The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
HKIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and kinetic analysis of caspase-3 reveals role for s5 binding site in substrate recognition
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
caspase-3, p17 subunit
|
| total genus |
18
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| structure length |
94
|
| sequence length |
94
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2006-05-26 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1RWN B; 3NS7 B; 1RWX B; 1RHJ B; 3R7S B; 2H54 B; 2XZT B; 2HBZ B; 4DCP B; 2HBR B; 2H5I B; 2CNN B; 2H51 B; 3R6G B; 2XYG B; 2XYH B; 1IBC B; 1RHQ B; 1RWO B; 2H65 B; 3QNW B; 2XZD B; 4DCJ B; 2QLB B; 3KJN B; 1RHU B; 2FQQ B; 3SIP B; 1F9E B; 2C2O B; 2Y0B B; 2H48 B; 4ZVO B; 2QL5 B; 2C1E B; 3KJQ B; 1RE1 B; 1I51 B; 3D6H B; 3D6F B; 2CNK B; 1RWM B; 1PAU B; 1QTN B; 3EDR B; 4ZVU B; 2QLJ B; 1ICE B; 2C2K B; 2H4W B; 2H5J B; 1QDU B; 1RWK B; 1SC4 B; 2H4Y B; 1RWV B; 1NME B; 2QL7 B; 3EDQ B; 4DCO B; 5IC6 B; 2Y1L B; 3R5J B; 1RWP B; 5IC4 B; 3IBC B; 1BMQ B; 1PYO B; 1I3O B; 5K20 B; 2CJX B; 2CNL B; 3P45 B; 4LSZ B; 4ZVQ B; 4ZVT B; 3GJS B; 2C2Z B; 2HBQ B; 2XYP B; 2QLF B; 1RHR B; 2QL9 B; 1RHK B; 3D6M B; 3RJM B; 2HBY B; 2C2M B; 3R6L B; 4ZVP B; 1SC1 B; 3GJT B; 3KJF B; 3IBF B; 3GJQ B; 3GJR B; 4ZVS B; 1SC3 B; 2CJY B; 3R7B B; 2P2C B; 3P4U B; 4JB8 B; 2CDR B; 1RHM B; 4ZVR B; 1GFW B; 3R7N B; 2DKO B; 2CNO B; 1RWW B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Z58 B; 4NCB A; 4HAC B; 4WU2 A; 4X4T A; 1GX5 A; 4PAA A; 4C0O C; 3DLK A; 1WTF A; 3MI7 X; 4FXW A; 3RRH A; 3JTO A; 2FLN A; 1ZAX A; 2EFO A; 3QRP A; 4P6Q A; 3GR0 A; 4YR2 A; 1YI2 S; 5HLF B; 1HMV A; 4NLG A; 1U1R A; 4ECS A; 1HBN B; 3QT8 A; 2MJU A; 4UY8 T; 1NB2 A; 4O3N A; 1VRT B; 4B02 A; 2YWH A; 3CTR A; 4LFA J; 4OYP A; 1OY8 A; 4FBU A; 2E5J A; 4C7Q A; 4PG6 A; 2VZ9 A; 1RAF B; 4ILR A; 4ECW A; 3MM8 A; 3O3L A; 3NGT A; 4C11 B; 1FWK A; 2O5D A; 2PFF B; 4NLY A; 2DNM A; 1WOS A; 5DQG A; 1VHI A; 1ZPW X; 1WOP A; 5AJ3 J; 1RAE B; 2V2K A; 5I3P A; 1H7X A; 4NLX A; 2QSF A; 4ECU A; 5IXU A; 3CJT A; 2KXF A; 4YHH F; 1OMS A; 3W2V A; 3HKZ D; 1YJN S; 2COL A; 1VQL S; 1WD6 A; 3EIC A; 3IFE A; 4L75 A; 1N32 J; 1R6Y A; 3GQC A; 5HMW A; 5HJY A; 2WZ1 A; 5LSR A; 5D0G A; 1YRU A; 1UPP A; 3ENV A; 2HHH J; 2EBE A; 2KN4 A; 9ATC B; 2HGM A; 3HDS A; 3CJK B; 2KXH A; 3TQE A; 1AW0 A; 5HQM A; 2KFY A; 1SJ4 P; 2OFG X; 2ZDP A; 1JXE A; 1LNQ A; 1W7W A; 5IC4 B; 2JFD A; 2EFN A; 2E1P A; 4IFY B; 5J1E B; 4YS2 A; 3AQO A; 4ZHR A; 3CDU A; 1ZTT A; 1RTZ A; 1S9F A; 2BUN A; 4MYU A; 5HMY A; 4K4T A; 3B4D A; 4DQS A; 1R0A B; 2PA3 A; 2P8I A; 4ILM A; 2JEF A; 4B9N A; 1NZA A; 2L3M A; 4YB7 A; 3HJV A; 1XTZ A; 2LMI A; 2YWE A; 2PDA A; 4LSN A; 2HVI A; 5GMK a; 4HL9 A; 4KJI A; 2OH2 A; 1AT1 B; 1S1V B; 4F36 A; 3R6G B; 1S1X A; 2KZZ A; 2F63 A; 3BGF A; 3W5Z A; 2IM2 A; 4QJV A; 1LWC B; 3MDF A; 1VC5 A; 1H2T Z; 3AJ2 A; 1QAJ A; 2DY1 A; 4NI2 B; 4KSE B; 3TQ1 A; 1N5S A; 3UR3 C; 4NRU A; 1FKP A; 4FS2 A; 4LT6 A; 3M1V A; 1VQN S; 3BN7 A; 4IUF A; 1QAX A; 4I7F B; 4OHX A; 1I51 B; 4H4M A; 2OUG A; 1Q8L A; 1UVI A; 2HNY B; 1T9X A; 3TA1 A; 3VAL A; 4DL3 A; 1FF2 A; 2FIU A; 1CJV B; 4GKJ J; 1S49 A; 2VB6 A; 2BRL A; 1PBA A; 4NLS A; 3BR8 A; 3UNY A; 3D6M B; 4H4K C; 2R7T A; 2P6T A; 3R9L A; 3GU0 A; 3ENA A; 4M8L A; 3MOJ B; 2IDL A; 3VCD A; 3HVW A; 3F56 A; 4DV0 F; 2ZH2 A; 1X4A A; 2UV8 G; 5CZV A; 4DQR A; 2IHR 1; 3T1H J; 2WON B; 4EZ6 A; 4CCH A; 3TO8 A; 2RB7 A; 4NXN F; 1RWO B; 2IRU A; 2NXE A; 4PXB A; 5CHC B; 4ZN3 A; 1UA0 A; 2MTL A; 1EZZ B; 2RHS B; 1ULR A; 4ZIT A; 4CTA B; 2VAS A; 1MWY A; 1NHU A; 4RUC A; 1KDN A; 2GNK A; 2OSR A; 3D67 A; 4RJV A; 2MZJ A; 2QA1 A; 4CDI A; 4IOB A; 3HFZ B; 1GMW D; 2F9D A; 2YWK A; 4FNH A; 4A8W A; 1WC3 A; 1VCT A; 1VQ5 S; 1U1N A; 4ECY A; 4HDG A; 4B3S J; 4ZJO A; 2VFU A; 1RWP B; 4L3K A; 3TJ9 A; 3BO4 A; 2HQF A; 3H2L A; 3PYG A; 4I2P B; 2U1A A; 2XLJ A; 5H9F K; 3LP1 B; 1RTD B; 4I6A A; 1R89 A; 1Q7L B; 3I0S A; 1H0H B; 2VL1 A; 2CPF A; 3EZU A; 1QTM A; 4LF5 F; 4ZS6 A; 3GFX A; 2E5L F; 1VLO A; 2ILZ A; 2OI2 A; 3GSI A; 1RSC A; 2PEH A; 5D6G A; 1KVK A; 3BBF A; 2EWH A; 2GQC A; 2CQ1 A; 4CH0 S; 4MIA A; 1FJ7 A; 2MLX A; 5KT3 A; 1HNX J; 4UZB A; 4KPC A; 3C6T B; 3TZW A; 3Q2T C; 2W8K A; 2G1H A; 5M2U A; 4U7C A; 4AXI A; 2W9A A; 2UVR A; 3D54 A; 3OVA A; 2EW9 A; 2D69 A; 4KTQ A; 4UY8 5; 2JLE A; 3OBI A; 4DFP A; 3IWN C; 5KFQ A; 3EYZ A; 4USK A; 4YB1 P; 5DLF A; 1SL1 A; 4ZPD A; 2BVZ A; 4GKK J; 2LQJ A; 2AW0 A; 2CPJ A; 3TA2 A; 5GME A; 3HSG A; 4GVL A; 2M5Y A; 4H54 A; 2MST A; 1HWK A; 5HQ8 A; 3M8R A; 5HQL A; 5KFU A; 4BLG A; 3ZTR A; 2MKI A; 1TUG B; 3VVU A; 1RTH A; 3QFH A; 4OV1 A; 4X4P A; 4NPO A; 2YKQ A; 5GAE U; 1K1Q A; 5D3G B; 1YQH A; 4IRD A; 5IT9 U; 2CJQ A; 2DHG A; 5A0Y A; 4CO3 A; 4IKA A; 4PYD A; 4EGL A; 1SV5 B; 1NK9 A; 2FVS A; 3V81 B; 2IM1 A; 4RUB A; 2IJF A; 3AA8 A; 1UPM B; 1R7I A; 3B4M A; 4MK7 A; 3GE9 A; 1RT2 B; 4GC7 A; 3ZZO A; 2DJW A; 2XNR A; 1T03 A; 1X4D A; 4ATN A; 3W8P A; 1IR1 A; 3BKU A; 2FJX A; 2KH9 A; 2YKO A; 2MKS A; 1X9W A; 2J8S A; 4ZJQ A; 1ZZF A; 2Z2Z A; 2CG8 A; 2VFR A; 2XY6 A; 2UVU A; 3DRP B; 4LF6 J; 4DR4 F; 1WC1 A; 1S4E A; 2WVB A; 3MM9 B; 3BO3 A; 2GML A; 2V5H G; 2WHO A; 4JI3 F; 3T3F A; 3LP0 A; 4OHV A; 2E66 A; 3TP2 A; 2YKM A; 4QIG A; 1RHM B; 4NL5 A; 3TW0 A; 1UVL A; 1FEE A; 2NRE A; 3NS7 B; 4RBV A; 1GTE A; 4KR0 B; 1W2B R; 5KFZ A; 4USH A; 2OPS B; 2HRY A; 4U95 A; 1DHM A; 4AL7 A; 1TAQ A; 2EKY A; 1PIL A; 1NH8 A; 3FFI A; 3PW0 A; 4B3R F; 3BJY A; 1VGY A; 4ZVO B; 2JVO A; 1M1G A; 2MQL A; 1NZ8 A; 4UZC A; 1YG0 A; 3AA9 A; 3ET6 B; 4B3T F; 4OZ3 A; 2V4J A; 1SKS A; 1D8Z A; 1RWM B; 1PAU B; 2AMC B; 1NK8 A; 2WVC A; 4I68 A; 4Z37 A; 1FX2 A; 4MKY A; 4KQZ A; 3TAQ A; 2LQ5 A; 2LA6 A; 3N6N A; 2RDD A; 3LPY A; 3G82 A; 1S79 A; 2F8H A; 3C3L A; 3ZXW A; 5B7W A; 1C0U B; 3W9I A; 3MMC B; 1G4C A; 4K4W A; 1JLQ B; 3TEH B; 3LUY A; 1S12 A; 4JI2 F; 4OYB A; 2BE2 B; 1RWW B; 5CAB A; 2ZIT A; 1FI4 A; 2C28 A; 4DPU A; 3CD7 A; 2MYF A; 5EWF A; 4AND A; 3O1L A; 4ANC A; 1LXJ A; 5RUB A; 3PR4 A; 1U0H A; 1AZS A; 1F1B B; 2XZW A; 1FT8 A; 1GMW A; 1SXL A; 2QJ3 A; 3M6X A; 4CWB A; 5IZH A; 2WB4 A; 3GYN A; 2PE8 A; 2K3I A; 1N5Q A; 2FC9 A; 3ITH A; 3SI8 A; 3DXB A; 1VI7 A; 3PEJ A; 5L8R C; 3TZY A; 3EDR B; 5DDQ C; 5C5J A; 5H9E K; 2FTR A; 2B8P A; 1YIJ S; 3NOG A; 2OTJ S; 1JNZ B; 5C25 B; 4PG8 A; 3HPO A; 2Y1L B; 4F3Q A; 1BMQ B; 1I3O B; 4KKO A; 1G2E A; 1IKW B; 4OZ5 A; 1VR6 A; 4NEZ A; 2ZOM A; 4MIB A; 3IGN A; 3Q8Y A; 3BEG B; 5B0G A; 3T5J A; 3D1O A; 4JYA F; 1RYS A; 3RBE A; 1JWW A; 3M8Q B; 1W26 A; 3NGD A; 2OHD A; 3DLG B; 4R5P B; 1NK7 A; 2R3V A; 1OQ3 A; 2Y1J A; 1VBK A; 4CRJ A; 1DTQ A; 2XLI A; 1YHQ S; 1S9G B; 3JQM A; 1UZD A; 3RBX A; 3UNG C; 2BM1 A; 1TKD A; 2G2Y A; 5F3T A; 2XC9 A; 1VQ6 S; 1SBR A; 2R4F A; 2CPY A; 3DMJ A; 1V5V A; 1S48 A; 4B9S A; 1RAG B; 3OW2 R; 1SKW A; 3TZX A; 4K8R A; 1YVF A; 2E1C A; 3EGV A; 3K57 A; 5DG9 A; 3NMR A; 2HVH A; 4KV8 A; 3ENQ A; 1HLW A; 4EO8 A; 1CUL B; 2XG8 A; 2VC1 A; 3BBB A; 3CDE A; 4WE1 B; 5F8M A; 4MTP A; 3OPK A; 3W61 A; 2MKJ A; 4I1T A; 1NAQ A; 7AT1 B; 1FK9 A; 3FBC A; 3ZNJ 1; 3RYL A; 5HRO A; 2G0C A; 2BM0 A; 4TXS A; 4ZPA A; 3GFH A; 1W2I A; 1JX4 A; 2ROP A; 1NBE B; 2FHJ D; 4USV A; 2MPU A; 1X5O A; 4QR1 A; 4TKT A; 3UN5 A; 5HAT A; 5AT1 B; 5JJB A; 1JLE A; 2MXY A; 1WUU A; 2A2C A; 2LA4 A; 3KUG A; 4RU9 A; 2KFZ A; 1HHS A; 4NMX A; 4Z7C A; 3EXC X; 3JQK A; 2NQP A; 1FES A; 2A10 A; 1KTV A; 4LIW A; 1DTT B; 2IDE A; 2XYG B; 4R8U A; 2B43 A; 1RT6 B; 5JMN A; 3D6T B; 1YRX A; 3EVM A; 4M5I A; 3AQP A; 3N9U C; 1VIO A; 3UVJ B; 4DR1 F; 3OFF A; 2R2R A; 1VOM A; 4NYP A; 4OZ2 A; 1M1H A; 2VQE J; 1IJE B; 1BQX A; 1JLF A; 1ELO A; 2OJ3 A; 2B6A A; 2AWZ A; 2R7S A; 2HRT A; 3RR8 A; 1FVQ A; 4B9U A; 1SQG A; 5CYM B; 2NYI A; 3AAW B; 1H6K X; 2ZBQ A; 4IDK A; 4N47 A; 5HBM A; 2R7X A; 2XHC A; 1H73 A; 1GMV A; 2CQD A; 4XO0 A; 3CJ4 A; 1MWQ A; 4CM0 A; 4C8N A; 3DLK B; 1HNI A; 4OQJ A; 1LV5 A; 4LFB J; 1M5K C; 4ZCK A; 2ZH1 A; 1ZYQ A; 2V8V A; 5A76 A; 3NNC A; 1J27 A; 2ALZ A; 2B5J A; 5EUH A; 3M8Z A; 2VJV A; 4J9Q A; 4ZPC A; 2RD5 C; 4UW2 A; 1BQM A; 4FPI A; 1HMV B; 2VPZ B; 3CCV S; 2NXU A; 1LW2 A; 2OIH A; 4X66 J; 4EBD A; 4C8Z A; 2MZR A; 3R5G A; 2MLY A; 3IC1 A; 3MM8 B; 2CAD A; 1ZM3 A; 2G0I A; 2KT2 A; 2O66 A; 4RW4 A; 4CLT A; 3MR6 A; 2MZQ A; 3VQS A; 4WBF A; 2H4Y B; 2W4P A; 2HGL A; 3HSD A; 1E6Y A; 2RH3 A; 4DR7 F; 1P8G A; 4CT9 A; 5J2Q A; 3LF0 A; 3DC2 A; 1Y4Z B; 1VDH A; 2ZHB A; 4NLP A; 2J7U A; 1J5E J; 1A9N B; 4E8U A; 1U0S A; 3T19 A; 1TL3 A; 4LUB A; 4ELV A; 4X4V A; 1I94 J; 2DD8 S; 3OD2 A; 4DSI A; 4F2S A; 1HR0 J; 1IQZ A; 6FDR A; 1HBM A; 4IFV A; 2DKO B; 3I6P A; 2DNO A; 5LMU F; 4IOC Q; 4ZIW A; 1IWA A; 3DM2 A; 4QZV B; 4IRC A; 2VFT A; 4QIE A; 1Z1Z A; 4WFX A; 4ES2 A; 3OSP A; 1VQ7 S; 1YBA A; 4DFJ A; 2I0X A; 2Y8W A; 3C19 A; 2R8I A; 4ICL A; 3UDL A; 1IBK J; 4A4J A; 1RAC B; 2DNK A; 5KFM A; 1R8C A; 4OI4 A; 2B7B B; 4ECX A; 4ZHR B; 5J2N B; 4LMZ A; 3HFV A; 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4M94 A; 1AUD A; 3HFK A; 5ETR A; 2GHW A; 3L7U A; 2NXJ A; 1SQF A; 1IR2 A; 4JB8 B; 4L3N A; 2EG2 A; 2QFI A; 4OYX A; 1MNE A; 3D1H A; 4OYO A; 3V6D A; 4F0H A; 2V2Z A; 5A8W A; 2NZ4 A; 4O3S A; 4WJB A; 1SL2 A; 4DR3 J; 5EHH A; 2K3K A; 2HWI A; 3Q83 A; 3H5U A; 5J2M A; 5KG0 A; 1IR0 A; 1NSP A; 5GAD U; 4LBI A; 3HVA A; 5ETK A; 1HWL A; 3BZQ A; 3GYX B; 4DV7 J; 3IRW P; 3FSY A; 4QOT A; 2FGO A; 4TU9 A; 3X3U A; 2XGP A; 1GK8 A; 2FZG B; 3M8W A; 4U96 A; 1EQM A; 4IG0 A; 3I0S B; 1NKB A; 3TX8 A; 4ANE A; 4P9S A; 1X0F A; 4CLL A; 1BLU A; 3NNH A; 2ILY A; 4ZCL A; 3CCW A; 4HYK A; 5B0A A; 1UTA A; 4Q5V A; 4FXV A; 1KTQ A; 1TL7 A; 3O8W A; 3PYD A; 4LJM A; 5EN1 A; 1WEZ A; 3VTI A; 3SV3 A; 2ZOF A; 1SH2 A; 4PQU A; 2FLL A; 4FKX A; 4U67 Q; 4AE5 A; 2DGQ A; 3UCG A; 3KLG A; 3DGP A; 3IAS 9; 1WJ9 A; 2CDR B; 1UW4 A; 5DM7 Q; 1SKU B; 2HFZ A; 2C3Y A; 1O6X A; 2XZT B; 1DQ8 A; 4OL8 A; 4P7V A; 3H5X A; 1LWF A; 2GQQ A; 4P2S A; 1NM2 A; 3V2U C; 2XZD B; 3S01 A; 4ETZ A; 4Y28 C; 1H3D A; 5E33 A; 1HL6 A; 3EWG A; 5GVQ A; 4DV4 J; 3KLI A; 1RLD A; 3TWZ A; 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