The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
20
|
sequence length |
87
|
structure length |
87
|
Chain Sequence |
YIPDEADFLLGMATVNNCVSYRNPAEGTWYIQSLCQSLRERCPRGDDILTILTEVNYEVSNKDDKKNMGKQMPQPTFTLRKKLVFPS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Caspase-8 in Complex with Darpin-8.4
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/inhibitor
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
CASPASE-8
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| total genus |
20
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.61: Caspase-8. |
| pdb deposition date | 2010-12-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5K20 B; 2Y0B B; 3QNW B; 3R7N B; 1SC3 B; 4JB8 B; 2QL5 B; 2CNL B; 2C2K B; 3SIP B; 1RWV B; 2QL7 B; 3NS7 B; 2H65 B; 2H4W B; 1RWP B; 3KJF B; 1RHU B; 1BMQ B; 3KJQ B; 1QDU B; 2XYH B; 2FQQ B; 3IBF B; 1RWW B; 2CNN B; 1RWM B; 2XZT B; 2CNK B; 2HBQ B; 3R6G B; 3EDR B; 4ZVP B; 3D6F B; 1IBC B; 4LSZ B; 2H54 B; 1RWN B; 2H51 B; 3RJM B; 1SC4 B; 2HBR B; 2CJX B; 2HBY B; 2C1E B; 4ZVR B; 3P4U B; 1NME B; 3R5J B; 1I3O B; 2H5J B; 1I51 B; 1RHK B; 2HBZ B; 2XZD B; 2C2Z B; 2QLB B; 3R6L B; 1RHR B; 4ZVO B; 1RHJ B; 3D6M B; 2QL9 B; 4DCJ B; 1QTN B; 1RWX B; 2XYP B; 2QLJ B; 2XYG B; 3GJR B; 3GJT B; 4DCO B; 1RHM B; 3R7S B; 3GJQ B; 5IC6 B; 2Y1L B; 4ZVU B; 5IC4 B; 2P2C B; 1ICE B; 1RWO B; 2DKO B; 1GFW B; 3GJS B; 4DCP B; 4ZVT B; 2CDR B; 2CJY B; 2H5I B; 3P45 B; 1PYO B; 4ZVS B; 3KJN B; 1F9E B; 2QLF B; 1SC1 B; 4ZVQ B; 3EDQ B; 3IBC B; 2H4Y B; 2C2O B; 2H48 B; 1RE1 B; 1RHQ B; 2C2M B; 3R7B B; 3D6H B; 1PAU B; 2CNO B; 1RWK B; #chains in the Genus database with same CATH topology 5K20 B; 1NDL A; 1URR A; 3QSY B; 1JLA B; 2CPH A; 1HNX J; 2C2R A; 5J2N B; 1DQA A; 4HT5 A; 2MGZ B; 1E6Y A; 2JRS A; 5AE1 A; 1TKT A; 4DQS A; 3DOL A; 3CDA A; 1UJ6 A; 1WC0 A; 1R3N A; 1FRL A; 1RP5 A; 4P2F A; 3I0S A; 4XDD A; 3GSI A; 2HGM A; 5H9E K; 4O4G B; 3R27 A; 2P6T A; 2YNH B; 1APS A; 3CC4 S; 2RKI B; 4EO8 A; 3GG1 A; 4DZD A; 3DLL Q; 1S0M A; 1REG X; 1A9N B; 4LBH A; 3TQE A; 3MEG A; 4B3M J; 1EKR A; 5LXY A; 2J9D E; 1DTT B; 1CJU B; 1KOH A; 3G86 A; 3R1H A; 2HND B; 4DSL A; 1RB0 A; 4IR9 A; 3MEE B; 4RW7 A; 2OJ3 A; 3A12 A; 4P73 A; 4OYW A; 1FHT A; 4LF5 J; 2KH9 A; 2F1F A; 1NDP A; 2A2D A; 4C4W A; 3V6J A; 3DOM A; 1FFW B; 2BKN A; 2X3D A; 3VGV A; 3TRG A; 3C6T A; 1M90 T; 3TW0 A; 3KJF B; 3N79 A; 4F7V A; 4M95 A; 3CME S; 2FLN A; 3MR5 A; 1O51 A; 3VAM A; 3UCG A; 2WTF A; 4GC6 A; 1FRM A; 1MSW D; 2R8I A; 2IJN A; 2VG7 B; 3MF5 A; 2RH3 A; 3G96 A; 3QSI A; 1HNX F; 2G0C A; 1LFW A; 1X60 A; 4WFZ A; 2CQP A; 1VLY A; 3NLC A; 4J91 A; 2C3Y A; 2HEK A; 4V19 J; 4U67 Q; 4LSN A; 1BY9 A; 3UE2 A; 1TTH B; 3DGP B; 3J81 Y; 1NPP A; 1XMQ F; 1MML A; 3S1T A; 1PO6 A; 2CWK A; 1HNV B; 2F63 A; 4USI A; 3J7Y U; 4DQP A; 1RT7 A; 2BJ8 A; 2QLF B; 2NUH A; 3M1V A; 3ENQ A; 3LP2 B; 1HBM B; 3DLE B; 1VDH A; 4B3M F; 1S4F A; 2HK2 A; 5KFZ A; 4PWU A; 1SJ1 A; 3RW6 A; 5DO2 A; 2MKC A; 4ZVE A; 4URQ U; 1BD6 A; 1PIE A; 3MM9 B; 2HHV A; 2QFI A; 1RWN B; 4CM0 A; 1L3S A; 4JI6 J; 3DYA A; 2D3O 1; 1TAQ A; 5FDL B; 2EFN A; 3OVS A; 4KH0 B; 3M9M B; 2GHW A; 2EKY A; 2QLB B; 3R6L B; 2MEW A; 1S79 A; 2AYG A; 4KHR A; 3TUJ C; 1S76 D; 3HSD A; 2B4O A; 1DY3 A; 3W8G A; 2EEY A; 2MQL A; 5KFU A; 2CAJ A; 2DR6 A; 2BYC A; 3MM5 A; 3L9Z A; 4RBT A; 2XMU A; 1B0P A; 1R8B A; 2YKN B; 4LT6 A; 4TXS A; 4M94 A; 4ZVF A; 4RNO A; 4ZDN A; 2SXL A; 2XI3 A; 3JSM A; 2VU5 A; 3IRX B; 4C9D A; 3CCJ S; 4QU6 A; 3QJJ A; 3IC1 A; 1IXK A; 4FNH A; 3ILL A; 2WSE C; 2PSZ A; 1Y5N B; 4ID5 B; 4IRD A; 3CMQ A; 5LJ3 Y; 4AXJ A; 2HHS A; 5M2P A; 4EBD A; 4U6P A; 4KB7 A; 1N6Q A; 4A4J A; 3GFH A; 3T1H F; 4TU9 A; 2ZD1 B; 3RUB L; 2RHS B; 1QUP A; 1FCA A; 1RAG B; 2O01 C; 2OML A; 3E01 B; 4IH6 A; 3GIK A; 2CUY A; 3V81 A; 1DHM A; 4QCL A; 4DSF A; 1I1G A; 4GO5 X; 1S0N A; 5CD4 A; 2AV5 A; 4KGM A; 2Z2L A; 5LSO A; 4TYB A; 3CDW A; 5KFD A; 2IMW P; 1NJY A; 5E3R A; 2XMT A; 2W2M P; 3CJR A; 1RTD A; 2KXH A; 4JP8 A; 4GKJ J; 5LSR A; 3KLH B; 4U95 A; 2HSE B; 1T3O A; 5U47 A; 5K9F A; 4WCE Q; 4X4S A; 5C5J A; 2M52 A; 2MQO A; 3PRD A; 2WCX A; 1HAR A; 3DRR B; 4JI7 F; 3OJS A; 4B17 A; 4BBY A; 3B4M A; 4YB1 P; 5DZ7 A; 4CYU A; 5DDO C; 1KVK A; 5H1S V; 2HWH A; 3N6M A; 3MR2 A; 3ITH B; 1KLN A; 4ED1 A; 2W7A A; 2BRK A; 3H25 A; 4LF8 J; 4B9N A; 2B56 A; 4WF9 Q; 2UUC J; 2KM8 C; 2V8D A; 3A8K A; 1R8A A; 3D7S B; 2AU0 A; 1HBO B; 3QT8 A; 2J9D A; 4OYP A; 4FF4 A; 2DR8 A; 2DHX A; 2XBP A; 2QLJ B; 3VR1 A; 3BQ0 A; 1WOP A; 4C97 A; 4ZHR B; 2CA9 A; 1XIQ A; 4J37 A; 3HT3 A; 1QVG R; 2HPU A; 2IA0 A; 2BW7 A; 3HJV A; 2DK2 A; 4NZ0 A; 2IDE A; 1PCA A; 4V19 X; 3Q24 A; 1H3D A; 4IQX A; 3C8Y A; 4YHH J; 1OY9 A; 2IAJ A; 5LJ5 Y; 2FLP A; 1PYT A; 1PAE X; 1Q0N A; 2B9X A; 4C8Y A; 4X4R A; 2GNK A; 3ILO A; 2CQC A; 4FYW B; 3L7O A; 4Q7A A; 3ZXW A; 2XZT B; 1RT5 A; 4NYZ A; 3W2W B; 3E51 A; 2Q3P A; 2EXU A; 3OR1 B; 3P4U B; 3HD2 A; 2GAG C; 3KHH A; 5IQQ A; 4NLW A; 3QO9 B; 4R25 A; 4NML A; 1VYA A; 1IKW B; 4DCJ B; 3OFG A; 4KIA A; 2IM2 A; 3R5A A; 2Y1I A; 2E5L F; 4UUW A; 2UZA A; 2K3I A; 3ULH A; 5A2Q Y; 4QIE A; 1L5U A; 2W7P A; 2D3O R; 5GAG U; 1V3Z A; 2OPP A; 4DJB A; 4CO1 A; 2PMH A; 4B9M A; 3OSN A; 1WG5 A; 2F4V J; 2PDA A; 3EXC X; 1HMV B; 2RB7 A; 3SMZ A; 2W25 A; 1WC4 A; 4OX8 A; 1P27 B; 5I3U A; 4YY3 F; 5C24 A; 2W24 A; 2KFY A; 4CDI A; 1TP7 A; 5JVG Q; 1Q78 A; 4ETZ A; 5A8K A; 1R8H A; 3K5M A; 1B0V A; 2CQI A; 5EHH A; 2DEJ A; 3NXZ A; 4TU7 A; 1VQ4 S; 3R8Y A; 3IN5 A; 4DV5 F; 2F5G A; 4H4K C; 4RO0 A; 1SH0 A; 3KG1 A; 1C1C B; 4F4A A; 4UOC A; 2HLU A; 1PSD A; 5F8I A; 1FE4 A; 4USV A; 2J0X A; 5AXK A; 1N56 A; 2HAF A; 1AFJ A; 3W5Y A; 4DU8 A; 4ELT A; 4Z37 A; 1KLM A; 2ZZN A; 3N9U C; 2JH3 A; 5HVG A; 1H72 C; 4J9Q A; 4B3T F; 3CUN A; 3EX7 B; 4ZPW R; 2W9B A; 2XY7 A; 2XCP A; 1O8B A; 4JI3 F; 2ZOM A; 3BGR B; 1B7F A; 4Y2M A; 1FXR A; 4ZPA A; 5HL7 Q; 1RTJ A; 3AFG A; 4LRC A; 4JV2 A; 4P71 A; 5E0O A; 4I7F B; 2IC3 A; 2F4F A; 3PZP A; 1NND A; 4OHY A; 2XS7 A; 2EBE A; 3PXG a; 1XK8 A; 2GC8 A; 2FPH X; 4PXB A; 3T1Y J; 5AT1 B; 2J7U A; 2RIJ A; 1SBR A; 4F4Y A; 1KVI A; 2DNP A; 2OAU A; 1VBZ A; 1IR1 A; 1HBU A; 5MLC V; 3AOA A; 4I2P A; 1RWK B; 4ZVH A; 1VHI A; 3DRY A; 1NJI T; 1B0T A; 3Q86 A; 1RWV B; 5H9F K; 1Y0H A; 1FNM A; 4LSN B; 3FSX A; 5HN0 A; 5F8J A; 2OPS A; 5CHC B; 1NDK A; 3BYR A; 2YWK A; 4LFC J; 2AX1 A; 2ZHB A; 4WKY A; 1IJF B; 1I5O B; 1NCL A; 4DPU A; 2VPX B; 4IH7 A; 1IBK F; 2B6A B; 2KDO A; 5HJY A; 2DNY A; 4RW6 A; 2LDY A; 1R6V A; 3MZI A; 3DLJ A; 1TEL A; 2Z56 B; 4M5G A; 4IG3 B; 1X5S A; 1KOO A; 2KZM A; 1RHM B; 1TUW A; 4JI4 F; 4NLY A; 4J9K A; 1NK9 A; 4QWE A; 3HK2 A; 2POK A; 3I87 A; 3K57 A; 4U9R A; 1ZAX A; 4F50 A; 2CYY A; 1CJT A; 1FDB A; 2DEI A; 3KUG A; 1EQM A; 1IR0 A; 4CIO A; 1RAJ A; 2WB1 D; 5B7W A; 1N0V C; 3IM8 A; 3RAM A; 1YZ7 A; 2ZVI A; 2XSF A; 5HQ8 A; 2Q79 A; 3GV7 B; 1X4B A; 4Y3C A; 4LFB F; 2K2P A; 1HQU A; 5A6W A; 2RIL A; 3F73 A; 1MN7 A; 2GMJ A; 1ZOT A; 3BPD A; 4LIW A; 4ECW A; 5A76 A; 1DFD A; 4NXM J; 5D0E A; 4OX9 J; 1XN9 A; 1EP4 A; 2XO7 A; 3M6W A; 2DNG A; 4F8R A; 5D0R A; 3B8H A; 3T1Y F; 3VGT A; 3EDR B; 1KTV A; 2J76 E; 2IVY A; 3DLG B; 4MFB A; 2MZJ A; 2I5J A; 3K8W A; 1G1X A; 2HBY B; 4HAC A; 2AT1 B; 2Y1J A; 3R5J B; 2XNQ A; 5HLF B; 2XS2 A; 2VFR A; 4YP3 A; 1S7H A; 4KAI A; 1HNI A; 4LF9 F; 4DV3 F; 2BZ2 A; 1SPB P; 2HIQ A; 3VAH A; 2DYA A; 5CA5 A; 4LVO P; 1U0H A; 4DPW A; 1MRO A; 1IWG A; 4OZL A; 1SJQ A; 4DOZ A; 2E1M C; 3HM9 A; 1N32 F; 4X4N A; 2JVO A; 3V6K A; 4F3M A; 1XR5 A; 2MY8 A; 2D69 A; 4HHU A; 4PPD A; 4FXV A; 1URN A; 3TVZ A; 3NCP A; 1GT8 A; 2HIY A; 3OXG A; 3IS9 A; 5J2Q A; 1TL4 A; 4M8L A; 2KT2 A; 4IKA A; 4LF2 A; 2K1R A; 1RXO B; 4UST A; 1LWC A; 3H2U B; 4FYX B; 3QT5 A; 2XM3 A; 2OD4 A; 5GME A; 2ZWO A; 1QSL A; 3DOK B; 1LW0 A; 3IP0 A; 1F5A A; 1GNK A; 5KT4 A; 1Q7Y T; 2ZBI A; 1VCT A; 2MQP A; 2FHM A; 1M1H A; 1S57 A; 5EN1 A; 3UVJ A; 4A8X A; 2KYZ A; 4EYH B; 4X65 J; 3G87 A; 4I6A A; 3EVO A; 1FJE B; 2BEF A; 5IT4 A; 3Q8P B; 5IM0 B; 2HVZ A; 3SXL A; 5FLX U; 4NXN J; 1WC3 A; 1JJC B; 2AWZ A; 2W2Q P; 3L3C A; 4PUO B; 2QMU B; 2HK3 A; 4I0W A; 3CJ8 A; 2B4P A; 1JK9 B; 1UEK A; 2VC1 A; 4DR4 F; 2W2P P; 5M2R A; 3T5L A; 4M5D B; 4D3H A; 2R2U A; 3LGN A; 5IWA F; 2DNH A; 3QPI A; 2R8H A; 3OUY A; 3LGH A; 1J5E J; 2DHA A; 2QJ3 A; 1RAH B; 2E7V A; 3V4I A; 4LBI A; 4DL5 A; 1AXQ A; 3CIZ A; 3EM1 A; 2CG8 A; 4Q2L A; 2MHE A; 1Y00 A; 2E7X A; 3MM8 B; 1FNX H; 3HUL A; 1LWF B; 3WX4 A; 1OJ4 A; 2IM1 A; 5CYM B; 1N34 F; 4F0M A; 5KT7 A; 2CPJ A; 3TUI C; 4NYO A; 4HL9 A; 3HVR A; 2DIT A; 3ZZP A; 3TUP A; 4ECV A; 1JX4 A; 2CQD A; 1CVJ A; 3S7R A; 3RBE A; 1IBL J; 4DHV A; 1FDA A; 1T9U A; 2HWI A; 2MJU A; 4V1A k; 2HUR A; 3MCO A; 2KJW A; 2P5V A; 4MIA A; 3ZZT A; 3IG1 B; 3MEC B; 2O67 A; 4LBP A; 8RUC A; 3FCW A; 4X65 F; 3M2V A; 4HHH A; 4USH A; 2IFX A; 4OHW A; 4X4U A; 3D6T B; 1NSQ A; 3ZZU A; 3FRY A; 2HVE A; 2YNF A; 1O5J A; 4FS1 A; 3QNW B; 4AT1 B; 5KFB A; 5KG2 A; 3GII A; 3I9Z A; 3SIP B; 1YQH A; 3G4S S; 1KQF B; 4USJ C; 1S6Q A; 3BB5 A; 1PC4 A; 2KN4 A; 4ZLP A; 4ZVP B; 1CS4 B; 3CCR S; 1X4F A; 2YWF A; 1MU2 A; 1E6V A; 4DFJ A; 1W2I A; 5BYS A; 4JYA F; 1AZS A; 4O44 B; 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4FXD A; 1R43 A; 1GTE A; 2ZVS A; 3LGM A; 2FVQ A; 1RWW B; 4BC9 A; 2E9Z A; 1U8S A; 4DUZ J; 1S1W B; 2GJI A; 4FPR A; 1WF2 A; 4Y2I A; 4DSK A; 4CO2 A; 2UXB F; 4U7C A; 3TZX A; 3Q8Y A; 2CXE A; 4JI1 J; 2FJE B; 2GMH A; 4NPO A; 4U7U K; 5LL6 d; 1FEE A; 4KYZ A; 3W5Z A; 1CUL A; 4BC7 A; 1SC6 A; 3P49 B; 2QA1 A; 2EW9 A; 3NGS A; 2PMZ D; 3BYP A; 4NA1 A; 2KI2 A; 1IKY B; 2YQ3 A; 3IM9 A; 2V34 A; 1JXL A; 5ITH A; 3FSI A; 5E2Q A; 3X1L B; 2OFH X; 1WEL A; 2DGX A; 3ZZZ A; 4QU7 A; 4H4K A; 4DPY A; 3HP6 A; 2OMO A; 1R6Y A; 9ATC B; 2MZS A; 3UDV A; 4F3Q A; 1RTI A; 2IIH A; 3KK3 B; 4OZ0 A; 4X84 A; 2XNR A; 1BQX A; 2CNO B; 3NBP B; 3DI6 B; 2BKO A; 1RAE B; 1FRK A; 2FZG B; 4K4W A; 1CJK A; 4NA3 A; 3M8Q A; 1TL7 A; 2ZUA A; 2ZH3 A; 3HHD A; 2MQM A; 4ES3 A; 3PYE A; 3BN7 A; 1S9E B; 4KO0 B; 5IS2 A; 2HG4 A; 5D6G A; 3OTD A; 3RBD A; 4ICL B; 2Z2Z A; 4EGL A; 2VQF F; 5L8R C; 1IKX B; 1TMJ A; 1Q8B A; 2ZDP A; 1K9M T; 2DGT A; 5KFY A; 3IR7 B; 3VGS A; 3D0H E; 2C3P A; 1NM2 A; 4B3O B; 1U1L A; 3ET6 B; 5C25 A; 3S8S A; 4DR6 J; 1TL3 B; 1JQG A; 1B4S A; 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