 1PJ5 A; 1UEV A; 3D4J A; 2ZJR Q; 2V0N A; 1EHW A; 2ZH5 A; 1HYS B; 1OYE A; 4FKX A; 1U1K A; 3ZZO A; 1SL2 A; 3MM6 A; 3PYD A; 2IBO A; 4KAI A; 3CME S; 5ETS A; 1RAJ A; 2BJE A; 3R9L A; 1XER A; 2EC2 A; 3LO3 A; 3IM8 A; 4DSK A; 4QR0 A; 4DMZ A; 1FWK A; 3CCW A; 4TLR A; 2VIC A; 3TX8 A; 3FUY A; 1W2I A; 4CO5 A; 1FXD A; 1C1B A; 2B7B B; 1F5C A; 5F8L A; 1QAX A; 3FSY A; 4A46 A; 2AGP A; 2EFN A; 1RAF B; 1UVI A; 5IQ6 A; 5BR8 F; 1GTE A; 1QTN B; 3DN9 A; 1X4D A; 4MTP A; 1UVN A; 3MXH P; 2FVC A; 2EPI A; 5KFX A; 4Q0B B; 1ICE B; 4NZ6 A; 1AB8 A; 2AU0 A; 2ASY A; 3GIJ A; 3HSD A; 3KXD A; 3UD3 P; 1I51 B; 3PKY A; 1FWP A; 2BJ8 A; 1XMO F; 2LDY A; 9ATC B; 4QW9 A; 2HBR B; 3GFZ A; 1HQE A; 2HAF A; 3RBE A; 5RUB A; 1EKS A; 2VZ9 A; 2RKI A; 4DPY A; 4K4Z A; 1HNZ F; 2CQ3 A; 3OHB A; 1WF1 A; 3E01 A; 1RTH B; 2QO3 A; 2Z8Q A; 4QIF A; 4NZ0 A; 2JEF A; 3H42 A; 3ITH A; 1R0A A; 1WI8 A; 1J5O B; 3W60 A; 5L38 A; 2HVH A; 1HPZ A; 4DV0 F; 1A7G E; 3OSN A; 4J9O A; 2K3K A; 1WI6 A; 2CPZ A; 3FEX B; 2MQL A; 4O3O A; 1VBX A; 2G9O A; 3PYF A; 1YJU A; 1QUV A; 3CIM A; 1L3V A; 1GX5 A; 3R5G A; 3JQJ A; 1A9N B; 3GR1 A; 4IRD A; 3H2V E; 4JI0 F; 3BRE A; 1NZ8 A; 3U7J A; 1AUS L; 2G0I A; 3NGK A; 3OR1 B; 1FJG F; 2E66 A; 4DV3 F; 2ZHB A; 2APO A; 4MIW A; 3M05 A; 2I38 A; 3NG8 A; 2NCK L; 4W98 A; 4F4W A; 2ZBR A; 2DHA A; 5T14 A; 2Y1J A; 2DR5 A; 4P2M A; 3LQV A; 3QRQ A; 5M2R A; 2CG8 A; 4XTT A; 4KGV B; 3F56 A; 2GNK A; 2FYX A; 1DQA A; 2OEM A; 5I42 A; 5AE1 A; 4B3T F; 1Y5N B; 2JX2 A; 2DT9 A; 2EW9 A; 1JNR B; 1WEL A; 2ROE A; 4ED8 A; 1RAE B; 2BEF A; 1LK5 A; 4NLR A; 3DRR A; 2FHO B; 4CLS A; 1R6Y A; 5DET A; 3TAM B; 3SDE A; 4A48 A; 3KJV B; 1NND A; 1IJF B; 4B9V A; 3PM9 A; 4CWB A; 2QN6 B; 1JKH B; 4C3L A; 4M94 A; 3CPW R; 4I4B A; 4RWX A; 2ZNY A; 5KFU A; 2L9N A; 3OL6 A; 1L3U A; 1VQK S; 2MZT A; 2R8K A; 4AD6 A; 3OR2 A; 2P8I A; 3DHW C; 3BR8 A; 3MMB A; 4C3M A; 3DM2 B; 3MMC B; 1H2V Z; 2PMZ D; 1OS5 A; 2HS0 A; 2UUC J; 2BW2 A; 1ACM B; 2OI2 A; 1SUQ B; 3L09 A; 3DKD A; 1AZS A; 4JV1 A; 1TKT A; 3K5N A; 4RW4 B; 4WXO A; 2VAS A; 3FBB A; 2VG7 B; 2WVC A; 2QYC A; 3UCG A; 2H51 B; 1NJX A; 2F8H A; 2HHP A; 2CRL A; 1T9W A; 3MED A; 3CJ8 A; 4RW7 A; 1X31 C; 2F9D A; 2KXH A; 5DO2 A; 1CJK B; 1EB0 A; 1H74 A; 1HD1 A; 3EUN A; 1TR0 A; 4UUW A; 1WC6 A; 3DLL Q; 4NE9 C; 1UL3 A; 2FJV A; 4E98 A; 1HBN A; 2IDE A; 2HAI A; 2IHR 1; 2AT1 B; 3D68 A; 3M7V A; 4QWD A; 4DV7 F; 3VGU A; 1K0T A; 2CPY A; 3J80 U; 4JBC A; 3MFI A; 3O1L A; 1A0O B; 1MLA A; 2M3D A; 5AXM A; 4N56 A; 3O44 A; 3RR7 A; 2XM3 A; 3D28 A; 4DL5 A; 3M8Z A; 2AZ1 A; 1FHT A; 1HAR A; 1IM4 A; 3LP1 A; 1S6O A; 4DG1 B; 3LUY A; 1MMD A; 2KYX A; 2Z2M A; 2R7S A; 5AJ3 J; 3TUJ C; 2KDO A; 4NLT A; 4JOU A; 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