The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
66
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structure length |
66
|
Chain Sequence |
NTIRVIVSVDKAKFNPHEVLGIGGHIVYQFKLIPAVVVDVPANAVGKLKKMPWVEKVEFDHQAVLL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Requirement of left-handed glycine residue for high stability of the Tk-subtilisin propeptide as revealed by mutational and crystallographic analyses
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Thermococcus kodakarensis
|
| molecule keywords |
Tk-subtilisin
|
| total genus |
9
|
| structure length |
66
|
| sequence length |
66
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.62: Subtilisin. |
| pdb deposition date | 2007-06-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E1P A; 2W2P P; 4NE9 C; 1V5I B; 2XTJ P; 2Z56 B; 4YN3 B; 3SQO P; 3A3O B; 2ZWP A; 2ZWO A; 4JP8 A; 3AFG A; 2W2O P; 4OV6 A; 2Z58 B; 3BPS P; 3A3P B; 2PMW A; 2W2N P; 3VHQ A; 1ITP A; 1SPB P; 2W2M P; 3GCX P; 1SCJ B; 3WIU A; 2QTW A; 3CO0 P; 2Z57 B; 3A3N B; 3QFH A; 2Z30 B; 3H42 A; 4NMX A; 3T41 A; 3GCW P; 3P5B P; 3WIV A; 1R6V A; 4K8R A; 2W2Q P; 2Z2Z A; 2Z2Y B; 3CNQ P; 3BGO P; 3WHI A; 3VV2 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3R8Y A; 1O0P A; 2QLF B; 1AW0 A; 1M5O C; 1T8E A; 4NCG B; 4OI0 A; 2C2M B; 4JBC A; 4FXW A; 2AU0 A; 2OLW A; 3HVW A; 2BXJ A; 5K8O A; 2RML A; 4RW8 B; 3RRG A; 3R9L A; 3TUZ C; 1HBU B; 4CO0 A; 5AE3 A; 2J7U A; 1NAQ A; 1BC6 A; 3PX4 A; 1IWA A; 1NDL A; 1RQ0 A; 1MML A; 1NH7 A; 4TY8 B; 1RT6 B; 2IRU A; 4DL6 A; 4NLD A; 1PAE X; 3NBP A; 3LP0 A; 3O5T B; 3PJ9 A; 3DOM A; 5MLC V; 5C2G A; 1H73 A; 1OPZ A; 1S77 D; 4Q0B A; 3QAE A; 2ZIT A; 3BBF A; 2NYH A; 4RBU A; 5DDO C; 1PC4 A; 4DCJ B; 3AQP A; 1RTH A; 2HS4 A; 1BQN B; 4UOC A; 2IFX A; 3IA0 A; 3ZXW A; 2MLX A; 1X5O A; 5D6G A; 4ECY A; 3J7A N; 5H9F J; 4RW6 B; 3HSG A; 1N6Q A; 1E6V B; 4ZP7 A; 2ILZ A; 4LR8 A; 5J1N A; 5KT5 A; 3AXK A; 4DSL A; 5H1S V; 3HFK A; 1LWF A; 5I42 B; 4QWD A; 4DR7 F; 5KAK A; 5FDL A; 1RT7 B; 1F5A A; 4WFZ A; 3GZ7 A; 4WCE Q; 4WFY A; 1S97 A; 2DGV A; 3G82 A; 5C25 A; 2MSS A; 4FYD A; 3RZA A; 4DSI A; 3D0I E; 4OZ5 A; 3M2U B; 3R3T A; 3PRV A; 1RU1 A; 2XHC A; 4CH0 S; 1SC1 B; 2OSQ A; 4HR2 A; 5HSP A; 1TL3 B; 1ZM3 A; 3SDE A; 5T7L B; 5A8R A; 2G2Y A; 4NA1 A; 2J9C A; 4IG3 B; 2C42 A; 1HBM B; 1FJE B; 2AP6 A; 2FJB B; 4F4K A; 3B78 A; 4X2B A; 2C2K B; 2M5Y A; 4DR2 F; 2VG6 A; 1RUS A; 1X9M A; 3DOM B; 4FYW B; 1HBO B; 5DLG A; 3L09 A; 4Q0B B; 2RS2 A; 2PSZ A; 1Q8I A; 3FK4 A; 2B9E A; 4FF2 A; 1NB2 A; 2R8K A; 1GXT A; 1QE1 B; 1RTH B; 3HP6 A; 4G65 A; 4XDD A; 3MAH A; 2VC1 A; 1J5E J; 5B0C A; 2LEB A; 1R0C B; 1FDD A; 3N28 A; 5CYQ B; 2AKW B; 2GVZ B; 3C16 B; 2HKE A; 2MDA A; 2XS5 A; 3KG4 A; 1F1B B; 1WOP A; 2JFD A; 2FC8 A; 3LGN A; 3M9N B; 3CCW A; 4DV0 F; 5AE1 A; 5J2Q A; 3OVB A; 4USI A; 4JI2 F; 2VOD A; 1YSJ A; 2MMY A; 3KKF A; 2VZ9 A; 2K3I A; 4OI6 A; 3T1H J; 2BQU A; 2QLJ B; 4KGV B; 2UVV A; 3R5C A; 3UVJ A; 3IRX A; 1OY8 A; 5HVG A; 2YX7 A; 4FS1 A; 3S6E A; 2MQN A; 1FJ7 A; 1EHW A; 2V9W A; 2ZDP A; 1LFP A; 1UVK A; 2A3J A; 3H5U A; 2HHP A; 4OYO A; 3WC2 A; 4MIW A; 1R8B A; 3L3C A; 4DU8 A; 1FES A; 4NLY A; 2V0N A; 2P9G A; 4CO5 A; 4UOG A; 2QA2 A; 1AZS B; 3DLH A; 4ERD A; 1VC5 A; 4CTA B; 4Z7Y A; 2DKO B; 4UOF A; 2DYA A; 3U1M A; 4CH1 A; 4B3T F; 1VIX A; 3CE8 A; 1D3W A; 4L75 A; 2PII A; 1J5O A; 4OYB A; 4KRW A; 1U45 A; 3OXG A; 5KFC A; 1PJ7 A; 3BGF A; 1VRT A; 2PO4 A; 1XIQ A; 3Q8Y A; 3K8W A; 1N5V A; 4ZP9 A; 1K47 A; 2XS2 A; 1OO0 B; 2CNO B; 1UMJ A; 1NDK A; 2BV3 A; 1RTI B; 1YRX A; 2DJW A; 3TEH B; 2I0X A; 5LM7 E; 2WSE C; 4ED7 A; 2HLT A; 3N9U C; 2XEX A; 3IR5 B; 1SBR A; 4C98 A; 1PIE A; 4GRS A; 1G3O A; 1GXU A; 2P2C B; 2RHQ B; 5I3Q A; 4X4V A; 3C6T A; 3QGP A; 4JI4 J; 4ED1 A; 3OL9 A; 2XWX A; 1VJW A; 3NGU A; 3KK3 B; 2OJ3 A; 3AOD A; 3G4S S; 4MK7 A; 5SUH A; 4Z2X A; 1KN6 A; 5E41 A; 3FZB A; 4JV5 F; 2B5J B; 1RTD B; 3BEG B; 3JSR A; 2C22 A; 2DRB A; 2R2U A; 4OJG A; 5GVQ A; 4CO2 A; 3CVK A; 4XIU A; 4WF9 Q; 4L76 A; 2IDE A; 3BPS P; 1B0P A; 1IBK F; 2AEM A; 4ECZ A; 4MKV A; 1CJU A; 3MCM A; 4F0K A; 4EU0 A; 1AB8 A; 4J9S A; 1LWC A; 2Y8Y A; 1B70 B; 4ZCL A; 3TVY A; 2DY1 A; 1J5O B; 2MLY A; 4S0M A; 4OZ2 A; 1O51 A; 2OO4 A; 1VRT B; 3DHX A; 1ZBT A; 4RW9 A; 1RXO B; 4A4J A; 3OUY A; 1F5C A; 1Y11 A; 3KJF B; 3VR1 A; 2MQO A; 2VQE F; 1CG2 A; 3F56 A; 5B0F A; 3QRR A; 4ZIT A; 4DV7 F; 2MYF A; 2VL1 A; 3AH6 A; 1VQ4 S; 2WBM A; 3D54 A; 4B3R F; 3FJ2 A; 4J90 A; 4P7T A; 4DV4 F; 3I82 A; 1I3O B; 1A9N B; 3DI6 B; 2UUA F; 4DG1 A; 1VQK S; 4C0B A; 4DR4 J; 2BEF A; 2R3V A; 4UTG A; 2CJQ A; 4NI2 A; 5G4D A; 2YKM B; 4ZVS B; 3AD9 C; 4QR2 A; 2JHE A; 2DD8 S; 1RLC L; 1VDH A; 3JQK A; 4HH0 A; 3W9I A; 4QU6 A; 3S01 A; 3G6X A; 1HWI A; 3NLC A; 2XMV A; 5HVF A; 3FKB A; 2RSQ A; 2V67 A; 2YXL A; 4K4V A; 1NM2 A; 5DZ7 A; 2G4B A; 1ZZF A; 2GAH C; 1FXD A; 1CQN A; 2Z0G A; 3Q22 A; 3IR6 B; 1KEK A; 3HJV A; 4ZIV A; 5B0B A; 4CNY A; 4IR1 A; 1SPB P; 1FKP B; 4X66 F; 3M30 B; 4OZL A; 2VD3 A; 1Y7P A; 1TUW A; 2WON A; 2KYX A; 1UP1 A; 3UN2 A; 2JL9 A; 3E8O A; 3ZNJ 1; 1SCJ B; 1U1P A; 4LF8 J; 1XEZ A; 1YRT A; 2BBE A; 4ELV A; 2OSR A; 1R7I A; 5ETO A; 2Z2Z A; 4NAS A; 2CJK A; 3OUY B; 2D7S A; 4YN3 B; 1AT1 B; 4JI3 J; 3AB2 B; 1N5Q A; 1H3D A; 2XZD B; 4QJV A; 2XI2 A; 1C1B B; 5KFE A; 3KJN B; 1FRX A; 2UU9 F; 1QLN A; 1IXK A; 2YQ1 A; 2W9B B; 1FDA A; 5FLX Y; 3BRE A; 5HMX A; 4DG1 B; 3P49 B; 1XTZ A; 2HND A; 4NI2 B; 3S7R A; 3ADA C; 1VLO A; 2Q6B A; 2ZKU A; 4I4B A; 1OSD A; 3GYG A; 3M8Y A; 3UDL A; 5HQM A; 2IA0 A; 1RAJ A; 3AY0 A; 2Q66 A; 2NSB A; 5F8J A; 4QIE A; 3JSM A; 5DM7 Q; 2GIQ A; 2CQD A; 3PNI A; 2CZV C; 1QTN B; 4M5L A; 1KQF B; 4ETX A; 1GNK A; 1HNW F; 3GR0 A; 3GJS B; 3QMQ A; 4WTY A; 3UN5 A; 4ICL B; 2DGU A; 3FNN A; 3RR8 A; 2NUH A; 2WON B; 4F67 A; 2GO9 A; 3L9Z A; 1DHM A; 5KG5 A; 4QW9 A; 4DL2 A; 1IQZ A; 2FZG B; 3W65 A; 1VQO S; 2QE5 A; 2GS8 A; 4NLU A; 2KT3 A; 1Q0N A; 4N8O A; 4NLW A; 1NJY A; 4LFA F; 3CDE A; 3DDK A; 3G8Q A; 3TI0 A; 1FVQ A; 2AJ2 A; 1G7C B; 4EBC A; 4WII A; 4RJV A; 2L9W A; 2BJE A; 2HSE B; 1RTJ A; 3H90 A; 1K44 A; 2DBB A; 2L9D A; 5IT9 Y; 4DL7 A; 2HND B; 3TVK A; 2MZQ A; 1O6X A; 2Y1I A; 2EG1 A; 1X4D A; 3G6V A; 3P6Y C; 1PJ6 A; 3THT A; 4PWW A; 3N6M A; 4DX7 A; 2B4P A; 3PHT A; 2H4W B; 2HFV A; 4C3M A; 1T11 A; 3MUV P; 1HL6 A; 5EUH A; 1D0E A; 4Y3C A; 3FSX A; 1NJW A; 1ACM B; 4I69 A; 4PQA A; 3CJK B; 3L7U A; 2QGF B; 1XMO F; 4C0O C; 2LQB A; 4DL5 A; 5KFJ A; 3DM2 B; 4QPX A; 2C2E A; 3THP A; 2K7J A; 5M2R A; 2L48 A; 2VG7 A; 2CZ9 A; 2D1C A; 2FUG 9; 5IXU A; 3MR6 A; 3MCN A; 4ZPC A; 3PKY A; 3QO9 B; 2MKY A; 2XSJ A; 4RLE A; 5D3G A; 3M8Q B; 2XY5 A; 1IBC B; 2KU7 A; 3AD8 C; 3M6W A; 3R97 A; 4ZCK A; 1NK5 A; 1RE1 B; 4DQS A; 1HI1 A; 5KT4 A; 2ZOM A; 2AYE A; 3CJR A; 2KO1 A; 3M32 B; 2H54 B; 3NGT A; 3KHL A; 4JI0 F; 3CC2 S; 3I0R A; 3GB0 A; 4LR9 A; 3FBC A; 3PW7 A; 4PG5 A; 4B9M A; 2Q43 A; 1SV5 A; 4DLG A; 4X4S A; 1S0V A; 1IR1 A; 1VQL S; 5F41 A; 5AXN A; 2DNQ A; 1F9E B; 3OR2 A; 3EX7 B; 4RNN A; 2F9D A; 4MYT A; 1WOS A; 2JH3 A; 4Y2C A; 3W5X A; 3C6U A; 3WDO A; 5F8L A; 3OLB A; 4DR6 F; 2OKQ A; 4G1I A; 2BE2 A; 2CPH A; 3K58 A; 2ZH2 A; 7FDR A; 2W25 A; 3QT7 A; 3PW4 A; 2NS1 B; 4JP8 A; 2C3M A; 3OTE A; 4DUT A; 4OX8 A; 4JYA J; 2J7K A; 3H98 A; 1WF0 A; 2MGZ A; 4USM A; 2O1P A; 4L3N A; 3MUR P; 4NZ6 A; 1TVR A; 3PFE A; 1FE4 A; 2JEI A; 2XYH B; 3MAQ A; 3KK1 B; 5K20 B; 1YBA A; 2W9A A; 4X4O A; 4CZC A; 2V50 A; 3BYR A; 2LU1 A; 2JEF A; 3HPO A; 2ZVS A; 1N88 A; 1AYE A; 2DVI A; 4WXW A; 2QL5 B; 3HKW A; 2DT9 A; 4WWS A; 2HNZ A; 2XSJ B; 5D3G B; 3MPW A; 1TTH B; 2C3Y A; 4AL6 A; 1E6Y A; 2DNM A; 4IO9 Q; 4TU8 A; 1S76 D; 1X4G A; 5A2Q Y; 4R8U A; 3PJW A; 2QX0 A; 5DQH A; 1SKS A; 4K8R A; 2GJ2 A; 2ZBI A; 1WC4 A; 3DN9 A; 2DEI A; 1S10 A; 5EDW A; 3T1A A; 4EBE A; 3KOA A; 4DU7 A; 2HGM A; 4LSZ B; 3Q8Q B; 1X5S A; 3KLF A; 2NSC A; 5A8W A; 2F8E X; 3I9V 9; 3D6T B; 2RIL A; 1JX4 A; 3T9N A; 1ZYQ A; 5HP1 B; 6AT1 B; 2DNK A; 5HAT A; 4KV8 A; 3OSN A; 4FYY B; 4NEY A; 1IR0 A; 2EK6 A; 5LT5 A; 4F0M A; 1M90 T; 3IFE A; 2GZO A; 3A13 A; 4KPY A; 4M5K A; 1T3N A; 2XWY A; 1GMW D; 1SI9 A; 5LMN F; 1A0O B; 1FEH A; 3H25 A; 1OS5 A; 3QQC D; 4RWX A; 2HQ3 A; 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1Z2Z A; 2LXI A; 3FCH A; 1GTE A; 3U1N A; 3KTQ A; 4TXS A; 3CD7 A; 1EKS A; 2MKK A; 4IFV B; 4ZVF A; 2V6A A; 4RU9 A; 3MF5 A; 3JYT B; 2W4D A; 2KZZ A; 2BDP A; 4LR7 A; 1JWW A; 3TQ1 A; 2ZOG A; 4G1P A; 2RNE A; 2U2F A; 8AT1 B; 1J2V A; 4C9D A; 3GSD A; 3QAU A; 5JMN A; 2DGT A; 1YQH A; 4CP5 A; 2HEK A; 3V4I B; 3A8J A; 1UJ6 A; 2IJF A; 4WE1 B; 2X3G A; 3DLE B; 2AGO A; 2ROG A; 1TKT B; 4J9Q A; 3ICL A; 2LXU A; 1NPK A; 4CLT A; 2CJX B; 5A6P A; 1RT2 B; 3VAF A; 3VAG A; 4ZPV R; 2YWF A; 3G8T A; 1X7V A; 2XUL A; 2FLP A; 4UW2 A; 4K4Y A; 4W90 B; 3NEK A; 3CJ5 A; 4DEZ A; 1YDL A; 5F3Z A; 2R7S A; 4LBP A; 3B4M A; 2ZC3 A; 2W2O P; 4FN5 A; 4LMZ A; 4BWJ A; 3CCE S; 1G6B A; 2JZ5 A; 2J0X A; 1JLG B; 1WSV A; 4K50 A; 2XSF A; 4OLP A; 3OW2 R; 3LTO A; 2FJD B; 2ZZM A; 3CMA S; 4CLS A; 4DSJ A; 2JEG A; 3K7R A; 3KDN A; 2VH7 A; 3UI3 A; 3E01 A; 2QEX S; 1UEV A; 3K5L A; 2HHU A; 2BJ8 A; 4A46 A; 2VQF F; 1U0H A; 5C24 B; 3K57 A; 4ECX A; 3O44 A; 3NP5 A; 5EWF A; 3MM5 B; 1FK9 A; 2CVE A; 5A76 A; 4M95 A; 1D8Y A; 2JLF A; 2GA7 A; 2JFK A; 4YHH J; 2D3U A; 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