The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
103
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structure length |
103
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Chain Sequence |
ASGVDDDMACHKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Extended Substrate Recognition in Caspase-3 Revealed by High Resolution X-Ray Structure Analysis
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
CASPASE-3
|
| total genus |
18
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| structure length |
103
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| sequence length |
103
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2006-04-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RHR B; 1RHJ B; 1RHK B; 3GJT B; 3P4U B; 1F9E B; 3SIP B; 3GJS B; 4ZVS B; 2H48 B; 2XYH B; 3NS7 B; 2Y1L B; 2P2C B; 2HBY B; 1RHQ B; 1SC4 B; 1RWO B; 2HBQ B; 2H4W B; 2H65 B; 3GJR B; 4JB8 B; 3R6G B; 3EDR B; 3R7B B; 2HBZ B; 2QLJ B; 1PYO B; 2XYP B; 4DCJ B; 2XZT B; 2C2Z B; 1GFW B; 2H51 B; 3P45 B; 5K20 B; 2XYG B; 2QL5 B; 1I51 B; 3R6L B; 5IC6 B; 2CNN B; 4ZVU B; 2H4Y B; 1NME B; 1RWW B; 2HBR B; 3GJQ B; 1RWX B; 3EDQ B; 3QNW B; 2DKO B; 1RWP B; 1IBC B; 2QLF B; 1RWM B; 4DCP B; 1RHM B; 1QDU B; 1RHU B; 2QLB B; 3IBF B; 1SC1 B; 2CJY B; 1RWK B; 1RE1 B; 3D6H B; 4ZVT B; 3KJQ B; 3R7N B; 2C1E B; 2C2O B; 1PAU B; 3KJN B; 2CNK B; 2CJX B; 2CNO B; 1RWV B; 3KJF B; 2QL9 B; 1I3O B; 5IC4 B; 3D6F B; 4ZVO B; 3RJM B; 2Y0B B; 3D6M B; 1ICE B; 4DCO B; 2H5I B; 1BMQ B; 4ZVQ B; 2C2K B; 2H54 B; 4ZVP B; 1QTN B; 2H5J B; 2FQQ B; 2CNL B; 4LSZ B; 1RWN B; 2C2M B; 2XZD B; 3R7S B; 4ZVR B; 1SC3 B; 3IBC B; 3R5J B; 2CDR B; 2QL7 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OR1 A; 3OJU A; 3B4M A; 4ICL B; 3OL9 A; 1KQG B; 3EGW B; 2L9D A; 2JJ4 D; 1YZ6 A; 3G6X A; 3TVZ A; 2HNZ A; 4ETX A; 2DR9 A; 2ILY A; 2DNY A; 4X4R A; 2E7X A; 3DRS B; 3MF5 A; 3Q0A A; 3OT9 A; 4NOH A; 1S6Q A; 1GFW B; 5HSP A; 1V3Z A; 1XBW A; 2ALY B; 2AF6 A; 3X3U A; 4LFC J; 1UMJ A; 3UO0 A; 2ZD1 A; 4P7T A; 1RAE B; 1QM9 A; 2E5G A; 2IVY A; 1WD6 A; 2PE8 A; 1VIO A; 3M8P B; 2UUA J; 4H4M B; 4B02 A; 1IJF B; 1HR0 J; 4P72 A; 4JI8 F; 3KJF B; 3ZZR A; 4FVM A; 4HR2 A; 5EDW A; 5T7L B; 1VQ8 S; 1JLQ B; 4ECU A; 3H7H B; 1T9Y A; 3KFW X; 3PM9 A; 1WF1 A; 3H4B A; 4OX6 A; 1R3N A; 5GAG U; 1A0O B; 1F2G A; 4WYL A; 3LP2 B; 3RYL A; 5DET A; 4QIF A; 3TQE A; 3QSI A; 2N3O A; 3AD8 C; 5L9X A; 4QU7 A; 1XMO F; 4DPY A; 5E0O A; 1RTZ A; 3KHL A; 2C3M A; 2WSE C; 3BH7 B; 2BAB A; 2GIF A; 3J7Z 5; 3PRV A; 3TWZ A; 2OPR A; 1CJK A; 2RS2 A; 4C4W A; 2RHS B; 1RT4 B; 3B4D A; 3GMG A; 2F63 A; 1X60 A; 5H1S V; 1N6Q B; 2VV5 A; 2RH3 A; 2BJ1 A; 3CJ4 A; 4C9D A; 1M1G A; 3DI6 A; 2OPS B; 5LXR A; 1VCT A; 3EMT A; 3CJR A; 3EXY A; 3R2C J; 1U4B A; 2HLT A; 2J0W A; 3NAI A; 2EVZ A; 4BBY A; 2E29 A; 4DUZ F; 2PII A; 1LOU A; 1CQM A; 3QYY A; 3D5M A; 2VPX B; 2QL7 B; 3NG8 A; 5DRK A; 3O5T B; 4LT6 A; 2R4F A; 3E2E A; 1IKY A; 4TQR A; 4NEZ A; 1F3F A; 1LEO A; 5IQQ A; 4EYH B; 1H2V Z; 3V2U C; 3R97 A; 2RE1 A; 2QMU B; 4YQW A; 2BQU A; 2DGX A; 4ECQ A; 4K4U A; 2ZH4 A; 1HI0 P; 1LK5 A; 3UCU P; 3ULH A; 5AE2 A; 2F1F A; 3LOU A; 4KRW A; 1FVQ A; 2IYI A; 3CW2 C; 1NSA A; 1YJ7 A; 1T7P A; 1EHW A; 3Q22 A; 1Q1K A; 4ZP6 A; 3UCZ P; 1TQL A; 3TX0 A; 4OI6 A; 2VIH A; 1G2E A; 5C42 A; 4D3H A; 2V8V A; 4OHY A; 3EWG A; 5A8K B; 3DLK B; 3FDS A; 5A2Q Y; 2VBW A; 1QTM A; 2KZZ A; 4IOA Q; 4UOF A; 2GS8 A; 3IWL A; 3GCX P; 2QSW A; 1REV A; 4ED0 A; 4Q8F A; 4YUD A; 4J9K A; 3HJV A; 1PJ7 A; 4I56 A; 4C3M A; 5FD1 A; 3W2V B; 4V19 J; 1JLA B; 3LAL A; 3M6W A; 2FQQ B; 3EIC A; 2L41 A; 4LIW A; 5F8H A; 2CPX A; 1FDD A; 5GVQ A; 1KNZ A; 4HHJ A; 1BQN A; 2J6S A; 2Y0S D; 2LQJ A; 3H5X A; 2VG5 B; 2LU2 A; 4DX8 H; 3RR8 A; 2APO A; 2NXU A; 5J2Q A; 2VPY B; 1CJV A; 4ZOS A; 5C25 A; 2HVZ A; 1UW9 A; 4C8L A; 4J9M A; 1LWF A; 4X62 J; 1AB8 A; 3UNG C; 3TAM A; 3MPY A; 3LAM A; 3IGV A; 1YVF A; 3LPE A; 3GYG A; 1FER A; 4ANE A; 2RB7 A; 3M2V B; 4UOH A; 2HS3 A; 1C1B A; 4O3P A; 2WOM B; 3CTR A; 4CH0 S; 5LMN J; 3U27 A; 2K7K A; 4IH5 A; 3IR5 B; 2MKI A; 5LMU F; 1MLA A; 3A12 A; 1SL2 A; 2DB1 A; 3LP1 A; 4ZVQ B; 1NZ8 A; 3I0S A; 3CUL A; 3T9Z A; 5J2P B; 3KLG A; 3EGV A; 5KFN A; 4KAI A; 1DTT A; 5C7P A; 4JI6 J; 2MY8 A; 4CLK A; 3HT3 A; 4N8O A; 3BV8 A; 3M7V A; 2MLZ A; 3CCL S; 1N8R T; 2ZWO A; 3Q2T C; 1APS A; 4WFN Q; 2UXD J; 3K5L A; 3K7R A; 5I42 B; 1U1N A; 1H7X A; 4LFA J; 2RML A; 3W2W A; 3DYA A; 4ZVU B; 2Z57 B; 4USV A; 2MKS A; 2MLX A; 3I9V 9; 3MXH P; 1HBN B; 1YJT A; 1N88 A; 3THV A; 3KUH A; 2JEG A; 3GFY A; 1SXL A; 3EGZ A; 2WVF A; 2GFF A; 3N9U C; 3GWC A; 4B08 A; 1M5S A; 3W8G A; 2W2M P; 4A8Q A; 4DV3 J; 2GGP A; 4UT4 A; 1PBU A; 3DRP B; 3H5S A; 4GKJ F; 1RWV B; 5B0A A; 1WC1 A; 4KC5 A; 3FC9 A; 2FJA B; 1NDK A; 3NOG A; 1OQ3 A; 2CQI A; 1JMT A; 3JAM Y; 4JUZ A; 4K8R A; 4PUO B; 3OHA A; 2HQD A; 2HK2 A; 4ZCL A; 3DRY A; 2V2Z A; 4Y2C A; 4FVC A; 1FVS A; 4RU9 A; 1WUU A; 2WCX A; 3G82 A; 3G6E S; 3KK3 B; 4QW8 A; 3DCA A; 4USM A; 2HZV A; 2B9Y A; 3EXC X; 3EZU A; 3AOC A; 1TTH B; 3QZ8 A; 2DCU B; 4OYI A; 2ALZ A; 1QUP A; 1M5K C; 4JI1 J; 2F9D A; 4U8V A; 1Q4R A; 4P52 A; 4AQY F; 1Q8I A; 4O4G B; 3J7Y I; 4FNH A; 2CQB A; 2MKJ A; 3HPO A; 5KG3 A; 4DV5 J; 3VHQ A; 4DR2 F; 3PFO A; 3WQP A; 3KJN B; 4DV4 F; 4MIB A; 3T1A A; 1ROF A; 2FLO A; 3W7B A; 2Q6C A; 4J91 A; 2YTC A; 5AXL A; 2W9B A; 2ZBI A; 4X4P A; 3SSQ A; 2VAS A; 3CC4 S; 3J7Z T; 1NHU A; 4OX9 J; 4YB6 A; 4EBE A; 4OFZ A; 2BE7 D; 2F4F A; 4LVO P; 3IGN A; 1LXJ A; 1FNM A; 2VA3 A; 3CDW A; 3IO1 A; 4K2X A; 4A8W A; 2OIH A; 5IWA J; 1S1X B; 2G4B A; 1N34 F; 1SJF A; 3A3P B; 2B6A B; 2QA4 G; 2OLW A; 3TAP A; 5K20 B; 2FJE B; 2IRU A; 3UI3 A; 4DLG A; 3OTO F; 2RRB A; 3MI7 X; 2OPP A; 2V68 A; 1TK0 A; 1S72 S; 2J9D E; 4O44 B; 1RT3 A; 4KO0 B; 2C1E B; 1S1U B; 4TQS A; 1VQ7 S; 1S1V B; 2KG1 A; 1ZA1 B; 3I0R B; 1RAG B; 3F41 A; 1YGY A; 2Y0B B; 4X4N A; 3DLE B; 4ECZ A; 1RAC B; 4OJ3 A; 1T0T V; 2H5J B; 5HQL A; 3PCO B; 3TQ1 A; 2W8K A; 2POK A; 3TAN A; 3CCZ A; 5JXS A; 3PYE A; 4RW4 A; 1S9E B; 2MMY A; 2GAG C; 3W62 A; 3ZTS A; 4ZJO A; 4WZM A; 3CJ2 A; 1S6U A; 1EIY B; 1WF0 A; 2MSS A; 4CTA B; 2XYP B; 1B0P A; 4EU0 A; 1VBX A; 2ROG A; 3W3S A; 3M1V A; 2NXJ A; 2LQ5 A; 5ETM A; 3R1L A; 1NPP A; 3TZX A; 3GV8 B; 1NME B; 2YKP A; 2MKK A; 2WTF A; 4HDG A; 1IXK A; 1S1W B; 3D67 A; 3R5D A; 3MR5 A; 4CT8 A; 3OVB A; 2AW0 A; 1N5Y A; 5GAH U; 1U2F A; 2DIT A; 4FKX A; 3I9Z A; 2EI5 A; 3I31 A; 2LYV A; 4ZMM A; 4DF4 A; 2Z30 B; 4GC6 A; 4A8X A; 2F4V J; 1F6T A; 2X1F A; 3DKD A; 2B3T B; 2B5J A; 2E5L F; 3NNA A; 4RW6 B; 3KMQ A; 2BQR A; 1R31 A; 3U1M A; 1NSK L; 1XQI A; 2HWT A; 2Q6B A; 3G6Y A; 3D2W A; 3PHT A; 2OUG A; 5DZ6 A; 1WG1 A; 4B3O A; 1DUR A; 1FFG B; 5AXN A; 2F5G A; 4MKB A; 1LNQ A; 1UP1 A; 3CCQ S; 4F04 B; 1OSD A; 2XM3 A; 1WC5 A; 4NCG B; 4TYA A; 4A8F A; 4IOC Q; 1S1T B; 3MM7 B; 3K5O A; 1M5V C; 3DXS X; 1JLE A; 4I67 A; 1S9G A; 4HHH A; 2C3U A; 4NLX A; 2C2R A; 2NZ4 A; 4TLR A; 3DFE A; 3L3C A; 3CIZ A; 2N82 B; 3TEG A; 2WVB A; 1C0U B; 2JC1 A; 2R3V A; 4CO1 A; 2KVI A; 1JB0 C; 2HAI A; 4J9S A; 5KFX A; 2M0G B; 2JLE A; 2GZO A; 4DF8 A; 3R2D J; 1MRO A; 4FP9 A; 2QV6 A; 1GMV A; 4HT7 A; 4DG1 A; 4MK9 A; 4NA1 A; 3RRG A; 3HHL D; 2VJV A; 3D6T B; 1SJ1 A; 4ZCM A; 4PYA A; 1LQ9 A; 3RTV A; 5HP1 A; 2HNY B; 2HVH A; 3HVT A; 4LRC A; 2OKQ A; 1ZOT A; 1RT7 A; 2JFK A; 1SV5 A; 2HUR A; 5A6W A; 1XN9 A; 4PYD A; 4OV1 A; 1KQS R; 3KNG A; 4JI4 F; 3QAU A; 4M5D A; 2N3L A; 4QCL A; 4EK2 A; 3PYF A; 2GHV C; 1LW2 A; 2ZUA A; 2VKZ G; 3NGR A; 5CZV A; 2ZZM A; 1FK9 B; 3VCD A; 1VGY A; 3J81 U; 1UVJ A; 3OJS A; 3OQ2 A; 2YXL A; 3VAM A; 2RKI B; 4WFZ A; 1WI8 A; 3PO5 A; 3M6V A; 4O3Q A; 2HND A; 2VJU A; 2DH9 A; 3CO0 P; 1F9F A; 4JI2 F; 2CWK A; 3AAW B; 4X4V A; 2AYB A; 4F2R A; 2J76 E; 3VGV A; 1U25 A; 3TI0 A; 1KC8 T; 1GX6 A; 2BAN A; 2FZK B; 1LWE B; 2F8M A; 4YFU A; 3HDS A; 3DOL B; 2DGO A; 5J2M A; 2HHS A; 2HHU A; 1U6Z A; 2R9L A; 4DN0 A; 1U1M A; 4ZLN A; 1XR6 A; 3ITH A; 4RWX A; 3C2P A; 3TJ8 A; 1DLO B; 4DWI A; 4CH7 A; 1UVL A; 4MYT A; 2OPQ A; 1SBR A; 1UKU A; 3HSG A; 2QG9 B; 4EI2 A; 1K0T A; 3ZTQ A; 3V6H A; 2FY8 A; 1PG5 B; 3HHL B; 3N6L A; 5JUM A; 1DZ5 A; 1JLC A; 1CSJ A; 1QAI A; 1WG5 A; 5KG7 A; 3GR0 A; 2YH1 A; 3HFZ B; 3OR2 A; 1I5O B; 2X1G A; 1MNE A; 2Y1R I; 2R8J A; 2LP4 A; 5IV4 A; 1HBU A; 3FRY A; 4M5G A; 4P9S A; 4M95 A; 5EHH A; 3IR7 B; 3BB5 A; 1Q81 T; 1URN A; 2KT5 A; 3QO9 A; 4ZS6 A; 1HYS B; 3IS9 B; 2P9E A; 4ZLL A; 4A46 A; 2HQ3 A; 1R43 A; 2VZ9 A; 1WC3 A; 1QAX A; 2YWG A; 4LF9 F; 5KOX A; 3V4I B; 5HRO A; 1KS2 A; 3SCL E; 2ZHO A; 3N5B A; 1HHT P; 2XS2 A; 1QTN B; 3QT6 A; 3IG1 A; 2KFN A; 1VBZ A; 1JXV A; 1EKS A; 1E6Y B; 2JHE A; 4QJV A; 1JJC B; 1X4C A; 3V5R A; 4RW8 A; 5GMK a; 4X65 F; 3SIP B; 4DR3 J; 1MMD A; 2JVR A; 3EPI A; 1FRK A; 1DQA A; 2W24 A; 4MIA A; 1BXN A; 2D41 A; 4GMK A; 1PGZ A; 3NGU A; 3GIL A; 2J5A A; 2GVD A; 1S4E A; 3M9M B; 4FN5 A; 1Y10 A; 1YRU A; 3CDU A; 5KFM A; 1C0T A; 3MCO A; 2D69 A; 2FIU A; 5HVH A; 3H2U B; 3SSR A; 1IBM J; 3EDQ B; 4CYU A; 1SH3 A; 1VBY A; 2BRK A; 2KYX A; 5E7O B; 3FZB A; 4KR0 B; 4ED6 A; 4OMF G; 4KGV B; 3MED A; 4IDK A; 1UJ5 A; 5IV3 A; 5DDR C; 4F36 A; 5F8I A; 1NO8 A; 1VI7 A; 5HL7 Q; 3WC0 A; 3CD5 A; 4CNZ A; 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1OJ4 A; 3NXZ A; 4MYU A; 2WHO A; 1DY3 A; 4E98 A; 3QPI A; 1VHI A; 2MQP A; 4DUT A; 3MOZ A; 1R8B A; 3IC1 A; 3EX7 B; 3DI6 B; 4H54 A; 2Z4P A; 3OW2 R; 4YB1 P; 3PO4 A; 1QLN A; 1BWV A; 3HT0 A; 3MM5 A; 4AL5 A; 4LBP A; 1VQO S; 2LU1 A; 3ENA A; 1N36 F; 3ZTR A; 3TVY A; 1IR2 A; 4DUZ J; 2IMW P; 1F1B B; 3I87 A; 1Q53 A; 5HBM A; 1VC0 A; 1WNE A; 5JJB A; 3QFH A; 2HKE A; 5B0E A; 1TEL A; 2R7R A; 1VQN S; 4USI A; 5D0G A; 3GSI A; 4K5S A; 1XNQ F; 2A6O A; 4LF5 F; 1IKY B; 5GAD U; 4Y2K A; 2AZ3 A; 2J6T A; 5A0Y A; 2XS5 A; 1KTQ A; 2N4D A; 2W7A A; 2HFU A; 5I4M A; 4PXC A; 1Y3K A; 1M90 T; 1JLG A; 3J81 j; 3T6B A; 2QMW A; 2GML A; 4F25 A; 4CCH A; 4F50 A; 3BPD A; 5K8P A; 2V9W A; 2GJ2 A; 3PFE A; 3TUI C; 3G86 A; 3IM8 A; 4YME A; 2V6A A; 4G3I A; 2B4O A; 4WTO B; 1VBK A; 2LXI A; 5C42 B; 3QNW B; 5DZ7 A; 2RQM A; 4FBU A; 1TL7 A; 1VQL S; 4A8Y A; 3TRG A; 5JVH Q; 1S6O A; 2E1R A; 1REV B; 4WTY A; 2X3G A; 1KVK A; 1FFW B; 4DU7 A; 4L76 A; 3FMW A; 3W66 A; 3DOM A; 2FJV A; 1IWG A; 2H5E A; 2E7V A; 1WAC A; 2HZA A; 3BYR A; 3UFC X; 2M4M A; 4ERD A; 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