The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
44
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sequence length |
143
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structure length |
143
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Chain Sequence |
AIERTLSIIKPDGLEKGVIGKIISRFEEKGLKPVAIRLQHLSQAQAEGFYAVHKARPFFKDLVQFMISGPVVLMVLEGENAVLANRDIMGATNPAQAAEGTIRKDFATSIDKNTVHGSDSLENAKIEIAYFFRETEIHSYPYQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of Myxococcus xanthus nucleoside diphosphate kinase and its interaction with a nucleotide substrate at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Phosphotransferase(po4 as acceptor)
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source organism |
Myxococcus xanthus
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molecule keywords |
NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE
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total genus |
44
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structure length |
143
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sequence length |
143
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chains with identical sequence |
R
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ec nomenclature |
ec
2.7.4.6: Nucleoside-diphosphate kinase. |
pdb deposition date | 1993-11-15 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
L | PF00334 | NDK | Nucleoside diphosphate kinase |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Nucleoside diphosphate kinase-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3B6B A; 3DDI A; 4S0M A; 2NCK L; 1B4S A; 3Q86 A; 4ENO A; 3ELH A; 3EM1 A; 2DYA A; 4F4A A; 3Q8V A; 4ANE A; 1NDL A; 3EMT A; 1NSQ A; 3JS9 A; 2AZ3 A; 4UOF A; 4DUT A; 2ZUA A; 1MN9 A; 3EVO A; 2VU5 A; 1WKL A; 3EIC A; 3R9L A; 3B54 A; 1JXV A; 2B8Q A; 3PRV A; 4FKX A; 3FCV A; 1S57 A; 3G2X A; 1NSP A; 3NGT A; 4ANC A; 4HR2 A; 4UOG A; 3ZTR A; 3L7U A; 4W98 A; 2BEF A; 1HHQ A; 3ZTO A; 1NDP A; 2HVE A; 1NB2 A; 1ZS6 A; 3FC9 A; 3VGT A; 3FBC A; 3DKD A; 4KPC A; 3BH6 B; 3ETM A; 4AND A; 1BE4 A; 3EJM A; 1S59 A; 2AZ1 A; 1XQI A; 3BBC A; 3EVM A; 3VGV A; 5CAA A; 1XIQ A; 1MN7 A; 2CWK A; 3FBF A; 3GPA A; 1HIY A; 1U8W A; 1NSK L; 4F36 A; 3ZTQ A; 3NGR A; 4CP5 A; 3NGU A; 1K44 A; 1WKK A; 3MPD A; 4C6A A; 5C7P A; 3VVT A; 1LEO A; 1NPK A; 1PKU A; 1BUX A; 3VGU A; 1W7W A; 2DXE A; 3FBE A; 1PAE X; 3VVU A; 3EE3 A; 1EHW A; 4UOH A; 3Q8U A; 3FBB A; 1NLK L; 3VGS A; 3FCW A; 1F3F A; 3NGS A; 4FKY A; 1NDK A; 1WKJ A; 2BX6 A; 5IOL A; 3GP9 A; 3Q8Y A; 1NHK L; 1LWX A; 1S5Z A; 2HVD A; 3WX8 A; 1B99 A; 1BHN A; 2B8P A; 1NUE A; 1NDC A; 3EVW A; 2DXD A; 5BXI A; 3BH7 B; 1HLW A; 2DXF A; 3ENA A; 4O0N A; 3Q83 A; 3BBF A; 1KDN A; 1UCN A; 3ZTS A; 3FKB A; 4WBF A; 1NCL A; 1VYA A; 3PJ9 A; 2DY9 A; 4DI6 A; 4EK2 A; 5CAB A; 4DZ6 A; 2HUR A; 3Q89 A; 3BBB A; 3ZTP A; 1F6T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1EQ0 A; 4I0W A; 1LWF B; 4DR7 J; 1UWB A; 2V8V A; 5JMN A; 2WOM A; 1RT5 A; 1U49 A; 3C46 A; 3TAQ A; 1N6Q B; 3ILO A; 1KTV A; 4AYB D; 5I3U B; 3GIJ A; 3X3U A; 3VF0 B; 1D8Z A; 2G0J A; 1SKR A; 2NUH A; 2C3Y A; 1HQE B; 5DM6 Q; 5J1E B; 7FD1 A; 2HFO A; 2AEJ A; 1GH8 A; 5IQQ A; 1WG1 A; 3CED A; 1S48 A; 3NGU A; 4HYK A; 1R0A B; 1IBL F; 3B4D A; 4NEY A; 3W63 A; 2QL7 B; 4YR3 A; 2VFU A; 3MUR P; 1G6B A; 1FE0 A; 5KFG A; 3BO3 A; 2HBQ B; 5LXR A; 1SJ1 A; 3ZZP A; 1BHN A; 2BOP A; 3AB4 B; 3PW7 A; 3ITH B; 2IM0 A; 1C1B A; 4B3O A; 2CJ9 A; 4G1Q B; 2MDA A; 4DV3 F; 3PJ9 A; 3HPO A; 2R7X A; 2ATC B; 2N3O A; 4LF9 F; 1U0H B; 2ZNZ A; 3D1O A; 4ZPW R; 3OL6 A; 1DUR A; 5KOW A; 3BSO A; 3MMA A; 2XB2 D; 1VHF A; 3EVO A; 2GVZ A; 7AT1 B; 2B51 A; 1U26 A; 3AH6 A; 4FKX A; 1GTE A; 2YNI B; 1N56 A; 2AWZ A; 2W7A A; 3FQL A; 4XAK A; 4DR5 F; 2OEL A; 2WW8 A; 5K5M A; 2CPY A; 5JVG Q; 2CXE A; 5KFQ A; 1UA0 A; 1TK0 A; 3LA0 A; 5F8M A; 2YTC A; 3AA9 A; 2F5G A; 1FJC A; 3KJN B; 4F36 A; 1LXJ A; 1XK8 A; 2CJA A; 4QW9 A; 4R5P B; 2RKI B; 4PQA A; 4U67 Q; 5LSR A; 3UNG C; 1CJK A; 5D8H B; 4IDK A; 3NGS A; 1XMB A; 5J2P B; 2FHK A; 1SL0 A; 3Q8Y A; 3EPI A; 1XER A; 4ED8 A; 1RWW B; 2FZK B; 2H48 B; 3AJD A; 2NRE A; 1YI2 S; 5FJ4 A; 1NDC A; 4EBD A; 1CJU B; 1WNE A; 2ZM6 F; 4Z7Y A; 2CQ2 A; 4DFM A; 4F50 A; 1MWZ A; 1RCO B; 2AYM A; 2N4D A; 1YZ7 A; 2YNF A; 2VJU A; 1HBN A; 1Y5N B; 4KBI A; 2V2K A; 4ZKA A; 3V81 B; 3NCQ A; 4JI1 F; 3ZZZ A; 3NAH A; 5D15 A; 3S1T A; 4ECQ A; 3R1L A; 4DN0 A; 2GHP A; 2R7U A; 3CIM A; 5KFR A; 1S6U A; 3QT6 A; 4M5N A; 4WTO B; 2WHO A; 1VQ9 S; 1TKD A; 4G6V B; 3W60 A; 2L9W A; 1X5O A; 2V4R A; 1PG5 B; 2OFG X; 1U09 A; 1WG4 A; 1DHM A; 2CJK A; 4F4Y A; 3SSR A; 1OSC A; 4OZJ A; 4LF6 F; 1BQM A; 3G8S A; 1A6L A; 1ELO A; 1RA7 A; 2GV1 A; 2L41 A; 3NGD A; 2HSE B; 2KU7 A; 4F2S A; 4NZ7 A; 3S8S A; 2RAQ A; 5HLF A; 2YPZ A; 5ITH A; 1U24 A; 1X4A A; 2E5G A; 4LF2 A; 1HFE L; 4ZLL A; 1X9W A; 3VAK A; 3H25 A; 3CJ0 A; 5GMD A; 3ZTS A; 1VC0 A; 5MAO A; 2V67 A; 1HNW J; 2XMA A; 4NRU A; 3EM1 A; 4NZ0 A; 5C2C A; 5KFH A; 5LL6 d; 4ZVS B; 3TZX A; 2KJV A; 1QUP A; 4IOA Q; 1HPZ B; 3GJT B; 1WC5 A; 4M5M A; 3CCU S; 4ETZ A; 1S1X B; 3R27 A; 4N76 A; 2V4J B; 4H4K A; 2WVC A; 4NML A; 4LQ3 A; 2IDL A; 2YH0 A; 5HO4 A; 2QN6 B; 4NX9 A; 4OYP A; 1Y7P A; 3QT5 A; 3GIM A; 1XQI A; 1RCX B; 1NKC A; 3DRX A; 3QAT A; 2F9D A; 2ZKU A; 4DV0 F; 4B3M F; 3I0R B; 5GAD I; 1TKZ A; 4F25 A; 3R97 A; 2ZZM A; 4QPT A; 3MCS A; 1CS4 A; 2AKW B; 2U1A A; 3NS5 A; 1S0O A; 2ZH3 A; 3F41 A; 2ERR A; 4RUH A; 1I1G A; 2CQP A; 3UDC A; 1UEV A; 4RW7 A; 2KFZ A; 3HVT B; 4LRC A; 3DC2 A; 2YPY A; 4LSN A; 1KVJ A; 2P9C A; 3M2U B; 3TYT A; 1IJE B; 3H42 A; 4DR7 F; 3ZTP A; 3EGZ A; 1M5S A; 2Z2L A; 1NSQ A; 2DR7 A; 5BYS A; 5CD4 A; 2HZV A; 4LSZ B; 2ZD1 B; 5D3G A; 2YQ1 A; 1JLE A; 3CUN A; 4RW4 A; 3OFH A; 1OSD A; 1L3T A; 1SL2 A; 3HVA A; 1EQM A; 2O3D A; 1S7H A; 5IT4 A; 2W2N P; 3RAM A; 2HVE A; 1N5V A; 2VAS A; 3TJ8 A; 4F3M A; 2VFT A; 1RHJ B; 3ZZO A; 3UPF A; 2LEP A; 2NXJ A; 3GV5 B; 1SUQ A; 3TQE A; 4IQM A; 1IKW A; 4Z7C A; 1YIJ S; 2DJW A; 3CWJ A; 3GWC A; 1WHY A; 4ZHR B; 1XMO J; 4K2X A; 3HMJ G; 4ZN1 A; 4CP5 A; 4KV8 A; 1TP7 A; 2B4V A; 3POT B; 2F7V A; 4QR2 A; 3VVT A; 1RHM B; 3PXG a; 2VFS A; 2HWI A; 5AE1 A; 4R8U A; 2JSX A; 2W1B A; 5B7W A; 1VRT A; 2JOQ A; 3SXL A; 1ULR A; 3GV8 B; 1DTT A; 2D7S A; 2RRN A; 2HHX A; 3SDE A; 2DHA A; 1VGY A; 4U8Y A; 3QBC A; 4FPR A; 4MJK A; 2XYG B; 1S9F A; 4JI4 J; 4LF5 F; 3A8E A; 1MNE A; 1FWK A; 2AGQ A; 5DG7 A; 2I1R A; 3BDE A; 4JI7 F; 3ET6 B; 2KZZ A; 3OTE A; 3CC4 S; 2MZT A; 3TWZ A; 1NRK A; 1Y5L B; 2J6U A; 1Q5V A; 2ILZ A; 3SIP B; 3PRV A; 2B43 A; 3AD9 C; 4RUA A; 1R8H A; 4UUX A; 2RHQ B; 4EFA C; 2MZ1 A; 4KGK A; 2F9J A; 3MM6 A; 3W64 A; 1RSC A; 5LMN J; 2BBE A; 1RWP B; 4X2B A; 3BRE A; 2EC0 A; 1LW0 B; 1JXE A; 5KFD A; 3RG6 A; 4BS2 A; 1S59 A; 1NEE A; 4FF2 A; 3M2V B; 4GKJ F; 4V1A k; 5CYM B; 4RNN A; 3BN7 A; 2VOP A; 4M5K A; 2EW9 A; 4RNM A; 2W2P P; 1LK7 A; 3FBB A; 1IQZ A; 1HQU B; 2IVY A; 4H4O B; 2C3O A; 1X4B A; 1JKH B; 1KTQ A; 3HFV A; 4JI3 F; 4MIB A; 2DGS A; 2W4D A; 2QYG A; 4ZVU B; 2W01 A; 2D1C A; 1PBU A; 3RW6 A; 2V2V A; 2VBW A; 4OYA A; 1JLF A; 3LAM A; 3WBZ A; 1SJQ A; 3NMR A; 2ZBP A; 3J7A N; 3A1Y G; 2MZQ A; 1VR6 A; 4WZQ A; 4NLY A; 2ZUG A; 2ZOG A; 2R8J A; 1PC4 A; 3RBD A; 2GCF A; 5A6P A; 3C16 A; 2KL8 A; 1IKY B; 4P73 A; 1F60 B; 3QAE A; 3CC2 S; 3IWL A; 2PMW A; 1F9H A; 3CC7 S; 3IM9 A; 4AUK A; 3FK4 A; 2OP5 A; 3MEK A; 1HKA A; 2CNK B; 2GA7 A; 1TL5 A; 4JI2 J; 2GGP A; 4XDC A; 1T02 A; 2E1R A; 1R6V A; 1KD1 T; 3HM9 A; 2AHO B; 3GG0 A; 4Y2A A; 1RHQ B; 4X4U A; 4QIG A; 1S1T B; 1KS2 A; 1CQN A; 2ZH9 A; 4MKY A; 1PC5 A; 3FFI B; 2XO7 A; 3AOC A; 2H51 B; 4EK2 A; 2K3K A; 2FVP A; 4HL9 A; 2RQM A; 4K7Q A; 1MSW D; 1HNV A; 3JS9 A; 3OSP A; 5AE3 A; 3L95 X; 3C15 A; 4UOF A; 3RB0 A; 4EBE A; 5KFS A; 4E2F B; 4TLR A; 2QGF B; 2VZ9 A; 1DBD A; 3KLF B; 1FFW B; 2RSQ A; 3IFE A; 3BQ2 A; 1TK8 A; 4CNY A; 5CHC B; 3KLH A; 3QIP B; 2FTR A; 1Y3J A; 4X65 J; 1IM6 A; 1HYS B; 4C8O A; 3LAK A; 3PO4 A; 3MEC A; 4CO3 A; 1C0T B; 2BJE A; 2AJ0 A; 3BGR B; 3CCT A; 2HQI A; 3T41 A; 4ED0 A; 3DOL A; 2DR5 A; 3SCK E; 5E0O A; 2NYH A; 2RRB A; 1XMQ J; 4LFA F; 2DXD A; 2K7J A; 2DNN A; 2ZJQ Q; 1SC4 B; 3OV7 A; 3KKF A; 4DV2 J; 1N54 B; 1M5H A; 4GVL A; 2NPF A; 1XWL A; 3K7R A; 3MPU B; 4QCL A; 2AQ4 A; 5HBM A; 1VOM A; 2XHC A; 2FJW A; 3V4M A; 2Z56 B; 1RAG B; 1HWK A; 1R31 A; 3DOK B; 1ZZN A; 2FLL A; 5F9N A; 2OH2 A; 1D1U A; 1BMQ B; 2VG7 B; 1SCJ B; 4G1P A; 2XSJ B; 3IBW A; 1ZPV A; 1XMO F; 3M7V A; 1BQN A; 3TZZ A; 3GFY A; 2YKN A; 5LM7 E; 2LP4 A; 2CWK A; 1QTN B; 3FMB A; 5JUM A; 2FY8 A; 2CVE A; 2N7Y A; 3V6D B; 1VQL S; 1FKO B; 5GAE I; 1UJ5 A; 3UVJ A; 3KUE A; 2FHJ D; 1ZTW A; 1Z2Z A; 2NUU G; 3BR9 A; 3O3L A; 3HVW A; 4GC7 A; 2GX8 A; 4QWE A; 2W9C A; 2PN6 A; 1MG7 A; 1M5V C; 2E1P A; 1B7Y B; 3WQP A; 1Q79 A; 3AHP A; 2ZHO A; 6FD1 A; 5E3R A; 5L1I A; 2DGW A; 1QSY A; 3OJS A; 2NCK L; 4ENO A; 1OPI A; 4AXJ A; 2GMH A; 1NDL A; 4PR6 A; 3OHB A; 4M5G A; 1GQE A; 3M6W A; 1D9A A; 4WKR A; 2CZV C; 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1WOR A; 2COL A; 1TKT B; 1GXL A; 4P52 A; 1QJH A; 1TUV A; 3K0J A; 1JNZ B; 1B0V A; 1VQP S; 4ZLN A; 2HRY A; 1CEZ A; 2M3D A; 4DPT A; 4KPY A; 3PJW A; 1U1R A; 1P6T A; 3P5B P; 2XMM A; 1RHK B; 3CSK A; 5DDP C; 4C11 B; 2OKQ A; 1YJV A; 3PY8 A; 3LP0 A; 2OO4 A; 3C3L A; 5I3P A; 4X65 F; 2J0X A; 1Z4U A; 2MY8 A; 1RAJ A; 2F40 A; 2OD6 A; 3W1Y C; 3HSJ A; 1UEK A; 3SSQ A; 2EC2 A; 1RWX B; 3M8P B; 5KFW A; 1XN9 A; 2DNH A; 2DKO B; 2GAG C; 1K73 T; 1C0U B; 2B9X A; 3ZTQ A; 3GJR B; 3DI6 B; 3GFH A; 4OYB A; 4DCO B; 3RTV A; 2AEM A; 1U45 A; 1QVG R; 2VG5 A; 3PEJ A; 2W9A A; 1JQG A; 1XMQ F; 3P49 B; 2C3M A; 5B0A A; 2GC8 A; 5K20 B; 1RU2 A; 4FKY A; 3V6K A; 2YNG B; 3R7S B; 4DDF A; 4FXD A; 2JLE A; 4DV2 F; 3NXZ A; 1M1K T; 1AUS L; 1C4A A; 1FTC A; 3Q83 A; 4KGX B; 4C2M A; 3BQ0 A; 3B8H A; 4NE9 C; 3BKU A; 5HVH A; 4Y65 A; 1H6K X; 2RD5 C; 1X4F A; 2QL5 B; 1Y00 A; 3JQM A; 1KSP A; 4ELV A; 1NKE A; 4ZVR B; 1MMN A; 3P6Y C; 2JDJ A; 3GFX A; 1NU4 A; 1WC6 A; 2FZC B; 4ELU A; 1TZ0 A; 2HKE A; 1EX8 A; 4D3H A; 3L7U A; 2YY3 A; 2IRU A; 3DM2 B; 4NLO A; 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