The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
92
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structure length |
92
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Chain Sequence |
KIPVEADFLYAYSTAPGYYSWRNSKDGSWFIQSLCAMLKQYADKLEFMHILTRVNRKVATEFESFSFDATFHAKKQIPCIVSMLTKELYFYH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Caspase-3 binds diverse P4 residues in peptides as revealed by crystallography and structural modeling.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Caspase-3 subunit p17
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| molecule tags |
Apoptosis
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
19
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| structure length |
92
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| sequence length |
92
|
| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.56: Caspase-3. |
| pdb deposition date | 2009-03-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Caspase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2XYH B; 2P2C B; 2HBZ B; 1RWP B; 1SC1 B; 3R5J B; 5K20 B; 3GJR B; 2CNL B; 2CNO B; 3R6G B; 3NS7 B; 3KJN B; 2H51 B; 1RHR B; 2QLF B; 2H65 B; 1ICE B; 2DKO B; 2H5J B; 3GJQ B; 1GFW B; 4DCO B; 2C1E B; 3IBF B; 2H48 B; 2Y0B B; 2FQQ B; 2XYG B; 2CJX B; 3GJT B; 2C2O B; 3GJS B; 4ZVQ B; 1RHK B; 2XZT B; 2HBQ B; 3D6M B; 2HBR B; 1RWK B; 1I51 B; 3P45 B; 1RWM B; 4ZVP B; 3IBC B; 2HBY B; 2QLJ B; 1RWW B; 2Y1L B; 1SC4 B; 3KJQ B; 5IC6 B; 1PYO B; 2XYP B; 1I3O B; 5IC4 B; 1RWN B; 2C2K B; 1PAU B; 1RHM B; 2CNN B; 2C2Z B; 3R6L B; 3EDR B; 1RHQ B; 3KJF B; 3SIP B; 2CDR B; 2H4Y B; 2CJY B; 1QTN B; 2CNK B; 2QL7 B; 3R7B B; 3R7S B; 2XZD B; 2H4W B; 2C2M B; 4DCJ B; 2H54 B; 1NME B; 1RE1 B; 1IBC B; 2QL5 B; 4JB8 B; 2H5I B; 1BMQ B; 3D6H B; 1RHU B; 1SC3 B; 3QNW B; 1QDU B; 3EDQ B; 1RHJ B; 4DCP B; 1F9E B; 4ZVS B; 2QLB B; 1RWV B; 3RJM B; 4ZVU B; 1RWO B; 4ZVO B; 1RWX B; 3D6F B; 3R7N B; 2QL9 B; 4ZVR B; 4ZVT B; 4LSZ B; 3P4U B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2GVD B; 1VRU B; 1HNV B; 4R5P B; 4I0W A; 1MML A; 4PWU A; 4C11 A; 3ONQ A; 3MM5 B; 3THV A; 4NA1 A; 2QN6 B; 1KON A; 4F4K A; 1GX6 A; 3LH2 S; 1FER A; 1E6V B; 2HYI B; 1N6Q A; 4NE9 C; 2DGO A; 3VV2 B; 3ZTP A; 5KT5 A; 2FTR A; 4J9L A; 3QQC D; 2LCW A; 3LOU A; 4LVN P; 1RU1 A; 4YDD B; 4IYQ A; 1UVL A; 2IYI A; 4A8Q A; 5I3U A; 4AXJ A; 2KVQ E; 2QMX A; 1UWB A; 3EZ5 A; 2RU3 A; 3AXK A; 4ZN3 A; 4CQ1 A; 3FQK A; 3J81 j; 2W2N P; 2PMW A; 1YRT A; 5B0B A; 5J2P B; 2GAH C; 1QE1 A; 4IFV A; 5K14 A; 3WIU A; 2OPS B; 5K8O A; 2CA9 A; 2D74 B; 1NUE A; 1MWZ A; 2V9K A; 3R27 A; 3HDS A; 4WXW A; 4RJV A; 4JI0 J; 1CC7 A; 3QIP B; 2RDD A; 3CW2 C; 4DX8 H; 4XIU A; 4J9N A; 2D3O R; 2B9W A; 4DG1 B; 1DAR A; 2OH2 A; 1S0V A; 4DMZ A; 2CPX A; 2CDQ A; 2BAB A; 3GG0 A; 4B9L A; 3L9Z A; 4PWD B; 1REV A; 2KHD A; 1U47 A; 3WX8 A; 3BGL A; 1LW2 A; 4YME A; 1Q0N A; 2QSF A; 2DY1 A; 1VQS A; 2KG1 A; 2L48 A; 1FRX A; 2IA0 A; 2WSC C; 3MEC B; 2GHP A; 1GNK A; 1S7I A; 5GAE I; 4BWJ A; 2LXU A; 3BH7 B; 4OI1 A; 4K4X A; 1H7W A; 5FLX U; 2EBG A; 1U2C A; 3FK4 A; 3CJK B; 4ZLJ A; 3M2V B; 4AYB D; 2XMW A; 4LBH A; 1N52 B; 1Q95 G; 3NGK A; 4CO2 A; 4JV5 F; 4CYU A; 3VR1 A; 4OI2 A; 3PKY A; 1TL3 A; 5KFG A; 2QFJ A; 4DJB A; 1ZPV A; 1HQE A; 1NAQ A; 2EXU A; 4KBI A; 3A1Y G; 5J1E B; 2GHW A; 2RNE A; 4OL8 A; 1JXV A; 5AE3 A; 3M2R B; 5GAH U; 3WC2 A; 4KC5 A; 3JSY A; 4C4W A; 3TI0 A; 4ZPT R; 3C2P A; 1IBM J; 3T5L A; 2CXE A; 2ASL A; 2UUW A; 2UP1 A; 4P7V A; 3KG4 A; 3QGG A; 3UWT A; 4Y3C A; 4OIX A; 3HSZ A; 2XI3 A; 1AB8 A; 4N47 A; 1FVS A; 4IQX A; 4J9Q A; 3CJT A; 3W5X A; 3E01 B; 3DRP B; 4DQS A; 4DPT A; 2OFH X; 2HBR B; 5KT2 A; 3MPD A; 3DI6 A; 1S99 A; 1N5S A; 3IBC B; 4E0D A; 2LQ9 A; 3A8K A; 1FD8 A; 4ZJL A; 2B4P A; 4I6W A; 8RUC A; 3KJF B; 3KJV A; 4K4V A; 1VC5 A; 1T9V A; 1EP4 A; 4ZHR B; 2EFV A; 2V5H G; 3JXO A; 5HVG A; 4QIG A; 2IA6 A; 3NWG A; 1TR0 A; 5LM7 E; 2MDA A; 2XNQ A; 1TU0 B; 2NUH A; 1ARO P; 2EEY A; 3AXM A; 5L1I A; 3PX0 A; 3HHK A; 1FWK A; 1TKX A; 4ILR A; 2K06 A; 3G8S A; 4CH7 A; 2UVW A; 5KFS A; 2CPI A; 1SJ4 P; 3NRB A; 2EG2 A; 4JI8 J; 3P5T L; 3VF0 B; 3CSK A; 2NPF A; 1QTM A; 5C2G A; 2ZOG A; 2E7V A; 3GWC A; 3BO3 A; 3QGP A; 4NZ6 A; 1JJ2 R; 2DGW A; 4V1A k; 2ZH3 A; 1K1Q A; 3BDE A; 4EU0 A; 3KK3 B; 3G2X A; 1YJ9 S; 5E3R A; 3G6Y A; 2D3O 1; 1PYO B; 3NBP B; 1RHM B; 2JFK A; 4P6Q A; 1LW0 A; 3VAG A; 1EB0 A; 1X9S A; 3IG1 B; 3PRV A; 3O1L A; 1MMN A; 1GMU A; 4K50 A; 3LP1 A; 5EWG A; 3GIL A; 1FJG F; 3PZP A; 5HJX A; 2VFT A; 1V3Z A; 3GZ7 A; 1FXD A; 3LP0 B; 4CM0 A; 2VV5 A; 5K8N A; 1ZTW A; 1RWX B; 4OHX A; 1NHU A; 5AXK A; 2ZEJ A; 1TK0 A; 2HHH F; 2UUA F; 1C0T B; 1X4E A; 4ZIV A; 3KLF B; 2F65 A; 1RTZ A; 1Q4R A; 3GR1 A; 3KK2 A; 4NCB A; 1FX4 A; 2H1Y A; 3U1N A; 1S1U B; 2A2C A; 3DLH A; 3UCZ P; 4OI3 A; 3A13 A; 3FZ2 A; 2YQ1 A; 3W2V B; 4B9V A; 2PN6 A; 2I5J B; 2VBW A; 4LQ9 A; 4DI6 A; 1W2I A; 1FFG B; 1ICE B; 1FKP A; 5HL7 Q; 4D3H A; 4ZCM A; 2R8K A; 2YNG A; 3A3N B; 4EBC A; 2M8D B; 3CMQ A; 3NKY A; 3MR3 A; 2BQR A; 3I9V 9; 1CLF A; 4Q0B A; 4YHH F; 1YHQ S; 5AJ3 F; 4DR2 J; 2EW9 A; 1UEU A; 3C46 A; 2JRS A; 5GVQ A; 2P9C A; 1NZ8 A; 2IAJ A; 4OV1 A; 1HW8 A; 4DX5 A; 5B0A A; 1PG5 B; 2Z2M A; 5LSR A; 5K9F A; 2ZHB A; 3OW2 R; 3CC2 S; 2PT0 A; 4S0M A; 1MNE A; 2DH7 A; 1TV6 A; 4H4M B; 3OTC A; 1S1W B; 5KG4 A; 5HRO A; 5IQ6 A; 1X5O A; 3K89 A; 4EFA C; 3MEE A; 1HHQ A; 1R31 A; 3DLE B; 1JLC B; 4JP8 A; 4ZVR B; 4LRE A; 3RBE A; 4L72 B; 3OL7 A; 5ETT A; 3DMJ B; 4O4G B; 2I2Y A; 4DUY F; 2XLK A; 2OPQ A; 1S1T A; 1JXE A; 1GAO A; 4B02 A; 1WHW A; 5DZ7 A; 2HLT A; 3MCS A; 3DRY A; 1TQL A; 1FDB A; 1QVF R; 2WON B; 2YVS A; 5F3Z A; 2C3P A; 5K14 B; 2V68 A; 1VFJ A; 1IWG A; 1EAR A; 2VG6 A; 2IM1 A; 2DXE A; 2D3Z A; 4B17 A; 3N5F A; 3QT6 A; 2IM0 A; 5CYQ A; 6AT1 B; 3KK1 B; 1IKW A; 4CLU A; 3ISZ A; 4DQI A; 2OMO A; 3M8Q B; 2N7C A; 1FE0 A; 2MKJ A; 2MZR A; 2X1A A; 2YY3 A; 2F5G A; 2N4D A; 3EGW B; 4FF4 A; 5DS7 A; 1DAX A; 4R8U A; 1WI8 A; 1N33 F; 3M9M B; 1REV B; 3S8S A; 3RB6 A; 3NMA A; 5MAO A; 3KLI B; 1BGX T; 4DFM A; 3RU0 A; 4Q5V A; 3AD7 C; 1CC8 A; 2DCU B; 3AHP A; 1YG0 A; 5KFN A; 5T7L A; 2KI2 A; 2B7B B; 3S6E A; 2HWH A; 4OZ3 A; 1IKY B; 2AX0 A; 3W64 A; 1N5T A; 2MKK A; 3O5T B; 3PJ9 A; 3OXL A; 1GTH A; 2FLO A; 1FFS B; 1WOS A; 2R2S A; 2NR0 A; 2N3L A; 2E5G A; 3N5B A; 3QAU A; 2VKZ G; 4X65 F; 2XY6 A; 4DZ6 A; 2B5J B; 2W4P A; 1TUG B; 2MZJ A; 2R9L A; 3M1V A; 2HG4 A; 4IH5 A; 3V4M A; 3OTB A; 4RWX A; 3NCP A; 3EWG A; 3G82 A; 1IR1 A; 2WAQ D; 3BH6 B; 1HNX F; 5IFM A; 3GV8 B; 1HBN B; 1RCX B; 1DFD A; 2FZK B; 2BBE A; 3BF4 A; 3BKF A; 4OX6 A; 1YK9 A; 4UT4 A; 4NMX A; 2CZ4 A; 2UVU A; 4N8O A; 3ZTS A; 1TKZ A; 3EGZ A; 2WOM A; 4GKJ J; 3DOM B; 3UW1 A; 1SQF A; 3FMB A; 1JNR B; 5ETQ A; 1HMV B; 4RW4 A; 2DNY A; 1VJW A; 3EVM A; 2YWE A; 2QZ8 A; 2VDH A; 1CVJ A; 1RWV B; 5AT1 B; 1Q82 T; 2DNZ A; 1X4F A; 3NGD A; 3ZTQ A; 2HGN A; 3BBC A; 3PYG A; 2ZH4 A; 2F8E X; 5KFE A; 1W7W A; 4JI3 J; 3FSI A; 4USI A; 5DLF A; 5HP1 B; 2CJB A; 1AW0 A; 2CNL B; 3KUH A; 1HQ2 A; 2KZM A; 3TZZ A; 1VQ6 S; 3T6J A; 3K57 A; 1H6K X; 1D8Y A; 2H9Z A; 1L3S A; 1O8B A; 5CA5 A; 3W5Y A; 1HI0 P; 3FC9 A; 2C2R A; 2AWZ A; 3BGO P; 1D3W A; 4DV0 J; 1N34 J; 4C98 A; 4ZIT A; 2BDP A; 2Z30 B; 2ZZM A; 4OLP A; 1OQ6 A; 5K8M A; 4UOC A; 3T1Y F; 4YFU A; 3TX0 A; 3PJW A; 4PG4 A; 1JLA B; 3QSI A; 1R0A A; 3CB4 A; 3JTN A; 4DF4 A; 1YJU A; 1ZTT A; 5KT6 A; 4RW7 B; 4PUO A; 3ZZU A; 2YNF A; 3EDQ B; 3LF0 A; 2ZH8 A; 5F41 A; 4OI0 A; 2W01 A; 3N6N A; 4ECQ A; 2XLI A; 4OJ3 A; 2K3I A; 3GE9 A; 8AT1 B; 4DS4 A; 4ECT A; 4CLY A; 2GZO A; 5GAE U; 1O0P A; 3KUE A; 2C42 A; 1GT8 A; 3BO4 A; 3EUN A; 4QBU A; 3VCD A; 4ED3 A; 4UQG A; 2IYG A; 3HT3 A; 1DLO A; 3HVT B; 4JI7 F; 1RTI A; 4Q43 A; 1BLU A; 1ZM9 A; 2M8H A; 2WVC A; 1YJV A; 4LF9 J; 1X7V A; 3P49 B; 1J27 A; 3OTO J; 1RZM A; 1VQ4 S; 1FWP A; 2XS2 A; 2NQP A; 2R8G A; 4XDD A; 4LF7 J; 3I0R A; 2WVD A; 5DG7 A; 1RA6 A; 1DQA A; 2ZH7 A; 1FK9 A; 1SC4 B; 2B7C B; 3IWN C; 3MFI A; 1G1X A; 3C66 A; 3KK2 B; 2RRN A; 3FCW A; 2HPU A; 1U1O A; 1CJV A; 2PEH A; 3OD2 A; 1N32 F; 3FQL A; 2W7A A; 1VMB A; 2GX8 A; 4HHJ A; 1ZAV A; 2WB1 D; 2D69 A; 2XCP A; 4FF2 A; 2OI2 A; 1YTY A; 5L9N A; 2X1F A; 3PR4 A; 1TK8 A; 3ZZR A; 1JMT A; 1RI7 A; 3E8O A; 2PMZ D; 5BYQ A; 1RBA A; 1BQM B; 1U6B A; 4ZKA A; 4G3I A; 2BQU A; 3R5J B; 1I5O B; 1PC5 A; 3GFH A; 1TMM A; 1CS4 A; 4OHW A; 5DM6 Q; 1OJ4 A; 4UOG A; 5KT3 A; 2WRM A; 3UDC A; 5D4L A; 2W4D A; 2COL A; 4EZ6 A; 1NXI A; 1ZOT A; 2JHE A; 1LWE B; 5CAA A; 1Q8I A; 4CO0 A; 1P1L A; 4ZA1 A; 3A8J A; 3LWL A; 2OPR A; 1I3O B; 2ZVI A; 2KM8 B; 4LVO P; 1X8D A; 2G0J A; 1NHK L; 2AZ1 A; 2ZH9 A; 5KAK A; 3ZNJ 1; 1AA1 B; 2QX0 A; 2DRD A; 3GMG A; 4USH A; 4TYB A; 2DH8 A; 2AGO A; 1URN A; 5BR8 F; 1FDN A; 4HEA 9; 1OPZ A; 1XK8 A; 3PVX A; 2XYH B; 4NCG B; 1UVN A; 3BB5 A; 1SIW B; 2XMT A; 1YJ7 A; 1KVI A; 2J0W A; 2GIR A; 3JS9 A; 4USV A; 2F8H A; 1HI8 A; 5IV3 A; 3Q8Y A; 5HBM B; 2XB2 D; 2ZOM A; 2VPZ B; 1R3N A; 3ZFV A; 2FJV A; 4QIF A; 5L39 A; 3CCZ A; 2Y3Y A; 5IOL A; 2GMH A; 4C6A A; 3R5C A; 1R0B G; 1F5A A; 3HT0 A; 2JOQ A; 2Y1L B; 4QYR A; 4ZK7 M; 2ATC B; 3RBD A; 4G6V B; 1RTH B; 1VBY A; 2F1F A; 4JV5 J; 2CJY B; 3R7S B; 2Y1I A; 3JAM Y; 3VGV A; 3PEH A; 2JLG A; 5D3G B; 2FC9 A; 3K58 A; 2B6A B; 3W60 A; 2KH9 A; 2F9J A; 2MYF A; 3NGR A; 2XO7 A; 4KO0 A; 3M8Z A; 1O5J A; 2ZIT A; 2H3E B; 2XWY A; 2BJ7 A; 4UOH A; 5LT5 A; 4QWA A; 1KQS R; 3PO4 A; 1YJW S; 2AJ0 A; 5ADZ A; 4LFC F; 3SSS A; 2AEJ A; 1WC6 A; 3HHD A; 1TKZ B; 3PYE A; 1IJE B; 1WHV A; 4FDF A; 3NL0 A; 4PKD B; 3F44 A; 5A8W B; 1VBZ A; 2MHN A; 1KRP A; 2JLF A; 2BRL A; 2RAQ A; 4CI0 B; 3SMZ A; 3UR3 C; 3HFV A; 4CTA A; 3BEG B; 1TK5 A; 3V6D A; 2CAD A; 4ECV A; 3KMQ A; 1YZ7 A; 3G71 S; 4U7C A; 1ULR A; 4K7Q A; 1WC1 A; 3QRP A; 3HF5 A; 3IRW P; 1G3O A; 1U8S A; 2H5I B; 5C7P A; 1UP1 A; 4I2P B; 4J9U E; 1X4C A; 4OZJ A; 1NKC A; 1YVF A; 4U96 A; 3I5C A; 4KHR A; 2I1R A; 1T05 A; 3HO1 A; 5H9F K; 2QL9 B; 1AZS A; 3PR5 B; 1S57 A; 2F4V J; 5IM0 B; 1ZZN A; 5EWE A; 2RQ4 A; 4LRC A; 3VAH A; 4F3O A; 3RR8 A; 3HSJ A; 4Y0F A; 3K5P A; 1FA0 A; 4QU7 A; 1E6Y A; 1RT7 A; 4RW9 A; 2DKO B; 3J7A N; 3N79 A; 4OYM A; 4DR6 F; 4A47 A; 3G6X A; 4P9S A; 5M2R A; 3MI7 X; 5J1N A; 1J5O A; 2R7S A; 4X64 F; 2VC1 A; 1NK4 A; 1VK8 A; 2LQ8 A; 3NGU A; 2DO0 A; 1VCT A; 2XZT B; 2MJN A; 2Z0G A; 1RT1 B; 4UW2 A; 4DX7 A; 4O23 A; 4YDX A; 4DV5 F; 3K5L A; 1DZ5 A; 4LIW A; 1NSQ A; 5KFY A; 5G0R A; 2MTL A; 4P2M A; 4JUZ A; 4N76 A; 3VZI A; 4F4Z A; 4X62 J; 2VDI A; 3GLJ A; 8ATC B; 2QLW A; 2AEM A; 3MD3 A; 1Y3K A; 2EBE A; 1WEY A; 4Z7Y A; 5J2N A; 5HLF A; 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