The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
92
|
structure length |
92
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Chain Sequence |
KIPVEADFLFAYSTVPGYYSWRSPGRGSWFVQALCSILEEHGKDLEIMQILTRVNDRVARHFESQSDDPHFHEKKQIPCVVSMLTKELYFSQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Plasticity of S2-S4 specificity pockets of executioner caspase-7 revealed by structural and kinetic analysis.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/hydrolase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Caspase-7
|
| total genus |
17
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| structure length |
92
|
| sequence length |
92
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.60: Caspase-7. |
| pdb deposition date | 2007-07-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3R7S B; 2QLB B; 1RHQ B; 2XZD B; 2DKO B; 2C1E B; 3R5J B; 2XZT B; 3EDQ B; 4ZVS B; 1F9E B; 2CDR B; 4DCO B; 2C2M B; 1QTN B; 1ICE B; 1RWP B; 2XYG B; 1RWK B; 1RHU B; 2HBR B; 1SC4 B; 2HBY B; 2XYP B; 4DCP B; 3NS7 B; 3QNW B; 2QL7 B; 2C2K B; 3KJQ B; 1SC3 B; 2HBQ B; 5K20 B; 3D6H B; 1RWM B; 3D6M B; 3R6G B; 4ZVU B; 1RWO B; 2H4Y B; 1RHR B; 2CNO B; 3IBF B; 4LSZ B; 3GJQ B; 1BMQ B; 3R6L B; 2H4W B; 2HBZ B; 3SIP B; 1RHJ B; 2H5I B; 1I51 B; 2QLF B; 4DCJ B; 2C2Z B; 1RHM B; 2H54 B; 4JB8 B; 1QDU B; 3R7B B; 1RWX B; 1NME B; 2Y0B B; 2CNL B; 3EDR B; 1GFW B; 3GJS B; 2XYH B; 3IBC B; 2FQQ B; 1RE1 B; 3KJN B; 2H48 B; 4ZVT B; 2CNK B; 2QL5 B; 2H65 B; 2Y1L B; 4ZVO B; 1RWV B; 2P2C B; 4ZVP B; 1I3O B; 3P4U B; 2C2O B; 3KJF B; 2H51 B; 3GJT B; 1RHK B; 2CNN B; 5IC6 B; 4ZVR B; 2CJY B; 5IC4 B; 3P45 B; 1RWN B; 3GJR B; 1IBC B; 3R7N B; 2QLJ B; 3RJM B; 3D6F B; 1SC1 B; 4ZVQ B; 2CJX B; 2QL9 B; 1RWW B; 1PYO B; 2H5J B; 1PAU B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4DR6 J; 1GQE A; 2NSC A; 2VDH A; 3ENV A; 3IRX A; 1JIH A; 1FDB A; 4KH1 B; 5L46 A; 1RHU B; 5L8R C; 1A7G E; 3UD4 P; 3HHN B; 2E5L F; 2LU2 A; 4TU9 A; 3DMJ A; 2GVZ B; 4YFU A; 2R7U A; 4LSL B; 2XMK A; 4OI3 A; 4DL0 C; 1RLD A; 1VQS A; 2Z56 B; 1KTQ A; 1NSA A; 3W9J A; 4EU0 A; 2I8E A; 1HA1 A; 1TK5 A; 1IKX B; 4NRU A; 3AD7 C; 1U6Z A; 1WC1 A; 3I0R B; 4FXW A; 3V4I A; 3VTI A; 5IV4 A; 4DSF A; 3LF0 A; 3DLB A; 4CWB A; 3T5H A; 4MKA A; 2FPH X; 3P49 B; 3PEJ A; 1HNV A; 2J0X A; 2DNK A; 3QO9 B; 1YK9 A; 3QBC A; 5C7P A; 1UEK A; 1HBM A; 2EK6 A; 1IWA A; 2IYG A; 3RGI A; 2F9J A; 3K8W A; 6FDR A; 2HFS A; 4EYI B; 2F3J A; 2BDP A; 4ELT A; 4LFB J; 1RK8 A; 3OT9 A; 2FJV A; 3LP0 B; 4E0D A; 2OPP A; 4NEZ A; 1EZZ B; 2BA9 A; 1S4E A; 4YHH J; 3K89 A; 1TZ0 A; 4DI6 A; 4ZCK A; 4ZIV A; 3KLE A; 4LIW A; 4DUY J; 3MM7 A; 2IDL A; 4WK1 A; 3V6K A; 1YHQ S; 2AJ0 A; 5FLX U; 4MKV A; 3KKF A; 4UW2 A; 3W2W B; 3VAL A; 3ET6 A; 1NBE B; 2AKW B; 5HP1 B; 1S97 A; 4UY8 T; 1QE1 A; 3AD9 C; 1RU2 A; 3T5L A; 5DQG A; 1SKW A; 2IFX A; 3PKY A; 3MFH A; 1UJ4 A; 2V8P A; 3RB4 A; 2RDD A; 2W9A A; 2GIQ A; 2K3K A; 3TEG A; 2KRR A; 1W25 A; 4YR3 A; 3ZXW A; 4YOE A; 1Y5N B; 4BCA A; 1RTH B; 4LUB A; 4LVN P; 2XI3 A; 3MEC B; 3I55 S; 2XBP A; 4PWD A; 4R0J A; 5BXI A; 2GJ2 A; 4CLU A; 4RU2 A; 1FKA F; 1IKW A; 5DGA A; 4DR1 F; 2GNK A; 4U7U K; 1UA0 A; 2I5J A; 2XMV A; 2Y8Y A; 3EGV A; 3WQP A; 1WI8 A; 3RU0 A; 3CTR A; 4NZ7 A; 5DZ7 A; 1QAX A; 3MM9 A; 2AJ2 A; 3PDN A; 3D67 A; 4Y3C A; 1OPZ A; 4QYR A; 4ZPB A; 2VG5 A; 1R6V A; 2QYG A; 1D9D A; 2VQF J; 4NA2 A; 4ATN A; 2OLW A; 2NPF A; 1J27 A; 1BWV A; 1LWX A; 2ACM A; 3VQT A; 5DQH A; 1S6O A; 1RQ0 A; 1WF1 A; 4FYV B; 2AJ4 A; 1FA0 A; 4QU7 A; 4JB8 B; 2RQM A; 3JSY A; 2VIH A; 1S1X B; 1WTB A; 5A8R B; 2VG6 B; 3IXQ A; 2DNZ A; 1IKV B; 3OVB A; 2WBR A; 2HVZ A; 4X66 J; 4LMZ A; 4ZVE A; 3FZ2 A; 4GO7 X; 3G71 S; 4DG1 A; 4URS A; 1M0S A; 4ED3 A; 1SV5 B; 2HHV A; 2JEJ A; 4XPC A; 1XIQ A; 4KT0 C; 3CW2 C; 1N33 J; 2YNI B; 3L7P A; 2P8I A; 2B4V A; 3BSN A; 2KFY A; 3OR1 A; 3T1Y F; 5HO4 A; 4DR3 F; 3DLL Q; 5IM0 A; 3J7A 1; 2JOQ A; 2J7U A; 2WB1 D; 3TA1 A; 2W7O A; 3VGV A; 3DYA A; 1VJW A; 5IS2 A; 4DV7 F; 2WOM A; 1Q4R A; 3PY8 A; 1H7W A; 3NGR A; 3TNV A; 2K1R B; 1KLN A; 3G6V A; 1T9T A; 3L09 A; 4ZVU B; 4J5O A; 4UUW A; 2CQB A; 1FI4 A; 3QJP A; 2WVB A; 2G1H A; 4KBI A; 3EZO A; 1H2T Z; 5E3R A; 4JI7 J; 3M8Q B; 1TVR A; 2GO8 A; 1NKC A; 1BD6 A; 1NME B; 4WU3 A; 1O0P A; 1SQG A; 2GIF A; 2CJB A; 3M8R A; 3K57 A; 5HMY A; 1FER A; 2RRN A; 2R2T A; 1SKU B; 2HS4 A; 2LEA A; 4DFK A; 2WZ1 A; 3UN5 A; 3KHR A; 4HLB A; 3EE3 A; 1UA1 A; 2FGC A; 4LF7 F; 5AT1 B; 1DUR A; 4OMF G; 2QV6 A; 3FK4 A; 1VRU B; 2H9Z A; 3SBM A; 2GAH C; 4YP3 A; 1HNW F; 2C42 A; 5KG6 A; 2E7V A; 3PW4 A; 5HBM A; 4B02 A; 4PKD B; 3FSX A; 3OPK A; 4QQB A; 4JI2 J; 1CG2 A; 3GYG A; 4C8Z A; 2V6A A; 4PEO A; 4J9O A; 3G96 A; 1EP4 B; 1KR4 A; 3MR5 A; 4Y2C A; 3D0I E; 3ZTO A; 5D3G B; 1PG5 B; 3ONQ A; 5HVF A; 4BWJ A; 4PPZ A; 2ZVS A; 4AQY J; 2XMM A; 3LTO A; 3SQG A; 5KFX A; 3K5L A; 3JTN A; 4NWB A; 5H9F J; 4ZKA A; 1EJ7 L; 1U0S A; 1D9F A; 2MSS A; 3CDU A; 2DNY A; 5FD1 A; 4B9V A; 4ICL A; 2HGL A; 2FZG B; 2Z0G A; 3FJ2 A; 2VZ9 A; 2VUG A; 2MZJ A; 1Q95 G; 5CYQ A; 2ZH9 A; 2PDA A; 4DBQ A; 2DCU B; 2F40 A; 3QRP A; 5RUB A; 1MRO B; 1JMT A; 1SH3 A; 2IBK A; 2ZH4 A; 1Z1Z A; 1JLG B; 2MKI A; 3NKY A; 1MMD A; 3GSI A; 1C0T B; 2OSR A; 1R8P A; 5L39 A; 4DQQ A; 3J7A N; 3MMB A; 5D77 A; 1TL1 B; 2VBX A; 1Q5V A; 3TO8 A; 3G6E S; 2VAS A; 4K2X A; 4GC6 A; 2XMW A; 2GIR A; 2M2B A; 1OY6 A; 3BN7 A; 4DV5 F; 3OSP A; 2RIL A; 2ZUG A; 4DUZ J; 4FBT A; 2NR0 A; 1VRT A; 1WC6 A; 4X65 F; 2E5G A; 5B0E A; 2AJ1 A; 3QGP A; 2BJ8 A; 4PG7 A; 4FKX A; 1QAY A; 2WSC C; 2D7S A; 2PMH A; 5HRO A; 1XJW B; 2DB1 A; 3OHA A; 1RZM A; 2GAG C; 4LR7 A; 3TZX A; 4LQ3 A; 2EFG A; 1RAB B; 3KJN B; 3OTO F; 1NPP A; 2E1P A; 2J9D A; 4H4M A; 4DHV A; 4KYZ A; 3POT B; 4L3K A; 1CSJ A; 3KLV A; 4CT9 A; 3WC0 A; 1ZM4 A; 5DET A; 4B08 A; 3DI6 B; 1KLM B; 4A8S A; 2X1B A; 1KHW A; 1JLA A; 1NJZ A; 4ELV A; 4DX5 A; 2W9B B; 1HW9 A; 4GKK F; 1NB7 A; 5AE3 A; 4CRJ A; 4LF6 J; 5B0B A; 2CZ4 A; 1U2F A; 1WEX A; 4DN9 A; 4JI0 F; 4RJV A; 4A8M P; 5BYS A; 4UZB A; 5ETV A; 3SSR A; 3RB0 A; 1YKW A; 3IBW A; 4RUA A; 2FB0 A; 2NXC A; 4ZLJ A; 3N6M A; 7AT1 B; 4X64 F; 2OD6 A; 4DSL A; 1FK9 B; 3NWR A; 1REV B; 4M5N A; 2OPS B; 4QCL A; 1MLA A; 2ADB A; 2D9O A; 2FHK A; 3AXM A; 4B9N A; 2BE9 B; 2VD3 A; 2BKP A; 4FNI A; 3DOM B; 2NYH A; 1X4G A; 1Q5Y A; 3OLA A; 3K5M A; 4M8L A; 4Y2M A; 1FJ7 A; 3ZZU A; 2XHW A; 3OV7 A; 2UVW A; 3G8T A; 3VAJ A; 2FJB B; 3OXL A; 2V2K A; 4WFX A; 2BRL A; 2QL9 B; 2DRD A; 3MPY A; 2H5J B; 2K2P A; 1Y7P A; 1FNX H; 4WIQ A; 1SQF A; 2A3J A; 2W8K A; 4V19 J; 3GFY A; 1FWK A; 3CDA A; 4OYP A; 2P9C A; 2B9E A; 1QAI A; 2UV8 A; 2UVR A; 1JKH B; 2MLY A; 1YBT A; 1JJ2 R; 3ITH B; 1VQ4 S; 4B3S J; 2XGQ A; 4JV1 A; 5HLF A; 3LAL A; 3KLH B; 2BJ9 A; 2Y1R I; 1T94 A; 2HBQ B; 1A0O B; 2ASD A; 2DNP A; 4IFY A; 2YKM B; 2EFO A; 2CPJ A; 3ILO A; 2M7S A; 4PR6 A; 4KGK A; 4PAA A; 3SIP B; 3QT8 A; 3T1H F; 1RT7 A; 4PG6 A; 4QZV B; 2IM1 A; 1R0C B; 5CHC B; 2OAU A; 1H73 A; 2KKH A; 3H40 A; 3SDE B; 2DGO A; 2HWH A; 3O1L A; 2IA6 A; 4LJM A; 3MWB A; 1Q0N A; 3QRR A; 1G6B A; 2CG8 A; 5A8K B; 1RE1 B; 3CCW A; 5C25 B; 3KHL A; 3THV A; 2FD2 A; 3KMQ A; 1JLB A; 2QC3 A; 4C8N A; 4N47 A; 5A8W A; 2DO4 A; 4ZHR A; 1PYS B; 2QYC A; 4KO0 A; 3HUL A; 1TL3 A; 2VOP A; 3UCG A; 3JXO A; 3M1V A; 1N4L A; 3NP5 A; 1P1L A; 1PBA A; 1OO0 B; 5DQI A; 2J8A A; 2OIH A; 5LMU F; 1HYS B; 3VCD A; 4DCO B; 2E5J A; 3M6U A; 2OFG X; 2V0N A; 3PW7 A; 2HHH F; 2FDN A; 5CYM A; 1SC4 B; 4FPI A; 3MM5 A; 4MAK A; 2DR9 A; 4P9S A; 4DLG A; 3GIM A; 5J2P A; 4YB6 A; 4L3N A; 3DLG A; 3R6G B; 2IIH A; 3W8P A; 2ZD1 A; 2PFD A; 4XK8 C; 4EEY A; 1T9V A; 1KFS A; 2G0I A; 3I56 S; 3W62 A; 5J2N B; 1TAU A; 1RAO A; 1S57 A; 2EWH A; 3GCX P; 1GX6 A; 3FEZ A; 5DG9 A; 5KFO A; 2BE7 D; 3MTK A; 3HVT B; 3D2W A; 1SIW B; 2KTQ A; 2R7T A; 3S1T A; 2FY1 A; 2V8G A; 1LW0 A; 1IBM F; 2LDY A; 2C2D A; 1X4A A; 2ERR A; 4K5S A; 3RB6 A; 2QA4 G; 4JI1 F; 4AYB D; 4CLT A; 1E6Y B; 1FD8 A; 5ETR A; 2EI5 A; 1OY9 A; 3VR1 A; 2AX0 A; 2YXL A; 1I3O B; 3MMA A; 1D1U A; 4EI2 A; 1VQL S; 4CLL A; 5DS7 A; 5KG3 A; 4J90 A; 3GZ7 A; 2R7O A; 4F4W A; 4UOF A; 3OL8 A; 2RUS A; 4P73 A; 5J2Q A; 1N0U A; 1M90 T; 2XS7 A; 1X8D A; 3DLK B; 3PZP A; 2BM0 A; 3MMC B; 3UQS A; 1IR2 A; 4B9S A; 5GAG I; 1C1C A; 4DV6 F; 2H1Y A; 4ECY A; 4WJB A; 4ANE A; 1HBU A; 3HK2 A; 4IG3 B; 3CIM A; 4L75 A; 2JL9 A; 2IM0 A; 1XC9 A; 2IAJ A; 3DHW C; 2ROG A; 3MCO A; 2XM3 A; 5KG5 A; 1L3V A; 3DOK B; 1N5S A; 5HAO A; 1NK5 A; 5KFR A; 3K5N A; 4WWS A; 4AL5 A; 2MQO A; 2YWF A; 1UEV A; 3A3P B; 1PJ6 A; 3ZTR A; 2ZBR A; 3OQ2 A; 5G0R B; 5KT3 A; 1SUQ B; 1VHF A; 3EWG A; 5C42 B; 2VIC A; 4ED4 A; 3G82 B; 3ILL A; 2P6S A; 2RRA A; 4DL5 A; 2KXH A; 3KFW X; 3C3L A; 2HFO A; 3G87 A; 4NLT A; 3OTC A; 2LQB A; 3LP1 A; 3EDQ B; 3TP2 A; 1HQE A; 3HT0 A; 3UDC A; 3KHG A; 1NK0 A; 3IGN A; 2J6S A; 4I2Q B; 4KB7 A; 3D5M A; 1A9N B; 2RS2 A; 3UNY A; 3LOU A; 4GRS A; 4TY8 A; 4ECU A; 3FCH A; 4Q5V A; 2XWY A; 1J5E J; 1FXL A; 3NGT A; 2E44 A; 3D9B A; 2WW8 A; 1CQM A; 2VG7 A; 1PSD A; 4MFB A; 1E6V A; 1JJC B; 1WDD A; 2QA4 S; 3DM2 B; 3CCL S; 1MSW D; 3M4X A; 3G9C A; 1HBN A; 4B3O B; 1RBL A; 4CO4 A; 2WVF A; 2VFS A; 3C6T B; 3R5C A; 1AZS B; 4TYB A; 4K4V A; 2CRL A; 3IWN C; 2CUY A; 1SH2 A; 1U0H B; 2GVZ A; 3R5A A; 2R7R A; 4DF8 A; 3W8G A; 4LSL A; 1AT1 B; 2DNG A; 1N32 J; 4J9K A; 1RT5 B; 4GVL A; 5I3P A; 3CCS S; 2NUU G; 2NSB A; 1OQ6 A; 2NXU A; 2MQL A; 1ZET A; 2AGQ A; 5AE2 A; 3I0R A; 3BYP A; 3TAN A; 4V19 X; 1QVG R; 2ZC3 A; 1F0X A; 1G3O A; 1UAW A; 1WKL A; 4OI4 A; 2DGX A; 5T7L B; 4M5D B; 3QO9 A; 3W5Y A; 2Y3Y A; 4URG A; 5L1J A; 3RR8 A; 2QA1 A; 4IDK B; 2WVC A; 2AV5 A; 2OP5 A; 1HHT P; 2FLO A; 3PX4 A; 1KBR A; 2ZDO A; 3HSZ A; 2FJW A; 5F8J A; 1DFD A; 3LP0 A; 2AF6 A; 5GME A; 3DRS B; 1HWL A; 4AXI A; 4TU7 A; 1P1T A; 2DIS A; 1YBU A; 1G2E A; 2C28 A; 3PRB A; 3BGO P; 2EKY A; 3D4J A; 2V67 A; 3FEY B; 3F44 A; 2UV8 G; 2ZBI A; 3FSI A; 3MM6 B; 1EB0 A; 1UW9 A; 2W9C B; 4NMX A; 3W2W A; 3JS9 A; 5H9E K; 2DY9 A; 5HP1 A; 4FPR A; 4QWA A; 4R8U B; 3D1Q A; 5KFB A; 1FFS B; 2CZ9 A; 2Q66 A; 3Q8P B; 2XMA A; 1IR1 A; 1ZM2 A; 1U24 A; 3B8H A; 1HNI B; 4ZIT A; 3D66 A; 4YB7 A; 3IMQ J; 1RTH A; 3BKF A; 5AXL A; 3M9N B; 3MEC A; 3W5Z A; 2OH2 A; 4FN5 A; 2E9Z A; 4ZCL A; 1Y5I B; 1NAQ A; 2OEK A; 4DS4 A; 5D78 A; 4L73 A; 1GH8 A; 2AT1 B; 1UZH A; 4GVB B; 2HQI A; 3JSB A; 1TL4 A; 5KFZ A; 3GP9 A; 1X0P A; 4EFA C; 3OL6 A; 3DFE A; 4CLP A; 4I67 A; 2HLT A; 2QMX A; 4Y28 C; 4PXD A; 4RR5 A; 3C15 B; 3KUE A; 1SL2 A; 4C0H A; 1GXU A; 2ASY A; 3BQ0 A; 3EX7 B; 2CWK A; 1FRL A; 3P45 B; 4HHU A; 3R8Y A; 2NRE A; 4AE5 A; 1K1Q A; 4G3I A; 4F02 A; 4MTP A; 3GLJ A; 2BMB A; 3M8W A; 2QA2 A; 2BE2 B; 2MHE A; 1R0A B; 3ISN C; 1S1X A; 4HAC B; 3I87 A; 4LF9 J; 1KON A; 5A8R A; 1VS3 A; 2VG6 A; 2V9K A; 4OI2 A; 1IKV A; 4RNH A; 2AEF A; 2WW4 A; 2ZE2 B; 4KRW A; 3HCX A; 2HWI A; 5CD4 H; 2AX1 A; 5DLG A; 1SV5 A; 4ED2 A; 4ED8 A; 2QSF A; 1YJV A; 2OFH X; 4CLZ A; 2YNI A; 2V8V A; 2DR7 A; 4ALZ A; 5GAD I; 4IG0 A; 3V6D B; 2M5Y A; 5DM7 Q; 4X4T A; 2HQD A; 4YB5 A; 5LSL A; 2Y9H A; 4DV0 F; 4RNN A; 4QIE A; 2RHS B; 1AUS L; 2MMY A; 4OZJ A; 3WIV A; 4HTI A; 2U1A A; 2ZOF A; 3HXM A; 1Y11 A; 4LF4 F; 1SXL A; 2KJW A; 2K1R A; 4M5I A; 1VQM S; 3A3O B; 1WG4 A; 4KAI A; 1XMO F; 4C11 B; 3GJT B; 4NRT A; 4ZLL A; 3CCE S; 4Q2M A; 3I5C A; 3CD5 A; 4TN2 A; 5CAB A; 4U67 Q; 1JLF A; 4C98 A; 2CDQ A; 4Y2K A; 2KHC A; 2RF2 B; 3TZW A; 5LT5 A; 5GVQ A; 4MKY A; 1U8W A; 2KG1 A; 2G2O A; 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